Een handtekening drie-gen als potentieel predictieve biomarkers voor irinotecan gevoeligheid in de maag cancer

Een handtekening drie-gen als potentieel predictieve biomarkers voor irinotecan gevoeligheid bij maagkanker
De abstracte Doelstelling
Gepersonaliseerde chemotherapie op basis van moleculaire biomarkers kunnen tegen kanker te maximaliseren efficiency. Wij streven ernaar om predictieve biomarkers in staat te voorspellen respons op irinotecan gebaseerde behandeling bij maagkanker te onderzoeken.
Methods
We onderzochten genexpressie van APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15, Topo1 en methylatie van SULF2 in formaline gefixeerde paraffine ingebed maagkanker weefsel van 175 patiënten en evalueerden de associatie tussen genexpressie niveaus of methylatie status en in vitro
gevoeligheid voor irinotecan. We gebruikten multiple lineaire regressie-analyse om een ​​gen-expressie model te ontwikkelen om irinotecan gevoeligheid bij maagkanker voorspellen en gevalideerd dit model in vitro Kopen en vivo
.
Resultaten
genexpressie niveaus van APTX, BRCA1 en ERCC1 waren significant lager in de irinotecan-gevoelige maagkanker monsters dan die irinotecan-resistente monsters (P Restaurant < 0,001 voor alle genen), terwijl ISG15 (P
= 0,047) en Topo1 (P
= 0,002) significant hoger. Op basis van deze genen, werden een handtekening drie-gen vastgesteld, berekend als volgt: Index = 0,488-0,020 × expressieniveau van APTX + 0,015 x expressieniveau van Topo1 - 0,011 x expressieniveau van BRCA1. De handtekening drie-gen werd significant geassocieerd met irinotecan gevoeligheid (rho = 0,71, P Restaurant < 0,001). De gevoeligheid en specificiteit voor de voorspelling van irinotecan gevoeligheid op basis van de handtekening drie-gen bereikte 73% en 86%, respectievelijk. In een andere onafhankelijke tests set, de irinotecan remming tarieven in de maag monsters met een gevoelige handtekeningen waren veel hoger dan die met resistente-handtekening (65% vs. 22%, P Restaurant < 0,001). Irinotecan met 20 mg /kg per week aan immunodeficiënte muizen die xenotransplantaten met een gevoelige-signature dramatisch arresteerde de groei van tumoren (P Restaurant < 0,001), maar had geen effect op muizen die xenotransplantaten met resistente-signature
. conclusies
de handtekening drie-gen dat hierin is gevestigd, is een potentieel predictieve biomarkers voor irinotecan gevoeligheid bij maagkanker.
Sleutelwoorden
Gepersonaliseerde chemo irinotecan maagkanker HDRA immunodeficiënte muizen Inleiding
maagkanker blijft een van de belangrijkste oorzaken van kanker overlijden wereldwijd [1, 2]. Er is geen "gouden standaard" chemotherapie voor gevorderde maagkanker tot nu. De laatste jaren nieuwe generatie chemotherapeutische middelen, zoals docetaxel, oxaliplatin, irinotecan, capecitabine en S-1 werden onderzocht in fase III studies [3]. De mediane overleving bleef onder één jaar [2], en de respons was slechts ongeveer 30% -50% [4]. Irinotecan (CPT-11) is een semisynthetisch derivaat van camptothecine (CPT) die interfereert met DNA-replicatie en celdeling door de sterke interactie met het enzym topoisomerase I (Topo1). Zowel irinotecan en CPT behoren tot Topo1 remmers. Irinotecan wordt voornamelijk gebruikt in colorectale kanker en ook vaak gebruikt bij de behandeling van maagkanker, met respons variërend van 14% tot 23% als monotherapie en ongeveer 50% in combinatie [5].
