análisis de la secuencia del genoma de cepas de Helicobacter pylori asociados con la ulceración gástrica y análisis de la secuencia del genoma cancer

gástrica de Helicobacter pylori
cepas asociadas con la ulceración gástrica y cáncer gástrico
Abstract
Antecedentes colonización
persistente del estómago humano por Helicobacter pylori
se asocia con inflamación asintomática gástrica (gastritis) y un mayor riesgo de úlcera duodenal, úlcera gástrica, y el cáncer gástrico no cardias. En estudios anteriores, las secuencias del genoma de H. pylori se han analizado
cepas de pacientes con gastritis o la úlcera duodenal. En este estudio, se analizaron las secuencias del genoma de una cepa de H. pylori
(98-10) aislado de un paciente con cáncer gástrico y una cepa de H. pylori
(B128) aisladas de un paciente con la enfermedad de úlcera gástrica .
: resultados de la sobre la base de la secuencia de multilocus escribiendo, 98-10 cepa fue más estrechamente relacionada con H. pylori
cepas de origen y la tensión de Asia Oriental B128 fue más estrechamente relacionado con cepas de origen europeo. La cepa 98-10 contenía múltiples rasgos característicos de las cepas del Este de Asia, incluyendo un tipo s1c vacA
alelo y un cagA
alelo que codifica un motivo de fosforilación de la tirosina EPIYA-D. Un núcleo del genoma de los genes 1237 estaba presente en los cinco cepas para los que se disponía de las secuencias del genoma. Entre los 1237 genes de núcleo, un subconjunto de alelos fue altamente divergente en la cepa de Asia Oriental 98-10, que codifican proteínas que exhiben < 90% de identidad de secuencia de aminoácidos en comparación con las proteínas correspondientes en las otras cuatro cepas. únicos genes específicos de la cepa fueron identificados en cada una de las cepas recién secuenciado, y un conjunto de genes específicos de la cepa se comparten entre las cepas de H. pylori
asociados con el cáncer gástrico o de lesiones gástricas premalignas.
Conclusión Estos
datos proporcionan una idea de la diversidad que existe entre las cepas de H. pylori
de diversos orígenes geográficos y clínicos. alelos altamente divergentes y cepa específica de genes identificados en este estudio pueden representar biomarcadores útiles para el análisis de la partición geográfica de H. pylori Opiniones y para la identificación de cepas capaces de inducir lesiones gástricas malignas o premalignas.
Antecedentes
Helicobacter pylori
es una bacteria en forma de espiral Gram-negativa que coloniza el estómago persistente humana [1]. Persistente H. pylori
colonización del estómago humano es un factor de riesgo de varias enfermedades, incluyendo adenocarcinoma no cardias gástrico, linfoma gástrico, y ulceración péptica [1, 2]. La incidencia de estas enfermedades varía considerablemente en todo el mundo. Por ejemplo, la incidencia de adenocarcinoma gástrico es sustancialmente mayor en el Este de Asia, América Central y América del Sur que en la mayoría de las otras partes del mundo [3].
H. pylori
aislados de los seres humanos no relacionados exhiben un alto nivel de diversidad genética [4, 5]. La variación genética es fácilmente detectable mediante el análisis de las secuencias de nucleótidos de los genes individuales en diferentes H. pylori
