PLoS One: génexpressziós a gyomornyálkahártya Helicobacter pylori-fertőzött és nem fertőzött átesett betegeknél a krónikus gyomorhurut Felületes

absztrakt katalógusa

Helicobacter pylori fertőzés katalógusa átprogramozza fogadó génexpresszió és befolyásolja a különböző sejt folyamatok, amelyek vizsgálták cDNS microarray segítségével in vitro katalógusa kultúra sejtek és in vivo katalógusa gyomor biopszia betegektől a krónikus hasi panaszok. Hogy tovább vizsgálja a hatását H. pylori fertőzés katalógusa fogadó génexpresszió, összegyűjtöttük a gyomor antrális nyálkahártya minta 6 kezeletlen betegek gasztroszkopikus és patológiai megerősítését krónikus gyomorhurut felületes. Közülük három beteget fertőzött H. pylori
és a másik három beteg nem volt. Ezeket a mintákat elemeztük microarray chip, amely 14.112 klónozott cDNS, és a microarray elemeztük keresztül BRB ArrayTools szoftverek és találékonyság utak Analysis (IPA) honlapján. Az eredmények azt mutatták, 34 gén 38 differenciáltan expresszálódó gének által szabályozott H. pylori fertőzés katalógusa volna jegyzetekkel. A jegyzetekkel ellátott géneket részt vesz a fehérje-anyagcsere, gyulladásos és immunológiai reakciót, szignáltranszdukció, gén transzkripcióját, nyomelem anyagcserét, és így tovább. A 82% -át ezek a gének (28/34) kategorizáltuk három molekuláris kölcsönhatás hálózatokat a génexpresszióban szerepet játszó, a rák előrehaladás, antigén prezentáció és gyulladásos választ. Az expressziós adatok a tömb hibridizációs igazoltuk kvantitatív valós idejű PCR-assay. Összefoglalva, ezek az adatok azt mutatták, hogy H. pylori fertőzés katalógusa is megváltoztatják a sejt génexpressziós folyamatokban, menekülni gazda védelmi mechanizmus növeli a gyulladásos és immunválasz, aktiválja az NF-kB és Wnt /β-catenin jelátviteli, zavarja fémion homeosztázis, és indukálják kialakulásában. Mindezek a segíthet megmagyarázni H. pylori
patogén mechanizmus és a gastroduodenalis patogenezisében okozta H. pylori fertőzés katalógusa.

Citation: Yang Z-M, Chen W-W, Wang Y-F (2012) génexpressziós a gyomornyálkahártya-re Helicobacter pylori-fertőzött és nem fertőzött katalógusa átesett betegeknél a krónikus gyomorhurut felületes. PLoS ONE 7 (3): e33030. doi: 10,1371 /journal.pone.0033030 katalógusa

Szerkesztő: Niyaz Ahmed, University of Hyderabad, India katalógusa

Beérkezett: július 12, 2011; Elfogadva: február 9, 2012; Megjelent: március 16, 2012 katalógusa

Copyright: © 2012 Yang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: A szerzők "kézirat támogatta a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (NO. 90209004) (http://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm), Guangdong Természettudományi Alapítvány (NO. 05102323) (http: //gdsf.gdstc.gov.cn/) és az E-Intézet Építési terv Projekt Shanghai Városi Oktatási Bizottság (NO. E03008) (http://www.shmec.gov.cn/). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nincs befejezése érdekek állnak fenn. Katalógusa

Bevezető

Helicobacter pylori katalógusa ( H. pylori katalógusa) egy spirál alakú Gram-negatív baktérium, amely a gyomor colonizes mintegy 50% -a az összes emberre. Még ha a többség a H. pylori katalógusa -colonized egyének tünetmentes marad, a H. pylori
fertőzés a leginkább elsődleges oka a krónikus gyomorhurut és az ismert, hogy egy kockázati tényező a peptikus fekélybetegség és gyomor rosszindulatú. Ez egyben az első baktérium megfigyelt fellépni rákkeltő. Katalógusa

