Genom analiza sekvence Helicobacter pylori sojeva povezanih sa želučanom ulceracija i želučanom analiza cancer

genom Helicobacter pylori
sojeva povezanih s želučane ulceracije i želuca pregled apstraktna pregled Pozadina pregled postojanih kolonizacije ljudskog želuca s Helicobacter pylori pregled je povezana s asimptomatske želučanu upalu (gastritisa) i povećanog rizika od dvanaesnika ulceracija, ulceracija želuca, i ne-cardia raka želuca. U prethodnim istraživanjima, Genom sekvence H. pylori su analizirani
sojeva u bolesnika s gastritisom ili dvanaesnika ulkusne bolesti. U ovoj studiji analizirali smo genoma sljedove H.pylori pregled soja (98-10) izoliran iz pacijenta s karcinomom želuca i H. pylori
soja (B128) su izolirane iz pacijenta s želučanog ulkusa . pregled Rezultati
temelju multilocus slijed tipkanje, soj 98-10 je najsrodniji H. pylori pregled sojeva East azijskog porijekla i soja B128 je najsrodniji sojeva europskog podrijetla. Procijedite 98-10 sadržavao više značajki karakteristiku istočnoazijske sojeva, uključujući tip s1c Vaca pregled alela i neke CagA pregled alela kodiraju EPIYA-D tirozin fosforilacije motiv. Temeljni Genom 1237 gena je bila prisutna u svih pet sojeva za koje genoma sekvence su bili dostupni. Među osnovnim gena u 1237, podskup alela bila je vrlo divergentne u East Asian soja 98-10, kodiraju proteine ​​koji izložene < 90% aminokiselinskog slijeda identitet u odnosu na odgovarajuće proteine ​​u ostale četiri soja. Jedinstveni geni soja-specifične identificirani su u svakoj od nedavno sekvencioniranih sojeva, te niz gena strain specifičnih se dijeli između H. pylori pregled sojeva koji su povezani s rakom želuca ili premalignih želučanih lezija. Pregled Zaključak
To podaci pružaju uvid u raznolikost koja postoji među H. pylori pregled sojeva iz različitih kliničkih i zemljopisnim podrijetlom. Visoko divergentna alela gena i soj-specifična iz ovog rada mogu predstavljati korisne biomarkera za analizu geografsku podjelu H. pylori
te za identifikaciju soja su sposobni inducirati malignih i premalignih oštećenja probavnog sustava.
Pozadina pregled Helicobacter pylori
je gram-negativna spirala u obliku bakterija koja uporno kolonizira ljudski želudac [1]. Postojana H. pylori pregled kolonizacija ljudskom želucu je faktor rizika za nekoliko bolesti, uključujući i ne-cardia želučanog adenokarcinoma, želučanog limfoma i peptičkog ulkusa [1, 2]. Učestalost tih bolesti znatno se razlikuje u cijelom svijetu. Na primjer, učestalost želučanog adenokarcinoma znatno viša u istočnoj Aziji, Srednjoj Americi i Južnoj Americi nego u većini drugih dijelova svijeta. [3]
H. pylori pregled izolira od nepovezanih ljudi pokazuju visoku razinu genetske raznolikosti [4, 5]. Genetska raznolikost je lako detektirati analizom nukleotidne sekvence od pojedinačnih gena u različitim H.pylori pregled sojeva [6]. H. pylori pregled alela raznolikost je vjerojatno posljedica više faktora, uključujući visoku stopu mutacije, visokom stopom intraspecies genetske rekombinacije, te duge evolucijske povijesti vrste [4, 7]. Odgovarajući aleli u različitim H. pylori pregled sojeva obično su 92-99% identične u nukleotidnih sljedova [4, 6], ali nekoliko H. pylori pregled geni pokazuju mnogo višu razinu genetske raznolikosti [8, 9]. pregled Daljnje analize su pokazale da postoji geografska varijabilnost među H. pylori pregled sojeva [10-16]. Na temelju multilocus analizom sekvenci panel 370 H. pylori pregled sojeva izoliranih iz ljudi u različitim dijelovima svijeta, sedam populacije sojeva imaju različite geografske distribucije su identificirani [17]. Ove H. pylori pregled populacije odražava migracija ljudi iz Afrike u drugim dijelovima svijeta, kroz vremensko razdoblje procjenjuje na oko 58.000 godina [12]. Geografske razlike između H. pylori
sojeva potencijalno mogao biti faktor koji pomaže objasniti različitu učestalost H. pylori pregled -associated bolesti u različitim dijelovima svijeta.
