Pri analizi silicij in preverjanje S100 izražanje genov pri raku želodca

Silico
analizo in preverjanje S100 izražanje genov pri raku želodca
Abstract
Ozadje
proteinske družine S100 sestavlja 22 članov, katerih protein sekvence vključujejo najmanj eno EF roke Ca 2+ vezavo motiv. So bili vključeni v regulacijo številnih celičnih procesov, kot so napredovanje celičnega ciklusa in diferenciacijo. Vendar pa je stanje izraz S100 družinskih članov pri bolnikih z rakom želodca še ni bil znan.
Metode PODJETJA
kombinaciji z analizo analize serije izražanja genov, virtualnih Northern blot in mikromrež podatkov stopnje izraženosti S100 družinskih članov v normalno in malignih želodcu tkiva smo sistematično raziskovali. Izraz S100A3 se je še ocenila kvantitativne RT-PCR.
Rezultati
je bilo ugotovljeno, vsaj 5 S100 geni se povečana pri želodca CANCE jih v analizi silicij. Med njimi so štirje geni, vključno S100A2, S100A4, S100A7 in S100A10, so poročali, da prekomerno raka želodca prej. Izraz S100A3 v osemdesetih bolnikih rakom želodca je bila dodatno preučiti. Rezultati so pokazali, da so bile povprečne stopnje izraženosti iz S100A3 v želodčnih tkivih rakom 2,5-krat višja kot v sosednjih niso tumorskih tkiv. S100A3 izraz je povezana z diferenciacijo tumorja in TNM (Tumor-Node-Metastasis) stopnjo raka želodca, ki je razmeroma močno izražena v slabo diferencirane in napredne želodčne rakavih tkiv (P
< 0,05).
Zaključek
Kolikor nam je znano, je to prvo poročilo sistematične evalvacije S100 genskih izrazov v želodcu raka z večkratnim in silico analizo. Rezultati so pokazali, da so čezmernim S100 gen družinskih članov značilnosti želodca raka in S100A3 lahko igrajo pomembno vlogo pri diferenciaciji in napredovanje raka želodca.
Ozadje
raka želodca je drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu. Okoljskih in genetskih dejavnikov sta pomembna pri želodčnem karcinogeneze [1, 2]. V zadnjih dveh desetletjih je bilo veliko napredek pri ugotavljanju genov, ki sodelujejo pri nastanku raka želodca. Te identificirane geni so koristne pri razumevanju patogenezo raka želodca in opredeljevanje svojo molekulsko podpis. Lahko služijo tudi kot bioloških označevalcev za zgodnje diagnosticiranje in ciljev za razvoj zdravil.
Zadnjem času analize velikih izražanje genov so se pojavile kot pomembnega orodja za pregledovanje genov povezanih z rakom [3]. Oba eksperimentalne tehnologije, ki so na voljo za obsežno analizo genske ekspresije so: serijska analiza na osnovi zaporedja-1) DNA genske ekspresije (SAGE) in za izraženo zaporedje tag (EST), pristopov in 2) analize mikromrež temelji dot-blot. Več bioinformatika infrastrukture so bili vzpostavljeni za zbiranje podatkov, ki izhajajo iz teh tehnik. Med njimi je Cancer Genome Anatomija Project (CGAP) in Gene Expression Omnibus (GEO), sta dva pomembna omrežja [4, 5]. Prejšnji aplikacije podatkovnega rudarjenja z uporabo CGAP in GEO vir so pripeljali do identifikacije več romana ali znanih, povezanih z rakom genov [6, 7].
Družina S100 protein sestavlja 22 članov, katerih protein sekvence vključujejo najmanj eno EF-roko Ca2 + vezavo motiv [8]. S100 proteine ​​lokaliziran v citoplazmi in /ali jedra najrazličnejših celic, in sodeluje pri uravnavanju številnih celičnih procesov, kot so napredovanje celičnega ciklusa in diferenciacije. Sedemnajst S100 družinski člani se nahajajo kot grozd na kromosomu 1q21-22, regija pogosto preuredili v več tumorjev. Poleg tega je molekularna analiza je pokazala, da več S100s, vključno S100A2, S100A4, S100A7 in S100A10, razstavne spremenila stopnjah izražanja pri bolnikih z rakom želodca [9, 10]. Zato je zanimivo, da sistematično razišče izražanje drugih članov S100 družine v običajnih in želodčnega raka tkiva.
V tej raziskavi smo uporabili podatkovne baze in analitične pristope, ki so na voljo od Gene Expression Omnibus in Cancer Genome Anatomy projekta sistematično analizirati izraz 22 S100 genov v normalnih in rakavih želodca tkiva. Neodvisni SAGE in mikromrež podatkovni nizi so bili pregledani za S100 izražanja genov vzorcev. Smo dokazali, da je bilo vsaj pet S100 geni povečana pri raku želodca in še bolj eksperimentalno preverjeni uravnavanjem S100A3 s kvantitativno RT-PCR.
Metode
SAGE analiza
SAGE meri število oznak, ki predstavljajo transkripcijske izdelki gena. Podatke, ki jih SAGE tehnologija seznam oznak z njihovimi ustreznimi vrednostmi štetje. Vsi javno dostopni podatki SAGE zbrani v GEO spletni strani navzgor do januarja 2008 so bile uporabljene za analizo S100 genske ekspresije. Oba NlaIII in Sau3A oznake iz SAGEmap http:.... //Www NCBI NLM nih gov /SAGE /so preslikan UniGene grozdov http:... //Www NCBI NLM NIH . gov /UniGene /. Sprejeti so bili zanesljivi UniGene grozdi ujemajo s S100 oznake. Te zaporedje oznake so bili nato uporabljeni za določitev ravni izražanja 22 S100 genov v 2 normalno in 8 želodca knjižnice raka. Seznam oznak, ki se uporabljajo za analizo je bilo določeno v tabeli 1 in podrobne informacije o teh knjižnic so na voljo na spletni strani GEO. Analize so bile izvedene s primerjanjem povprečno število S100 oznak v knjižnicah normalne sluznice s tisto v knjižnicah raka želodca. Razlika > 3-kratno spremembo se šteje kot positive.Table 1 SAGE analizo S100 genov izražanja v normalnih in želodčnih knjižnic rakom
ime Gene

