In silico analizė ir patikrinimas S100 genų ekspresiją skrandžio cancer

in silico pervežimas analizė ir patikrinimas S100 genų ekspresiją skrandžio vėžio pervežimas tezės
Background Viesbutis The S100 baltymų šeimos sudaro 22 nariai, kurių baltymų sekas apima ne bent vienas "EF-ranka Ca 2 + privalomas motyvas. Jos buvo įtrauktos į iš ląstelinių procesų skaičius reglamento, pavyzdžiui, ląstelių ciklo progresavimo ir diferenciacijos. Tačiau pasakymas statusas S100 šeimos nariams skrandžio vėžio buvo dar nežinomas.
Metodai
Kartu su analizės serijos analizę genų ekspresiją, virtualus Šiaurės blot ir microarray duomenų pasakymas lygių S100 šeimos narių normalu ir piktybinių skrandžio audiniai buvo sistemingai tiriami. Iš S100A3 išraiška buvo toliau vertinami kiekybiniai AT-PGR.
Rezultatai
buvo rasta mažiausiai 5 S100 genai turi būti aktyvinama skrandžio lų iki in silico analizė. Tarp jų keturi genai, įskaitant S100A2, S100A4, S100A7 ir S100A10, buvo pranešta, kad ekspresija skrandžio vėžio anksčiau. toliau buvo nagrinėjama galimybė S100A3 išraiška aštuoniasdešimt pacientams skrandžio vėžio. Rezultatai parodė, kad vidutinis ekspresijos lygis S100A3 skrandžio vėžio audiniuose buvo 2,5 karto toks didelis, kaip gretimų ne-tumoro audiniuose. S100A3 išraiška koreliavo su naviko diferenciacijos ir TNM (Naviko limfmazgius, metastazės) etapo skrandžio vėžio, kuris buvo santykinai labai išreikštą blogai diferencijuotas ir išplitusiu skrandžio vėžiu, audinius (p
< 0,05).
Išvada
mūsų žiniomis, tai pirmasis pranešimas sistemingai vertinant S100 genų išraiškos skrandžio vėžio pakartotinu in silico analizė. Rezultatai parodė, kad padidėjusią S100 genų šeimos nariams buvo charakteristikos skrandžio vėžio ir S100A3 gali vaidina svarbų vaidmenį diferenciacijos ir progresavimo skrandžio vėžio.
Faktai
Skrandžio vėžys yra antra labiausiai paplitusi priežastis, dėl vėžio mirties visame pasaulyje. Aplinkos ir genetinių faktorių yra tiek svarbūs, tiek skrandžio kancerogenezėje [1, 2]. Per pastaruosius du dešimtmečius, didelė pažanga buvo padaryta nustatant genus skrandžio vėžio vystymąsi. Šių nustatytų genai yra naudinga suprasti skrandžio vėžio patogenezę ir apibrėžiant jos molekulinę parašą. Jie taip pat gali tarnauti kaip biologinių žymenų ankstyvos diagnostikos ir tikslus narkomanijos plėtrai.
