Trijų genas parašas, kaip galimą prognozavimo biologinis žymuo už irinotekano jautrumo skrandžio vėžio

Trijų genas parašas, kaip galimą prognozavimo biologinis žymuo už irinotekano jautrumo skrandžio vėžio pervežimas Anotacija
Tikslas
Asmeninės chemoterapija remiantis molekulinės biologinius žymenis gali padidinti vėžio efektyvumą. Mes siekiame ištirti prognozavimo biologinius žymenis, galinčius prognozuoti atsaką į irinotekano pagrįstų gydymo būdų skrandžio vėžio.
Metodai
Mes išnagrinėjome genų ekspresiją APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15, Topo1 ir metilinimas yra SULF2 formalinu fiksuotos paraffin- integruotas skrandžio vėžys audinius nuo 175 pacientų ir vertinama tarp genų ekspresijos lygio ar metilinimo statusą ir in vitro
jautrumo irinotekano asociacija. Mes naudojome kelis tiesinė regresinė analizė sukurti genų ekspresijos modelį prognozuoja irinotekanu jautrumą skrandžio vėžio ir patvirtinti šį modelį in vitro ir in vivo

.
Rezultatai
Genų ekspresijos lygio APTX, BRCA1 ir ERCC1 buvo gerokai mažesnis irinotekano jautrių skrandžio vėžio mėginių dalį už tuos irinotekano atsparus mėginių (P
< 0,001 visais genų), o ISG15 (p
= 0,047) ir Topo1 (p
= 0,002) buvo žymiai didesnis. Remiantis šių genų, trijų genų parašas buvo įkurta, kuri buvo apskaičiuota taip: Indeksas = 0,488-0,020 × išraiška lygis APTX + 0,015 × išraiška lygis Topo1 - 0,011 × ekspresijos lygį BRCA1. Trijų-genas parašas buvo reikšmingai susijęs su irinotekano jautrumo (Rho = 0.71, P
< 0,001). Jautrumas ir specifiškumas už irinotekano jautrumo, pagrįstą trimis-genų parašu prognozavimas pasiekė 73% ir 86%, atitinkamai. Kitoje nepriklausoma testavimo rinkinys, irinotekano slopinimo lygis skrandžio mėginius, turintiems jautrią parašu buvo daug didesnis nei su atspariu parašu (65% vs 22%, p pervežimas < 0,001). Irinotekano gydymas 20 mg /kg per savaitę imuninės pelių vežančių ksenoimplantai jautriai parašo dramatiškai suimtas navikų augimą (P
< 0,001), tačiau neturėjo įtakos pelių vežančių ksenoimplantai su atspariu parašo poveikį
. išvados Viesbutis The trijų genų parašu nustatytos čia yra potencialus prognozuojantys biologinis už irinotekano jautrumo skrandžio vėžio.
Raktiniai žodžiai
Asmeninės chemoterapija Irinotekanas skrandžio vėžio HDRA Imunodeficitinės Pelės Įžanga
skrandžio vėžys išlieka viena iš pagrindinių priežasčių vėžio mirties visame pasaulyje [1, 2]. Nėra "aukso standartas" chemoterapija išplitusiu skrandžio vėžiu iki šiol. Pastaraisiais metais, naujos kartos chemoterapijos agentai, tokie kaip docetakselio, oksaliplatina, irinotekano, kapecitabinu ir S-1 tirtas III fazės klinikinių tyrimų [3]. Tačiau išgyvenamumo mediana buvo mažesnis negu vienerius metus [2], atsako dažnis buvo tik apie 30% -50% [4]. Irinotekano (CPT-11) yra pusiau sintetinis darinys kamptotecino (CPT), kuris trukdo su DNR replikacijos ir ląstelių dalijimosi per savo stiprus sąveikos su fermentu topoizomerazės I (Topo1). Tiek irinotekano ir CPT priklauso Topo1 inhibitoriais. Irinotekano daugiausia naudojamas gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio ir taip pat dažnai naudojamas skrandžio vėžio gydymui, rodo reagavimo ir svyruoja nuo 14% iki 23%, kaip vieną agento ir maždaug 50% kartu su kitomis [5].
