Plos ONE: Gene Expression profiliranje v želodčne sluznice s Helicobacter pylori, okuženih in neokuženih bolnikih, ki prestajajo Kronična Površinski Gastritis

Povzetek

Helicobacter pylori
okužba reprograms gostinskih izražanje genov in vplivov različnih celičnih procesov, ki so proučevali s cDNA mikromrež uporabo vitro
kulture celic in in vivo
želodčne biopsije pri bolnikih s kronično trebuhu pritožbe. Da bi še dodatno raziskati učinke H. pylori
okužbe na genskem gostitelj izražanja, ki smo jih zbrali želodčne antralnih vzorce sluznice s 6 nezdravljenih bolnikih s gastroscopic in patološko potrditev kroničnega površno gastritisa. Med njimi so trije bolniki, okuženi z H. pylori
in drugi trije bolniki niso bili. Te vzorce smo analizirali z Mikromrežni čip, ki vsebuje 14,112 klonirane cDNA, in podatki mikromrež smo analizirali s pomočjo BRB programske opreme ArrayTools in spletni Iznajdljivost Poti Analysis (IPA). Rezultati so pokazali 34 genov 38 različno izraženih genov, ki jih H urejene. pylori
okužba bili označeni. So označeni geni so bili vključeni v presnovo beljakovin, vnetne in imunološke reakcije, prenos signalov, genskega prepisovanja, presnove elementov v sledovih, in tako naprej. 82% teh genov (28/34) so ​​bili razdeljeni na tri interakcijskih mrež molekularnih, ki sodelujejo pri izražanju genov, napredek raka, predstavitev antigena in vnetni odziv. Podatki o izražanju array hibridizacije je bilo potrjeno s kvantitativnimi realnem času PCR teste. Če povzamemo, ti podatki kažejo, da je H. pylori
okužba lahko spremeni celične ekspresije genov procesov, pobeg obrambni mehanizem gostitelja, poveča vnetne in imunske odzive, aktivirajo NF-κB in NT /β-catenin signalno pot, moti kovinski ion homeostaze in povzroči rakotvornost. Vse to bi lahko pomagalo razložiti, H. pylori
patogeni mehanizem in gastroduodenalno patogenezo s H inducirano. pylori
okužba

Navedba. Yang Z-M, Chen W-W, Wang Y-F (2012) Gene Expression profiliranje v želodčne sluznice s Helicobacter pylori
okuženimi in neokuženih bolnikih, ki so kronično površno gastritis. PLoS ONE 7 (3): e33030. doi: 10,1371 /journal.pone.0033030

Urednik: Niyaz Ahmed, Univerza v Hyderabad, India

Prejeto: 12. julij 2011; Sprejeto: 9. februarja 2012; Objavljeno: 16 marec 2012

Copyright: © 2012 Yang et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Avtorji "rokopis je bil podprt s strani National Natural Science Foundation Kitajske (NO 90209004.) (http://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm), Guangdong Natural Science Foundation (NO 05102323.) (http: //gdsf.gdstc.gov.cn/) in E-zavod gradbeni načrt projekta Šanghaj odbor Občinski izobraževanje (NO. E03008) (http://www.shmec.gov.cn/). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo dokončanje interesi

Uvod

Helicobacter pylori
( H. pylori
) je spiralno oblikovan Gram-negativna bakterija, ki colonizes želodec v približno 50% vseh ljudi. Tudi če večino H. pylori
-colonized posamezniki ostajajo brez simptomov, H. pylori
okužba je najbolj primarni vzrok kroničnega gastritisa in znano, da je dejavnik tveganja za peptičnega in želodca malignosti. Prav tako je prva bakterija opazili, da deluje kot kancerogen.

