V analýze silico a overovanie génovej expresie S100 rakoviny žalúdka

In silico
analýzy a verifikácia génovej expresie S100 rakoviny žalúdka
abstraktné
pozadia
rodiny proteínov S100 sa skladá z 22 členov, ktorých proteínových sekvencií zahŕňajú aspoň jeden EF-ruky Ca 2 + viazanie motív. Boli zapojené v regulácii celej rady bunkových procesov, ako je progresia bunkového cyklu a diferenciácie. Avšak stav expresie S100 rodinných príslušníkov v karcinómu žalúdka nebol doteraz známe. Metódy
kombinácii s analýzou sériovej analýzy génovej expresie, virtuálne Northern blot a microarray dát, expresných hladín rodinných príslušníkov S100 v normálnej a malígne žalúdočné tkaniva sa systematicky zaoberá. Expresia S100A3 bola ďalej hodnotená kvantitatívne RT-PCR.
Výsledky
bolo zistené, minimálne 5 S100 gény, ktoré majú byť up-regulovaná v žalúdočnej canc in silico analýzy. Medzi nimi štyri gény, vrátane S100A2, S100A4, S100A7 a S100A10 boli hlásené nadmerne vystavený u karcinómu žalúdka skôr. Expresie S100A3 v osemdesiatich pacientov s karcinómom žalúdka bola ďalej skúmaná. Výsledky ukázali, že priemerné expresné hladiny S100A3 v žalúdočnej rakovinové tkanive boli 2,5 krát vyššia ako v susedných bez nádorových tkanív. S100A3 expresia korelovala s diferenciáciou nádoru a TNM (Tumor-Node-metastázy) štádiu rakoviny žalúdka, ktorá bola relatívne vysokú expresiu v zle diferencované a pokročilej rakoviny žalúdka tkaniva (P
menšie ako 0,05). Záver

Pokiaľ je nám známe, jedná sa o prvú správu o systematické hodnotenie génovej expresie S100 v karcinómov žalúdku násobkom in silico analýzy. Výsledky ukazujú, že nadmerná expresia génu S100 členov rodiny boli charakteristiky karcinómov žalúdka a S100A3 môže hrajú dôležitú úlohu pri diferenciácii a progresii karcinómu žalúdka.
Pozadie
rakovina žalúdka je druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu na celom svete. Životného prostredia a genetické faktory sú dôležité, ale v žalúdočnej karcinogenéze [1, 2]. V posledných dvoch desaťročiach značný pokrok sa dosiahol pri identifikácii génov podieľajúcich sa na vzniku rakoviny žalúdka. Tieto identifikované gény sú užitočné pre pochopenie patogenézy karcinómu žalúdka a definovať jeho molekulárnej podpis. Môžu tiež slúžiť ako biomarkery pre včasnú diagnostiku a ciele pre vývoj liekov.
Nedávno génovej expresie vo veľkom meradle analýzy ukázali ako dôležité nástroje pre skríning gény súvisiace s rakovinou [3]. Tieto dve experimentálne technológie k dispozícii vo veľkom meradle analýza génovej expresie, sú: 1) DNA sekvenovanie založené na sériovej analýzy génovej expresie (SAGE) a vyjadrené sekvencie tag (EST), prístupy, a 2) dot-blot na báze microarray analýzy. boli stanovené viac bioinformatiky infraštruktúr s cieľom zhromaždiť údaje získané z týchto techník. Medzi nimi, Cancer Genome Project Anatomy (CGAP) a Gene Expression Omnibus (GEO) sú dva dôležité siete [4, 5]. Predchádzajúca aplikácia dolovania dát pomocou CGAP a GEO zdroj viedli k identifikácii niekoľkých románu či známych génov súvisiacich s rakovinou [6, 7].
Rodina S100 proteín sa skladá z 22 členov, ktorých proteínových sekvencií zahŕňajú aspoň jeden EF-ruky Ca2 + viažuci motív [8]. S100 proteíny sú lokalizované v cytoplazme a /alebo jadre celého radu buniek, a podieľa sa na regulácii radu bunkových procesov, ako je progresia bunkového cyklu a diferenciácie. Sedemnásť rodinní príslušníci S100 sú umiestnené ako zhluk na chromozóme 1q21-22, oblasť často prerobený v niekoľkých nádorov. Okrem toho, molekulárnej analýza ukázala, že niekoľko S100s vrátane S100A2, S100A4, S100A7 a S100A10, Výstavná zmenený hladín expresie v karcinómu žalúdka [9, 10]. Tak to je zaujímavé systematicky skúmať expresiu iných členov rodiny S100 za bežných a rakovinou žalúdka tkanív.
V tejto štúdii sme využili databáz a analytických prístupov k dispozícii od génovej expresie Omnibus a Cancer Genome Project anatómie systematicky analyzovať expresie 22 S100 génov v normálnej a rakovinové tkanivá žalúdka. Nezávislé SAGE a Microarray dátovej sady boli testované na S100 génovej expresie vzory. za predpokladu, máme dôkaz, že najmenej päť S100 gény boli up-regulované u karcinómu žalúdka a ďalej experimentálne overená upregulaci S100A3 pomocou kvantitatívnej RT-PCR.
metódy
SAGE analýza SAGE
meria počet značiek, ktoré predstavujú transkripčný produkty génu. Údaje vyrábané technológiou SAGE je zoznam značiek s ich zodpovedajúcimi počtu hodnôt. Všetky verejne dostupné údaje zozbierané v SAGE GEO webovej stránky až do januára 2008 boli použité pre analýzu génovej expresie S100. Obaja NlaIII a Sau3A štítky od SAGEmap http: .... //Www NCBI NLM NIH gov /SAGE /boli mapované do UniGene klastrov http: ... //Www NCBI NLM NIH . gov /UniGene /. Boli prijaté spoľahlivé UniGene klastre zladená S100 značky. Tieto sekvencie značky potom použili na stanovenie úrovne expresie 22 génov v S100 2 normálne a 8 knižníc s rakovinou žalúdka. Zoznam značiek používaných pre analýzu boli poskytnuté v tabuľke 1 a podrobné informácie o týchto knižníc sú k dispozícii na webových stránkach GEO. Analýzy boli vykonané na základe porovnania priemerného počtu S100 značiek v knižniciach normálnej sliznice sa, že v knižniciach rakoviny žalúdka. Rozdiel > 3-násobná zmena bude považovaná za positive.Table 1 SAGE analýzy S100 génov expresie v normálnych a rakovinou žalúdka knižníc
názov Gene

