PLoS ONE: Genų ekspresijos į skrandžio gleivinę nuo Helicobacter pylori infekuotiems ir sveikų pacientų, kuriems atliekama Lėtinis gastritas paviršutiniškas

Anotacija

Helicobacter pylori
infekcija reprograms šeimininko genų ekspresiją ir įtakas įvairių mobiliųjų procesai, kurie buvo tiriami kDNR microarray naudojant in vitro
kultūros ląsteles ir in vivo
skrandžio biopsijos iš pacientų lėtinio Pilvo skundą. Toliau tyrinėti H poveikį. pylori
infekcijos priimančiosios genų ekspresiją, mes surinkome skrandžio antralinių gleivinės mėginius iš 6 negydytiems pacientams, sergantiems gastroscopic ir patologinio patvirtinimo lėtinio paviršutiniškai gastritas. Tarp jų trys pacientai buvo infekuoti H. pylori parsisiųsti ir kiti trys pacientai nebuvo. Šie mėginiai buvo analizuojami pagal mikrogardelių kuriame 14,112 klonuoti kDNR ir mikrogardeliq duomenys buvo analizuojami naudojant Brb ArrayTools programinės įrangos ir išradingumo Būdai analizė (IPA) interneto svetainėje. Rezultatai parodė 34 genus 38 diferencijuotai išreikštų genų reglamentuoja H. pylori
infekcija buvo komentuojami. Paaiškintos genai dalyvauja baltymų apykaitai, uždegiminės ir imunologinį reakcijos, signalo perdavime, genų transkripcijos, mikroelementų apykaitą, ir pan. 82% šių genų (28/34) buvo suskirstyti į tris molekulinės sąveikos tinklų dalyvaujančių genų ekspresiją, vėžio eigą, antigenų pateikimo ir uždegiminę reakciją. Sąvoka duomenų masyvo hibridizacijos buvo patvirtinta kiekybinių realaus laiko PGR. Kartu paėmus, šie duomenys rodo, kad H. pylori
infekcija gali pakeisti ląstelių genų ekspresijos procesus, pabėgti šeimininko gynybos mechanizmą, padidinti uždegiminių ir imuninį atsaką, aktyvuokite NF-κB ir WNT /β-kateninai signalizacijos kelią, sutrikdyti metalo jonų homeostazę, ir paskatinti kancerogenezės. Visa tai gali padėti paaiškinti H. pylori
patogeninę mechanizmą ir skrandžio ir patogenezę sukeltas H. pylori
infekcija

nurodomoji dalis:. Jonas Z-M ", Chen W W Wang Y F (2012) Genų ekspresijos į skrandžio gleivinę nuo Helicobacter pylori
-Infected ir sveikų pacientų, kuriems atliekama Lėtinis gastritas paviršutiniškas. PLoS vieną iš 7 (3): e33030. Doi: 10,1371 /journal.pone.0033030

redaktorius: Niyaz Ahmedas universiteto Hyderabad, Indija

Gauta 12 Liepos, 2011 m Priėmė: Vasario 9, 2012 m Paskelbta: Kovo 16, 2012

Visos teisės saugomos: © 2012 Yang et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Autoriai "rankraštis parėmė Nacionalinės Gamtos mokslo fondo Kinijos (90209004 NR.) (http://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm), Guangdong gamtos mokslo fondo (05.102.323 NR.) (" http: //gdsf.gdstc.gov.cn/) ir E-institutas Statybos plano projektas nuo Šanchajaus savivaldybės švietimo komitetas (E03008 NR.) (http://www.shmec.gov.cn/). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra komplektuojančios interesai egzistuoja

Įvadas

Helicobacter pylori
( h. pylori
) yra spiralės formos gramneigiamų bakterijų, kad kolonizuoja skrandį maždaug 50% visų žmonių. Net jei H balsų dauguma. pylori
-colonized asmenys lieka simptomų, h. pylori
infekcija yra labiausiai pagrindinė priežastis lėtiniu gastritu ir žinoma, kad rizikos veiksnys pepsinė opa ir skrandžio piktybinių navikų. Jis taip pat yra pirmasis bakterija pastebėtas veikti kaip kancerogenas.

