Genom analiza zaporedja Helicobacter pylori sevov povezana z razjede želodca in raka želodca

analiza genoma zaporedje Helicobacter pylori
sevov, povezanih z razjede želodca in raka želodca
Abstract
Ozadje
Stalna naselitve človeškega želodca s Helicobacter pylori
je povezana z asimptomatsko želodčno vnetje (gastritis) in povečano tveganje razjed dvanajstnika, razjed na želodcu in ne Cardia rakom želodca. V prejšnjih študijah so genoma zaporedja H. pylori so bili analizirani
seve od bolnikih z gastritisom ali dvanajstnika, bolezni želodca. V tej študiji smo analizirali genomov sekvence nekega H. pylori
sev (98-10), izoliranega iz pacienta z rakom želodca in H. pylori
seva (B128), izolirane iz bolnika z ulkusne bolezni želodca .
Rezultati primerjavo na podlagi multilocus sekvenčno tipizacijo, je sev 98-10 najtesneje povezana s H. pylori
sevov vzhodnoazijskega porekla in sev B128 je najtesneje povezana s sevi evropskega porekla. Strain 98-10 vsebuje več funkcij značilnost vzhodnoazijskih sevov, vključno z Váca
alel tip s1c in neke cagA
alel kodirajo EPIYA-D tirozin fosforilacijsko motiv je. Jedro genom 1237 genov je prisotna v vseh petih sevov, za katere so bili na voljo genoma zaporedja. Med 1237 osrednjih genov, je podmnožica alelov zelo razlikujejo v sevu vzhod azijskih 98-10, ki kodirajo proteine, ki razstavljene < 90% aminokislinsko zaporedje identitete v primerjavi z ustreznimi beljakovine v ostalih štirih sevov. Edinstvene specifični za sev geni so bile ugotovljene pri vsakem na novo zaporedjih, seve, in niz posamezne seve genov je bila porazdeljena med H. pylori
sevov, povezanih z rakom želodca ali predrakavih želodcu lezij.
Zaključek
Ti podatki omogočajo vpogled v raznolikost, ki obstaja med H. pylori
sevov iz različnih kliničnih in geografskih izvorov. Zelo različni aleli in specifični za sev geni, opredeljene v tej študiji, lahko predstavljajo koristne biomarkerjev za analizo geografsko razdelitev H. pylori
in za identifikacijo sevov sposobni inducirati malignih ali predrakave želodčne poškodbe.
Ozadje
Helicobacter pylori
je Gram-negativne-spiralne oblike bakterije, ki vztrajno colonizes človeški želodec [1]. Obstojne H. pylori
kolonizacija človeškega želodca je dejavnik tveganja za različne bolezni, vključno z ne-Cardia adenokarcinomom želodca, želodčni limfom, in peptične razjede [1, 2]. Pojavnost teh bolezni močno razlikuje po vsem svetu. Na primer, incidenca adenokarcinomom želodca je v vzhodni Aziji, Srednji Ameriki in Južni Ameriki precej višji kot v večini drugih delov sveta [3].
H. pylori
izolatov iz nepovezanih ljudi kažejo visoko stopnjo genetske raznolikosti [4, 5]. Genetske variacije zlahka detektirati z analiziranjem nukleotidnih sekvenc posameznih genov v različnih H. pylori
sevov [6]. H. pylori
alelna različnosti je verjetno posledica več dejavnikov, vključno z visoko stopnjo mutacije, visoko stopnjo intraspecies genetske rekombinacije, in dolgo evolucijsko zgodovino vrste [4, 7]. Ustrezne alelov v različnih H. pylori
sevov je običajno v nukleotidnih zaporedjih [4, 6], vendar je več H. pylori
geni kažejo veliko višjo stopnjo genetske raznolikosti 92-99% identična [8, 9].
