Les scientifiques décrivent la composition du microbiome chez les patients souffrant de MICI et de CSP

En 2012, Le professeur Jeroen Raes (VIB-KU Leuven Center for Microbiology) a lancé le Flemish Gut Flora Project. Séquençage d'échantillons fécaux de plus de 3, 000 volontaires sains, Le professeur Raes et son équipe ont défini les limites d'une vie normale, microbiote intestinal associé à la santé. Prochain, l'équipe s'est tournée vers des groupes de patients pour identifier les altérations du microbiome associées aux maladies. Récemment, ils ont décrit le soi-disant entérotype B2, déficient en certaines bactéries anti-inflammatoires. Aujourd'hui, leurs résultats sur la prévalence élevée de cet entérotype particulier pour plusieurs diagnostics sont publiés dans Microbiologie naturelle .

Comparer les microbiomes

Les maladies inflammatoires de l'intestin (MICI) regroupent plusieurs affections caractérisées par une inflammation chronique du tractus intestinal, y compris la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn. La cholangite sclérosante primitive (CSP) est une maladie hépatique chronique impliquant une inflammation et une cicatrisation des voies biliaires, souvent concomitante avec une MII. Dans leur nouvelle étude, les scientifiques du VIB-KU Leuven décrivent la composition du microbiome chez les patients souffrant de MICI et de PSC.

Pr Jeroen Raes, VIB-KU Louvain

Au cours des années, de nombreux groupes de recherche dans le monde ont tenté de décrire les altérations du microbiote associées aux maladies. Les MII en particulier sont un sujet brûlant dans la recherche sur le microbiome. Notre étude diffère de ces tentatives précédentes sur trois fronts. D'abord, nous avons comparé le microbiote de patients avec des profils de volontaires sains de notre catalogue Flemish Gut Flora Project de plus de 3, 000 microbiomes. Seconde, dans nos analyses, nous n'avons pas seulement regardé les pourcentages de différentes bactéries présentes dans les échantillons de selles, mais aussi utilisé une nouvelle technique pour quantifier leurs abondances. Troisième, nous avons corrigé nos résultats pour des facteurs tels que les selles molles, souvent symptomatique dans les maladies étudiées, mais affectant le résultat des analyses du microbiome."

Une empreinte microbienne de la maladie

En combinant leur expertise unique dans le profilage quantitatif du microbiome avec leurs connaissances sur la variation du microbiote associée à la santé, les scientifiques de Louvain ont identifié une configuration modifiée du microbiome - également connue sous le nom d'entérotype - avec une prévalence élevée parmi les groupes de patients. Alors que cet entérotype a été observé chez 13 % des volontaires sains, elle a pu être identifiée chez 38 à 78 % des patients atteints de CSP et de MII.

Pr Séverine Vermeire, gastro-entérologue à l'UZ Leuven/KU Leuven, qui ont participé à la recherche, précise :« Cette configuration aberrante du microbiome, que nous appelons l'entérotype B2, se caractérise par de faibles abondances bactériennes et une faible biodiversité. Elle est notamment déficiente en certaines bactéries anti-inflammatoires telles que Faecalibacterium. En réalité, nous détectons des niveaux plus élevés d'inflammation intestinale chez les patients avec l'entérotype B2. Même chez les individus en bonne santé, les porteurs de cet entérotype ont des niveaux légèrement plus élevés d'inflammation globale de bas grade."

Inflammation intestinale, microbe, et dépression

Étonnamment, il y a quelques mois seulement, le laboratoire du professeur Raes a décrit une altération similaire du microbiote associée à une qualité de vie inférieure et même à la dépression.

Le professeur Jeroen Raes déclare :« Il semble y avoir un grand chevauchement dans les altérations du microbiome observées dans différents groupes de patients. Nous avons détecté l'entérotype B2 chez environ 26 % des individus déprimés. dans, par exemple, colite ulcéreuse et maladie de Crohn, c'est beaucoup moins clair pour la dépression. Cependant, nous explorerons plus en détail l'association entre l'entérotype B2 et la dépression dans de futures études."

Alors qu'environ 13% des individus sains peuvent être classés comme porteurs de l'entérotype B2, les chercheurs soulignent que cela ne devrait pas être un motif de préoccupation.

Prof. Jeroen Raes :« À ce stade, nous ne pouvons faire aucune prédiction sur la susceptibilité ou le risque de maladie sur la base de l'entérotype d'une personne. De plus, les entérotypes ne sont pas fixes et peuvent être modifiés par, par exemple, changer votre alimentation. Les associations observées entre les maladies et les constellations du microbiote n'impliquent pas que les bactéries intestinales causent réellement la maladie. De nombreux personnels, mode de vie, et les facteurs environnementaux sont liés à un entérotype B2. Cependant, comme l'inflammation s'avère également être un facteur associé à B2 chez certains individus, nous allons très certainement approfondir la causalité potentielle. »​

• Les tests de marqueurs inflammatoires ne sont pas assez sensibles pour exclure des conditions graves,
• La recherche met en évidence des cibles potentielles pour aider à lutter contre la maladie de Crohn