An silico Analyse an Préifung vun S100 Gentherapie Ausdrock vun gastric Kriibs

An silico VerfÜgung Analyse an Préifung vun S100 Gentherapie Ausdrock vun gastric Kriibs VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung D'Famill S100 FAQ regruppéiert 22 Memberen hir FAQ Message falen op d'mannst een EF-Hand Ca 2+ verbindlechen Motif. Si huet zu der Regelung vun enger Zuel vun bewosst Prozesser wéi Zell Zyklus Werdegang an dat Équipe. Allerdéngs war d'Ausdrock Status vun S100 Familljemembere vun gastric Kriibs nach net bekannt. VerfÜgung Method VerfÜgung kombinéiert mat der Analyse vun Serie Analyse vun der Gentherapie Ausdrock, virtuell Northern blot an microarray Donnéeën, déi Ausdrock Niveau vun S100 Familljememberen an normal an malignant Mo. Stoffer sech systematesch ze propagéieren. Den Ausdrock vun S100A3 war weider duerch grouss RT-Hinnen alleguer bewäert. VerfÜgung Resultater VerfÜgung mannst 5 S100 Genen huet an gastric cance duerch an silico Analyse upregulated gin fonnt. Ënnert hinnen, véier Genen, dorënner S100A2, S100A4, S100A7 an S100A10, sech ze virdrun zu gastric Kriibs overexpressed gemellt. Den Ausdrock vun S100A3 zu uechtzeg Patienten vun gastric Kriibs weider iwwerpréift. D'Resultater weisen, datt mir dat Ausdrock Niveau vun S100A3 zu Stoffer gastric Kriibs 2,5 mol sou héich wéi zu bascht Net-tumorous Stoffer goufen. S100A3 Ausdrock war mat entholl dat an TNM soll (entholl-Node-Metastasen) Etapp vun gastric Kriibs, wat relativ héich ausgedréckt war schlecht ënnerscheet an fortgeschratt gastric Kriibs Stoffer an (P VerfÜgung &Si besteet; 0,05). VerfÜgung Conclusioun
dat ass den éischte Rapport vun systematesch Evaluatioun vun S100 Gentherapie Ausstralung an gastric Cancers vun der Pluralitéit vun silico Analyse. D'Resultater uginn dass overexpression vun S100 Gentherapie Famill Membere waren Charakteristiken vun gastric Cancers an S100A3 kéint wichteg Roll an dat an Werdegang vun gastric Kriibs Leeschtung. VerfÜgung Background VerfÜgung Gastric Kriibs ass déi zweet Équipe gemeinsam Ursaach vum Kriibs Doud weltwäit. Ëmweltpolitik a genetesch Facteure sinn souwuel wichteg an gastric carcinogenesis [1, 2]. An de leschten zwee Joerzéngten, grouss Fortschrëtter an Erkenntnesser Équipe Genen an der Entwécklung vun gastric Kriibs gemaach ginn. Dës identifizéiert Genen sinn nëtzlech an der pathogenesis vun gastric Kriibs Verständnis an definéiren seng molekulare Ënnerschrëft. Si kann och als biomarkers fir fréi Diagnos an Ziler fir Drogenofhängeger Entwécklung déngen. VerfÜgung Viru Kuerzem, grouss-Skala Gentherapie Ausdrock Analysë als wichteg Instrumenter hunn Gedenkminutt fir Genen Duerchmusterung zu Kriibs Zesummenhang [3]. Déi zwee experimentell Technologien sinn fir grouss-Skala Gentherapie Ausdrock Analyse sinn: 1) DNA sequencing-baséiert Serien Analyse vun der Gentherapie Ausdrock (Salbei) an ausdrécke Haaptrei Markéierung (EST) Approche an 2) Punkt-blot baséiert microarray Analyse. Multiple Bioinformatik Infrastrukturen gewiescht etabléierten Daten aus dëse Techniken ofgeleet ze kompiléieren. Ënnert hinnen, déi Cancer Genom Anatomie Project (CGAP) an Gene Expression Omnibus (Geo) sinn zwee wichteg Netzwierker [4, 5]. Virdrun Programmer vun Donnéeën Grouwen benotzt CGAP