Tri-gen podpis ako potenciálny prediktívne biomarker irinotekanu citlivosťou v žalúdku cancer

Tri-gen podpisu ako potenciálny prediktívne biomarker irinotekanu citlivosti u rakoviny žalúdka
abstraktné
Cieľ
Personalizované chemoterapie na základe molekulárnych biomarkerov môžu maximalizovať protirakovinové efektivitu. Naším cieľom je preskúmať prediktívnych biomarkerov, ktoré sú schopné predpovedať reakcie na irinotekan založené na liečenie rakoviny žalúdka.
Metódy
Skúmali sme génovej expresie aptX, BRCA1, ERCC1, ISG15, Topo1 a metylácie SULF2 vo formalíne fixované paraffin- vložený rakovina žalúdka tkaniva od 175 pacientov a hodnotila vzťah medzi úrovňou génovej expresie alebo metylačného statusu a citlivosti in vitro
irinotekanu. Použili sme viacnásobnú lineárnej regresnej analýzy k rozvoju génovej expresie modelu predpovedať irinotekan citlivosť v rakoviny žalúdka a overený tento model in vitro stroje a in vivo
.
Výsledky
génovej expresie úrovniach aptX, BRCA1 a ERCC1 boli v Irinotecan citlivých vzoriek žalúdočnej rakovinou než tých irinotekan odolné vzoriek významne nižšie (P Hotel < 0,001 pre všetky gény), zatiaľ čo ISG15 (P
= 0,047) a Topo1 (P
= 0,002) boli výrazne vyššie. Na týchto génov na báze, podpis tri-gen boli stanovené, ktorý sa vypočíta takto: Index = 0.488 - 0,020 x hladina expresie aptX + 0,015 x hladina expresie Topo1 - 0,011 x úrovňou expresie BRCA1. Podpis troch gén bol významne spojený s citlivosťou irinotekanu (rho = 0,71, P Hotel &0,001). Citlivosť a špecifickosť pre predikciu citlivosti irinotekanu na základe podpisu troch génov dosiahla 73% a 86%, v danom poradí. V ďalšom nezávislej testovacej kolekcie irinotekanu sadzby inhibícia žalúdočnej vzorkách s citlivou podpisu boli oveľa vyššie ako tie s odolným podpisu (65% verzus 22%, P Hotel < 0,001). Irinotecan liečba 20 mg /kg týždenne do imunodeficientných myší nesúcich xenoimplantáty s citlivým podpisu dramaticky zatknutý rast nádorov (P Hotel <0,001), ale nemala žiadny vplyv na myšiach nesúcich xenoimplantáty s odolným podpisu
. závery
podpisu troch-génu tu stanovená, je potenciálny prediktívne biomarker irinotekanu citlivosť na rakovinu žalúdka.
Kľúčové
Personalizované chemoterapia Irinotecan rakovinou žalúdka HDRA imunodeficientných myší Úvod
rakovina žalúdka zostáva jedným z hlavných príčin úmrtí na rakovinu po celom svete [1, 2]. Neexistuje žiadny "zlatý štandard" chemoterapia k pokročilým karcinómom žalúdka až do súčasnosti. V posledných rokoch sa nová generácia chemoterapeutických činidiel, ako je docetaxel, oxaliplatina, irinotekan, kapecitabín a S-1 boli študované v štúdiách fázy III [3]. Avšak, medián prežitia zostala pod jeden rok [2], a bola miera návratnosti len približne 30% -50% [4]. Irinotekan (CPT-11) je polosyntetický derivát kamptothecinu (CPT), ktorý zasahuje do replikácie DNA a bunkové delenie prostredníctvom silnej interakcie s enzýmom topoizomerázy I (Topo1). Obaja irinotekanu a CPT patrí inhibítory Topo1. Irinotecan sa používa hlavne v kolorektálneho karcinómu, a tiež často používané v liečbe rakoviny žalúdka, ukazujúci mieru odozvy sa pohybujú od 14% do 23%, ako samostatne, tak v kombinácii približne 50% [5].