lėtinio gastrito, susijusių su H plėtra. pylori
infekcija yra daugiaveiksnė procesas. Tiek H. pylori parsisiųsti ir priimančiosios veiksniai turi įtakos lėtinio gastrito patogenezę. Dėl H. pylori
pusė, virulentiškumo veiksniai pagaminti H. pylori
ne tik žalą tiesiogiai skrandžio epitelio ląstelių, o taip pat padidinti uždegiminių citokinų gamybą, epitelio ląstelių proliferaciją ir apoptozę. Vacuolating citotoksinas (Vaca) ir citotoksinas susijęs genas Baltymų (CagA) yra pagrindiniai virulentiškumo veiksniai. CagA yra pernešami į skrandžio epitelio ląsteles, tipo IV sekrecijos sistemos, užkoduojamų PVG-patogeniškumo salų. Tiek fosforilinarai ir nonphosphorylated CagA galite įjungti Citoskeletas reorganizavimą ir keletas impulsų perdavimą, pavyzdžiui, PI3A /Akt, beta-kateninai ir NF-kappaB (NF-κB) geležinkelių, kurios skatina platinimu ir uždegimą [1] - [2]. Vaca išskiriami tipo V sekrecijos sistemos internalizuoti į šeimininko ląsteles pagal Endocitozė ir įtakų skirtingų ląstelių procesuose, įskaitant ląstelių vakuolių, mitochondrijas priklauso nuo ląstelių mirties ir į skrandžio epitelio pralaidumo padidėjimas, slopindamas T-ląstelių proliferaciją ir, ir inicijavimas prouždegiminių atsakas [3]. Be to, Vaca pat aktyvuoti PI3A /Akt, MAPK ir NF-κB signalizacijos [3] - [4]. Neutrofilų įsijungiantis baltymų (AG-NPP) išsiskiria H. pylori
taip pat yra svarbus virulentiškumo faktorius, nes jos gebėjimas sukelti neutrofilų gaminti reaktyvių deguonies radikalus [5]. HP-NAP imuninės moduliatoriaus ir gali sukelti interleukino-12 (IL-12) išraiška, IL-23 ir IL-8, skatinant skirtingų uždegiminių ląstelių, tokių kaip neutrofilų, monocitų ir dendritinės ląstelės. HP NPP dabar laikoma lemiamas veiksnys vairavimo Th1 uždegimą H. pylori
infekcija [6] - [7]. h. pylori
lipopolisacharido (AG-LPS) pagerina ląstelių proliferaciją ir uždegimą per MEK1 /2-ERK1 /2 mitogenactivated baltymų kinazės kaskados ir rinkliavos panašaus receptoriaus (TLR) skrandžio epitelinių ląstelių [8]. h. pylori
šilumos šoko baltymas 60 (AG-Hsp60) sukelia uždegiminį atsaką per Toll-kaip receptorių ir MAPK kelius monocitine ląstelių, makrofagų ir skrandžio epitelinių ląstelių [9] - [11]. OipA, žinoma, įtakos kuriant klinikinių H riziką. pylori
"susiję ligos, vaidina svarbų vaidmenį H. pylori
indukuotų židinio sukibimas kinazės aktyvinimas ir Citoskeletas reorganizacijos. Be to, kai tyrimai parodė, kitas pathopoiesis veiksnius išskiriami H. pylori
buvo įtraukti į Ląstelė-šeimininkė, uždegiminė reakcija [12] - [14]. Todėl, įjungiant priimančiosios uždegiminė reakcija ir keletas signalo transductions gali būti pagrindinis pathopoiesis mechanizmas H. pylori
.

Dėl priimančiosios pusės, priimančios neutralizuoja h. pylori
infekcijos pakeitimo įvairiais aspektais. Sekrecijos antibakterinių medžiagų ir skrandžio gleivinės barjero yra svarbūs gynybos mechanizmai skrandžio apriboti H platinimu. pylori
. Laktoferino, slopina bakterijų augimą apribojant tarpląstelinio geležies jonų prieinamumą ir laktoferino taip pat turi antibakterinių savybių [15]. Komponentai skrandžio muciną gali slopinti biosintezę, kad H. pylori
sienos. Neutrofilų ir makrofagų gaminti didelius kiekius reaktyvių deguonies formų (ROS) ir azoto oksido (NO), kuris gali gaminti reaktyviosios azoto rūšių (RNS) reaguojant su O2 ^{˙- [16] - [18]. ROS ir RNS gali tiesiogiai naikina bakterijas. Be to, priimančiosios uždegimo ir imunologinę reakciją į H. pylori
didėja. Lėtinė infekcija buvo būdingas didėjantis limfocitų, makrofagų, neutrofilų, putliųjų ląstelių ir dendritų ląstelių skaičius, ir uždegiminių ląstelių infiltracija į sub-epitelio skrandžio plonų sluoksnių Propria. Humoralinį imuninį atsaką į H. pylori
kuris atsiranda beveik visi H. pylori
-infected žmones. IFN-γ, TNF, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10 ir IL-18 lygiai padidėja, gali būti skrandžio gleivinės [19] - [20]. Monocitų kilmės žmogaus dendritinės ląstelės išleisti citokinus ir padidinti raišką didelių II Audinių suderinamumas klasės baltymų [21]. Be to, h. pylori
infekcija gali padidinti ląstelių proliferaciją [8], [22], kaip atgauti skrandžio gleivinės pažeidimų ir apoptozę skrandžio epitelinių ląstelių [18], [23]. Taigi, siekiant neutralizuoti H. pylori
infekcija, priimančiosios aktyvuoja genų transkripciją dalyvauja gynybos mechanizmo, uždegiminės ir imunologinį reakcijos, ląstelių proliferacija ir apoptozės.}