Osim varijaciju među H. pylori
sojeva u sekvenci pojedinih gena postoji znatna razlika između sojeva u sadržaju gena. Jedna studija je analizirala genomske DNA iz 56 različitih sojeva H. pylori pregled, primjenom metoda niz hibridizacije i identificirati 1150 gena koji su bili prisutni u svim ispitivanim sojevima (tako koji predstavljaju "jezgra" genom) [18]. Među 1531 gena analiziranih, 25% su bili odsutni iz najmanje jednog od 56 H. pylori pregled sojeva. Bilo je predviđeno da je H. pylori pregled jezgra genoma će se sastojati od 1.111 gena, ako mnogo veći skup od izolata su testirani [18]. Druge studije su izvijestili o postojanju osnovnih genoma koji uključuje 1091 ili 1281 gena, na temelju DNK analize poljem od 34 ili 15 H. pylori pregled sojeva, odnosno [19, 20]. Jedna studija je izvijestio da je filogenija H. pylori pregled sojeva na temelju MLST analize je bitno drugačiji od filogenije H. pylori
sojeva na temelju analize sadržaja gena [18].
Jedan od najupečatljivijih razlike u sadržaju gena između H. pylori pregled sojeva je prisutnost ili odsutnost 40 kb regije kromosomske DNA poznatom kao cag pregled patogenosti otoka (PAI) [8, 21-24]. U Sjedinjenim Američkim Državama i Europi, oko 50-60% H. pylori pregled sojeva sadrži CAG pregled PAI a preostali sojevi nedostaje ovu regiju na kromosomu [8, 21-24]. U mnogim drugim dijelovima svijeta, uključujući i istočnoj Aziji, gotovo svi H
. pylori pregled sojevi sadrže CAG
PAI [15, 25, 26]. H. pylori CAG pregled PAI kodira efektora protein, CagA i aparat za izlučivanje tip IV koji se premješta CagA u želučanog epitela [27]. H. pylori pregled sojeva koji sadrže CAG pregled PAI su povezani s povećanim rizikom od ne-cardia želuca rak ili peptičkog ulkusa u odnosu na sojeve koji nemaju CAG pregled PAI [21, 28]. Korelacija između tih bolesti i prisutnosti CAG pregled PAI daje primjer kako je ishod bolesti H. pylori pregled infekcije je djelimično određen genetskim karakteristikama sojeva s kojima se zaražena osoba. Pregled u prethodnim istraživanjima, potpuni genomi tri H. pylori pregled sojeva su analizirani [29-31]. Ove tri H. pylori pregled sojevi izolirani su od pacijenata koji su gastritis, atrofični gastritis, ili čirom ulkusne bolesti. U trenutnoj studiji, tražili smo da analizira genetske značajke H. pylori pregled sojeva izoliranih iz pacijenata s dva različita H. pylori pregled -associated bolesti: čir na želucu i raka želuca. Za ovu analizu, odabrali smo čira na želucu soja (B128) koji se lako kolonizira želucima miševa i mongolskih gerbila. Ova vrsta je od posebnog interesa, jer je derivat životinja pasirano soja B128 (soja 7,13) uzrokuje rak želuca u mongolski gerbila modela [32, 33]. Za analizu želučanog karcinoma povezanih s H. pylori pregled, soja, odabrali smo soj 98-10, koja je izolirana iz želuca rak pacijent u Japanu [34], zemlja s vrlo visokim učestalost raka želuca [3 , 35]. | Rezultati
Opće značajke H.pylori pregled genoma pregled Prije trenutnoj studiji, kompletan genom sekvence H. pylori