Rad molekulárnych biomarkerov schopných predpovedať pravdepodobnosť reakcie na chemoterapeutické činidlá boli skúmané v posledných desaťročiach [6]. Naše predchádzajúce štúdie zistili rakovina prsníka citlivosti gén 1 (BRCA1) ako potenciálny prediktívny biomarker cisplatinou a citlivosti docetaxelu [7, 8], thymidylátsyntázu (TS) pre 5-FU a raltitrexed [9, 10], a excízia oprava krížovej doplňujúce 1 (ERCC1) pre platinu [11]. Avšak, tam bol obmedzený pokrok pri identifikácii biomarkerov schopných predpovedať reakcie na irinotekan založené na liečenie rakoviny žalúdka. Topo1 reguluje DNA supercoiling počas replikácie s cesty spôsobujúce jednořetězcových zlomov a religací [12]. Irinotekanu a jeho aktívneho metabolitu SN-38 indukuje poškodenie DNA stabilizáciou prechodný kovalentný komplex medzi DNA a Topo1, ktorý potom vedie k DNA zlomov, replikácie zástave a apoptóze [13]. Nedávno boli hlásené vysoké hladiny tumor Topo1 bielkovín identifikovať podskupinu pacientov s metastatickým kolorektálnym karcinómom s dobrú reakciu na irinotekan [14]. Oprava poškodenia irinotekan spojené a Topo1 sprostredkovaného DNA vyžaduje odstránenie zablokované Topo1 a riešenia pridružené prerušenie DNA. Počas tohto procesu sú zapojené rôzne opravy proteínov, vrátane aprataxin (aptX), BRCA1 a ERCC1, z ktorých niektoré môžu mať klinický potenciál ako prediktívnych biomarkerov [15]. Okrem
kandidátskych biomarkerov uvedené vyššie, nedávne štúdie navrhol, že metylácie 6-o-endosulfatase (SULF2) promótor heparansulfát bolo spojené s citlivosťou na inhibítory Topo1 v non-small-karcinómu pľúc (NSCLC) [16]. INF-indukovatelná regulátor ubiquitinace (ISG15) by mohol zablokovať ubikvitin /26S proteasomal cestu vedúcu k akumulácii CPT-indukovanej poškodenia DNA, čo viedlo k zvýšenej apoptóze [17]. SULF2 metylácie (SULF2M) a vysokou expresiou ISG15 bunkové línie NSCLC ukázala 134-krát citlivosť na CPT než SULF2 unmethylation (SULF2U) a ISG15 exprimujúce bunkové línie nízke [16].
Na základe vyššie uvedených dôkazov, sme predpokladali, že aptX, BRCA1 , ERCC1, ISG15, SULF2 a Topo1 alebo ich kombinácia by mohla zohrávať dôležitú úlohu pri predvídaní irinotekan citlivosť u rakoviny žalúdka. V tejto štúdii sme skúmali každý gén ako prediktívneho biomarkeru sám o sebe, a potom bola stanovená algoritmus, ktoré kombinujú tieto gény spolu presnejšie predpovedať irinotekanu citlivosť. Zároveň potvrdil model iným nezávislým sade vzoriek žalúdočnej rakovinou a dvoch kohorty imunodeficientnými modelov myší. Cieľom tejto štúdie bolo zistiť klinicky užitočné klasifikácie podpis, ktorý by mohol predpovedať irinotekan citlivosť v rakoviny žalúdka.
Materiály a metódy
Vzorky pacientov
Všetky vzorky a príslušné klinické údaje boli získané z oddelenia onkológie a všeobecná chirurgia, Drum Tower nemocnice pridružený k Medical School of Nanjing University v období od augusta 2010 do júna 2012. vzorky obsahujú 175 čerstvo odobratej žalúdočné nádory, ktoré boli náhodne klasifikované ako jeden tréningový set (n = 100) alebo testovanie sadu (n = 75) pomocou počítačovo generovaných náhodných čísel. Každá nádorové tkanivo bola rozdelená na dve časti, akonáhle je odstránená v ordinácii: (1) jedna časť sa udržiava vo vyváženom soľnom roztoku a 4 ° C Hanksův s 1% penicilín /streptomycín a detekované chemosenzitivitu in vitro testom
