PLoS ONE: Gene Expression Profiliranje u sluznici želuca iz Helicobacter pylori-Infected i nezaraženih bolesnika liječenih kroničnom površna gastritis

Sažetak pregled

Helicobacter pylori pregled infekcija reprograms ekspresiju domaćina gena i utjecaja različitih staničnih procesa, koji su istraženi u cDNA microarray pomoću in vitro
kulture stanica i in vivo pregled želuca biopsiji kod pacijenta kronične abdominalne žalbe. Kako bi se dodatno istražiti učinke H. pylori pregled infekcija na ekspresiju domaćin gena, prikupili smo želučanog antralni uzorke sluznicu od 6 neliječenih bolesnika s gastroscopic i patološkog potvrde kronične površne gastritis. Među njima su tri pacijenta su zaraženi H. pylori
i druge tri pacijenti nisu bili. Ovi uzorci su analizirani mikročipa čip koji sadrži 14,112 klonirane cDNA i microarray podaci su analizirani putem BRB ArrayTools softvera i domišljatosti putevi analiza (IPA) web stranice. Rezultati su pokazali 34 gene od 38 različito izraženim genima uređena H. pylori pregled infekcije su označeni. Točku geni uključeni u metabolizam proteina, upalne i imunološke reakcije, prijenosa signala, genske transkripcije, mikroelemenata metabolizma, i tako dalje. 82% od tih gena (28/34) su svrstani u tri molekularnih interakcija mreža uključenih u ekspresiji gena, napredak raka, prezentaciju antigena i upalnog odgovora. Izraz podaci polja hibridizacije je potvrdio kvantitativne real-time PCR testovima. Uzeti zajedno, ovi podaci pokazuju da H. pylori pregled infekcija može mijenjati stanične Gene Expression procese, pobjeći domaćin obrambeni mehanizam, povećanje upalnih i imunih odgovora, aktiviranje NF-kB i Wnt /β-katenina signalni put, poremetiti metalni ion homeostazu, te izazivati ​​karcinogeneze. Sve to bi moglo pomoći u objašnjavanju H. pylori
patogeni mehanizam i gastroduodenalnog patogenezu izazvanu H. pylori pregled infekcije pregled

Izvor:. Yang Z-M, Chen W-W, Wang Y-F (2012) Gene Expression Profiliranje u sluznici želuca iz Helicobacter pylori pregled -Infected i nezaraženih bolesnika liječenih kroničnom površna gastritis. PLoS ONE 7 (3): e33030. doi: 10,1371 /journal.pone.0033030 pregled

Urednik: Niyaz Ahmed, Sveučilište u Hyderabad, Indija pregled

Primljeno: 12. srpnja 2011; Prihvaćeno: 9. veljača 2012; Objavljeno: 16. ožujak 2012 pregled

Copyright: © 2012 Yang i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Autori 'rukopis je podržan od strane Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (NO 90209004.) (http://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm), Guangdong Natural Science Foundation (NO 05.102.323.) (http: //gdsf.gdstc.gov.cn/) i E-Institut graditeljstva plan projekta Šangaj Općinski odbor za obrazovanje (br. E03008) (http://www.shmec.gov.cn/). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

suprotstavljenih interesa.. Autori su izjavili da ne postoje popunjavanju interesi pregled

Uvod pregled

Helicobacter pylori pregled ( H. pylori pregled) je spiralna oblika gram-negativna bakterija koja naseljava želudac u oko 50% svih ljudi. Čak i ako je većina H. pylori pregled -colonized pojedinci ostaju asimptomatski, H. pylori pregled, infekcija je najčešće glavni uzrok kroničnog gastritisa i zna da je faktor rizika za peptičkog ulkusa i želuca malignosti. To je ujedno i prvi bakterija primijetio da djeluje kao karcinogene. Pregled