Nadaljnje analize so pokazale, da je geografski razlike med H. pylori
sevov [10-16]. Na podlagi multilocus sekvenčno analizo panela 370 H. pylori
sevov izoliranih iz ljudi v različnih delih sveta, ki so bile ugotovljene sedem populacije sevov z različnimi geografskimi distribucije [17]. Te H. pylori
populacije odražajo migracije ljudi iz Afrike v druge dele sveta, v časovnem obdobju ocenjena na približno 58.000 let [12]. Geografske razlike med H. pylori
sevov bi lahko bila dejavnik, ki pomaga pojasniti različno incidenco H. pylori
-associated bolezni v različnih delih sveta.
Poleg tega, da za spremembe med H. pylori
sevi v zaporedja posameznih genov, obstajajo velike razlike med sevi v vsebini genov. Neka študija je analizirala genomske DNA iz 56 različnih H. pylori
sevov z uporabo metod niz hibridizacija opredeljena [18] 1150 genov, ki so bili prisotni v vseh testiranih sevov (tako predstavljajo "jedro" genom). Med 1531 genov analiziranih 25% so bili odsotni iz vsaj ene od 56. H. pylori
sevov. napovedal je, da bo na H. pylori
jedro genom je sestavljen iz 1.111 genov, če so bili veliko večji nabor izolatov testirali [18]. Druge študije so poročali obstoj osrednjih genomov, ki obsega 1091 ali 1281 genov, ki temeljijo na analizi matrične DNA 34 ali 15 H. pylori
sevov, v tem zaporedju [19, 20]. Neka študija je poročala, da je bil filogenija H. pylori
sevov, ki temeljijo na analizi MLST bistveno razlikuje od filogenija H. pylori
sevov, ki temelji na analizi vsebnosti genov [18].
Eden od najbolj presenetljiva razlike v genski vsebin med H. pylori
sevov je prisotnost ali odsotnost 40-kb regiji kromosomsko DNK znan kot otok OAS
patogenosti (PAI) [8, 21-24]. V Združenih državah Amerike in Evropi, približno 50-60% H. pylori
sevov vsebuje OAS
PAI in ostali sevi manjka to regijo kromosoma [8, 21-24]. V mnogih drugih delih sveta, vključno vzhodni Aziji, skoraj vse H
. pylori
sevi vsebujejo OAS
Pai [15, 25, 26]. H. pylori OAS
PAI kodira efektorske protein, CagA in izločanje aparat za tip IV, ki premikanjem CagA v epitelijskih celic želodca [27]. H. pylori
sevi OAS
so PAI povezana s povečanim tveganjem za non-Cardia raka želodca ali peptični ulkus v primerjavi s sevom, ki nimajo OAS
PAI [21, 28]. Korelacija med temi boleznimi in prisotnosti OAS
PAI daje zgled, kako se klinični izid H. pylori
okužbe določena v delu, ki ga genetskih značilnosti sevov, pri katerem je oseba, okuženih.
v prejšnjih študijah so bili analizirani celotne genome treh H. pylori
sevov [29-31]. Te tri H. pylori
sevi so bili izolirani pri bolnikih, ki so imeli gastritis, atrofični gastritis ali dvanajstniku bolezni razjede. V sedanji raziskavi smo skušali analizirati genetskih značilnosti H. pylori
sevov izoliranih iz bolnikov z dvema različnima H. ​​pylori
-associated bolezni: razjede želodca in raka želodca. Pri tej analizi smo izbrali želodčne razjede sev (B128), ki zlahka colonizes na želodcev miši in mongolskih peščene. Ta sev je posebnega pomena, saj derivat-žival pasaže seva B128 (sev 7.13) povzroča raka želodca v mongolska puščavska podgana modela [32, 33]. Za analizo želodčnega raka povezana H. pylori
seva, smo izbrali sev 98-10, ki je bil izoliran iz želodca bolnika z rakom na Japonskem [34], države z zelo visoko incidenco raka želodca [3 35].