A molekulinių biologinių žymenų, galinčių skaičių prognozuoti reagavimo į chemoterapiniais preparatais tikimybė buvo tirta per pastaruosius dešimtmečius [6]. Mūsų ankstesni tyrimai nustatė krūties vėžys jautrumo geną 1 (BRCA1), kaip galimą prognozavimo biologinis žymuo cisplatinos ir docetakselio jautrumo [7, 8], timidilato sintezės (TS) už 5-FU ir raltitreksedo [9, 10], o iškirpimas remontas tarpvalstybinio papildyti 1 (ERCC1) platinos [11]. Tačiau, ten buvo ribota pažanga biologinių žymenų, galinčių prognozuoti atsaką į irinotekano pagrįstų gydymo būdų skrandžio vėžio nustatymo. Topo1 reguliuoja DNR supercoiling replikacijos metu per sukelia vieno kryptis pertraukas ir religation [12] taip. Irinotekano ir jo aktyvaus metabolito SN-38 skatina DNR žalą stabilizuoti trumpalaikis kovalentinį kompleksą tarp DNR ir Topo1, kuris vėliau sąlygoja DNR grandines pertraukas, replikacijos suėmimo ir apoptozės [13]. Neseniai buvo pranešta High naviko lygiai Topo1 baltymų nustatyti išplitusiam storosios žarnos vėžiu sergančių pacientų pogrupyje geras atsakas į irinotekano [14]. Remontas irinotekano susijęs ir Topo1 sąlygojamą DNR pažeidimus reikia pašalinti dėl įstrigusios Topo1 ir spręsti su tuo susijusio DNR pertraukos. Šio proceso metu iš remonto baltymų įvairovė, įskaitant aprataxin (APTX) BRCA1 ir ERCC1, dalyvauja, kai kurie iš jų gali turėti klinikinės potencialą kaip prognozavimo biologinius žymenis [15].
Be kandidato į biologinius žymenis minėta naujausi tyrimai siūloma, kad heparansulfatą 6-O-endosulfatase (SULF2) promotoriaus metilinimo buvo susijęs su jautrumu Topo1 inhibitorių nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžys (NSLPV) [16]. INF-indukuojamąją reguliatorius ubiquitination (ISG15) gali blokuoti Ubikvitino /26S proteasomal kelią, vedantį į kaupimo CPT sukeltos DNR pažaidos, kurios lėmė padidėjusi apoptozės [17]. SULF2 metilinimas (SULF2M) ir didelės ISG15 išreikšti NSLPV ląstelių linijas parodė 134 kartus jautrumą CPT nei SULF2 unmethylation (SULF2U) ir mažo ISG15 išreikšti ląstelių linijų [16].
Remiantis pirmiau išdėstytais įrodymais, mes iškėlė hipotezę, kad APTX, BRCA1 , ERCC1, ISG15, SULF2 ir Topo1 ar jų derinys gali vaidina svarbų vaidmenį prognozuojant irinotekanu jautrumą skrandžio vėžio. Atsižvelgiant į dabartinę tyrime mes ištirti kiekvieną geną kaip prognozavimo biologinis žymuo savaime, tada įkurta algoritmą derinant tuos genus kartu tiksliau prognozuoti irinotekanu jautrumą. Mes taip pat patvirtinti modelį kitoje nepriklausomos rinkinį skrandžio vėžio mėginiai ir dvi grupes po imuninės pelėmis modelių. Šio tyrimo tikslas buvo nustatyti kliniškai naudingas klasifikavimo parašą, kuris gali prognozuoti irinotekano jautrumą skrandžio vėžio.
Medžiagos ir metodai
pacientų mėginių
Visi mėginiai ir atitinkamus klinikinius duomenis buvo gauti iš onkologijos skyrius ir bendroji chirurgija, būgnas bokštas ligoninė prijungta prie medicinos mokyklos Nanjing universiteto laikotarpiu nuo 2010 rugpjūčio iki 2012 birželio pavyzdžiai apima 175 šviežiai ištrauktus skrandžio auglių, kurie atsitiktinai buvo skirstomas mokymo rinkinys (n = 100) arba bandymo rinkinį (n = 75), naudojant kompiuterio generuoti atsitiktinius numerius. Kiekvienas naviko audinio buvo padalintas į dvi dalis, kai jis pašalinamas operacijos: (1) viena dalis buvo laikomi 4 ° C Hanks subalansuotą druskos tirpalo 1% penicilinui /streptomicino ir aptiko chemosensitivity in vitro