UniGene klaster
SAGE štítok
Normal (TPM *)
Cancer (tpm*)

S100A2
516484
GATCTCTTGG
0.0
98.1
S100A3
433168
TCTCCCACAC
0.0
2.8
S100A4
81256
ATGTGTAACG
0.0
207.8
S100A6
275243
CCCCCTGGAT
245.9
865.9
S100A7
112408
GAGCAGCGCC
0.0
143.8
S100A8
416073
TACCTGCAGA
0.0
549.2
S100A9
112405
GTGGCCACGG
0.0
637.0
S100A10
143873
AGCAGATCAG
263.6
1890.5
S100A12
19413
GATTTTTAAA
0.0
13.9
S100A16
515714
AGCAGGAGCA
0.0
130.6
Iba S100s, ktoré vykazujú pozitívnu stretnutia sú uvedené v tejto tabuľke. * Značky per million;
Virtual Northern
V databáze CGAP, virtuálne Northern blot analýza umožňuje výskumníkom pre zobrazenie expresie určitého génu vo všetkých knižniciach EST a SAGE [4]. Prostredníctvom nástroja http Gene Finder: ... //CGAP NCI NIH gov /Genes /GeneFinder, niektoré usporiadané informácie o konkrétnom génom možno nájsť pomocou dotazu buď jedinečný identifikátor gén alebo kľúčové slovo. Súčasťou dostupných informácií sú EST a SAGE vNorthern výrazové vzory naprieč všetkými dostupných knižníc sú klasifikované podľa ich tkaniva pôvodu. Údaje zhromaždené v SAGE CGAP celkom 5 tkaniva knižnice a 2 xenografe knižnice karcinómu žalúdka, ako aj 3 normálny knižnice žalúdka, ktoré boli čiastočne odlišný od zhromaždené vo vyššie uvedených GEO. S100 gény, ktorých expresia v EST a SAGE knižnice karcinómu žalúdka bol ako >, 3 sklopné, rovnako ako tie, ktoré v normálnom žalúdku boli označené ako kladné
analýza Microarray
V súčasnej dobe, päť microarray súbory údajov (tabuľka 2), ktoré obsahujú. údaje z bežného i žalúdočné rakovinové tkanive boli k dispozícii v GEO internetových stránkach http: //www. NCBI NLM NIH gov /projekty /geo /.... Súbor údajov GSE2669, GSE2701 a GSE3438 prispel Boussioutas A [11], Chen X. [12] a Kim S [13], ktoré boli vybrané pre vykonávanie analýzy microarray, pretože tieto tri dátové súbory obsahovali relatívne viac prípadov normálne a rakovinou žalúdka (10 normálnymi a 64 rakoviny pre Boussioutas a et al; 22 normálnymi a 90 rakovín pre Chen X; 50 normálnymi a 50 rakovín pre Kim S). Viac informácií o vzorkách a microarray analýzy možno nájsť na internetových stránkach GEO. Rozdiel bol považovaný za významný pri p Hotel < 0.05. S100 gény, ktorých expresia bola tak vysoko v troch skupinách na žalúdočné rakovinu tkanív boli označené ako pozitívne ones.Table 2 Microarray dátovými súbormi rakoviny žalúdka zhromaždených v génovej expresie Omnibus internetových stránkach.