Rezultati
Splošne značilnosti H. pylori
genomov
pred trenutne študije, popolne genoma zaporedja H. pylori
sevov izoliranih iz bolnikov s površnim gastritis, atrofični gastritis, ali duodenalni ulkus bila poročali [29-31]. V sedanji raziskavi smo analizirali genomov sekvence nekega H. pylori
seva (98-10), ki je bil izoliran iz pacienta z rakom želodca [34] in seva (B128), ki je bil izoliran od pacienta s želodca razjeda bolezni [32]. Splošne značilnosti obeh genomov analizirani v tekočem študiji v primerjavi s tremi predhodno zaporedjih genomov so zbrani v tabeli 1. Za identifikacijo prenesti genetski elementi, ki so lahko prisotne v dveh novih zaporedjih genomov smo nukleotidna zaporedja vsakega genoma uporablja kot poizvedbe iskanje za vstavljanje zaporedja baz podatkov http:.. //www-je biotoul fr. Strain 98-10 vsebuje ORF-jev (HP9810_5g1 in HP9810_5g2) homologne bralnim okvirjem najdemo v IS607 (pristop številka AF189015) [36]. Strain B128 vsebuje ORF-jev (HPB128_26g16, HPB128_26g17 in HPB128_26g18) homologne bralnim okvirjem najdemo v ISHp608 (število pristop AF357224), vendar nukleotidov vložki so napovedali, da bo motila transpozaze gen seva B128 [37]. IS607 in ISHp608 niso prisotna v katerem koli od treh H. pylori
sevov, za katere so bili prej na voljo genoma zaporedja. Prejšnja študija je poročala, da je bil IS607 odkrili pri približno 20% H. pylori
sevov [36]. ISHp608 je nonrandomly geografsko porazdeljena med H. pylori
sevov, in ta element so poročali, da je bolj obilen v sevov iz perujskih bolnikov z rakom želodca kot pri sevih iz perujskih bolnikih z gastritisom le [37] .table 1 Značilnosti H. pylori
genomi

H. pylori seva

26695

J99
HPAG1
98-10
B128
Izvor
Britaniji
ZDA
Švedska
Japonska
ZDA
bolezni statea
gastritis le
DU
AG
GC
GU
OAS
PAI
Da
Da
Da
Da
Da
Váca
genotip
s1a /m1
s1b /m1
s1b /m1
s1c /m1
s1a /m2h
velikost genoma (Mb)
1,67
1.64
1.61b
1.6c
1.6c
Skupaj št. od ORF
1564d
1491e
1544f
1527
1731
No. seva specifične genesg
69
23.
38
22
51
nadaljnji uporabnik, razjeda na dvanajstniku; AG, atrofični gastritis; GC, želodčni rak; GU, želodčni ulkus
b Vključuje 9,3 kb plazmida.
C Velikost genoma seva 98-10 temelji na analizi 51 velikih contigs, kot je opredeljeno v metode. Velikost genoma seva B128 temelji na analizi 73 velikih contigs.
D Ta analiza temelji na podatkih, prenesenih iz TIGR, ki obsega 1564 ORF-jev. V nasprotju s tem, miza na spletni strani seznamih TIGR 1587 ORF-ja v sev 26695 in GenBank zaporedje datotek vključujejo 1566 ORF-jev iz sev 26695.
e dodatnih ORF-jev, ki niso vključeni v tej celoti, nato pa so bili odkriti v sev J99 [43].
f HPAG1 kromosom vsebuje 1536 napovedal kodiranja beljakovin gene, preostanek pa so vsebovane na plazmidu.
g Present le eno od petih sevov analiziranih v tej študiji.
h Vaca
je okrnjena v sev B128.