Razvoj kroničnega gastritisa, povezanega z H. pylori
okužba multifaktorska proces. Oba H. pylori
in gostiteljice dejavniki vplivajo na patogenezo kroničnega gastritisa. Na H. pylori
stran, virulence dejavniki, ki jih H. pylori ne
edina škoda, ki so neposredno v želodcu epitelne celice, ampak tudi povečanje vnetnih proizvodnjo citokinov, proliferacijo epitelijskih celic in apoptozo. Vacuolating citotoksin (vaca) in gen-citotoksin povezana Protein (CagA) so glavni virulence dejavniki. CagA je prenesen v želodcu epitelijskih celic z vrsto sistemu izločanja IV, ki jih kodirajo CAG-patogenosti otoke. Oba fosforilirata in nonphosphorylated CagA lahko aktivirate citoskeletnim reorganizacijo in več signalov poti, kot so PI3A /Akt, beta-catenin in NF-kappaB (NF-κB) signalizacijo, ki spodbujajo širjenje in vnetje [1] - [2]. Vaca po vrsti sistem V-izločanja izločajo je ponotranjena v gostiteljske celice z endocitozo in vplivi različnih celičnih procesov, vključno s celično vakuolacijo, mitohondriji odvisna od celične smrti in povečanje prepustnosti želodčne epitelij, ki zavirajo aktivacijo T-celic in proliferacijo in začetek vnetnih odgovor [3]. Poleg tega Vaca tudi aktiviranje PI3A /Akt, MAPK in NF-κB signalnih [3] - [4]. -Nevtrofilcev aktivira protein (HP-NAP), ki ga izločajo H. pylori
je prav tako pomemben dejavnik virulence zaradi svoje zmožnosti za povzročanje nevtrofilcev za proizvodnjo reaktivnih kisikovih radikalov [5]. HP-NAP je imunski modulator in je sposoben inducirati ekspresijo interlevkin-12 (IL-12), IL-23 in IL-8 s stimulacijo različnih vnetnih celic, kot so nevtrofilcev, monocitov in dendritičnih celic. HP-NAP se zdaj obravnavajo kot ključni dejavnik pri vožnji vnetje Th1 v H. pylori
okužba [6] - [7]. H. pylori
lipopolisaharid (HP-LPS) povečuje celično proliferacijo in vnetje prek MEK1 /2-ERK1 /2 mitogenactivated protein kinaze kaskade in Toll-u podobnega receptorja (TLR) v epitelijskih celic želodca [8]. H. pylori
toplotno šok protein 60 (HP-hsp60) povzroči vnetni odziv prek receptorjev in MAPK poti na cestnina kot v monocitnih celic, makrofagov in epitelijskih celic želodca [9] - [11]. OipA, je znano, da vplivajo na tveganje za razvoj klinično H. pylori
-povezana bolezni, igra pomembno vlogo pri H. pylori
inducirano kontaktno aktiviranje oprijem kinaze in citoskeletnim reorganizacijo. Poleg tega so nekatere raziskave pokazale druge pathopoiesis dejavnikov, ki jih H izločajo. pylori
so bili vključeni v gostiteljske celice vnetno reakcijo [12] - [14]. Zato se lahko aktivira gostitelj vnetna reakcija in več signalov transductions biti primarni mehanizem pathopoiesis za H. pylori
.

Na strani gostitelja, domačina, ki preprečuje H. pylori
okužbe s spremembo v različnih vidikov. Izločanje protibakterijskih snovi in ​​želodčne sluznice pregrade so pomembni obrambni mehanizem na želodcu za omejitev širjenja H. pylori
. Laktoferin zavira rast bakterij, ki omejuje razpoložljivost zunajceličnih železovih ionov in laktoferin ima tudi antibakterijske lastnosti [15]. Komponente želodčne mucin lahko zavirajo biosintezo v H. pylori
steno. Nevtrofilcev in makrofagov proizvajajo velike količine reaktivnih kisikovih spojin (ROS) in dušikov oksid (NO), ki lahko proizvajajo reaktivne dušikove vrst (RNS) z reakcijo z O2 ^{˙- [16] - [18]. ROS in RNS lahko neposredno uničujejo bakterije. Poleg gostitelja vnetja in imunološki odziv na H. pylori
povečuje. Kronična okužba je bilo značilno povečanje števila limfocitov, makrofagov, nevtrofilcev, mastocitov in dendritične celice, in vnetnih celic v sub-epitelijskih želodca lamine proprie. Humoralnega imunskega odziva na H. pylori
je dosežen pri skoraj vseh H. pylori
okuženimi ljudi. [20] - IFN-γ so TNF, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10 in IL-18 nivoji v želodčni sluznici [19] povečala. dendritične celice človeških, iz monocitov javnost citokine in poveča izražanje velikih proteinov histokompatibilnostjo razred II [21]. Poleg tega, H. pylori
okužba lahko poveča proliferacijo celic [8], [22], kakor je za pridobitev želodca poškoduje sluznico in apoptozo epitelijskih celic želodca [18], [23]. Tako, da se prepreči H. pylori
okužba, gostitelj aktivira prepisovanje genov, vključenih v obrambni mehanizem, vnetne in imunološke reakcije, celično proliferacijo in apoptozo.}