A fejlesztés a krónikus gyomorhurut kapcsolódó H. pylori fertőzés katalógusa multifaktoriális folyamat. Mindkét H. pylori katalógusa és a fogadó tényezők befolyásolják a patogenezisében krónikus gyomorhurut. A H. pylori katalógusa oldalon virulenciatényezők által termelt H. pylori
nem csak a kárt közvetlenül gyomornyálkahártya sejt, hanem növeli a gyulladásos citokinek termelését, az epiteliális sejtek proliferációját és apoptózist. Vacuolating cytotoxin (VacA) és cytotoxin-asszociált gén fehérje (CagA) jelentős virulencia faktorok. CagA transzlokálódik a gyomor hámsejtek által egy IV-es típusú szekréciós rendszer, által kódolt CAG-patogenitási szigeteket. Mind a foszforilált és nem foszforilált CagA aktiválhatja citoszkeletális reorganizációja és számos jelátviteli utak, például PI3A /Akt, a béta-catenin és az NF-kappaB (NF-kB) jelző, amelyek elősegítik a proliferáció és a gyulladás [1] - [2]. VacA által szekretált típus V-szekréciós rendszer internalizálódik gazdasejtekbe sejtekbe endocitózis és hatások különböző celluláris folyamatok, beleértve a sejt vakuolizáció, mitokondrium-függő sejthalált, és nőtt a permeabilitás a gyomornyálkahártya gátlása a T-sejt aktiváció és proliferáció, és megindítását proinflammatorikus válasz [3]. Azonkívül, VacA is aktiválhatja PI3A /Akt, a MAPK és az NF-kB jelző [3] - [4]. Neutrofil aktiváló protein (HP-NAP) kiválasztódik a H. pylori
szintén fontos virulencia faktor miatt, hogy képes indukálni neutrofilek előállításához reaktív oxigén gyökök [5]. A HP-NAP egy immunrendszer-modulátor és képes indukálni az expresszióját az interleukin-12 (IL-12), az IL-23 és IL-8 által stimuláló különböző gyulladásos sejtek, például a neutrofilek, monociták és a dendritikus sejtekre. HP-NAP most tekinthető döntő szerepet játszik a Th1 gyulladás H. pylori
fertőzés [6] - [7]. H. pylori
lipopoliszacharid (HP-LPS) növeli a sejtek szaporodását és a gyulladás keresztül a MEK1 /2-ERK1 /2 mitogénaktivált protein-kináz kaszkád és a Toll-szerű receptor (TLR) a gyomor hámsejtekben [8]. H. pylori
hősokk protein 60 (HP-HSP60) indukál gyulladásos válasz keresztül a Toll-like receptor és MAPK útvonalak a monocita sejtek, makrofágok és gyomornyálkahártya-sejtek [9] - [11]. OipA, ismert, hogy befolyásolja a kialakulásának kockázata klinikai H. pylori katalógusa val kapcsolatos betegségek, szerepet játszik a H. pylori
indukált fokális adhéziós kináz aktiváció és citoszkeleton újjászervezését. Ezen felül, néhány kutatások kimutatták más pathopoiesis tényezők által szekretált H. pylori katalógusa részt vettek gazdasejt gyulladásos reakció [12] - [14]. Ezért aktiváló fogadó gyulladásos reakció és számos jel transductions lehet az elsődleges pathopoiesis mechanizmusa H. pylori katalógusa.

A fogadó oldalon, host ellensúlyozza H. pylori fertőzés
megváltoztatásával különböző szempontok. Szekréciója antibakteriális anyagok és a gyomor nyálkahártya barrier a fontos védekező mechanizmusokat a gyomor, hogy korlátozza a proliferációját H. pylori
. Lactoferrin gátolja a baktériumok növekedését korlátozásával a rendelkezésre álló extracelluláris vas-ionok, és a Lactoferrin is rendelkezik antibakteriális tulajdonságokkal [15]. Összetevői közül a gyomor mucin gátolhatja bioszintézisének H. pylori katalógusa falon. Neutrofilek és makrofágok termelnek nagy mennyiségű reaktív oxigén (ROS) és a nitrogén-oxid (NO), amely képes reaktív nitrogén származékok (RNS) reagáltatjuk O2 ^{˙- [16] - [18]. ROS és RNS közvetlenül megöli a baktériumokat. Ezen túlmenően, a fogadó gyulladásos és immunológiai reakció H. pylori
növekszik. A krónikus fertőzés jellemezte számának növelése limfociták, makrofágok, neutrofil sejtek, hízósejtek és a dendritikus sejtek, valamint a gyulladásos sejtek be az al-epiteliális gyomor lamina propria. A humorális immunválasz H. pylori katalógusa kiváltott szinte minden H. pylori
-fertőzött emberek. IFN-γ, TNF, IL-6, IL-7, az IL-8, IL-10 és IL-18 szintek növekedett a gyomornyálkahártya [19] - [20]. Monocita eredetű humán dendritikus sejtek engedje citokinek és növeli expresszióját fő hisztokompatibilitási osztály II fehérjék [21]. Sőt, H. pylori
fertőzés fokozza a sejtproliferációt [8], [22] mint letölteni gyomor nyálkahártya károsodás és apoptózisát gyomor hámsejtek [18], [23]. Így, hogy ellensúlyozza H. pylori fertőzés katalógusa, host aktiválja géntranszkripcióban részt a védelmi mechanizmus, gyulladásos és immunológiai reakciót, sejtburjánzás és az apoptózis. katalógusa}