Prípady
Array
Spot
Dodávateľ


Normálny
rakovine



GSE2637 Sims 3
55
cDNA
13 K /17 K
Aggarwal A. et al
GSE2685
8
22
oligo- nukleotidov
~ 7,2 K
Hippo Y et al
GSE2669
10
64
cDNA
~ 7,4 K
Boussioutas A. et al
GSE2701
22
90
cDNA
44 K
Chen X kolies
GSE3438
50
50
cDNA
14 K
Kim s et al
Tissue Collection
osemdesiat pacientov s rakovinou žalúdka, ktorí podstúpili chirurgický zákrok v naša nemocnica od septembra 2004 do marca 2007 bolo zaradených do tejto štúdie. Resekované tumoru a priľahlé vzorky bez nádorového tkaniva boli okamžite zmrazený v kvapalnom dusíku a udržiava sa pri teplote 70 ° C až do extrakcie RNA. Diagnóza ako rakovinou žalúdka a normálne sliznice žalúdka bola klinicky a patologicky preukázané. Pacienta pohlavie, vek, veľkosť nádoru, TNM fáza, hĺbka steny invázie, mikroskopické subtypu, a stavu lymfatických uzlín boli získané z chirurgických a patologických záznamov. Protokoly použité v tejto štúdii boli schválené ochrane nemocnici v ľudských subjektov výboru. Pacienti, poskytujúce nový operačný tkaniva pre štúdium podpísaný informovaný súhlas.
Kvantitatívny RT-PCR
Celková RNA (mRNA) sa extrahuje z rakovinou žalúdka a priľahlých non-nádorových tkanivách podľa odporúčaní výrobcu, pokiaľ ide TRIzolu činidla (Invitrogen, Carlsbad , CA). 1 ug vzorka celkovej RNA bola reverzne transkribovaných do komplementárna DNA (cDNA) s oligo (dT) priméru. Sense a antisencie priméry na S100A3 boli navrhnuté podľa sekvencie mRNA (GenBank prístupové číslo NM_002960.1). Použili sme amplifikovaná PCR fragmenty klenout rôznych exónov, aby sa zabránilo amplifikáciu kontaminovanej genómovej DNA. Kódujúce primer so sekvenciou 5'-GACCATCTGGTTCAGGTTCC-3 'a antisencie primer so sekvenciou 5'-ACATTCCCGAAACTCAGTCG-3'. Produkty PCR boli 200 bp vo veľkosti. Upratovanie gén GAPDH bola použitá ako vnútorná kontrola. Kódujúce primer so sekvenciou 5'-CCAGGTGGTCTCCTCTGACTT-3 'a antisencie primer so sekvenciou 5'-GTTGCTGTAGCCAAATTCGTTGT-3'. Produkty PCR boli 130 bp vo veľkosti.
Štandardná krivka bola vyrobená na základe meraní hraničný prechod každej štandardnú hodnotu (6-krát sériovo zriedených cDNA srdcového svalu, v ktorých je obsah S100A3 relatívne bohatá) a zobrazovanie je proti logaritmickej hodnoty koncentrácie. Štandardné vzorky kriviek boli zahrnuté v každom behu. Kvantitatívny real-time RT-PCR bola vykonávaná s použitím ABI PRISM 7000 detekcie sekvencie systému (Applied Biosystems, Foster City, CA). RT-PCR bola vykonávaná v celkovom objeme 30 ul. Reakčná zmes cene 1 × vyrovnávacej pamäte, 200 umol /L deoxy-ribonukleozid trifosfátu (dNTP) (Invitrogen), 0,3 umol /l a protismerných primérov, 1 U firmy Takara ExTaq Horúci štart Taq (Takara biotechnológie), 0,6 ul 5 -karboxy-x-rhodamin (ROX) referenčný farbivo, a 2 ul cDNA. PCR cyklus podieľa 2 minúty pri teplote 95 ° C, a potom 40 amplifikačných cykloch denaturácie pri 94 ° C počas 30 sekúnd, teplotná hybridizácia pri 58 ° C (pre detekciu GAPDH) alebo 55 ° C (pre detekciu S100A3) po dobu 30 sekúnd, a predĺženie pri 72 ° C po dobu 1 minúty. Relatívna kvantifikácia ako S100A3 a GAPDH zistila postupom porovnávaciu CT (tepelný cyklus). Hodnoty expresie S100A3 mRNA bola normalizovať vzhľadom expresiu GAPDH. Každý test sa opakuje trikrát overiť výsledky, a pomer expresie mRNA hodnoty žalúdočné rakovinové tkanive k susedným non-nádorových tkanivách bola použitá pre následnú analýzu.
Štatistická analýza
pre spojité premenné, dáta boli vyjadrené ako prostriedok +/- SD. Expresné dáta S100 génov v microarray súbory dát bol získaný a rozdiely v úrovni expresie medzi normálnymi a rakovinou žalúdka tkanivách boli určené pomocou študentského t-testu. Súvislosť medzi relatívnymi pomermi expresie S100A3 a klinických príznakov bol analyzovaný pomocou Mann-Whitneyho testu. Všetky dáta boli analyzované s použitím SPSS11.0 softvérový balík (SPSS, Chicago, USA) a rozdiel bol považovaný za významný, ak p < 0.05.
Výsledky
1. šalvie a virtuálne Northern blot analýzu S100 génov expresie v karcinómu žalúdka
Existujú 2 SAGE knižnice normálne žalúdočnej sliznice a 8 SAGE knižnice žalúdočných tkanivách s rakovinou dostupných internetových stránkach GEO (GSE545 a GSE14). Tieto knižnice boli poskytnuté dvoma rôznymi laboratóriami [14, 15]. Spoľahlivé tagy 20 S100 génov boli získané z internetových stránok SAGEmap a používa na vyhľadávanie dát mudrca. Bolo zistené, 10 génov, ktoré majú byť vysoko exprimovaný v žalúdočných rakovinových tkanivách, v súlade s kritériami sa ustanovujú a kyseliny 3-násobný rozdiel (tabuľka 1). V týchto 10 génov, len S100A6 a S100A10 môže byť detegovateľný v normálnej žalúdočnej sliznice tkaniva, ktoré mali takisto najvyššiu priemernú hustotu u karcinómu žalúdka (865.9 TPM a TPM 1890.5 v uvedenom poradí). Ostatné 8 gény, vrátane S100A2, S100A3, S100A4, S100A7, S100A8, S100A9, S100A12 a S100A16, mal iný priemernú hustotu v rozmedzí od 2,8 do TPM 637.0 TPM, z ktorých žiadna boli vyjadrené v normálnej žalúdočnej sliznici tkanív. Žiadny významný rozdiel v expresii medzi normálnou a rakovinové tkanivá, ktorú možno nájsť na S100A11, S100A14 a S100P (dáta nie sú uvedené). potom sa používa virtuálna Northern blot analýzu expresie génov S100 (tabuľka 3). Šesť génov bolo potvrdené, že je up-regulovaná v žalúdočných rakovinových tkanivách. Pozitívne S100A6, S100A8, a S100A16 možno identifikovať podľa SAGE analýzy boli preukázané, že nemajú žiadny významný rozdiel v expresii medzi normálnou a rakovinou žalúdka knižníc pri vykonávaní EST virtuálnej Northern blot. S100A13, nie je detegovateľný v SAGE knižniciach, bolo preukázané, že je vysoko exprimovaný v žalúdočných rakovinových tkanivách EST virtuálne Northern blot. S100A3 a S100A12 nemohli byť detekované virtuálne Northern blot.Table 3 Virtual Northern blot analýzy S100 génov expresie v normálnych a rakovinou žalúdka knižníc