cepas [6]. H. pylori
diversidad alélica es probablemente la consecuencia de múltiples factores, incluyendo una alta tasa de mutación, una alta tasa de recombinación genética intraespecífica, y una larga historia de la evolución de las especies [4, 7]. Correspondientes alelos en diferentes H. pylori
cepas son típicamente 92 a 99% idénticos en las secuencias de nucleótidos [4, 6], pero varios genes de H. pylori
exhiben un nivel mucho más alto de la diversidad genética [8, 9].
Otros análisis han demostrado que existe una variación geográfica entre las cepas de H. pylori
[10-16]. Con base en el análisis de secuencias multilocus de un panel de 370 cepas de H. pylori
aislados de humanos en diferentes partes del mundo, se han identificado siete poblaciones de cepas con distribuciones geográficas distintas [17]. Estos H. pylori
poblaciones reflejan la migración de los seres humanos desde África hacia otras partes del mundo durante un período de tiempo estimado en aproximadamente 58.000 de años [12]. Las diferencias geográficas entre H. pylori
cepas potencialmente podrían ser un factor que ayuda a explicar la incidencia variable de H. pylori enfermedades -asociado
en diversas partes del mundo.
además de la variación entre H. pylori
cepas en las secuencias de genes individuales, hay una considerable variación entre las cepas en el contenido de genes. Un estudio analizó el ADN genómico de 56 cepas de H. pylori
diferentes métodos que utilizan la gama de hibridación e identificado 1150 genes que estaban presentes en todas las cepas probadas (que representan por lo tanto un genoma "núcleo") [18]. Entre 1531 genes analizados, 25% eran ausente de al menos una de las 56 H. pylori
cepas. Se predijo que el H. pylori
núcleo del genoma constaría de 1.111 genes, si un conjunto mucho mayor de los aislamientos fueron probados [18]. Otros estudios han informado de la existencia de genomas de núcleo que comprende 1091 o 1281 genes, basados ​​en el análisis de microchips de ADN de 34 ó 15 cepas de H. pylori
, respectivamente [19, 20]. Un estudio informó que la filogenia de las cepas de H. pylori
basados ​​en el análisis MLST era sustancialmente diferente a la filogenia de las cepas de H. pylori
basado en el análisis de contenido de genes [18].
Uno de los más llamativos las diferencias en el contenido de genes entre H. pylori
cepas es la presencia o ausencia de una región de 40 kb de DNA cromosómico conocida como la isla de patogenicidad cag
(PAI) [8, 21 a 24]. En los Estados Unidos y Europa, alrededor del 50-60% de H. pylori
cepas contienen el cag
PAI y las cepas restantes carecen de esta región del cromosoma [8, 21 a 24]. En muchas otras partes del mundo, incluyendo Asia Oriental, casi todos H
. pylori
cepas contienen el cag PAI
[15, 25, 26]. El H. pylori cag PAI
codifica una proteína efectora, CagA, y un aparato de secreción tipo IV, que se transloca CagA en las células epiteliales gástricas [27]. H. pylori
cepas que albergan el cag
PAI están asociados con un mayor riesgo de cáncer gástrico no cardias o la enfermedad de úlcera péptica en comparación con las cepas que carecen de la cag
