I silico analyse og verifisering av S100 genuttrykk i mage cancer

i silico
analyse og verifisering av S100 genuttrykk i magekreft
Abstract
Bakgrunn
S100 protein serien inneholder 22 medlemmer som protein sekvenser omfatte på minst en EF-hånd Ca 2 + bindende motiv. De var involvert i regulering av en rekke cellulære prosesser som cellesyklusutvikling og differensiering. Men uttrykket status for S100 familiemedlemmer i magekreft ble ikke kjent ennå.
Metoder
Kombinert med analyse av en serie analyse av genuttrykk, virtuelle Northern blot og microarray data, uttrykket nivåer av S100 familiemedlemmer i normal og maligne mage vev ble systematisk undersøkt. Ekspresjon av S100A3 ble ytterligere evaluert ved kvantitativ RT-PCR.
Resultater
Minst 5 S100 gener ble funnet å være oppregulert ved gastrisk ning ved in silico-analyse. Blant dem, fire gener, inkludert S100A2, S100A4, S100A7 og S100A10, ble rapportert å overexpressed i magekreft tidligere. Uttrykket av S100A3 i åtti pasienter med magekreft ble videre undersøkt. Resultatene viste at de midlere ekspresjonsnivåer av S100A3 i magekreft vev var 2,5 ganger så høy som i tilstøtende ikke-tumorvevet. S100A3 uttrykk var korrelert med tumor differensiering og TNM (Tumor-Node-metastase) stadium av magekreft, som ble relativt sterkt uttrykt i dårlig differensierte og avansert ventrikkelcancer vev (P
< 0,05).
Konklusjon
Så vidt vi vet er dette den første rapporten om systematisk evaluering av S100 genekspresjon i mage kreft av flere i silico analyse. Resultatene indikerte at overekspresjon av S100 genet familiemedlemmer var karakteristikker av mage kreft og S100A3 kan spille viktige roller i differensiering og progresjon av magekreft.
Bakgrunn
Magekreft er den nest vanligste årsaken til kreftdødsfall på verdensbasis. Miljømessige og genetiske faktorer er både viktig i mage karsinogenese [1, 2]. I de siste to tiårene, har mye fremgang har blitt gjort for å identifisere gener som er involvert i utviklingen av magekreft. Disse identifiserte gener er nyttig for å forstå patogenesen av magekreft og definere dets molekyl signatur. De kan også tjene som biomarkører for tidlig diagnose og mål for legemiddelutvikling.
Nylig analyser storskala genekspresjon har dukket opp som viktige verktøy for screening gener relatert til kreft [3]. De to eksperimentelle teknologier tilgjengelig for storskala genekspresjonsanalyser er: 1) DNA-sekvensering-baserte serie analyse av genuttrykk (SAGE) og uttrykte sekvens tag (EST) tilnærminger og 2) dot-blot basert microarray analyse. Det er etablert flere bioinformatikk infrastruktur for å kompilere data fra disse teknikkene. Blant dem, Kreft Genome Anatomy Project (CGAP) og Gene Expression Omnibus (GEO) er to viktige nettverk [4, 5]. Tidligere anvendelser av data mining hjelp CGAP og GEO ressurs har ført til identifisering av flere roman eller kjente kreftrelaterte gener [6, 7].
S100 protein serien inneholder 22 medlemmer som protein sekvenser omfatte minst ett EF-hånd Ca2 + bindingsmotiv [8]. S100 proteiner er lokalisert i cytoplasma og /eller kjernen av et bredt spekter av celler, og er involvert i regulering av en rekke cellulære prosesser som cellesyklusutvikling og differensiering. Sytten S100 familiemedlemmer er plassert som en klynge på kromosom 1q21-22, en region ofte omorganisert i flere svulster. I tillegg har molekylær analyse viste at flere S100S, inkludert S100A2, S100A4, S100A7 og S100A10, oppviser endret uttrykk nivåer i magekreft [9, 10]. Så det er interessant å systematisk undersøke uttrykket av andre medlemmer av S100 familie i normale og mage kreft vev.
I denne studien benyttet vi de databaser og analytiske tilnærminger som er tilgjengelige fra Gene Expression Omnibus og Cancer Genome Anatomy prosjekt for å systematisk analysere ekspresjonen av 22 S100 gener i normale og kreftmage vev. De uavhengige SAGE og microarray datasettene ble screenet for S100 genuttrykksmønster. Vi gitt bevis for at minst fem S100 gener ble oppregulert i magekreft og videre eksperimentelt verifisert oppregulering av S100A3 av kvantitativ RT-PCR.
Metoder
SAGE analyse
SAGE måler antall koder som representerer transkripsjons produkter av et gen. Dataene produseres av SAGE-teknologi er en liste over koder med tilhørende telleverdier. Alle offentlig tilgjengelige SAGE data innsamlet i GEO nettside oppe til januar 2008 ble brukt for analyse av S100 genuttrykk. Begge NlaIII og Sau3A koder fra SAGEmap http:.... //Www NCBI NLM nih gov /SAGE /ble kartlagt til UniGene klynger http:... //Www NCBI NLM nih . gov /UniGene /. Den pålitelige UniGene klynger tilpasset S100 koder ble vedtatt. Disse sekvens kodene ble så brukt til å bestemme nivået av uttrykk av 22 S100 gener i 2 normal og 8 magekreft biblioteker. En liste over de kodene som brukes til analyse ble gitt i Tabell 1 og detaljert informasjon om disse bibliotekene er tilgjengelige fra GEO nettstedet. Analysene ble utført ved å sammenligne gjennomsnittlig antall S100 koder i biblioteker av normal slimhinne med det i biblioteker av magekreft. Forskjellen på > 3 ganger endring vil bli betraktet som positive.Table en SAGE analyse av S100 gener uttrykk i normale og magekreft bibliotekene
Gene navn