Unigene grozd
SAGE tag
Normal TPM (*)
Rak (tpm*)

S100A2
516484
GATCTCTTGG
0.0
98.1
S100A3
433168
TCTCCCACAC
0.0
2.8
S100A4
81256
ATGTGTAACG
0.0
207.8
S100A6
275243
CCCCCTGGAT
245.9
865.9
S100A7
112408
GAGCAGCGCC
0.0
143.8
S100A8
416073
TACCTGCAGA
0.0
549.2
S100A9
112405
GTGGCCACGG
0.0
637.0
S100A10
143873
AGCAGATCAG
263.6
1890.5
S100A12
19413
GATTTTTAAA
0.0
13.9
S100A16
515714
AGCAGGAGCA
0.0
130.6
Samo S100s, ki kažejo pozitivne tekme so prikazani v tej tabeli. * Oznake na milijon;
Virtualna Severna
V bazi CGAP, virtualni Northern blot analiza omogoča raziskovalcem, da si ogledate izražanja določenega gena v vseh EST in SAGE knjižnice [4]. Z orodjem http Gene Finder:... //Cgap NCI nih gov /Geni /GeneFinder, nekateri organiziran informacije o določenem genu je mogoče najti s poizvedbo bodisi edinstveno gensko identifikator ali ključno besedo. Vključeno v razpoložljivih informacijah so EST in SAGE vNorthern izraznih vzorcev na vseh razpoložljivih knjižnic, razvrščene v skladu z njihovimi tkiva izvora. Podatki o SAGE zbrani v CGAP vključuje 5 tkiva knjižnice in 2 ksenotransplantskih knjižnice raka želodca, kakor tudi 3 normalno knjižnice želodcu, ki so bili delno razlikuje od tiste, zbrane v GEO zgoraj. S100 geni, katerih izraz v EST in SAGE knjižnice raka želodca je tako > 3-krat toliko, kot so bili tisti v normalni želodcu označi kot pozitivnimi
uporabo analize mikromrež
Trenutno, pet mikromrež nabori podatkov (tabela 2), ki vsebuje. podatki iz normalnih in želodčnih rakavih tkiv so bili na voljo v gEO spletni strani http: //. www NCBI NLM nih gov /projekti /geo /.... Nabor podatkov GSE2669, GSE2701 in GSE3438 prispevali Boussioutas A [11], Chen X [12] in Kim S [13] oziroma so bili izbrani za izvedbo analize mikromrež, ker ti trije nabori podatkov vsebujejo relativno več primerov normalno in želodčnega raka (10 normalnih Ones in 64 raka za Boussioutas A et al; 22 normalnih tisti med 90 in rak za Chen X; 50 normalni tisti, in 50 rakasta za Kim S). Več podrobnosti o vzorcev in analizo mikromrež je mogoče najti na spletni strani GEO. Razlika je zdelo pomembno, ko p
< 0,05. S100 geni, katerih izraz je bil tako visoko v tri skupine želodčnega tkiva raka so označeni kot pozitivnih ones.Table 2 mikromrež podatkovnih bazah raka želodca, zbranih v Gene Expression Omnibus spletni strani.