PAI [21, 28]. La correlación entre estas enfermedades y la presencia del cag PAI
proporciona un ejemplo de cómo la evolución clínica de la infección por H. pylori
está determinada en parte por las características genéticas de las cepas con las que una persona está infectada.
en estudios anteriores, los genomas completos de tres cepas de H. pylori
han sido analizados [29-31]. Estos tres cepas de H. pylori
fueron aisladas de pacientes con gastritis, gastritis atrófica, o enfermedad de úlcera duodenal. En el presente estudio, hemos tratado de analizar las características genéticas de las cepas de H. pylori
aisladas de pacientes con H. pylori dos
enfermedades -asociado diferentes: la úlcera gástrica y cáncer gástrico. Para este análisis, se seleccionaron una cepa úlcera gástrica (B128) que coloniza rápidamente los estómagos de los ratones y jerbos mongoles. Esta cepa es de particular interés porque un derivado de pases animal de la cepa B128 (cepa 7,13) hace que el cáncer gástrico en un modelo de gerbo de Mongolia [32, 33]. Para un análisis de un cáncer asociado a H. pylori cepa
gástrica, se seleccionó la cepa 98-10, que fue aislado de un paciente de cáncer gástrico en Japón [34], un país con una muy alta incidencia de cáncer gástrico [3 , 35].
: resultados de la características generales de H. pylori genomas
Antes de este estudio, las secuencias completas del genoma de H. pylori
cepas aisladas de pacientes con gastritis superficial, atrófica gastritis o la úlcera duodenal se había informado [29-31]. En el estudio actual, se analizaron las secuencias del genoma de una cepa de H. pylori
(98-10) que se aisló de un paciente con cáncer gástrico [34] y una cepa (B128) que se aisló de un paciente con gástrica enfermedad de úlcera [32]. Características generales de los dos genomas analizados en el presente estudio, en comparación con tres genomas previamente secuenciados se resumen en la Tabla 1. Para identificar elementos genéticos transponibles que pueden estar presentes en los dos nuevos genomas secuenciados, las secuencias de nucleótidos de cada genoma fueron utilizados como consultas para buscar una base de datos de secuencia de inserción http:.. //www-es biotoul fr. La cepa 98-10 contenía ORF (HP9810_5g1 y HP9810_5g2) homólogas a ORF se encuentran en IS607 (número de acceso AF189015) [36]. B128 Strain contenía ORFs (HPB128_26g16, HPB128_26g17, y HPB128_26g18) homólogas a ORFs que se encuentran en ISHp608 (número de acceso AF357224), pero inserciones de nucleótidos se prevé que interrumpir el gen de transposasa en la cepa B128 [37]. IS607 y ISHp608 no están presentes en ninguna de las tres cepas de H. pylori
para los que anteriormente estaban disponibles secuencias del genoma. Un estudio anterior informó de que IS607 se detectó en el 20% de H. pylori
cepas [36]. ISHp608 se distribuye geográficamente no aleatoria entre las cepas de H. pylori
, y este elemento se informó a ser más abundantes en las cepas de pacientes con cáncer gástrico peruanos que en cepas de pacientes con gastritis peruanos sólo [37] .table 1 Características de H. pylori
genomas