elemzése fogadó génexpressziós válaszul H. pylori fertőzés katalógusa lehet az egyik megközelítés, hogy jobban megértsék a házigazda szerepében tényezők patogenezisében. cDNS microarray óta használják a számos kutatás vizsgálja a változások fogadó génexpresszió indukált H. pylori fertőzés
. Ezek a korábbi vizsgálatok alapján elsősorban az in vitro katalógusa kultúra sejtek vagy in vivo állatkísérletekben katalógusa [24] - [29]. Például tanulmányok rhesus makákó és U937 sejteket találtak, hogy a H. pylori
fertőzés megváltozott fogadó gének expresszióját kapcsolatos immun kijátszása, gyulladásos és immunválaszok, jelátviteli és transzkripciós faktorok [24] - [25]. Génexpressziós profilt is alkalmaznak, hogy vizsgálja meg az emberi gyomornyálkahártya vagy biopsziás szövetekben fertőzött H. pylori
Európában és Dél-Amerikában. Ezekben a vizsgálatokban az alkalmazott minták gén microarray vannak azoktól a krónikus hasi panaszok kapcsolatos nem atrófiás és atrófiás gastritis, gyomor- és nyombélfekély. És Gene chipek használt korábbi kutatások többnyire kis sűrűségű, amelyek egy viszonylag korlátozott számú gének [30] - [32], a közelmúltban kivétel, amelyben teljes genom microarray népességének több mint 47.000 transzkriptumok vizsgálatára alkalmaztuk a génexpresszió profilalkotás európai fertőzött betegek H. pylori katalógusa [33]. Azonban ritka jelentés, különösen Ázsiában, az az elemzés génexpressziós profilt emberi gyomor nyálkahártya H. pylori
val kapcsolatos krónikus gyomorhurut felszínes segítségével nagy sűrűségű cDNS microarray. katalógusa

A jelen munka, krónikus gyomorhurut felületes, ami egy nagyon gyakori betegség a krónikus hasi panaszok Kínában választották betegség mód H. pylori
fertőzés, és a nagy sűrűségű cDNS microarray beleértve 14.112 klónozott cDNS-eket alkalmaztunk chip kísérlet. A génexpressziós profilokat H. pylori katalógusa-fertőzött és nem fertőzött betegek krónikus gyomorhurut felületes elemeztük BRB ArrayTools és az IPA szoftver. Megváltoztatását génexpressziós profilok tovább elemeztük, hogy vizsgálja meg a hatását H. pylori fertőzés
a gazda génexpresszió. Összehasonlítása Ezek a profilok a közzétett kóros irodalom hozzájárulhat a gének azonosítását társított H. pylori fertőzés
és a jobb megértést a patogén mechanizmusainak H. pylori katalógusa és kórélettani mechanizmusok H. pylori katalógusa-fertőzött, krónikus gyomorhurut felszínes. katalógusa

Eredmények katalógusa

A jelen tanulmány célja az volt, hogy azonosítsa gyomornyálkahártya gének biológiai folyamatok és molekuláris kölcsönhatások korrelált H. pylori fertőzés
. A cDNS microarray technológiát alkalmaztak, hogy vizsgálja meg a változás génexpressziós profilok között H. pylori
fertőzött és nem fertőzött krónikus gyomorhurut felületes. A differenciálisán expresszált gén által azonosított BRB ArrayTools lágy találták, hogy kapcsolatban áll különböző biológia folyamatok, beleértve fehérje anyagcserét, gyulladásos és immunológiai reakciót, szignáltranszdukció, gén transzkripcióját, nyomelem anyagcserét, és így tovább. IPA Core elemzések, a legtöbb ilyen géneket kategorizált három molekuláris kölcsönhatások részt génkifejezésben gyulladásos válasz és a rák előrehaladás. Katalógusa

azonosítása differenciáltan expresszálódó gének H. pylori katalógusa-fertőzött és nem fertőzött betegek krónikus gyomorhurut felületes katalógusa

fogadott gén-chip, amely 14.112 klónozott cDNS összehasonlítani a génexpressziós profilok között H. pylori
fertőzött és nem fertőzött krónikus gyomorhurut felületes. A chip adatokat elemeztük BRB ArrayTools szoftver. Elfogyott az összes klónozott cDNS, 6143 gének egyezett adatszűrési állapotban. Harmincnyolc gének szignifikánsan korrelált H. pylori
fertőzés gyomornyálkahártya a krónikus felületes gyomorhurut, amelyek meghatározása a differenciáltan expresszálódó géneket. Ezek Harmincnyolc differenciáltan expresszálódó gének benne 23 up-gének és 15 le-gének. A szórásgörbe a differenciáltan expresszált gének az 1. ábrán látható közül 38 gének, 34 differenciálisán expresszált gének génjeik annotáció információk, amelyek részt vesznek a fehérje-anyagcsere, gyulladásos és immunológiai reakciót, szignáltranszdukció, gén transzkripcióját, nyomelem anyagcserét, és a így (1. táblázat). katalógusa

a biológiai folyamatok a differenciáltan expresszálódó gének H. pylori katalógusa-fertőzött és nem fertőzött betegek krónikus gyomorhurut felületes katalógusa