pagal histoculture narkotikų reagavimo tyrimo (HDRA); (2) likusi dalis liko formalinu ir padarė į formalino fiksuoto parafino įterptųjų (FFPE) naviko blokus patologinės stebėjimo ir genų aptikti. Diagnozė pacientams, sergantiems skrandžio naviko buvo patvirtinta histopatalogiją. Klinikiniai ir histopatologiniai duomenys, įskaitant amžių, lytį, histologiją, auglio vietą, etape, histologinio laipsnio ir limfmazgių metastazių visi buvo surinkti. Klinikiniai charakteristikos pacientų buvo apibendrinti 1 lentelėje Informuotas sutikimas buvo gautas iš visų pacientų ir protokolai Šiame tyrime buvo patvirtinta Žmogiškųjų tyrimų Protective komiteto Drum Tower ligoninės priklausančių medicinos mokyklos Nanjing universiteto. Visi bandymai su gyvūnais buvo atliekami laikantis Kinijos koordinacinio komiteto vėžio tyrimų nuostatų dėl gyvūnų gerovės ir gyvūnų apsaugos Law.Table 1 pacientui charakteristikos
Charakteristika
mokymo rinkinys (n = 100)

nepriklausoma testavimo rinkinys (n = 75)
Iš viso (n = 175)
Amžius, m mediana (ribos)
63 (29-83)
63 (29-83)
63 (29-83)
≥ 63
51 (51%)
40 (53%)
91 (52%)
< 63
49 (49%)
35 (47%)
84 (48%)
seksas
Vyras
74 (74%)
57 (76%)
131 (75%)
Moteris
26 (26%)
18 (24%)
44 (25%)
auglio vietą
Distalinė skrandžio
34 ( 34%)
28 (37%)
62 (35%)
proksimalinės skrandžio
41 (41%)
29 (39%)
70 (40%)
Sveikos skrandžio
25 (25%)
18 (24%)
43 (25%)
Stage
Aš
13 (13%)
7 (9% )
20 (11%)
II
20 (20%)
21 (28%)
41 (23%)
III
65 (65%)
45 (60%)
110 (63%)
IV
2 (2%)
2 (3%)
4 (3%)
histologinis laipsnio
2
20 (20%)
16 (21%)
36 (21%)
3
47 (47%)
34 (46%)
81 (46%)
Mišrūnė 1-2
3 (3%)
3 (4%)
6 (3%)
Mišrūnė 2-3
30 (30%)
22 (29%)
52 (30%)
limfmazgių metastazių
Nėra
21 (21%)
19 (25%)
40 (23%)
taip
79 (79%)
56 (75%)
135 (77%)
HDRA
HDRA procedūros buvo atliktos taip, kaip aprašyta anksčiau [18]. Trumpai tariant, šviežios navikų audiniuose buvo plaunami ir malta į mažus gabaliukus maždaug 0,5 mm skersmens, kurios vėliau buvo pateikti paruošto kolageno (Sveikatos dizainas, Rochester, NY) paviršiai 24-gerai mikrolėkštelės. Nebuvo 8 lygiagrečių Kultūra gilzės irinotekano jautrumo testavimo ir 8 lygiagrečių Kultūra gilzės kontrolę. Po inkubacijos 7 dienas esant 37 ° C temperatūroje (drėgnoje atmosferoje, kuriame 95% oro -5% CO 2) narkotikų ištirpusių su RPMI 1640 terpė su 20% serumas iš veršiuko embriono buvimo, 100 mikrol I tipo kolagenazę ( 0,1 mg /ml, Sigma) ir MTT (5 mg /ml, Sigma) buvo pridėta prie kiekvienos kultūros gerai ir inkubuojami dar 16 valandų. Koncentracija irinotekano, buvo 20 mikrogramai /ml pagal jo didžiausią koncentraciją plazmoje (PPC) pacientams [19]. Po ekstrahavimo su dimetilo sulfoksido (DMSO, Sigma), absorbciją į kiekvieną šulinėlį tirpalo buvo skaityti 540 nm bangos ilgiui. Absorbcijos gramui lieto naviko audinio buvo apskaičiuojamas nuo vidutinės absorbcijos audinių iš 8 lygiagrečių kultūros šulinių, ir navikas audinių svoris buvo nustatytas iki kultūros. Slopinimas norma buvo apskaičiuojamas pagal šią formulę: slopinimas
norma
%
=
1
- CR.LT T
/
×
100
%
T reiškia absorbcija išvalytų naviko /Svoris pervežimas C yra vidutinė sugeriamumas kontrolė naviko /Svoris
iRNR raiškos lygis aptikimo
RNR gavyba iš FFPE audinio
Šeši 7-mkm skyriai buvo paruošti iš FFPE naviko blokų, esančių ne mažiau kaip 80% vėžinių ląstelių. Po hematoksilinu-eozino dažymo, vėžinės dalys buvo microdissected ir perkelti į mikrocentrifuga vamzdžio. RNR buvo išskirta pagal patentuotą procedūros (Europos patento numeris EP1945764-B1). Trumpai, parafinas buvo pašalintas pagal ksileno, ir microdissected vėžinių dalys buvo lizuojamos į proteinazės K-, kurių sudėtyje yra buferį 60 ° C temperatūroje 16 val. RNR buvo gryninamas fenolio ir chloroformo ekstrakcijos po nusodinant izopropanolio, kai yra natrio acetatui esant -20 ° C temperatūroje. RNR nuosėdos plauti 70% etanolio ir sumaišymo 53 įxL RNazės-laisvojo vandens po gydymo DNaze I (Life Technologies).