Analiza izražanja genov gostiteljice profiliranje v odgovor na H. pylori
okužba lahko en pristop k boljšemu razumevanju vloge gostitelja dejavnikov v patogenezo. cDNA mikromrež je s številnimi raziskavami uporabljajo za preiskovanje spremembe v genov gostitelja izražanja H inducirane. pylori
okužbe. Te prejšnje študije so temeljile predvsem na bodisi vitro
kulture celic ali vivo
živalskih modelih [24] - [29]. Na primer, študije v Rhesus makak in U937 celicah ugotovili, da H. pylori
okužba spremeni gostitelj izražanje genov, povezane z imunskim utaje, vnetnih in imunskih odzivov, signalov in transkripcijskih faktorjev [24] - [25]. Izražanje genov profiliranje je bil prav tako zaposlen, da razišče človeške želodčne sluznice ali biopsija tkiva, okuženih s H. pylori
v Evropi in Južni Ameriki. V teh študijah so vzorci, ki se uporabljajo za genskih mikromrež so od tistih kroničnih trebušne pritožb v zvezi z ne-atrofični in atrofični gastritis, dvanajstniku in želodčnih razjed. In genski čipi, ki se uporabljajo v prejšnjih raziskavah so večinoma nizke gostote, ki je imel relativno omejeno število genov [30] - [32], z nedavno razen v kateri je bila v celotnem genomu mikromrež, ki predstavlja več kot 47.000 transkriptov, ki se uporablja za preiskavo izražanje genov profiliranje v evropskih bolnikov, okuženih s H. pylori
[33]. Vendar redka poročila, zlasti v Aziji, je na analizo genske ekspresije profiliranja človeške želodčne sluznice s H. pylori
-povezana kronično površinski gastritis uporabo cDNA visoke gostote mikromrež.

V sedanjih dela, kronično površnega gastritis, ki je zelo pogosta bolezen kronične trebušne pritožb na Kitajskem je bil izbran kot načinu bolezni H. pylori
okužba, in visoke gostote cDNA mikromrež vključno 14,112 kloniranih cDNA smo uporabili čip eksperiment. gen izraz profili h. pylori
okuženimi in neokuženih bolnike, ki imajo kronične površinski gastritis smo analizirali z BRB ArrayTools in programske opreme IPA. Spreminjanje genske ekspresije profilov je nadalje analizirati, naj preuči učinke H. pylori
okužbe na izražanje gena gostitelja. Primerjava teh profilov z objavljeno patološkega literaturi lahko prispeva k identifikaciji genov, povezanih z H. pylori
okužbe in boljše razumevanje za patogenimi mehanizmi H. pylori
in patofiziološki mehanizmi vključeni H. pylori
okuženimi kronični površinski gastritis.

Rezultati

Ta študija je bila zasnovana, da prepoznajo želodčne sluznice gene, biološke procese in interakcije omrežij molekularnih ujemajo s H. pylori
okužbe. Tehnologija cDNA mikromrež je bila uporabljena za raziskovanje sprememb v izražanju genov profilov med H. pylori
okuženih in neinficirane bolnikov s kronično površno gastritis. Različno izražene gene, ki jih je opredelila BRB ArrayTools mehko je bilo ugotovljeno, da so povezani z različnimi procesi biologije tudi pri presnovi beljakovin, vnetne in imunološke reakcije, prenos signalov, genskega prepisovanja, presnove elementov v sledovih, in tako naprej. Z IPA Core analize, večina teh genov so bile razvrščene v tri interakcijskih mrež molekularnih, ki sodelujejo pri izražanju genov, vnetni odziv in napredek raka.

Identifikacija različno izraženih genov v H. pylori
okuženimi in neokuženih bolnike, ki imajo kronične površinski gastritis

smo sprejeli genskih čipov, ki vsebujejo 14,112 klonirane cDNA za primerjavo profilov izražanja genov med H. pylori
okuženih in neinficirane bolnikov s kronično površno gastritis. Podatki o chip smo analizirali z BRB opreme ArrayTools. Od vseh kloniranih cDNA smo 6,143 genov ujema s filtriranje podatkov stanju. Osemintrideset geni so bistveno povezana z H. pylori
okužbo želodčne sluznice bolnikov s kronično površnega gastritis, ki so bili opredeljeni kot diferencialno izraženih genov. Te osemintrideset diferencialno izraženih genov vključenih 23 up-reguliranih genov in 15 navzdol reguliranih genov. Graf raztrosa z različno izraženih genov je prikazano na sliki 1. Med 38 genov, na 34 različno izražene geni imajo gene označevanje informacij, ki so udeleženi pri presnovi beljakovin, vnetna in imunološke reakcije, signalov, genskem prepisu, presnove elementov v sledovih in tako naprej (tabela 1).