Fehérje anyagcsere (1. táblázat). katalógusa

Ebben a vizsgálatban azt találtuk 9 gén részt vesz a fehérje anyagcserét. A 4 down-gének voltak GOLPH3, ASB15, RWDD4A és RNF138, és 5-ig gének voltak RPS14, RPS27, WASH1, PSMD5 és PSME2. Fehérje-anyagcsere egy bonyolult folyamat, beleértve a peptid bioszintézis, célzott szállítására, fehérje ubikvitinációs stb. Katalógusa RPS14 és RPS27 vannak eleme a riboszóma 40S alegység. WASH1 és GOLPH3 részt vesznek célzott szállítására peptid. WASH1 toboroz, és aktiválja a Arp2 /3 komplex indukáló aktin polimerizáció és kulcsszerepet játszik a hasadási tubulusok szolgáló közlekedési közbenső alatt endoszóma válogatás [34]. GOLPH3 egy perifériás membránfehérje a Golgi verem, és van egy szabályozó szerepet Golgi-kereskedelem, amely szerepet játszik a fehérje-kereskedelem, receptor újrahasznosítás, és a protein glikozilezés [35] - [36]. PSMD5 és PSME2 komponensként proteosoma és részt vesznek ubiquitin-függő protein degradáció folyamatát. ASB15, RWDD4A és RNF138 érintettek a résztvevő enzimek fehérje ubikvitináció. ASB15 van összetevője a ankyrin ismétlés és SOCS doboz (ASB) családi és kölcsönhatásba lép a Cul5-Rbx2 alkotnak E3 ubikvitin ligázok, amely játszik jelentős szerepet keresztül ubikvitináció által közvetített útvonal [37]. A legújabb kutatások azt mutatják, ASB15 szabályozza a fehérjeszintézist vázizom [38]. Bár RWDD4A nincs részletes magyarázat, a RWD struktúra jelentősen hasonlít az ubiquitin-konjugáló enzimek (E2) [39]. Így RWDD4A funkció kapcsolatban lehet a ubiquitin-konjugáló enzimekkel. RNF138 (más néven NARF) működik, mint E3 ubikvitin-protein ligáz, amelyek együtt NLK, részt vesz a ubikvitináció és lebomlását TCF /LEF. Közben RNF138 is mutat automatikus ubikvitináció aktivitás együtt UBE2K [40]. Katalógusa

Cell tapadás, gyulladásos és immunológiai reakció (1. táblázat). Katalógusa

H. pylori
gyarmatosították a gyomorban kötődése adhezin és az annak megfelelő receptor. Miután H. pylori
fertőzés, a fogadó szül a beáramló immun effektor sejtek és gyulladásos sejtek a gyomor nyálkahártyáját, és elősegíti az immunrendszer és a gyulladásos választ. Így átiratok kódoló immun- és gyulladásos választ fehérjék szabályozzák H. pylori fertőzés
. Azt találtuk, hogy a 7. gének társítható ebben a csoportban. Közülük CEACAM8, LGALS3BP, HLA-DRB1, gpx1 és NOSIP volt akár szabályozott, míg MUC16 és C5ORF53 arra leszabályozott. CEACAM8, más néven CD66b, tartozik a karcinoembrionális Ag szupergén család. CD66b egy aktivációs marker humán granulociták és szabályozza tapadás és aktiválását humán eozinofil [41]. LGALS3BP, más néven mint tumorasszociált antigén 90K vagy Mac-2 BP, elősegíti intergrin által közvetített sejtadhézió és stimulálja a gazdaszervezet védekezését a vírusok és tumorsejtek [42] - [43]. HLA-DRB1 szükséges immunválasz. Aktív oxigén és NO fontos mediátorai a gyulladásnak. A fő funkciója az, hogy megvédje gpx1 roncsoló hatása ellen az endogén alakult hydroxyperoxides. NOSIP negatívan szabályozza a NO termelés [44]. MUC16 (más néven CA125) biztosít védelmet, kenő- gát elleni fertőző anyagokkal nyálkahártya-felületek, és közvetíti sejtadhézió [45]. C5ORF53 (Szinonimák: IgA indukáló fehérje homológ IGIP) növeli az IgA szekrécióját B-stimulált sejtek CD40 [46]. Katalógusa