analizė priimančiosios genų ekspresijos profiliavimo reaguojant į H. pylori
infekcija gali būti vienas iš būdų geriau suprasti priimančiosios veiksnių vaidmenį patogenezėje. kDNR Mikrogardelė buvo naudojama daugelyje tyrimų ištirti priimančiose genų ekspresijos sukeltos H pakeitimus. pylori
infekcija. Šie ankstesni tyrimai buvo daugiausia pagrįsta arba in vitro
kultūros ląstelių arba vivo
gyvūnų modelius [24] - [29]. Pavyzdžiui, studijos Rezusas ir U937 ląstelių nustatė, kad H. pylori
infekcija pakeisti šeimininko genų susiję su imuninės slėpimu, uždegiminių ir imuninio atsako, signalo perdavime ir transkripcijos veiksnių [24] - [25]. Genų ekspresijos taip pat buvo pasamdytas ištirti žmogaus skrandžio gleivinę ar biopsijos audinius užkrėsti H. pylori
Europoje ir Pietų Amerikoje. Šiuose tyrimuose naudojami genų mikrogardelių mėginiai yra iš tų, iš lėtinių pilvo skundų, susijusių su ne atrofinį ir atrofinį gastritas, skrandžio ir dvylikapirštės žarnos opos. Ir genų lustai naudojami ankstesnių tyrimų buvo daugiausia mažo tankio, kuris turėjo gana ribotą skaičių genų [30] - [32], su neseniai išskyrus, kurioje visą genomą Mikrogardelė atstovaujanti daugiau nei 47,000 nuorašai buvo naudojamas tirti genų ekspresiją profiliavimas Europos pacientams, užsikrėtusiems H. pylori
[33]. Tačiau retas ataskaitą, ypač Azijoje, yra genų ekspresijos žmogaus skrandžio gleivinės analize H. pylori
AMŽIAUS lėtinis paviršinis gastritas, naudojant didelio tankio kDNR mikrogardeliq.

Šis darbas, lėtinis gastritas paviršutiniškai, kuris yra labai dažna liga lėtinių pilvo skundų Kinijoje buvo pasirinktas kaip ligos būdas O. pylori
infekcija, ir didelio tankio kDNR Mikrogardelė įskaitant 14,112 klonuotų kDNR buvo naudojamas lustas eksperimentą. Geno ekspresijos profilius H. pylori
-infected ir neinfekuotiems pacientams, kuriems atliekama lėtinių paviršutiniškas gastritas buvo analizuojami Brb ArrayTools ir PNPP programinės įrangos. Keitimas genų ekspresijos profilius toliau buvo analizuojami ištirti H poveikį. pylori
infekcijos priimančiosios genų ekspresiją. Palyginimas šių profilių paskelbtas patologinės literatūros gali prisidėti prie genų, susijusių su H identifikuoti. Helicobacter pylori infekcija ir
geriau suprasti, kad patogeninių mechanizmų H. pylori parsisiųsti ir patofiziologiniai mechanizmai dalyvauja H. pylori
-infected lėtinis paviršinis gastritas.

Rezultatai

Šis tyrimas buvo skirtas nustatyti skrandžio gleivinės genus, biologija procesus ir molekulių sąveikos tinklus koreliuoja su H. pylori
infekcija. KDNR Mikrogardelė technologija buvo naudojama tiriant genų ekspresijos profilius perjungti H. pylori
užkrėstus ir sveikų pacientams, sergantiems lėtiniu gastritu paviršutiniškai. Buvo nustatyta, kad skirtingai išreikšti genai identifikuotos Brb ArrayTools minkštųjų gali būti susijęs su įvairių biologijos procesų, įskaitant baltymų apykaitai, uždegiminės ir imunologinį reakcijos, signalo perdavime, genų transkripcijos, mikroelementų apykaitą, ir taip toliau. Pagal PNPP Core analizių, dauguma šių genų buvo suskirstyti į tris molekulinės sąveikos tinklų dalyvaujančių genų ekspresiją, uždegiminės reakcijos ir vėžio eigą.

Cheminės skirtingai išreikštas genų H. pylori
-infected ir neinfekuotiems pacientams, kuriems atliekama lėtinis paviršinis gastritas

Mes priėmė genų lustai, kurių sudėtyje yra 14,112 klonuoti kDNR palyginti genų ekspresijos profilius tarp H. pylori
užkrėstus ir sveikų pacientams, sergantiems lėtiniu gastritu paviršutiniškai. Lustas duomenys buvo analizuojami Brb ArrayTools programinės įrangos. Iš visų klonuotų kDNR, 6,143 genai buvo suderinta su duomenų filtravimo sąlyga. Trisdešimt aštuonių genai buvo reikšmingai koreliavo su H. pylori
infekcijos skrandžio gleivinę, pacientams, sergantiems lėtiniu gastritu paviršutiniškai, kurios buvo apibrėžtos kaip skirtingai išreikštas genuose. Šie trisdešimt aštuoni skirtingai išreikšti genai įtraukti 23 iki reguliuojamų genų ir 15 žemyn reguliuojamų genų. Iš skirtingai išreikštas genų scatterplot buvo parodyta 1 paveiksle Tarp 38 genų, kad 34 diferencijuotai išreikšti genai turi savo genus anotacija informaciją, kuri dalyvauja baltymų apykaitą, uždegimo ir imunologinį reakcijos, signalo perdavime, genų transkripcijos, mikroelementų apykaitą, ir tt (1 lentelė).