Razvoj kronični gastritis povezan s H. pylori infekcija pregled multifaktorijalni proces. Oba H. pylori pregled i faktori domaćina utjecati na patogenezu kroničnog gastritisa. Na H. pylori pregled strana, čimbenika virulencije produkciji h. pylori nije
samo štetu izravno želučane epitelnih stanica, ali i povećati proizvodnju upalnih citokina, proliferaciju epitelnih stanica i apoptozu. Vakuolirajući citotiksin (Vaca) i citotiksin povezan s gen Protein (CagA) su glavni čimbenici virulencije. CagA je premještena u želučanog epitela putem sustava za izlučivanje IV tipa, koje kodira CAG-patogenosti otoka. I fosforilira i nonphosphorylated CagA aktivirati citoskeleta reorganizaciju i nekoliko puteva prijenosa signala, kao što su PI3A /Akt, beta-katenina i NF-kapa B (NF-kB), signalne koji pospješuju proliferaciju i upale [1] - [2]. Vaca izlučuju sustav V izlučivanja tip internalizira u stanice domaćina pomoću endocitoze i utjecaja različite stanične procese, uključujući stanične vakuolizacijom, mitohondrija ovisne stanične smrti i povećanje propusnosti želučanog epitela, inhibicija aktivacije T-stanica i proliferacije i iniciranje protuupalne reakcije. [3] Osim toga, Vaca aktivirati PI3A /Akt, MAPK i signalizaciju NF-kB [3] - [4]. Neutrofilni-aktivirajući protein (HP-NAP) luče H. pylori pregled je također važan čimbenik virulencije zbog svoje sposobnosti da pobudi neutrofili za proizvodnju reaktivne kisikove radikale [5]. HP-NAP je imunološki modulator te je u stanju inducirati ekspresiju interleukina-12 (IL-12), IL-23 i IL-8, stimulirajući različite upalne stanice kao što su neutrofili, monociti i dendritičke stanice. HP-NAP sada smatra kao presudan faktor u vožnji upalu Th1 u H. pylori pregled infekcija [6] - [7]. H. pylori pregled lipopolisaharida (HP-LPS) pojačava proliferaciju stanica i upalu putem MEK1 /2 ERK1 /2 mitogenactivated protein kinaze kaskade i Toll-like receptora (TLR), u epitelnim stanicama želuca. [8] H. pylori pregled toplinski šok proteina 60 (HP-hsp 60) uzrokuje upalnu reakciju preko Toll-like receptora i MAPK putanja u monocita stanice, makrofagi i želučanih epitelnim stanicama [9] - [11]. OipA, zna da utječu na rizik za razvoj klinički H. pylori pregled povezani s grupom bolesti, igra važnu ulogu u H. pylori
pobuđenog žarišnu aktivaciju prianjanje kinaze i citoskeleta reorganizaciju. Osim toga, neka istraživanja su pokazala i druge čimbenike pathopoiesis luče H. pylori pregled su uključene u upalne reakcije stanice domaćina [12] - [14]. Prema tome, aktiviranje domaćin upalna reakcija i nekoliko trandukcija signala može biti primarni mehanizam pathopoiesis u H. pylori pregled. pregled

Na strani domaćina, neutralizira domaćin H. pylori
infekcije promjene u različitim aspektima. Lučenje antibakterijskih tvari i želučane sluznice barijere su važne obrambene mehanizme želudac za ograničavanje širenja H. pylori
. Laktoferin inhibira rast bakterija ograničavanjem dostupnosti izvanstaničnog iona željeza i laktoferin ima antibakterijska svojstva [15]. Komponente želučanoj sluzi može inhibirati biosintezu H. pylori pregled zid. Neutrofili i makrofagi proizvode velike količine reaktivnih vrsta kisika (ROS) i dušičnog oksida (NO) koji se može proizvesti reaktivnih dušika (RNS) reakcijom s O2 ^{˙- [16] - [18]. ROS i RNS može izravno ubiti bakterije. Osim toga, domaćin upalne i imunološke reakcije na H. pylori
povećava. Kronična infekcija je karakteriziran povećanjem broja limfocita, makrofaga, neutrofila, mastociti i dendritične stanice i infiltracija upalnih stanica u sub-epitela želuca lamina propria. Humoralni imuni odgovor na H. pylori pregled izazvana u gotovo svim H. pylori
-infected ljude. IFN-γ, TNF, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10 i IL-18 razine su porasli u sluznici želuca [19] - [20]. Monocita-izvedeni ljudska dendritičke stanice otpuštaju citokine i povećati ekspresiju glavnog sustava tkivne kompatibilnosti razreda II proteina [21]. Štoviše, H. pylori pregled infekcije mogu povećati proliferaciju stanica [8], [22] kao i za popravljanje oštećenja želuca sluznice i apoptozu želučanog epitela [18], [23]. Dakle, da se suprotstavi H. pylori pregled infekcija, domaćin aktivira transkripciju gena koji su uključeni u obrambenom mehanizmu, upalne i imunološke reakcije, stanične proliferacije i apoptoze. pregled}

