PLoS ONE: profilering van genexpressie in maagslijmvlies van Helicobacter pylori-geïnfecteerde en geïnfecteerde patiënten die chronische Oppervlakkige Gastritis

Abstract

Helicobacter pylori
infectie herprogrammeert gastheer genexpressie en invloeden verschillende cellulaire processen, die zijn onderzocht door cDNA microarray met in vitro
kweekcellen en in vivo
maag biopten van patiënten van het Chronic Abdominale Klacht. Om de effecten van H verder te verkennen.
pylori infectie op host genexpressie, hebben we de gastrische mucosa antrale 6 monsters van onbehandelde patiënten met gastroscopisch en pathologische bevestiging van chronische oppervlakkige gastritis verzameld. Waaronder drie patiënten geïnfecteerd door H. pylori Kopen en de andere drie patiënten waren niet. Deze monsters werden geanalyseerd met een microarray chip die 14.112 gekloneerde cDNAs bevat en microarray data werden geanalyseerd via BRB ArrayTools software Ingenuity Pathways Analysis (IPA) website. De resultaten toonden aan 34 genen van 38 differentieel tot expressie van genen gereguleerd door H. pylori
infectie was geannoteerd. De geannoteerde genen betrokken bij het metabolisme van eiwitten, ontstekings- en immunologische reactie, signaaltransductie, gentranscriptie, sporenelement metabolisme, enzovoort. De 82% van deze genen (28/34) werden ingedeeld in drie moleculaire interactie netwerken die betrokken zijn bij genexpressie, kanker vooruitgang, antigeen presentatie en ontstekingsreactie. De expressie van de data-array hybridisatie werd bevestigd door kwantitatieve real-time PCR assays. Tezamen bieden deze gegevens blijkt dat H. pylori
infectie kon cellulaire genexpressie processen te veranderen, te ontsnappen afweer mechanisme, verhoging van ontstekings- en immuunreacties, activeert NF-KB en Wnt /β-catenine signaleringsroute, verstoren metaalion homeostase, en veroorzaken carcinogenese. Al deze zou kunnen helpen om H verklaren. pylori
pathogene mechanisme en de gastroduodenale pathogenese opgewekt door H. pylori
infectie

Visum:. Yang Z-M, Chen W-W, Wang Y-F (2012) profilering van genexpressie in maagslijmvlies van Helicobacter pylori
geïnfecteerde en geïnfecteerde patiënten die chronische oppervlakkige gastritis. PLoS ONE 7 (3): e33030. doi: 10.1371 /journal.pone.0033030

Editor: Niyaz Ahmed, Universiteit van Hyderabad, India

Ontvangen: 12 juli 2011; Aanvaard: 9 februari 2012; Gepubliceerd: 16 maart 2012

Copyright: © 2012 Yang et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Financiering:. De auteurs 'manuscript werd gesteund door de National Natural Science Foundation of China (NO 90.209.004.) (http://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm), Guangdong Natural Science Foundation (NO 05.102.323.) (http: //gdsf.gdstc.gov.cn/) en E-Instituut voor Bouw Plan Project van Shanghai Municipal Onderwijs Commissie (NO. E03008) (http://www.shmec.gov.cn/). De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen voltooiing van belangen bestaan ​​

Introductie

Helicobacter pylori
( H. pylori
) is een spiraalvormige Gram-negatieve bacterie die de maag koloniseert in ongeveer 50% van alle mensen. Zelfs als de meerderheid van de H. pylori
-colonized personen blijven asymptomatisch, de H.
pylori infectie is de voornaamste oorzaak van chronische gastritis en bekend als een risicofactor voor maagzweren en maag maligniteit. Het is ook de eerste bacterie waargenomen op te treden als kankerverwekkend.