EST tagy (TPM *)
SAGE tagy TPM (*)

Normal

Cancer

Normal

Cancer

S100A2
0.0
25.9
0.0
200.5
S100A3
0.0
0.0
0.0
0.0
S100A4
52.3
293.7
0.0
168.4
S100A7
0.0
0.0
0.0
304.8
S100A9
0.0
8.6
0.0
1339.4
S100A10
0.0
181.4
272.3
1483.7
S100A12
0
0
0
0
S100A13
0.0
43.2
0.0
0.0
Iba S100s, ktoré vykazujú pozitívnu stretnutia sú uvedené v tejto tabuľke. * Značky per million;
2. Microarray analýza S100 génov prejavu vo rakovinou žalúdka
Microarray analýza bola vykonaná k ďalšiemu overovanie zvýšenú expresiu S100 génov u karcinómu žalúdka. 8, 11 a 7 S100 gény by mohli byť nájdené v GSE2669, GSE2701 a GSE3438 súbory dát, respektíve (tabuľka 4). Ako S100A2 a S100A10 gény boli preukázané, že up-regulované v žalúdočné rakovina všetkých troch dátových sád. S100A3 bolo preukázané, že nadmerne vystavený u karcinómu žalúdka prostredníctvom dátovej sady GSE2669 a GSE2701, ktoré nemali existoval v dátovej sady GSE3438. S100A4, S100A6 a S100A7 bolo preukázané, že up-regulovaná u karcinómu žalúdka len v jednom dátovom súbore, ale neexistuje v ostatných dvoch súborov dát. Avšak, expresia S100A8 a S100A9 nemal žiadny významný rozdiel medzi normálnou a rakovinové tkanivá v dátovej sady GSE2701. Diferenciálnej expresie tendencie S100A12 v GSE2701 bolo v rozpore s tým SAGE analýzy (tabuľka 1) .Table 4 Microarray analýza S100 génov expresie v normálnych a žalúdočných rakovinové tkanive

GSE3438
GSE2669
GSE2701

normálne *
Rakovina *
p
Normal *
spoločností Cancer *
p

Normal *
Rakovina *
P


S100A2
-0.22
0.00
0.00
1.03
1.35
0.01
-0.95
-0.36
0.00
S100A3
#
#
#
0.84
1.55
0.03
-0.14
0.05
0.03
S100A4
-0.23
0.30
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A6
-0.43
0.27
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A7
#
#
#
#
#
#
-1.00
-0.35
0.00
S100A8
#
#
#
0.32
0.69
0.01
0.66
0.70
0.81
S100A9
#
#
#
1.25
3.48
0.00
0.42
0.79
0.13
S100A10
-0.50
0.42
0.00
0.46
1.36
0.00
0.19
1.22
0.00
S100A12
#
#
#
#
#
#
0.50
0.21
0.01
Iba S100s, ktoré vykazujú pozitívnu stretnutia sú uvedené v tabuľke. * Údaje získané z microarray súbory dát; # Dát neexistuje v dátovom súbore.
Dohromady 5 génov bolo preukázané, že vysoko exprimovaný u karcinómu žalúdka všetky tri v prístupoch analýzy in silico. Boli S100A2, S100A3, S100A4, S100A7 a S100A10. Medzi týmito 5 génov, S100A3 bol jediný, ktorý doteraz nebol hlásený ako súvisiace s rakovinou žalúdka skôr. Ďalej sme vyhodnotili expresie S100A3 v žalúdočných rakovinových tkanivách kvantitatívnej RT-PCR.
3. Overenie S100A3 nadmernej expresie v karcinómu žalúdka pomocou kvantitatívnej RT-PCR
Pre zistenie, či S100A3 bol nadmerne vystavený u karcinómu žalúdka, sme sa zaoberali mRNA expresie S100A3 v žalúdočných rakovinových tkanivách a zodpovedajúcich priľahlých non-nádorovom tkanive 80 pacientov pomocou kvantitatívnej RT-PCR. Relatívne znamená úroveň expresie S100A3 u karcinómu žalúdka bol 2,52 ± 1,45 v porovnaní so susednými bez nádorových tkanív (p
= 0,01). Korelácia S100A3 mRNA výrazov s klinickými príznakmi boli ďalej analyzované. Výsledky ukázali, že výraz S100A3 mRNA nebola v korelácii s pohlavím, vekom, veľkosť nádoru, hĺbku steny invázie, mikroskopických podtypov alebo lymfatických uzlín sa štatistického p > 0.05 v každom parametri (tabuľka 5). Zistili sme však, že expresia mRNA S100A3 korelovala s diferenciáciou nádoru a nádor-Node-metastázy fáze. Hladiny S100A3 expresie v dobre a stredne diferencovaných nádorových tkanivách boli obaja výrazne nižšie ako vo zle tie diferencované (p Hotel &0,05). S100A3 výraz v TNM štádiu I a II bola tiež nižšia ako v stupni III a IV (p
= 0,04). Všetky tieto údaje ukázali, že S100A3 bol nadmerne exprimovaný vo vzorkách s karcinómom žalúdka a môže byť vo vzťahu k diferenciácii a vývoji žalúdočných cancer.Table 5 korelácia S100A3 expresie mRNA s clinicalpathological parametre pacientov s karcinómom žalúdka.
Variabilné
mRNA expresie
P
EU Počet