H. pylori cepa

26695
J99
HPAG1
98-10
B128
origen
Reino Unido
estadounidense en Suecia
Japón
de EE.UU.
Enfermedad stateâ
Gastritis única
DU
AG
GC
GU
cag PAI

Sí Sí

Sí
Sí Sí

vacA
genotipo
S1A /m1
S1B /m1
S1B /m1
s1c /m1
S1A /m2h
El tamaño del genoma (Mb)
1,67 1,64

1.61b
1.6c 1.6c

Nº total. de ORFs
1564d
1491e
1544f
1527
1731 Nº
genesg de la cepa específica
69
23
38
22
51
un DU, úlcera duodenal; AG, gastritis atrófica; GC, cáncer gástrico; GU, úlcera gástrica
B incluye un plásmido de 9,3 kb.
C El tamaño del genoma de la cepa 98-10 se basa en el análisis de 51 grandes contigs, tal como se define en los métodos. El tamaño del genoma de la cepa B128 se basa en el análisis de 73 grandes contigs.
D El presente análisis se basa en los datos descargados de TIGR, que comprende 1564 ORF. Por el contrario, una tabla en la página web las listas de TIGR 1587 ORFs en la cepa 26695, y los archivos de secuencias de GenBank incluye 1566 ORFs de la cepa 26695.
e ORF adicionales, no incluidos en este total, se detectaron posteriormente en la cepa J99 [43]. f
el cromosoma contiene 1.536 HPAG1 predijo genes codificadores de proteínas, y el resto están contenidos en un plásmido.
g presentes en sólo una de las cinco cepas analizadas en este estudio.
h vacA
es truncada en cepa B128.
MLST análisis de cepas de H. pylori
Hoteles en estudios previos, análisis MLST se ha utilizado para clasificar H. pylori
aislados en varias haplogrupos que tienen distribuciones geográficas distintas [17]. Para asignar los dos H. pylori
cepas recién secuenciados a uno de los grupos de población descritos anteriormente, se compararon ocho secuencias de genes de cada cepa a los correspondientes secuencias de otros 434 H. pylori
aislamientos, utilizando una base de datos MLST como se describe en los métodos. Sobre la base de este análisis, la cepa 98-10 fue clasificado como un miembro de la agrupación de la población y la cepa B128 de Asia Oriental fue clasificado como miembro de la agrupación población europea. Un árbol vecino a participar que representa las relaciones de las dos cepas recién secuenciado a cepas de referencia representativos aisladas de diversas ubicaciones geográficas se muestra en la Figura 1. La agrupación representada en este árbol vecino a participar refleja con precisión los orígenes geográficos de las cepas de referencia, y se encuentra en de acuerdo con las asignaciones anteriores de las cepas de referencia a distintos grupos de población [18]. De acuerdo con un informe anterior [17], uno de los previamente secuenciados H. pylori cepas
(J99) fue más estrechamente relacionados con las cepas aisladas en el África occidental, y otro (26695) fue más estrechamente relacionados con las cepas aisladas en Europa . Un tercer H. pylori cepa
(HPAG1) analizados en un estudio previo estaba estrechamente relacionado con cepas aisladas en Europa. La Figura 1 ilustra que la cepa 98-10 está más estrechamente relacionado con cepas de origen del Este de Asia, y por lo tanto, la cepa 98-10 pertenece a un grupo de población diferentes de las de las cepas para las que se informó anteriormente secuencias del genoma. En conjunto, las secuencias del genoma disponibles para el análisis representan tres principales poblaciones geográficas de H. pylori
cepas [Europea (26695, HPAG1, y B128), África Occidental (J99), y el Este de Asia (98-10)]. La figura 1 estructura filogenético basado en el análisis de secuencia de 8 genes centrales H. pylori. H. pylori
cepas analizadas en esta figura incluyen cepas 98-10, B128, tres cepas para las que se determinaron previamente las secuencias del genoma (26695, J99, HPAG1), y las cepas aisladas de pacientes representativos en diversas ubicaciones geográficas [18]. La figura muestra las designaciones de las cepas y los países en los que se aislaron cepas. Las secuencias de nucleótidos de la concatenado loci MLST fueron alineados y comparados, como se describe en Métodos. Todas las posiciones que contienen lagunas y los datos que faltan, fueron eliminados del conjunto de datos. Hubo un total de 3041 puestos en el último conjunto de datos. árboles vecinos a participar se construyeron sobre la base de las distancias estimadas por el modelo de Kimura 2-parámetro de sustitución de nucleótidos [57, 58]. El árbol de consenso de arranque inferirse de 1000 repeticiones se toma para representar la historia evolutiva de las cepas analizadas [59]. Ramas correspondientes a las particiones reproducen en menos del 50% repeticiones de arranque se contraen. El árbol está dibujado a escala, con las longitudes de rama en las mismas unidades que las de las distancias evolutivas utilizadas para inferir el árbol filogenético. Los análisis filogenéticos se realizaron en MEGA4 [63]. Cinco cepas de H. pylori
los que se dispone de secuencias del genoma se denotan por los diamantes. Tres pylori
grupos de población principales (H. Este de Asia, Europa y África Occidental) son identificables.
Análisis de cagA y vacA

CagA y VacA son dos importantes H. pylori
factores de virulencia que son secretadas por una vía de secreción de tipo IV y una vía de tipo V (autotransporter) secreción, respectivamente [14, 38]. La diversidad en cagA y vacA

genes se ha investigado en detalle en estudios previos, y la diversidad en estos genes proporciona una base para la tipificación de las cepas de H. pylori
[8, 13-15]. Por lo tanto, analizamos la cagA y vacA