Biološki procesi različno izraženih genov v H. pylori
okuženimi in neokuženih bolnike, ki imajo kronične površinski gastritis

Presnova beljakovin (tabela 1).

V tej študiji smo ugotovili, 9 genov, ki sodelujejo pri presnovi beljakovin. V 4 down-regulirane geni so GOLPH3, ASB15, RWDD4A in RNF138, in 5 up-regulirani geni so RPS14, RPS27, WASH1, PSMD5 in PSME2. Presnova beljakovin je zapleten proces, vključno z biosintezo peptida, ki je namenjen prometu, beljakovin ubikvitinacije pot itd.
RPS14 in RPS27 so sestavni ribosomskega 40S podenote. WASH1 in GOLPH3 sodelujejo v ciljno prevoz peptida. WASH1 zaposluje in aktivira kompleks Arp2 /3 za indukcijo aktina polimerizacije in igra ključno vlogo pri cepitvi v cevkah, ki služijo kot prometne intermediatov med endosoma sortiranje [34]. GOLPH3 je periferni membranski protein Golgi žetonov in ima regulativno vlogo v trgovini Golgi, ki je vpletena v trgovino beljakovin, recikliranje receptorja in beljakovin glikozilacije [35] - [36]. PSMD5 in PSME2 so sestavni del proteasom in sodelujejo pri procesu razgradnje beljakovin ubikvitina odvisna. ASB15, RWDD4A in RNF138 so vpleteni v encimov, ki sodelujejo pri beljakovin ubikvitinacije. ASB15 je del družine ankyrin ponovite in SOCS polje (ASB) in komunicira z Cul5-Rbx2 da tvorijo E3 ubikvitina ligaze, ki igra pomembne vloge prek-ubikvitinacije posredovane poti [37]. Nedavne raziskave kažejo, ASB15 uravnava sintezo beljakovin v skeletnih mišicah [38]. Čeprav je RWDD4A nima podrobnih pripis je RWD struktura precej podobna tisti, ubikvitina konjugiranje encimov (E2) [39]. Tako lahko funkcija RWDD4A so povezane s-ubikvitina konjugiranje encimov. RNF138 (znan tudi kot NARF) deluje kot E3 ubikvitin beljakovin ligaze, ki skupaj z NLK, ki je vključen v ubikvitinacije in degradaciji TCF /LEF. Medtem, RNF138 kaže tudi auto-ubikvitinacije aktivnost v kombinaciji z UBE2K [40].

Cell oprijem, protivnetno in imunološke reakcije (tabela 1).

H. pylori PODJETJA
kolonizirali v želodcu, ki ga vezava adhezinu in temu ustrezno receptorja. Po H. pylori
okužba, gostitelj povzroča dotok imunskih efektorskih celic in vnetnih celic v želodčni sluznici in spodbuja imunski in vnetni odziv. Tako so prepisi kodirajo imunskih in vnetnih proteinov odzivne ureja H. pylori
okužbe. Ugotovili smo, da lahko 7 geni povezan s to skupino. Med njimi je bilo CEACAM8, LGALS3BP, HLA-DRB1, GPX1 in NOSIP reguliran, medtem ko so MUC16 in C5ORF53 navzdol reguliran. CEACAM8, znan tudi kot CD66b, pripada karcinoembrionski Ag supergenem družino. CD66b je aktivacija dvojno podajo človekovih granulocitov in ureja adhezijo in aktivacijo človeških eozinofilcev [41]. LGALS3BP, imenovan tudi kot tumorjem povezan antigen 90k ali Mac-2 BP, spodbuja intergrin posredovano adhezijo celic in stimulira gostinskih obrambo pred virusi in tumorskih celic [42] - [43]. HLA-DRB1 je potreben za namestitev imunskega odziva. Aktivni kisik in NO so pomembni mediatorji vnetja. Glavna naloga GPX1 je za zaščito pred škodljivim učinkom endogeno oblikovanih hydroxyperoxides. NOSIP negativno uravnava NO proizvodnje [44]. MUC16 (znan tudi kot CA125) zagotavlja zaščito, mazanje pregrado pred povzročitelji infekcij pri sluzničnih površin in posreduje celično adhezijo [45]. C5ORF53 (Sopomenke: IgA indukcijo beljakovin homolog, IGIP) povečuje IgA izločanje iz B-celic stimuliranih z CD40 [46]

signalov (tabela 1)