A jelátvitel (1. táblázat). Katalógusa

SCGN, PHPT1 és MST4 csatlakozzon a sejtek jelátviteli. SCGN egy kalcium-kötő fehérjét hasonlóságot kalmodulin és calbindint-D28K és linket Ca ^{2 + jelzést sejten kívüli eljárások [47]. PHPT1 katalizálja a defoszforilációja foszfohisztidin [48], míg MST4 katalizálja a foszforilezését protein szerin /treonin.}

gén transzkripcióját (1. táblázat).

Számos gén kapcsolatos transzkripciós szabályozó gyomornyálkahártya szabályozza H. pylori fertőzés
. A 3 leszabályozott gének C19ORF2, NR1D2 és ELP4, és 4-ig gének ennek a csoportnak volt MED6, HDAC7, ANP32B és TCEB2. A NR1D2 (úgy is ismert, mint a Rev-erbβ) és C19ORF2 (más néven RMP vagy URI) jár, mint transzkripciós corepressors és negatívan modulálják a transzkripciót [49] - [50]. ELP4 működik alegysége az RNS-polimeráz II elongator komplex, amely egy hiszton acetiltranszferáz komponense az RNS polimeráz II (Pol II) holoenzim, és magában foglalja a transzkripciós nyúlás. TCEB2 egy általános transzkripciós elongációs faktor, amely növeli az RNS-polimeráz-II transzkripciós elongációs [51]. HDAC7 szerepet játszik a gén transzkripciós elnyomása hiszton dezacetilázok [52]. ANP32B szabályozza a génexpressziót azáltal, hogy hiszton chaperon és inhibitor a hiszton acetilezés [53]. MED6 egy koaktivátor részt vesz a szabályozott transzkripcióját majdnem az összes RNS-polimeráz-II-függő gének [54].

Nyomelem anyagcsere (1. táblázat).

FTL (ferritin, könnyű polipeptid) jár mint a tárolási a vas egy oldható és nem toxikus állapot [55]. COMMD1 egy multifunkcionális protein, és részt vesz szabályozása transzkripciós faktor NF-kB és ellenőrzése réz anyagcsere [56]. SLC39A6 (Szinonimák: LIV1, ZIP6) tartozik egy alcsaládba cink transzporterek [57]. Katalógusa

Egyéb (1. táblázat). Katalógusa

Öt további géneket eltérő módon fejeződnek ki H. pylori katalógusa fertőzött nyálkahártya, fehérjéket kódoló részt vevő különböző sejten belüli funkciókat. RNASEH2B részt vesz a DNS-replikációt, és közvetíti a kimetszése egyetlen RNS DNS: RNS duplexek [58]. FLJ35220 nincs részletes annotáció, de lehet, tartozik a endonukleáz V család szerint a Swiss-Prot és GO hasonlóság elemzés, és részt vesznek a DNS-repair a válasz a DNS-károsodás inger. SULT1A4 (vagy SULT1A3) katalizálja a szulfát konjugáció fenolos monoaminok (neurotranszmitterek, mint például a dopamin, noradrenalin és a szerotonin), fenolos és a katekol kábítószerek [59]. COX7B a terminál összetevő a mitokondriális légzési lánc és katalizálja az elektron transzfer csökkentett citokróm C és oxigént. ATP6AP2 (Szinonimák: renin receptor) szerepet játszik a renin-angiotenzin rendszer (RAS) [60]. Katalógusa

Klaszter elemzése differenciáltan expresszálódó gének katalógusa

végeztünk klaszteranalízis a mintákat hat betegek krónikus gyomorhurut felületes és 38 differenciáltan expresszálódó gének segítségével BRB ArrayTools szoftver. Azon minták esetében, a betegeket két klaszterek H. pylori
fertőzött és nem fertőzött. A gének, alulszabályozott géneket fürtözött két csoportra C5ORF53, SCGN, RNF138, ELP4, RWDD4A, ASB15, C19ORF2 és RNASEH2B egy csoportba, míg a ATP6AP2, NR1D2, MUC16, GOLPH3, MST4 és SLC39A6 a másik csoportban; up-szabályozott gének is csoportosulnak két csoportra. PSMD5, gpx1 WASH1, HDAC7, HLA-DRB 1, RPS27, CEACAM8 és MED6 csoportosultak egy csoportba, míg a többi alakult, a másik csoport (2. ábra). Katalógusa