an Geo Ressource fir d'Identifikatioun vun e puer Roman oder bekannt Kriibs-Zesummenhang Genen gefouert hunn [6, 7]. VerfÜgung D'S100 FAQ Famill 22 Memberen hir FAQ Message falen op d'mannst een EF-Hand regruppéiert Ca2 + bindend Motif [8]. S100 Proteinen sinn an der Zytoplasma an /oder Keimzell vun enger Panoplie vun Zellen en der, an zu der Regelung vun enger Zuel vun bewosst Prozesser wéi Zell Zyklus Werdegang an dat Équipe. Siwwenzéng S100 Familljememberen als Stärekoup op chromosome etabléiert sinn 1q21-22, enger Regioun dacks zu méi erhéijen Who. Ausserdeem huet molekulare Analyse datt verschidden S100s verroden, dorënner S100A2, S100A4, S100A7 an S100A10, Collectioun verännert Ausdrock Besatzungszäit gastric Kriibs [9, 10]. Sou ass et interessant ze systematesch den Ausdrock vun anere Memberen vun S100 Famill zu normal an gastric Kriibs Stoffer ermëttelen. VerfÜgung An dëser Etude, et geheescht mir den Datenbanken an analytesch Approche sinn aus den Gene Expression Omnibus an Cancer Genom Anatomie Project zu systematesch Analys den Ausdrock vun 22 S100 Genen zu normal an kriibserreegend Mo. Stoffer. Déi onofhängeg Salbei an microarray konsultéieren sech fir S100 Gentherapie Ausdrock Musteren opgefouert. Mir gëtt Beweiser, datt op d'mannst fënnef S100 Genen vun gastric Kriibs upregulated sech a weider ubelaangt experimentally der upregulation vun S100A3 déi grouss RT-Hinnen alleguer. VerfÜgung Method VerfÜgung Salbei Analyse VerfÜgung Salbei d'Zuel vun Tags Mesuren dass de transcriptional representéieren Produiten vun engem Gene. D'Daten vum Sage Technik produzéiert gëtt eng Lëscht vun Tags mat hire jeeweilegen Grof Wäerter. All publik Salbei Donnéeën vun Geo Websäit bis Januar 2008 gesammelt goufen fir Analyse vun S100 Gentherapie Ausdrock gebraucht. Béid NlaIII an Sau3A Tags aus SAGEmap http:.... //Www ncbi nlm nih Gov /Salbei /waren ze UniGene Stärekéip Ëmgéigend http:... //Www ncbi nlm nih . Gov /UniGene /. D'verléisslech UniGene Stärekéip reagéiert zu S100 Tags goufen ugeholl. Dës Haaptrei kennen sech dann benotzt den Niveau vun Ausdrock vun 22 S100 Genen vun 2 normal an 8 gastric Kriibs Bibliothéiken ze bestëmmen. Eng Lëscht vun den Tags fir Analyse benotzt gouf an Table 1 an detailléiert Informatiounen iwwer dës Bibliothéiken sinn aus der Geo Websäit sinn gëtt. Analysen goufen, andeems der Moyenne Zuel vun S100 lëtzëbuerger Bibliothéiken vun normal mucosa mat, datt zu Bibliothéiken vun gastric Kriibs gesuergt. Ënnerscheed vun > 3-fantastesch Ännerung wäert den positive.Table 1 Salbei Analyse vun S100 Genen Ausdrock zu normal an gastric Kriibs Bibliothéiken VerfÜgung Gene Numm considéréiert ginn
zu Unigene Stärekoup
Salbei Markéierung VerfÜgung normal (tpm *)
Cancer (tpm*)

S100A2
516484
GATCTCTTGG
0.0
98.1
S100A3
433168
TCTCCCACAC
0.0
2.8
S100A4
81256
ATGTGTAACG
0.0
207.8
S100A6
275243
CCCCCTGGAT
245.9
865.9
S100A7
112408
GAGCAGCGCC
0.0
143.8
S100A8
416073
TACCTGCAGA
0.0
549.2
S100A9
112405
GTGGCCACGG
0.0
637.0
S100A10
143873
AGCAGATCAG
263.6
1890.5
S100A12
19413
GATTTTTAAA
0.0
13.9
S100A16
515714
AGCAGGAGCA
0.0
130.6