Biologiniai procesai skirtingai išreikštas genų H. pylori
-infected ir neinfekuotiems pacientams, kuriems atliekama lėtinis paviršinis gastritas

Baltymų apykaita (1 lentelė).

Šiame tyrime mes Rasta 9 genus baltymų metabolizmui. 4 žemyn reguliuojamų genų buvo GOLPH3, ASB15, RWDD4A ir RNF138 ir 5 iki reguliuojamų genų buvo RPS14, RPS27, WASH1, PSMD5 ir PSME2. Baltymų apykaita yra sudėtingas procesas, įskaitant peptidų biosintezė, skirta transporto, baltymų ubiquitination kelią ir tt.
RPS14 ir RPS27 yra komponentas ribosomos 40S subvieneto. WASH1 ir GOLPH3 dalyvauti tikslinės transporto peptido. WASH1 Naujokams ir aktyvuoja Arp2 /3 kompleksą sukelti aktino polimerizacijos ir vaidina pagrindinį vaidmenį kanalėliuose dalijimosi, kurie tarnauja kaip transporto tarpinių produktų endosome metu rūšiavimo [34]. GOLPH3 yra periferinė membranos baltymo iš Goldžio kamino ir turi reguliavimo vaidmenį Goldžio prekyba, kuri yra padariusiu prekyba baltymų, receptorių perdirbimą, ir baltymų glikozilinant [35] - [36]. PSMD5 ir PSME2 yra komponentas proteasomos ir dalyvauti ubikvitino priklauso nuo baltymų skilimo procesą. ASB15, RWDD4A ir RNF138 yra susijęs fermentų, dalyvaujančių baltymų ubiquitination. ASB15 yra komponentas ankyrin pakartokite ir SOCS dėžė (ASB) šeimos ir sąveikauja su Cul5-Rbx2 suformuoti E3 Ubikvitino ligases, kuris vaidina reikšmingą vaidmenį per ubiquitination tarpininkaujant keliu [37]. Naujausi tyrimai rodo, ASB15 reguliuoja baltymų sintezę raumenyse [38]. Nors RWDD4A neturi išsamios anotaciją, The RWD struktūra labai primena tą Ubikvitino-jungiantys fermentų (E2) [39]. Tokiu būdu, RWDD4A funkcija gali būti susijęs su ubikvitino-konjugavimą fermentų. RNF138 (taip pat žinomas kaip NARF) veikia kaip E3 Ubikvitino baltymų ligaze, kuris kartu su NLK, dalyvauja atliekant ubiquitination ir degradacijos TCF /LEF. Tuo tarpu, RNF138 taip pat eksponuoja auto ubiquitination veiklą kartu su UBE2K [40].

Mobilusis sukibimas, uždegimo ir imunologinę reakciją (1 lentelė).

h. pylori
kolonizavo į skrandyje jungiasi adhezinus ir jo atitinkamą receptorius. Po h. pylori
infekcija, priimančiosios gimdo kurio imunines ląsteles ir uždegiminių ląstelių į skrandžio gleivinę antplūdžio ir skatina imuninę ir uždegiminį atsaką. Taigi nuorašai kodavimo imuninės ir uždegiminio atsako baltymus reglamentuoja H. pylori
infekcija. Mes nustatėme, kad 7 genai gali būti susijęs su šia grupe. Tarp jų, CEACAM8, LGALS3BP, ŽLA-DRB1, GPX1 ir NOSIP buvo iki reguliuojama, o MUC16 ir C5ORF53 buvo žemyn reguliuojama. CEACAM8, taip pat žinomas kaip CD66b, priklauso karcinoembrioninius Ag supergene šeima. CD66b yra aktyvacijos žymeklis žmogaus granulocitų ir reguliuoja sukibimą ir aktyvacijos žmogaus eozinofilų [41]. LGALS3BP, taip pat vadinamas naviku susijusio antigeno 90k ar Mac 2 BP, skatina intergrin tarpininkaujant ląstelių sukibimą ir stimuliuoja šeimininko gynybos nuo virusų ir navikinių ląstelių [42] - [43]. HLA-DRB1 yra reikalaujama prijungti imuninį atsaką. Aktyvusis deguonis ir NO yra svarbūs uždegimo mediatorių. Pagrindinė funkcija GPX1 yra apsaugoti nuo žalingo poveikio organizme susidaro hydroxyperoxides. NOSIP neigiamai reguliuoja NO gamybą [44]. MUC16 (taip pat žinomas kaip CA125) suteikia apsauginį, tepimo barjerą infekcijos sukėlėjų ne gleivinės paviršių ir tarpininkauja ląstelių sukibimą [45]. C5ORF53 (Sinonimai: IgA skatinančius baltymų homologą, IGIP) padidina IgA sekreciją iš B-ląstelių skatino per CD40 [46]

signalo perdavimas (1 lentelė)