MLST analizo H. pylori
sevov
v predhodnih študijah, je bila MLST analiza uporablja za razvrščanje H. pylori
izolatov v več haplogroups, ki imajo različne geografske porazdelitve [17]. Dodeliti dveh novih sekvenciramo H. pylori
seve na enem od zgoraj opisanih skupin prebivalstva, smo primerjali osem genskih sekvenc iz vsakega seva do ustreznih zaporedja 434 drugih H. pylori
izolatov z uporabo baze podatkov MLST kot opisano v metodah. Na podlagi te analize je bil sev 98-10 razvrščen kot član East azijske populacije grozdov in sev B128 je bil razvrščen kot članica Evropske grozda prebivalstva. A-sosed pridružili drevo, ki prikazuje odnose obeh novo zaporedjih sevov na reprezentativnih referenčnih sevov izoliranih iz različnih geografskih lokacijah je prikazano na sliki 1. grozdenja upodobljen na to, sosed pridružili drevo natančno odraža geografsko poreklo referenčnih sevov, in je v dogovor s prejšnjimi naloge referenčnih sevov za različne skupine prebivalstva [18]. V dogovoru s prejšnjo poročila [17], eno od prej zaporedje H. pylori
sevi (J99) je najtesneje povezana s sevov izoliranih v Zahodni Afriki, in drugega (26695) je najtesneje povezana s sevov izoliranih v Evropi . Tretji H. pylori
sev (HPAG1) analizirali v predhodni študiji je bila tesno povezana z sevov izoliranih v Evropi. Slika 1 prikazuje, da je sev 98-10 najtesneje povezana s sevi vzhodnoazijskega porekla, in zato, sev 98-10 pripada skupini prebivalstva, ki se razlikuje od tistih sevov, za katere so že poročali genoma zaporedja. Kolektivno, genomu sekvence so na voljo za analizo, predstavljajo tri glavne geografske populacije H. pylori
sevov [evropski (26695, HPAG1 in B128), zahodnoafriških (J99), in vzhodne Azije (98-10)]. Slika 1 Filogenetske strukturo, ki temelji na analizi sekvence 8 H. pylori osrednjih genov. H. pylori
sevi analizirani v tej sliki vključujejo seve 98-10, B128, tri sevov, za katere so bili genoma zaporedja prej določene (26.695, J99, HPAG1) in reprezentativne sevov izoliranih iz bolnikov na različnih geografskih lokacijah [18]. Podatek navaja lističev označb in države, v katerih so bile izolirane seve. Nukleotidna zaporedja iz sestavljenim MLST lokusov usklajeni in primerjali, kot je opisano v metodah. Vse pozicije, ki vsebujejo vrzeli in manjkajoče podatke so bili izločeni iz nabora podatkov. Bilo skupaj 3041 pozicije v končnem naboru podatkov. -Soseda pridružil drevesa so bili izdelani na podlagi razdalje, ki jih je ocenila za Kimura modelu 2-parametrov nukleotidov zamenjavo [57, 58]. Bootstrap soglasje drevo izhaja iz 1000 ponovitev je treba, da predstavlja evolucijsko zgodovino sevov analiziranih [59]. Podružnice, ki ustrezajo particije povzeta v manj kot 50% Bootstrap ponovitvi propadel. Drevo je treba na ravni, z dolžino panoge v istih enotah, kot so evolucijske razdalje, ki se uporabljajo za sklepanje filogenetske drevo. Filogenetski analize so bile izvedene v MEGA4 [63]. Pet H. pylori
sevov, za katere so bili na voljo zaporedjem nukleotidov, ki so označeni z diamanti. Tri glavne H. pylori
skupine prebivalstva (East azijske, evropske in West afriške) so prepoznavne.
Analiza cagA
in Vaca
CagA in Vaca sta dve pomembni H. pylori
virulence dejavniki, ki se izločajo z tipa IV izločanja poti in tip v (Autotransporter) izločanja poti, oziroma [14, 38]. Raznolikost v cagA
in Váca
genov je podrobno preiskati v prejšnjih študijah in raznolikost v teh genov zagotavlja podlago za tipkanje H. pylori
sevov [8, 13-15]. Zato smo analizirali cagA
in Váca
gene v vsakem od dveh novih zaporedjih sevov.
