In silico analysoinnin ja tarkistuksen S100 geeniekspression mahasyövän

In silico
analysoinnin ja tarkistuksen S100 geeniekspression mahasyövässä
tiivistelmä
tausta
S100 proteiini perhe koostuu 22 jäsenestä, joiden proteiinisekvenssien käsittävät ainakin yhden EF-käden Ca 2+ sitova motiivi. He olivat mukana säätelyssä useiden solun prosessien kuten solusyklin etenemisen ja erilaistumista. Ilmaisulla asema S100 perheenjäsenten mahasyövän ei ole vielä tiedossa.
Menetelmät
Yhdessä analyysi sarjan analyysi geenin ilmentymisen, virtuaalinen Northern blot ja microarray tietojen ekspressiotasot S100 perheenjäsenten normaalissa ja pahanlaatuiset vatsa kudokset systemaattisesti tutkittu. Ilmentyminen S100A3 arvioitiin edelleen kvantitatiivisen RT-PCR: llä.
Tulokset
Vähintään 5 S100 geenien havaittiin voimistuvan mahalaukun kitystä in silico analyysi. Niistä neljä geenejä, mukaan lukien S100A2, S100A4, S100A7 ja S100A10, ilmoitettiin yli-ilmentynyt mahasyövän aiemmin. Ilmentyminen S100A3 kahdeksankymmentä potilailla mahalaukun syövän tutkittiin tarkemmin. Tulokset osoittivat, että keskimääräinen ekspressiotasot S100A3 mahasyövän kudoksissa olivat 2,5 kertaa niin suuri kuin vierekkäisten ei-tuumori- kudoksiin. S100A3 ilmentyminen korreloi kasvaimen erilaistumiseen ja TNM (Tumor-Node-Etäpesäke) vaiheessa mahasyövän, joka varsin hyvin ilmaistu huonosti eriytetty ja edennyt mahasyöpä kudoksiin (P
< 0,05).
Päätelmä
Tietääksemme tämä on ensimmäinen raportti arvioidaan systemaattisesti S100 geeniekspressioiden in mahasyövistä useiden in silico analyysi. Tulokset osoittivat, että yli-ilmentyminen S100 geeniperheen jäsenet olivat ominaisuuksia mahasyövistä ja S100A3 ehkä tärkeitä rooleja erilaistumista ja etenemisessä mahasyövän.
Tausta
Mahalaukun syöpä on toiseksi yleisin syy syövän kuoleman maailmanlaajuisesti. Ympäristö- ja geneettiset tekijät ovat tärkeitä mahasyövän [1, 2]. Viimeisten kahden vuosikymmenen aikana, paljon on edistytty tunnistamisessa geenien mukana kehittämässä mahasyövän. Nämä tunnistetut geenit ovat hyödyllisiä ymmärtämään synnyssä mahasyövän ja määrittelemällä sen molekyyli- allekirjoitus. Ne voivat toimia myös biomarkkereita varhaisen diagnoosin ja tavoitteet lääkekehityksen.
Äskettäin laajamittainen geeniekspressiota analyysit ovat nousseet tärkeitä työkaluja seulontaan liittyvistä geeneistä syöpään [3]. Kaksi kokeellista saatavilla olevaa tekniikkaa suurten geenien ilmentymisen analyysi ovat: 1) DNA-sekvensointi-pohjainen sarja- analyysiä geenin ilmentymisen (SAGE) ja expressed sequence tag (EST) lähestymistavat ja 2) dot-blot-pohjainen mikrosiruanalyysillä. Useita bioinformatiikan infrastruktuuri on perustettu kokoamaan tietoja johdettu näistä tekniikoista. Niistä Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) ja Gene Expression Omnibus (GEO) ovat kaksi tärkeää verkkoja [4, 5]. Edellinen sovellukset data mining käytetään CGAP ja GEO resurssi ovat johtaneet esille useita uusia tai tunnettuja syöpään liittyvien geenien [6, 7].
S100 proteiini perhe koostuu 22 jäsenestä, joiden proteiinisekvenssien käsittävät ainakin yhden EF-käden Ca2 + sitova motiivi [8]. S100 proteiinit lokalisoitu sytoplasmassa ja /tai tumassa monenlaisia ​​soluja, ja säätelyyn osallistuvan useiden solun prosessien kuten solusyklin etenemisen ja erilaistumista. Seitsemäntoista S100 perheenjäsenet sijaitsevat kuin klusteri kromosomissa 1q21-22, alueella usein järjestetty uudelleen useissa kasvaimissa. Lisäksi molekyylitason analyysi on paljastanut, että useat S100S, kuten S100A2, S100A4, S100A7 ja S100A10, näyttelytila ​​muuttunut ekspressiotasot mahasyövän [9, 10]. Joten on mielenkiintoista järjestelmällisesti ilmentymisen tutkimiseksi muiden jäsenten S100 perheen normaalissa ja mahasyövän kudoksiin.
Tässä tutkimuksessa käytimme tietokannat ja analyyttisten lähestymistapojen saatavilla Gene Expression Omnibus ja Cancer Genome Anatomy Project systemaattisesti analysoimaan ilmentymistä 22 S100 geenien normaalissa ja syöpä- mahan kudoksissa. Riippumaton SAGE ja microarray aineistot seulottiin S100 geeniekspressiomalleja. Annoimme todisteita siitä, että ainakin viisi S100 geenit yläreguloituja mahasyövän ja edelleen kokeellisesti todentaa säätelyä S100A3 kvantitatiivisen RT-PCR. Tool Menetelmät
SAGE analyysi
SAGE mittaa määrän tunnisteita, jotka edustavat transkription tuotteita geenin. Tiedot tuottama SAGE tekniikka on luettelo tunnisteet niitä vastaavat laskenta-arvot. Kaikki julkisesti saatavilla SAGE kerättyjä GEO verkkosivuilla jopa koskevat tammikuun 2008 käytettiin analysointiin S100-geenin ilmentymisen. Sekä Nlalll ja Sau3A tunnisteet SAGEmap http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /SAGE /oli kartoitettu UniGene klustereita http: //www. NCBI. NLM. NIH . gov /UniGene /. Luotettava UniGene klusterit sovitettu S100 tunnisteet hyväksyttiin. Nämä sekvenssimerkkejä käytettiin sitten määrittämään tasojen ilmentymistä 22 S100 geenien 2 normaalissa ja 8 mahasyövän kirjastoissa. Luettelo tunnisteita käytetään analyysiä esitetty taulukossa 1 ja yksityiskohtaista tietoa näistä kirjastot ovat saatavilla GEO verkkosivuilla. Analyysit suoritettiin vertaamalla keskimääräinen S100 tunnisteita kirjastoissa normaalin limakalvon kanssa kirjastoissa mahasyövän. Ero on > 3-kertainen muutos katsotaan positive.Table 1 SAGE analyysi S100 geenien ilmentymistä normaalissa ja mahasyövän kirjastot
Gene nimi