Een aantal moleculaire biomerkers staat het voorspellen van de waarschijnlijkheid van respons op chemotherapeutische middelen zijn onderzocht in de afgelopen jaren [6]. Onze vorige studies hebben borstkanker vatbaarheid gen 1 (BRCA1) geïdentificeerd als potentieel predictieve biomarker voor cisplatine en docetaxel gevoeligheid [7, 8], thymidylaat synthase (TS) voor 5-FU en raltitrexed [9, 10], en excisie cross- aanvulling 1 (ERCC1) naar platina [11]. Echter, er is weinig vooruitgang geboekt bij de identificatie van biomarkers in staat te voorspellen respons op irinotecan gebaseerde behandeling bij maagkanker geweest. Topo1 regelt DNA supercoiling tijdens de replicatie door de wijze van het veroorzaken van enkele breuken en opnieuw ligeren [12]. Irinotecan en zijn actieve metaboliet SN-38 induceren DNA schade door het stabiliseren van een tijdelijke covalente complex tussen DNA en Topo1, hetgeen dan resulteert in DNA breuken, replicatie arrestatie en apoptose [13]. Hoge tumor niveaus van Topo1 eiwit zijn onlangs gemeld dat een subgroep van uitgezaaide darmkanker patiënten te identificeren met een goede respons op irinotecan [14]. Reparatie van irinotecan-geassocieerde en Topo1-gemedieerde DNA-schade vereist het verwijderen van de vastgelopen Topo1 en de resolutie van de bijbehorende DNA-break. Tijdens dit proces diverse reparatie-eiwitten, waaronder aprataxin (APTX), BRCA1 en ERCC1, betrokken zijn, waarvan sommige klinische potentieel als predictieve biomarkers [15] hebben.
Naast de kandidaat biomarkers bovengenoemde recente studies gesuggereerd dat de methylatie van heparansulfaat 6-O-endosulfatase (SULF2) promotor geassocieerd met gevoeligheid voor remmers Topo1 in Niet-kleincellige longkanker (NSCLC) [16]. INF-induceerbare regulator van ubiquitinering (ISG15) kan het ubiquitine /26S proteasoom route leidend tot ophoping van CPT-geïnduceerde DNA-schade die resulteert in een verhoogde apoptose [17] blokkeren. SULF2 methylatie (SULF2M) en hoge ISG15 uiten van NSCLC cellijnen toonden 134-voudige gevoeligheid voor CPT dan SULF2 unmethylation (SULF2U) en lage ISG15 uiten van cellijnen [16].
Basis van het bovenstaande bewijzen, we de hypothese dat APTX, BRCA1 , ERCC1, ISG15, SULF2 en Topo1 of de combinatie kan een belangrijke rol spelen bij het voorspellen van irinotecan gevoeligheid bij maagkanker. In de huidige studie, onderzochten we elk gen als predictieve biomarkers op zichzelf, en vervolgens vastgesteld algoritme die genen te combineren samen om irinotecan gevoeligheid nauwkeuriger te voorspellen. We gevalideerd het model ook in andere onafhankelijke set van maag- samples kanker en twee cohorten van immunodeficiënte muizen modellen. Het doel van dit onderzoek was om een ​​klinisch bruikbare indeling handtekening dat de irinotecan gevoeligheid bij maagkanker kunnen voorspellen identificeren.
Materialen en methoden
Patiënt monsters
Alle monsters en relevante klinische gegevens werden verkregen van de afdeling oncologie en algemene chirurgie, Drum Tower Ziekenhuis verbonden aan Medical School van de Universiteit van Nanjing in de periode van augustus 2010 tot juni 2012. de monsters zijn onder andere 175 vers verwijderde maag-tumoren, die willekeurig werden geclassificeerd als training set (n = 100) of het testen van set (n = 75) met behulp van computer-gegenereerde willekeurige getallen. Elke tumorweefsel werd verdeeld in twee delen kan in de operatie verwijderd: (1) een deel is in het 4 ° C Hank's gebalanceerde zoutoplossing met 1% penicilline /streptomycine gehouden en gedetecteerd chemosensitivity in vitro