Ko je sev 98-10 inkubirana z AGS želodčnih epitelnih celic, kot je opisano predhodno [39], CagA doživela tirozinske fosforilacije (podatki niso prikazani), ki kaže, da ima ta sev funkcionalno tipa IV izločanje sistem prenosom CagA v gostiteljskih celicah [27]. CagA protein kodiran s sevom 98-10 vsebuje 3 EPIYA motive (straneh fosforilacijo tirozina), ki so bili imenovani EPIYA-A, EPIYA-B, in EPIYA-D [14]. Prisotnost EPIYA-D motiv za Značilnost H. pylori
sevov izoliranih v vzhodni Aziji [13, 14]. Brozgo Supernatant kulture iz seva 98-10 povzročil vakuolizacijo HeLa celic, kar kaže na prisotnost aktivne Vaca toksina. Ta sev vsebuje vrsto s1c /m1 Váca
alel, funkcijo, ki je značilen za H. pylori
sevov izoliranih v vzhodni Aziji [15, 40]. Identifikacija vzhodnoazijskega cagA
in Vaca
motivi v sevu 98-10 je v skladu z rezultati analize MLST, ki je razvrščena seva 98-10 kot član vzhodnoazijski populacijski skupini H. pylori
sevi.
Podobno seva 98-10, sev B128 ima funkcionalno tipa IV izločanje sistem, ki lahko translocira CagA v epitelijskih celic želodca in CagA nato opravi tirozin fosforilacijo [41]. CagA protein kodiran s sevom B128 vsebuje dve EPIYA motive, imenovanih EPIYA-A in EPIYA-C [14]. Strain B128 vsebuje tipa S1 /m2 Vaca
alel, ampak Vaca
mutacijo v tem sevu je napovedal, da se prepreči izražanje celovečerni Vaca beljakovin. Prisotnost slednjih mutacije smo potrdili z analizo nukleotidnih sekvenci Váca
fragment s PCR ojačeno. Analiza imunoblot uporabo več anti-Vaca antiserume je pokazala, da ta sev ni dalo zaznavno Vaca protein, in juho Supernatant kulture iz tega seva ni povzročila vakuolizacijo HeLa celice (podatki niso prikazani).
Karakterizacija H. pylori
core genom
označitve H. pylori
jedrnega genoma (tj genov, ki so stalno prisotna v vseh H. pylori
izolatov), ​​je zanimiv, ker je veliko takšnih geni verjetno, da bo potrebna za kolonizacijo človeškega želodca. Temelji na uporabi rezultata BLAST analizo razmerja, kot je opisano v metodah, smo ugotovili, 1237 genov, ki so bili prisotni v vseh 5 H. pylori
genomov (slika 2 in dodatna datotek 1). V prejšnji raziskavi, je bilo 56 različnih H. pylori
seve analizirali z metodologijo matrike, in jedro genom 1150 genov, so poročali, da je prisotna v vseh 56 sevov [18]. Med 1150 genov, ki so poročali, da vsebuje v H. pylori
jedro genom, ki temelji na analizi polja, so bili prisotni v vseh 5 sevov analiziranih v trenutni raziskavi 1094, kot je določeno s sekvenčno analizo. Seznam odkritih v vseh petih sevov s sekvenčno analizo ključnih genov, ne pa z analizo diod vključuje > 20 genov, ki se nahajajo znotraj CAG
PAI. Čeprav OAS
je PAI prisoten v vseh 5 sevov analiziranih v trenutni raziskavi, je ta regija DNK znano, da so odsotni od mnogih H. pylori
sevov [24]. Pet drugih grozdi sosednjih genov (vsak z vsaj 4 genov na gručo) so bili prisotni v vseh 5 zaporedjih sevi, vendar so bili odsotni iz seznama ključnih genov, ki jih analizo diod (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403 in HP1455-1458) (Dodatni datoteka 1). Razlike v imenovanje ključnih genov v sedanji raziskavi v primerjavi s prejšnjimi raziskavami lahko pripišemo številnih dejavnikov, vključno z razlikami v številu analiziranih sevov in razlik v metodologiji za odkrivanje genov. Slika 2: Primerjava predvidenih proteinski z analizo razmerja med BLAST-ocena (BSR). Na levi plošči kaže analiza BSR proteinov, ki jih kodirajo sev J99 in HPAG1, sev 26695 kot referenčni sev. Pravica plošča kaže analizo BSR proteinov, ki jih kodirajo seva 98-10 in B128, s sevom 26695 kot referenčni sev. Pristop BSR analizira vse proteine, predvidenih za kodirani s tremi genomov, s pomočjo mero podobnosti, ki temelji na razmerju Blast rezultatov, kot je opisano v metodah. Beljakovine upodobljenih v polje na spodnjem levem kotu (BSR < 0,4) ustrezajo beljakovine prisotne v referenčnem proteoma (sev 26.695), vendar odsotnosti iz dveh poizvedbe proteinski. V zgornjem desnem kvadrant predstavlja proteine ​​ohranjene v vseh treh proteinski.