Unigene klusterin
SAGE tag
Normal (TPM *)
Syöpä (tpm*)

S100A2
516484
GATCTCTTGG
0.0
98.1
S100A3
433168
TCTCCCACAC
0.0
2.8
S100A4
81256
ATGTGTAACG
0.0
207.8
S100A6
275243
CCCCCTGGAT
245.9
865.9
S100A7
112408
GAGCAGCGCC
0.0
143.8
S100A8
416073
TACCTGCAGA
0.0
549.2
S100A9
112405
GTGGCCACGG
0.0
637.0
S100A10
143873
AGCAGATCAG
263.6
1890.5
S100A12
19413
GATTTTTAAA
0.0
13.9
S100A16
515714
AGCAGGAGCA
0.0
130.6
Vain S100S jotka osoittavat positiivisia löytyneistä tässä taulukossa. * Tagit miljoonasosaa;
Virtual Pohjois
Vuonna CGAP tietokannassa, virtuaalinen Northern blot-analyysi avulla tutkijat voivat tarkastella ilmaisema erityinen geenin kaikissa EST ja SAGE kirjastot [4]. Kautta Gene Finder työkalu http: //CGAP. Nci. NIH. Gov /Genes /GENEFINDER, jotkut järjestäytyneen tietoa tietystä geenistä löytyy kyselemällä joko yksilöllinen geeni tunniste tai avain sana. Mukana saatavilla olevat tiedot ovat EST ja SAGE vNorthern ilmaisullisella kuvioita kaikkien saatavilla kirjastoissa luokitellaan niiden kudoksista peräisin. Sage kerättyjä CGAP kuuluu 5 kudosten kirjastot ja 2 ksenografti kirjastoja mahasyövän sekä 3 normaali kirjastojen vatsaan, joka oli osittain erilainen kuin kerätty GEO edellä. S100 geenejä, joiden ilmentyminen EST ja SAGE kirjastot mahasyövän oli sekä > 3 kertaisesti niin paljon kuin normaaleissa vatsassa nimettiin positiivisia.
Mikrosiruanalyysi
Tällä hetkellä viisi mikrosiru aineistoja (taulukko 2), joka sisältää tiedot normaalista ja mahasyöpä kudokset olivat saatavilla GEO verkkosivuilla http: //www. NCBI. NLM. NIH. gov /hankkeet /geo /. Aineisto GSE2669, GSE2701 ja GSE3438 myötävaikuttanut Boussioutas [11], Chen X [12] ja Kim S [13] vastaavasti valittiin johtamiseen mikrosiruanalyysi koska nämä kolme aineistot sisälsivät suhteellisesti enemmän tapauksia normaalin ja mahasyövän (10 terveisiin ja 64 syöpien Boussioutas A. et al; 22 terveisiin ja 90 syöpien Chen X, 50 terveisiin ja 50 syöpien Kim S). Lisätietoa näytteet ja mikrosiruanalyysillä löytyy GEO verkkosivuilla. Ero katsottiin merkitseväksi kun p
< 0,05. S100 geenejä, joiden ilmentyminen oli sekä erittäin kolmessa ryhmässä mahasyövän kudoksia nimettiin positiivinen ones.Table 2 Microarray aineistoja mahasyövän kerättyjen Gene Expression Omnibus verkkosivuilla.