door histologische respons op geneesmiddelen assay (HDRA); (2) het overige deel werd achtergelaten in formaline en maakte in formaline gefixeerde in paraffine ingebedde (FFPE) tumorpreparaten voor pathologische observatie en gendetectie. Diagnose van patiënten met maag tumor werd bevestigd door histopathologie. Klinische en histopathologische gegevens, zoals leeftijd, geslacht, histologie, tumor, stadium, histologische graad en lymfeknoop metastasen waren allemaal verzameld. Klinische kenmerken van de patiënten zijn samengevat in tabel 1. Geïnformeerde toestemming werd verkregen van alle patiënten en de protocollen voor deze studie werden goedgekeurd door de Human Protective Research Committee van Drum Tower Ziekenhuis verbonden aan Medical School van Nanjing University. Alle dierproeven werden uitgevoerd in overeenstemming met de Chinese Coordinating Committee on Cancer Research Reglement voor het welzijn van dieren en de Dierenbescherming Law.Table 1 Patient kenmerken
Kenmerk
Training set (N = 100)

Onafhankelijke testen set (N = 75)
In totaal (N = 175)
Age, y mediaan (bereik)
63 (29-83)
63 (29-83)
63 (29-83)
≥ 63
51 (51%)
40 (53%)
91 (52%) Restaurant < 63
49 (49%)
35 (47%)
84 (48%)
Sex
Man
74 (74%)
57 (76%)
131 (75%)
Vrouw
26 (26%)
18 (24%)
44 (25%)
Tumor Site
distale maag
34 ( 34%)
28 (37%)
62 (35%)
proximale maag
41 (41%)
29 (39%)
70 (40%)
Whole maag
25 (25%)
18 (24%)
43 (25%)
Stage
I
13 (13%)
7 (9% )
20 (11%)
II
20 (20%)
21 (28%)
41 (23%)
III
65 (65%)
45 (60%)
110 (63%)
IV
2 (2%) Pagina 2 (3%) verhuur 4 (3%)
histologische graad
2
20 (20%)
16 (21%)
36 (21%)
3
47 (47%)
34 (46%)
81 (46%)
Mixed 1-2
3 (3%)
3 (4%)
6 (3%)
Mixed 2-3
30 (30%)
22 (29%)
52 (30%)
lymfekliermetastasen verhuur No
21 (21%)
19 (25%)
40 (23%)
Ja
79 (79%)
56 (75%)
135 (77%)
HDRA
HDRA procedures werden uitgevoerd zoals eerder beschreven [18]. Kort samengevat werden vers tumorweefsels gewassen en in kleine stukjes gehakt tot ongeveer 0,5 mm in diameter, die vervolgens op geprepareerd collageen geplaatst (Health Ontwerp, Rochester, NY) oppervlakken die in 24-well microtiterplaten. Er waren 8 parallel cultuur putten voor irinotecan gevoeligheid testen en 8 parallel cultuur putten voor de controle. Na incubatie gedurende 7 dagen bij 37 ° C (in een vochtige atmosfeer die 95% lucht -5% CO 2) bij aanwezigheid van drugs opgelost in RPMI 1640 medium dat 20% foetaal kalfserum, 100 ui collagenase type I ( 0,1 mg /ml, Sigma) en MTT (5 mg /ml, Sigma) toegevoegd aan elk kweekputje en gedurende nog 16 uur. Concentratie van irinotecan was 20 ug /ml volgens de piekplasmaconcentratie (ppc) bij patiënten [19]. Na extractie met dimethylsulfoxide (DMSO, Sigma), werd de absorptie van de oplossing in elk putje afgelezen bij 540 nm. Absorptie per gram gekweekte tumorweefsel werd berekend uit de gemiddelde absorptie van weefsel van 8 parallelle kweekputjes en de tumor-weefsel gewicht werd bepaald voor kweek. De remming werd berekend met behulp van de volgende formule: Remming
rate
%
=
1
-
T
/ C
×
100
%
T is de gemiddelde absorptie van de behandelde tumor /gewicht
C is de gemiddelde absorptie van de controle tumor /gewicht
mRNA expressie niveaudetectie
Totaal RNA extractie uit FFPE weefsels
Six 7-um secties werden bereid uit FFPE tumormateriaal dat ten minste 80% tumorcellen bevatten. Na hematoxyline-eosine kleuring, werden de kankercellen delen gemicrodissecteerde en overgebracht in een microcentrifugebuis. RNA werd geïsoleerd volgens een eigen procedure (Europees patentnummer EP1945764 B1). In het kort werd paraffine verwijderd door xyleen en gemicrodissecteerde kankerachtige onderdelen werden gelyseerd in een proteinase K-bevattende buffer bij 60 ° C gedurende 16 uur. RNA werd gezuiverd door fenol en chloroform extractie gevolgd door precipitatie met isopropanol in aanwezigheid van natriumacetaat bij -20 ° C. De RNA pellet werd gewassen in 70% ethanol en geresuspendeerd in 53 gl RNase-vrij water, gevolgd door behandeling met DNase I (Life Technologies).