genes en cada una de las dos cepas recién secuenciado.
Cuando cepa 98-10 se incubó con las células epiteliales gástricas AGS como se describe anteriormente [39], se sometieron a CagA fosforilación de la tirosina (datos no presentados), lo que indica que esta cepa tiene un sistema de secreción de tipo IV funcional para la translocación de CagA en las células huésped [27]. La proteína codificada por CagA cepa 98-10 contiene 3 motivos EPIYA (sitios de fosforilación de la tirosina), que han sido designados EPIYA-A, EPIYA-B, y EPIYA-D [14]. La presencia de un motivo EPIYA-D es característico de H. pylori
cepas aisladas en el este de Asia [13, 14]. Caldo de cultivo sobrenadante de la cepa 98-10 causada vacuolización de las células HeLa, que indica la presencia de una toxina VacA activo. Esta cepa contiene un tipo s1c /m1 de vacA
alelo, una característica que es característico de H. pylori
cepas aisladas en el este de Asia [15, 40]. Identificación de Asia Oriental cagA y vacA

motivos en la cepa 98-10 es consistente con los resultados del análisis MLST, que clasifica cepa 98-10 como miembro de la agrupación Oriente población asiática de H. pylori
cepas.
similares a la cepa 98-10, cepa B128 tiene un sistema de secreción de tipo IV funcional que puede trasladar CagA en las células epiteliales gástricas y, posteriormente, se somete a CagA tirosina fosforilación [41]. La proteína codificada por CagA B128 cepa contiene dos motivos EPIYA, designados EPIYA-A y EPIYA-C [14]. B128 cepa contiene un tipo s1 /m2 vacA
alelo, pero un vacA
mutación en esta cepa se predice para evitar la expresión de una proteína VacA de longitud completa. La presencia de esta última mutación se confirmó por análisis de la secuencia de nucleótidos de un vacA
fragmento amplificado por PCR. El análisis por inmunotransferencia usando múltiples antisueros anti-VacA indica que esta cepa no produjo una proteína VacA detectable, y caldo de cultivo sobrenadante de esta cepa no causó vacuolización de las células HeLa (datos no mostrados).
Caracterización de la H. pylori
núcleo del genoma
Delineación de un H. pylori
núcleo del genoma (es decir, genes que son constantemente presente en todos los aislados de H. pylori
) es de interés, ya que muchos de estos genes pueden ser necesarios para la colonización del estómago humano. Basado en el uso de análisis de la relación puntuación BLAST como se describe en los métodos, se identificaron 1237 genes que estaban presentes en los 5 H. pylori
genomas (Figura 2 y archivo adicional 1). En un estudio previo, 56 H. pylori
diferentes cepas se analizaron mediante la metodología de la matriz, y se informó de un núcleo del genoma de 1150 genes que estar presente en todas las 56 cepas [18]. Entre los 1150 genes reportados para comprender el H. pylori
núcleo del genoma basado en el análisis de matriz, 1094 estaban presentes en todas las 5 cepas analizadas en el estudio actual, como se determina por análisis de la secuencia. La lista de genes esenciales detectados en todas las cinco cepas por análisis de la secuencia, pero no por análisis de matriz incluye > 20 genes situados dentro de la cag
PAI. Aunque el cag PAI
está presente en los 5 cepas analizadas en el estudio actual, esta región del ADN es conocido por estar ausente de muchas cepas de H. pylori
[24]. Otros cinco grupos de genes contiguos (cada uno con al menos 4 genes por grupo) estaban presentes en todas las 5 cepas secuenciadas, pero estuvieron ausentes de la lista de los principales genes identificados por el análisis conjunto (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403, y HP1455-1458) (archivo adicional 1). Las diferencias en la designación de los genes esenciales en el estudio actual en comparación con estudios anteriores se pueden atribuir a numerosos factores, incluyendo diferencias en el número de cepas analizadas y las diferencias en la metodología para la detección de genes. Figura 2 Comparación de los proteomas predichas por análisis de la relación BLAST-score (BSR). El panel izquierdo muestra un análisis de BSR de proteínas codificadas por la cepa J99 y HPAG1, con la cepa 26695 como la cepa de referencia. El panel derecho muestra un análisis de BSR de las proteínas codificadas por la cepa B128 y 98-10, con la cepa 26695 como la cepa de referencia. El enfoque BSR analiza todas las proteínas predichas para ser codificada por tres genomas, utilizando una medida de similitud basada en la relación de las puntuaciones de BLAST, como se describe en los métodos. Las proteínas representadas dentro de la caja en la esquina inferior izquierda (BSR < 0,4) corresponden a las proteínas presentes en el proteoma de referencia (cepa 26695), pero ausente de las dos proteomas de consulta. El cuadrante superior derecho representa proteínas conservadas en los tres proteomas.