Kotelot
Array
Spot
Toimittaja


Normaali
Cancer



GSE2637
3
55
cDNA
13 k /17 K
Aggarwal A. et al
GSE2685
8
22
tetrametyylidietyleenitri- nukleotidin
~ 7,2 K
Hippo Y et al
GSE2669
10
64
cDNA
~ 7,4 K
Boussioutas A. et al
GSE2701
22
90
cDNA
44 K
Chen X ym
GSE3438
50
50
cDNA
14 K
Kim S et ai
Tissue Collection
Kahdeksankymmentä potilasta mahalaukun syövän, jotka tehtiin leikkaus vuonna meidän sairaalassa syyskuusta 2004 ja maaliskuun 2007 otettiin tässä tutkimuksessa. Resektoitua kasvain ja viereisen ei-kasvainkudoksessa näytteet jäädytettiin välittömästi nestemäisessä typessä ja pidettiin 70 ° C: ssa, kunnes RNA. Diagnoosi Sekä mahasyövän ja normaali mahan limakalvoa oli kliinisesti ja patologisesti todistettu. Potilaan sukupuolen, iän, kasvaimen koko, TNM-luokitus, syvyys seinän hyökkäystä, mikroskooppinen alatyyppi, ja tila imusolmuke etäpesäke saatiin kirurgisten ja patologinen kirjaa. Protokollat ​​Tässä tutkimuksessa käytetyt oli hyväksynyt sairaalan koehenkilöiden suojelemiseen komitean. Potilaat tarjoaa tuoreita kirurgiset kudosta tutkimuksen allekirjoitti tietoisen suostumuksen.
Kvantitatiivinen RT-PCR
Yhteensä RNA (mRNA) eristettiin mahasyövän ja viereisen ei-syöpäkudoksissa mukaan valmistajan suosituksia TRIzol reagenssia (Invitrogen, Carlsbad , CA). 1 ug näyte kokonais-RNA: ta käänteistranskriptio komplementaarinen DNA (cDNA) ja oligo (dT) alukkeita. Sense- ja antisense-alukkeet S100A3 suunniteltiin mukainen mRNA-sekvenssi (GenBank-NM_002960.1). Käytimme monistettujen PCR-fragmenttien kattavat eri eksonit estää vahvistus saastuneiden genomista DNA: ta. Sense-aluke oli 5'-GACCATCTGGTTCAGGTTCC-3 ', ja antisense-aluke oli 5'-ACATTCCCGAAACTCAGTCG-3'. PCR-tuotteet olivat 200 bp: n kokoa. Housekeeping-geeni GAPDH käytettiin sisäisenä kontrollina. Sense-aluke oli 5'-CCAGGTGGTCTCCTCTGACTT-3 ', ja antisense-aluke oli 5'-GTTGCTGTAGCCAAATTCGTTGT-3'. PCR-tuotteet olivat 130 bp kooltaan.
Standardikäyrä valmistettiin mittaamalla rajanylityspaikasta kunkin vakioarvon (6-kertainen laimennossarja cDNA sydänlihaksen, joissa pitoisuus S100A3 oli suhteellisen runsaasti) ja piirtämistä niitä vastaan ​​logaritminen arvo pitoisuuksina. Standardikäyrä näytteet mukana kussakin ajossa. Kvantitatiivisen tosiaikaisen RT-PCR suoritettiin käyttäen ABI PRISM 7000 Sequence Detection järjestelmän (Applied Biosystems, Foster City, CA). RT-PCR suoritettiin kokonaistilavuudessa 30 ui. Reaktioseos mukana 1 × puskuri, 200 umol /l deoksi-ribonukleosiditrifosfaattien (dNTP) (Invitrogen), 0,3 umol /l sense ja antisense-alukkeita, 1 U Takara ExTaq Hotstart Taq (TaKaRa Biotechnology), 0,6 ui 5 -karboksi-x-rodamiini (ROX) viite väriaine, ja 2 ui cDNA: ta. PCR-sykli mukana 2 minuuttia 95 ° C, minkä jälkeen 40 monistussykliä denaturointi 94 ° C 30 