De ontwikkeling van chronische gastritis geassocieerd met H. pylori
-infectie is een multifactoriële proces. Beide H. pylori
en gastheer factoren beïnvloeden de pathogenese van chronische gastritis. Op de H. pylori
kant, virulentiefactoren geproduceerd door H. pylori
niet alleen schade die direct de maag epitheelcellen, maar ook het verhogen van inflammatoire cytokine productie, epitheliale celproliferatie en apoptose. Vacuolating cytotoxine (VacA) en cytotoxine bijbehorende gen Een eiwit (CagA) zijn belangrijke virulentiefactoren. CagA wordt translocatie in de maag epitheelcellen door een type IV secretie systeem gecodeerd door de Cag-pathogeniteit eilanden. Zowel gefosforyleerde en niet-gefosforyleerde CagA kunnen cytoskelet reorganisatie en diverse signaaltransductiewegen zoals PI3A /Akt, beta-catenine en NF-kappaB (NF-KB) signalering, die proliferatie en ontsteking bevorderen activeren [1] - [2]. VacA uitgescheiden door type V-secretie wordt geïnternaliseerd in gastheercellen cellen door endocytose en beïnvloedt verschillende cellulaire processen, waaronder vacuolisatie, mitochondria-afhankelijke celdood en een verhoging van de permeabiliteit van gastrische epitheel, remming van T-celactivering en proliferatie, en inleiding van proinflammatoire reactie [3]. Daarnaast VacA ook activeren PI3A /Akt, MAPK en NF-kB signaling [3] - [4]. Neutrofielen activerend eiwit (HP-NAP) uitgescheiden door H.
pylori is een belangrijke virulentiefactor vanwege zijn vermogen om neutrofielen te induceren reactieve zuurstofradicalen [5] te produceren. HP-NAP is een immuun modulator en kan de expressie van interleukine-12 (IL-12), IL-23 en IL-8 te induceren door het stimuleren van verschillende ontstekingscellen zoals neutrofielen, monocyten en dendritische cellen. HP-NAP wordt nu beschouwd als een cruciale factor in het besturen van de Th1 ontsteking in H.
pylori infectie [6] - [7]. H. pylori
lipopolysaccharide (LPS-HP) verhoogt proliferatie en ontsteking cel via de MEK1 /2-ERK1 /2 mitogenactivated proteïne kinase cascade en Toll-achtige receptor (TLR) in maagepitheelcellen [8]. H. pylori
heat-shock protein 60 (HP-HSP60) induceert ontstekingsreactie via de Toll-like receptor en MAPK trajecten in monocytische cellen, macrofagen en de maag epitheelcellen [9] - [11]. OIPA, bekend om het risico op klinische H beïnvloeden. pylori
gerelateerde ziekten, speelt een rol bij H. pylori
geïnduceerde focale adhesie kinase activering en het cytoskelet reorganisatie. Bovendien hebben een aantal onderzoeken aangetoond andere pathopoiesis factoren uitgescheiden door H. pylori
waren betrokken bij gastheercel ontstekingsreactie [12] - [14]. Daarom kan het activeren van gastheer ontstekingsreactie en verschillende signaaltransductie de primaire pathopoiesis mechanisme van de H zijn. pylori
.

Op de host-zijde, gastheer werkt tijdens H. pylori
infectie door verandering in verschillende aspecten. Uitscheiding van antibacteriële stoffen en maagslijmvlies barrière zijn de belangrijke afweermechanismen van de maag om de proliferatie van H beperken. pylori
. Lactoferrine remt bacteriegroei door de beschikbaarheid van extracellulair ijzerionen beperken en lactoferrine ook antibacteriële eigenschappen [15]. Onderdelen van de maag mucine kan biosynthese van de H remmen. pylori
muur. Neutrofielen en macrofagen produceren grote hoeveelheden van reactieve zuurstof species (ROS) en stikstofoxide (NO) die reactieve stikstof species produceren (RNS) door reactie met O2 ^{˙- [16] - [18]. ROS en RNS kan direct bacteriën te doden. Daarnaast organiseren inflammatoire en immunologische reactie op H. pylori
toeneemt. Chronische infectie gekenmerkt door verhoging van het aantal lymfocyten, macrofagen, neutrofielen, mastcellen en dendritische cellen, en de infiltratie van ontstekingscellen in de sub-epitheliale maag lamina propria. Een humorale immuunrespons op H. pylori
wordt in uitgelokt bijna alle H. pylori
geïnfecteerde mensen. IFN-γ, zijn TNF, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10 en IL-18 niveaus verhoogd in het maagslijmvlies [19] - [20]. -Monocyten afgeleide humane dendritische cellen geven cytokines en expressie van major histocompatibility klasse II eiwitten [21] te verhogen. Bovendien, H.
pylori infectie celproliferatie versterken [8], [22] om maagslijmvlies schade en apoptose van maagepitheelcellen [18] te halen, [23]. Dus, om tegen H. pylori
infectie, gastheer gentranscriptie activeert die betrokken zijn bij afweermechanisme, inflammatoire en immunologische reactie, proliferatie en apoptose cel.}

