PLoS ONE: Экспрессия генов Профилирование в слизистой оболочке желудка с Helicobacter Pylori-инфицированных и неинфицированных пациентов, перенесших хронический Поверхностный Gastritis

Абстрактный

хеликобактер пилори
инфекции перепрограммирует экспрессию генов хозяина и влияет на различные клеточные процессы, которые были исследованы с помощью микрочипов кДНК с помощью в пробирке
культура клеток и в естественных условиях
биопсии желудка от больных хронической абдоминальной жалобы. Для дальнейшего изучения влияния H. Pylori
инфекции на экспрессию генов хозяина, мы собрали антрального отдела желудка образцы слизистой оболочки от 6 леченных пациентов с гастроскопической и патологической подтверждением хронического поверхностный гастрит. Среди них трое пациентов были инфицированы H. пилори
и три других пациентов не было. Эти образцы были проанализированы с помощью микроструктурного чипа, который содержит 14,112 клонированных кДНК, и данные микроматричные были проанализированы с помощью BRB ArrayTools программного обеспечения и веб-сайт Изобретательность Пути анализа (IPA). Результаты показали 34 генов 38 дифференцированно выраженных генов, регулируемых H. Pylori
инфекция была примеч. Аннотированные гены были вовлечены в метаболизме белков, воспалительных и иммунологических реакций, трансдукции сигнала, транскрипции гена, микроэлементов метаболизма, и так далее. 82% этих генов (28/34) были отнесены к категории в трех молекулярных сетей взаимодействия вовлеченных в экспрессии генов, прогресс рака, презентации антигена и воспалительной реакции. Экспрессирующие данные гибридизации массива было подтверждено количественным ПЦР в реальном времени анализов. Взятые вместе, эти данные указывают на то, что H. Pylori
инфекция может изменить клеточные процессы экспрессии генов, бежать механизм защиты организма, увеличение воспалительных и иммунных реакций, активации NF-kB и Wnt /β-катенина сигнального пути, нарушить гомеостаз ионов металла и вызывают канцерогенез. Все это могло бы помочь объяснить, H. пилори
патогенный механизм и гастродуоденальной патогенез, индуцированное H. Pylori
инфекция
<р> Образец цитирования:. Ян Z-М, Чэнь W-W, Y Ван-F (2012) Gene Expression Профилирование в слизистой оболочке желудка от хеликобактерной
-Infected и неинфицированных пациентов, перенесших хронический поверхностный гастрит. PLoS ONE 7 (3): e33030. DOI: 10.1371 /journal.pone.0033030
<р> Редактор: Нияз Ахмед, Университет Хайдарабад, Индия
<р> Поступило: 12 июля 2011 года; Принято: 9 февраля 2012 года; Опубликовано: 16 марта, 2012
<р> Copyright: © 2012 Ян и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Авторы "рукопись была поддержана Национальным фондом естественных наук Китая (NO 90209004.) (http://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm), Гуандун фонд естественных наук (NO 05102323.) (HTTP: //gdsf.gdstc.gov.cn/), и E-институт План проекта строительства Шанхае комитет муниципального образования (NO. E03008) (http://www.shmec.gov.cn/). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких интересов
комплектующие