Hálózati elemzése differenciáltan expresszálódó gének kölcsönhatása

értelmezéséhez differenciáltan expresszálódó gének H. pylori fertőzés katalógusa keretében a biológiai folyamatok, utak és hálózatok, IPA Core elemzéseket végeztek és három nagy pontszerzési hálózatok (pontszám > 15), beleértve a 82% (28/34) a differenciáltan expresszálódó gént azonosítottunk (3. ábra). Ezek a pontszámok származó p
értékek jelezte a valószínűségét, hogy a fókusz tartozó gének egy hálózathoz versus kapott véletlen egyedül, ezáltal megszüntetve a valószínűsége azok előfordulása az, hogy a hálózat az oka, hogy a zaj. A hálózat 1 a legmagasabb pontszámot (score = 25) áll génexpresszió, kis molekulájú biokémia és a rák. Más későbbi hálózatok tartalmazza hálózat 2 (pontszám = 19) a génexpresszió, celluláris fejlődés, sejtnövekedést és proliferációt, és a hálózati 3 (pontszám = 16) antigén prezentáció, gyulladásos válasz, bőrgyógyászati ​​betegségek és állapotok. Ezek az eredmények azt jelentette, hogy a módosított gének szétosztották különböző hálózatok, amelyek várhatóan a különböző hatással betegek H. pylori fertőzés
. Eközben a jelentős ( p
< 0,05) "molekuláris és celluláris funkció" IPA szoftver alkotta antigén prezentáció, a sejthalál, a génexpresszió, molekuláris közlekedés és celluláris fejlődését, míg fehérje ubikvitinációs volt a leginkább jelentős ( p katalógusa = 0,0124) "top kanonikus útvonal" módosította H. pylori fertőzés katalógusa krónikus gyomorhurut felszínes. katalógusa

A 3. ábra szerint a gének kölcsönhatása kapcsolódó hálózaton. Két kulcsfontosságú központi területe hálózat 1 volt RNS polymeraseII és NF-kB (komplex). C19ORF2, MED6 és TCEB2 szabályozzák közvetlenül az RNS polimeráz II, míg COMMD1, gpx1 és ATP6AP2 közvetlenül kapcsolatban állnak az NF-kB. NOSIP és GOLPH3 közvetve kapcsolatban állnak az RNS polimeráz II és az NF-kB keresztül BCL2 és az ErbB2, ill. Emellett SCGN és PHPT1 közvetve szabályozott NF-kB keresztül TAC1 és TRAF6, ill. CTNNB1, catenin (cadherin-associated protein), a béta 1, egy fontos központi hálózati 2. HDAC7 és ANP32B közvetlenül kölcsönhatásba CTNNB1, míg FTL, CEACAM8, MST4, NR1D2 és RPS27 közvetve kölcsönhatásba CTNNB1 által GADD45A, CEACAM1, EGF NCOR1 és HRAS, ill. Az egyik fontos központi pontokat hálózat 3 volt MHC II osztály (komplex). HLA-DRB1, SLC39A6 és LGALS3BP volt közvetlen interakció MHC II. PSME2 és SULT1A3 arra közvetve összefüggő MHC II által IFNg (interferon, gamma) és a béta-ösztradiol, melyek szintén fontos központi pontokat hálózat 3.

SYBR green kvantitatív valós idejű PCR-igazolás kiválasztott gének

SYBR green kvantitatív valós idejű PCR-t alkalmaztunk, hogy erősítse meg expressziós kapott adatokat 4 az alul- és túltermelt gének által észlelt microarray analízis (2. táblázat). Volt közötti összhang microarray adatok és a real-time PCR adatok minden esetben. Azonban microarray eredmények túlbecsülte a hajtás-váltás talált PCR. Katalógusa

Vita katalógusa

Itt már beszámoltunk a microarray eredmények génexpressziós a gyomor antrális nyálkahártya betegek krónikus gyomorhurut felületes fertőzött H. pylori
és nem fertőzött. Eredményeink igazolták, hogy H. pylori
fertőzés szabályozott gének expressziójának kapcsolatos fehérje-anyagcsere, gyulladásos és immunológiai reakciót, szignáltranszdukció, gén transzkripcióját, nyomelem anyagcserét, és így tovább.