Neseniai didelio masto genų ekspresijos analizės iškilo kaip svarbiausių priemonių patikros genus, susijusius su vėžiu [3]. Du eksperimentinės technologijos laisvų didelio masto genų ekspresijos analizės yra: 1) DNR sekos pagrindu serijos analizė genų ekspresiją (SAGE) ir išreiškė seka žymė (EST) metodų ir 2) DOT-dėmė remiantis mikrogardeliq analizė. buvo įkurta Keli bioinformatikos infrastruktūra rinkti duomenis, gautus iš šių metodų. Tarp jų, Vėžys genomo anatomija projektas (CGAP) ir genų ekspresijos Omnibus (GEO) yra du svarbūs tinklai [4, 5]. Ankstesnės programos duomenų kasybos naudojant GŪPR Geo išteklių galėjęs kelių romano ar žinomų vėžio susijusių genų identifikavimo [6, 7].
S100 baltymų šeimos sudaro 22 nariai, kurių baltymų sekas apima bent vieną EF-ranką Ca2 + privalomas motyvas [8]. S100 baltymai yra lokalizuota citoplazmoje ir /arba branduolio platų ląstelių, ir dalyvauja ląstelinių procesų skaičius reguliavimo, pavyzdžiui, ląstelės ciklo progresavimas ir diferenciaciją. Septyniolika S100 šeimos nariai yra kaip klasterio chromosomos 1q21-22, regionas dažnai pertvarkyti kelių navikų. Be to, molekulinė analizė parodė, kad kelių S100s, įskaitant S100A2, S100A4, S100A7 ir S100A10, parodų pakeisti ekspresijos lygį skrandžio vėžio [9, 10]. Taigi įdomu sistemingai tirti kitus narius S100 šeimos normaliomis ir skrandžio vėžio audiniuose išraišką.
Šiame tyrime mes naudojamas duomenų bazes ir analizės metodus laisvų nuo genų ekspresijos Omnibus ir vėžio genomo anatomija Project sistemiškai analizuoti 22 S100 genų ekspresija normaliomis ir vėžinių skrandžio audinius. Nepriklausomi šalavijas ir mikrogardeliq duomenų rinkiniai buvo tikrinami dėl S100 genų išraiškos būdus. Mes pateikė įrodymų, kad bent penki S100 genai buvo aktyvinama skrandžio vėžio ir toliau eksperimentiškai patikrintas, S100A3 ląstelę kiekybinė RT-PGR.
Metodai
SAGE analizė
SAGE matuoja žymeles skaičių, kad atstovauti transkripcijos produktai, geno. Gaminamos SAGE technologijų duomenų yra žymės savo atitinkamų skaičiavimo verčių sąrašas. Visi surinkti GEO svetainės iki 2008 sausio viešai prieinamas SAGE duomenys buvo naudojami analizei S100 genų ekspresiją. Abu NlaIII ir Sau3A žodžius iš SAGEmap http:.... //Www ncbi NLM NIH valst /SAGE /buvo priskirta prie UniGene grupių http:... //Www ncbi NLM NIH . valst /UniGene /. buvo priimti patikimus UniGene klasteriai suderintos su S100 žymes. tada šie seka žymės buvo naudojami siekiant nustatyti raiškos 22 S100 genų lygiai 2 normalu ir 8 skrandžio vėžio bibliotekose. Iš žymės naudojamų analizės sąrašas buvo pateiktas 1 lentelėje ir išsami informacija apie šias bibliotekas galima rasti GEO svetainėje. Analizės buvo atliktas lyginant vidutinį skaičių S100 esančių žymų bibliotekų normalaus gleivinių, kad bibliotekų skrandžio vėžio. Skirtumas > 3 kartus pokytis bus laikomas positive.Table 1 SAGE analizės S100 genų raiškos normaliomis ir skrandžio vėžio bibliotekų
Genų vardas