Введение

хеликобактерной
( H. пилори
) представляет собой спиралевидный грамотрицательная бактерия, которая колонизирует желудок примерно 50% всех людей. Даже если большинство H. Pylori
-colonized особи остаются бессимптомными, то H. Pylori
инфекция является наиболее основной причиной хронического гастрита и, как известно, является фактором риска развития язвенной болезни желудка и злокачественных новообразований. Это также первая бактерия наблюдается действовать как канцероген
. <Р> Развитие хронического гастрита, связанного с H. Pylori
инфекция является многофакторный процесс. Оба H. пилори
и факторы хозяина влияют на патогенез хронического гастрита. На H. Pylori
факторы стороне, вирулентности, полученные H. пилори не только наносят вред
непосредственно желудочного эпителиальной клетки, но и увеличить воспалительную продукцию цитокинов, пролиферацию эпителиальных клеток и апоптоз. Вакуолизирующий Цитотоксин (VacA) и цитотоксин-ассоциированный ген А белок (CagA) являются основными факторами вирулентности. CagA транслоцируется в эпителиальных клеток желудка с помощью системы секреции IV типа, кодируемых Cag-патогенности островов. Оба фосфорилируется и nonphosphorylated CagA может активировать цитоскелета реорганизацию и несколько путей передачи сигнала, такие как PI3A /Akt, бета-катенина и NF-kappaB (NF-kB) сигнализации, которые способствуют пролиферации и воспаления [1] - [2]. VacA, выделяемый системой V-секреции типа усвоено в клетки хозяина путем эндоцитоза и влияет на различные клеточные процессы, в том числе клетки вакуолизации, митохондрии-зависимой клеточной смерти и увеличение проницаемости желудочного эпителия, ингибирование активации Т-клеток и пролиферации, и инициирование провоспалительного ответа [3]. К тому же, VacA также активировать PI3A /Akt, МАРК и NF-kB сигнализации [3] - [4]. Активирующий нейтрофилы белок (HP-NAP), выделяемый H. пилори
также является важным фактором вирулентности из-за его способности индуцировать нейтрофилы производить реактивные радикалы кислорода [5]. HP-NAP является иммуномодулятор и способен индуцировать экспрессию интерлейкина-12 (IL-12), IL-23 и IL-8 путем стимуляции различных воспалительных клеток, таких как нейтрофилы, моноциты и дендритные клетки. HP-NAP в настоящее время рассматривается как решающий фактор в движении воспаление Th1 в H. Pylori
инфекции [6] - [7]. H. пилори
липополисахарида (НР-LPS) усиливает пролиферацию клеток и воспаление через MEK1 /2-ERK1 /2 mitogenactivated протеинкиназы каскада и Toll-подобных рецепторов (TLR) в эпителиальных клеток желудка [8]. H. Pylori
белка теплового шока 60 (HP-HSP60) индуцирует воспалительную реакцию с помощью путей рецепторов и МАРК Toll-подобных в моноцитами, макрофагами и эпителиальных клеток желудка [9] - [11]. OipA, как известно, влияют на риск развития клинического H. Pylori
заболевания информации о связанных, играет определенную роль в H. пилори
-индуцированное фокусного активации адгезии киназы и цитоскелета реорганизации. Кроме того, некоторые исследования показали другие факторы pathopoiesis выделяемыми H. пилори
были вовлечены в клетки-хозяина воспалительной реакции [12] - [14]. Поэтому, активизируя воспалительная реакция и несколько каскадов, сигнал может быть первичным механизмом pathopoiesis из H. пилори
.
<р> На стороне хоста, хост противодействует H. пилори
инфекции путем изменения в различных аспектах. Секреция антибактериальных веществ и слизистой оболочки желудка барьер являются важными защитными механизмами желудка, чтобы ограничить распространение H. пилори
. ЛФ подавляет рост бактерий, ограничивая доступность ионов внеклеточного железа, а также лактоферрин обладает антибактериальными характеристиками [15]. Компоненты муцина желудка могут ингибировать биосинтез H. Pylori
стены. Нейтрофилы и макрофаги производят большое количество активных форм кислорода (ROS) и оксида азота (NO), который может производить активные формы азота (RNS) путем взаимодействия с O2 ^{˙- [16] - [18]. ROS и RNS могут непосредственно убивать бактерии. Кроме того, воспалительная и иммунологическая реакция на H. пилори
увеличивается. Хроническая инфекция характеризуется увеличением числа лимфоцитов, макрофагов, нейтрофилов, тучных клеток и дендритных клеток, а также инфильтрации воспалительных клеток в суб-эпителиальной желудочной собственной пластинке слизистой оболочки. Гуморальный иммунный ответ на H. пилори
выявляется почти во всех H. пилори
-infected людей. ИФН-γ, TNF, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10 и IL-18 уровней увеличены в слизистой оболочке желудка [19] - [20]. Моноцитов дендритные клетки человека освобождение цитокинов и увеличения экспрессии основных белков класса гистосовместимости II [21]. Кроме того, H. пилори
инфекция может усиливать пролиферацию клеток [8], [22], чтобы получить желудка повреждения слизистой оболочки и апоптоз эпителиальных клеток желудка [18], [23]. Таким образом, чтобы противодействовать H. Pylori
инфекция, хозяин активирует транскрипцию генов, участвующих в механизме защиты, воспалительной и иммунологической реакции, клеточной пролиферации и апоптоза.
<р> Анализ экспрессии генов хозяина профилирование в ответ на H. Pylori
инфекция может быть один подход, чтобы лучше понять роль факторов хозяина в патогенезе. кДНК микрочипов был использован многими исследователями для изучения изменений в экспрессии генов хозяина, индуцированного H. пилори
инфекции. Эти предыдущие исследования были основаны главным образом либо пробирке
культуры клеток или в естественных условиях
животных моделях [24] - [29]. Например, исследования в макаки-резус и U937 клетки обнаружили, что H. Pylori
инфекция изменила хозяин экспрессии генов, связанных с иммунной уклонения, воспалительных и иммунных реакций, передаче сигналов и факторов транскрипции [24] - [25]. Экспрессия генов профилирование также был использован для исследования слизистой оболочки желудка человека или биопсии тканей зараженных H. пилори
в Европе и Южной Америке. В этих исследованиях, образцы, используемые для гена микрочипов являются от хронических брюшных жалоб, связанных с не-атрофических и атрофический гастрит, язва двенадцатиперстной и язвы желудка. И генные чипы, используемые в предыдущих исследованиях были в основном низкой плотности, которые имели относительно ограниченное число генов [30] - [32], с недавним исключением, в котором был использован весь геном микрочипов составляет более 47000 транскриптов для исследования экспрессии генов профилирование в европейских пациентов, инфицированных H. пилори
[33]. Тем не менее, редкий доклад, особенно в Азии, на анализе экспрессии генов профилирование слизистой оболочки желудка человека от H. пилори
хронический поверхностный о связанных гастрит с использованием кДНК высокой плотности микрочипов.
<р> В настоящей работе, хронический поверхностный гастрит, который является очень распространенным заболеванием хронических брюшных жалоб в Китае был выбран режим заболевания из H. Pylori
инфекции и высокой плотности кДНК микрочипов в том числе 14,112 клонированных кДНК использовали для эксперимента чипа. Экспрессия гена профили H. Pylori
-infected и неинфицированных пациентов, перенесших хронический поверхностный гастрит анализировали с помощью BRB ArrayTools и программного обеспечения ПНД. Изменение профилей экспрессии генов дополнительно проанализированы с целью изучения влияния H. пилори
инфекции на экспрессию генов хозяина. Сравнение этих профилей с опубликованной патологической литературы может способствовать идентификации генов, ассоциированных с H. пилори
инфекции и лучшего понимания патогенных механизмов H. пилори
и патофизиологические механизмы вовлечены H. Pylori
-infected хронический поверхностный гастрит.}