reakciu na liek histoculture (HDRA); (2), ostatné časť bola ponechaná vo formalínu a vyrobený do formalínom fixovaných parafínových (FFPE) nádorových blokov pre patologické pozorovanie a detekciu génu. Diagnózy u pacientov s nádorom žalúdka bola potvrdená histopatologicky. Klinické a histopatologické údaje vrátane veku, pohlavia, histológie, nádoru mieste, štádium, histologického stupňa a lymfatických uzlín boli všetky odobraté. Klinické charakteristiky pacientov boli zhrnuté v tabuľke 1. Informovaný súhlas bol získaný od všetkých pacientov a protokoly pre túto štúdiu boli schválené Ochranné Výboru pre ľudské výskum Drum Tower nemocnice pridružený k Medical School of Nanjing University. Všetky pokusy na zvieratách boli vykonané v súlade s koordinačný výbor Číňanov na Cancer Research poriadku pre zaobchádzanie so zvieratami a ochrany zvierat Law.Table 1 Charakteristiky pacientov
Charakteristika
Tréningová súprava (N = 100)

Nezávislé testovanie set (N = 75)
celkom (N = 175)
vek, y medián (rozsah)
63 (29-83)
63 (29-83)
63 (29-83)
≥ 63
51 (51%)
40 (53%)
91 (52%), Hotel < 63
49 (49%)
35 (47%)
84 (48%)
Sex
Muž
74 (74%)
57 (76%)
131 (75%)
Žena
26 (26%)
18 (24%)
44 (25%)
Nádor Miesto
distálnej žalúdočnej
34 ( 34%)
28 (37%)
62 (35%)
proximálny žalúdok
41 (41%)
29 (39%)
70 (40%)
celý žalúdok
25 (25%)
18 (24%)
43 (25%)
Stage
Aj
13 (13%)
7 (9% )
20 (11%)
II
20 (20%)
21 (28%)
41 (23%)
III
65 (65%)
45 (60%)
110 (63%)
IV
2 (2%)
2 (3%)
4 (3%)
histologického stupňa
2
20 (20%)
16 (21%)
36 (21%) Sims 3
47 (47%)
34 (46%)
81 (46%)
Zmiešané 1-2 Sims 3 (3%) Sims 3 (4%)
6 (3%)
Zmiešané 2-3
30 (30%)
22 (29%)
52 (30%)
metastáz do lymfatických uzlín
Nie
21 (21%)
19 (25%)
40 (23%)
Áno
79 (79%)
56 (75%)
135 (77%)
HDRA
HDRA postupy boli vykonávané tak, ako bolo opísané skôr [18]. Stručne povedané, čerstvé nádorové tkanivá boli premyté a mleté ​​na malé kúsky do približne 0,5 mm v priemere, ktoré boli potom umiestnené na pripravenom kolagénu (Health Design, Rochester, NY) povrchy v 24-jamkové mikrotitračné doštičky. Tam bolo 8 paralelných kultivačné jamky pre testovanie citlivosti irinotekanu a 8 paralelných kultivačné jamky na kontrolu. Po inkubácii po dobu 7 dní pri teplote 37 ° C (vo zvlhčenej atmosfére obsahujúcej 95% vzduchu -5% CO 2) v prítomnosti liečiv rozpustených s RPMI 1640 obsahujúcim 20% fetálneho teľacieho séra, 100 ul typu I (kolagenáza 0,1 mg /ml, Sigma) a MTT (5 mg /ml, Sigma) bol pridaný do každej kultivačnej jamky a inkubuje sa po dobu ďalších 16 hodín. Koncentrácia irinotekanu bola 20 ug /ml podľa jeho maximálna koncentrácia v plazme (PPC) u pacientov [19]. Po extrakcii dimetylsulfoxidu (DMSO, Sigma), Absorbancia roztoku v každej jamke bola odpočítaná pri 540 nm. Absorbancia na gram kultivované nádorového tkaniva bola vypočítaná z priemernej absorbancie tkaniva od 8 paralelných kultivačných jamiek, a hmotnosť nádoru tkaniva bola stanovená pred kultúry. Miera inhibície bola vypočítaná pomocou nasledujúceho vzorca: inhibícia
rýchlosť
%
=
1
-
T
/
C
×
100
%
T je priemerná absorbancia nádor /hmotnosť
C je priemerná absorbancia kontroly nádoru /hmotnosť
mRNA detekciu hladiny
Celková RNA extrakcie z FFPE tkaniva
Šesť 7 um rezy boli pripravené z nádorových blokov FFPE, ktoré obsahovali aspoň 80% nádorových buniek. Po hematoxylín-eozín, rakovinové časti boli microdissected a prenesie sa do mikroskúmavky. RNA bola izolovaná podľa patentovaného postupu (Európsky patent číslo EP1945764-B1). Stručne, parafín bol odstránený xylénu a microdissected rakovinové časti boli lyžovanie v proteinázy K, ktorý obsahuje pufer pri teplote 60 ° C počas 16 hodín. RNA sa čistí fenolom a chloroformom extrakciou s nasledujúcim vyzrážaním isopropanolom v prítomnosti octanu sodného, ​​pri teplote -20 ° C. RNA peleta sa premyje 70% etanolom a resuspendované v 53 ul vody prosté RNázy a následným spracovaním DNázy I (Life Technologies).