Unigene klasteris
SAGE tag

Normal (TPM *)
Vėžys (tpm*)

S100A2
516484
GATCTCTTGG
0.0
98.1
S100A3
433168
TCTCCCACAC
0.0
2.8
S100A4
81256
ATGTGTAACG
0.0
207.8
S100A6
275243
CCCCCTGGAT
245.9
865.9
S100A7
112408
GAGCAGCGCC
0.0
143.8
S100A8
416073
TACCTGCAGA
0.0
549.2
S100A9
112405
GTGGCCACGG
0.0
637.0
S100A10
143873
AGCAGATCAG
263.6
1890.5
S100A12
19413
GATTTTTAAA
0.0
13.9
S100A16
515714
AGCAGGAGCA
0.0
130.6
Tik S100s kad parodyti teigiamus rungtynes ​​rodomi šioje lentelėje. * Žymos milijonui;
Virtualus Šiaurės
Į GŪPR duomenų bazės, virtualus Šiaurės dėmė analizė suteikia galimybę mokslininkams peržiūrėti konkretaus geno ekspresiją visų EST ir šalavijas bibliotekose [4]. Per Genų Finder įrankių http:... //CGAP NVI NIH valst /genų /GeneFinder, kai organizuota Informacija apie tam tikrą geno galima rasti užklausų arba unikalų genų identifikatorių arba raktinį žodį. Įtraukti į turimą informaciją yra EST ir šalavijas vNorthern Išsiskiriantis modeliai visoje visų turimų bibliotekų klasifikuojami pagal jų audinių kilmę. Surinktus duomenis, CGAP SAGE duomenys apima 5 audinių bibliotekas ir 2 svetimo transplantanto bibliotekas skrandžio vėžio, taip pat 3 normalius bibliotekas skrandžio, kuri iš dalies buvo skiriasi nuo, kad surinkti minėta GEO. S100 genai, kurių raiška EST ir šalavijas bibliotekų skrandžio vėžio buvo ir > 3 nuleidžiamas kiek tie normaliai skrandžio buvo paskirtas teigiamus
mikrogardeliq analizė
Šiuo metu, penki mikrogardeliq duomenų rinkiniai (2 lentelė), kurių sudėtyje. duomenys nuo normalių ir skrandžio vėžio audiniuose buvo prieinama GEO tinklalapyje http:. //www ncbi NLM NIH valst /projektai /GEO /.... Duomenų rinkinys GSE2669, GSE2701 ir GSE3438 prisidėjo Boussioutas A [11], Chen X [12] ir Kim S [13] atitinkamai buvo pasirinkta atlikti mikrogardeliq analizę, nes šie trys rinkiniai pateikiama gana daugiau atvejų normaliai ir skrandžio vėžio (10 normalus tie ir 64 vėžio dėl Boussioutas A et al; 22 normalus tie ir 90 vėžys Chen X; 50 normalus tie ir 50 vėžys Kim S). Daugiau informacijos apie mėginių ir mikrogardeliq analizę galima rasti GEO svetainėje. Skirtumas buvo laikomas reikšmingu, kai p
< 0,05. S100 genai, kurių raiška buvo tiek labai į tris grupes skrandžio vėžio audiniuose buvo paskirtas teigiamų ones.Table 2 mikrogardeliq rinkinių skrandžio vėžio surinktų genų ekspresijos Omnibus svetainėje.