Результаты
<р> Настоящее исследование было разработано, чтобы идентифицировать гены желудка слизистых оболочек, биологии процессов и сетей взаимодействия молекул коррелировали с H. пилори
инфекции. Технология кДНК микрочипов была использована для изучения изменений в профилях экспрессии генов между H. пилори
инфицированных и неинфицированных пациентов с хроническим поверхностным гастритом. Были найдены дифференцированно выраженные гены, идентифицированные с помощью BRB ArrayTools мягких, связаны с различными процессами биологии в том числе белкового обмена, воспалительных и иммунологических реакций, трансдукции сигнала, транскрипции гена, микроэлементов метаболизма, и так далее. По Ключевых Анализы ПНД, большинство из этих генов были классифицированы в трех молекулярных сетей взаимодействия вовлеченных в экспрессии генов, воспалительной реакции и прогресса рака.

Идентификация дифференциально экспрессируемых генов в H. Pylori
-infected и неинфицированных пациентов, перенесших хронический поверхностный гастрит

Мы использовали чипы ген, содержащий 14,112 клонированных кДНК для сравнения профилей экспрессии генов между H. пилори
инфицированных и неинфицированных пациентов с хроническим поверхностным гастритом. Данные чип были проанализированы с помощью BRB ArrayTools программного обеспечения. Из всех клонированных кДНК, 6,143 гены были подобраны с условием фильтрации данных. Тридцать восемь генов достоверно коррелирует с H. пилори
инфекции в слизистой оболочке желудка у больных с хроническим поверхностным гастритом, которые определены в качестве дифференциально экспрессированных генов. Эти тридцать восемь дифференцированно выраженных генов включал 23 до регулируемых генов и 15 вниз регулируемых генов. Диаграмму рассеяния дифференцированно выраженных генов было показано на рисунке 1. Среди 38 генов, 34 дифференциально выраженные гены имеют свои гены аннотаций информации, которые участвуют в метаболизме белков, воспалительных и иммунологической реакции, трансдукции сигнала, транскрипции генов, микроэлементов метаболизма, и так далее (таблица 1).