Nëmmen S100s déi positiv Mätscher weisen sinn an dësem Dësch gewisen. * Tags pro Millioun; VerfÜgung Contraire Northern VerfÜgung An der CGAP Datebank, Fuerscher virtuell Northern blot Analyse erméiglecht de Ausdrock vun enger bestëmmter Gentherapie zu all EST a Salbei Bibliothéiken [4] ze gesinn. Duerch d'Gene Mali Outil http:... //Cgap NCI nih Gov /Genen /GeneFinder, e puer organiséiert Informatiounen iwwert e bestëmmten Gene kënnt vun nofroen entweder eenzegaartegen Identifizéierer Gentherapie oder e Schlëssel Wuert fonnt ginn. Agebaut an der disponibel Informatiounen den EST a Salbei vNorthern expressional Musteren an allen sinn Bibliothéiken séiert no hirem Otemschwieregkeeten Ursaache sinn. De Sage Date gesammelt an CGAP gehéiert 5 Otemschwieregkeeten Bibliothéiken an 2 xenograft Bibliothéiken vun gastric Kriibs, souwéi 3 normal Bibliothéiken vun Mo, déi aus dass deelweis anescht sech gesammelt an Geo verwisen. S100 Genen deem Ausdrock am EST a Salbei Bibliothéiken vun gastric Kriibs souwuel > 3 esou vill fantastesch wéi déi zu normal Mo als positive mannste designéierte sech VerfÜgung Microarray Analyse VerfÜgung Am Moment, fënnef microarray konsultéieren (Table 2) mat. Daten aus normal an gastric Kriibs Stoffer sech an Geo Websäit http sinn:. //www ncbi nlm nih Gov /Projeten /Geo /.... D'Donnéeën GSE2669, GSE2701 an GSE3438 dréit zur Boussioutas A [11], Chen X [12] a Kim S [13] bzw. sech fir Orchesterdirigéieren microarray Analyse gewielt well dës dräi konsultéieren relativ méi Fäll vun normal an gastric Kriibs Texter (10 normal mannste an 64 Cancers fir Boussioutas Eng et al; 22 normal mannste an 90 Cancers fir Chen X; 50 normal mannste an 50 Cancers fir Kim S). Méi Detailer iwwert d'Echantillonen an microarray Analyse kann aus der Geo Site fonnt ginn. Ënnerscheed ass wichteg wann p VerfÜgung &Si besteet considéréiert; 0,05. S100 Genen deem Ausdrock war esouwuel héich an dräi Gruppen vun gastric Kriibs Stoffer bezeechent goufen als positive ones.Table 2 Microarray konsultéieren vun gastric zu Gene Expression gesammelt Kriibs Omnibus Websäit. VerfÜgung zu Cases
Singular
icon_thumright
Fournisseur

zu Normal
Cancer
zu zu zu GSE2637 VerfÜgung 3 VerfÜgung 55
cDNA VerfÜgung 13 h /17 K VerfÜgung Aggarwal Eng et al VerfÜgung GSE2685 VerfÜgung 8 VerfÜgung 22 VerfÜgung Oligo- Nukleotid VerfÜgung ~ 7,2 K VerfÜgung Hippo Y et al
GSE2669 VerfÜgung 10 zu 64 VerfÜgung cDNA VerfÜgung ~ 7,4 K VerfÜgung Boussioutas Eng et al VerfÜgung GSE2701 VerfÜgung 22 zu 90 VerfÜgung cDNA VerfÜgung 44 K
Chen X et al VerfÜgung GSE3438 VerfÜgung 50 zu 50 VerfÜgung cDNA VerfÜgung 14 K VerfÜgung Kim S et al VerfÜgung Ray Collection VerfÜgung Achtzegjärege Patienten mat gastric Kriibs deen Agrëff mécht an eis Klinik vum September 2004 bis Mäerz 2007 huet zu dëser Etude Coursë. D'resected entholl an bascht Net-tumorous Otemschwieregkeeten uplanzen sech direkt an flëssegem Stéckstoff gefruer an huet am 70 ° C bis RNS erauszéien. D'Diagnos souwuel gastric Kriibs an normal gastric mucosa war klinesch an pathologically bewisen. De Sex vum Patient, Alter, entholl Gréisst, TNM Etapp, Déift vun Mauer Invasioun, microscopic subtype, an Status vun lymph Node Metastasen aus Operatiouns- an agebousst records kritt. D'Ëmwelt- an dëser Etude benotzt goufen vun der Klinik an d'Protectioun vun de Mënscherechter Themen Comité ofgeseent. Patienten frësch chirurgesch Otemschwieregkeeten fir d'Etude, déi ënnerschriwwen Awëllegung. VerfÜgung Chemeschen RT-Hinnen alleguer VerfÜgung Total RNS (mRNA) war vun gastric Kriibs ofgebaut an bascht Net-tumorous Stoffer no de Recommandatiounen d'Hiersteller vun TRIzol reagent (Invitrogen, Karlsbad , CA). 