Vyhodnotenie qPCR génovej expresie
M-MLV reverznej transkriptázy Kit (Invitrogen) bola použitá na vytvorenie cDNA pre kvantitatívne PCR (qPCR) pre detekciu beta-aktínu (ACTB), aptX, BRCA1, ERCC1, ISG15 a Topo1. Každá šarža reakcia zahŕňala pozitívna kontrola z komerčné ľudských pľúc a pečene RNA (Stratagene, La Jolla, CA, USA) ako kalibračných a negatívne kontroly bez RNA a reverznej transkriptázy. Celková RNA 1 ug bol použitý pre každú reakciu RT. Šablóna cDNA bola amplifikovaná so špecifickými priméry a sondy pre ACTB, aptX, BRCA1, ERCC1, ISG15 a Topo1 s využitím TaqMan Universal Master Mix (Applied Biosystems, Foster City, CA). Puncový ID (Applied Biosystems, Foster City, CA) pre primérov a sond boli nasledovné: Hs99999903_m1 (ACTB), Hs00214452_m1 (aptX), Hs00157415_m1 (ERCC1), Hs00192713_m1 (ISG15), Hs00243257_m1 (Topo1), BRCA1 (NM_007294) : dopredu 5 'GGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTA 3', reverzné 5 'GCTTTATCAGGTTATGTTGCATGGT 3', a 6FAM sonda -5 'CCACTCAGCAGAGGG 3' MGB. QPCR bol vykonaný pre kvantifikáciu génovej expresie pomocou Prism 7900HT Sequence Detection System (Applied Biosystems ABI). Podmienky PCR boli 50 ° C po dobu 2 minút, 95 ° C počas 15 min, nasleduje 40 cyklov pri teplote 95 ° C počas 15 s a 60 ° C po dobu 1 min. Relatívna génovej expresie kvantifikácie boli vypočítané podľa porovnávacej metódy Ct pomocou ACTB ako endogénne kontrola, na základe našich predchádzajúcich skúseností porovnávajúcej rôzne upratovacie génov [7, 20] a komerčných ľudských pľúc a pečene RNA (Stratagene, La Jolla, CA, USA ) na kalibráciu, čo nám umožňuje porovnávať úrovne génovej expresie medzi jednotlivými pacientmi. Konečné výsledky boli stanovené pomocou expresie mRNA vzorca úroveň = 2 - (DCT vzorky DCT kalibrátor) (DCT = Ct gene- Ct ACTB) [7, 21] a boli analyzované analýzou Stratagene softvér.
DNA detekcia metylácie
extrakciu DNA a modifikácie
tri 7 um rezy boli pripravené z primárneho nádoru blokov, ktoré obsahovali aspoň 80% nádorových buniek. Po hematoxylín-eozín, rakovinové časti boli microdissected a prenesie sa do mikroskúmavky. DNA bola izolovaná rutinne a potom bol chemicky modifikovaný síranu sodného, ​​previesť všetky nemethylované cytozín sa uracil pri ponechaní methylcytosines nezmenenej [16]. Potom boli skladované pri -20 ° C pre ďalšiu analýzu.
Metylácia špecifickej polymerázovej reťazovej reakcie (MSP)
MSP sa vykonáva na stanovenie metylácii SULF2 pomocou Prism 7300HT Sequence Detection System (Applied Biosystems ABI). Každá reakcia PCR obsahovala genómovej DNA 2 pl, SYBR Green PCR Mix (Takara, Japonsko), 10 ul, 7,7 ul vody, a primery 0,15 ul (10 pmol /l). Podmienky PCR boli 95 ° C počas 10 minút, nasledovalo 45 cyklov pri 59 ° C počas 30 s, 72 ° C počas 30 s a 95 ° C počas 30 s. Primery pre SULF2 metylovaného PCR (Takara, Japonsko) boli nasledujúce: predná časť 5 'TAAGTGTTTTTTTTATAGCGGC 3', reverzné 5'TACCGTAATTTCCGCTATC 3 '. Primery pre SULF2 nemethylovaný PCR (Takara, Japonsko) boli nasledujúce: dopredu 5 'GTTTATAAGTGTTTTTTTATAGTGGT3', reverzné 5'TACCATAATTTCCACTATCCCT 3 '. Každá šarža reakcia zahŕňala pozitívna kontrola zo metyltransferázy (M.SssI) -treated DNA ľudského genómu (plne metylovaných), negatívnu kontrolu zo vzoriek DNA, ktoré bolo potvrdené nemethylovaný a ďalšie negatívne kontrola bez DNA. Všetky testy boli vykonané v dvoch vyhotoveniach.