Биологические процессы дифференциально экспрессированных генов в H. Pylori
-infected и неинфицированных пациентов, перенесших хронический поверхностный гастрит

Белковый обмен (Таблица 1).
<р> В этом исследовании мы обнаружили 9 генов, участвующих в метаболизме белков. В 4-вниз регулируемые гены были GOLPH3, ASB15, RWDD4A и RNF138, и 5 вверх-регулируемых генов были RPS14, RPS27, WASH1, PSMD5 и PSME2. Белковый обмен представляет собой сложный процесс, в том числе пептидной биосинтеза, направленного транспорта, белка Убиквитинирование путь и т.д..
RPS14 и RPS27 являются компонентом рибосом 40S субъединиц. WASH1 и GOLPH3 участвуют в направленного транспорта пептида. WASH1 призывники и активирует комплекс Arp2 /3, чтобы вызвать полимеризацию актина и играет ключевую роль в делении канальцев, которые служат в качестве промежуточных транспортных во время эндосому сортировки [34]. GOLPH3 является периферийным мембранным белком стека Гольджи и имеет регулирующую роль в торговле людьми Гольджи, который вовлечен в незаконный оборот белка, рециркуляцию рецепторов и гликозилирования белков [35] - [36]. PSMD5 и PSME2 являются составной частью протеасоме и участвовать в убиквитин-зависимого процесса деградации белка. ASB15, RWDD4A и RNF138 вовлечены в состав ферментов, участвующих в белковом убихитинизация. ASB15 является компонентом семейства анкириновых повтора и SOCS окно (АСБ) и взаимодействует с Cul5-Rbx2 с образованием E3 убиквитинлигаза, который играет важную роль через убиквитинирование-опосредованного пути [37]. Последние исследования показывают, ASB15 регулирует синтез белка в скелетных мышцах [38]. Хотя RWDD4A не имеет подробную аннотацию, структура RWD существенно напоминает убиквитиновых-конъюгации ферментов (E2) [39]. Таким образом, функция RWDD4A может быть связано с убиквитин-конъюгации ферментами. RNF138 (также известный как НАРФ) действует как E3 убиквитин-лигазы белка, который вместе с NLK, участвует в убихитинизация и деградации TCF /LEF. В то же время, RNF138 также обладает авто-Убиквитинирование активность в сочетании с UBE2K [40].

клеточной адгезии, воспалительные и иммунологические реакции (таблица 1).

H. пилори
колонизировали в желудке путем связывания адгезина и соответствующим рецептором. После того, как H. Pylori
инфекция, хозяин порождает приток иммунных эффекторных клеток и воспалительных клеток в слизистой оболочке желудка и способствует иммунную и воспалительную реакцию. Таким образом, транскрипты, кодирующие иммунные и воспалительные белки отклика регулируются H. пилори
инфекции. Мы обнаружили, что 7 гены могут быть связаны с этой группой. Среди них, CEACAM8, LGALS3BP, HLA-DRB1, GPX1 и NOSIP были повышающей регуляции, в то время как MUC16 и C5ORF53 были вниз регулируется. CEACAM8, также известный как CD66b, принадлежит к карциноэмбриональному Ag супергенного семьи. CD66b является маркером активации для гранулоцитов человека и регулирует адгезию и активацию эозинофилов человека [41]. LGALS3BP, также называют опухоль-ассоциированный антиген 90K или Mac-2 BP, способствует intergrin опосредованной адгезии клеток и стимулирует защиту организма от вирусов и опухолевых клеток [42] - [43]. HLA-DRB1 требуется устанавливать иммунный ответ. Активный кислород и NO являются важными медиаторами воспаления. Основной функцией GPX1 является защита от вредного воздействия эндогенно образующихся hydroxyperoxides. NOSIP отрицательно не регулирует производство NO [44]. MUC16 (также известный как CA125) обеспечивает защитный, смазочными барьер против инфекционных агентов на поверхности слизистых оболочек и опосредует адгезию клеток [45]. C5ORF53 (Синонимы: IgA, индуцирующих белка гомолог, IGIP) повышает секрецию IgA из В-клеток, стимулированных с помощью CD40 [46]