Analiza ekspresije gena domaćina profiliranje u odgovoru na H. pylori pregled, infekcija može biti jedan pristup kako bi se bolje razumjeli ulogu faktora domaćina u patogenezi. cDNA mikropostrojima je korišten od strane mnogih istraživanja je istražiti promjene u ekspresiji gena domaćina izazvanog H. pylori
infekcije. Ove prethodne studije temelje se uglavnom na bilo u
stanica in vitro kulture ili in vivo
životinjskih modela [24] - [29]. Na primjer, istraživanja u rezus makaka i 937 stanica utvrdili da H. pylori pregled infekcija mijenjati domaćin ekspresija gena povezana s imunološkim utaje, upalnih i imunih odgovora, prijenos signala i transkripcijskih faktora [24] - [25]. Genska ekspresija profiliranje je također bio korišten za istraživanje ljudske želučane sluznice ili biopsiju tkiva zaražene H. pylori
u Europi i Južnoj Americi. U ovim studijama, uzorci koriste za genske mikropoljima su od onih kroničnih abdominalnih pritužbe odnose na ne-atrofični i atrofičnog gastritisa, duodenum i želučani vrijed. A gena čipovi koji se koriste u prethodnih istraživanja su uglavnom niske gustoće koji je imao relativno ograničen broj gena [30] - [32], s nedavnim iznimke u kojima je korišten cijeli genom mikropostrojima predstavlja više od 47.000 transkripata istražiti ekspresiju gena profiliranje u europskim pacijenata zaraženih H. pylori pregled [33]. Međutim, rijetko izvješće, posebno u Aziji, nalazi se na analizi profila genske ekspresije ljudskog želučane sluznice iz H. pylori
su povezane s kroničnom površna gastritis pomoću visoke gustoće cDNA mikročipa. pregled

U ovom radu, kronične površne gastritis što je vrlo česta bolest kronične abdominalne pritužbi u Kini je odabran kao način rada bolesti H. pylori pregled infekcija, a visoke gustoće cDNA mikropostrojima uključujući 14,112 kloniranih cDNA se koristi za čip eksperiment. Profila genske ekspresije u h. pylori pregled -infected i neinficirane pacijenti kronične površne gastritis analizirani su BRB ArrayTools i softver IPA. Izmjena Gene Expression profila dalje analizirana istražiti učinke H. pylori
infekcije na ekspresiju domaćina gena. Usporedba tih profila s objavljenim patološkog literaturi može doprinijeti identifikaciji gena koji su povezani s H. pylori
infekcije i bolje razumijevanje bi patogene mehanizme H. pylori pregled i patofiziološki mehanizmi uključeni H. pylori pregled -infected kronični gastritis površni. pregled

Rezultati pregled

Ova studija je osmišljen kako bi identificirati želučane sluznice geni, biologija procese i molekularne interakcije mreže u korelaciji s H. pylori
infekcije. CDNA mikropostrojima tehnologija korištena je za istraživanje promjena ekspresije gena profila između H. pylori
zaražene i nezaražene bolesnike s kroničnim površne gastritis. Diferencijalno ekspresirana geni identificirani BRB ArrayTools mekih nađeno je da se odnosi na različitim biološkim procesima, uključujući metabolizam proteina, upalne i imunološke reakcije, prijenosa signala, genske transkripcije, mikroelemenata metabolizma, i tako dalje. Do IPA temeljnim analizama, većina tih gena su kategorizirani u tri molekularnih interakcija mreža uključenih u ekspresiji gena, upalnog odgovora i napredak raka. Pregled

Identifikacija različito izražene gena u H. pylori pregled -infected i neinficirane pacijenti kronično površna gastritis

usvojen genskih čipova koji sadrže 14,112 klonirane cDNA za usporedbu profila genske ekspresije između H. pylori
zaražene i nezaražene bolesnike s kroničnim površne gastritis. Podaci chip analizirani su BRB ArrayTools softvera. Od svih kloniranih cDNA, 6,143 geni su usklađeni s filtriranje podataka stanju. Trideset i osam geni su značajno korelira s H. pylori
infekcije želučanoj sluznici bolesnika s kroničnim gastritisom površne, koje su definirane kao diferencijalno eksprimirani geni. Ove trideset i osam različito izražene gene uključene 23 regulira prema gore gene i 15 dolje propisane gene. Scatterplot za diferencijalno eksprimirani geni je prikazan na slici 1. Od 38 gena, 34 diferencijalno eksprimirani geni imaju gene primjedba informacije, koji su uključeni u metabolizam proteina, upalne i imunološke reakcije, prijenosa signala, genske transkripcije, mikroelemenata metabolizam i tako dalje (Tablica 1). pregled