QPCR evaluatie van genexpressie
M-MLV reverse transcriptase kit (Invitrogen) werd toegepast om cDNA te genereren van kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR) aan de β-actine (ACTB), APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 en Topo1 detecteren. Elke batch reactie omvatte een positieve controle van commerciële menselijke long en lever RNA (Stratagene, La Jolla, CA, USA) als ijk- en negatieve controles zonder RNA en reverse transcriptase. Totaal RNA werd 1 pg voor elke RT-reactie. Matrijs cDNA werd geamplificeerd met specifieke primers en probes voor ACTB, APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 en Topo1 gebruik Taqman Universal Master Mix (Applied Biosystems, Foster City, CA). De test IDs (Applied Biosystems, Foster City, CA) voor de primers en probes waren als volgt: Hs99999903_m1 (ACTB), Hs00214452_m1 (APTX), Hs00157415_m1 (ERCC1), Hs00192713_m1 (ISG15), Hs00243257_m1 (Topo1), BRCA1 (NM_007294) : forward 5 'GGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTA 3', omgekeerde 5 'GCTTTATCAGGTTATGTTGCATGGT 3' en probe 6FAM -5 'CCACTCAGCAGAGGG 3' MGB. QPCR werd uitgevoerd om genexpressie met behulp van de ABI Prism 7900HT Sequence Detection System (Applied Biosystems) kwantificeren. De PCR-omstandigheden waren 50 ° C gedurende 2 min, 95 ° C gedurende 15 min, gevolgd door 40 cycli bij 95 ° C gedurende 15 s en 60 ° C gedurende 1 min. Relatieve genexpressie kwantificering werd berekend volgens de vergelijking Ct onder toepassing ACTB als endogene controle, gebaseerd op eigen ervaring vergelijken van verschillende huishoudgenen [7, 20] en commerciële menselijke long en lever RNA (Stratagene, La Jolla, CA, USA ) als kalibratoren, die ons in staat stelt om genexpressie niveaus te vergelijken tussen de verschillende patiënten. De eindresultaten werden bepaald door de formule mRNA-expressieniveau = 2 - (DCT sample-DCT calibrator) (DCT = Ct gen- Ct ACTB) [7, 21] en werden geanalyseerd met de Stratagene analyse software.
DNA methylatie detectie
DNA-extractie en modificatie
drie 7-um secties werden bereid uit primaire tumor blokken die ten minste 80% tumorcellen bevatten. Na hematoxyline-eosine kleuring, werden de kankercellen delen gemicrodissecteerde en overgebracht in een microcentrifugebuis. DNA werd routinematig geïsoleerd en vervolgens werd chemisch gemodificeerd door natriumbisulfiet alle ongemethyleerde cytosines omzetten uracillen terwijl methylcytosines onveranderde [16]. Daarna werden ze bewaard bij -20 ° C voor verdere analyse.