SCGN, PHPT1 ir MST4.. prisijungti ląstelių signalizacijos būdus. SCGN yra kalcio-surišantis baltymas su panašumų į kalmodulino ir calbindin-D28K ir gali susieti Ca ^{2 + signalo exocytotic procesus [47]. PHPT1 katalizuoja phosphohistidine [48] dephosphorylation, o MST4 katalizuoja baltymų serino /treonino fosforilinimo.}

Genų transkripcijos (1 lentelė).

Keletas genų, susijusių su transkripcijos reguliavimo skrandžio gleivinės buvo reglamentuoja H. pylori
infekcija. Į 3 žemyn reguliuojamų genų buvo C19ORF2, NR1D2 ir ELP4 ir 4 iki reguliuojamų genų šios grupės buvo MED6, HDAC7, ANP32B ir TCEB2. NR1D2 (taip pat žinomas kaip Rev-erbβ) ir C19ORF2 (taip pat žinomas kaip RVP ar URI) veikia kaip transkripcijos corepressors ir neigiamai moduliuoti transkripcijos [49] - [50]. ELP4 veikia kaip subvieneto RNR polimerazės II elongator komplekso, kuris yra histono acetiltransferazė komponentas RNR polimerazės II (Pol II) holoenzyme ir apima į transkripcijos pailgėjimas. TCEB2 yra bendras transkripcija pailgėjimas veiksnys, kuris padidina RNR polimerazė II transkripcijos pailgėjimas [51]. HDAC7 vaidina svarbų vaidmenį genų transkripcijos represijas Histonas deacetilazių [52]. ANP32B reguliuoja genų ekspresiją, veikdama kaip Histonas palydovas ir inhibitorius Histonas acetilinimo [53]. MED6 yra coactivator dalyvauja reguliuojamos transkripcijos beveik visi RNR polimerazės II-priklausomų genų [54].

mikroelemento metabolizmas (1 lentelė).

FTL (feritinas, šviesos polipeptidas) veikia kaip geležies saugojimo tirpios ir netoksiška narėje [55]. COMMD1 yra daugiafunkcinis baltymų ir dalyvauja reguliuojant transkripcijos veiksnio NF-κB ir kontrolės vario apykaitos [56]. SLC39A6 (Sinonimai: LIV1, ZIP6).. Priklauso cinko transporterių pošeimiui [57]

Kita (1 lentelė)

Penki papildomi genai buvo skirtingai išreikštas H. pylori
užkrėstų gleivinė, kuri koduoja baltymus dalyvauja įvairių ląstelėje funkcijas. RNASEH2B dalyvauja DNR replikacijos ir tarpininkauja dėl vieno RNR ekscizijos iš DNR: RNR per du aukštus [58]. FLJ35220 neturi išsamios anotaciją, tačiau ji gali priklausyti endonukleazės V šeimą pagal Swiss-Prot ir eiti panašumo analizę, ir dalyvauti DNR remonto reaguojant į DNR pažeidimai stimulas. SULT1A4 (arba SULT1A3) katalizuoja sulfato konjugato fenolinių monoaminai (neuromediatorių, pvz dopamino, norepinefrino ir serotonino), fenoliai ir katechinaminų narkotikų [59]. COX7B yra terminalas komponentas mitochondrijų kvėpavimo grandinės ir katalizuoja elektronų pernešimą iš sumažinto citochromo C iki deguonies. ATP6AP2 (Sinonimai: renino receptorių) vaidina svarbų vaidmenį renino-angiotenzino sistemą (RAS) [60]

klasteris analizė skirtingai išreikšti genai

Mes atlikome grupių analizės pavyzdžių iš šešių. pacientų lėtinio paviršutiniškai gastritas ir 38 diferencijuotai išreikštų genų naudojant Brb ArrayTools programinę įrangą. Pavyzdžių, pacientai buvo suskirstyti į dvi grupes H. pylori
užsikrėsti ir Neinfekuotiems. Dėl genų, žemyn reguliuojamų genų buvo susitelkę į dvi grupes, kurių C5ORF53, SCGN, RNF138, ELP4, RWDD4A, ASB15, C19ORF2 ir RNASEH2B vienoje grupėje, o ATP6AP2, NR1D2, MUC16, GOLPH3, MST4 ir SLC39A6 į kitos grupės; up-reguliuojamų genų taip pat buvo susitelkę į dvi grupes. PSMD5, GPX1, WASH1, HDAC7, ŽLA-DRB1, RPS27, CEACAM8 ir MED6 buvo susitelkę į vieną grupę, o likusi dalis sudarė kitą grupę (2 paveikslas).