Biološki procesi različito izražene gena u H. pylori pregled -infected i neinficirane pacijenti kronično površna gastritis pregled

Proteini metabolizam (Tablica 1). pregled

U ovoj studiji, pronašli smo 9 gena uključenih u metabolizam proteina. The 4 dolje regulirani geni su GOLPH3, ASB15, RWDD4A i RNF138 i 5 up-regulirani geni su RPS14, RPS27, WASH1, PSMD5 i PSME2. Protein metabolizam je složen proces, uključujući biosinteze peptida, ciljani promet, proteina ubiquitination put i sl. Pregled RPS14 i RPS27 su sastavni ribosomske 40S podjedinice. WASH1 i GOLPH3 sudjelovati u ciljanim transport peptida. WASH1 regruta i aktivira Arp2 /3 kompleks da izazove aktinske polimerizacija i igra ključnu ulogu u fisije od tubula koje služe kao prometni intermedijeri u endozomu sortiranje [34]. GOLPH3 je protein iz periferne membrane u Golgi kanala i ima regulatornu ulogu u Golgi ljudima, koji je uključen u trgovinu proteina, recikliranje receptora i proteina glikozilaciju [35] - [36]. PSMD5 i PSME2 su sastavni dio proteazomu i sudjeluje u procesu razgradnje proteina ubikvitina ovisna. ASB15, RWDD4A i RNF138 su upleteni u enzimima koji sudjeluju u proteinskom ubiquitination. ASB15 je komponenta ankyrin ponavljanja i SoCs kutija (ASB) obitelji i interakciju s Cul5-Rbx2 formirati E3 ubikvitina ligases, koji igra značajnu ulogu preko ubikvitiranja posredovane puta [37]. Nedavna istraživanja pokazuju ASB15 regulira sintezu proteina u skeletnim mišićima [38]. Iako RWDD4A nema detaljne primjedba je RWD struktura značajno podsjeća na ubikvitin-konjugaciju enzima (E2) [39]. Prema tome, funkcija RWDD4A može biti povezana na ubikvitinske-konjugaciju enzima. RNF138 (također poznat kao NARF) djeluje kao E3 ubikvitina-proteina ligaze, koji je zajedno s NLK, sudjeluje u ubiquitination i razgradnje TCF /LEF. U međuvremenu, RNF138 također pokazuje auto-ubiquitination aktivnost u kombinaciji s UBE2K [40]. Pregled

Adhezija stanica, upalni i imunološki reakcija (Tablica 1). Pregled

H. pylori
su kolonizirani u želucu vezanjem Adhesin i odgovarajuće receptore. Nakon H. pylori pregled infekcija, domaćin engenders priljev stanice imunog i upalnih stanica u sluznici želuca i potiče imunološki i upalni odgovor. Tako transkripti kodiraju imunoloških i upalnih odgovora proteina regulirana su H. pylori
infekcije. Otkrili smo da je 7 geni mogu biti povezani s ovom grupom. Među njima, CEACAM8, LGALS3BP, HLA-DRB1, GPX1 i NOSIP su up-regulirana, dok MUC16 i C5ORF53 podregulirani. CEACAM8, također poznat kao CD66b, pripada karcinoembrionski Ag genskoj obitelji. CD66b je aktivacija marker za ljudska granulocita i regulira adheziju i aktivaciju ljudskih eozinofila [41]. LGALS3BP, također nazvan kao tumorski antigen 90k ili Mac-2 BP, potiče intergrin posredovane stanične adhezije i stimulira obranu domaćina protiv virusa i tumorskih stanica [42] - [43]. HLA-DRB1 potreban da podigne imuni odgovor. Aktivan kisik i NO su važni medijatori upala. Glavna funkcija GPX1 je za zaštitu od štetnog učinka endogeno formiranih hydroxyperoxides. NOSIP negativno regulira nema proizvodnje [44]. MUC16 (također poznat kao ca125) osigurava zaštitni podmazivanje barijeru infektivnih agensa na mukoznim površinama i posreduje stanične adhezije [45]. C5ORF53 (sinonimi: IgA inducira proteina homologa, IGIP) pojačava izlučivanje IgA iz B-stanica stimuliranih putem CD40 [46] pregled