Methylering-specifieke polymerase kettingreactie (MSP)
MSP werd uitgevoerd om de methylering van SULF2 gebruik van de ABI Prism 7300HT Sequence Detection System (Applied Biosystems) te bepalen. Elke PCR reactie bevatte genomisch DNA 2 pl, SYBR Green PCR mix (TaKaRa, Japan) 10 pl, 7,7 pl water, en primers 0,15 pl (10 umol /l). De PCR-omstandigheden waren 95 ° C gedurende 10 min, gevolgd door 45 cycli bij 59 ° C gedurende 30 s, 72 ° C gedurende 30 s en 95 ° C gedurende 30 s. Primers voor SULF2 gemethyleerd PCR (TaKaRa, Japan) waren als volgt: forward 5 'TAAGTGTTTTTTTTATAGCGGC 3', omgekeerde 5'TACCGTAATTTCCGCTATC 3 '. Primers voor SULF2 gemethyleerd PCR (TaKaRa, Japan) waren als volgt: vooruit 5 'GTTTATAAGTGTTTTTTTATAGTGGT3', omgekeerde 5'TACCATAATTTCCACTATCCCT 3 '. Elke partij van de reactie omvatte een positieve controle van methyltransferase (M.SssI) menselijk genoom DNA (volledig gemethyleerde), een negatieve controle van DNA-monsters die niet-gemethyleerd is bevestigd en een andere negatieve controle zonder DNA-behandelde. Alle testen werden uitgevoerd in tweevoud. Ondernemingen De vestiging en validatie van het gen-expressie model voor irinotecan gevoeligheid voorspelling
Wij aangenomen meervoudige lineaire regressie-analyse om de geoptimaliseerde genexpressie model gebaseerd op de training set van 100 maagkanker vast te stellen [22]. Volgens de resultaten van stapsgewijze regressie (entry: α = 0,10, verwijdert: α = 0,15), model bestond uit APTX, Topo1 en BRCA1 is geoptimaliseerd is. We toegewezen elke patiënt een index op de lineaire combinatie van het expressieniveau van het mRNA gewogen met de regressiecoëfficiënt van de training monsters. De index van het gen-expressie model werd als volgt berekend: Index = 0,488-0,020 × expressie niveau van APTX + 0,015 × expressie van Topo1 - 0,011 × expressie van BRCA1. Dit model werd later bevestigd in een andere onafhankelijke tests set van 75 patiënten met maagkanker. In de test set, werden de patiënten gerangschikt op basis van hun handtekening gen index en verdeeld in gevoelige handtekeningen en bestand handtekeningen groepen met behulp van de mediaan-index als de cutoff punt. Irinotecan de gevoeligheid van deze twee groepen werden getest met HDRA en met elkaar vergeleken.
In viv
o validatie van de genexpressie model voor irinotecan gevoeligheid voorspelling Belgique Om immunodeficiënte muizenmodellen leggen met patiënt afgeleide gastric kanker xenotransplantaten werd elk vers verwijderde chirurgische tumorweefsel in stukken van 3 x 3 x 3 mm 3, die binnen 30 minuten tot 12 athymische immunodeficiënte muizen werden getransplanteerd, aangeduid als een "cohort" [23]. In elk cohort, als de tumor groeide tot een grootte van 50-100 mm 3, muizen met xenotransplantaten werden gerandomiseerd voor behandeling met irinotecan 20 mg /kg /w, ip (n = 6) of geen behandeling als controle ( n = 6). Individuele tumor volumes (V) werden berekend door de formule "V = (lengte x breedte x breedte) /2" en vergeleken met de waarden aan het begin van de behandeling om de relatieve tumorvolume verkrijgen. Muizen werden waargenomen om de dag gedurende tumorgroei.
Om een ​​consistente remming van irinotecan in de gevoelige handtekeningen muizen te evalueren, drie weken na de eerste toediening, de tumoren werden gescheiden van de eerste generatie muizen en gepasseerd naar tweede generatie muizen. In de tweede generatie, werd geen geneesmiddel toegediend. Muizen werden dagelijks waargenomen gedurende twee weken.
Statistische analyse
De Mann-Whitney U-test en de Kruskal-Wallis-test werd gebruikt om de associatie tussen mRNA expressie en klinische eigenschappen te testen, en de associatie tussen irinotecan gevoeligheid en clinicopathologische parameters van patiënten. De Spearman rank methode werd gebruikt om de correlatie van de mRNA-expressieniveaus tussen verschillende genen en de correlatie tussen mRNA niveaus en in vitro
irinotecan gevoelige karakter ervan. De Mann-Whitney U-test werd gebruikt om irinotecan gevoeligheid tussen SULF2M en SULF2U groepen, irinotecan-gevoelige en irinotecan-resistente patiënten en tussen gevoelige handtekeningen en bestand handtekeningen groepen te vergelijken. Receiver operating characteristic (ROC) krommen werden gegenereerd om de gevoeligheid en specificiteit van voorspelling op basis van verschillende genen en genexpressie model qua gevoeligheid irinotecan berekenen. Paired Student's t test werd gebruikt om de verschillen tussen de tumorgrootten gevoelige handtekeningen muizen of resistent handtekening muizen en controles evalueren. Een P Restaurant < 0,05 werd als statistisch significant (tweezijdig). Statistische analyse werd uitgevoerd met het SPSS, versie 16.0. Resultaten

Patiëntenkenmerken
Kenmerken van de patiënten worden weergegeven in tabel 1. In de 175 patiënten was de meerderheid van de patiënten waren mannelijk (75%) en de histologie van elk monster was adenocarcinoom. In 62 (35%) patiënten werd de tumor in de distale maag, in 70 (40%) in de proximale maag en in 43 (25%) in de gehele maag. Honderd en tien (63%) patiënten hadden stadium III. Lymfekliermetastase was aanwezig bij 135 (77%) patiënten.