sekuntia, pariutuminen 58 ° C: ssa (havaitsemista varten GAPDH) tai 55 ° C (havaitsemista varten S100A3) 30 sekunnin ajan, ja pidennys 72 ° C: ssa 1 minuutti. Suhteellinen kvantitointi sekä S100A3 ja GAPDH määritettiin vertaileva CT (lämpökäsittelyn) menetelmällä. Arvot S100A3 mRNA: n ilmentymisen normalisoitiin mukaisesti ilmentymisen GAPDH. Kukin määritys toistettiin kolme kertaa tulosten todentamiseksi, ja suhde mRNA: n ekspression arvo mahasyövän kudosten viereisiin ei-tuumori- kudoksissa käytettiin myöhemmässä analyysissa.
Tilastollinen analyysi
varten jatkuvia muuttujia, tiedot ilmaistiin keinona +/- SD. Expression data S100 geenien microarray aineistot noudettiin ja erot ekspressiotasot normaalien ja mahasyövän kudoksista määritettiin opiskelijan T testi. Yhdistyksen välinen suhteellinen ilmentyminen suhteet S100A3 ja kliinisiä piirteitä analysoitiin Mann-Whitneyn testi. Kaikki tulokset analysoitiin käyttämällä SPSS11.0 ohjelmistopaketti (SPSS, Chicago, USA) ja ero katsottiin merkitseväksi kun p < 0.05.
Tulokset
1. SAGE ja virtuaalinen Northern blot-analyysi S100 geenien ilmentymisen mahasyövän
On 2 SAGE kirjastoja normaalin mahan limakalvoa ja 8 SAGE kirjastot mahasyövän kudosten saatavilla GEO verkkosivuilla (GSE545 ja GSE14). Nämä kirjastot toimitti kaksi eri labs [14, 15]. Luotettava tunnisteet 20 S100 geenien poimittiin SAGEmap verkkosivuilla ja käyttää etsiä SAGE tiedot. 10 geenien havaittiin olevan erittäin ilmaistaan ​​mahasyövän kudoksissa asetuksen mukaisesti kriteerit > 3-kertainen ero (taulukko 1). Näissä 10 geenejä, vain S100A6 ja S100A10 voisi olla havaittavissa normaaleissa mahan limakalvoa kudoksissa, mikä oli myös alkuun keskimääräinen tiheys mahasyövän (865,9 TPM ja 1890,5 TPM vastaavasti). Muut 8-geenit, mukaan lukien S100A2, S100A3, S100A4, S100A7, S100A8, S100A9, S100A12 ja S100A16, oli eri keskimääräinen tiheys vaihtelee välillä 2,8 tpm ja 637,0 tpm, joista mitään ei ilmentyy normaaleissa mahan limakalvon kudoksissa. Mitään merkittävää eroa ilmaisun normaalin ja syöpäkudoksen voitiin löytää S100A11, S100A14 ja S100P (tietoja ei ole esitetty). Sitten käytetään virtuaalista Northern blot analysoida ekspression S100 geenien (taulukko 3). Kuusi geeniä vahvistettiin voimistuvan mahasyövän kudoksissa. Positiivinen S100A6, S100A8, ja S100A16 tunnistaa SAGE analyysi oli osoitettu olevan mitään merkittävää eroa ilmaisun välillä normaalin ja mahasyövän kirjastot toteuttamissa EST virtuaalista Northern Blot. S100A13, ei havaittavissa SAGE kirjastoissa, osoitettiin olevan erittäin ilmaistaan ​​mahasyövässä kudoksissa EST virtuaalisia Northern blot. S100A3 ja S100A12 ei voitu havaita virtuaalisia Northern blot.Table 3 Virtual Northern blot-analyysi S100 geenien ilmentymistä normaalissa ja mahasyövän kirjastot