Prijenos signala (Tablica 1) pregled

SCGN, PHPT1 i MST4.. pridruže u stanične signalizacije. SCGN je protein veže kalcij sa sličnostima kalmodulina i calbindin-D28k i mogu povezati Ca ^{2 + signalizacija na ekzocitotičko procesa [47]. PHPT1 katalizira defosforilaciju phosphohistidine [48], a MST4 katalizira fosforilaciju proteina serin /treonin. Pregled}

transkripciju gena (Tablica 1). Pregled

nekoliko gena koji se odnose na regulator transkripcije na želučane sluznice regulirano H. pylori
infekcije. U 3 dolje regulirani geni su C19ORF2, NR1D2 i ELP4 i 4 up-regulirani geni iz ove skupine su MED6, HDAC7, ANP32B i TCEB2. NR1D2 (također poznat kao Rev-erbβ) i C19ORF2 (također poznat kao RMP ili URI) djeluju kao transkripcije corepressors i negativno moduliraju transkripciju [49] - [50]. ELP4 djeluje kao podjedinice RNA polimeraza II elongator kompleks, koji je za histon acetiltransferaze komponenta RNA polimerazom II (Pol II) holoenzima i uključuje na transkripcije istezanja. TCEB2 je opći transkripcijski faktor istezanja koji povećava RNA polimeraze II transkripcije produljenje [51]. HDAC7 igra ulogu u genskoj potiskivanjem transkripcije pomoću histon deacetilaza [52]. ANP32B regulira ekspresiju gena, djelujući kao histona chaperone i inhibitor acetiliranja histona [53]. MED6 je koaktivator uključeni u reguliranom transkripciju gotovo svi RNA polimeraze II-ovisne gene [54]. Pregled

metabolizam mikroelemenata (Tablica 1). Pregled

FTL (feritin, svjetlo polipeptid) djeluje kao skladištenje željeza topljivog, netoksičnim stanja [55]. COMMD1 je višenamjenski protein, te sudjeluje u regulaciji transkripcije NF faktora-kB i kontrolu metabolizma bakra [56]. SLC39A6 (sinonimi: LIV1, ZIP6).. Spada u podvrstu cink transportera [57] pregled

Ostalo (Tablica 1) pregled

Pet dodatnih geni su različito izraženi u H. pylori pregled zaražene sluznica, koje kodiraju proteine ​​koji su uključeni u različitim unutarstaničnih funkcija. RNASEH2B sudjeluje u replikaciji DNA, te posreduje isjecanje jedne RNA iz DNA: RNA dupleksa [58]. FLJ35220 nemam detaljnu napomenu, ali može pripadati endonukleaze V obitelji prema švicarskom-Prot i GO analiza sličnosti i sudjeluju u popravku DNA, kao odgovor na oštećenje DNA poticaj. SULT1A4 (ili SULT1A3) katalizira sulfat konjugaciju fenolnih monoamina (neurotransmitera kao što su dopamin, norepinefrin i serotonin), fenol i katehol droge [59]. COX7B je terminal komponenta mitohondrijskog respiratornog lanca i katalizira transfer elektrona iz sniženim citokroma c za kisik. ATP6AP2 (sinonimi: renin receptora) igra važnu ulogu u renin-angiotenzinski sustav (RAS) [60] pregled

Klaster analiza različito izražene gene

Izvršili smo klaster analizu uzoraka iz šest. pacijenti kronične površne gastritis i 38 različito izražene gene koje koriste BRB ArrayTools softvera. Za uzorke, pacijenti su bili podijeljeni u dvije skupine od H. pylori
zaražene i nezaražene. Za genima, dolje regulirani geni su grupirani u dvije skupine s C5ORF53, SCGN, RNF138, ELP4, RWDD4A, ASB15, C19ORF2 i RNASEH2B u jednoj grupi, a ATP6AP2, NR1D2, MUC16, GOLPH3, MST4 i SLC39A6 u drugoj skupini; doregulirani geni također svrstati u dvije skupine. PSMD5, GPX1, WASH1, HDAC7, HLA-DRB1, RPS27, CEACAM8 i MED6 su grupirani u jednu skupinu, dok je ostatak formira drugu skupinu (slika 2). Pregled