N /T > 4
N /T 2-4
N /T 1-2
N /T < 1


rodovej rovnosti
Male
61
11
34
9
8
0,17
Žena
19 Sims 3
5
8
2
Age (y) Hotel < 65
54
10
31
6
7
0,08
> 65
26
4
8
11 Sims 3
nádorové diferenciácie
Well1
3
0
0
1
2
0.22a
Moderate2
33
8
7
12
6
0.03b
Poor3
44
6
32
4
2
0.01c
Veľkosť nádoru (cm) Hotel < 5,0
41
6
23
5
7
0,96 Hotel > 5,0
39
8
16
12 Sims 3
Hĺbka Wall inváziou
sliznice, submucosa1
6
2 foto 1
2
1
0.45
muscularis propria2
18
6
8
4
0
0.33b
subserosa, serosa3
56
10
34
6
6
0.72c
Stage
I + II
19
2
7
5
5
0,04
III + IV
61
12
32
12
5
Mikroskopické podtypy
Intestinal1
57
10
29
11
7
0.87a
Diffuse2
18
4
8
4
2
0.26b
Atypical3
5
0
2
2
1
0.21c
Metastáz do lymfatických uzlín
Áno
64
11
35
11
7
0,16
Nie
16 Sims 3
4
6 Sims 3
aP
: 1 VS
2; bP
: 2 VS Sims 3; cP
: 1 VS
3.
Diskusia
Aj keď rodinní príslušníci S100 majú spoločnú štruktúru a sú lokalizované hlavne v určitej oblasti chromozómu 1, všetci majú veľmi osobitý výraz vzory v normálnej alebo patologická vreckovky. Systematicky sme skúmali expresiu S100 rodinným príslušníkom v žalúdku rakovinových tkanív tým, že kombinuje analýzu šalvia, virtuálne Northern blot a microarray dát. Bolo oznámené, že chyby krížové hybridizácia sa môže stať v microarray analýzy sekvenčnej podobnosti, ak presahuje 75%. Avšak, mRNA sekvenčné podobnosť členov rodiny S100 4% -67%, takže možnosť krížovej hybridizácie S100 génov na všetky tri čipy analyzovaných v tejto štúdii by bol pomerne malý. Okrem toho, ako technológie, SAGE a EST virtuálne Northern blot boli založené na sekvencovania DNA a boli považované za spoľahlivé metódy vyhodnocovania génovej expresie. Kombinovanie viac databázy a analytické postupy uvedené vyššie, je možnosť artefaktov by sa výrazne zníži. V tejto štúdii, 5 S100 génov bolo preukázané, že up-regulovaná u karcinómu žalúdka tým, že kombinuje analýzy, z ktorých 4 génov bolo uvedené skôr, označujúci platnosť silico stratégie rozboru sme použili v tejto práci, a prípadne významnú úlohu S100 génov v vývoj a progresie karcinómu žalúdka.
v posledných rokoch sa mnoho členov rodiny S100 ukázalo sa, že rozdielne upravené v rôznych malignít. Aj keď akčné mechanizmy S100s a funkčné dôsledky ich pozmenenej expresie zostala má byť stanovený, niekoľko štúdií ukázalo, že nadmerná expresia S100 proteínov ukazuje veľké klinické dôsledky pre diagnostiku a staging ľudských nádorov, ako aj pre predikciu prognózy.
bolo zistené, že S100A2 bol vysoko exprimovaný v non-malobunkového karcinómu pľúc, pažeráka, karcinóm dlaždicových buniek, spinocelulárny karcinóm hrtanu, vaječníkov serózna papilárna karcinómy, rovnako ako rakoviny žalúdka. S100A2 bolo tiež preukázané, že prediktorom vzdialených metastáz a prežitie v ranej fáze rakoviny non-malých pľúcnych buniek [16]. S100A4 bolo zistené, že je nadmerne vystavený pri karcinóme močového mechúra a môžu byť podávané ako prediktor progresie nádoru [17]. Mnoho štúdií ukázalo, že S100A7 