zadevah
Array
Spot
Dobavitelj


Običajno
raka



GSE2637
3
55
cDNA
13 k /17 K
Aggarwal et al
GSE2685
8
22
oligo nukleotidov
~ 7,2 K
Hippo Y et al
GSE2669
10
64
cDNA
~ 7,4 K
Boussioutas A et al
GSE2701
22
90
cDNA
44 K
Chen X et al
GSE3438
50
50
cDNA
14 K
Kim s et al
odvzem tkiva
Osemdeset bolnikov z rakom želodca, ki so bili operirani naša bolnišnica od septembra 2004 do marca 2007 je bilo vpisanih v tej študiji. Resekcija tumorja in sosednje osebki ne tumorskih tkiv smo takoj zamrznili v tekočem dušiku in vzdržujemo pri 70 ° C, dokler ekstrakcijo RNA. Diagnoza obeh raka želodca in normalno želodčne sluznice je klinično in patološko izkazal. Pacientova spol, starost, velikost tumorja, stopnja TNM, globina stene invazije, mikroskopski podvrste in statusa bezgavk metastaze so bili pridobljeni iz kirurške in patoloških evidenc. Protokoli, ki se uporabljajo v tej študiji, so bili potrjeni s varstvu bolnišnici dne ljudeh odbora. Bolniki, ki zagotavljajo svež kirurški tkiva za študij podpisali informirano privolitev.
Kvantitativnih RT-PCR
Total RNA (mRNA) je bil izločen zaradi raka želodca in sosednjih non-tumorskih tkivih, v skladu s priporočili proizvajalca v TRIzola reagenta (Invitrogen, Carlsbad , CA). 1 ug vzorec celotne RNA smo reverzno prepisana na komplementarne DNA (cDNA) z oligo (dt) primerji. Primerji smiselne in protismiselne za S100A3 so bile oblikovane v skladu z mRNA zaporedju (GenBank pristopna številka NM_002960.1). Uporabili smo pomnožili PCR fragmentov segajo različne eksonov za preprečitev ojačanja onesnaženih genomske DNA. Občutek primer je bil 5'-GACCATCTGGTTCAGGTTCC-3 'in protismiseln primer je bil 5'-ACATTCCCGAAACTCAGTCG-3 ". PCR produkt je bilo 200 bp velikosti. vzdrževalni gen GAPDH smo uporabili kot notranje kontrole. Občutek primer je bil 5'-CCAGGTGGTCTCCTCTGACTT-3 'in protismiseln primer je bil 5'-GTTGCTGTAGCCAAATTCGTTGT-3 ". PCR produkt so 130 bp velikosti.
Standardno krivuljo je bil proizveden z merjenjem mejni prehod vsake standardne vrednosti (6-krat zaporedno popravljenega cDNA iz srčne mišice, pri katerih je bila vsebnost S100A3 relativno bogat) in izris jih pred logaritemski vrednosti koncentracij. Standardni vzorci krivulje so bile vključene v vsaki vožnji. Kvantitativna realnem času RT-PCR smo izvedli z uporabo ABI PRISM 7000 sistem za zaznavanje zaporedje (Applied Biosystems, Foster City, CA). RT-PCR smo izvedli v celotnem volumnu 30 ml. Reakcijsko mešanico vključene 1 × pufer, 200 umol /L dezoksi-ribonukleozida trifosfatov (dNTP) (Invitrogen), 0,3 mol /L smisla in protismiselnih oligonukleotidov, 1 U Takara ExTaq HotStart Taq (Takara biotehnologija), 0.6 xl 5 karboksi-x-rodamin (ROX) referenčna barvanje in 2 xl cDNA. Cikel PCR vključeni 2 minuti pri 95 ° C, čemur sledi 40 pomnoževalnih ciklov denaturacijo pri 94 ° C za 30 sekund, prileganje pri 58 ° C (za detekcijo GAPDH) ali 55 ° C (za odkrivanje S100A3) 30 sekund, in raztezek pri 72 ° C 1 minuto. Relativno določanje količine tako S100A3 in GAPDH je bila določena s CT (termični cikel) metodo primerjalne. Vrednosti S100A3 mRNA ekspresije smo normalizirali glede na izražanje GAPDH. Vsak test smo ponovili trikrat, da preverijo rezultate in razmerje mRNA ekspresije vrednosti želodčnega raka tkiv sosednjih non-tumorskih tkiv smo uporabili za kasnejšo analizo.
Statističnega
analiza za zveznih spremenljivk so bili izraženi podatki kot sredstvo +/- SD. Podatki izraz S100 genov v mikromrež podatkovnih bazah je bila najdena in razlike v stopnjah izražanja med normalnimi in želodčnih rakavih tkiv so bili določeni s preskusom študentov T. Povezava med relativnim razmerjem izražanjem S100A3 in kliničnimi znaki smo analizirali s testom Mann-Whitney. Vsi podatki so bili analizirani s pomočjo SPSS11.0 programsko opremo (SPSS, Chicago, ZDA) je in razlika je zdelo pomembno, ko p < 0.05.
Rezultati
1. SAGE in virtualna Northern blot analizo S100 genov izražanja v raka želodca
Obstajajo 2 SAGE knjižnice normalno želodčne sluznice in 8 SAGE knjižnice želodčnih tkiv raka na voljo v spletni GEO (GSE545 in GSE14). Te knjižnice so bili zagotovljeni z dvema različnima laboratorijih [14, 15]. Zanesljive oznake 20 S100 genov so pridobljeni iz spletne strani SAGEmap in se uporablja za iskanje podatkov Sage. 10 genov, je bilo ugotovljeno, da je treba močno izražen v želodčnih tkivih raka v skladu z merili določanje > 3-kratno razliko (tabela 1). V teh 10 genov, lahko samo S100A6 in S100A10 zaznati v normalnih želodčne sluznice tkiv, ki so imeli tudi najvišjo povprečno gostoto pri raku želodca (865.9 TPM in 1890.5 TPM v tem zaporedju). Drugi 8 geni, vključno S100A2, S100A3, S100A4, S100A7, S100A8, S100A9, S100A12 in S100A16, imela drugačno povprečno gostoto v razponu od 2,8 TPM do 637.0 TPM, od katerih noben ni bil izražen v normalnih želodčne sluznice tkiva. Ni bistvene razlike v izražanju med normalnimi in rakavih tkiv, je mogoče najti na S100A11, S100A14 in S100P (podatki niso prikazani). Nato smo uporabili virtualni Northern blot za analizo izražanja S100 genov (tabela 3). Šest geni so potrdili, da se molekul v želodčnih tkivih raka. Pozitivna S100A6, S100A8 in S100A16 označene z analizo SAGE bilo dokazano, da ni značilnih razlik v izražanju med normalnimi in želodčnih knjižnic raka pri opravljanju EST virtualno Northern blot. S100A13, ni mogoče zaznati v SAGE knjižnice, se je izkazalo, da je močno izražena v želodčnih tkivih z rakom, ki ga EST virtualno Northern blot. S100A3 in S100A12 ni bilo mogoče zaznati z virtualno Severna blot.Table 3 Virtual Northern blot analizo S100 genov izražanja v normalnih in želodčnih knjižnic rakom