Genexpressie niveaus Ondernemingen De mRNA-expressieniveaus van APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 en Topo1 werden gedetecteerd in alle tumoren, met mediane genexpressieniveau verhouding tot het huishouden ACTB van 4,32 voor APTX (bereik ,26-17,99, 95% betrouwbaarheidsinterval (BI): 3,78-5,19), 7,91 voor BRCA1 (bereik ,37-29,04, 95% CI: 7,07-9,51), 14.03 voor ERCC1 (bereik ,33-46,30 , 95% CI: 13,01-17,07), 5,07 voor ISG15 (bereik ,04-34,24, 95% CI: 3,94-6,21) en 7,51 voor Topo1 (bereik 1,07-37,81, 95% CI: 6,38-9,17) (figuur 1) . Een significant verband werd waargenomen tussen APTX mRNA expressie niveaus en histologische graad (P
= 0,03), en ISG15 mRNA en geslacht (P
= 0,017). Geen andere associatie tussen klinische kenmerken en tumor mRNA gevonden (Tabel 2). Er werd echter een sterke correlatie waargenomen tussen de mRNA expressie niveaus van APTX en BRCA1 (rho = 0,53, P Restaurant < 0,001), APTX en ERCC1 (rho = 0,73, P Restaurant < 0,001), BRCA1 en ERCC1 (rho = 0,48, P Restaurant < 0,001) in de tumor. Figuur 1 Genexpressie niveaus van APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 en Topo1 bij 175 patiënten met kwantitatieve RT-PCR geanalyseerd. Waarden van genexpressie werd berekend volgens de vergelijking Ct onder toepassing ACTB als endogene controle. De blauwe lijn stond voor de gemiddelde met 95% CI.
Tabel 2 De vereniging van het gen expressies en pathologische kenmerken
Kenmerkend
No. Patiënten
APTX mRNA
BRCA1 mRNA
ERCC1 mRNA
ISG15 mRNA
Topo1 mRNA


gemiddelde ± SD
gemiddelde ± SD
gemiddelde ± SD
gemiddelde ± SD
gemiddelde ± SD
Leeftijd , y
≥ 63
91 (52%)
4,81 ± 3.78
8,61 ± 5,73
15.28 ± 10.01
4,48 ± 3,69
8,03 ± 7,30
< 63
84 (48%)
4.09 ± 3.76
7.90 ± 5.95
14.75 ± 9.28
5.79 ± 6.90
7,47 ± 5,81
Sex
Male
131 (75%)
4,77 ± 3,33
8.41 ± 5.57
15.74 ± 10.19
5,54 ± 5,62
7.95 ± 7.17
Vrouw
44 (25%)
3.58 ± 3.29
7.92 ± 6.67
12.77 ± 7.30
3.53 ± 4.27 *
7.21 ± 4.62
Tumor Site
distale maag
62 (35%)
4,79 ± 2.87
8.97 ± 6.52
16.12 ± 10.36
7.05 ± 7.75
8.09 ± 5.93
proximale maag
70 (40%)
4.16 ± 3.10
8.33 ± 5.72
13.97 ± 9.09
3.61 ± 2.64
7.40 ± 6.63
Whole maag
43 (25%)
4,60 ± 4.44
7.12 ± 4.74
15.31 ± 9.70
4,61 ± 3,43
7.06 ± 7.94
Stage
I
20 (11%)
4.25 ± 4.47
5.91 ± 3.40
13.40 ± 7.07
1,89 ± 0,83
5,89 ± 4,03
II
41 (23%)
4.19 ± 3.01
8.58 ± 5.09
14.70 ± 9.56
6,76 ± 7,96
8,91 ± 6,35
III
110 (63%)
4.66 ± 3.38
8.19 ± 5.75
15.56 ± 10.16
4.67 ± 4.01
7.70 ± 7.07
IV verhuur 4 (3%)
4.20 ± 4.61
15.88 ± 17.90
11.01 ± 5.00
7.25 ± 6.33
4,03 ± 1,63
histologische graad 2
36 (21% )
5.05 ± 3.54 *
10.97 ± 7.33
15.78 ± 9.52
4.86 ± 4.75
8.08 ± 6.61
3
81 (46%)
3,92 ± 3,55
7.81 ± 5.16
14.30 ± 9.64
3.68 ± 2.75
7.18 ± 6.08
Mixed 1-2
6 (3%)
3.63 ± 4.51
7,17 ± 2.13
15.17 ± 12.40
8.00 ± 8.94
8.42 ± 6.02
Mixed 2-3
52 (30%)
4.55 ± 2.53
7.06 ± 5.27
15,65 ± 9.96
7.16 ± 7.74
8.44 ± 7.18
lymfekliermetastasen verhuur No
40 (23%)