bylose
masyvas
vietoje
Tiekėjas


Normalus
vėžio



GSE2637
3
55
kDNR
13 K /17 K
Aggarwal kt
GSE2685
8
22
oligo- nukleotidų
~ 7,2 K
Hippo Y ir kt
GSE2669
10
64
kDNR
~ 7.4 K
Boussioutas A et al
GSE2701
22
90
kDNR
44 K
Chen X et al
GSE3438
50
50
kDNR
14 K
Kim S et al
Audinių kolekcija
Aštuoniasdešimt pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu, kuris buvo atliktas operacija mūsų ligoninėje nuo rugsėjo 2004 kovo 2007 buvo įtraukti į šį tyrimą. Rezekcijos naviko ir gretimuose ne-navikinio audinio mėginiai buvo nedelsiant užšaldomos skystame azoto ir saugomi 70 ° C temperatūroje, kol RNR ekstrakcijos. Tiek skrandžio vėžio ir normalus skrandžio gleivinės diagnozė kliniškai ir patologiškai įrodyta. Paciento lytis, amžius, naviko dydis, TNM stadija, gylis sienos invazijos, mikroskopiniai potipio, ir statuso limfmazgių metastazių buvo gauti iš chirurginių ir patologinių įrašų. Naudojami šiame tyrime protokolai buvo patvirtintas ligoninės apsaugoti žmogaus dalykai komitetas. Pacientai suteikia naują chirurginį audinius tyrimo pasirašė informuoto sutikimo.
KIEKYBINĖ AT-PGR
viso RNR (iRNR) buvo išgauti iš skrandžio vėžio ir gretimų ne tumoro audinių pagal gamintojo rekomendacijas TRIzol reagento (Invitrogen, Carlsbad , CA). 1 mikrogramų pavyzdys visos RNR buvo atvirkštinis transkripcija į papildomą DNR (kDNR) su oligo (dT) pradmenis. Ta prasme ir antiprasmq gruntai S100A3 buvo sukurta pagal iRNR sekos (GenBank prisijungimas skaičius NM_002960.1). Naudojome papildyta PGR fragmentai apimanti skirtingas egzonų išvengti amplifikacija užteršto genomo DNR. Ta prasme, gruntas buvo 5'-GACCATCTGGTTCAGGTTCC-3 'ir priešprasminis gruntas buvo 5'-ACATTCCCGAAACTCAGTCG-3'. PGR produktai buvo 200 bp dydžio. Į namų ūkį genas GAPDH buvo naudojamas kaip vidaus kontrolės. Ta prasme, gruntas buvo 5'-CCAGGTGGTCTCCTCTGACTT-3 'ir priešprasminis gruntas buvo 5'-GTTGCTGTAGCCAAATTCGTTGT-3'. PGR produktai buvo 130 bp dydžio.
Standartinė kreivė buvo pagamintas matuojant kirtimo punktas, ir kiekvieno etaloninio vertės (6 kartus serijiniu, praskiestus cDNR širdies raumens,, kurioje S100A3 turinys buvo palyginti gausiai) ir braižymo juos nuo logaritminė vertės koncentracijos. Standartinė kreivė mėginiai buvo įtraukta į kiekvieną perspektyvoje. Kiekybinis realaus laiko PGR buvo atliekama naudojant ABI PRISM 7000 seka aptikimo sistemą (Applied Biosystems, Foster City, Kalifornija). RT-PGR buvo atliktas, kad bendras tūris 30 pL. Reakcijos mišinys Included 1 x buferio, iš deoksi-ribonucleoside trifosfatai 200 mikromoliai /l (dNTP) (Invitrogen), 0,3 mikromoliai /l jausmą ir priešprasmės gruntai, 1 U Takara ExTaq Hotstart Taq (TAKARA Biotechnologijos), 0,6 įxL 5 -karboksis-x-Rodamininių (ROX) nuoroda dažų ir 2 pL kDNR. PCR ciklas dalyvauja 2 minutes ne mažesnis nei 95 ° C temperatūroje ir po 40 amplifikacijos ciklų denatūruojant 94 ° C temperatūroje 30 sekundžių, atkaitinimo ir sudaro 58 ° C temperatūroje (aptikti GAPDH) arba 55 ° C temperatūroje (skirto aptikti S100A3) 30 sekundžių, ir pailgėjimas 72 ° C temperatūroje 1 minutę. Santykinis kiekybinę tiek S100A3 ir GAPDH lėmė lyginamosios KT (šiluminis ciklas) metodu. Iš S100A3 iRNR išraiškos vertės buvo normalizuoti pagal GAPDH išraiška. Kiekvienas tyrimas buvo kartojamas tris kartus patikrinti rezultatus ir buvo naudojamas vėlesnei analizei mRNR ekspresijos vertės skrandžio vėžio audinių gretimų ne tumoro audiniuose santykis.
Statistinė analizė
nepertraukiamam kintamųjų, buvo išreikštas duomenys kaip priemonės +/- SD. Expression duomenys S100 genų microarray rinkinių buvo paimti ir ekspresijos lygį tarp įprastų ir skrandžio vėžio audiniuose skirtumai buvo nustatyti mokinių t testas. Tarp santykinių raiškos santykis S100A3 ir klinikiniais požymiais asociacija buvo analizuojami Mann-Whitney testą. Visi duomenys buvo analizuojami naudojant SPSS11.0 programinės įrangos paketu (SPSS, Čikaga, JAV) ir šis skirtumas buvo laikomas reikšmingu, kai p < 0.05 Rezultatai.