Tinklo analizė skirtingai išreikšta genų sąveikos

Jei interpretuoti skirtingai išreikštas genus H. pylori
infekcija biologinių procesų, kelius ir tinklų kontekste, IPA Core analizė buvo atlikta ir trijų aukštų balų tinklai (rezultatas > 15), įskaitant 82% (28/34) ir skirtingai išreikštas genų buvo identifikuoti (3 pav.) Šie balai, gauti iš P
vertybių, nurodė, fokusavimo genų priklausančių tinklu, palyginti su gaunama vien tik atsitiktinai, tokiu būdu panaikinant jų atsiradimo tikimybę tinkle, kad dėl triukšmo tikimybę. Tinklo 1 su aukščiausią balą (Finišavo = 25) susideda iš genų ekspresiją, mažos molekulės biochemijos ir vėžio. Kitos vėlesni tinklai įtraukti tinklą 2 (Finišavo = 19) genų ekspresiją, mobiliojo ryšio plėtrą, ląstelių augimo ir proliferacijos ir tinklą 3 (rezultatas = 16) antigeno pateikimo, uždegiminio atsako, dermatologinių ligų ir sąlygomis. Šie rezultatai reiškia, jog pakeista genai buvo paskirstytos įvairių tinklų, kurie gali būti tikimasi, kad įvairių įtaka pacientų H. pylori
infekcija. Tuo tarpu reikšmingas ( P
< 0,05) "molekulinė ir ląstelių funkciją" į PNPP programinės įrangos sudarė antigeno pateikimo, ląstelių mirtį, genų ekspresijos, molekulinės transporto ir mobiliojo ryšio plėtrą, o baltymų ubiquitination kelias buvo labiausiai reikšmingas ( p
= 0,0124) "Top Canonical kelias" pakeista H. pylori
infekcija gydant lėtinį paviršutiniškai gastritas.

3 pav parodė genų sąveiką, susijusią tinklo. Du iš pagrindinių centrinių taškų tinklo 1 buvo RNR polymeraseII ir NF-κB (kompleksas). C19ORF2, MED6 ir TCEB2 tiesiogiai reglamentuoja RNR polimerazė II, o COMMD1, GPX1 ir ATP6AP2 tiesiogiai bendravo su NF-κB. NOSIP ir GOLPH3 netiesiogiai bendravo su RNR polimerazės II ir NF-κB per BCL2 ir erbb2, atitinkamai. Be to, SCGN ir PHPT1 netiesiogiai reguliuoja NF-κB per TAC1 ir TRAF6, atitinkamai. CTNNB1, kateninai (cad susijęs baltymas), beta 1, buvo svarbus centrinis taškas tinkle 2. HDAC7 ir ANP32B tiesiogiai bendravo su CTNNB1, o FTL, CEACAM8, MST4, NR1D2 ir RPS27 netiesiogiai bendravo su CTNNB1 iki GADD45A, CEACAM1, EGF NCOR1 ir HRAS, atitinkamai. Vienas iš svarbiausių centrinių punktų tinklo 3 buvo MHC II klasės (kompleksas). ŽLA-DRB1, SLC39A6 ir LGALS3BP turėjo tiesioginį bendravimą su MHC II klasės. PSME2 ir SULT1A3 buvo netiesiogiai susijęs su MHC II klasės pagal IFNG (interferono, gama) ir beta-estradiolio, kuris taip pat buvo svarbūs centriniai taškai tinkle 3.

SYBR žalia kiekybinė realaus laiko PGR patvirtinimas pasirinktų genų

SYBR žalia kiekybinė realaus laiko PGR buvo naudojamas patvirtinti išraiška duomenis, gautus už 4 aptiktų mikrogardeliq analizės (2 lentelė) įsipareigojimo ir ekspresija genuose. Nebuvo atitikimas tarp mikrogardeliq duomenų ir realaus laiko PGR duomenimis visais atvejais. Tačiau mikrogardeliq rezultatai pervertino kartų kaita rasti PGR.

Diskusijos

Čia mes pranešė mikrogardeliq rezultatai genų ekspresijos profiliavimo skrandžio antralinių gleivinės iš pacientų lėtinio paviršutiniškai gastritas užkrėstų O. pylori parsisiųsti ir Neinfekuotiems. Mūsų rezultatai parodė, kad H. pylori
infekcija reguliuoja genų, susijusių su baltymų apykaitą, uždegimo ir imunologinį reakcijos, signalo perdavime, genų transkripcijos, mikroelementų apykaitą, ir pan.