Analyse van de gastheer profilering van genexpressie in reactie op de H. pylori
infectie kan een benadering zijn om beter inzicht in de rol van gastheer factoren in de pathogenese. cDNA microarray is gebruikt door vele onderzoeken om de veranderingen in ontvangst genexpressie geïnduceerd door H onderzoeken. pylori
infectie. Deze eerdere studies werden voornamelijk op basis van hetzij In vitro
kweekcellen of In vivo
diermodellen [24] - [29]. Bijvoorbeeld, studies in rhesus makaken en U937 cellen vond dat H. pylori
infectie veranderde gastheer expressie van genen die verband houden met het immuunsysteem belastingontduiking, ontstekings- en immuunreacties, signaaltransductie en transcriptiefactoren [24] - [25]. Genexpressie is eveneens toegepast om menselijke maagslijmvlies of biopsie weefsel geïnfecteerd met H onderzoeken. pylori
in Europa en Zuid-Amerika. In deze studies, de voor gen microarrays monsters van die van de chronische buikklachten in verband met niet-atrofische en atrofische gastritis, twaalfvingerige darm en maagzweren. En genchips bij eerdere onderzoeken waren meestal van lage dichtheid met een relatief beperkt aantal genen [30] had - [32], met een recente uitzondering waarin whole genome microarray die meer dan 47.000 transcripten gebruikt om de genexpressie te onderzoeken profilering in de Europese patiënten die besmet zijn met H. pylori
[33]. Echter, zeldzame rapport, vooral in Azië, is op de analyse van genexpressie profilering van menselijk maagslijmvlies van H. pylori
gerelateerde chronische oppervlakkige gastritis met behulp van cDNA high-density microarray.

In het huidige werk, chronische oppervlakkige gastritis dat is een veel voorkomende ziekte van chronische buikklachten in China werd geselecteerd als de ziekte wijze van H. pylori
infectie, en high-density cDNA microarray met inbegrip van 14.112 gekloonde cDNAs werd gebruikt voor chip experiment. Het gen expressie profielen van H. pylori
geïnfecteerde en niet-geïnfecteerde patiënten die chronische oppervlakkige gastritis werden geanalyseerd door BRB ArrayTools en IPA-software. Wijziging van genexpressie profielen werd verder geanalyseerd om de effecten van H verkennen. pylori
infectie op de host-genexpressie. Vergelijking van deze profielen met gepubliceerde literatuur pathologische kan bijdragen aan de identificatie van genen geassocieerd met H. pylori
infectie en een beter begrip te pathogene mechanismen van H. pylori Kopen en pathofysiologische mechanismen die betrokken zijn H. pylori
geïnfecteerde chronische oppervlakkige gastritis.

Resultaten

De huidige studie werd ontworpen om maagslijmvlies genen, biologie processen en moleculaire interactie netwerken gecorreleerd met de H identificeren. pylori
infectie. Het cDNA microarray technologie werd gebruikt om de verandering in genexpressie profielen tussen H verkennen. pylori
besmette en niet-geïnfecteerde patiënten met chronische oppervlakkige gastritis. De differentieel tot expressie gebrachte genen die door BRB ArrayTools zachte bleken gerelateerd aan verschillende biologische processen, waaronder het metabolisme van eiwitten, ontstekings- en immunologische reactie, signaaltransductie, gentranscriptie, sporenelement metabolisme, enzovoort. Door IPA Core Analyses meeste van deze genen werden ingedeeld in drie moleculaire interactie netwerken die deze genexpressie ontstekingsreactie en kanker vooruitgang.

Identificatie van differentieel tot expressie gebrachte genen in H. pylori
geïnfecteerde en niet-geïnfecteerde patiënten die chronische oppervlakkige gastritis

We aangenomen gen-chips met 14.112 gekloonde cDNAs om het gen expressie profielen tussen de H te vergelijken. pylori
besmette en niet-geïnfecteerde patiënten met chronische oppervlakkige gastritis. De chip data werden geanalyseerd door BRB ArrayTools software. Uit alle gekloonde cDNAs werden 6.143 genen gekoppeld aan data filteren conditie. Achtendertig genen werden significant gecorreleerd met H.
pylori infectie bij gastrische mucosa van patiënten met chronische oppervlakkige gastritis, die werden gedefinieerd als differentieel tot expressie gebrachte genen. Deze achtendertig differentieel tot expressie van genen opgenomen 23 up-gereguleerde genen en 15 down-gereguleerde genen. De puntenwolk van differentieel tot expressie gebrachte genen is weergegeven in figuur 1. Van 38 genen, het 34 differentieel tot expressie gebrachte genen zijn genen annotatie informatie, die betrokken zijn bij het metabolisme van eiwitten, ontstekings- en immunologische reactie, signaaltransductie, gentranscriptie, sporenelement metabolisme en ga zo maar door (tabel 1).