1. šalavijas ir virtualią Šiaurės blot analizė S100 genų raiškos skrandžio vėžio
Yra 2 SAGE bibliotekos normalus skrandžio gleivinės ir 8 SAGE bibliotekos skrandžio vėžio audiniuose turimų GEO svetainėje (GSE545 ir GSE14). Šios bibliotekos buvo pateiktas dviejų skirtingų Labs [14, 15]. Patikimi žymeles 20 S100 genų buvo paimti iš SAGEmap svetainėje ir naudojamas ieškoti išminčiaus duomenis. Buvo nustatyta, 10 genai būti labai išreikštas skrandžio vėžio audinių pagal nustatantys kriterijai, atitinkančią > 3-kartus skirtumas (1 lentelė). Be šių 10 genų, tik S100A6 ir S100A10 gali būti aptinkamas įprastais skrandžio gleivinės audinių, kurie taip pat turėjo aukščiausią vidutinį tankį skrandžio vėžiu (865.9 TPM ir 1890.5 TPM atitinkamai). Kitos 8 genai, įskaitant S100A2, S100A3, S100A4, S100A7, S100A8, S100A9, S100A12 ir S100A16, turėjo skirtingą vidutinį tankį svyruoja nuo 2,8 TPM 637.0 TPM, kurių nė vienas buvo išreikštas įprastais skrandžio gleivinės audiniuose. Nėra didelio skirtumo išraiška tarp normalių ir vėžinių audinių galima rasti S100A11, S100A14 ir S100P (duomenys neparodyti). Mes tada naudojamas virtualus Šiaurės dėmė analizuoti S100 genų (3 lentelė) išraiška. Šeši genai buvo patvirtinta, kad aktyvinama skrandžio vėžio audiniuose. Teigiamas S100A6, S100A8 ir S100A16 identifikuojama SAGE analizės buvo įrodyta, kad neturi reikšmingo skirtumo išraiška tarp įprastų ir skrandžio vėžio bibliotekų atlikdama EST virtualus Šiaurės dėmė. S100A13, neaptinkamas SAGE bibliotekose, buvo įrodyta, kad būti labai išreikštas skrandžio vėžio audiniuose EST virtualioje Šiaurės dėmė. S100A3 ir S100A12 negalėjo aptikti virtualioje Šiaurės blot.Table 3 Virtual Šiaurės blot analizė S100 genų raiškos normaliomis ir skrandžio vėžio bibliotekų

EST žymės (TPM *)
SAGE žymės (TPM *)

Normal

Cancer

Normal

Cancer

S100A2
0.0
25.9
0.0
200.5
S100A3
0.0
0.0
0.0
0.0
S100A4
52.3
293.7
0.0
168.4
S100A7
0.0
0.0
0.0
304.8
S100A9
0.0
8.6
0.0
1339.4
S100A10
0.0
181.4
272.3
1483.7
S100A12
0
0
0
0
S100A13
0.0
43.2
0.0
0.0
Tik S100s kad parodyti teigiamus rungtynes ​​rodomi šioje lentelėje. * Žymos milijonui;
2. mikrogardeliq analizė S100 genų raiškos skrandžio vėžio pervežimas mikrogardeliq analizė buvo atlikta dar labiau patikrinti S100 genų raiška skrandžio vėžio. 8, 11 ir 7 S100 genai gali būti rasta GSE2669, GSE2701 ir GSE3438 rinkinių atitinkamai (4 lentelė). Abu buvo parodyta S100A2 ir S100A10 genai turi būti aktyvinama skrandžio vėžio visų trijų rinkinių. S100A3 buvo įrodyta, kad būti ekspresija skrandžio vėžio rinkinį GSE2669 ir GSE2701, nebuvo egzistavo rinkinį GSE3438. S100A4, S100A6 ir S100A7 buvo įrodyta, kad būti aktyvinama skrandžio vėžiu tik viena duomenų rinkinį, bet neegzistavo kitų dviejų duomenų rinkinių. Tačiau išraiška S100A8 ir S100A9 neturėjo reikšmingo skirtumo tarp įprastų ir vėžinių audinių į rinkinį GSE2701. Diferencialas išraiška tendencija S100A12 į GSE2701 prieštarauja, kad šalavijų analizės (1 lentelė) .table 4 mikrogardeliq analizė S100 genų ekspresijos normaliomis ir skrandžio vėžio audiniuose