Analizi 1237 osrednjih genov navedenih, da je bilo skoraj v vseh primerih razlike med aminokislinskimi sekvencami proteinov, ki jih kodirajo posamezne rodove. Parne primerjave proteinov, ki jih kodirajo različni sevi so pokazali, da je raven povezanosti v razponu od 65% do 100% identično amino kisline. Predstavnik Primerjava ključnih proteinov kodiranih z dvema sevov (98-10 in 26695), ki je prikazano na sliki 3. bili prepoznani le 11 genov, za katerega so aminokislinske sekvence iz kodiranih proteinov enaki med vsemi 5 sevov. Sedem od teh 11 genov, kodiranih ribosomskih beljakovine; drugi kodiran sproži translacijo faktor (IF-1), lipoproteinov (Lpp20), je flagellar bazalno telesno beljakovin (FliE) in protein neznane funkcije (HP0031). Slika 3 Povezanost ključnih proteinov predvidenih za kodiran s H. pylori sevov 98-10 in 26695. odkrila Nabor prisotne v vseh 5 H. pylori
sevov 1237 genov, kot je opisano v metodah. Sekvence aminokislinskega iz ustreznih proteinov, ki jih kodirajo sev 98-10 so bile uporabljene za iskanje bazo sekvenc iz seva 26695 pomočjo množice med seboj. Najboljša tekma je bila ugotovljena, in identiteta odstotka amino kisline smo izračunali. Histogram prikazuje število ORF-EU z označeno stopnjo identitete amino kisline.
Analizo različnih genov v East Asian, povezane z rakom H. pylori
sev
H. pylori
sevi izoliran od nepovezanih ljudje kažejo alelov raznolikost (običajno 92-99% nukleotidov identitete med ustreznimi alelov), ki nudi osnovo za razvrščanje sevov v skupinah prebivalstva preko analize MLST. Več geni kažejo bistveno višjo raven alelov raznolikosti. Na primer, vsaj dva gena (cagA
in sel1
homolog) znano, da je izrazito različnih v vzhodni Aziji H. pylori
sevov v primerjavi z zahodnimi H. pylori
sevov [13, 14 42]. Domnevali smo, da lahko dodatni geni zelo razlikujejo v sevu vzhod azijskih 98-10 primerjavi z drugimi 4 zaporedjih sevi. Identificirati genske produkte, ki jih kodira genom 98-10, ki so precej razlikujejo glede na proizvode, ki jih kodirajo druge 4 genomov smo se osredotočili na analizo 1237 ključnih genov, ki so prisotne v vseh 5 zaporedjih sevov. Z uporabo pristopa, opisanega v metodah, smo ugotovili 8 genske produkte, ki so bili zelo razhajajo v azijskega seva East v primerjavi z drugimi štirimi sevi (tabela 2). Ti vključujejo CagA in sel1
homolog, ki so bili pred tem poročali, da so izrazito različnih v vzhodnoazijskih sevov v primerjavi s sevi iz drugih delov sveta [13, 42]. aminokislinske sekvence teh različnih proteinov, ki jih kodirajo japonskega sev 98-10 sta vsak < 90% identična zaporedja ustrezajo proteine ​​iz ostalih štirih sevov (tabela 2). V vsakem primeru so bili različni aleli v sevu 98-10 in ustrezne alelov v drugih štirih sevov obdajata isti kromosomske genes.Table 2 zelo različna alela v East Asian seva 98-10
Gene število
(98-10)
Gene številka (26.695)
Opis
% aa identiteta (98 -10)
% aa identiteta
(non-98-10) b
% edinstveni strani c

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
homolog
72
92
21
HP9810_889g32
HP0519d
sel1
homolog
73
92
15
HP9810_905g13
HP0547
cagA

79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
A sekvence pokazane genskih produktov v sevu 98-10 smo primerjali z ustreznimi sekvenc v vsaki od drugih 4 sevov (26.695, J99, HPAG1 in B128) smo izračunali, in pomenijo identitete% amino kislin, kot je opisano v metodah.