Unigene klynge
SAGE tag
Normal (TPM *)
Cancer (tpm*)

S100A2
516484
GATCTCTTGG
0.0
98.1
S100A3
433168
TCTCCCACAC
0.0
2.8
S100A4
81256
ATGTGTAACG
0.0
207.8
S100A6
275243
CCCCCTGGAT
245.9
865.9
S100A7
112408
GAGCAGCGCC
0.0
143.8
S100A8
416073
TACCTGCAGA
0.0
549.2
S100A9
112405
GTGGCCACGG
0.0
637.0
S100A10
143873
AGCAGATCAG
263.6
1890.5
S100A12
19413
GATTTTTAAA
0.0
13.9
S100A16
515714
AGCAGGAGCA
0.0
130.6
Bare S100S som viser positive treff er vist i denne tabellen. * Tags per million;
Virtual Nord
I CGAP database, gjør virtuelle Northern blot analyse forskere å vise uttrykk for et bestemt gen i alle EST og SAGE biblioteker [4]. Gjennom Gene Finder verktøyet http:... //CGAP NCI nih gov /Gener /GeneFinder, noen organisert informasjon om et bestemt gen kan finnes ved å spørre enten den unike genet identifikator eller et nøkkelord. Inkludert i den tilgjengelige informasjonen er EST og SAGE vNorthern uttrykksmønsteret til alle tilgjengelige biblioteker klassifisert i henhold til deres vev opprinnelse. Vismannen data innsamlet i CGAP inkluderer 5 vev biblioteker og 2 xenograft biblioteker av magekreft, samt 3 normale biblioteker av magen, som var delvis forskjellig fra den som samlet inn i GEO nevnt ovenfor. S100 gener hvis uttrykk i EST og SAGE biblioteker av magekreft var både > 3 kaster så mye som de i normal mage ble betegnet som positive
Microarray analyse
I dag, fem microarray datasett (tabell 2) som inneholder. data fra normale og mage kreft vev var tilgjengelig i GEO nettstedet http: //www. NCBI NLM nih gov /prosjekter /geo /.... Datasettet GSE2669, GSE2701 og GSE3438 bidratt med Boussioutas A [11], Chen X [12] og Kim S [13] henholdsvis ble valgt for å gjennomføre microarray analyse fordi disse tre datasettene inneholdt relativt flere tilfeller av normal og magekreft (10 normale og 64 kreft for Boussioutas A et al; 22 normale enere og 90 kreftformer for Chen X, 50 normale enere og 50 kreftformer for Kim S). Flere detaljer om prøvene og microarray analyse kan bli funnet fra GEO nettstedet. Forskjellen ble betraktet som signifikant når p
< 0,05. S100 gener hvis uttrykk ble både høyt i tre grupper av magekreft vev ble betegnet som positive ones.Table 2 Microarray datasett av magekreft samlet i Gene Expression Omnibus nettside.