GSE3438
GSE2669
GSE2701

Normalus *
Vėžys *
psl
Normalus *
Cancer *
psl

Paprastas *
Vėžys *
P


S100A2
-0.22
0.00
0.00
1.03
1.35
0.01
-0.95
-0.36
0.00
S100A3
#
#
#
0.84
1.55
0.03
-0.14
0.05
0.03
S100A4
-0.23
0.30
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A6
-0.43
0.27
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A7
#
#
#
#
#
#
-1.00
-0.35
0.00
S100A8
#
#
#
0.32
0.69
0.01
0.66
0.70
0.81
S100A9
#
#
#
1.25
3.48
0.00
0.42
0.79
0.13
S100A10
-0.50
0.42
0.00
0.46
1.36
0.00
0.19
1.22
0.00
S100A12
#
#
#
#
#
#
0.50
0.21
0.01
Tik S100s kad parodyti teigiamus rungtynes ​​yra parodyta lentelėje. * duomenys paimti iš microarray duomenų rinkinių; # duomenys neegzistuoja rinkinį.
Kartu paėmus, 5 genai buvo įrodyta, kad būti labai išreikštas skrandžio vėžio visuose trijuose Silico analizės metodus. Jie buvo S100A2, S100A3, S100A4, S100A7 ir S100A10. Tarp šių 5 genų, S100A3 buvo vienintelis, kuris dar nebuvo pranešta būti susijęs su skrandžio vėžiu, anksčiau. Kitas mes įvertino S100A3 išraišką skrandžio vėžio audiniuose kiekybiniais RT-PGR.
3. tikrinimas S100A3 raiškos skrandžio vėžio kiekybiniais RT-PCR
ištirti, ar S100A3 buvo ekspresija skrandžio vėžio, mes išnagrinėjo iRNR raiška S100A3 skrandžio vėžio audiniuose ir atitinkamų gretimų ne tumoro audinių 80 pacientų kiekybiniais RT-PGR. Santykinai reiškia išraiška lygis S100A3 skrandžio vėžio buvo 2,52 ± 1,45, lyginant su gretimų ne tumoro audinių (p
= 0,01). toliau buvo analizuojami koreliacijos S100A3 mRNR išraiškos su klinikiniais požymiais. Rezultatai parodė, kad S100A3 iRNR raiška nebuvo susijęs su lyties, amžiaus, naviko dydį, gylį sienos invazijos, mikroskopiniai potipių ar limfmazgių metastazių su statistikos p > 0.05 kiekvieno parametro (5 lentelė). Tačiau, mes nustatėme, kad S100A3 mRNR ekspresijos koreliavo su naviko diferenciacijos bei navikų limfmazgius metastazių etape. Į S100A3 ekspresijos lygis gerai ir vidutinio diferencijuoti navikų audiniuose, abu buvo gerokai mažesnis nei prastai diferencijuotos tie (psl
< 0,05). S100A3 išraiška I ir II TNM stadija taip pat buvo mažesnis nei IV (psl pervežimas = 0,04) III etapo ir. Visi šie duomenys rodo, kad S100A3 buvo ekspresija skrandžio vėžio egzempliorių ir gali būti susijęs su diferenciacijos ir vystymosi skrandžio cancer.Table 5 koreliacija S100A3 iRNR išraiškos su clinicalpathological parametrus pacientams, sergantiems skrandžio karcinoma.
Kintamo
iRNR išraiškos
P