SCGN, PHPT1 in MST4.. pridružite na poti signalizacijo med celicami. SCGN je kalcij veže protein z podobnosti kalmodulin in calbindin-D28K in se lahko povežejo Ca ^{2+ signalizacijo za exocytotic procesov [47]. PHPT1 katalizira defosforilacije v fosfohistidinsko [48], pri čemer MST4 katalizira fosforilacijo proteina serinske /treonin.}

Gene transkripcije (tabela 1).

več geni, povezani z transkripcijsko regulator v želodčni sluznici bilo ureja H. pylori
okužbe. V 3 down-regulirane geni so C19ORF2, NR1D2 in ELP4 in 4 up-regulirani geni te skupine so bili MED6, HDAC7, ANP32B in TCEB2. NR1D2 (znan tudi kot Rev-erbβ) in C19ORF2 (znan tudi kot RMP ali URI) deluje kot transkripcijske corepressors in negativno uravnava transkripcijo [49] - [50]. ELP4 deluje kot podenote elongator kompleksa RNA polimerazo II, ki je histon acetiltransferazne komponenta RNA polimeraze II (Pol II) holoenzyme in vključuje v transkripcijsko raztezka. TCEB2 je splošni transkripcijski raztezek dejavnik, ki povečuje RNA polimeraza II prepisu raztezek [51]. HDAC7 igra pomembno vlogo pri genski transkripcijske zatiranja s histonskih deacetilaz [52]. ANP32B uravnava izražanje genov, ki deluje kot histon varuha in zaviralec histon acetilacije [53]. MED6 je coactivator vključeni v urejenem transkripcijo skoraj vse RNA polimeraze II odvisnih genov [54].

metabolizem Trace element (tabela 1).

FTL (feritin, svetloba polipeptid) deluje kot shranjevanje železa v topne in netoksičnega stanju [55]. COMMD1 je večnamenski beljakovin in sodeluje pri regulaciji transkripcijski faktor NF-κB in nadzor bakra metabolizma [56]. SLC39A6 (Sopomenke: LIV1, ZIP6).. Spada v podskupino cinkovih prevoznikov [57]

Drugo (tabela 1)

Pet dodatni geni so različno izražena v H. pylori
okuženih sluznica, ki kodirajo proteine, vpletene v različnih znotrajceličnih funkcij. RNASEH2B sodeluje pri podvojitvi DNA in posreduje v izrezu enotnega RNA iz DNK: RNK dupleksov [58]. FLJ35220 nimajo podrobno pripis, lahko pa pripada endonukleaze V družino po švicarsko-Prot in GO analizo podobnosti, in sodelujejo v popravilo DNA v odziv na poškodbe DNA dražljaj. SULT1A4 (ali SULT1A3) katalizira sulfata konjugacijo fenolnih monoaminov (nevrotransmiterjev kot dopamina, noradrenalina in serotonina), fenolnih in kateholnih drogami [59]. COX7B je terminal komponenta mitohondrijske respiratorno verige in katalizira transfer elektronov z znižanim citokroma c na kisik. ATP6AP2 (Sinonimi: renina receptorjev) igra vlogo v sistem renin-angiotenzin (RAS) [60]

analiza grozd diferencialno izraženih genov

Opravili smo analizo gruče za vzorce od šestih. bolniki s kronično površno gastritis in 38 različno izraženih genov z uporabo BRB ArrayTools programsko opremo. Za vzorce so bolniki razdeljen na dva grozdov H. pylori
okuženih in neokuženih. Genov, so navzdol reguliranih genov združimo v dve skupini z C5ORF53, SCGN, RNF138, ELP4, RWDD4A, ASB15, C19ORF2 in RNASEH2B v eni skupini, medtem ko ATP6AP2, NR1D2, MUC16, GOLPH3, MST4 in SLC39A6 v drugi skupini; up-urejena geni so bili zbrani tudi v dve skupini. PSMD5, GPX1, WASH1, HDAC7, HLA-DRB1, RPS27, CEACAM8 in MED6 so jih združimo v eno skupino, ostali pa so oblikovali drugo skupino (slika 2).