Cases
Array
Spot
Leverandør


Normal
Cancer



GSE2637
3
55
cDNA
13 k /17 K
Aggarwal A et al
GSE2685
8
22
oligo- nucleotide product: ~ 7,2 K
Hippo Y et al
GSE2669
10
64
cDNA product: ~ 7,4 K
Boussioutas A et al
GSE2701 22
90
cDNA
44 K
Chen X et al
GSE3438 50
50
cDNA
14 K
Kim S et al
Tissue Collection
Åtti pasienter med magekreft som ble operert i vårt sykehus fra september 2004 til mars 2007 ble inkludert i denne studien. Den resekterte tumor og tilstøtende eksemplarer ikke-tumorøse vev ble umiddelbart frosset i flytende nitrogen og holdt ved 70 ° C inntil RNA-ekstraksjon. Diagnosen både magekreft og normal mageslimhinnen ble klinisk og patologisk bevist. Pasientens kjønn, alder, tumorstørrelse, TNM stadium, dybden av vegg invasjon, mikroskopisk subtype, og status av lymfeknutemetastase ble oppnådd fra kirurgiske og patologiske poster. Protokollene som brukes i denne studien ble godkjent av sykehusets beskyttelse av menneske fag komiteen. Pasienter som tilbyr fersk kirurgisk vev for studien signert informert samtykke Kvantitativ RT-PCR
.
Total RNA (mRNA) ble hentet fra magekreft og tilstøtende ikke-tumorvevet i henhold til produsentens anbefalinger fra TRIzol reagens (Invitrogen, Carlsbad , CA). 1 ug prøve av total RNA ble revers transkribert til komplementært DNA (cDNA) med oligo (dT) primere. Sanse og antisensprimere for S100A3 ble utformet i henhold til mRNA sekvens (GenBank tiltredelse antall NM_002960.1). Vi brukte forsterket PCR-fragmenter som spenner over ulike eksoner å hindre oppformering av forurenset genomisk DNA. Den følelse primeren var 5'-GACCATCTGGTTCAGGTTCC-3 'og antisense-primeren var 5'-ACATTCCCGAAACTCAGTCG-3'. PCR-produktene ble 200 bp i størrelse. Husholdningsgenet GAPDH ble anvendt som en intern kontroll. Den følelse primeren var 5'-CCAGGTGGTCTCCTCTGACTT-3 'og antisense-primeren var 5'-GTTGCTGTAGCCAAATTCGTTGT-3'. PCR-produktene ble 130 bp i størrelse.
Standardkurve ble fremstilt ved å måle krysningspunktet for hver standard verdi (6-ganger seriefortynnet cDNAs i hjertemuskelen, hvor innholdet av S100A3 var relativt rikelig) og plotting dem mot den logaritmiske verdi av de konsentrasjoner. Standardkurven prøvene ble inkludert i hvert forsøk. Kvantitativ real-time RT-PCR ble utført ved hjelp av en ABI PRISM 7000 sekvens deteksjonssystem (Applied Biosystems, Foster City, California). RT-PCR ble utført i et totalt volum på 30 ul. Reaksjonsblandingen inkludert 1 x buffer, 200 mikromol /l deoksy-ribonukleosidtrifosfater (dNTP) (Invitrogen), 0,3 mikromol /L av fornuft og antisensprimere, en U av Takara ExTaq Hotstart Taq (Takara Biotechnology), 0,6 mL av 5 karboksy-x-rhodamin (ROX) referanse fargestoff, og 2 pl av cDNA. PCR-syklus som er involvert 2 minutter ved 95 ° C, etterfulgt av 40 forsterknings sykluser med denaturering ved 