Taškų

N /T > 4

N /T 2-4
N /T 1-2
N /T < 1


Lytis
Male
61
11
34
9
8
0,17
Moteris
19
3
5
8
2
amžius (Y)
< 65
54
10
31
6
7
0,08
> 65
26
4
8 11 3
naviko diferenciacijos
Well1
3
0
0
1
2
0.22a
Moderate2
33
8
7
12
6
0.03b
Poor3
44
6
32
4
2
0.01c
Naviko dydis (cm)
< 5,0 41
6 23
5
7
0.96
> 5,0
39
8
16
12
3
Gylis sienos invazija
gleivinę, submucosa1
6
2
1
2
1
0.45a
Muscularis propria2
18
6
8
4
0
0.33b pervežimas Subserosa, serosa3 pervežimas 56
10
34
6
6
0.72c
Stage
I + II
19
2
7
5
5
0,04
III + IV
61
12
32
12 5
mikroskopiniai potipiai
Intestinal1
57
10
29
11
7
0.87a
Diffuse2
18
4
8
4
2
0.26b
Atypical3
5
0
2
2
1
0.21c
Limfmazgių metastazių
Taip
64
11 35
11
7
0,16
Nėra
16
3
4
6
3
AP
: 1 vs
2; BP
: 2 vs
3; cP
: 1 vs
3.
Diskusijos
Nors S100 šeimos nariai turi bendrą struktūrą ir yra daugiausia lokalizuojasi konkrečiame regione chromosomos 1, visi jie turi labai unikalių išraiškos būdus normaliomis arba patologinis audiniuose. Mes sistemingai tyrė S100 šeimos narių skrandžio vėžio audiniuose išraišką derinant analizę šalavijas, virtualių Šiaurės blot ir microarray duomenis. Buvo pranešta, kad kryžminio hibridizacijos klaidos gali atsitikti mikrogardeliq analizę, kai seka panašumas viršija 75%. Tačiau, mRNR seka panašumas S100 šeimos nariams buvo 4% -67%, todėl kryžminio hibridizacijos S100 genų galimybė dėl visų trijų tirtų šiame tyrime žetonų būtų santykinai maža. Be to, abu SAGE technologijos ir EST virtualus Šiaurės dėmė buvo paremta DNR sekos ir buvo manoma, kad patikimi būdai genų ekspresijos įvertinimas. Suderinus kelis duomenų bazę ir minėtus analitinius metodus, apie artefaktus galimybė būtų labai sumažintas. Šiame tyrime buvo įrodyta, kad būti aktyvinama skrandžio vėžio 5 S100 genai derinant analizę, tarp kurių 4 genai buvo pranešta anksčiau, nurodant in silico analizės strategijos pagrįstumą mes naudojamas šiame darbe ir galbūt svarbų S100 genų plėtra ir progresavimo skrandžio vėžio.
pastaraisiais metais buvo įrodyta daug S100 šeimos nariai turi būti skirtingai reguliuojami įvairių piktybinių navikų. Nors veiksmų mechanizmai S100s ir funkcinės pasekmės jų pakeisti išraiškos išliko turi būti nustatoma, keli tyrimai parodė, kad padidėjusią S100 baltymų rodo didelę klinikinę reikšmę diagnozuojant ir sustojimo žmogaus navikų, taip pat už prognozės prognozę.
Jis buvo pranešė, kad S100A2 buvo labai išreikštas nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžio, stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma, gerklų suragėjusių ląstelių karcinomos, kiaušidžių serozinės spenelių karcinoma, o taip pat skrandžio vėžio. S100A2 taip pat buvo įrodyta, kad būti tolimos metastazės ir išgyvenamumas prognozuoti į ankstyvos stadijos nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžiu [16]. S100A4 buvo nustatyta, kad ekspresija šlapimo pūslės vėžio ir gali būti patiekiamas kaip naviko progresavimo [17] prognozuoti. Daugelis tyrimų parodė, kad S100A7 turėjo didesnį