1 μg Prouf vun insgesamt RNS war Géigendeel ze ergänzen DNA (cDNA) mat oligo (DT) primers annescht. De Sënn an antisense primers fir S100A3 sech no der mRNA Haaptrei (GenBank Bäitrëtt Zuel NM_002960.1) entworf. Mir benotzt Hinnen alleguer Fragmenter Implikatioune verschiddene exons Rennsport amplification vu kontaminéierte Frankräich DNA ze verhënneren. De Sënn primer war 5'-GACCATCTGGTTCAGGTTCC-3 'an der antisense primer war 5'-ACATTCCCGAAACTCAGTCG-3 ". D'Hinnen alleguer Produiten waren 200 BP zu Gréisst. D'housekeeping Gentherapie GAPDH war wéi eng intern Kontroll benotzt. De Sënn primer war 5'-CCAGGTGGTCTCCTCTGACTT-3 'an der antisense primer 5'-GTTGCTGTAGCCAAATTCGTTGT-3 war. D'Hinnen alleguer Produiten waren 130 BP zu Gréisst. VerfÜgung der Norm rop produzéiert gouf vun der Kräizung-Punkt vun all Norm Wäert Moossen (6-fantastesch serially verdënntem cDNAs vun härzwierksam Muskel, an deen den Inhalt vun S100A3 war relativ räich) an plotting se géint d'Mooss Wäert vun der Konzentratioun. Standard rop Echantillon waren an all Course mat abegraff. Chemeschen real-Zäit RT-Hinnen alleguer war mat engem Abi PRISM 7000 Haaptrei erkennen System (Obwuel Biosystems, Foster City, CA) gesuergt. Den RT-Hinnen alleguer war an engem total Volume vun 30 μL duerchgefouert. D'Reaktioun Mëschung abegraff 1 × Prellbock, 200 μmol /L vun deoxy-ribonucleoside triphosphates (dNTPs) (Invitrogen), 0.3 μmol /L vun Sënn an antisense primers, 1 U vun Takara ExTaq Hotstart Taq (TaKaRa Déi), 0.6 μL vun 5 -carboxy-x-rhodamine (Rox) Referenz hannendrun, an 2 μL vun cDNA. D'Hinnen alleguer Zyklus Équipe 2 Minutten op 95 ° C vun 40 amplification Zykle vun denaturation fir 30 Sekonnen, annealing bei 58 ° C (fir ze erkennen GAPDH) oder 55 ° C (fir ze erkennen S100A3) fir 30 Sekonnen op 94 ° C gefollegt, an elongation bei 72 ° C fir 1 Minutt. Der relativer quantitation souwuel S100A3 an GAPDH war vun der Komparativ CT (thermesch Zyklus) Method alles. D'Wäerter vun S100A3 mRNA Ausdrock sech no dem Wëllen vun GAPDH normalized. All assay gouf dräi Mol widderholl d'Resultater ze vergläichen, an d'Verhältnis vun mRNA Ausdrock Wäert vun gastric Kriibs Stoffer zu bascht Net-tumorous Stoffer war fir spéider Analyse benotzt. Statistique Analyse VerfÜgung Fir kontinuéierlech Verännerlechen VerfÜgung, goufen d'Donnéeën ausgedréckt wéi déi heescht +/- Fils. Ausdrock Donnéeën vun S100 Genen vun microarray konsultéieren war Sensor an d'Oneenegkeet Ausdrock Niveau tëscht normal a gastric Kriibs Stoffer sech duerch Schüler T Test alles. D'Associatioun tëscht relativer Ausdrock nennen vun S100A3 a Krankheete Fonctiounen war vun Mann-Whitney Test analyséiert. All Donnéeën sech mat der SPSS11.0 Software Package analyséiert (SPSS, Chicago, USA) an d'Differenz war bedeitendst als wann p &Si besteet; 0,05. VerfÜgung Resultater VerfÜgung 1. Salbei a virtuell Northern blot Analyse vun S100 Genen Ausdrock vun gastric Kriibs VerfÜgung Et ginn 2 Salbei Bibliothéiken vun normal gastric mucosa an 8 Salbei Bibliothéiken vun gastric Kriibs Stoffer sinn am Geo Websäit (GSE545 an GSE14). Dës Bibliothéiken goufen vun zwou verschiddene Laboe gëtt [14, 15]. D'verléisslech Tags vun 20 S100 Genen sech aus SAGEmap Websäit ofgebaut a benotzt d'Salbei Donnéeën ze sichen. 