EST tunnisteet (TPM *)
SAGE tunnisteita (TPM *)

Normal

Cancer

Normal

Cancer

S100A2
0.0
25.9
0.0
200.5
S100A3
0.0
0.0
0.0
0.0
S100A4
52.3
293.7
0.0
168.4
S100A7
0.0
0.0
0.0
304.8
S100A9
0.0
8.6
0.0
1339.4
S100A10
0.0
181.4
272.3
1483.7
S100A12
0
0
0
0
S100A13
0.0
43.2
0.0
0.0
Vain S100S jotka osoittavat positiivisia löytyneistä tässä taulukossa. * Tagit miljoonasosaa;
2. Microarray-analyysi S100 geenien ilmentymisen mahasyövässä
Microarray-analyysi suoritettiin edelleen todentamiseksi yliekspressio S100 geenien mahasyövässä. 8, 11 ja 7 S100 geenejä voidaan löytää GSE2669, GSE2701 ja GSE3438 aineistot vastaavasti (taulukko 4). Sekä S100A2 ja S100A10 geenien osoitettiin voimistuvan mahasyövän kaikkien kolmen aineistoja. S100A3 osoitettiin yliekspressoituvan mahalaukun syövän aineisto GSE2669 ja GSE2701, joka ei ollut olemassa aineisto GSE3438. S100A4, S100A6 ja S100A7 osoitettiin voimistuvan mahasyövän vain yhteen aineisto mutta ei ollut olemassa kaksi muuta aineistot. Kuitenkin ilmaus S100A8 ja S100A9 ei ollut merkittävää eroa normaalin ja syöpä- kudoksissa aineisto GSE2701. Differentiaalinen ilmaus taipumus S100A12 vuonna GSE2701 oli vastoin kuin SAGE analyysi (taulukko 1) .table 4 Microarray-analyysi S100 geenien ilmentymistä normaalissa ja mahasyövän kudosten