94 ° C i 30 sekunder, annealing ved 58 ° C (for deteksjon av GAPDH) eller 55 ° C (for deteksjon av S100A3) i 30 sekunder, og forlengelse ved 72 ° C i 1 minutt. Den relative mengdebestemmelse av både S100A3 og GAPDH ble bestemt ved den komparative CT (termisk syklus) -metoden. Verdiene av S100A3 mRNA-ekspresjon ble normalisert i henhold til ekspresjon av GAPDH. Hvert forsøk ble gjentatt tre ganger for å bekrefte resultatene, og forholdet mellom mRNA-ekspresjon verdi av magekreft vev til tilstøtende ikke-tumorøse vev ble anvendt for etterfølgende analyse.
Statistisk analyse
For kontinuerlige variabler, ble dataene uttrykt som middel +/- SD. Expression data av S100 gener i microarray datasettene ble hentet og forskjellene i uttrykket nivåer mellom normale og mage kreft vev ble bestemt av student t-test. Sammenhengen mellom relative uttrykk prosenter av S100A3 og kliniske egenskaper ble analysert ved Mann-Whitney test. Alle data ble analysert ved bruk av SPSS11.0 programvarepakke (SPSS, Chicago, USA) og forskjellen ble betraktet signifikant når p < 0.05.
Resultater
1. SAGE og virtuelle Northern blot analyse av S100 gener uttrykk i magekreft
Det er 2 SAGE biblioteker av normal mageslimhinnen og 8 SAGE biblioteker av magekreft vev tilgjengelige i GEO hjemmeside (GSE545 og GSE14). Disse bibliotekene ble gitt av to forskjellige laboratorier [14, 15]. Den pålitelige tags på 20 S100 gener ble hentet fra SAGEmap nettside og brukes til å søke i SAGE data. 10 gener ble funnet å være sterkt uttrykt i magekreft vev i henhold til kriteriene for innstillings > 3-ganger forskjell (tabell 1). I disse 10 gener, kunne bare S100A6 og S100A10 være synlig i normale mageslimhinnen vev, som også hadde topp gjennomsnittlig tetthet i magekreft (865,9 TPM og 1890,5 TPM henholdsvis). De andre 8 gener, inkludert S100A2, S100A3, S100A4, S100A7, S100A8, S100A9, S100A12 og S100A16, hadde forskjellig gjennomsnittlig tetthet fra 2,8 rpm til 637,0 TPM, men ingen av dem ble uttrykt i normale mageslimhinnen vev. Ingen signifikant forskjell i ekspresjonen mellom normale og cancerøse vev kan bli funnet på S100A11, S100A14 og S100P (data ikke vist). Vi så brukt virtuelle Northern blot for å analysere ekspresjon av S100 gener (tabell 3). Seks gener ble bekreftet å være oppregulert i mage kreft vev. Den positive S100A6, S100A8 og S100A16 identifisert av SAGE analyse ble vist å ha noen signifikant forskjell i uttrykk mellom normale og magekreft bibliotekene når gjennomføre EST virtuell Northern Blot. S100A13, ikke påvises i SAGE bibliotekene, ble vist å være sterkt uttrykt i mage kreft vev ved EST virtuelle Northern blot. S100A3 og S100A12 kunne ikke bli oppdaget av virtuelle Northern blot.Table tre Virtual Northern blot analyse av S100 gener uttrykk i normale og magekreft bibliotekene