Un análisis de los 1237 genes centrales indicaron que, en casi todos los casos, no hubo diferencias en las secuencias de aminoácidos de las proteínas codificadas por las cepas individuales. Las comparaciones por pares de proteínas codificadas por diferentes cepas indicaron que los niveles de relación varió de 65% a la identidad de aminoácidos 100%. Una comparación representativa de las proteínas del núcleo codificadas por dos cepas (98-10 y 26695) se muestra en la figura 3. Sólo se identificaron 11 genes para los que las secuencias de aminoácidos de las proteínas codificadas fueron idénticas entre los 5 cepas. Siete de estos 11 genes codificados proteínas ribosomales; otros codifican un factor de iniciación de la traducción (IF-1), una lipoproteína (Lpp20), una proteína del cuerpo basal flagelar (Flie), y una proteína de función desconocida (HP0031). Figura 3 relación de las proteínas del núcleo prevé que ser codificada por cepas de H. pylori 98-10 y 26695. Se identificó un conjunto de 1237 genes presentes en los 5 H. pylori
cepas, tal como se describe en los métodos. Las secuencias de aminoácidos deducidas de las proteínas correspondientes codificadas por cepa 98-10 se utilizaron para buscar una base de datos de secuencias de 26695 cepa utilizando FASTA. Se identificó el mejor partido, y se calculó el porcentaje de ácido amino identidad. El histograma muestra el número de ORFs que exhiben el nivel indicado de identidad de aminoácidos.
Análisis de los genes divergentes en un H. Asia oriental asociada al cáncer pylori cepa
cepas de H. pylori aisladas de
no relacionada los seres humanos exhiben la diversidad alélica (típicamente 92-99% de identidad de nucleótidos entre los alelos correspondientes), que proporciona una base para la clasificación de las cepas en grupos de población a través de análisis MLST. Varios genes que exhiben un nivel sustancialmente más alto de la diversidad alélica. Por ejemplo, al menos dos genes (cagA
y un SEL1
homólogo) son conocidos por ser marcadamente divergentes en el Este de Asia H. pylori
cepas en comparación con H. pylori occidentales
cepas [13, 14 , 42]. La hipótesis de que los genes adicionales pueden ser muy divergentes en la cepa de Asia Oriental 98-10 en comparación con las otras 4 cepas secuenciadas. Para identificar productos génicos codificados por el genoma de 98-10 que son marcadamente divergentes con respecto a los productos codificados por los otros 4 genomas, nos centramos en el análisis de los 1237 genes centrales que estaban presentes en todas las 5 cepas secuenciadas. Al utilizar el método descrito en Métodos, se identificaron 8 productos génicos que eran muy divergentes en la cepa de Asia Oriental en comparación con los otros cuatro cepas (Tabla 2). Estos incluyen CagA y un sel1
homólogo, que anteriormente se presentaban a ser marcadamente divergentes en las cepas de Asia oriental en comparación con cepas procedentes de otras partes del mundo [13, 42]. Las secuencias de aminoácidos de estas proteínas divergentes codificadas por la cepa japonesa 98-10 eran cada < 90% idénticas a las secuencias de las proteínas correspondientes de los otros cuatro cepas (Tabla 2). En cada caso, los alelos divergentes en la cepa 98-10 y alelos correspondientes a las otras cuatro cepas estaban flanqueados por el mismo cromosómica genes.Table 2 alelos altamente divergentes en la cepa de Asia Oriental 98-10
número de genes gratis (98-10)
número de genes (26695) guía empresas Descripción
% aa identidad (98 -10) un
% aa identidad gratis (no 98-10) b
% sitios únicos c