трансдукции сигнала (таблица 1)
<р> SCGN, PHPT1 и MST4.. присоединиться в клеточных сигнальных путей. SCGN является кальций-связывающий белок сходство с кальмодулин и кальбиндин-D28K и может связать Ca 2 + сигнализации для экзоцитоза процессов [47]. PHPT1 катализирует дефосфорилирование фосфогистидину [48], в то время как MST4 катализирует фосфорилирование белка серин /треонин.

транскрипции генов (таблица 1).
<Р> Несколько генов, связанных с регулятором транскрипции, в слизистой оболочке желудка были регулируется H. пилори
инфекции. В 3-вниз регулируемые гены были C19ORF2, NR1D2 и ELP4, и 4 до-регулируемых генов этой группы были MED6, HDAC7, ANP32B и TCEB2. NR1D2 (также известный как Rev-erbβ) и C19ORF2 (также известный как РМП или URI) действуют как транскрипционные корепрессоры и отрицательно модулирует транскрипцию [49] - [50]. ELP4 выступает в роли субъединиц элонгаторной комплекса РНК-полимеразы II, которая является гистонацетилтрансфераза компонентом РНК-полимеразы II (Pol II) холофермента и вовлекает в транскрипционной элонгации. TCEB2 является фактор элонгации транскрипции вообще, что повышает транскрипционную удлинением РНК-полимеразы II [51]. HDAC7 играет определенную роль в генной репрессии транскрипции путем гистондезацетилаз [52]. ANP32B регулирует экспрессию генов, действуя в качестве гистона компаньонки и ингибитор ацетилирования гистонов [53]. MED6 является коактиватора участвует в регулируемом транскрипции почти все РНК-полимеразы II-зависимых генов [54].

Микроэлементный метаболизм (таблица 1).
<Р> FTL (ферритин, свет полипептид) действует как хранение железа в растворимом и нетоксичном состоянии [55]. COMMD1 представляет собой многофункциональный белок, а также участвует в регуляции фактора транскрипции NF-kB и контроля метаболизма меди [56]. SLC39A6 (Синонимы: LIV1, ZIP6).. Принадлежит к подсемейству цинка транспортеров [57]

Другое (таблица 1)
<р> Пять дополнительных генов дифференцированно выражены в H. Pylori
инфицированный слизистую оболочку, которые кодируют белки участвуют в различных внутриклеточных функций. RNASEH2B участвует в репликации ДНК и опосредует иссечение одной РНК от ДНК: дуплексы РНК [58]. FLJ35220 не имеют подробную аннотацию, но она может принадлежать к эндонуклеазы V семьи в соответствии с Swiss-Prot и анализа подобия GO, а также участвовать в репарации ДНК в ответ на повреждение ДНК стимул. SULT1A4 (или SULT1A3) катализирует сульфат спряжения фенольных моноаминов (нейротрансмиттеров, таких как дофамин, норадреналин и серотонин), фенольные и катехина препаратов [59]. COX7B является концевой компонент дыхательной цепи митохондрий и катализирует перенос электронов от восстановленного цитохрома С на кислород. ATP6AP2 (Синонимы: ренин рецепторов) играет роль в ренин-ангиотензин системы (РАН) [60]

Кластерный анализ дифференциально выраженные гены
<р> Мы провели кластерный анализ для образцов из шести. больных хроническим поверхностным гастритом и 38 дифференцированно выраженных генов с использованием BRB ArrayTools программного обеспечения. Для образцов, пациенты были разделены на две группы по H. пилори
инфицированных и неинфицированных. Для генов, вниз-регулируемые гены были сгруппированы в две группы с C5ORF53, SCGN, RNF138, ELP4, RWDD4A, ASB15, C19ORF2 и RNASEH2B в одной группе, в то время как ATP6AP2, NR1D2, MUC16, GOLPH3, MST4 и SLC39A6 в другой группе; повышающей регуляции генов также были объединены в две группы. PSMD5, GPX1, WASH1, HDAC7, HLA-DRB1, RPS27, CEACAM8 и MED6 были объединены в одну группу, а остальные образовали другую группу (рисунок 2).