Biologische processen van differentieel tot expressie van genen in de H. pylori
geïnfecteerde en niet-geïnfecteerde patiënten die chronische oppervlakkige gastritis

Eiwitmetabolisme (tabel 1).

In deze studie hebben we 9 genen die betrokken zijn bij het metabolisme van eiwitten. De 4 down-gereguleerde genen waren GOLPH3, ASB15, RWDD4A en RNF138 en 5 up-gereguleerde genen waren RPS14, RPS27, WASH1, PSMD5 en PSME2. Eiwitmetabolisme is een gecompliceerd proces, waaronder peptide biosynthese, transport gerichte, eiwit ubiquitinatie route enz.
RPS14 en RPS27 zijn onderdeel van de 40S ribosomale subeenheid. WASH1 en GOLPH3 deel te nemen aan gerichte transport van peptide. WASH1 werft en activeert de Arp2 /3 complex actine polymerisatie veroorzaken en speelt een belangrijke rol bij de splijting van buisjes die dienen als tussenproducten tijdens transport endosomale sorteren [34]. GOLPH3 een perifeer membraaneiwit van het Golgi stack en een regulerende rol in Golgi handel, die is betrokken bij eiwittransport, receptor recycling en eiwitglycosylatiepatronen [35] - [36]. PSMD5 en PSME2 zijn onderdeel van proteasoom en deel te nemen aan ubiquitine-afhankelijke eiwitafbraak proces. ASB15, RWDD4A en RNF138 zijn betrokken bij enzymen die deelnemen aan eiwit ubiquitinatie. ASB15 is onderdeel van de ankyrin repeat en SOCS box (ASB) familie en de wisselwerking met Cul5-Rbx2 E3 ubiquitine ligasen, die een belangrijke rol speelt via een-ubiquitinatie gemedieerde pathway [37] vormen. Recent onderzoek toont aan ASB15 regelt eiwitsynthese in skeletspieren [38]. Hoewel RWDD4A heeft geen gedetailleerde annotatie, de RWD structuur sterk lijkt op die van ubiquitine vervoegen van enzymen (E2) [39]. Aldus kan RWDD4A functie gerelateerd aan ubiquitine-conjugerende enzymen. RNF138 (ook bekend als NARF) als E3 ubiquitine-eiwit ligase, die samen met NLK bezighoudt met de ubiquitinatie en afbraak van TCF /LEF. Ondertussen RNF138 vertoont ook auto-ubiquitinering activiteit in combinatie met UBE2K [40].

Celadhesie, ontstekings- en immunologische reactie (Tabel 1).

H. pylori
gekoloniseerd in de maag door de binding van adhesine en de bijbehorende receptor. Na H.
pylori infectie, samen wekt een toestroom van immune effectorcellen en inflammatoire cellen in het maagslijmvlies en bevordert immuun- en ontstekingsreactie. Zo transcripten die coderen voor immuunziekten en inflammatoire respons eiwitten worden gereguleerd door H. pylori
infectie. We vonden dat 7 genen geassocieerd kan worden met deze groep. Onder hen, CEACAM8, LGALS3BP, HLA-DRB1, GPX1 en NOSIP waren up-gereguleerd, terwijl MUC16 en C5ORF53 werden down-gereguleerd. CEACAM8, ook bekend als CD66b, behoort tot de carcino Ag supergenfamilie. CD66b is een activatie marker voor menselijke granulocyten en regelt adhesie en activatie van humane eosinofielen [41]. LGALS3BP, ook genoemd tumor geassocieerd antigen 90K of Mac-2 BP, bevordert intergrin gemedieerde celadhesie en stimuleert de afweer tegen virussen en tumorcellen [42] - [43]. HLA-DRB1 vereist om een ​​immuunrespons. Actieve zuurstof en NO zijn belangrijke mediatoren van ontsteking. De belangrijkste functie van GPX1 is om te beschermen tegen de schadelijke effecten van endogeen gevormde hydroxyperoxiden. NOSIP negatief reguleert NO productie [44]. MUC16 (ook bekend als CA125) een beschermende, smerende barrière tegen infectieuze agentia op mucosale oppervlakken bemiddelt celhechting [45]. C5ORF53 (synoniemen: IgA-inducerende eiwit homoloog, IGIP) verhoogt IgA afscheiding van B-cellen gestimuleerd via CD40 [46]