3-fantastesch Ënnerscheed (Table 1); 10 Genen sech duerchaus ausgedréckt gin an gastric Kriibs Stoffer laut dem Kader Critèrë vun > fonnt. An deene 10 Genen, nëmmen S100A6 an S100A10 konnt an normal gastric mucosa Stoffer festgestallt ginn, déi och erop duerchschnëttlech Dicht vun gastric Kriibs (865.9 tpm an 1890,5 tpm bzw.) hat. Wéinst 8 Genen, dorënner S100A2, S100A3, S100A4, S100A7, S100A8, S100A9, S100A12 an S100A16, hu verschidden duerchschnëttlech Dicht rangéiert vun 2,8 tpm ze 637,0 tpm, keent vun deenen am normal gastric mucosa Stoffer ausgedréckt huet. Nee groussen Ënnerscheed zu Ausdrock tëscht normal a kriibserreegend Stoffer op S100A11, S100A14 an S100P fonnt ginn hätt (Donnéeën net gewisen). Mir ginn duerno virtuell Northern blot den Ausdrock vun S100 Genen (Table 3) ze analyséieren. Sechs Genen sech bestätegt an gastric Kriibs Stoffer upregulated gin. De positiven S100A6, S100A8, an S100A16 vun Salbei Analyse identifizéiert sech kee groussen Ënnerscheed zu Ausdrock tëscht normal a gastric Kriibs Bibliothéiken ze hunn dës wann EST virtuell Northern Blot Orchesterdirigéieren. S100A13, net Magnéitfeld an Salbei Bibliothéiken, huet dës Distanz vun EST virtuell Northern blot an gastric Kriibs Stoffer héich ausgedréckt gin. S100A3 an S100A12 konnt net duerch virtuell Northern blot.Table 3 Contraire Northern blot Analyse vun S100 Genen Ausdrock zu normal an gastric Kriibs Bibliothéiken VerfÜgung EST Tags (tpm *)
Salbei Tags (tpm *)

Normal

Cancer

Normal

Cancer

S100A2
0.0
25.9
0.0
200.5
S100A3
0.0
0.0
0.0
0.0
S100A4
52.3
293.7
0.0
168.4
S100A7
0.0
0.0
0.0
304.8
S100A9
0.0
8.6
0.0
1339.4
S100A10
0.0
181.4
272.3
1483.7
S100A12
0
0
0
0
S100A13
0.0
43.2
0.0
0.0
Nëmmen S100s déi positiv Mätscher weisen sinn an dësem Dësch gewisen. * Tags pro Millioun; VerfÜgung 2. Microarray Analyse vun S100 Genen Ausdrock vun gastric Kriibs VerfÜgung Microarray Analyse gehaal huet weider d'overexpression vun S100 Genen vun gastric Kriibs z'iwwerpréiwen. 8, 11 a 7 S100 Genen konnt an GSE2669, GSE2701 an GSE3438 konsultéieren bzw. (Table 4) fonnt ginn. Béid S100A2 an S100A10 Genen huet dës Distanz an gastric Kriibs vun all dräi konsultéieren upregulated gin. S100A3 war hien zu gastric Kriibs vun Donnéeën GSE2669 an GSE2701 overexpressed ze ginn, déi net zu Donnéeën GSE3438 bestaan ​​hat. S100A4, S100A6 an S100A7 sech an nëmmen ee Donnéeën an gastric Kriibs gin upregulated dës awer net an déi aner zwee konsultéieren existéieren. Allerdéngs, Ausdrock vun S100A8 an S100A9 hat kee groussen Ënnerscheed tëscht normal a kriibserreegend Stoffer an Donnéeën GSE2701. Den Ënnerscheed Ausdrock Tendenz vun S100A12 zu GSE2701 war contrairement zu deem vun Salbei Analyse (Table 1) .Table 4 Microarray Analyse vun S100 Genen Ausdrock zu normal an gastric Kriibs Stoffer VerfÜgung zu GSE3438
GSE2669
GSE2701
zu normal *
Cancer *
p
normal *
Cancer *
p

normal *
Cancer *
P VerfÜgung

S100A2
-0.22
0.00
0.00
1.03
1.35
0.01
-0.95
-0.36
0.00
S100A3
#
#
#
0.84
1.55
0.03
-0.14
0.05
0.03
S100A4
-0.23