Zriadenie a overenie génu expresiou model pre predikciu citlivosti irinotekanu
sme prijali viacnásobnú lineárnej regresnej analýzy na určenie optimalizovaného modelu génovej expresie na základe tréningovej sade 100 karcinómov žalúdka [22]. Podľa výsledkov postupné regresia (entry: a = 0,10, odstráňte: α = 0,15), model sa skladal z aptX, Topo1 a BRCA1 je optimalizovaná jedna. priradený sme každého pacienta index v závislosti na lineárnej kombinácie úrovňou expresie mRNA vážený koeficient regresnej z cvičných vzoriek. Index génovej expresie modelu bola vypočítaná nasledovne: index = 0.488 - 0,020 x hladina expresie aptX + 0,015 x hladina expresie Topo1 - 0,011 x úrovňou expresie BRCA1. Tento model bol neskôr overené iným nezávislým testovacím súborom 75 pacientov s rakovinou žalúdka. V testovacej kolekcie boli pacienti hodnotia podľa ich génový podpis index a je rozdelená do citlivej podpis a odolný podpis skupín pomocou strednej index ako limitná bod. Irinotekan citlivosť týchto dvoch skupín boli testované HDRA a v porovnaní s ostatnými.
V viv
o validácie génovej expresie model pre irinotekan citlivosti predikcie
k vytvoreniu imunodeficitných modely myší s žalúdočnej pacientom odvodené rakovina xenoimplantáty, každý čerstvo odstránená chirurgický nádorové tkanivo sa nareže na kúsky o 3 x 3 x 3 mm 3, ktoré boli transplantované behom 30 minút do 12 athymických imunodeficientných myší, nazývané "kohorty" [23]. V každej kohorte, keď nádor rástol na veľkosť 50-100 mm 3, myší s xenografe bolo randomizovaných na liečbu s irinotekanom 20 mg /kg /w, IP (n = 6) alebo bez liečby ako kontrola ( n = 6). Jednotlivé objemy nádoru (V) bol vypočítaný podľa vzorca "V = (dĺžka x šírka x šírka) /2" a v porovnaní s hodnotami na začiatku liečby k získaniu relatívny objem nádoru. Myši boli pozorované každý druhý deň pre rast nádoru.
Aby bolo možné zhodnotiť konzistentné inhibíciu irinotekanu u myší citlivé podpis, tri týždne po prvom podaní, všetky nádory boli oddelené od prvej generácie myšou a pasážovania na druhej generácie myši. V druhej generácie, žiadny liek, bol podávaný. Myši boli pozorované každý deň po dobu ďalších dvoch týždňov.
Štatistická analýza
Mann-Whitney U-testu a testu Kruskal-Wallis boli použité pre testovanie vzťah medzi úrovňou expresie mRNA a klinickými charakteristikami, a súvislosť medzi Irinotecan citlivosť a klinicko-patologické parametre pacientov. The Spearmanův hodnosť metóda bola použitá pre posúdenie korelácia hladín mRNA expresie medzi rôznymi gény, rovnako ako korelácia medzi mRNA a vo irinotekan citlivosti in vitro
. Mann-Whitneyho U test bol použitý na porovnanie irinotekan citlivosti medzi SULF2M a SULF2U skupiny pacientov irinotekan citlivé a irinotekan odolných a medzi citlivé podpisu a odolný podpis skupiny. Predoperačné parametre (ROC) krivky boli vytvorené pre výpočet citlivosti a špecifickosti predikcie založené na rôznych génov a génovej expresie modelu, pokiaľ ide o citlivosť irinotekanu. Spárovaná Student t test bol použitý pre vyhodnotenie rozdielov medzi veľkosťou nádoru citlivé podpis myšou alebo rezistentné podpis myšou a ovládacie prvky. P Č Hotel < 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú (obojstranný). Štatistická analýza bola vykonaná s použitím SPSS verzia 16.0.