Signaaltransductie (tabel 1)

SCGN, PHPT1 en MST4.. join in cel signaalroutes. SCGN is een calcium-bindend eiwit met gelijkenissen met calmodulin en calbindin-D28K en kunnen koppelen Ca ^{2 + signalering naar exocytotische processen [47]. PHPT1 katalyseert de defosforylatie van phosphohistidine [48], terwijl MST4 katalyseert de fosforylering van proteïne serine /threonine.}

Gentranscriptie (tabel 1).

Verschillende genen betrokken bij transcriptie regulator in maagslijmvlies waren gereguleerd door H. pylori
infectie. De 3 down-gereguleerde genen waren C19ORF2, NR1D2 en ELP4, en 4 up-gereguleerde genen van deze groep waren Med6, HDAC7, ANP32B en TCEB2. De NR1D2 (ook bekend als Rev-erbβ) en C19ORF2 (ook bekend als RMP of URI) werken als transcriptionele corepressoren en negatief moduleren transcriptie [49] - [50]. ELP4 fungeert als subeenheid van het RNA-polymerase II Elongator complex, dat een histon acetyltransferase component van het RNA polymerase II (Pol II) holoënzym en behelst transcriptionele rek. TCEB2 is een algemene transcriptie elongatie factor die het RNA polymerase II de transcriptie elongatie [51] vergroot. HDAC7 speelt een rol in gen transcriptionele repressie van histondeacetylase [52]. ANP32B reguleert genexpressie door als histon chaperone en remmer van histone acetylering [53]. Med6 is een coactivator die betrokken zijn bij de gereguleerde transcriptie van bijna alle RNA-polymerase II-afhankelijke genen [54].

Sporenelement metabolisme (tabel 1).

FTL (ferritine, licht polypeptide) fungeert de opslag van ijzer in een oplosbare en niet giftig staat [55]. COMMD1 is een multifunctioneel eiwit en neemt deel aan de regulatie van transcriptiefactor NF-KB en controle kopermetabolisme [56]. SLC39A6 (Synoniemen: LIV1, ZIP6).. Behoort tot een onderfamilie van zink vervoerders [57]

Andere (tabel 1)

Vijf extra genen werden differentieel tot expressie in de H.
pylori geïnfecteerde mucosa, die coderen voor eiwitten betrokken bij diverse intracellulaire functies. RNASEH2B deelneemt bij DNA-replicatie en bemiddelt de excisie van afzonderlijke RNA uit DNA: RNA-duplexen [58]. FLJ35220 geen gedetailleerde annotatie, maar kunnen behoren tot de familie endonuclease V volgens Swiss-Prot en GO similariteitsanalyse en deelnemen aan DNA herstel in reactie op DNA-schade stimulus. SULT1A4 (of SULT1A3) katalyseert de sulfaat vervoeging van fenol monoamines (neurotransmitters zoals dopamine, norepinefrine en serotonine), fenol en catechol drugs [59]. COX7B de terminal component van de mitochondriale ademhalingsketen en katalyseert elektronenoverdracht van cytochroom c verminderde zuurstof. ATP6AP2 (synoniemen: renine-receptor) speelt een rol in het renine-angiotensine systeem (RAS) [60]

Cluster analyse van differentieel tot expressie van genen

We voerden cluster-analyse voor de monsters uit zes. patiënten van chronische oppervlakkige gastritis en 38 differentieel tot expressie van genen met behulp van BRB ArrayTools software. Voor monsters werden de patiënten ingedeeld in twee clusters van H. pylori
besmette en niet-geïnfecteerde. Voor genen, werden down-gereguleerde genen geclusterd in twee groepen met C5ORF53, SCGN, RNF138, ELP4, RWDD4A, ASB15, C19ORF2 en RNASEH2B in één groep, terwijl ATP6AP2, NR1D2, MUC16, GOLPH3, MST4 en SLC39A6 in de andere groep; up-gereguleerde genen werden ondergebracht in twee groepen. PSMD5, GPX1, WASH1, HDAC7, HLA-DRB1, RPS27, CEACAM8 en Med6 werden gegroepeerd in één groep, terwijl de rest de andere groep (figuur 2) gevormd.