Сетевой анализ дифференциально выраженного взаимодействия генов <бр>

Для того, чтобы интерпретировать дифференциально выраженные гены H. Pylori
инфекции в контексте биологических процессов, путей и сетей, были проведены анализы Основные ПНД и три высокие скоринговые сети (оценка > 15) в том числе 82% (28/34) дифференциально выраженных генов были идентифицированы (рисунок 3). Эти оценки, полученные из значений р
, указывает на вероятность фокусных генов, принадлежащих к сети по сравнению с результатами, полученными только случайно, тем самым устраняя вероятность их появления в сети, чтобы быть из-за шума. Сеть 1 с наибольшим количеством очков (оценка = 25) состоит из экспрессии генов, небольшой молекулы биохимии и рака. Другие последующие сети включены сети 2 (счет = 19) экспрессии генов, клеточного развития, клеточного роста и пролиферации, а также сеть 3 (оценка = 16) презентации антигена, воспалительной реакции, дерматологических заболеваний и состояний. Эти результаты Подразумевается, что измененные гены были распределены между различными сетями, которые можно было бы ожидать от различного воздействия на пациентов с помощью H. пилори
инфекции. В то же время, значительная ( р
&л; 0,05) "Молекулярная и клеточная функция" в программном обеспечении МПА состояла из презентации антигена, гибель клеток, экспрессию генов, молекулярного переноса и клеточного развития, в то время как белок убиквитинирование путь был наиболее значительная ( р = 0,0124
) "сверху канонический путь" изменен H. Pylori
инфекции при хроническом поверхностный гастрит.
<р> На рисунке 3 показано взаимодействие генов в ассоциированной сети. Два основных центральных точек в сети 1, были РНК polymeraseII и NF-kB (комплекс). C19ORF2, MED6 и TCEB2 непосредственно регулируется РНК-полимеразы II, в то время как COMMD1, GPX1 и ATP6AP2 непосредственно взаимодействуют с NF-kB. NOSIP и GOLPH3 косвенно взаимодействует с РНК-полимеразы II и NF-kB, с помощью BCL2 и ERBB2 соответственно. К тому же, SCGN и PHPT1 косвенно регулируется NF-kB через TAC1 и TRAF6 соответственно. CTNNB1, катенин (кадгерин-ассоциированный белок), бета-1, является важным моментом в центральной сети 2. HDAC7 и ANP32B непосредственно взаимодействовали с CTNNB1, в то время как FTL, CEACAM8, MST4, NR1D2 и RPS27 косвенно взаимодействовали с CTNNB1, по GADD45A, CEACAM1, EGF, NCOR1 и HRAS соответственно. Одним из важных центральных пунктов в сети 3 был MHC класса II (комплекс). HLA-DRB1, SLC39A6 и LGALS3BP имел прямое взаимодействие с МНС класса II. PSME2 и SULT1A3 были косвенно связаны с МНС класса II по IFNG (интерферон, гамма) и бета-эстрадиол, которые также были важными центральными пунктами в сети 3.

SYBR зеленый количественный ПЦР в реальном времени подтверждение выбранных генов

SYBR зеленый количественный ПЦР в реальном времени использовали для подтверждения данных, полученных для экспрессии 4 из недопредставленных и суперэкспрессированный генов, обнаруженных с помощью анализа микрочипов (таблица 2). Был соответствие между данными микрочипов и ПЦР в реальном времени данных во всех случаях. Тем не менее, результаты микрочипов завышена загнутой изменения найденное с помощью ПЦР.