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
homólogo
72
92
21
HP9810_889g32
HP0519d
sel1
homólogo
73
92
15
HP9810_905g13
HP0547
cagA

79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
un Las secuencias de los productos de los genes indicados en la cepa 98-10 se compararon con las secuencias correspondientes en cada una de las otras 4 cepas (26695, J99, HPAG1 y B128) identidades de ácido amino%, y la media se calcularon como se describe en Métodos.
b las secuencias de los productos de los genes indicados en cada cepa se compararon en todas las permutaciones, excepto que las comparaciones que involucran cepa 98-10 fueron excluidos del análisis. La media de las identidades de ácido amino% se calcularon como se describe en Métodos.
CPercentage de sitios alineados en la que la proteína de la cepa 98-10 contenían un aminoácido diferente de los correspondientes aminoácidos en las proteínas de otras 4 cepas.
DReported a ser un componente del núcleo del genoma
pylori H., basado en al menos una serie de análisis [18-20].
Como se muestra en la Figura 1, la cepa J99 fue más estrechamente relacionada con H. pylori cepas
aislado en el África occidental, un grupo de población diferentes de las de las otras cepas para los que se disponía de las secuencias del genoma. Por lo tanto, la hipótesis de que los genes específicos pueden ser muy divergentes en el África Occidental J99 cepa en comparación con las otras 4 cepas secuenciadas. Para identificar estos genes, se utilizó el mismo método que se ha descrito anteriormente. Cuatro alelos altamente divergentes únicas se identificaron en la cepa J99 (Tabla 3), cada uno de codificación de productos que eran < 90% idénticas a las proteínas correspondientes en las otras cuatro cepas. Únicos alelos altamente divergentes no eran fácilmente identificables en las cepas 26695, HPAG1, o B128. Una excepción notable fue la identificación de un vacA muy divergentes
alelo en B128 cepa (HPB128_147g10 gen). Identificación de vacA
como un alelo divergente en B128 cepa es atribuible a la presencia de un s1 /m2 vacA
alelo en esta cepa y la presencia de alelos S1 /M1 en las otras cuatro cepas; M1 y M2 formas de VacA suelen presentar solamente una identidad de aminoácidos 60-70% dentro de la región media de la proteína [38] .table 3 alelos altamente divergentes en la cepa J99
número de genes gratis (J99)
número de genes (26695) guía empresas Descripción
% aa identidad (J99) un