GSE3438
GSE2669
GSE2701

normaali *
Syöpä *
s
normaali *
Syöpä *
p

Normaali *
Syöpä *
P


S100A2
-0.22
0.00
0.00
1.03
1.35
0.01
-0.95
-0.36
0.00
S100A3
#
#
#
0.84
1.55
0.03
-0.14
0.05
0.03
S100A4
-0.23
0.30
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A6
-0.43
0.27
0.00
#
#
#
#
#
#
S100A7
#
#
#
#
#
#
-1.00
-0.35
0.00
S100A8
#
#
#
0.32
0.69
0.01
0.66
0.70
0.81
S100A9
#
#
#
1.25
3.48
0.00
0.42
0.79
0.13
S100A10
-0.50
0.42
0.00
0.46
1.36
0.00
0.19
1.22
0.00
S100A12
#
#
#
#
#
#
0.50
0.21
0.01
Vain S100S jotka osoittavat positiivisia löytyneistä taulukossa. * Data erotetaan microarray aineistot; # Tietoja ole olemassa aineisto.
Yhdessä 5 geenit osoitettiin olevan erittäin ilmaistaan ​​mahasyövässä kaikkien kolmen in silico analyysi lähestymistapoja. He olivat S100A2, S100A3, S100A4, S100A7 ja S100A10. Näistä 5 geenit, S100A3 oli ainoa, joka ei ole vielä raportoitu liittyvän mahasyövän aiemmin. Seuraavaksi arvioitiin ilmentymistä S100A3 mahasyövän kudoksissa kvantitatiivisen RT-PCR: llä.
3. tarkastaminen S100A3 yli-ilmentymisen mahasyövän kvantitatiivisen RT-PCR: llä
Sen tutkimiseksi, S100A3 oli yli-ilmentynyt mahasyövän, tutkimme mRNA ilmentyminen S100A3 mahasyövän kudosten ja vastaavien viereisten ei-tuumori- kudoksissa 80 potilasta kvantitatiivisen RT-PCR. Suhteellisen keskimääräinen ekspressiotaso S100A3 mahasyövän oli 2,52 ± 1,45 verrattuna viereisiin ei-syöpäkudoksissa (p
= 0,01). Korrelaatiot S100A3 mRNA ilmaisujen kanssa kliiniset piirteet analysoitiin edelleen. Tulokset osoittivat, että S100A3 mRNA ilmaisu ei korreloi sukupuolen, iän, kasvaimen koko, syvyys seinä hyökkäystä, mikroskooppinen alatyyppejä tai imusolmuke etäpesäke joiden tilastollinen p > 0.05 Kunkin parametrin (taulukko 5). Kuitenkin olemme huomanneet, että ilmentyminen S100A3 mRNA korreloi kasvaimen erilaistumiseen ja Tumor-Node-Metastasis vaiheessa. S100A3 ekspressiotasot hyvin ja kohtalaisen eriytetty tuumorikudoksista olivat molemmat merkittävästi pienempi kuin huonosti erilaistuneet (p
< 0,05). S100A3 ilmentyminen TNM I ja II oli myös pienempi kuin vaiheessa III ja IV (p
= 0,04). Kaikki nämä tiedot osoittivat, että S100A3 yliekspressoitui mahasyövän yksilöitä ja saattavat liittyä erilaistumista ja kehittymistä mahalaukun cancer.Table 5 Korrelaatio S100A3 mRNA ilmaisun kanssa clinicalpathological parametrit potilailla, joilla on mahalaukun syöpä.
Muuttuva
mRNA ilmaisu
P