EST oznake (TPM *)
SAGE oznake (tpm *)

Normal

Cancer

Normal

Cancer

S100A2
0.0
25.9
0.0
200.5
S100A3
0.0
0.0
0.0
0.0
S100A4
52.3
293.7
0.0
168.4
S100A7
0.0
0.0
0.0
304.8
S100A9
0.0
8.6
0.0
1339.4
S100A10
0.0
181.4
272.3
1483.7
S100A12
0
0
0
0
S100A13
0.0
43.2
0.0
0.0
Samo S100s, ki kažejo pozitivne tekme so prikazani v tej tabeli. * Oznake na milijon, je bila izvedena
analiza 2. Mikromrežni od S100 genov izražanja v raka želodca
analize mikromrež za nadaljnje preverjanje čezmerno S100 genov pri raku želodca. 8, 11 in 7 S100 geni lahko najdemo v GSE2669, GSE2701 in GSE3438 podatkovnih bazah oziroma (tabela 4). Oba S100A2 in S100A10 geni so pokazale, da se povečana pri raku želodca vseh treh nizov. S100A3 je bilo dokazano, da izraženi pri raku želodca s CCD GSE2669 in GSE2701, ki ni obstajala v nabora podatkov GSE3438. S100A4, S100A6 in S100A7 bilo dokazano, da je povečana pri raku želodca samo enega niza podatkov, vendar ni bilo v drugih dveh nizov. Vendar pa je bilo izražanje S100A8 in S100A9 ni pomembne razlike med normalnimi in rakavih tkiv nabora podatkov GSE2701. razlika izraz težnja S100A12 v GSE2701 niso bila v nasprotju z, da analize SAGE (tabela 1) .table 4 uporabo analize mikromrež za S100 genov izražanja v normalnih in želodčnih rakavih tkiv

GSE3438
GSE2669
GSE2701

Normal *
Rak *
p
Normal *
Cancer *
p

Normal *
Rak *
P


S100A2
-0.22
0.00
0.00
1.03
1.35
0.01
-0.95
-0.36
0.00
S100A3
#
#
#
0.84
1.55
0.03
-0.14
0.05
0.03
S100A4
-0.23
0.30
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A6
-0.43
0.27
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A7
#
#
#
#
#
#
-1.00
-0.35
0.00
S100A8
#
#
#
0.32
0.69
0.01
0.66
0.70
0.81
S100A9
#
#
#
1.25
3.48
0.00
0.42
0.79
0.13
S100A10
-0.50
0.42
0.00
0.46
1.36
0.00
0.19
1.22
0.00
S100A12
#
#
#
#
#
#
0.50
0.21
0.01
Samo S100s, ki kažejo pozitivne tekme so prikazani v tabeli. * podatki, pridobljeni iz mikromrež podatkovnih bazah; # podatkov ni v naboru podatkov.
Skupaj smo dokazali 5 geni, ki se močno izražena z rakom želodca v vseh treh v pristopov analize silico. Bili so S100A2, S100A3, S100A4, S100A7 in S100A10. Med temi 5 genov, je S100A3 edina, ki še niso poročali, da so povezani z rakom želodca prej. Nato smo ocenili izražanje S100A3 v želodčnih tkiva raka s kvantitativno RT-PCR.
3. Preverjanje S100A3 prekomerno raka želodca, ki ga kvantitativno RT-PCR
Da bi raziskali, ali je bil S100A3 izraženi pri raku želodca, smo preučil mRNA izraz S100A3 v želodčnih tkivih rakom in ustreznih sosednjih non-tumorskih tkivih 80 bolnikov s kvantitativno RT-PCR. Relativno pomeni raven izraz S100A3 pri raku želodca je bila 2,52 ± 1,45 v primerjavi s sosednjimi ne-tumorskih tkiv (p
= 0,01). Korelacije S100A3 mRNA izrazov s kliničnimi znaki so bili še dodatno analizirati. Rezultati so pokazali, da S100A3 mRNA izraz ni v korelaciji s spol, starost, velikost tumorja, globino stene invazije, mikroskopskih podtipov ali bezgavk metastaz s statistično p > 0,05 V vsak parameter (tabela 5). Vendar pa smo ugotovili, da je bila ekspresija S100A3 mRNA korelira z diferenciacijo tumorja in fazo Tumor-Node-metastaz. Ravni izraz S100A3 v dobro in zmerno diferencirane tumorskih tkivih, sta bila oba precej nižja od tiste v slabo diferencirane tiste (p
< 0,05). S100A3 izraz v fazi TNM I in II, je bila tudi nižja kot v fazi III in IV (p
= 0,04). Vsi ti podatki kažejo, da je bila S100A3 izraženi pri želodčnih vzorcih raka in lahko v zvezi z diferenciacijo in razvoj želodca cancer.Table 5 korelacija S100A3 mRNA izražanja z clinicalpathological parametrov pri bolnikih z rakom želodca.
Spremenljivi
ekspresijo mRNA
P