b bile sekvence navedenih genskih produktov iz vsakega seva primerjali vseh permutacij, razen tega, da so bile primerjave vključujejo sev 98-10 izključeni iz analize. Pomeni identitete% amino kislin smo izračunali kot je opisano v metodah.
CPercentage izmed poravnanih območij, v katerih protein iz seva 98-10 vsebuje aminokislino razlikuje od ustreznih aminokislin v beljakovine, iz 4 drugih sevov.
DReported do je sestavina H. pylori
jedrnega genoma, ki temelji na vsaj eno analizo diod [18-20].
Kot je prikazano na sliki 1, je sev J99 najtesneje povezana s H. pylori
sevov izolirani v Zahodni Afriki, prebivalstva grozda drugačne od tistih v drugih sevov, za katere so bili na voljo genoma zaporedja. Zato smo hipotezo, da bi lahko posebni geni zelo razlikujejo v zahodnoafriške seva J99 primerjavi z drugimi 4 zaporedjih sevi. Identificirati te gene, smo uporabili enak pristop, kot je opisano zgoraj. Štiri edinstvene zelo različni aleli so bile ugotovljene pri sev J99 (tabela 3), vsak kodiranja izdelkov, ki so bili < 90% identični z ustreznimi beljakovine v drugih štirih sevov. Edinstvene zelo različni aleli ni bilo mogoče zlahka identificirati v sevov 26695, HPAG1 ali B128. Omembe vredna je bila identifikacija zelo divergentnih Váca
alel v sev B128 (gen HPB128_147g10). Identifikacija Vaca
kot je divergentna alel v sev B128 pripisati prisotnosti s1 /m2 Vaca
alel v tem sevu in prisotnosti S1 /m1 alelov v štirih drugih sevov; m1 in m2 oblike VacA običajno kažejo samo 60-70% identitete aminokislinske v srednjem območju proteina [38] .table 3 zelo različna alelov v sev J99
Gene število
(J99)
številka Gene (26.695)
Opis
% aa identitete (J99)

% aa identitete (non-J99) b
% edinstveni strani c

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
A sekvence navedenih genskih produktov iz seva J99 smo primerjali z ustreznimi sekvenc v vsaki od ostalih 4 sevov (26.695, HPAG1, B128 in 98-10), in pomenijo bili izračunani identitete% aminokislin.
B zaporedja navedenih genskih produktov iz vsakega seva smo primerjali vseh permutacij, razen tega, da so bile primerjave vključujejo sev J99 izključeni iz analize. Pomeni Izračunali smo identitete% aminokislin.
CPercentage izmed poravnanih območij, v katerih protein iz sevov J99 vsebuje aminokislino razlikuje od ustreznih aminokislin v beljakovine, iz 4 drugih sevov.
D Poročali biti sestavni izmed H. pylori
jedro genom, ki temelji na vsaj eno analizo diod [18-20].