QPCR vertinimas genų ekspresijos pervežimas M-MLV atvirkštinės transkriptazės Kit (Invitrogen) buvo taikomas generuoti kDNR kiekybinės polimerazės grandininės reakcijos (qPCR) aptikti ß-aktino (ACTB), APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 ir Topo1. Kiekviena reakcija partijos įtrauktas teigiamą kontrolę iš komercinių žmogaus plaučių ir kepenų RNR (Stratageno, La Jolla, CA, JAV) Kalibravimo ir neigiamus kontrolinius mėginius, be RNR ir atvirkštinės transkriptazės. Bendras RNR 1 mikrogramų buvo naudojamas kiekvienam RT reakcijos. Šablonas kDNR buvo papildyta su konkrečių gruntams ir zondai už ACTB, APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 ir Topo1 naudojant TaqMan Universalus meistras Mix (taikoma BIOSYSTEMS Foster City, Kalifornija). Analizės ID (Applied Biosystems Foster City ĮA) už pradmenų ir zondų, buvo taip: Hs99999903_m1 (ACTB), Hs00214452_m1 (APTX), Hs00157415_m1 (ERCC1), Hs00192713_m1 (ISG15), Hs00243257_m1 (Topo1), BRCA1 (NM_007294) : pirmyn 5 'GGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTA 3 ", atvirkštinės 5' GCTTTATCAGGTTATGTTGCATGGT 3" ir zondas 6FAM -5 'CCACTCAGCAGAGGG 3 "MGB. QPCR buvo atliktas siekiant įvertinti genų ekspresiją, naudojant ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System (taikomoji BIOSYSTEMS). PGR sąlygos buvo 50 ° C temperatūroje 2 min, 95 ° C temperatūroje 15 min, po to 40 ciklų, esant 95 ° C temperatūroje 15 s ir 60 ° C temperatūroje 1 min. Santykinis genų ekspresijos kiekybinių buvo apskaičiuotos atsižvelgiant į lyginamosios Ct metodu, naudojant ACTB kaip endogeninio kontrolę, remiantis mūsų ankstesnės patirties lyginant skirtingus buityje genus [7, 20] ir komercines žmogaus plaučių ir kepenų RNR (Stratageno, La Jolla, CA, USA ) kaip kalibratorių, kuri leidžia mums palyginti genų ekspresijos lygį tarp skirtingų pacientų. Galutiniai rezultatai buvo nustatomas pagal formulę iRNR išraiškos lygis = 2 - (DCT pavyzdys-DCT kalibratorius) (DCT = Ct genais ct ACTB) [7, 21] ir buvo analizuojami su Stratagene analizės programinė įranga.
DNR metilinimas aptikimo
DNR išskyrimo ir modifikacijos
Trys 7-mkm skyriai buvo paruošti iš pirminio naviko blokų, esančių ne mažiau kaip 80% vėžinių ląstelių. Po hematoksilinu-eozino dažymo, vėžinės dalys buvo microdissected ir perkelti į mikrocentrifuga vamzdžio. DNR buvo išskirtas reguliariai ir tada buvo chemiškai modifikuotas natrio rūgščiojo sulfito konvertuoti visus nemetilintas cytosines į uracilai paliekant methylcytosines nepakeisti [16]. Tada jie buvo laikomi -20 ° C temperatūroje tolesnei analizei.
Metilinimas-specifinę polimerazės grandininė reakcija (MSP)
MSP buvo atliekama siekiant nustatyti SULF2 metilinimas naudojant ABI PRISM 7300HT Sequence Detection sistema (Applied Biosystems). Kiekvieną PGR reakciją pateikta genomo DNR 2 ml, SYBR Green PGR mišinio (TAKARA, Japonija) 10 ml, vandens 7,7 ml, gruntas 0,15 iL (10 mkmol /l). PGR sąlygos buvo 95 ° C temperatūroje 10 min, po to 59 ° C temperatūroje, naudojant 45 ciklų 30 S, 72 ° C temperatūroje 30 s ir 95 ° C temperatūroje 30 s. Gruntai SULF2 denatūruotą PGR (TAKARA, Japonija) buvo taip: į priekį 5 'TAAGTGTTTTTTTTATAGCGGC 3 ", atvirkštinės 5'TACCGTAATTTCCGCTATC 3". Gruntai SULF2 nedenatūruotu PGR (TAKARA, Japonija) buvo taip: į priekį 5 "GTTTATAAGTGTTTTTTTATAGTGGT3", atvirkštinės 5'TACCATAATTTCCACTATCCCT 3 ". Kiekviena reakcija partijos įtrauktas teigiamą kontrolę iš metiltransferazei (M.SssI) gydomiems žmogaus genomo DNR (pilnai metilintų), neigiamą kontrolę iš DNR mėginių, kurie buvo patvirtinta nemetilintas ir kitą neigiamą kontrolę be DNR. Visi bandymai buvo atliekami dviem egzemplioriais.