Število

N /T > 4
N /T 2-4
N /T 1-2
N /T < 1


spolov
Male
61
11
34
9
8
0,17
Moški
19
3
5
8
2
Age (y)
< 65
54
10
31
6
7
0,08
> 65
26
4
8
11
3
Tumor diferenciacija
Well1
3
0
0
1
2
0.22a
Moderate2
33
8
7
12
6
0.03b
Poor3
44
6
32
4
2
0.01c
velikost tumorja (cm)
< 5,0
41
6
23
5
7
0,96
> 5.0
39
8
16
12
3
Globina zidu invazije
sluznico, submucosa1
6
2
1
2
1
0.45a
Muscularis propria2
18
6
8
4
0
0.33b
Subserosa, serosa3
56
10
34
6
6
0.72c
fazi
I + II
19
2
7
5
5
0,04
III + IV
61
12
32
12
5
Mikroskopski podtipov
Intestinal1
57
10
29
11
7
0.87a
Diffuse2
18
4
8
4
2
0.26b
Atypical3
5
0
2
2
1
0.21c
Bezgavka metastaze
Da
64
11
35
11
7
0,16
Ne
16
3
4
6
3
AP
: 1 VS
2; BP
: 2 VS
3; cP
: 1 VS
3.
Razprava
Čeprav S100 družinski člani skupne strukture in se v glavnem lokalizirana v določeni regiji kromosoma 1, vsi imajo zelo edinstvene izrazne vzorce v normalnih ali patološko tkiva. Sistematično raziskovali izražanje S100 družinskih članov v želodcu tkivih raka s kombinacijo analize SAGE, virtualnih Northern blot in mikromrež podatkov. Ugotovljeno je bilo, da se navzkrižno hibridizacije napak zgodilo v analizo mikromrež, ko zaporedje podobnost presega 75%. Vendar pa je mRNA zaporedje podobnost S100 družinskim članom 4% -67%, tako da je možnost navzkrižne hibridizacije S100 genov na vseh treh čipov analiziranimi v tej raziskavi, bi bilo relativno majhen. Poleg tega so bili tako SAGE tehnologija in EST virtualna Northern blot na podlagi zaporedja DNK in so mislili, da so zanesljive metode za vrednotenje izražanja genov. Združevanje večkratno bazo podatkov in analitične pristope zgoraj navedenih, bi možnost artefaktov se močno zmanjša. V tej študiji so dokazali 5 S100 geni se povečana pri raku želodca s kombinacijo analize, med katerimi so se prej poročali 4 geni, kar kaže na veljavnost v silicij strategije analize smo uporabili pri tem delu in morda pomembno vlogo S100 genov v razvoj in napredovanje raka želodca.
v zadnjih letih je bilo veliko S100 družinski člani dokazali, da se različno urejena v različnih malignih bolezni. Čeprav akcijski mehanizmi S100s in funkcionalne posledice njihove spremenjeni izražanja še vedno treba ugotoviti, so številne študije pokazale, da prekomerno S100 proteinov kažejo velike klinične posledice za diagnozo in uprizarjanje človeških tumorjev, pa tudi za napoved za prognozo.
je bilo, poročali, da je bil S100A2 močno izražena v nedrobnoceličnim pljučnim rakom, požiralnika karcinom skvamoznih celic, grla karcinom skvamoznih celic, jajčnikov serozne papilarni karcinom, kot tudi rak želodca. S100A2 se je izkazalo, da je napovedovalec oddaljenih metastaz in stopnjo preživetja v zgodnji fazi nedrobnoceličnim pljučnim rakom [16] prav. S100A4 je bilo ugotovljeno, da je prekomerno pri raku sečnega mehurja in bi lahko služila kot napovedovalec napredovanja tumorja [17]. Številne študije so pokazale, da je S100A7 povečano ekspresijo pri raku dojk. Prevelike količine S100A7 bil povezan z višjim TNM faze raka dojke in estrogen receptor negativen invazivne oblike raka na dojki, je S100A7 izraz povezana s slabim izidom [18]. S100A7 overexpression je bila povezana tudi s povečanim malignosti raka dojke, ki se lahko pojavijo s stimulacijo Jab1 dejavnosti. Poleg tega je S100A10 opredeljena kot molekul gena v ploščatocelični nedrobnoceličnega pljučnega raka in požiralnika ploščatoceličnim karcinomom ga mikromrež tehnologijo. Vsi ti 4 S100 geni so bili prikazani tudi za upregulaetd v želodčnih raka prej [9, 10], v katerem je dodatno potrjena v tej delu.
S100 geni lahko navzdol reguliranih v nekaterih drugih rakov. Na primer, S100A6 ponižnega izražen v prostati, ki se lahko v zvezi s promotorjem hypermethylation za S100A6. Drug primer je S100A2. To so imeli manjši izraz v prostati in raka ustne votline in je veljala kot potencialnega zaviralnih. S100A2 lahko komunicira z C terminalnem p53 in nato povečati transkripcijsko aktivnostjo p53. Ta celični cikel odvisen od p53-S100A2 interakcija lahko posredujejo na zaviralni učinek S100A2 o raku. Ti rezultati kažejo, da bi S100 geni različne vloge pri razvoju različnih vrst raka.
S100A3, protein korelaciji z razvojem las mešička, je bilo dokazano, da se prekomerno v tumorjih. Na primer, raven izražanja proteinov S100A3 bistveno razlikovale v astrocitov tumorsko tkivo v zvezi z vrstami tumorjev in razredih [19]. Predloženi dela potrjena prvič, da je S100A3 povečana pri raku želodca in povezan s slabim diferenciacijo in višjo stopnjo TNM želodca rakavih celic. Vendar pa je vloga S100A3 pri diferenciaciji in napredovanje raka želodca je bilo potrebno podrobneje raziskati.
Zaključek
Naše delo je predlagal, da se v analizi silicij veljavno strategijo za odkrivanje različno izraženih genov pri raku želodca in S100A3 bil roman prekomerno gen v želodčnih rakavih celic in lahko igrajo pomembno vlogo pri diferenciaciji in napredovanje raka želodca.
ugotavlja
Ji Liu, Xue Li, Guang-Long Dong prav tako prispevali k temu delu.
Kratice
SAGE:
Serijska analiza izražanja genov
EST:
Izraženo Sequence Tag
CGAP:
Rak Genome Anatomy Project
GEO:
Gene Expression Omnibus
RT-PCR:
reverzno transkripcijo verižne reakcije s polimerazo .
deklaracij
Zahvala
to delo je podprl Nacionalni Natural Science Foundation Kitajske (Grant No. 30670970). Hvaležni smo Yanglin Pan za odlično vodilo pri procesu poskusu.
Nasprotujočimi si interesi
Avtorji izjavljajo, da nimajo konkurenčnih interesov.

• Methylenetetrahydrofolate reduktaze C677T polimorfizem pri bolnikih s želodca in debelega črevesja v korejski population
• Kakovost življenja pri bolnikih z rakom želodca: prevajanje in psihometričnih oceno iransko različico EORTC QLQ-STO22