0.30
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A6
-0.43
0.27
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A7
#
#
#
#
#
#
-1.00
-0.35
0.00
S100A8
#
#
#
0.32
0.69
0.01
0.66
0.70
0.81
S100A9
#
#
#
1.25
3.48
0.00
0.42
0.79
0.13
S100A10
-0.50
0.42
0.00
0.46
1.36
0.00
0.19
1.22
0.00
S100A12
#
#
#
#
#
#
0.50
0.21
0.01
Nëmmen S100s déi positiv Mätscher weisen sinn an der Tabell gewisen. * Daten aus microarray konsultéieren ausgebaut; # Daten net am Donnéeën existéieren. Zesummen deelgeholl VerfÜgung, 5 Genen huet bewisen duerch all dräi vun silico Analyse Approche zu gastric Kriibs héich ausgedréckt gin. Si waren S100A2, S100A3, S100A4, S100A7 an S100A10. Dorënner 5 Genen, war S100A3 den eenzegen deen zu gastric Kriibs nach net gemellt war virdrun Zesummenhang ze sinn. Next mir den Ausdrock vun S100A3 zu gastric Kriibs Stoffer déi grouss RT-Hinnen alleguer. VerfÜgung 3. Préifen vun S100A3 overexpression zu gastric Kriibs duerch grouss RT-Hinnen alleguer bewäert VerfÜgung war zu gastric Kriibs ze ermëttelen, ob S100A3 overexpressed, iwwerpréift mir der mRNA Ausdrock vun S100A3 zu gastric Kriibs Stoffer an entspriechend bascht Net-tumorous Stoffer vun 80 Patiente vun grouss RT-Hinnen alleguer. Déi heeschen relativ Ausdrock Niveau vun S100A3 zu gastric Kriibs war 2,52 ± 1,45 wann Verglach zu bascht Net-tumorous Stoffer (p VerfÜgung = 0.01). Kennenzeléieren vun S100A3 mRNA Ausstralung mat de Medeziner Fonctiounen sech weider analyséiert. D'Resultater weisen, datt S100A3 mRNA Ausdrock net mam Geschlecht, Alter, entholl Gréisst soll gemaach, Déift vun Mauer Invasioun, microscopic bestemmt oder lymph Node Metastasen mat engem iwwerleen p > 0,05 an all Parameter (Table 5). Allerdéngs fonnt mir dass den Ausdrock vun S100A3 mRNA mat entholl dat an entholl-Node-Metastasen Bühn soll war. D'S100A3 Ausdrock Niveauen an drun, an moderéiert-ënnerscheet entholl Stoffer sech béid wesentlech méi niddreg wéi déi vun Pro ënnerscheet mannste (p VerfÜgung &Si besteet; 0,05). S100A3 Ausdrock vun TNM Etapp ech an II war och méi déif wéi déi an der Bühn III a IV (p VerfÜgung = 0.04). All dës Donnéeën bewisen, dass S100A3 war zu gastric Kriibs uplanzen overexpressed a kéint zu der dat an Entwécklung vun gastric cancer.Table 5 Korrelatioun vun S100A3 mRNA Ausdrock mat clinicalpathological Parameteren an Patienten mat gastric carcinoma Zesummenhang ginn. VerfÜgung verännerleche
mRNA Ausdrock
P
zu Number VerfÜgung VerfÜgung N /T > 4
N /T 2-4
N /T 1-2
N /T &si besteet; 1 VerfÜgung
zu Geschlecht VerfÜgung Männlech VerfÜgung 61 zu 11 zu 34 VerfÜgung 9 VerfÜgung 8 VerfÜgung 0,17 VerfÜgung Weiblech VerfÜgung 19 VerfÜgung 3
5 zur VerfÜgung 8 VerfÜgung 2 VerfÜgung Alter (y) VerfÜgung &Si besteet; 65 zu 54 zu 10 zu 31 VerfÜgung 6 VerfÜgung 7 VerfÜgung 0,08 VerfÜgung > 65 zu 26 VerfÜgung 4 VerfÜgung 8 VerfÜgung 11 VerfÜgung 3 VerfÜgung entholl dat VerfÜgung Well1
3
0
0
1
2
0.22a
Moderate2
33
8
7
12
6
0.03b
Poor3
44
6
32
4
2
0.01c
Entholl Gréisst (cm) VerfÜgung &Si besteet; 5.0 VerfÜgung 41 VerfÜgung 6 VerfÜgung 23 VerfÜgung 5 zur VerfÜgung 7 VerfÜgung 0,96 VerfÜgung > 5.0 VerfÜgung 39 VerfÜgung 8 <16 br> 12 VerfÜgung 3 VerfÜgung Déift vun Mauer Invasioun VerfÜgung Mucosa, submucosa1 VerfÜgung 6 VerfÜgung 2 VerfÜgung 1 VerfÜgung 2 VerfÜgung 1 VerfÜgung 0.45a