Jelenleg a legtöbb a gének által szabályozott H. pylori
fertőzés azonosítottuk a hagyományos módszerekkel, így például Northern-blot vagy reverz transzkriptáz-kvantitatív polimeráz láncreakció (RT-qPCR). Ezekkel a technikákkal, egy vagy korlátozott számú célgének lehetne választani az egyik kísérletben, amely általában, a kísérletek inkább érvényesíteni vagy cáfolják specifikus hipotéziseket, de nem vezet a felfedezés váratlan differenciálisán expresszált géneket. Azonban cDNS microarray technológia lehetővé tette a kutatók nem csak, hogy tanulmányozza több tízezer gén egyidejűleg, hanem azonosítsa váratlan géneket, amelyeket el kell hatékonyan előnyös, hogy megértsék patogén mechanizmusa H. pylori
. Mindazonáltal hogyan kiolvasására nagy nagylelkűség által előállított adatokat chip kísérlet még egy puzzle e módszer. Ahhoz, hogy értelmezze az adatokat, van két fontos munkák, pontosan azonosítja a géneket, amelyek eltérően expresszált csoportjai között gyűjtött különböző szövetekben, és hasznosító ezek a gének tisztázására patogén mechanizmusa H. pylori
. BRB ArrayTools egy átfogó szoftver által kifejlesztett professzionális biostatisticians jártas tervezése és elemzése cDNS microarray vizsgálatok, amely széles körben elismert, mint a legtöbb statisztikailag megbízható csomag elérhető az elemzés cDNS microarray adatok. Jelen vizsgálatunkban alkalmaztunk, BRB ArrayTools azonosítani differenciáltan expresszálódó gének és a klaszter ezen gének és minták. Hogy növelje az adatok pontosságát, az adatok szűrőket azelőtt osztály összehasonlító elemzés, beleértve a helyszíni filers normalizálásához, valamint gén szűrőket. Majd beállítani p katalógusa érték ( p katalógusa < 0,001), és hajtsa díj (legfeljebb 2,0) használtunk, hogy csökkentse a fals pozitív arány jelentős [61]. IPA, az Ingenuity® Tudásbázis, egy tároló a biológiai kölcsönhatások és funkcionális magyarázatokat létre millió egyedi modellezett közötti kapcsolatok proteinek, gének, metabolitok, komplexek stb katalógusa. Ezek mintájára kapcsolatok magukban gazdag kontextus részleteket hivatkoznak az eredeti cikket, és manuálisan felül pontosságát. IPA már széles körben elfogadott és használt a élettudományi kutatások közösség. Ebben a tanulmányban felhasznált IPA jegyzetekkel gén biológiai funkció és a kivitelezést interakciós hálózat differenciáltan expresszálódó gének. Így ötvözi a superiorities BRB ArrayTools és IPA közzétett szakirodalom mintegy H. pylori katalógusa lehetne jobb megközelítés, hogy megértsük a patogén mechanizmus elemzése cDNS microarray. katalógusa

H. pylori
és a termékek /virulencia faktorok adja meg a gazda sejtek, vagy egy IV-es típusú szekréciós rendszer közvetlenül injektálunk a citoplazmába (például CagA) vagy endocitózis mechanizmus is beépítik a gazdasejtbe (pl VacA, LPS, ureáz) . Sőt, VacA indukálta sejt vacuolisatio részt vesz endoszóma kialakulása és válogatás. A jelen tanulmány kimutatta WASH1 amely szabályozta endoszóma alakja és kereskedelem befolyásolásával aktin polimerizáció [34] volt, akár szabályozott. Miután H. pylori katalógusa virulenciatényezők adja gyomornyálkahártya, azok felhalmozódnak részecske gazdag citoplazma szerkezete (PAC), amely felmerül riboszóma gazdag citoplazmában. Amellett, hogy kolokalizációját VacA, CagA és ureáz, a PAC-k koncentrátumok külső membrán fehérjék NOD1 receptor és ubiquitin-proteaszóma rendszer (UPS) komponenseket, beleértve a ubiquitin-aktiváló enzimmel E1, polyubiquitinated fehérjék és proteaszóma komponensek [62]. NOD1 szelektív H. pylori
receptor, amely választ ad a baktérium vagy virulencia faktorok felszabadulása citokinek és kemokinek. A UPS a fő útvonal nem lizoszómális lebontásának különböző celluláris fehérjék. Nemrégiben készült tanulmány kimutatta fehérje ubiquitylation kulcsszerepe volt immunválaszok szabályozásában [63]. Így PAC-k szerepe lehet a bakteriális felismerés és kezelés, és modulálják annak aktivitását toxinok /virulenciatényezők és indukálják vonatkozó immunválaszt, különösen a immunoproteasome [62]. A jelen tanulmányban a két riboszóma fehérjéket RPS14 és RPS27 és két proteaszóma komponenseinek PSMD5 és PSME2 volt akár szabályozott. Ezek az eredmények azt mutatták, hogy H. pylori fertőzés katalógusa ösztönzően hathat a PACS-képződést. Ezen túlmenően, ASB15, RNF138 és RWDD4A részt vesznek ubiquitylation módosításra, amelynek kulcsszerepe van immunválaszok szabályozásában [63]. A három géneket lefelé szabályozni a vizsgálatba. ASB15, részt alkotó E3 ubiquitin ligáz [37], egy komponense a ankyrin ismétlés és SOCS doboz (ASB) család, amelyik a szupresszor citokin jelátvitel (SOC) box fehérje szupercsalád [38]. A ankyrin ismétlődések képes kötődni az RHD az NF-kB, maszkolás a nukleáris lokalizációs szekvenciát, így megtartva az NF-kB a citoplazmában, és gátolja az NF-kB aktiválását [63]. RNF138 (NARF) egy gyűrűt tartalmazó E3 ubikvitin-protein ligáz, amely létfontosságú szerepet perifériás T-sejt-toleranciát és gátolja a T-sejt-aktiválás [63]. Sőt, RNF138 elnyomja a Wnt /béta-catenin jelátviteli [40]. A leszabályozza ASB15 és RNF138 a jelen tanulmány kimutatta, H. pylori fertőzés katalógusa elősegítheti fogadó gyulladásos és immunválasz. RWDD4A nem jegyzetekkel és kapcsolata a H. pylori fertőzés katalógusa igények további vizsgálatokat. Összefoglalva, ezek az eredmények azt mutatják, hogy a H. pylori fertőzés katalógusa ösztönzően hathat a PACS-képződés, és ezt követően indukál fogadó különböző celluláris folyamat, beleértve a gyulladásos és immunreakciók, jelátvitelt. katalógusa