Mreža analiza različito izražene gene interakcije

Kako tumačiti različito izražene gene H. pylori pregled infekcije u kontekstu bioloških procesa, putova i mreža, IPA Temeljne analize provedene su i tri visoke bodovanje mreže (ocjena > 15), uključujući 82% (28/34) od različito izražene gene su identificirane (Slika 3). Ovi rezultati, dobiveni iz p
vrijednosti, ukazuje na vjerojatnost gena fokus pripadaju mreži u odnosu na one dobivene od strane samo slučajno, čime se eliminira vjerojatnost njihove pojave u mreži da se zbog buke. Mreža 1 s najvećim brojem bodova (ocjena 25), sastoji se od ekspresije gena, male molekule biokemije i raka. Naknadni mreža uključuju mreža 2 (rezultat = 19) od ekspresije gena, staničnog razvoja, staničnog rasta i proliferacije i mreža 3 (ocjena 16) antigena, upalnog odgovora, dermatoloških bolesti i stanja. Ovi rezultati dala je naslutiti da promijenjeni geni su raspoređene na različitim mrežama koje bi se moglo očekivati ​​na različitim utjecajem na pacijentima H. pylori
infekcije. U međuvremenu, značajna ( p pregled i 0.05) "Molecular and Cellular funkcija" u IPA softver je sastavljen od antigena, staničnu smrt, ekspresija gena, molekulske prometa i stanični razvoj, a protein ubikvintinacija put je najviše značajna ( p pregled = 0,0124) "top kanonski put" promijenjen u H. pylori pregled infekcija kod kronične površne gastritis. pregled

Na slici 3 je pokazao interakcije gena u povezanom mrežom. Dva od ključnih središnjih točaka u mreži 1 bile RNA polymeraseII i NF-kB (kompleks). C19ORF2, MED6 i TCEB2 izravno regulira RNA polimeraze II, dok COMMD1, GPX1 i ATP6AP2 izravno u interakciji s NF-kB. NOSIP i GOLPH3 posredno u interakciji s RNA polimeraze II i NF-kB, preko BCL2 i erbB2, respektivno. Osim toga, SCGN i PHPT1 neizravno regulirano NF-kB putem TAC1 i TRAF6, respektivno. CTNNB1, katenina (kadherina protein povezan), beta 1, bio je važan središnja točka u mrežu 2. HDAC7 i ANP32B izravno komunicirali sa CTNNB1, dok FTL, CEACAM8, MST4, NR1D2 i RPS27 posredno u interakciji s CTNNB1 po GADD45A, CEACAM1, EGF, NCOR1 i HRAS, redom. Jedan od važnih središnjih točaka u mreži 3 bio MHC klase II (kompleks). HLA-DRB1, SLC39A6 i LGALS3BP imao izravnu interakciju s MHC klase II. PSME2 i SULT1A3 su neizravno povezani s MHC razreda II IFNG (interferon, gama) i beta-estradiol, koji su također važni središnje točke u mreži 3. pregled

SYBR zeleno kvantitativne real-time PCR potvrda odabranih gena

SYBR green kvantitativno u realnom vremenu PCR je korištena za potvrđivanje ekspresije podatke dobivene za 4 od premale i prekomjerna ekspresija gena otkrivenih analize mikropolja (Tablica 2). Bilo je podudarnost između podataka microarray i PCR podataka u stvarnom vremenu u svim slučajevima. Međutim, rezultati microarray precijenio promjenu razine promjene pronađen PCR-om. Pregled

Rasprava pregled

Ovdje smo izvijestili su rezultati microarray ekspresije gena profiliranje u želučanoj sluznici antralnog od pacijenata kronične površne gastritis zaraženih H. pylori
i nezaražene. Naši rezultati su pokazali da je H. pylori pregled infekcija regulirana ekspresija gena koji se odnose na metabolizam proteina, upalne i imunološke reakcije, prijenos signala, transkripcije gena, metabolizam elemenata u tragovima, i tako dalje. pregled