EST tags (TPM *)
SAGE tags (TPM *)

Normal

Cancer

Normal

Cancer

S100A2
0.0
25.9
0.0
200.5
S100A3
0.0
0.0
0.0
0.0
S100A4
52.3
293.7
0.0
168.4
S100A7
0.0
0.0
0.0
304.8
S100A9
0.0
8.6
0.0
1339.4
S100A10
0.0
181.4
272.3
1483.7
S100A12
0
0
0
0
S100A13
0.0
43.2
0.0
0.0
Bare S100S som viser positive treff er vist i denne tabellen. * Tags per million;
2. Microarray analyse av S100 gener uttrykk i magekreft
Microarray analyse ble gjennomført for å ytterligere bekrefte overekspresjon av S100 gener i magekreft. 8, 11 og 7 S100 gener kunne bli funnet i GSE2669, GSE2701 og GSE3438 datasett (Tabell 4). Både S100A2 og S100A10 genene ble vist å være oppregulert i magekreft av alle tre datasett. S100A3 ble vist å være overuttrykt i magekreft av datasett GSE2669 og GSE2701, som ikke fantes i datasettet GSE3438. S100A4, S100A6 og S100A7 ble vist å være oppregulert i magekreft i bare ett datasett men ikke eksisterte i de to andre datasett. Imidlertid ekspresjon av S100A8 og S100A9 hadde ingen signifikant forskjell mellom normale og cancervev i datasettet GSE2701. Differensial uttrykk tendens S100A12 i GSE2701 var i strid med det av SAGE analyse (tabell 1) .table 4 Microarray analyse av S100 gener uttrykk i normale og mage kreft vev

GSE3438
GSE2669
GSE2701

Normal *
Kreft *
p
Normal *
Kreft *
p

Normal *
Kreft *
P


S100A2
-0.22
0.00
0.00
1.03
1.35
0.01
-0.95
-0.36
0.00
S100A3
#
#
#
0.84
1.55
0.03
-0.14
0.05
0.03
S100A4
-0.23
0.30
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A6
-0.43
0.27
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A7
#
#
#
#
#
#
-1.00
-0.35
0.00
S100A8
#
#
#
0.32
0.69
0.01
0.66
0.70
0.81
S100A9
#
#
#
1.25
3.48
0.00
0.42
0.79
0.13
S100A10
-0.50
0.42
0.00
0.46
1.36
0.00
0.19
1.22
0.00
S100A12
#
#
#
#
#
#
0.50
0.21
0.01
Bare S100S som viser positive kamper vises i tabellen. * data hentet fra microarray datasett; # data finnes ikke i datasettet.
Til sammen ble 5 gener vist å være sterkt uttrykt i magekreft ved alle tre i silikoaluminofosfater analyse tilnærminger. De var S100A2, S100A3, S100A4, S100A7 og S100A10. Blant disse 5 gener, S100A3 var den eneste som ennå ikke var rapportert å være knyttet til magekreft tidligere. Neste vi evaluert uttrykk for S100A3 i mage kreft vev ved kvantitativ RT-PCR.
3. Verifikasjon av S100A3 overekspresjon i magekreft ved kvantitativ RT-PCR
For å undersøke om S100A3 ble overuttrykt i magekreft, vi undersøkte mRNA-ekspresjon av S100A3 i magekreft vev og tilsvarende tilstøtende ikke-tumorøse vev hos 80 pasienter med kvantitativ RT-PCR. Den forholdsvis bety Ekspresjonsnivået av S100A3 i magekreft var 2,52 ± 1,45 i forhold til tilstøtende ikke-tumorøse vev (p
= 0,01). Korrelasjoner av S100A3 mRNA uttrykk med de kliniske funksjonene ble videre analysert. Resultatene viste at S100A3 mRNA uttrykk ikke korrelert med kjønn, alder, tumorstørrelse, dybde på veggen invasjon, mikroskopiske undertyper eller lymfeknutemetastase med en statistikk p > 0,05 i hver parameter (tabell 5). Men vi fant at uttrykket av S100A3 mRNA var korrelert med tumor differensiering og Tumor-Node-Metastase scenen. De S100A3 uttrykk nivåer i brønn og moderat differensiert tumorvev var både betydelig lavere enn i dårlig differensierte de (p
< 0,05). S100A3 ekspresjon i TNM stadium I og II var også lavere enn det i trinn III og IV (p
= 0,04). Alle disse data viste at S100A3 ble overuttrykt i magekreft prøver og kan være relatert til differensiering og utvikling av gastrisk cancer.Table 5 Korrelasjon av S100A3 mRNA-ekspresjon med clinicalpathological parametere hos pasienter med gastrisk karsinom.
Variabel
mRNA uttrykk
P