Netwerk analyse van differentieel tot expressie van genen interactie

Om differentieel tot expressie van genen van de H interpreteren. pylori
infectie in het kader van biologische processen, wegen en netwerken, werden IPA Core analyses uitgevoerd en drie hoog scorende netwerken (score > 15) met inbegrip van 82% (28/34) van differentieel tot expressie van genen werden geïdentificeerd (figuur 3). Deze scores, afgeleid van p
waarden aangegeven de waarschijnlijkheid van de focus genen behoren tot een netwerk versus die verkregen door louter toeval, waardoor de waarschijnlijkheid van optreden schakelen een netwerk als gevolg van ruis. Het netwerk 1 met de hoogste score (score = 25) bestaat uit genexpressie, klein molecuul biochemie en kanker. Andere latere netwerken meegeleverde netwerkkabel 2 (score = 19) van de genexpressie, mobiele ontwikkeling, cellulaire groei en proliferatie, en het netwerk 3 (score = 16) van antigeen presentatie, ontstekingsreactie, dermatologische ziekten en aandoeningen. Dit resultaat suggereerde dat de veranderde genen werden verdeeld over verschillende netwerken die de verschillende invloed op patiënten met H te verwachten. pylori
infectie. Intussen is de significant ( p Restaurant < 0,05) "moleculaire en cellulaire functie" in IPA software bestond uit antigeenpresentatie, celdood, gene expression, moleculair transport en cellulaire ontwikkeling, terwijl eiwit ubiquitinatie route de meest was significant ( p
= 0,0124) "top canonical pathway" veranderd door de H. pylori
infectie bij chronische oppervlakkige gastritis.

Figuur 3 toonde de genen interactie geassocieerd netwerk. Twee van de belangrijkste centrale punten in het netwerk 1 waren RNA polymeraseII en NF-KB (complex). C19ORF2, Med6 en TCEB2 direct geregeld RNA-polymerase II, terwijl COMMD1, GPX1 en ATP6AP2 direct interactie met NF-KB. NOSIP en GOLPH3 indirect interactie met RNA polymerase II en NF-KB via BCL2 en ERBB2, respectievelijk. Trouwens, SCGN en PHPT1 indirect geregeld NF-KB via TAC1 en TRAF6, respectievelijk. CTNNB1, catenine (-cadherine geassocieerd eiwit), beta 1, was een belangrijk centraal punt in het netwerk 2. HDAC7 en ANP32B direct interactie met CTNNB1, terwijl FTL, CEACAM8, MST4, NR1D2 en RPS27 indirect wisselwerking met CTNNB1, door GADD45A, CEACAM1, EGF, NCOR1 en HRAS, respectievelijk. Een van de belangrijke centrale punten in het netwerk 3 is MHC Klasse II (complex). HLA-DRB1, SLC39A6 en LGALS3BP hadden directe interactie met MHC klasse II. PSME2 en SULT1A3 werden indirect geassocieerd met MHC klasse II IFNG (interferon, gamma) en beta-estradiol, die ook belangrijk zijn centrale punten in het netwerk waren 3

SYBR green kwantitatieve real-time PCR bevestiging van geselecteerde genen

SYBR green kwantitatieve real-time PCR werd gebruikt om expressie verkregen voor 4 van de onder- en overexpressie gebrachte genen gedetecteerd met microarray analyse (Tabel 2) bevestigen. Er was overeenstemming tussen de microarray data en real-time PCR gegevens in alle gevallen. Echter, microarray resultaten overschat de vouw-verandering gevonden door PCR.

Discussie

Hier hebben we gemeld de microarray resultaten van profilering van genexpressie in de maag antrale slijmvlies van patiënten van chronische oppervlakkige gastritis besmet H. pylori
en niet-geïnfecteerde. Onze resultaten toonden aan dat H.
pylori infectie gereguleerde expressie van genen betrokken bij het metabolisme van eiwitten, ontstekings- en immunologische reactie, signaaltransductie, gentranscriptie, sporenelement metabolisme, enz.