Kūrimą ir įteisinimą genų ekspresijos modelio irinotekano jautrumo prognozavimas
mes priėmėme kelis tiesinės regresijos analizę nustatyti optimalų genų ekspresijos modelį, grindžiamą mokymo komplekto 100 skrandžio vėžio [22]. Pagal laipsnišką regresijos rezultatai (įrašas: alfa = 0,10, pašalinti: α = 0,15), modelis sudarė APTX, Topo1 ir BRCA1 yra optimizuota vienas. Mes, priskirtas kiekvienam pacientui indeksas pagal tiesinį kartu ekspresijos lygio mRNR apskaičiuotą pagal regresijos koeficiento iš mokymo mėginių. Iš genų ekspresijos modelio indeksas apskaičiuojamas taip: Indeksas = 0,488-0,020 × išraiška lygis APTX + 0,015 × išraiška lygis Topo1 - 0,011 × ekspresijos lygį BRCA1. Šis modelis vėliau buvo patvirtintas kitoje nepriklausomoje testavimo rinkinys 75 pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu. Testavimo rinkinys, pacientai buvo reitinguojami pagal jų genų parašo indeksą ir padalintas į jautrus parašo ir atspari parašo grupių naudojant mediana indeksą kaip lizdu. Irinotekano jautrumas iš šių dviejų grupių buvo išbandytas HDRA ir palyginti tarpusavyje.
Be Liūtai
O įteisinimas genų ekspresijos modelio irinotekano jautrumo prognozavimo
nustatyti Imunodeficitinės: pelės modelius su pacientų gautas skrandžio vėžio ksenoimplantai, kiekvienas šviežiai pašalintas chirurginis naviko audinio buvo supjaustyti į gabalus 3 × 3 × 3 mm 3, kurie buvo persodinti per 30 min iki 12 athymic imuninės pelių, vadinamą "kohorta" [23]. Kiekvienoje kohortos, kai navikas išaugo iki 50-100 mm dydžio 3, pelėms su audiniuose, buvo randomizuoti į gydymo irinotekano 20 mg /kg, /w, IP (n = 6) arba be gydymo, nes kontrolės ( n = 6). Individualūs naviko apimtys (V) buvo apskaičiuojamas pagal formulę "V = (ilgis × plotis × plotis) /2" ir, palyginti su gydymo gauti santykinį naviko tūris pradžios verčių. Pelės buvo pastebėtas kas antrą dieną naviko augimą.
Siekiant įvertinti nuoseklią slopina irinotekano ypač jautrioje parašo pelių, praėjus trims savaitėms po pirmosios dozės, visi navikai buvo atskirtas nuo pirmosios kartos pelių ir passaged į antrosios kartos pelių. Be antros kartos, ne vaistas buvo administruojama. Pelės buvo pastebėta kiekvieną dieną dar dvi savaites.
Statistinė analizė Viesbutis The Mann-Whitney U-testą ir Kruskal-Wallis testas buvo naudojamas testas tarp iRNR ekspresijos lygį ir klinikines charakteristikas asociaciją, ir tarp irinotekano asociacija jautrumas ir pacientų klinikos parametrai. Į Spearman rangas metodas buvo naudojamas įvertinti iRNR ekspresijos lygį tarp skirtingų genų ryšį, taip pat tarp iRNR lygiui ir in vitro
irinotekano jautrumo koreliaciją. Mann-Whitney U testas buvo naudojamas palyginti irinotekanu jautrumą tarp SULF2M ir SULF2U grupių, irinotekano jautrių ir irinotekano atsparių pacientų ir jautriai parašu ir atsparus parašo grupes. ROC kreivė (ROC) kreivės buvo sukurtas apskaičiuoti jautrumą ir specifiškumą prognozavimas remiantis skirtingų genų ir genų ekspresijos modelį požiūriu irinotekano jautrumo. Suporuotas Stjudento t testas buvo naudojamas įvertinti ryšį tarp dydžių auglys jautrus parašo pelių ar atsparus parašo pelių ir kontrolės skirtumus. P
< 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas (dvipusis). Statistinė duomenų analizė atlikta naudojant SPSS, rezultatai versija 16.0.