metu, dauguma genų reglamentuoja O. pylori
infekcija buvo identifikuoti pagal tradicinius metodus, kaip antai Šiaurės blot analizei arba atvirkštinės transkriptazės kiekybinis polimerazės grandininę reakciją (AT-qPCR). Su šių metodų, vienas ar ribotam skaičiui tikslinių genų gali būti pasirinkta viena eksperimento, kuris paprastai yra pagaminti, eksperimentai linkusios patvirtinti arba paneigti konkrečias hipotezes, bet ne sukelti atradimą netikėtose skirtingai išreikštas genuose. Tačiau kDNR Mikrogardelė technologija leido mokslininkams ne tik studijuoti dešimtys tūkstančių genų vienu metu, bet taip pat nustatyti netikėtų genus, kurie turėtų būti stipriai naudinga suprasti patogeninę mechanizmą H. pylori
. Vis dėlto, kaip Skaitliuko didieji didžiadvasiškumas duomenys pagaminti lustas eksperimentas vis dar yra šios metodikos dėlionė. Interpretuoti duomenis, yra du svarbūs darbai, tiksliai identifikuoti genus, kurie buvo skirtingai išreikštas tarp grupių, surinktų iš įvairių rūšių audinių pavyzdžius ir naudojant šiuos genus išsiaiškinti patogeninę mechanizmą H. pylori
. BRB ArrayTools yra išsamus sukurtas profesionalių biostatisticians programinė patirties projektuojant ir analizuojant kDNR microarray studijas, kuris yra plačiai pripažintas kaip labiausiai statistiškai patikimu paketą prieinami kDNR microarray duomenų analizė. Mūsų Šiame tyrime mes naudojamas BRB ArrayTools nustatyti diferencijuotai išreikštus genus ir grupių šių genų ir pavyzdžius. Norėdami padidinti duomenų tikslumą, duomenų filtrai buvo padaryta prieš klasę lyginamoji analizė, įskaitant vietoje pildytojų, normalizavimo ir genų filtrai. Tada nustatyti iš P pervežimas vertę ( P
< 0,001) ir užlenkite mokestis (daugiau kaip 2,0) buvo panaudota siekiant sumažinti klaidingų teigiamų didelį greitį [61]. PNPP, Ingenuity® žinių bazę, yra biologinių sąveikų ir funkcinių anotacijos sukurtų iš milijonų individualiai sumodeliuotų santykių tarp baltymų, genų, metabolitų saugykla, kompleksai ir tt
. Šie sumodeliuoti santykiai yra daug konteksto duomenis, nuorodų į originalų straipsnį ir rankiniu būdu peržiūrėti tikslumą. PNPP buvo plačiai priimta ir naudojama pagal gyvybės mokslų mokslinių tyrimų bendruomenę. Šiame tyrime mes naudojamas IPA komentuoti genų bio-Function ir statyti sąveikos tinklą skirtingai išreikštas genuose. Taigi, derinant Brb ArrayTools ir IPA superiorities paskelbtus literatūros apie H. pylori
gali būti geriau požiūris į suprasti savo patogeninę mechanizmą analizės kDNR microarray.

h. pylori parsisiųsti ir jos gaminiai /virulentiškumo veiksniai įvesti šeimininko ląstelių, arba pagal IV tipo sekrecijos sistemos tiesiogiai įpurškiant į citoplazmą (pvz CagA) arba Endocitozė mechanizme internalizuoti į šeimininko ląstelę (pvz Vaca, LPS, ureaz) , Be to, Vaca sukelta ląstelių vakuolizaciją dalyvauja endosome formavimo ir rūšiavimo. Šis tyrimas parodė, WASH1 reguliuojami endosome formą ir prekyba įtakojant aktino polimerizacijos [34], buvo iki reguliuojama. Po h. pylori
virulentiškumo veiksniai įvesti skrandžio epitelį, jie kaupiasi dalelių turtingas citoplazmos struktūros (PACS), kuris atsiranda ribosomų turtingas citoplazmoje. Be colocalization iš Vaca CagA ir ureazės, kad PACS koncentratai išorinės membranos baltymus su NOD1 receptorių ir Ubikvitino-proteosomos sistema (UPS) komponentų, įskaitant ubikvitino įsijungiantis fermento E1, polyubiquitinated baltymų ir proteasomos komponentų [62]. NOD1 yra selektyvus, h. pylori
receptorių, kurie reaguoja į bakterijų arba jos virulentiškumo veiksnių atleidus citokinus ir chemokinus. UPS yra pagrindinis kelias ne-lizosominių degradacijos įvairių korinio baltymų. Neseniai atliktas tyrimas parodė, baltymų ubiquitylation turėjo svarbų vaidmenį reguliuojant imuninį atsaką [63]. Taigi, PACS gali turėti vaidmenį bakterijų pripažinimo ir tvarkymo, ir gali moduliuoti toksinų /virulentiškumo veiksnių veiklą ir sukelti susijusius imuninį atsaką, ypač per immunoproteasome [62]. Be šio tyrimo, du ribosomas baltymai RPS14 ir RPS27 ir du proteosomos komponentai PSMD5 ir PSME2 buvo iki-reguliuojama. Šie rezultatai parodė, kad H. pylori
infekcija gali paskatinti PACS išsidėstymą. Be to, ASB15, RNF138 ir RWDD4A dalyvauja ubiquitylation pakeitimo, kuris turi svarbų vaidmenį reguliuojant imuninį atsaką [63]. Trys genai buvo žemyn reguliuoja mūsų tyrime. ASB15, dalyvaujantis formuojant E3 Ubikvitino ligases [37], yra iš ankyrin pakartoti ir SOCS dėžė (ASB) šeimos, kuri priklauso nuo citokinų signalizacijos (OSK) box baltymų superfamily slopintuvas sudedamoji dalis [38]. Į ankyrin kartojasi gali įpareigoti į NF-κB RHD, maskavimo savo branduolinę lokalizacijos seką, tokiu būdu išlaikant NF-κB citoplazmoje ir slopina NF-κB aktyvacijos [63]. RNF138 (NARF) yra žiedas, kurių sudėtyje yra E3 ubikvitino-baltymų ligazės, kuri turi gyvybiškai svarbų vaidmenį periferiniame T-ląstelių toleranciją ir slopinimo T-ląstelių aktyvacija [63]. Be to, RNF138 slopina WNT /beta kateninai signalizacijos [40]. Žemyn-reguliavimas ASB15 ir RNF138 šiame tyrime nurodoma, H. pylori
infekcija gali skatinti šeimininko uždegimo ir imuninį atsaką. RWDD4A nebuvo komentuojami ir jos santykis su H. pylori
infekcija poreikiai būti toliau tiriamas. Kartu paėmus, šie rezultatai rodo, kad H. pylori
infekcija gali paskatinti PACS formavimas ir vėliau sukelti šeimininko įvairių ląstelių procesą, įskaitant uždegimines ir imuninio atsako ir signalo perdavime.