Op dit moment de meeste genen gereguleerd door H.
pylori infectie werden geïdentificeerd door traditionele technieken zoals Northern blot analyse of reverse transcriptase-kwantitatieve polymerasekettingreactie (RT-qPCR). Met deze technieken, een of een beperkt aantal doelgenen kan worden geselecteerd in een experiment, dat meestal de experimenten neiging om te valideren of te weerleggen specifieke hypotheses, maar niet tot ontdekking van onverwachte differentieel tot expressie gebrachte genen. Echter, cDNA microarray technologie kon onderzoekers niet alleen bestuderen tienduizenden genen tegelijk, maar ook onverwachte genen die krachtig gunstig pathogenese van H begrijpen zijn identificeren. pylori
. Niettemin, hoe uitlezing grote edelmoedigheid data geproduceerd door chip experiment is nog steeds een raadsel van deze methodologie. Interpretatie van de gegevens, zijn er twee belangrijke werken, accuraat identificeren van genen die differentieel tot expressie werden gebracht onder groepen klinische monsters uit verschillende weefsels en gebruik van deze genen pathogenese van H helderen. pylori
. BRB ArrayTools is een uitgebreide software die is ontwikkeld door professionele biostatistici ervaring in het ontwerpen en analyseren van cDNA microarray studies, die op grote schaal wordt erkend als de meest statistisch verantwoorde pakket beschikbaar voor de analyse van cDNA microarray data. In onze huidige studie, benut we BRB ArrayTools om differentieel tot expressie van genen en cluster identificeren van deze genen en samples. Om nauwkeurigheid van de gegevens te verhogen, werden de gegevens filters gedaan voor de les vergelijking analyse, met inbegrip van spot filers, normalisatie en gen filters. Dan het instellen van de p
waarde ( p Restaurant < 0,001) en vouw lading (meer dan 2,0) werden gebruikt om de vals-positieve significante [61] te verlagen. IPA, de Ingenuity® Knowledge Base, is een opslagplaats van biologische interacties en functionele aantekeningen gemaakt op basis van miljoenen individueel gemodelleerde relaties tussen eiwitten, genen, metabolieten, complexen etc
. Deze gemodelleerde relaties bevatten rijke contextuele informatie, verwijzen naar het oorspronkelijke artikel, en worden handmatig beoordeeld op juistheid. IPA is in grote lijnen goedgekeurd en gebruikt door de life science onderzoek gemeenschap. In deze studie hebben we gebruik gemaakt RIE om genen biologische functie annoteren en construeren interactienetwerk voor differentieel tot expressie gebrachte genen. Zo is het combineren van de superioriteit van BRB ArrayTools en IPA met de gepubliceerde literatuur over de H. pylori
zou een betere benadering van de pathogene mechanisme analyse van cDNA microarray begrijpen.

H. pylori Kopen en zijn producten /virulentiefactoren voer de gastheercellen hetzij een type IV secretie systeem direct te injecteren in het cytoplasma (bijvoorbeeld CagA) of door endocytose mechanisme wordt geïnternaliseerd in de gastheercel (bijvoorbeeld VacA, LPS, urease) . Bovendien is VacA-geïnduceerde cellen vacuolisatie betrokken bij de vorming en sortering endosoom. De huidige studie toonde WASH1 die endosoom vorm en handel gereguleerd door het beïnvloeden van actine polymerisatie [34], werd up-gereguleerd. Na H. pylori
virulentiefactoren voeren maag epitheel, ze zich ophopen in particle-rijke cytoplasmatische structuur (PAC's), die ontstaat in ribosoom-rijke cytoplasma. Naast colocalization van VacA, CagA en urease, PACS concentraten buitenste membraaneiwitten NOD1 receptor en ubiquitine-proteasoom systeem (UPS) componenten, waaronder ubiquitine-activerend enzym E1, polyubiquitinated eiwitten en proteasoom componenten [62]. NOD1 is een selectieve H. pylori
receptor die reageert op de bacterie of de virulentie factoren door het vrijgeven van cytokines en chemokines. De UPS is de belangrijkste route van non-lysosomale afbraak van verschillende cellulaire eiwitten. Recent onderzoek toonde eiwit ubiquitinering een sleutelrol bij het reguleren van immuunresponsen [63] had. Aldus Pacs een rol in bacteriële herkenning en verwerking, en kan de activiteit van toxinen /virulentiefactoren moduleren en induceren relevante immuunreacties, met name door immunoproteasome [62]. In de huidige studie, de twee ribosoom eiwitten van RPS14 en RPS27, en twee proteasoom componenten van PSMD5 en PSME2 waren up-gereguleerd. Deze resultaten toonden aan dat H. pylori
infectie kan PACS vorming te stimuleren. Bovendien ASB15, RNF138 en RWDD4A betrokken zijn bij ubiquitinering modificatie die een belangrijke rol bij het reguleren immuunresponsen [63] heeft. De drie genen werden down-gereguleerd in onze studie. ASB15, die deelnemen aan het vormen ubiquitine E3 ligasen [37], is een component van het ankyrine herhaling en SOCS box (ASB) -familie die tot de suppressor van cytokine signaling (SOCS) box eiwit superfamilie [38]. De ankyrin herhalingen kan binden aan de RHD van NF-KB, maskeren zijn nucleaire lokalisatie sequentie, waarbij NF-KB behouden in het cytoplasma en remming van NF-KB-activering [63]. RNF138 (NARF) is een ring met E3 ubiquitine-eiwit ligase die vitale rol in perifere T-cel tolerantie en remming van T-celactivering [63] heeft. Bovendien RNF138 onderdrukt het Wnt /beta-catenine signalering [40]. De down-regulatie van ASB15 en RNF138 in de huidige studie aangegeven H. pylori
infectie kon gastheer ontstekings- en immuunrespons te promoten. RWDD4A is niet geannoteerd en haar relatie tot de H. pylori
infectie behoeften nader worden onderzocht. Samengenomen tonen deze resultaten toonden aan dat H. pylori
infectie kan stimuleren PACS vorming en vervolgens gastheer verschillende cellulaire proces, inclusief ontstekings- en immuunreacties, en signaaltransductie induceren.