Paciento charakteristikos
Charakteristikos visiems pacientams yra parodyta 1 lentelėje iš 175 pacientų, dauguma pacientų buvo vyrai (75%), ir kiekvieno mėginio histologija buvo adenokarcinoma. 62 (35%) pacientų, navikas buvo įsikūrusi į distalinio skrandžio, į 70 (40%) į proksimalinės skrandžio, ir į 43 (25%) viso skrandį. Šimtas dešimt (63%) pacientų III etapas liga. Limfmazgių metastazės buvo pateikti 135 (77%) pacientų.
Genų ekspresijos lygis
iRNR raiškos lygius APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 ir Topo1 buvo aptikta visų navikų, su vidurine genų ekspresijos lygio, palyginti su namų ruošos ACTB nuo 4.32 už APTX (nuo 0,26-17,99, 95% pasikliautinasis intervalas (PI): 3,78-5,19), 7,91 už BRCA1 (nuo 0,37-29,04, 95% PI: 7,07-9,51), 14.03 už ERCC1 (nuo 0,33-46,30 , 95% PI: 13,01-17,07), 5,07 už ISG15 (ribos 0,04-34,24, 95% PI: 3,94-6,21) ir 7,51 už Topo1 (ribos 1,07-37,81, 95% PI: 6,38-9,17) (1 paveikslas) , Nemaža asociacija buvo pastebėtas tarp APTX mRNR ekspresijos lygį ir histologinio laipsnio (p pervežimas = 0,03), ir ISG15 mRNR ir lyties (p
= 0,017). Joks kitas ryšys tarp klinikinių charakteristikų, ir naviko mRNR lygių buvo nustatyta (2 lentelė). Tačiau stipri koreliacija pastebėta tarp iRNR ekspresijos lygio APTX ir BRCA1 (rho = 0,53, p
< 0,001), APTX ir ERCC1 (rho = 0,73, p pervežimas < 0,001), BRCA1 ir ERCC1 (rho = 0,48, p
< 0,001) naviko. 1 pav genų ekspresijos lygis APTX, BRCA1, ERCC1, ISG15 ir Topo1 175 pacientų analizuojami kiekybinio RT-PGR. Vertybės genų išraiškos buvo apskaičiuotos atsižvelgiant į lyginamosios Ct metodu, naudojant ACTB kaip endogeninio kontrolę. Mėlyna linija stovėjo vidurkis su 95% PI.
2 lentelėje geno išraiškos ir patologinių savybių
Būdinga
asociaciją Nr Ligonių
APTX iRNR
BRCA1 iRNR
ERCC1 iRNR
ISG15 iRNR
Topo1 iRNR


vidurkis ± SN
vidurkis ± SN
vidurkis ± SN
vidurkis ± SN
vidurkis ± SN
amžius Y
≥ 63
91 (52%)
4,81 ± 3,78
8,61 ± 5,73
15,28 ± 10,01
4,48 ± 3,69
8,03 ± 7,30
< 63
84 (48%)
4.09 ± 3.76
7,90 ± 5.95
14,75 9,28
± 5,79 6,90
7,47 5,81
± ± Lytis
Vyras
131 (75%)
4.77 ± 3.33
8,41 ± 5.57
15.74 10.19
± ± 5,62
7,95 7,17
± Moteris
44 (25%)
5.54 3.58 ± 3.29
7,92 ± 6,67
12,77 ± *
7,21 4,62
auglio vietą
Distalinė skrandžio
62 (35%)
7.30
3,53 ± 4,27 ± 4,79 ± 2,87 10,36
8,97 ± 6,52
16,12 ± 7,05 ± 7,75
8,09 ± 5,93
proksimalinės skrandžio
70 (40%)
4,16 ± 3,10
8,33 ± 5.72
13,97 ± 9,09
3,61 ± 2,64
7,40 ± 6,63
Sveikos skrandžio
43 (25%)
4.60 4.44
± 7,12 ± 4,74
15,31 ± 9,70
4,61 ± 3,43
7,06 7,94
± etapas
Aš
20 (11%)
4.25 ± 4.47
5,91 ± 3,40
13,40 ± 7,07
1.89 ± 0.83
5,89 ± 4,03
II
41 (23%)
4.19 3.01
± 8,58 ± 5,09
14,70 ± 9,56
6,76 7,96
± 8,91 ± 6.35
III
110 (63%)
4.66 3.38
± 8,19 ± 5,75
15,56 ± 10,16
4.67 4.01
± 7,70 7,07 ±
IV
4 (3%)
4,20 ± 4,61
15,88 ± 17,90
11,01 ± 5,00
7,25 ± 6,33
4,03 ± 1.63
histologinis klasės
2
36 (21% )
5,05 ± 3,54 *
10,97 ± 7,33
15,78 ± 9,52
4,86 ​​± 4,75
8,08 ± 6,61
3
81 (46%)
3,92 ± 3,55
7,81 ± 5,16