Výsledky
charakteristiky pacienta
Charakteristiky všetkých pacientov sú uvedené v tabuľke 1. U 175 pacientov, väčšina pacientov boli muži (75%), a histológia každej vzorky bola adenokarcinóm. V 62 (35%) pacientov, nádor bol umiestnený v distálnom žalúdku, v 70 (40%) v proximálnom žalúdku, a v 43 (25%) v celom žalúdku. Sto desať (63%) pacientov malo ochorenie štádia III. Lymfatických uzlín bola prítomná u 135 (77%) pacientov. Hladiny expresie génu
úrovne expresie mRNA aptX, BRCA1, ERCC1, ISG15 a Topo1 vo všetkých nádoroch boli zistené, s mediánom expresie génu na úrovni vzhľadom k upratovaniu ACTB 4,32 za aptX (rozmedzie 0,26 - 17,99, 95% interval spoľahlivosti (CI): 3,78-5,19), 7,91 pre BRCA1 (rozmedzie 0,37 - 29,04, 95% CI: 7,07-9,51), 14,03 za ERCC1 (rozpätie 0,33-46,30 , 95% CI: 13,01 - 17,07), 5,07 pre ISG15 (rozmedzie 0,04 - 34,24, 95% CI: 3,94-6,21) a 7,51 pre Topo1 (rozmedzie 1,07 - 37,81, 95% CI: 6,38-9,17) (obrázok 1) , Významný asociácia bola pozorovaná medzi aptX mRNA hladín expresie a histologického stupňa (P
= 0,03) a ISG15 mRNA a pohlavia (P
= 0,017). Žiadny iný vzťah medzi klinickými charakteristikami a úrovňou nádorových mRNA bola nájdená (tabuľka 2). Avšak, silná korelácia bola pozorovaná medzi úrovňou expresie mRNA aptX a BRCA1 (rho = 0,53, P Hotel &0,001), aptX a ERCC1 (rho = 0,73, P Hotel &0,001), BRCA1 a ERCC1 (Rho = 0,48, P Hotel < 0,001) v nádoru. Obrázok 1 hladiny génovej expresie aptX, BRCA1, ERCC1, ISG15 a Topo1 v 175 pacientov analyzované pomocou kvantitatívnej RT-PCR. Hodnoty génovej expresie boli vypočítané podľa porovnávacej metódy Ct použitie ACTB ako endogénne kontrola. Modrá čiara stál priemere s 95% intervalom spoľahlivosti.
Tabuľka 2 asociáciu výrazov génových a patologickými charakteristikami
Charakteristický
No. Z pacientov
aptX mRNA
BRCA1 mRNA
ERCC1 mRNA
ISG15 mRNA
Topo1 mRNA


priemer ± SD
priemer ± SD
priemer ± SD
priemer ± SD
priemer ± SD
Age , y
≥ 63
91 (52%)
4,81 ± 3,78
8,61 ± 5,73
15,28 ± 10,01
4,48 ± 3,69
8,03 ± 7,30 Hotel < 63
84 (48%)
4,09 ± 3,76
7,90 ± 5,95
14,75 ± 9,28
5,79 ± 6,90
7,47 ± 5,81
Sex
Muž
131 (75%)
4,77 ± 3,33
8,41 ± 5,57
15,74 ± 10,19
5,54 ± 5,62
7,95 ± 7,17
Žena
44 (25%)
3,58 ± 3,29
7,92 ± 6,67
12,77 ± 7,30
3,53 ± 4,27 *
7,21 ± 4,62
Tumor Site
distálnej žalúdočnej
62 (35%)
4,79 ± 2,87
8,97 ± 6,52
16,12 ± 10,36
7,05 ± 7,75
8,09 ± 5,93
proximálnom žalúdok
70 (40%)
4,16 ± 3,10
8,33 ± 5,72
13,97 ± 9,09
3,61 ± 2,64
7,40 ± 6,63
celý žalúdok
43 (25%)
4,60 ± 4,44
7,12 ± 4,74
15,31 ± 9,70
4,61 ± 3,43
7,06 ± 7,94
Stage
Aj
20 (11%)
4,25 ± 4,47
5,91 ± 3,40
13,40 ± 7,07
1,89 ± 0,83
5,89 ± 4,03
II
41 (23%)
4.19 ± 3.01
8,58 ± 5,09
14,70 ± 9,56
6,76 ± 7,96
8,91 ± 6,35
III
110 (63%)
4,66 ± 3,38
8,19 ± 5,75
15,56 ± 10,16
4,67 ± 4,01
7,70 ± 7,07
IV
4 (3%)
4,20 ± 4,61
15,88 ± 17,90
11,01 ± 5,00
7,25 ± 6,33
4,03 ± 1,63
histologického stupňa
2
36 (21% )