sojeva izoliranih iz pacijenata sa površnim gastritis, atrofični gastritis, ili duodenalni ulkus je bio prijavljen [29-31]. U trenutnoj studiji analizirali smo genoma sekvence nekog H. pylori pregled, soja (98-10), koji je izoliran iz pacijenta s rakom želuca [34] i soja (B128) koji je izoliran iz pacijenta s želuca ulkus bolest [32]. Općenite karakteristike dvaju genoma analizirana u studiji u usporedbi s tri prethodno sekvencioniranim genoma su prikazani u tablici 1. identificirati transposable genetske elemente koji mogu biti prisutni u dva novo sekvenciranih genoma nukleotidnih sekvenci svakog genom korištene su kao upite u potrazi za umetanje http slijed baze podataka:.. //www-je biotoul fr. Procijedite 98-10 sadržane ORF (HP9810_5g1 i HP9810_5g2) homologne ORF naći u IS607 (pristupnog broja AF189015) [36]. Procijedite B128 sadržane ORF (HPB128_26g16, HPB128_26g17 i HPB128_26g18) homologne ORF naći u ISHp608 (pristupni broj AF357224), ali nukleotida ubacivanje predviđa da uznemiri gen transposase u soja B128 [37]. IS607 i ISHp608 nisu prisutni u bilo kojem od tri H. pylori
sojeva za koje genoma sekvence su ranije bili dostupni. Prethodna studija je izvijestio da IS607 je otkrivena u oko 20% H. pylori pregled sojeva [36]. ISHp608 nonrandomly distribuira geografski među H. pylori pregled sojeva, a ovaj element je izvijestila da se više u izobilju u sojevima iz peruanski bolesnika s karcinomom želuca nego kod sojeva iz peruanski bolesnika s gastritisom samo [37] .table 1 značajkama H. pylori pregled genomi pregled pregled H. pylori soja
pregled, 26695
pregled J99
HPAG1
98-10
B128
Porijeklo pregled Britaniji
NAS pregled Švedskoj
Japan
NAS pregled bolesti statea pregled gastritis samo pregled DU
AG
GC pregled GU pregled CAG pregled PAI
Da pregled Da
Da
Da
Da pregled Vaca pregled genotip pregled s1a /m1 pregled s1b /m1 pregled s1b /m1 pregled s1c /m1 pregled s1a /m2h
veličina genoma (Mb) pregled, 1,67 pregled 1,64 pregled 1.61b pregled 1.6c pregled 1.6c pregled Ukupan broj. od ORF
1564d
1491e
1544f
1527 pregled, 1731
br od genesg soja-specifične
69
23 pregled, 38 pregled, 22 pregled, 51 pregled DU, na dvanaesniku; AG, atrofični gastritis; GC, rak želuca; GU, želuca pregled b Uključuje 9,3 kb plazmid.
C Veličina genoma soja 98-10 temelji se na analizi 51 velikih contigs, kao što je definirano u Postupcima. Veličina genoma soja B128 temelji se na analizi 73 velikih contigs. Pregled, d Aktualni Analiza se temelji na podacima preuzetim iz Tigr, koji obuhvaća 1564 ORF. Nasuprot tome, stol na Tigr web liste 1587 ORF-a u soja 26695, i GenBank sekvence datoteke su 1566. ORF iz soj 26695. pregled e Dodatni ORF, koji nisu uključeni u sveukupnu naknadno otkrivene su u soja J99 [43]. pregled f HPAG1 kromosom sadrži 1536 predvidio gena za kodiranje proteina, a ostatak se nalaze na plazmid. pregled, g prisutan u samo jednu od pet analiziranih sojeva u ovoj studiji.
h Vaca pregled je skraćen u soja B128.