4,58 ± 3,39
8.70 ± 5.08
14,68 ± 7,31
5.97 ± 8.17
7.48 ± 4.47
Ja
135 (77%)
4.46 ± 3.35
8.16 ± 6.05
15.16 ± 10.33
4.78 ± 4.12
7.87 ± 7.23
* P
< . 0.05 Ondernemingen De relatie tussen genexpressie en chemosensitivity aan irinotecan
In de training set, werd de irinotecan gevoeligheid met succes getest in alle tumoren, met een mediane remming tarief van 43,3% (bereik 2% -89%, CI: 39 % -47%). Er was geen significant verband tussen irinotecan gevoeligheid en klinische eigenschappen (tabel 3), zoals leeftijd (P = 0,51
), geslacht (p = 0,77
), tumor (P = 0,64
), stap ( P =
0,41), histologische graad (P =
0,48) en lymfeklier metastase (P =
0,47). Echter, mRNA niveaus van APTX (rho = -0,48, P Restaurant < 0,001), BRCA1 (rho = -0,49, P Restaurant < 0,001), ERCC1 (rho = -0,42, P Restaurant < 0.001), ISG15 (rho = 0,34; p
= 0,001), en Topo1 (rho = 0,43, P Restaurant < 0,001) toonden een correlatie met irinotecan gevoeligheid. Patiënten werden gerangschikt volgens hun irinotecan remming tarieven en verdeeld in irinotecan-gevoelige en irinotecan-resistente groepen met behulp van de mediaan remming tarief als de cutoff punt [19]. Genexpressie niveaus APTX (P
< 0,001), BRCA1 (P
< 0,001) en ERCC1 (P
< 0,001) waren irinotecan-gevoelige patiënten significant lager dan bij irinotecan-resistente patiënten terwijl ISG15 (P
= 0,047) en Topo1 (P
= 0,002) significant hoger (Figuur 2A-E). ROC curves werden gegenereerd om de gevoeligheid en specificiteit van elk gen berekend voorspellen irinotecan gevoeligheid (Figuur 2G-J). De gebieden onder de curve (AUC), gevoeligheid en specificiteit voor de voorspelling van irinotecan gevoeligheid op basis APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 en Topo1 mRNA niveaus werden opgesomd in Tabel 3 4.Table associatie tussen irinotecan gevoeligheid en klinische kenmerken
kenmerkend
irinotecan remming tarief
irinotecan remming tarief
gemiddelde (95% CI)
gemiddelde (95% CI)


Training set (N = 100)
Onafhankelijke testen set (N = 75)
Age, y mediaan (bereik)
≥ 63
42% ( 36-47%)
44% (31-57%) Restaurant < 63
45% (39-51%)
44% (34-54%)
Sex
Man
43% (38-47%)
42% (33- 51%)
Vrouwelijk
45% (36-55%)
50% (31-68%)
Tumor Site
distale maag
42% (35-49%)
44% (28-60%)
proximale maag
44% (38-51%)
47% (35-58%)
Whole maag
43% (35 -51%)
37% (16-59%)
Stage
I
34% (21-47%)
36% (3-70%)
II
49% (40-57%)
50% (31-68%)
III
43% (38-48%)
44% (34-54%)
IV
33%
34%
histologische graad 2
41% (33-49%)
44% (21-68%)
3
42 % (36-48%)
39% (27-51%)
Mixed 1-2
54%
58%
Mixed 2-3
46% (38- 54%)
49% (35-62%)
lymfekliermetastasen verhuur No
42% (33-51%)
46% (27-65%)
Ja
44% (39-48%)
44% (34-53%)
Signature index Restaurant > 0.43
57% (52-63%) **
65% (61-70%) **
≤ 0,43
31% (27-36%)
22% (17 -28%)
** P
< . 0,001