garsūs bruožai H. pylori
AMŽIAUS lėtinis gastritas yra patvarios kolonizacija H. pylori parsisiųsti ir nuolat stiprinamas uždegimas su padidėjusia uždegiminių ląstelių infiltracija vietos skrandžio gleivinę. Todėl h. pylori
pirmiausia turi vystytis įvairius triukus pabėgti nuo priimančiosios antimikrobinio gynybos mechanizmas, siekiant nuolat kolonizuoti skrandį. Mūsų kDNR Mikrogardelė duomenys taip pat pateikė keletą įrodymų į šiuos aspektus. MUC16, kuri suteikia apsauginį, tepimo barjerą infekcijos sukėlėjų ne gleivinės paviršių [45], buvo nustatyta žemyn reglamentuoja H. pylori
. Imunoglobulino A (IgA) yra pagrindinė sudedamoji vietos imunitetą skrandžio gleivinės, kuri vaidina svarbų vaidmenį apsisaugojimas nuo patogenų, sukeliančių invazijos ir išlaikyti žarnyno homeostazę [64] - [65]. C5ORF53, pagerina IgA sekreciją [46], buvo žemyn reglamentuoja H. pylori
. NO ir ROS yra svarbūs uždegimo mediatorių, kurie gali tiesiogiai žudo bakterijas. Kaip priimančiosios antimikrobinis gynybos mechanizmo, ROS ir NO gaminamas makrofagų ir neutrofilų buvo sukeltas H. pylori
infekcija [18]. Tačiau NOSIP ir GPX1 kurie gali slopinti ne ir ROS gamybą, atitinkamai [44], buvo iki reguliuojama H. pylori
šiame tyrime. Šie rezultatai parodė, kad H. pylori
galėtų pabėgti šeimininko gynybos mechanizmą, reguliuojant susijusių genų ekspresiją, kad būtų nuolat kolonizuoti per skrandžio gleivinę, kuri buvo patvirtinta kitu chip eksperimento [25]. Be to, H. pylori parsisiųsti ir jos gaminiai /virulentiškumo veiksniai sukelia uždegimą ir imuniteto reakcijas po užkrėsti ląstelių šeimininkių. Keli mikrogardelių tyrimų rezultatai parodė, kad H. pylori
infekcija reikšmingai koreliuoja su raiškos MHC II klasės antigenų pateikiančių genų, ubikvitino-D, CXCL-2 ir -13, CCL18 ir KLAM-1 genų [30], [32] - [33]. Į mūsų Šio tyrimo, ląstelių adhezijos molekulės CEACAM8 ir MHC II klasės antigenų pateikiančių genas HLA-DRB1 buvo rasta iki reguliuojama H. Helicobacter pylori infekcija
, o mobilieji chemokinus ar jų receptoriai rodomas jokio skirtumo. pylori
. pylori
. pylori
infekcija. h. pylori
. Nuo h. pylori
infekcija. pylori
infekcija. pylori
infekcija.

• PLoS ONE: Epstein Barr virusas ir Helicobacter pylori infekcijos kartu teigiamai susijusi su sunkia gastritas vaikams ir paaugliams
• PLoS ONE: Patogi Modelis Rimtas, didelis sergamumas autoimuninio gastrito Sukelia Polikloninis Efektoriaus T ląstelių ir be pasipiktinimas reguliavimo T Cells