5,05 ± 3,54 *
10,97 ± 7,33
15,78 ± 9,52
4,86 ​​± 4,75
8,08 ± 6,61 Sims 3
81 (46%)
3,92 ± 3,55
7,81 ± 5,16
14,30 ± 9,64
3,68 ± 2,75
7,18 ± 6,08
Mixed 1-2
6 (3%)
3,63 ± 4,51
7,17 ± 2,13
15,17 ± 12,40
8,00 ± 8,94
8,42 ± 6,02
Mixed 2-3
52 (30%)
4,55 ± 2,53
7,06 ± 5,27
15,65 ± 9,96
7,16 ± 7,74
8,44 ± 7,18
metastáz do lymfatických uzlín
Nie
40 (23%)
4,58 ± 3,39
8,70 ± 5,08
14,68 ± 7,31
5,97 ± 8,17
7,48 ± 4,47
Áno
135 (77%)
4.46 ± 3,35
8,16 ± 6,05
15,16 ± 10,33
4,78 ± 4,12
7,87 ± 7,23
* P Hotel < . 0,05
vzťah medzi génovej expresie a chemosenzitivity irinotekanu
vo výcvikovom sete sa irinotekan citlivosť bol úspešne testovaný vo všetkých nádorov, pričom medián inhibícia sadzbou 43,3% (rozmedzie 2% -89% CI: 39 % -47%). Nebol zistený žiadny významný vzťah medzi citlivosťou irinotekanu a klinické charakteristiky (tabuľka 3), vrátane veku (P = 0,51
), pohlavia (P = 0,77),
nádoru mieste (P = 0,64),
fáza ( P =
0,41), histologický stupeň (P =
0,48) a lymfatických uzlín (p = 0,47
). Avšak, hladiny mRNA aptX (rho = -0,48, P Hotel <0,001), BRCA1 (rho = -0,49, P Hotel <0,001), ERCC1 (rho = -0,42, P Hotel < 0,001), ISG15 (rho = 0,34, P = 0,001
), a Topo1 (rho = 0,43, P Hotel &0,001) vykazovali koreláciu s irinotekanom citlivosť. Pacienti boli zoradené podľa ich ceny irinotekanu inhibícia a rozdelený do irinotekan citlivé a irinotekan-rezistentných skupín pomocou stredná rýchlosť inhibície ako limitná bod [19]. hladiny génovej expresie aptX (P Hotel <0,001), BRCA1 (P Hotel <0,001) a ERCC1 (P Hotel < 0,001) boli v irinotekan citlivých pacientov významne nižšie ako u pacientov irinotekan rezistentných , zatiaľ čo ISG15 (P
= 0,047) a Topo1 (P
= 0,002) boli významne vyššie (obrázok 2A-E). ROC krivky boli vytvorené pre výpočet citlivosť a špecifickosť každého génu v predikciu citlivosti irinotekan (obrázok 2G-J). Plochy pod ROC krivkou (AUC), citlivosť a špecifickosť pre predikciu irinotekanu citlivosti založené na aptX, BRCA1, úrovne ERCC1, ISG15 a Topo1 mRNA boli uvedené v nasledujúcej tabuľke 4.Table 3 asociácie medzi irinotekanu citlivosťou a klinickými charakteristikami
charakteristický
spoločností Irinotecan inhibícia rýchlosť
Irinotecan inhibícia rýchlosť
priemer (95% CI)
priemer (95% CI)

Tréningová súprava (N = 100)
Nezávislé testovanie set (N = 75)
vek, y medián (rozsah)
≥ 63
42% ( 36-47%)
44% (31 až 57%) Hotel < 63
45% (39 až 51%)
44% (34-54%)
sex
Male
43% (38-47%)
42% (33- 51%)
Žena
45% (36-55%)
50% (31 až 68%)
nádoru stránok
distálnej žalúdok
42% (35-49%)
44% (28-60%)
Proximálna žalúdočné
44% (38 až 51%)
47% (35-58%)
celý žalúdok
43% (35 -51%)
37% (16-59%)
Stage
Aj
34% (21 až 47%)
36% (3-70%)
II
49% (40-57%)
50% (31 až 68%)
III
43% (38-48%)
44% (34-54%)
IV
33%
34%
histologického stupňa
2
41% (33-49%)
44% (21 až 68%) Sims 3
42 % (36-48%)
39% (27 až 51%)
Mixed 1-2
54%
58%
Mixed 2-3
46% (38- 54%)