Muscularis propria2 VerfÜgung 18 VerfÜgung 6 VerfÜgung 8 VerfÜgung 4 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0.33b VerfÜgung Subserosa, serosa3 VerfÜgung 56 zu 10 zu 34 VerfÜgung 6 VerfÜgung 6 VerfÜgung 0.72c VerfÜgung Etapp VerfÜgung ech II + zu 19 VerfÜgung 2 VerfÜgung 7 VerfÜgung 5 zur VerfÜgung 5 zur VerfÜgung 0,04 VerfÜgung III + IV VerfÜgung 61 zu 12 zu 32 zu 12 VerfÜgung 5 zur VerfÜgung Microscopic bestemmt VerfÜgung Intestinal1
57
10
29
11
7
0.87a
Diffuse2
18
4
8
4
2
0.26b
Atypical3
5
0
2
2
1
0.21c
Lymph Node Metastasen VerfÜgung Jo VerfÜgung 64 zu 11 zu 35 zu 11 VerfÜgung 7 VerfÜgung 0,16 VerfÜgung Nee VerfÜgung 16 VerfÜgung 3 VerfÜgung 4 VerfÜgung 6 VerfÜgung 3 VerfÜgung AP VerfÜgung: 1 vs VerfÜgung 2; BP VerfÜgung: 2 vs VerfÜgung 3; CP VerfÜgung: 1 vs VerfÜgung 3. VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Obwuel S100 Familljememberen enger gemeinsamer Struktur hunn a si meeschtens an eng spezifesch Regioun vun chromosome 1 en der, si all hunn ganz eenzegaarteg Ausdrock Musteren an normal oder agebousst Stoffer. Mir propagéieren systematesch den Ausdrock vun S100 Familljemembere vun gastric Kriibs Stoffer déi Analyse vun Salbei, virtuell Northern blot an microarray Donnéeën kombinéiert. Et ass confirméiert datt Kräiz-hybridization Feeler vun microarray Analyse geschéien kann, wann Haaptrei Ähnlechkeet 75% méi héich. Allerdéngs war d'mRNA Haaptrei Ähnlechkeet vun S100 Familljememberen 4% -67%, sou datt d'Méiglechkeet vun Kräiz-hybridization vun S100 Genen iwwert all déi dräi Course vun der presentéieren Etude analyséiert wier relativ kleng. Ausserdeem, zwee Salbei Technologie an EST virtuell Northern blot sech op DNA sequencing baséiert an sech Gedanken ze verléisslech Methode vun der Gentherapie Ausdrock Evaluatioun ginn. Kombinéiert verwisen Multiple Datebank an analytesch Approche, wier d'Méiglechkeet vun artifacts verréngert. Am Moment studéieren, goufen 5 S100 Genen bewisen duerch Kombinéiere Analyse vun gastric Kriibs upregulated ginn, dorënner déi 4 Genen virdrun gemellt waren, beweist d'Validitéit vun am silico Analyse Strategie déi mir an dëser Aarbecht benotzt an der eventueller wichteg Roll vun S100 Genen vun Entwécklung an Werdegang vun gastric Kriibs. VerfÜgung am leschte Joer, hu vill S100 Familljememberen schonn zu diversen malignancies differentially reegelen gewise gin. Obwuel d'Aktioun Mechanisme vun S100s an der funktionell Implikatioune vun hire verännert Ausdrock nach alles ze gin, hun e puer Studien bewisen, dass overexpression vun S100 Proteinen super Medeziner Implikatioune fir d'Diagnos an Stadium vum Mënsch erhéijen weist, wéi och fir d'Cepheid vun hätt. VerfÜgung Et ass confirméiert datt S100A2 war an Net-kleng Zell haett Kriibs, esophageal squamous Zell carcinoma, laryngeal squamous Zell carcinoma, spillt serous papillary carcinomas, souwéi gastric Kriibs héich ausgedréckt. S100A2 war och am Ufank-Etapp Net-kleng Zell haett Kriibs [16] gin enger Estimatioun vun fernen Metastasen an Iwwerliewe Taux gewisen. S100A4 gouf fonnt an BBC Kriibs gin overexpressed a konnt als eng Estimatioun vun entholl Werdegang [17] zerwéiert ginn. Vill Studien hu gewisen, datt S100A7 eng fräi Meenungsäusserung an Broscht Kriibs