14,30 ± 9,64
3,68 2,75 6,08
±
7,18 ± Mišrūnė 1-2
6 (3%)
3,63 ± 4,51
7,17 ± 2.13
15,17 ± 12,40
8,00 ± 8,94
8.42 6.02
± Mišrūnė 2-3
52 (30%)
4,55 2,53
± 7,06 ± 5,27
15.65 ± 9,96
7,16 ± 7,74
7.18
8,44 ± limfmazgių metastazių
Nėra
40 (23%)
4.58 3.39
± 8,70 ± 5,08
14,68 ± 7,31
5,97 ± 8,17
7,48 4,47
± Taip
135 (77%)
4.46 ± 3.35
8,16 ± 6,05
15,16 ± 10,33
4,78 ± 4,12
7,87 ± 7,23
* p
< . 0,05
ryšį tarp genų ekspresiją ir chemosensitivity irinotekano
mokymo rinkinys, irinotekano jautrumas buvo sėkmingai išbandyta visų navikų, su slopinimo mediana norma 43,3% (nuo 2% -89%, PI: 39 % -47%). Nebuvo reikšmingas ryšys tarp irinotekano jautrumo ir klinikinių charakteristikų (3 lentelė), įskaitant amžių (p =
0,51), lyties (p =
0,77), auglio vietą (p =
0,64), stadijos ( p =
0,41), histologinis įvertinimas (p =
0,48) ir limfmazgių metastazės (p =
0,47). Tačiau, iRNR lygiai APTX (Rho = -0,48, P
< 0,001), BRCA1 (Rho = -0,49, P
< 0,001), ERCC1 (Rho = -0,42, P
< 0,001), ISG15 (rho = 0,34, p = 0,001
) ir Topo1 (rho = 0,43, p
< 0,001) parodė koreliaciją irinotekano jautrumo. Pacientai buvo reitinguojami pagal jų irinotekano slopinimo normos ir padalintas į irinotekano jautrių ir irinotekano atsparių grupių naudojant slopinimo mediana norma kaip lizdu [19]. Genų ekspresijos lygis APTX (P
< 0,001), BRCA1 (p
< 0,001) ir ERCC1 (p
< 0,001) buvo reikšmingai mažesnis irinotekano jautrių pacientų nei irinotekano atsparių pacientų , o ISG15 (p
= 0,047) ir Topo1 (p
= 0,002) buvo reikšmingai didesnis (pav 2A-E). ROC kreivės buvo sukurtas apskaičiuoti jautrumą ir specifiškumą kiekvienų geno prognozuojant irinotekanu jautrumas (pav 2G-J). Pagal ROC kreive sritys (AUC), jautrumas ir specifiškumas už irinotekano jautrumo remiantis APTX prognozavimas, BRCA1, ERCC1, ISG15 ir Topo1 iRNR lygiai buvo išvardytos lentelėje 4.Table 3 asociacija tarp irinotekano jautrumo ir klinikines charakteristikas
būdinga

Irinotekanas slopinimo lygis
Irinotekanas slopinimo lygis
reiškia (95% PI)
reiškia (95% PI)


mokymo rinkinys (n = 100)
nepriklausoma testavimo rinkinys (n = 75)
Amžius, m mediana (ribos)
≥ 63
42% ( 36-47%)
44% (31-57%)
< 63
45% (39-51%)
44% (34-54%)
seksas
Male
43% (38-47%)
42% (33- 51%)
Moteris
45% (36-55%)
50% (31-68%)
auglio vietą
distalinio skrandžio
42% (35-49%)
44% (28-60%)
Proksimalinės skrandžio
44% (38-51%)
47% (35-58%)
Sveikos skrandžio
43% (35 -51%)
37% (16-59%)
Stage
Aš
34% (21-47%)
36% (3-70%)
II
49% (40-57%)
50% (31-68%)
III
43% (38-48%)
44% (34-54%)
IV
33%
34%
histologinio laipsnio
2
41% (33-49%)
44% (21-68%)
3
42 % (36-48%)
39% (27-51%)
mišrus 1-2
54%
58%
Mišrūnė 2-3
46% (38- 54%)
49% (35-62%)
limfmazgių metastazių
Nėra
42% (33-51%)
46% (27-65%)
Taip
44% (39-48%)
44% (34-53%)
Parašas indekso
> 0.43
57% (52-63%) **
65% (61-70%) **
≤ 0,43
31% (27-36%)
22% (17 -28%)
** p
< . 0,001