Identifikacija novih seva posamezne gene
za identifikacijo sev specifičnih genov nedvomno prisotne v eni od dveh novih sekvenciramo genomi, vendar ne prej zaporedje H. pylori
genome, smo ponovno uporabili analizo razmerja rezultat BLAST, kot je opisano v metode (slika 2). Strain 98-10 vseboval 22 novih lističev specifične gene in sev B128 je vseboval 51 (Dodatne datotek 2 in 3). Poleg tega smo ugotovili 16 gene, ki so prisotne v obeh sevu 98-10 in B128, vendar niso prisotne v katerem koli od prej zaporedjih sevov (Dodaten datotek 4). Več od posamezne seve, ORF-jev v H. pylori
sevov 98-10 in B128 so < 100 nukleotidov, in ni gotovo, ali so te zelo kratki proteini iz bralnih okvirjev dejansko prevedeni v proteinov. Analiza edinstven sev specifičnih genov v treh prej zaporedje H. pylori
genomov (26.695, J99, in HPAG1) je pokazala podobno število edinstvenih posamezne seve genov (tabela 1), ki so bili opisani v prejšnjih študijah [ ,,,0],29-31].
za opredelitev možnih funkcij najdemo le v sevu 98-10 ali B128 posamezne seve genov (ali obeh 98-10 in B128), je bilo sklepati proteinske sekvence uporabljajo kot poizvedbe za BLAST iskanje AN NCBI baza neodvečnih proteinskimi sekvencami (tabela 4 in dodatnih datotek 2, 3, 4). Večina posamezne seve, beljakovin izključno v sevu 98-10 ali B128 niso bili tesno povezani z nobenim znanim beljakovine ali pa so bili povezani na beljakovine v zbirki podatkov, za katere so funkcije ni znana. Nekaj ​​jih najdemo izključno v sevu 98-10 ali B128 posamezne seve, geni so odkrita v sevi H. pylori
za katere niso bile določene genoma zaporedja. Kot je opisano zgoraj, so bile ugotovljene vstavljanje sekvenc in-transpozaza kodiranje genov (IS607 in ISHp608). Dve specifični za sev geni v H. pylori
seva B128 (HPB128_11g15 in HPB128_11g23) kodirani proteini, povezane z vrsto sestavnih delov izločanje IV sistema (VirB9 in VirD4, v tem zaporedju). Geni v tej skupini (v dolžini HPB128_11g15 do HPB128_11g23) niso bili odkriti v prvotnih genomske analize sevov J99, 26695, ali HPAG1 [29-31], vendar so pozneje odkrili v sev J99 in več drugih H. pylori
sevi [43] .table 4 posamezne seve H. pylori
geni prisotni izključno v sevu 98-10 ali B128

Število genov v je navedeni sev (s)

98-10
B128
98-10 in B128
Skupno število seva -specifična genesa
22
51
16
Funkcionalna razred
transpozaza
2
3
6
Vrsta gen izločanje IV clusterb
0
7
0
Hipotetični
17
37
9
Ne podatkovna baza tekma
8
8
2
Najmanjša tekma nima znana funkcija
9
29
7
Drugi
3
4
1
Gene otoki, ki vsebujejo sev specifično genesc
2
11
3
aPresent v navedenem sevu (i), vendar ne v katerem koli od drugih štirih sevov, za katere so na voljo genoma zaporedja.
bThis skupino genov ni bila odkrita v prvotni analizi genoma iz seva J99, vendar je bila kasneje odkrita v sev J99 [43].
cFor te analize, je otok šteje, da je prisoten, če sta dva ali več lističi specifičnih genov v sosednjih kromosomske loci.
Zanimivo je, da sev B128 vsebuje več genov (HPB128_155g19, HPB128_156g11 , HPB128_156g12, HPB128_184g1, HPB128_190g1) predvideva, da kodirajo proteine, ki so tesneje povezane z proteinov, ki jih kodirajo H. acinonychis
(Helikobakter
vrste izolirali iz velike mačke) [44] ali H. cetorum
(a Helicobacter
izolirane vrste iz morskih sesalcev) [45], kot pa katerikoli že poročali H. pylori
proteinske sekvence (Dodatne datoteke 3). http://​www.​softberry.​com/​berry.​phtml?​topic=​fgenesb&​group=​programs&​subgroup=​gfindb[56],

• Želodec pullup za pregorele požiralnika, izkušnja 44 cases
• Raznolikost v interakcijah bakterije in gostitelji znotraj vrste Helicobacter heilmannii sensu stricto