Omrežje analiza diferencialno izraženih genov interakcije

Za razlagajo različno izraženih genov H. pylori
okužba v okviru bioloških procesov, poti in omrežij, so bile izvedene IPA Core Analize in tri visoke točkovanja omrežja (ocena > 15), vključno z 82% (28/34) z različno izraženih genov so bile ugotovljene (slika 3). Ti rezultati, ki izhajajo iz p
vrednot, navedeno verjetnost za izostritev genov, ki spadajo v omrežje v primerjavi s tistimi, ki jih zgolj naključju, s čimer se prepreči verjetnost njihovega pojavljanja v omrežju, da se zaradi hrupa. Omrežje 1 z najvišjim rezultatom (ocena = 25), ki je sestavljena iz genske ekspresije, malih molekul biokemije in raka. Drugi poznejše omrežja vključeni omrežje 2 (rezultat = 19) genske ekspresije, celični razvoj, celične rasti in proliferacije in omrežje 3 (ocena = 16) predstavitev antigena, vnetni odziv, dermatoloških bolezni in stanj. Ti rezultati pomenilo, da so bile spremenjene gene porazdeljena med različnimi omrežji, ki se lahko pričakuje, da bodo različne vpliva na bolnike, ki ga H. pylori
okužbe. Medtem, značilna ( p
< 0,05) "molekularna in celična funkcija" v programski opremi IPA je sestavljen iz predstavitve antigena, celične smrti, genske ekspresije, molekularne transporta in celičnega razvoja, najbolj pa je bil protein ubikvitinacije pot značilna ( p
= 0,0124) "top cerkvenih pot" spremeni H. pylori
okužba pri kronični površno gastritisa.

Na sliki 3 je pokazala interakcije genov v povezano omrežje. Dva izmed ključnih osrednjih točk v omrežju 1. so RNA polymeraseII in NF-κB (kompleks). C19ORF2, MED6 in TCEB2 neposredno urejena RNA-polimerazo II, medtem ko COMMD1, GPX1 in ATP6AP2 neposredno v interakciji z NF-κB. NOSIP in GOLPH3 posredno v interakciji z RNA polimerazo II in NF-κB prek BCL 2 in erbB2, oz. Poleg tega SCGN in PHPT1 posredno urejena NF-κB preko TAC1 in TRAF6 oz. CTNNB1, catenin (-kadherina povezan protein), beta 1, je bila pomembna osrednja točka v omrežje 2. HDAC7 in ANP32B neposredno v interakciji z CTNNB1, medtem ko FTL, CEACAM8, MST4, NR1D2 in RPS27 posredno v interakciji z CTNNB1, ki jih GADD45A, CEACAM1, ESPG, NCOR1 in HRAS oz. Eden od pomembnih osrednjih točk v omrežje 3 je MHC razreda II (kompleks). HLA-DRB1, SLC39A6 in LGALS3BP bil neposredno interakcijo z MHC razreda II. PSME2 in SULT1A3 so posredno povezane z MHC razreda II, ki ga IFNG (interferon, gama) in beta-estradiol, ki so bile prav tako pomembne centralne točke v omrežju 3.

SYBR zeleno kvantitativni PCR v realnem času potrditev izbranih genov

SYBR zeleno kvantitativni PCR v realnem času smo uporabili za potrditev izražanja podatke, pridobljene za 4 od podjetij in prekomerno genov z analizo mikromrež (tabela 2), odkritih. Prišlo je skladnost med podatki mikromrež in PCR podatkov v realnem času v vseh primerih. Vendar pa rezultati mikromrež precenil kratna sprememba s PCR najti.

Pogovor

Tukaj smo poročali rezultati mikromrež izražanja genov profiliranje želodčnega antralnih sluznice pri bolnikih s kronično površno gastritisom okuženih H. pylori
in neokuženih. Naši rezultati pokazali, da je H. pylori
okužba urejeno izražanje genov, povezanih s presnovo beljakovin, protivnetno in imunološke reakcije, prenos signalov, genskega prepisovanja, presnove elementov v sledovih, in tako naprej.