mala zvýšenú expresiu v karcinómu prsníka. Zvýšená expresia S100A7 súvisel s vyšším TNM štádiách rakoviny prsníka a estrogén receptor-negatívny invazívnych karcinómov prsníka, S100A7 expresia bola spojená so zlou prognózou [18]. S100A7 zvýšená expresia bola tiež spojená so zvýšeným malignity rakoviny prsníka, ku ktorému môže dôjsť prostredníctvom stimulácie Jab1 aktivity. Okrem toho, S100A10 bol identifikovaný ako up-regulovaná génu v dlaždicových non-malých buniek karcinómov pľúc a pažeráka spinocelulárneho karcinómu u mikročip technológie. Všetky tieto 4 S100 gény boli tiež preukázané, že v upregulaetd karcinómov žalúdku skôr [9, 10], ktorý bol ďalej potvrdený v tejto práci.
S100 gény môžu byť downregulated v niektorých iných druhov rakoviny. Napríklad, S100A6 bol chudobný vyjadrený v rakoviny prostaty, ktoré by mohli byť spojené s promótorom hypermetylace z S100A6. Ďalším príkladom je S100A2. To malo zníženú expresiu v prostaty a rakovinu ústnej dutiny a bol považovaný za potenciálny nádorový supresor. S100A2 môže spolupracovať s C-konca proteínu p53 a zvyšujú transkripčnú aktivitu proteínu p53. Táto bunka p53-S100A2 interakcie cyklu závislá môže sprostredkovať inhibičný účinok S100A2 na rakovinu. Tieto výsledky naznačujú, že by mohli S100 gény hrajú rôzne role pri vývoji rôznych druhov rakoviny.
S100A3, proteín koreluje s vývojom vlasového folikulu, bolo preukázané, že je nadmerne exprimovaný v nádoroch. Napríklad hladiny expresie proteínov S100A3 líšili v astrocytická nádorovom tkanive vo vzťahu k nádorových typov a tried [19]. Súčasná práca potvrdila prvýkrát že S100A3 bola up-regulovaná u karcinómu žalúdka a spojené s zlú diferenciáciou a vyššie TNM fáze buniek karcinómu žalúdka. Avšak role S100A3 diferenciácie a progresii karcinómu žalúdka, ktoré je nutné ďalej skúmaná.
Záver
Naša práca naznačujú, že v analýze silico je platný stratégia pre objavovanie rozdielne exprimovaných génov v karcinómu žalúdka, a S100A3 bol nový nadmerne exprimovaný gén buniek karcinómu žalúdka a môže hrať dôležitú úlohu pri diferenciácii a progresii karcinómu žalúdka.
Poznámky
Ji Liu, Xue Li, Guang-Long Dong prispeli tiež k tejto práci.
skratky
SAGE:
Sériová analýza génovej expresie
EST:
Vyjadrené Sequence Tag
CGAP:
Rakovina Genome Project Anatomie
GEO:
Gene Expression Omnibus
RT-PCR:
reverznej transkripcie polymerázová reťazová reakcia .
deklarácia
Poďakovanie
Táto práca bola podporená Národnej prírodnej Science Foundation Číny (Grant No. 30670970). Sme vďační Yanglin Pana za vynikajúce vodítko v procese experimente.
Protichodnými záujmami
Autori vyhlasujú, že nemajú žiadne protichodné záujmy.

• Methylentetrahydrofolát reduktáza C677T polymorfizmus u pacientov s žalúdka a hrubého čreva a konečníka v kórejskej population
• Kvalita života u pacientov s rakovinou žalúdka: prekladom a psychometrického vyhodnotenie iránskej verzia EORTC QLQ-STO22