Do sada, većina gena reguliranih H. pylori infekcije pregled identificirano tradicionalnim tehnikama kao što je Northern blot analize ili polimeraza lančana reakcija reverzne transkriptaze kvantitativnom (RT-qPCR). S tim tehnikama, jedan ili ograničenog broja ciljnih gena mogu biti izabrani u jednom eksperimentu, koji se obično napravljen, eksperimenti bili skloni potvrditi ili opovrgnuti određene hipoteze, ali ne i dovesti do otkrića neočekivanih različito izraženim genima. Međutim, cDNA mikropostrojima tehnologija omogućila istraživačima ne samo za proučavanje desetaka tisuća gena istovremeno, ali i identificirati neočekivane gene, koji bi trebao biti snažno koristan za razumijevanje patogeni mehanizam H. pylori
. Ipak, kako očitavanje velike velikodušnosti Podaci dobiveni chip eksperiment je još uvijek zagonetka ove metodologije. Interpretirati podatke, postoje dvije važne radove, točno određivanje gena koji su različito izražene među skupinama uzoraka prikupljenih od različitih vrsta tkiva, a korištenje tih gena rasvjetljavanja patogeni mehanizam H. pylori
. BRB ArrayTools je sveobuhvatan softver razvijen od strane profesionalne biostatisticians iskustvom u izradi i analizi cDNA microarray studija, koja je široko priznat kao najveći statistički zvuka paket dostupan za analizu cDNA microarray podacima o. U ovoj studiji, koristi se BRB ArrayTools identificirati različito izražene gene i klastera za tih gena i uzoraka. Kako bi se povećala točnost podataka, a podaci filtri su učinili prije class usporedbu analize, uključujući terenske filers, normalizaciju i genskih filtera. Zatim namještanja p
vrijednosti ( p izvoznici < 0,001) i preklopite naboja (više od 2.0) korišteni su za smanjenje lažno pozitivan značajnu stopu [61]. IPA je Ingenuity® baze znanja, je repozitorij bioloških interakcija i funkcionalnih primjedbama stvorenih od milijuna pojedinačno po uzoru odnosa između proteina, geni, metabolita, kompleksi i sl pregled. Ovi po uzoru odnosi su bogate kontekstualne podatke, link na izvorni članak, a ručno su pregledani za točnost. IPA je široko usvojen i korištena od strane znanstvene zajednice prirodnih znanosti. U ovoj studiji korištena smo IPA za obilježavanje gen bio-funkcije i izgraditi interakcije mrežu za diferencijalno izraženih gena. Dakle, kombinirajući superiornost u BRB ArrayTools i IPA s objavljenim spisima o H. pylori pregled mogao biti bolji pristup u razumijevanju načina svojeg patogeni mehanizam u analizi cDNA microarray. pregled

H. pylori pregled i njegovi proizvodi /čimbenika virulencije ući u stanice domaćina, bilo od strane sustava za izlučivanje IV tipa direktno ubrizgavanje u citoplazmi (npr CagA) ili endocitoze mehanizmom se internalizira u stanicu domaćina (npr Vaca, LPS, Ureaza) , Štoviše, Vaca inducirana stanična vacuolization sudjeluje u formiranju endosoma i razvrstavanje. Ova studija je pokazala WASH1 koji regulira endozomu oblik i trgovine uticajem aktinske polimerizacija [34], bio regulira prema gore. Nakon H. pylori pregled čimbenika virulencije ući želučani epitel, oni nakupljaju u čestice bogate citoplazmatske strukture (PAC), koji nastaje u ribosoma bogate citoplazmi. Osim ko-lokaliziranje od Vaca CagA i ureaze, PACS koncentrata proteini vanjske membrane s NOD1 receptora i ubikvitina-proteasomalni sustav (UPS) komponente, uključujući i ubikvitina-aktivirajući enzim E1, polyubiquitinated proteina i proteasome komponente [62]. NOD1 je selektivni H. pylori
receptor koji reagira na bakterije ili njezinih čimbenika virulencije otpuštanjem citokina i kemokina. UPS je glavni put ne-lizosomskog razgradnjom različitih staničnih proteina. Nedavna studija pokazala je protein ubiquitylation imao ključnu ulogu u regulaciji imunoloških odgovora [63]. Dakle, inicijativa može imati ulogu u bakterijske prepoznavanje i rukovanje, a mogu modulirati aktivnost toksina /čimbenika virulencije i izazivaju relevantnih imuni odgovor, osobito putem immunoproteasome [62]. U ovom istraživanju, dvije ribosomskih proteini RPS14 i RPS27 i dva proteasoma komponente PSMD5 i PSME2 su up-regulirana. Ovi rezultati pokazuju da je H. pylori pregled infekcija može potaknuti stvaranje PACS. Osim toga, ASB15, RNF138 i RWDD4A su uključeni u ubiquitylation modifikacija koja ima ključnu ulogu u regulaciji imunih odgovora [63]. Tri geni su dolje regulirano u našem istraživanju. ASB15, sudjeluje u formiranju E3 ubikvitina ligases [37], je sastavni dio ankyrin repeat i SoCs kutija (ASB) obitelji koja pripada supresor citokina signalizacija (SoCs) box proteina superobitelji [38]. A ankyrin ponavlja se može vezati na RHD NF-kB, za maskiranje nuklearni lokalizacije slijed, čime zadržava NF-kB u citoplazmi i inhibiciju NF-kB aktivacije [63]. RNF138 (NARF) je prsten koji sadrži E3 ubikvitin-protein ligazom koja ima važnu ulogu u toleranciji i inhibiciji aktivacije T-stanica [63] perifernih T-stanica. Štoviše, RNF138 potiskuje Wnt /beta-katenina signalizaciju [40]. Smanjivanje se od ASB15 i RNF138 u ovom istraživanju pokazuje H. pylori pregled infekcija može promovirati domaćina upalnih i imunološki odgovor. RWDD4A nije obilježen i njegov odnos prema H. pylori pregled infekcije treba biti dalje proučavati. Uzeti zajedno, ovi rezultati pokazuju da H. pylori pregled infekcija može potaknuti PACS formiranje i potom izazivaju domaćina razne stanični proces uključujući upalnih i imunih odgovora, i prijenos signala.