Number

N /T > 4
N /T 2-4
N /T 1-2
N /T < 1


Sukupuoli
Mies
61
11
34
9
8
0,17
Female
19
3
5
8
2
Ikä (y) B < 65
54
10
31
6
7
0,08
> 65
26
4
8
11
3
kasvain eriyttäminen
Well1
3
0
0
1
2
0.22a
Moderate2
33
8
7
12
6
0.03b
Poor3
44
6
32
4
2
0.01c
Kasvaimen kokoa (cm) B < 5,0
41
6
23
5
7
0,96
> 5,0
39
8
16
12
3
syvyys seinästä invaasio
Mucosa, submucosa1
6
2
1
2
1
0.45a
muscularis propria2
18
6
8
4
0
0.33b
Subserosa, serosa3
56
10
34
6
6
0.72c
Stage
I + II
19
2
7
5
5
0,04
III + IV
61
12
32
12
5
mikroskooppinen alatyyppiä
Intestinal1
57
10
29
11
7
0.87a
Diffuse2
18
4
8
4
2
0.26b
Atypical3
5
0
2
2
1
0.21c
Imusolmuke etäpesäke
Kyllä
64
11
35
11
7
0,16
Ei
16
3
4
6
3
aP
: 1 VS
2; bP
: 2 VS
3; cP
: 1 VS
3.
Keskustelu
Vaikka S100 perheenjäsenillä on yhteinen rakenne ja pääasiassa lokalisoitu tietylle alueelle kromosomin 1, niillä kaikilla on hyvin ainutlaatuinen ilme kuvioita normaalissa tai patologisia kudoksiin. Olemme systemaattisesti tutkittu ilmaus S100 perheenjäsenten mahasyövän kudoksissa yhdistämällä analyysi SAGE, virtuaalinen Northern blot ja microarray data. On raportoitu, että ristiinhybridisoitumisen virheitä voi tapahtua mikrosiruanalyysi kun sekvenssin samankaltaisuus on yli 75%. Kuitenkin mRNA-sekvenssin samankaltaisuus S100 perheenjäsenten oli 4% -67%, joten mahdollisuus ristihybridisaation S100 geenien kaikkien kolmen pelimerkit analysoitiin tässä tutkimuksessa olisi suhteellisen pieni. Lisäksi molemmat SAGE teknologia ja EST virtuaalinen Northern blot perustuivat DNA sekvensointi ja ajateltiin olevan luotettavia menetelmiä geenien ilmentyminen arvioinnissa. Yhdistämällä useita tietokanta ja analyyttisiä lähestymistapoja edellä on mainittu, mahdollisuus esineitä voitaisiin huomattavasti vähentää. Esillä olevassa tutkimuksessa, 5 S100 geenit osoitettiin voimistuvan mahasyövän yhdistämällä analyysi, joista 4 geenit raportoitu aikaisemmin, mikä osoittaa pätevyyttä in silico analyysi strategiaa käytimme tässä työssä ja mahdollisesti tärkeä rooli S100 geenien kehittymistä ja etenemistä mahasyövän.
viime vuosina monet S100 perheenjäsenet on osoitettu olevan säädellään eri tavalla erilaisissa syöpäsairauksia. Vaikka toiminta mekanismeja S100S ja toiminnallisen seurauksista muuttunut ilme pysyi määritettävä, useat tutkimukset ovat osoittaneet, että yli-ilmentyminen S100 proteiinien osoittaa suurta kliinistä merkitystä diagnosointiin ja lavastus ihmisen kasvaimissa, sekä ennustamisessa ennustetta.