Обсуждение
<р> Здесь мы сообщали результаты микрочипов экспрессии генов профилирование в желудочном антрального слизистой оболочки у больных хроническим поверхностным гастритом инфицированных H. пилори
и неинфицированных. Наши результаты показали, что H. Pylori
инфекция регулируется экспрессия генов, связанных с белкового обмена, воспалительных и иммунологической реакции, трансдукции сигнала, транскрипции генов, микроэлементного обмена веществ и так далее.
<р> По настоящее время, большинство генов, регулируемых H. пилори
инфекция были идентифицированы с помощью традиционных методов, таких, как Нозерн-блот-анализа или обратной транскриптазы-количественной полимеразной цепной реакции (ОТ-КПЦР). С помощью этих методов, одного или ограниченного числа генов-мишеней, могут быть отобраны в одном эксперименте, который, как правило, сделаны, эксперименты, как правило, чтобы подтвердить или опровергнуть определенные гипотезы, но не приводят к открытию неожиданных дифференцированно экспрессируемых генов. Тем не менее, технология микрочипов кДНК позволило исследователям не только изучить десятки тысяч генов одновременно, но и выявить неожиданные гены, которые должны быть сильнодействующий полезными для понимания патогенную механизм H. пилори
. Тем не менее, как большие считывания данных великодушие, полученные экспериментальным путем чип до сих пор загадка этой методологии. Для интерпретации данных, существуют два важных работ, точно идентифицировать гены, которые были дифференциально выраженные среди групп образцов, собранных из различных видов тканей, а также использования этих генов для выяснения патогенный механизм Н. пилори
. BRB ArrayTools представляет собой комплексное программное обеспечение, разработанное профессиональными biostatisticians опыт в разработке и анализе исследований кДНК микрочипов, которые широко признаны как наиболее статистически звуковой пакет, доступный для анализа данных кДНК микрочипов. В нашем настоящем исследовании мы использовали BRB ArrayTools для идентификации дифференциально выраженных генов и кластера для этих генов и образцов. Для повышения точности данных, фильтры данных были сделаны перед анализом сравнения класса, в том числе местная файлеры, нормализации и генных фильтров. Тогда установка из значение р
( р
&л; 0,001), были использованы для уменьшения ложноположительных значительную скорость [61] и сложите заряда (более 2,0). IPA, в базе знаний Ingenuity®, является хранилищем биологических взаимодействий и функциональных аннотаций, созданных из миллионов индивидуально моделируемых отношений между белками, генами, метаболиты, комплексы и т.д.
. Эти смоделированные отношения включают в себя богатые контекстные детали, ссылка на оригинал статьи, и вручную проверяются на точность. МПА была широко принята и используется исследовательским сообществом наук о жизни. В данном исследовании мы использовали IPA для аннотирования генов био-функцию и построить сеть взаимодействия для дифференциально выраженных генов. Таким образом, комбинируя из BRB ПРЕИМУЩЕСТВА ArrayTools и МПА с опубликованными литератур о H. пилори
может быть лучшим подходом для понимания его патогенеза в анализе кДНК микрочипов.

H. пилори
и продукты его /факторы вирулентности проникать в клетки-хозяева, либо посредством системы секреции IV типа непосредственно инъекционного в цитоплазме (например, CagA), или с помощью механизма эндоцитоза будучи усвоены в клетку-хозяина (например, Вака, LPS, уреазы) , Кроме того, VacA индуцированных клеток вакуолизация участвует в образовании эндосом и сортировкой. Настоящее исследование показало WASH1, регулировавших форму эндосом и незаконным оборотом путем оказания влияния на полимеризацию актина [34], был повышающей регуляции. После того, как H. Pylori
факторы вирулентности ввести желудочный эпителий, они накапливаются в богатых частиц цитоплазматической структуры (PACS), которая возникает в рибосомы богатых цитоплазме. В дополнение к колокализации Вака, CagA и уреазы, ПКК концентрируется белки наружной мембраны с Nod1 рецептором и компонентами системы убиквитин-Протеасома (ИБП), включая убиквитин-активирующий фермент E1, polyubiquitinated белков и компонентов протеасом [62]. Nod1 является селективным H. пилори
рецептор, который реагирует на бактерии или его вирулентных факторов, освободив цитокинов и хемокинов. ИБП является основной путь деградации, не лизосомной различных клеточных белков. Недавние исследования показали, белок убиквитилирование играет ключевую роль в регуляции иммунного ответа [63]. Таким образом, Pacs может играть определенную роль в бактериальном распознавания и обработки, а также могут модулировать активность токсинов /факторов вирулентности и вызвать соответствующие иммунные реакции, особенно через иммунопротеасомы [62]. В настоящем исследовании, две рибосомы белки RPS14 и RPS27, а также два компонента протеосом из PSMD5 и PSME2 были повышающей регуляции. Эти результаты показали, что H. Pylori
инфекция может стимулировать образование Pacs. Кроме того, ASB15, RNF138 и RWDD4A участвуют в модификации Ubiquitylation, который играет ключевую роль в регуляции иммунного ответа [63]. Три гена были понижающей регуляции в нашем исследовании. ASB15, участвуя в формировании E3 убиквитинлигаза [37], является составной частью анкириновых повтора и семьи SOCS коробка (АСБ), который принадлежит к подавитель цитокина сигнализации (SOCS) коробка белка надсемейства [38]. В анкириновых повторы могут связываться с RHD из NF-kB, маскируя свою ядерную последовательность локализации, тем самым сохраняя NF-kB в цитоплазму и ингибировать активацию NF-кВ [63]. RNF138 (НАРФ) представляет собой содержащую кольцо Е3 убиквитин-протеин лигаза, который имеет жизненно важную роль в периферической толерантности Т-клеток и ингибирование активации Т-клеток [63]. Кроме того, RNF138 подавляет передачу сигналов Wnt /бета-катенина [40]. Вниз регулирование ASB15 и RNF138 в настоящем исследовании показано H. Pylori
инфекция может способствовать воспалительная и иммунный ответ. RWDD4A не аннотированный и его отношение к H. Pylori инфекции потребности
дальнейшего изучения. Взятые вместе, эти результаты показывают, что H. Pylori
инфекция может стимулировать Pacs образование и впоследствии вызвать хозяина различных клеточных процесса, включая воспалительные и иммунные ответы, и передачи сигнала.