2 paveikslas genų ekspresijos lygį APTX (P < 0,001) BRCA1 (P < 0,001) ir ERCC1 (P < 0,001) buvo reikšmingai mažesnis irinotekano jautrių pacientų nei irinotekano atsparių pacientų, o ISG15 (p = 0,047) ir Topo1 (p = 0,002) buvo gerokai didesnis. Dėžutė plotai parodė, mRNR ekspresijos lygį APTX (A), BRCA1 (B), ERCC1 (C), ISG15 (D) ir Topo1 (E) irinotekano, buvo neefektyvus jautrių ir irinotekano-atsparių grupėse atitinkamai (n = 100). Viduje dėžės linijos žymimas vidurkiai. Min Max: iš dėžutės sklypų ūsai. Grafikai ROC kreivės parodė, kad APTX (F), BRCA1 (G), ERCC1 (H), ISG15 (I) ir Topo1 (J) AUC prognozuoti irinotekanu jautrumą. Jautrumas (Y ašis) buvo brėžiamas prieš klaidingai teigiami frakcija. (1 - specifiškumą)
4 lentelė jautrumas ir specifiškumas penkių genų ekspresijos lygį už irinotekano jautrumo prognozavimas
genų
Chemotheraputic agentai
jautrumas
specifiškumas
AUC (95% PI)
P
APTX
Irinotekanas
73%
74%
<0,758 (0,669-0,847), 0,001
BRCA1
irinotekano
91%
58%
0.760 (0,673-0,846)
< 0.001
ERCC1
Irinotekanas
64%
79%
0.726 (0.632-0.821)
< 0,001 ISG15
irinotekano
59%
73%
0,617 (0.494-0.740) pervežimas 0,047
Topo1
Irinotekanas
48%
94%
0.664 (0.563-0.765) pervežimas 0,002
santykiai tarp SULF2 metilinimo ir jautrumo irinotekano
mokymo rinkinys, metilinimo statusas SULF2 buvo sėkmingai aptikti visų pacientų, su trisdešimt trijų (28%) vykdyti SULF2M ir aštuoniasdešimt keturių (72%), vežančių SULF2U. Nebuvo reikšmingas ryšys tarp SULF2 metilinimo statuso ir klinikines charakteristikas. Irinotekano slopinimo lygis buvo 49,8% (nuo 2% -89%, 95% PI: 41% -59%) ir SULF2M grupėje ir 40,2% už SULF2U grupės (nuotolio 2% -84%, 95% PI: 34% - 46%, p
= 0,08).
geno ekspresijos modelio sukūrimą ir jo ryšį su jautrumu irinotekano palyginimai, paremti ekspresijos lygį penkių genų ir statuso SULF2 metilinimo, mes pastatytas parašą per daugelį tiesinės regresijos analizę, kaip nurodyta metodų. Vieną iš trijų-genų parašu indeksas svyravo nuo 0,08 iki 0,99 su vidutinė vertė 0,43 ± 0,16. Ten buvo reikšminga koreliacija tarp indekso ir irinotekano jautrumas (rho = 0,71, p pervežimas < 0,001) (3A pav.) ROC kreivė buvo sukurtas apskaičiuoti jautrumą ir specifiškumą trijų genų pasirašymo prognozuojant irinotekanu jautrumas (3b pav.) AUC buvo 0,828 (95% PI: 0,755-0,901, p
< 0,001). Su ribine verte 0,43, jautrumas ir specifiškumas už irinotekano jautrumo, pagrįstą trimis-genų parašu prognozavimas pasiekė 73% ir 86%, atitinkamai. 3 paveikslas vertinimas ir įteisinimas trijų genų parašo irinotekano jautrumo prognozavimas. A, tai buvo reikšmingas ryšys tarp trijų genų parašo indekso ir irinotekano jautrumas (rho = 0,71, p
< 0,001). Indeksas (Y ašis) buvo brėžiamas prieš irinotekano slopinimo norma. "0.00" stovėjo be slopinimo, o "1.00" stovėjo už 100% slopinimo. Visi autoriai skaityti ir patvirtino galutinį rankraštį.

• Mechanizmai atsilieka tiesioginių padarinių Roux-en-Y skrandžio šuntavimo operacijos apie 2 tipo diabetes
• Išplėstinė skrandžio vėžys rodo ilgalaikę pilną remisiją reaguojant į S-1 monoterapijos: dviejų klinikinių atvejų