išraišką krūties vėžio. Iš S100A7 raiška buvo susijęs su aukštojo TNM stadijose krūties vėžio ir estrogenų receptorių neigiamas krūties vėžio, S100A7 išraiška buvo susijęs su prasta rezultatus [18]. S100A7 raiška taip pat buvo susijęs su padidėjusiu piktybinių krūties vėžio, kuris gali atsirasti per stimuliacija Jab1 veikla. Be to, S100A10 buvo identifikuojamas kaip aktyvinama geno suragėjusių nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžio ir stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma pagal mikrogardelių technologija. Visi šie 4 S100 genai taip pat buvo įrodyta, kad būti upregulaetd skrandžio vėžio anksčiau [9, 10], kuris dar kartą patvirtino šiame darbe.
S100 genai gali būti downregulated kai kuriose kitose vėžio. Pavyzdžiui, S100A6 buvo nuolankios išreikštas prostatos vėžio, kuris gali būti susijęs su Rėmėjas hypermethylation iš S100A6. Kitas pavyzdys yra S100A2. Jis turėjo sumažintą išraišką prostatos ir burnos vėžio ir buvo laikomas potencialiu naviko slopintuvas. S100A2 gali sąveikauti su C galu p53 ir tada padidinti transkripcijos aktyvumą p53. Tai ląstelės ciklo priklauso nuo P53-S100A2 sąveika gali tarpininkauti slopina poveikį S100A2 dėl vėžio. Šie rezultatai rodo, kad S100 genai gali žaisti skirtingus vaidmenis plėtrą įvairių vėžio metu.
S100A3, baltymą koreliavo su plauko folikulo vystymosi, buvo įrodyta, kad būti ekspresija yra navikų. Pavyzdžiui, išraiškos S100A3 baltymų lygis skyrėsi į astrocitų naviko audinyje, atsižvelgiant į naviko tipų ir rūšių [19]. Šis darbas patvirtina pirmą kartą, kad S100A3 buvo aktyvinama skrandžio vėžio ir susijusio su prasta diferenciacijos ir aukštojo TNM etape skrandžio vėžio ląsteles. Tačiau S100A3 vaidmuo diferenciacijos ir progresavimo skrandžio vėžio reikia būti toliau tiriami.
Išvada
Mūsų darbas rodo, kad in silico analizė yra validus strategija atranda skirtingai išreikštas genus skrandžio vėžio ir S100A3 buvo romanas ekspresija geno skrandžio vėžio ląsteles ir gali vaidinti svarbų vaidmenį per diferenciacijos ir progresavimo skrandžio vėžio.
Pastabos
su Ji Liu, Xue Li, Guang Long Dong vienodai prisidėjo prie šio darbo.
Santrumpos
Sage: Rīga, Serial analizė genų ekspresijos
EST: Rīga, Išreikšta seka Gairė
CGAP:
Vėžys genomo anatomija Projektų
GEO: Rīga, genų ekspresijos Omnibus
AT-PGR: Rīga, atvirkštinės transkripcijos polimerazės grandininė reakcija .
deklaracijų
Padėka
šis darbas parėmė Nacionalinės Gamtos mokslo fondo Kinijos (dotacijos Nr 30.670.970). Esame dėkingi Yanglin keptuvėje puikus vadovas į eksperimento procese.
Konkuruojančių interesų
Autoriai deklaruoja, kad jie neturi jokių konkuruojančių interesų.

• Methylenetetrahydrofolate reduktazės C677T polimorfizmas pacientams, sergantiems skrandžio ir storosios žarnos vėžio Korėjos gyventojams
• Gyvenimo kokybė pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu, vertimas ir psichologinių įvertinimo Irano versija EORTC QLQ-STO22