Antall

N /T > 4
N /T 2-4
N /T 1-2
N /T < 1


Kjønn
Mann fra 61
11
34
9
8
0,17
Kvinne
19
3
5
8
2
Age (y)
< 65
54
10
31
6
7
0,08
> 65
26
4
8
11
3
Tumor differensiering
Well1
3
0
0
1
2
0.22a
Moderate2
33
8
7
12
6
0.03b
Poor3
44
6
32
4
2
0.01c
Tumor størrelse (cm)
< 5,0
41
6
23
5
7
0,96
> 5,0
39
8
16
12
3
Dybde på veggen invasjon
slimhinner, submucosa1
6
2
1 2
1 0.45a
muskularis propria2
18
6
8
4
0
0.33b
Subserosa, serosa3
56
10
34
6
6
0.72c
Stage
I + II
19
2
7
5
5
0,04
III + IV
61
12
32
12
5
Mikroskopiske subtyper
Intestinal1
57
10
29
11
7
0.87a
Diffuse2
18
4
8
4
2
0.26b
Atypical3
5
0
2
2
1
0.21c
Lymfeknutemetastase
Ja
64
11
35
11
7
0,16
Ingen
16
3
4
6
3
aP
: 1 VS
2; BP
: 2 VS
3; cP
: 1 VS
3.
Diskusjon
Selv S100 familiemedlemmer har en felles struktur og er i hovedsak lokalisert i en bestemt region av kromosom 1, de alle har svært unike uttrykk mønstre i normal eller patologisk vev. Vi undersøkte systematisk uttrykk for S100 familiemedlemmer i mage kreft vev ved å kombinere analyse av SAGE, virtuelle Northern blot og microarray data. Det har blitt rapportert at tverr hybridiserings feil kan skje i mikromatriseanalyse når sekvenslikhet overstiger 75%. Imidlertid mRNA sekvenslikhet av S100 familiemedlemmer var 4% -67%, slik at muligheten for kryss-hybridisering av S100 gener på alle de tre brikker analysert i denne studien vil være forholdsvis liten. Videre ble både SAGE teknologi og EST virtuell Northern blot basert på DNA-sekvensering og ble antatt å være pålitelige metoder i genuttrykk evaluering. Kombinere flere database og analytiske tilnærminger som er nevnt ovenfor, vil muligheten for gjenstander bli sterkt redusert. I denne studien ble det 5 S100 gener vist å være oppregulert i magekreft ved å kombinere analyse, hvorav 4 gener ble rapportert tidligere, indikerer gyldighet i silico analyse strategi vi brukte i dette arbeidet, og muligens viktig rolle S100 gener utvikling og progresjon av magekreft.
i de senere år har mange S100 familiemedlemmer har vist seg å være forskjellig regulert i ulike kreftformer. Selv om virkningsmekanismer av S100S og de funksjonelle konsekvensene av deres endret uttrykk forble ikke bestemt, har flere studier vist at overekspresjon av S100 proteiner viser gode kliniske implikasjoner for diagnose og iscenesettelse av humane tumorer, samt for prediksjon av prognose.
Det har blitt rapportert at S100A2 ble sterkt uttrykt i ikke-småcellet lungekreft, spiserørs plateepitelkarsinom, laryngeal plateepitelkarsinom, eggstokkene serøs papillær karsinom, samt magekreft. S100A2 ble også vist seg å være en prediktor for fjernmetastaser og overlevelse i tidlig stadium ikke-småcellet lungekreft [16]. S100A4 ble funnet å være overuttrykt i blærekreft, og kan serveres som en prediktor for tumorprogresjon [17]. Mange studier har vist at S100A7 hadde en økt ekspresjon