характерные особенности H. Pylori
хронический гастрит о связанных являются постоянными колонизация H. пилори
и настойчиво усиливается воспаление с увеличением инфильтрации воспалительных клеток в местной слизистой оболочке желудка. Таким образом, H. пилори
сначала должны развиваться различные уловки, чтобы сбежать от хозяина антимикробного защитного механизма для того, чтобы постоянно колонизировать в желудке. Наши данные кДНК микрочипов также представили некоторые доказательства в этих аспектах. MUC16, который обеспечивает защитный, смазочный барьер против инфекционных агентов на поверхности слизистой оболочки [45], был найден вниз регулируется H. пилори
. Иммуноглобулин А (IgA) является одним из основных компонентов местного иммунитета слизистой оболочки желудка, которая играет важную роль в защите от патогенных микроорганизмов вторжения и поддержание гомеостаза кишечника [64] - [65]. C5ORF53, усиливает секрецию IgA [46], был вниз регулируется H. пилори
. NO и ROS являются важными медиаторами воспаления, которые могут непосредственно убивать бактерии. В качестве механизма хозяина антимикробной защиты, ROS и NO производства макрофагов и нейтрофилов, индуцированных H. Pylori
инфекции [18]. Тем не менее, NOSIP и GPX1, которые могут ингибировать NO и ROS производства, соответственно [44], были вверх регулируются H. пилори
в настоящем исследовании. Эти результаты показали, что H. пилори
мог избежать механизма защиты организма, регулируя экспрессию генов связанный с тем, чтобы настойчиво заселяют в слизистой оболочке желудка, что было подтверждено каким-либо другим чипом эксперимента [25]. Кроме того, H. пилори
и продукты его /факторы вирулентности вызывают воспаления и иммунитета реакции после заражения клеток-хозяев. Результаты исследования показали несколько микрочипы, что H. Pylori
инфекция значительно коррелирует с избыточной экспрессии МНС класса II антиген-представляющих гены, убиквитин-D, CXCL-2 и -13, CCL18 и VCAM-1 генов [30], [32] - [33]. В нашем настоящем исследовании, молекулы клеточной адгезии CEACAM8 и МНС класса II гена антигенпрезентирующая HLA-DRB1 были обнаружены до зарегулированными H. пилори
инфекции, в то время как клеточные хемокины или их рецепторы не проявляли никакой разницы. пилори
. пилори
. пилори
инфекции. H. пилори
. пилори
инфекции. пилори
инфекции. пилори
инфекции.

• PLoS ONE: Вирус Эпштейна-Барр и хеликобактер пилори Коинфекция Положительно связана с тяжелой Гастрит в педиатри…
• PLoS ONE: Удобный модель Серьёзный, высокий уровень заболеваемости аутоиммунный гастрит Вызванный Polyclonal эффекто…