49% (35 - 62%)
metastáz do lymfatických uzlín
Nie
42% (33 až 51%)
46% (27-65%)
Áno
44% (39-48%)
44% (34-53%)
index Signature Hotel > 0,43
57% (52 - 63%) **
65% (61-70%) **
≤ 0,43
31% (27-36%)
22% (17 -28%)
** P Hotel < . 0,001
Obrázok 2 úrovne génovej expresie aptX (P 0,001), BRCA1 (P 0,001) a ERCC1 (P &0,001) boli v irinotekan-citlivých pacientov výrazne nižšia, ako u pacientov, irinotekan-rezistentných, zatiaľ čo ISG15 (P = 0,047) a Topo1 (P = 0,002), signifikantne vyššia. Krabicové grafy ukázala úrovne expresie mRNA aptX (A), BRCA1 (B), (C) ERCC1, ISG15 (D) a Topo1 (E) v irinotekan citlivých a irinotekan-rezistentných skupín, v tomto poradí (n = 100). Čiary vnútri krabíc označovaný mediány. Fúzy krabice pozemkov: min max. Grafy ROC krivky ukázala AUC o aptX (F), BRCA1 (G), ERCC1 (H), ISG15 (I) a Topo1 (J) pre predikciu irinotekanom citlivosť. Citlivosť (os Y) bol vynesený proti falošne pozitívne frakcie. (1 - špecifickosť)
tabuľka 4 citlivosť a špecifickosť úrovňou päť génovej expresie pre predikciu citlivosti irinotekanu
Genes
Chemotheraputic agenti
Citlivosť
Špecifickosť
AUC (95% CI)
P
aptX
Irinotecan
73%
74%
0,758 (0,669 - 0,847) Hotel < 0,001
BRCA1
irinotekan
91%
58%
0,760 (0,673 - 0,846)
< 0,001
ERCC1
Irinotecan
64%
79%
0,726 (0.632-0.821) Hotel < 0,001
ISG15
irinotekan
59%
73%
0,617 (0.494-0.740)
0.047
Topo1
Irinotecan
48%
94%
0,664 (0.563-0.765)
0,002
vzťah medzi SULF2 metylácie a citlivosti na irinotekan
tréningové súpravy, stav metylácie SULF2 bol úspešne detekovaná u všetkých pacientov, u ktorých tridsať tri (28%), nesúci SULF2M osemdesiat štyri (72%) nesúci SULF2U. Nebol žiadny významný vzťah medzi statusom SULF2 metylácie a klinickými charakteristikami. Irinotekanu sadzby inhibícia bolo 49,8% (v rozmedzí 2% -89%, 95% CI: 41% -59%) pre skupinu SULF2M, a 40,2% pre SULF2U skupiny (rozmedzie 2% -84%, 95% CI: 34% - 46%, P = 0,08
).
zavedenie génu, expresie modelu a jeho spojenie s citlivosťou na irinotekanu
na úrovni expresie génov a piatich stavu metylácie SULF2 Based sme skonštruovali podpis viacnásobnú lineárnej regresnej analýzy, ako je uvedené v metódach. Index podpisu troch génov v rozmedzí od 0,08 do 0,99 s priemernou hodnotou 0,43 ± 0,16. Tam bola významná korelácia medzi indexom a irinotekan citlivosť (rho = 0,71, P Hotel < 0,001) (obrázok 3A). ROC krivka bola vytvorená pre výpočet citlivosti a špecifickosti podpisu troch génov v predikciu citlivosti irinotekan (obrázok 3B). Hodnota AUC bola 0,828 (95% CI: 0,755 až 0,901, P Hotel <0,001). S prahom 0,43, citlivosť a špecifickosť pre predikciu citlivosti irinotekanu na základe podpisu troch génov dosiahla 73% a 86%, v uvedenom poradí.

• Mechanizmy za bezprostredných následkov Roux-en-Y žalúdočnej bypass na diabetes 2. typu
• Pokročilá rakovina žalúdka ukazujúci dlhodobé kompletné remisie v reakcii na S 1 monoterapie: dve kazuistiky