istaknute značajke H. pylori pregled su povezane s kroničnim gastritisom su uporni kolonizacija H. pylori pregled i trajno pojačan upale uz pojačanu infiltraciju upalnih stanica u lokalnoj sluznici želuca. Stoga, H. pylori pregled prvo mora razvijati razne trikove za bijeg od domaćina antimikrobne obrambeni mehanizam kako bi se uporno kolonizirati u želucu. Naš cDNA mikropostrojima podaci također pruža neke dokaze u ovim aspektima. MUC16, koji osigurava zaštitni podmazivanje barijeru protiv infektivnih agenasa na mukozne površine [45], pronađen je niz regulirano s H. pylori
. Imunoglobulin A (IgA) je glavna komponenta lokalnog imuniteta sluznicu želuca, koji ima važnu ulogu u obrani protiv patogena invazije i održavanje crijevne homeostazu [64] - [65]. C5ORF53, poboljšava IgA izlučivanje [46], je dolje regulirano H. pylori
. NO i ROS su važni posrednici upale, koja može izravno ubiti bakteriju. Kao domaćin antimikrobna obrambeni mehanizam, ROS i NO produkciji makrofaga i neutrofila su izazvanih H. pylori pregled infekcija [18]. Međutim, NOSIP i GPX1 koji mogu inhibirati stvaranje NO i ROS, odnosno [44], su up-regulirana H. pylori
u ovom istraživanju. Ovi rezultati pokazuju da je H. pylori pregled mogao izbjeći domaćin obrambeni mehanizam reguliranjem srodne ekspresiju gena, tako da uporno kolonizirati u sluznici želuca, što je potvrdio i neki drugi chip eksperiment [25]. Osim toga, H. pylori pregled i njegovi proizvodi /čimbenika virulencije izazvati upalu i imunitet reakcije nakon zaraze stanice domaćina. Rezultati istraživanja Nekoliko čipovi otkrila je da H. pylori pregled infekcija značajno korelira s prekomjernom ekspresijom MHC klase II gena antigen, ubikvitin-D, CXCL-2 i -13, CCL18, i VCAM-1 gena [30], [32] - [33]. U ovoj studiji, stanične adhezije molekula CEACAM8 i MHC klase II gen antigen HLA-DRB1 su nađeni doregulirani u H. pylori
. pylori
. H. pylori
.

• PLoS ONE: Epstein-Barrov virus i Helicobacter pylori Co-Infekcija pozitivno povezan s teškim gastritis u dječju Patients
• PLoS ONE: zadovoljavajući model Teška, visoku učestalost autoimuni gastritis izazvan Polyclonal izvršnih T stanica i bez perturbacija regulacijskih T Cells