identidad% aa (no-J99) b
% sitios únicos c

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
un Las secuencias de los productos de los genes indicados en la cepa J99 se compararon con las secuencias correspondientes en cada una de las otras 4 cepas (26695, HPAG1, B128 y 98-10), y la media se calcularon las identidades de ácido amino%. El hotel B secuencias de los productos de los genes indicados en cada cepa se compararon en todas las permutaciones, excepto que las comparaciones que involucran la cepa J99 fueron excluidos del análisis. La media se calcularon identidades% de ácido amino.
CPercentage de sitios alineados en la que la proteína de la cepa J99 contenía un aminoácido diferente de los correspondientes aminoácidos en las proteínas de otras 4 cepas.
D Reported ser un constituyente de la H. pylori
núcleo del genoma, sobre la base de al menos una serie de análisis [18-20].
identificación de nuevos genes específicos de la cepa
Para identificar los genes específicos de una cepa única presentes en uno de los dos recién secuenciado genomas secuenciados anteriormente pero no H. pylori
genomas, que de nuevo se utilizó un análisis de la relación puntuación de BLAST, como se describe en los métodos (Figura 2). La cepa 98-10 contenía 22 nuevos genes específicos de la cepa y cepa B128 contenía 51 (ficheros adicionales 2 y 3). Además, se identificaron 16 genes que estaban presentes tanto en la cepa B128 y 98-10, pero no está presente en ninguna de las cepas previamente secuenciados (archivo adicional 4). Varios de los ORF específicos de la cepa de H. pylori cepas
98-10 y B128 fueron < 100 nucleótidos de longitud, y no se sabe si estos son muy cortas ORFs efectivamente traducidos a proteínas. Un análisis de genes específicos cepa única en los tres secuenciado previamente H. pylori
genomas (26695, J99, y HPAG1) reveló un número similar de genes únicos específicos de la cepa (Tabla 1), que se han descrito en estudios previos [ ,,,0],29-31].
a identificar posibles funciones de los genes específicos de la cepa que se encuentran exclusivamente en la cepa B128 98-10 o 98-10 (o ambos y B128), las secuencias de proteínas deducidas fueron utilizados como consultas de búsqueda BLAST de una base de datos NCBI de secuencias de proteínas no redundantes (Tabla 4 y los archivos adicionales 2, 3, 4). La mayor parte de las proteínas de la cepa específica de que se encuentran exclusivamente en la cepa 98-10 B128 o no estaban estrechamente relacionados con las proteínas conocidas o estaban relacionados con las proteínas en la base de datos para los que no se conocen las funciones. Varios de los genes específicos de la cepa que se encuentran exclusivamente en la cepa 98-10 o B128 se han detectado previamente en las cepas de H. pylori Opiniones de los cuales no se han determinado las secuencias del genoma. Como se describió anteriormente, se identificaron secuencias de inserción y los genes que codifican transposasa (IS607 y ISHp608). Dos genes específicos de la cepa de H. pylori cepa B128 (
HPB128_11g15 y HPB128_11g23) proteínas codificadas relacionado con el tipo de secreción de los componentes del sistema IV (VirB9 y VirD4, respectivamente). Los genes de este grupo (que abarca a HPB128_11g15 HPB128_11g23) no se detectaron en los análisis genómicos originales de cepas J99, 26695, o HPAG1 [29-31], pero no se detectaron posteriormente en la cepa J99 y varias otras cepas de H. pylori
[43] 4 .Tabla cepa específica H. pylori
genes presentes exclusivamente en la cepa 98-10 o B128

número de genes en la cepa (s) indicó un

98-10
B128
98-10 y B128
número total de cepa Genesa específico de
22
51
16
clase funcional
transposasa
2 3 página 6
Tipo IV gen secreción clusterB
0
7
0
hipotético
17
37 página 9
No hay resultados de base de datos página 8 página 8
2 más parecido carece de función conocida
9
29 página 7
Otros 3
4 de 1
islas gen que contiene la cepa específica genesc
2 11 página 3
aPresent en la cepa (s) indicado, pero no en ninguna de las otras cuatro cepas para las que las secuencias del genoma están disponibles.
grupo bEsta de genes no se detectó en el análisis original del genoma de la cepa J99, pero fue posteriormente detectado en la cepa J99 [43].
cPara este análisis, una isla se considera presente si dos o más genes específicos de la cepa estaban en loci cromosómicos contigua.
Curiosamente, la cepa B128 contiene varios genes (HPB128_155g19, HPB128_156g11 , HPB128_156g12, HPB128_184g1, HPB128_190g1) prevé que codifican proteínas que están más estrechamente relacionados con las proteínas codificadas por H. acinonychis gratis (una especie de Helicobacter
aisladas de los grandes felinos) [44] o H. cetorum gratis (una http://​www.​softberry.​com/​berry.​phtml?​topic=​fgenesb&​group=​programs&​subgroup=​gfindb[56],

• pull-up de estómago por el esófago quemados, una experiencia de 44 casos
• Diversidad en las interacciones bacteria-huésped dentro de la especie Helicobacter heilmannii stricto sensu