on raportoitu, että S100A2 oli hyvin ilmaistu ei-pienisoluinen keuhkosyöpä, ruokatorven okasolusyöpä, kurkunpään okasolusyöpä, munasarjojen vakavien papillaarinen karsinoomat, sekä syöpään. S100A2 osoitettiin myös olla ennustaja kaukainen etäpesäke ja eloonjääntiprosentin alkuvaiheen ei-pienisoluinen keuhkosyöpä [16]. S100A4 havaittiin yliekspressoituvan virtsarakon syöpä ja voitaisiin palvella ennustajana syövän etenemisen [17]. Monet tutkimukset ovat osoittaneet, että S100A7 oli voimistunutta ilmentymistä in breast cancer. Yli-ilmentyminen S100A7 liittyi suurempi TNM vaiheissa rintasyövän ja estrogeenireseptori-negatiivinen invasiivisia rintasyöpiä, S100A7 ekspressio liittyy huono tulos [18]. S100A7 yli-ilmentyminen liittyi myös lisääntynyt pahanlaatuisuuteen rintasyövän, joita voi esiintyä stimuloimalla Jab1 toimintaa. Lisäksi, S100A10 otettiin esimerkiksi ilmen- tymisen lisääntymisen geeni squamous ei-pienisoluiset keuhkosyövät ja ruokatorven okasolusyöpä sirutekniikalla. Kaikki nämä 4 S100 geenien myös osoitettu olevan upregulaetd sisään mahasyövistä aikaisemmin [9, 10], mikä vahvistettiin edelleen esillä työssä.
S100 geenit voivat vaimentua jollain muita syöpiä. Esimerkiksi S100A6 oli nöyrä ilmaistu eturauhassyövissä, jotka saattavat liittyä promoottori hypermetylaatiota S100A6. Toinen esimerkki on S100A2. Se oli alennettu ilmentyminen eturauhas- ja suun syöpä ja pidettiin mahdollisena kasvain vaimennin. S100A2 voivat olla vuorovaikutuksessa C-pää on p53, ja sitten lisätä transkriptionaalista aktiivisuutta p53. Tämä solusyklin riippuva p53-S100A2 vuorovaikutus voisi välittää estävä vaikutus S100A2 syöpään. Nämä tulokset viittaavat siihen, että S100 geenit saattavat erilaisia ​​rooleja kehityksen aikana eri syövissä.
S100A3, proteiini korreloi kehityksen karvatupen, on todistettu olevan yli-ilmentyneen kasvaimissa. Esimerkiksi, tasot ilmentymisen S100A3 proteiinien erosivat merkittävästi hermotukisolun kasvainkudoksessa verrattuna kasvaimen tyypit ja laadut [19]. Tässä työssä vahvisti ensimmäisen kerran, että S100A3 oli yläreguloituja mahasyövän ja liittyvät köyhien erilaistumista ja korkeampi TNM mahalaukun syöpäsoluja. Kuitenkin rooli S100A3 erilaistumisen ja etenemisessä mahasyövän tarvitaan tutkitaan edelleen.
Päätelmä
Työmme ehdotti, että silico analyysi on pätevä strategia löytää ilmennetty eri geenien mahasyövässä, ja S100A3 oli novel yli-ilmentynyt geeni mahasyövässä soluissa ja saattaa olla tärkeä rooli erilaistumisen aikana ja etenemistä mahasyövän.
toteaa
Ji Liu, Xue Li, Guang-Long Dong vaikuttanut yhtä tähän työhön.
lyhenteet
SAGE:
Serial analyysi Gene Expression
EST:
expressed sequence tag
CGAP:
Syöpä Genome Anatomy Project
GEO:
Gene Expression Omnibus
RT-PCR:
RT-PCR .
julistukset
Kiitokset
työtä tuki National Natural Science Foundation of China (Grant nro 30670970). Olemme kiitollisia Yanglin Pan erinomainen opas prosessissa kokeen.
Kilpailevat edut
Kirjoittajat ilmoittavat, että heillä ei ole kilpailevia intressejä.

• Metyleenitetrahydrofolaattireduktaasi reduktaasin C677T polymorfismi potilailla, joilla on maha- ja peräsuolen syövän Korean population
• Elämänlaatu potilailla, joilla on mahalaukun syövän: kääntäminen ja psykometristen arviointi Iranin version EORTC QLQ-STO22