huet. D'overexpression vun S100A7 war ze héich TNM Etappe vun Broscht Kriibs Zesummenhang an am estrogen receptor-negativ invasiv Broscht Cancers, war S100A7 Ausdrock mat aarmséileg Resultat verbonne [18]. S100A7 overexpression huet och mat sech malignancy vun Broscht Kriibs assoziéiert, deen duerch Stimulatioun vun Jab1 Aktivitéit geschéie kann. Zousätzlech, S100A10 war als upregulated Gentherapie zu squamous Net-kleng Zell haett Cancers an esophageal squamous Zell carcinoma vun microarray Technologie identifizéiert. All dës 4 S100 Genen waren och virdrun zu gastric Cancers gin upregulaetd dës [9, 10], déi weider am Moment schaffen bestätegt gouf. VerfÜgung S100 Genen an e puer aner Cancers ginn downregulated kann. Zum Beispill, war S100A6 lowly an Aarbecht Cancers ausgedréckt, wat am Zesummenhang wier hypermethylation vun S100A6 zu Promoteur. En anert Beispill ass S100A2. Et hat eng reduzéiert Ausdrock vun Aarbecht a mëndlech Kriibs a gouf als potentiell entholl suppressor erauskoum. S100A2 kann mat C Kappgare vu p53 zesummekomm an dann d'transcriptional Aktivitéit vun p53 verbesseren. Dëst Zell Zyklus-ofhängeg p53-S100A2 Interaktioun kéint d'inhibiting Effet vun S100A2 op Kriibs Mediate. Dës Resultater ugeholl datt S100 Genen verschiddene Rollen während Entwécklung vun verschidden Cancers Leeschtung kéint. VerfÜgung S100A3, e Protein mat der Entwécklung vun Hoer follicle soll, hu bewisen gouf zu erhéijen overexpressed gin. Zum Beispill, ënnerscheet den Niveau vum Ausdrock vun der S100A3 Proteinen Ofstand zu der astrocytic entholl Otemschwieregkeeten par rapport zu der entholl Typen an hierer [19]. Déi heiteg Aarbecht fir d'éischte Kéier confirméiert, datt S100A3 zu gastric Kriibs upregulated war an der aarm dat an héich TNM Etapp vun gastric Kriibs Zellen assoziéiert. Allerdéngs waren d'Roll vun S100A3 an dat an Werdegang vun gastric Kriibs weider ënnersicht ginn. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung Eis Aarbecht ugeholl, datt am silico Analyse ass eng valabel Strategie fir differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs entdecken, an S100A3 war eng Roman overexpressed Gentherapie zu gastric Kriibs Zellen a kënnen eng wichteg Roll an der dat an Werdegang vun gastric Kriibs Leeschtung. VerfÜgung Notes VerfÜgung Ji Liu, Xue Li, Guang-Long Dong matgehollef gläich un dëser Aarbecht. VerfÜgung Croix
Salbei: VerfÜgung Serial Analys vum Gene Expression
EST: VerfÜgung deelgeholl liichtkraaftarm Tag
CGAP:
Cancer Genom Anatomie Project
Geo: VerfÜgung Gene Expression Omnibus
RT-Hinnen alleguer: VerfÜgung Transkriptioun Polymerase Kettereaktioun Réckproduktioun .
Deklaratioune VerfÜgung Merci VerfÜgung Dës Aarbecht vun der National Natural Science Foundation of China (Grant Nr 30670970) ënnerstëtzt huet. Mir sinn dankbar fir Yanglin Pan fir excellent Guide an de Prozess vun Experimenter. VerfÜgung Wettsträit Interessen VerfÜgung D'Auteuren erklären, datt se keng Competitioun Interessen hunn. VerfÜgung

• Methylenetetrahydrofolate reductase C677T polymorphism zu Patiente mat gastric an colorectal Kriibs an engem Koreanesch population
• Liewensqualitéit vun de Patiente mat gastric Kriibs: Iwwersetzung an psychometric Evaluatioun vun der iranescher Versioun vun EORTC QLQ-STO22