Do sedaj je večina genov, ki jih H. pylori
okužbe so bile ugotovljene s tradicionalnimi tehnikami, kot so Northern blot analizo ali obratno transkriptaze kvantitativna verižna reakcija s polimerazo (RT-qPCR). S temi tehnikami, eno ali omejeno število ciljnih genov lahko izbrani v enem poskusu, ki je običajno, ki so poskuse večinoma potrditi ali ovreči določene hipoteze, vendar ne vodi v odkrivanje nepričakovanih različno izraženih genov. Vendar cDNA mikromrež tehnologija dovoljene raziskovalci ne le za študij deset hkrati tisoč genov, temveč tudi za ugotavljanje nepričakovanih genov, ki bi morala biti močno koristno razumeti patogeno mehanizem H. pylori
. Kljub temu, kako = prikaz veliko podatkov, plemeniti, ki jih čip poskusa je še vedno uganka te metodologije. Interpretiranja podatkov, obstajata dva pomembna dela, natančno identifikacijo genov, ki so različno izražene med skupinami vzorcev, odvzetih iz različnih vrst tkiv, in uporabo teh genov pojasniti patogeno mehanizem H. pylori
. BRB ArrayTools je celovit programske opreme s strani strokovnih biostatisticians razvil z izkušnjami pri oblikovanju in analizi študij cDNA mikromrež, ki je splošno priznana kot najbolj statistično ustrezen paket na voljo za analizo podatkov cDNA mikromrež za. V naši tej raziskavi smo uporabili BRB ArrayTools opredeliti različno izraženih genov in skupek teh genov in vzorcev. Da bi povečali točnost podatkov, so podatki filtri storiti pred analizo razred primerjava, vključno s fizičnimi filers, normalizacijo in genskih filtrov. Potem nastavitvijo p
vrednosti ( p
< 0,001) in krat polnjenje (več kot 2,0) so bili uporabljeni za zmanjšanje lažno pozitivno pomemben delež [61]. IPA je Ingenuity® zbirke znanja, je odlagališče bioloških interakcij in funkcionalnih pripisi ustvarjene iz milijonov posamično vzoru odnosov med proteini, genov, metaboliti, kompleksi itd
. Te vzoru odnosi vključujejo bogate vsebinske podrobnosti, povezavo na originalni članek, in so ročno pregledani za točnost. IPA je bil sprejet in ki jih uporablja biološke znanosti raziskovalne skupnosti. V tej raziskavi smo uporabili IPA za označevanje gensko biološko funkcijo in gradnjo interakcijo omrežje za različno izraženih genov. Tako združuje superiorities z BRB ArrayTools in IPA z objavljenimi literature o H. pylori
bi lahko bil boljši pristop za razumevanje patogeni mehanizem v analizi cDNA mikromrež.

H. pylori
in njegovi produkti /virulenčni dejavniki vstop gostiteljskih celic, bodisi s IV sistem izločanja tipa direktno vbrizgava v citoplazmo (npr CagA) ali z mehanizmom endocitoze se internalizira v celico gostiteljico (npr Vaca, LPS, ureazo) . Poleg tega je Vaca inducirane celic vacuolization povezane z nastankom endosoma in razvrščanje. Te študije so pokazali, WASH1 ki urejena endosoma obliko in trgovini z vplivanjem na aktin polimerizacijo [34], je up-urejena. Po H. pylori
virulence dejavniki vstop v želodcu epitelij, se kopičijo v citoplazemske strukturo delcev bogati (PACS), ki se pojavi v ribosoma bogati citoplazmo. Poleg colocalization za Vaca CagA in ureaze, PACS koncentrati zunanje membrane beljakovine z NOD1 receptorja in ubikvitin-proteasoma sistem (UPS), komponent, vključno z-ubikvitina aktivira encim E1, polyubiquitinated proteinov in proteasomski komponent [62]. NOD1 je selektivni H. pylori
receptor, ki se odziva na bakterijo ali njenih dejavnikov virulence, ki jih sproščajo citokine in kemokinov. UPS je glavna pot razgradnje niso lizosomalne različnih celičnih proteinov. Nedavna študija je pokazala, protein ubiquitylation je imel ključno vlogo pri uravnavanju imunskega odziva [63]. Tako PACS imajo lahko pomembno vlogo pri bakterijskih prepoznavanje in ravnanje, in lahko uravnavajo delovanje toksinov /virulentnih dejavnikov in povzročijo ustrezne imunske odzive, zlasti s pomočjo immunoproteasome [62]. V tej študiji sta bili ribosome beljakovine RPS14 in RPS27 in dve proteasom komponente PSMD5 in PSME2 up-regulirani. Ti rezultati so pokazali, da H. pylori
okužba lahko spodbujajo PACS nastanek. Poleg tega ASB15, RNF138 in RWDD4A so vključeni v ubiquitylation spremembo, ki ima ključno vlogo pri uravnavanju imunskega odziva [63]. Trije geni so navzdol urejena v naši raziskavi. ASB15, ki sodelujejo pri oblikovanju E3 ubikvitina ligaze [37], je sestavni del ankyrin ponovitev in SOCS polje (ASB) družine, ki pripada supresorski od citokinov signalizacijo (SOCS) polje beljakovin naddružine [38]. V ankyrin ponavlja se lahko veže na RHD NF-κB, da prikrijejo svoje zaporedje jedrsko lokalizacijo, s čimer se ohranja NF-κB v citoplazmi in inhibicijo aktivacije NF-κB [63]. RNF138 (NARF) je vsebuje RING E3 ubikvitin-protein ligaze ki ima ključno vlogo pri periferni toleranco T-celic in inhibicijo aktivacije T-celic [63]. Poleg tega RNF138 zavira signaliziranje na NT /beta-catenin [40]. Navzdol-ureditev ASB15 in RNF138 v tej študiji je navedeno H. pylori
okužba lahko spodbujajo vnetnih gostitelja in imunskega odziva. RWDD4A ni bil obrazložen in njegovo razmerje do H. pylori
potrebe okužba je treba dodatno preučiti. Če povzamemo, ti rezultati pokazali, da je H. pylori
okužba lahko spodbujajo PACS oblikovanja in posledično povzroči gostitelja različnih celični proces, vključno vnetnih in imunskih odzivov in prenos signalov.