Figuur 2 Genexpressie niveaus van APTX (P < 0,001), BRCA1 (P < 0,001) en ERCC1 (P < 0,001) waren irinotecan-gevoelige patiënten significant lager dan bij irinotecan-resistente patiënten, terwijl ISG15 (P = 0,047) en Topo1 (P = 0,002) significant hoger. Boxplots toonde de mRNA-expressieniveaus van APTX (A), BRCA1 (B), ERCC1 (C), ISG15 (D) en Topo1 (E) irinotecan-gevoelige en irinotecan-resistente groepen, respectievelijk (n = 100). De lijnen in de vakken aangeduid medianen. De snorharen van boxplots: Min Max. Grafieken van ROC curve toonde de AUC van APTX (F), BRCA1 (G), ERCC1 (H), ISG15 (I) en Topo1 (J) voor het voorspellen van gevoeligheid irinotecan. Gevoeligheid (Y-as) werd uitgezet tegen vals-positieve fractie. (1 - specificiteit)
Tabel 4 De sensitiviteit en specificiteit van vijf genexpressie niveaus voor het voorspellen van gevoeligheid irinotecan
Genes
chemotheraputic agenten
Gevoeligheid
specificiteit
AUC (95% CI)
P
APTX
irinotecan
73%
74%
0,758 (0,669-0,847) Restaurant < 0,001
BRCA1
irinotecan
91%
58%
0,760 (0,673-0,846)
< 0.001
ERCC1
irinotecan
64%
79%
0,726 (0,632-0,821) Restaurant < 0,001
ISG15
irinotecan
59%
73%
0,617 (0,494-0,740)
0,047
Topo1
irinotecan
48%
94%
0,664 (0,563-0,765)
0,002
relatie tussen SULF2 methylatie en overgevoeligheid voor irinotecan
in de training set, werd de methylatie status van SULF2 succes gedetecteerd in alle patiënten, met drieëndertig (28%) die SULF2M vierentachtig (72%) die SULF2U. Er was geen significant verband tussen stand SULF2 methylatie en klinische kenmerken. De irinotecan remming tarieven waren 49,8% (bereik 2% -89%, 95% CI: 41% -59%) voor SULF2M groep en 40,2% voor SULF2U groep (range 2% -84%, 95% CI: 34% - 46%, P
= 0,08). Ondernemingen de oprichting van het gen-expressie-model en de associatie met de gevoeligheid voor irinotecan
op basis van de expressie van de vijf genen en de status van SULF2 methylatie, we geconstrueerd een handtekening door meervoudige lineaire regressie-analyse zoals in de werkwijzen. De index van de handtekening drie-gen varieerde 0,08-0,99 met een gemiddelde waarde van 0,43 ± 0,16. Er was een significante correlatie tussen de index en irinotecan gevoeligheid (rho = 0,71, P
< 0,001) (Figuur 3A). ROC curve gegenereerd om de gevoeligheid en specificiteit van de handtekening drie-gen berekenen voorspellen irinotecan gevoeligheid (Figuur 3B). De AUC was 0,828 (95% CI: 0,755-0,901, P Restaurant < 0,001). De drempelwaarde van 0,43, de gevoeligheid en specificiteit voor het voorspellen van gevoeligheid irinotecan basis van de handtekening drie-gen bereikte 73% en 86%, respectievelijk. Figuur 3 De evaluatie en validatie van de handtekening drie-gen voor irinotecan gevoeligheid voorspelling. Alle auteurs gelezen en goedgekeurd het definitieve manuscript.

• Mechanismen achter de onmiddellijke gevolgen van Roux-en-Y gastric bypass operatie aan diabetes type 2
• Gevorderde maagkanker tonen van lange-termijn complete remissie in reactie op de S-1 monotherapie: twee case reports