i brystkreft. Overekspresjon av S100A7 var relatert til høyere TNM stadier av brystkreft og østrogen reseptor-negative invasiv brystkreft, ble S100A7 uttrykk assosiert med dårlig utfall [18]. S100A7 overekspresjon var også assosiert med økt malignitet av brystkreft, som kan forekomme ved stimulering av Jab1 aktivitet. I tillegg ble S100A10 identifisert som en oppregulert gen i squamous ikke-småcellet lungekreft og spiserørs plateepitelkarsinom ved mikromatriser. Alle disse 4 S100 genene ble også vist å være upregulaetd i gastriske cancere tidligere [9, 10], som ble ytterligere bekreftet i foreliggende arbeid.
S100 gener kan bli nedregulert i noen andre kreftformer. For eksempel ble S100A6 ydmyk uttrykt i prostatakreft, som kan være relatert til arrangøren hypermethylation av S100A6. Et annet eksempel er S100A2. Den hadde en redusert uttrykk i prostata og kreft i munnhulen og ble sett på som en potensiell tumor suppressor. S100A2 kan samhandle med C endestasjonen p53 og deretter øke transkripsjonen aktivitet av p53. Denne cellesyklusavhengige p53-S100A2 interaksjon kan megle hemme effekten av S100A2 på kreft. Disse resultatene antydet at S100 gener kan spille forskjellige roller under utvikling av ulike kreftformer.
S100A3, et protein korrelert med utviklingen av hårsekken, hadde vist seg å være overuttrykt i svulster. For eksempel, nivåene av ekspresjon av proteiner S100A3 skilte seg vesentlig i astrocytic tumorvevet i forhold til tumortyper og kvaliteter [19]. Dette arbeidet bekreftet for første gang at S100A3 ble oppregulert i magekreft og forbundet med dårlig differensiering og høyere TNM stadium av magekreftceller. Men rollen som S100A3 i differensiering og progresjon av magekreft som trengs for å bli undersøkt videre.
Konklusjon
Vårt arbeid antydet at i silico analyse er en gyldig strategi for å oppdage differensielt uttrykte gener i magekreft, og S100A3 var en roman overexpressed genet i mage kreftceller og kan spille en viktig rolle under differensiering og progresjon av magekreft.
Merknader
Ji Liu, Xue Li, Guang-Long Dong bidratt likt til dette arbeidet.
Forkortelser
SAGE:
Serial analyse av genuttrykk
EST:
Uttrykt Sequence Tag
CGAP:
Cancer Genome Anatomy Prosjekt
GEO:
Gene Expression Omnibus
RT-PCR:
revers transkripsjon Polymerase Chain Reaction .
Erklæringer
Takk
Dette arbeidet ble støttet av Natural Science Foundation National of China (Grant nr 30670970). Vi er takknemlige for Yanglin Pan for utmerket guide i ferd med forsøket.
Konkurrerende interesser
Forfatterne hevder at de ikke har noen konkurrerende interesser.

• Metylentetrahydrofolat reduktase C677T polymorfisme hos pasienter med mage-og tykktarmskreft i en koreansk befolkning
• Livskvalitet hos pasienter med magekreft: oversettelse og psykometrisk evaluering av den iranske versjonen av EORTC QLQ-STO22