A kiemelkedő jellemzői H. pylori katalógusa val kapcsolatos krónikus gyomorhurut tartós kolonizáció H. pylori katalógusa és kitartóan fokozott gyulladás fokozott gyulladásos sejtes infiltráció a helyi gyomor nyálkahártyáját. Ezért H. pylori katalógusa először fejlődni különböző trükköket, hogy elkerülje a fogadó antimikrobiális védekező mechanizmust annak érdekében, hogy tartósan megtelepedni a gyomorban. A cDNS microarray adatok szintén szolgáltattak néhány bizonyítékokkal ezeket a szempontokat. MUC16, amely egy védő, kenőanyagok gát elleni fertőző anyagokkal nyálkahártya-felületek [45], találtak alulszabályozott által H. pylori
. Immunglobulin A (IgA) egy fontos eleme a helyi immunitás a gyomor nyálkahártya, amely fontos szerepet játszik a védekező a kórokozók elleni invázió és fenntartása gut homeosztázis [64] - [65]. C5ORF53, javítja IgA szekrécióját [46] volt, le-szabályozzák H. pylori
. NO és ROS fontos mediátorai a gyulladásnak, ami közvetlenül ölni baktérium. Mint gazda antimikrobiális védekező mechanizmus, ROS és NO által termelt makrofágok és neutrofilek által indukált H. pylori fertőzés katalógusa [18]. Azonban a NOSIP és gpx1 amelyek gátolják az NO és ROS termelés, illetve [44], arra fel-szabályozott H. pylori
a jelen tanulmányban. Ezek az eredmények azt mutatták, hogy H. pylori
tudott menekülni a fogadó védekezési mechanizmusa szabályozása által kapcsolt gén expresszióját úgy, hogy állhatatosan megtelepedni belül gyomor nyálkahártya, amelyet megerősített valamilyen más chip kísérlet [25]. Ezen túlmenően, H. pylori katalógusa és a termékek /virulenciatényezők indukál gyulladás és immunitás reakciók után megfertőzi a fogadó sejteket. Számos microarray kutatási eredmények azt mutatták, hogy a H. pylori
fertőzés korrelál a túlzott mértékű expressziója az MHC II osztályba tartozó antigén-prezentáló gének, az ubiquitin-D, CXCL-2 és -13, CCL18, és a VCAM-1 gén [30], [32] - [33]. A jelenlegi tanulmány sejt adhéziós molekula CEACAM8 és MHC II antigén-prezentáló gén HLA-DRB 1 találtak up-szabályozott H. pylori fertőzés
, míg sejt kemokinek vagy azok receptorai nem mutatott különbséget. pylori
. pylori
. pylori fertőzés
. H. pylori
. pylori fertőzés
. pylori fertőzés
. pylori fertőzés
.

• PLoS One: Epstein-Barr vírus és a Helicobacter pylori-fertőzés Co között pozitív kapcsolat van a súlyos gyomorhurut gyermekgyógyászati ​​Patients
• PLoS One: A kényelmes modellje súlyos, magas előfordulási autoimmun gastritis okozta poliklonális effektor T-sejtek nélkül zavarása szabályozó T Cells