Izrazite značilnosti H. pylori
-povezana kronični gastritis so obstojne kolonizacija H. pylori
in vztrajno okrepljeno vnetje z večjo infiltracijo vnetnih celic v lokalnem želodčne sluznice. Zato, H. pylori
najprej razvijati različne trike, da se rešijo iz gostiteljske protimikrobne obrambni mehanizem, da se vztrajno kolonizirajo v želodcu. Naša cDNA mikromrež podatke posredovala tudi nekaj dokazov v teh vidikih. MUC16, ki zagotavlja zaščito, mazanje pregrado pred povzročitelji infekcij pri sluzničnih površin [45], je bilo ugotovljeno, navzdol ureja H. pylori
. Imunoglobulin A (IgA) je pomemben del lokalnega imunitete želodčne sluznice, ki igra pomembno vlogo pri obrambi pred patogeni invazijo in vzdrževanje črevesja homeostaze [64] - [65]. C5ORF53, povečuje izločanje IgA [46], je navzdol ureja H. pylori
. NO in ROS so pomembni mediatorji vnetja, ki lahko neposredno uničujejo bakterije. Kot gostitelj protimikrobna obrambni mehanizem, ROS in NO proizvaja makrofagov in nevtrofilcev je bilo povzročenih s H. pylori
okužba [18]. Vendar pa je NOSIP in GPX1, ki lahko zavirajo NO in ROS proizvodnjo, oziroma [44], so up-urejena z H. pylori
v tej študiji. Ti rezultati so pokazali, da H. pylori lahko
pobeg obrambni mehanizem gostitelja z zakonsko ureditvijo povezano izražanje genov tako vztrajno kolonizirajo v želodčni sluznici, ki je bila potrjena na drug čip eksperiment [25]. Poleg tega H. pylori
in njeni izdelki /virulence dejavniki povzročijo vnetje in odpornostjo reakcije po okužbo celic gostiteljic. Več mikromreže Rezultati raziskave so pokazali, da H. pylori
infekcija močno povezana s prekomerno ekspresijo MHC razreda II antigen predstavljajoče genov, ubikvitin-D, CXCL-2 in -13, CCL18 in VCAM-1 genov [30], [32] - [33]. V našem tej študiji so celične adhezije molekule CEACAM8 in MHC razreda II gen, ki prezentirajo antigen HLA-DRB1 našel H navzgor regulirano. pylori
okužbe, medtem ko je celica kemokini ali njihovi receptorji prikaže nobene razlike. pylori
. pylori
. pylori
okužbe. H. pylori
. pylori
okužbe. pylori
okužbe. pylori
okužbe.

• Plos ONE: Epstein Barr Virus in Helicobacter pylori Sočasna okužba Ali pozitivno povezana s hudimi gastritis pri pediatričnih bolnikih
• Plos ONE: priročno model huda, visoka pojavnost avtoimunski gastritis so jo povzročile poliklonskih efektor T celice in brez motnje regulatornih celic T