De opvallende kenmerken van de H. pylori
gerelateerde chronische gastritis persistent kolonisatie van H. pylori Kopen en aanhoudend verbeterde ontsteking met een verhoogde infiltratie van ontstekingscellen in de lokale maagslijmvlies. Daarom H. pylori
moet eerst evolueren verschillende trucs om te ontsnappen aan gastheer antimicrobiële afweermechanisme om voortdurend te koloniseren in de maag. Onze cDNA microarray gegevens ook een aantal bewijzen in deze aspecten. MUC16, die een beschermende, smerende barrière tegen besmettelijke middelen biedt op mucosale oppervlakken [45], werd gevonden down-gereguleerd door H. pylori
. Immunoglobuline A (IgA) is een belangrijk onderdeel van de lokale immuniteit van het maagslijmvlies, die belangrijke rol in de verdediging tegen pathogenen invasie en onderhouden van homeostase darm [64] speelt - [65]. C5ORF53, verbetert IgA afscheiding [46], werd down-gereguleerd door H. pylori
. NO en ROS zijn belangrijke mediatoren van ontsteking, die direct bacterie kan doden. Als gastheer antimicrobiële afweermechanisme, ROS en NO geproduceerd door macrofagen en neutrofielen werden veroorzaakt door H. pylori
infectie [18]. Echter, de NOSIP en GPX1 die kunnen NO en ROS productie te remmen, respectievelijk [44], werden up-gereguleerd door H. pylori
in de huidige studie. Deze resultaten toonden aan dat H. pylori
kan de afweer mechanisme reguleren verwante genexpressie ontsnappen teneinde volhardend koloniseren in maagslijmvlies, die werd bevestigd door een andere chip experiment [25]. Daarnaast H. pylori Kopen en zijn producten /virulentiefactoren induceren ontsteking en immuniteit reacties na infecteren van de gastheercellen. Verschillende microarrays onderzoeksresultaten bleek dat H.
pylori infectie correleert sterk met overexpressie van MHC klasse II antigeen presenterende genen ubiquitine-D, CXCL-2 en -13, CCL18, en VCAM-1-genen [30], [32] - [33]. In onze studie werden celadhesiemolecuul CEACAM8 en MHC klasse II antigeen presenterende gen HLA-DRB1 gevonden up-gereguleerd door H. pylori
infectie, terwijl cel chemokines en hun receptoren weergegeven geen verschil. pylori
. pylori
. pylori
infectie. H. pylori
. Aangezien H. pylori
infectie. pylori
infectie. pylori
infectie.

• PLoS ONE: Epstein Barr Virus en Helicobacter pylori co-infectie zijn positief geassocieerd met ernstige gastritis in Pediatric Patients
• PLoS ONE: A Convenient Model van Serieus, hoge incidentie Auto-immuun gastritis veroorzaakt door Polyklonale Effector T-cellen en zonder verstoring van Regulatory T Cells