MLST analizu H. pylori pregled sojeva
u prethodnim istraživanjima, MLST analiza se koristi za klasifikaciju H. pylori pregled izolira u nekoliko haplogroups koji imaju različite geografske distribucije [17]. Za dodjelu dva nova sekvencirali H. pylori
sojeva na jedan od prethodno opisanih klastera stanovništva, usporedili smo osam genske sekvence iz svakog soja s odgovarajućim sekvencama 434 ostalih H. pylori pregled izolata, koristeći MLST baze podataka kao je opisano u Postupcima. Na temelju ove analize, soj 98-10 klasificirana kao član jugoistočne Azije stanovništva klastera i soja B128 je klasificiran kao član Europske skupine stanovništva. Susjed-pridruživanja stablo prikazuje odnos dvaju novih sekvencioniranih sojeva reprezentativnog referentnih sojeva izoliranih iz različitih geografskih lokacija prikazana je na slici 1. klastera prikazani na to susjed-ulaska stablo točno odražava zemljopisni izvor referentnih sojeva, te je u ugovor s prethodnim zadacima iz referentnih sojeva prema različitim skupinama stanovništva [18]. U dogovoru s ranijim izvješću [17], jedan je od ranije sekvencionirao H. pylori pregled sojevi (J99) je najsrodniji sojeva izoliranih u zapadnoj Africi, a drugi (26695) je najsrodniji sojeva izoliranih u Europi , Treći je H. pylori pregled soj (HPAG1) analizirani su u prethodnom istraživanju usko je povezana s sojeva izoliranih u Europi. Slika 1 prikazuje da je soj 98-10 je vrlo usko povezana s sojeva East azijskog porijekla, te stoga, soj 98-10 pripada skupini stanovništva razlikuju od onih sojeva za koje genoma sekvence su ranije izvijestili. Kolektivno, Genom sekvence dostupni za analizu predstavljaju tri glavne geografske populacije H.pylori
sojeva [Europe (26695, HPAG1 i B128), zapadnoafričke (J99) i istočne Azije (98-10)]. Slika 1 Filogenetski struktura temelji se na analizi sekvence od 8 H. pylori temeljnih gena. H. pylori pregled sojevi analizirani na ovoj slici su sojevi 98-10, B128, tri soja za koji genoma sekvence su prethodno utvrđene (26.695, J99, HPAG1) i reprezentativni sojevi izdvojeni od pacijenata u različitim zemljopisnim područjima [18]. Lik navodi soja oznake i zemlje u kojima su izolirani sojevi. Nukleotidni slijedovi iz nizanje MLST lokusa usklađeni su i uspoređeni, kao što je opisano u Postupcima. Sve pozicije koje sadrže nedostatke i nedostajuće podatke uklonjene su iz skupa podataka. Bilo je ukupno 3041 mjesta u završnom skupu podataka. Susjed-ulaska stabla su izgrađene na temelju udaljenosti procijenjene od strane Kimura dva parametra modela supstitucije [57, 58]. Bootstrap konsenzus stablo zaključiti iz 1000 ponavljanja se poduzeti kako bi se predstavljaju evolucijsku povijest analiziranih sojeva [59]. Grane koje odgovaraju particija reproducirati u manje od 50% bootstrap ponavljanja su propali. Stablo je nacrtana u mjerilu, s duljinama grana u istim jedinicama kao i oni kod evolucijskih udaljenosti koriste se zaključiti filogenetsku stablo. Filogenetske analize provedene su u MEGA4 [63]. Pet H. pylori pregled sojeva za koje genoma sekvence su bili dostupni su označeni dijamanata. Tri glavna H. pylori pregled grupe stanovništva (istok Azije, Europe i zapadne Afrike) su prepoznatljivi. Pregled Analiza CagA Netlogu i Vaca
CagA i Vaca su dva važna H. pylori
čimbenika virulencije koji se izlučuju stazi sekrecije u tipa IV i put tipa V (autotransporter) sekreta, odnosno [14, 38]. Raznolikost u CagA Netlogu i Vaca pregled gena je istražen u detalje u prethodnom studiju, i raznolikost u tim genima pruža osnovu za tipkanje H. pylori pregled sojeva [8, 13-15]. Stoga smo analizirali CAGA
i Vaca pregled gena u svakom od dva novo sekvenciranih soja.
Kada soj 98-10 inkubira se s AGS želuca epitelnih stanica, kao što je ranije opisano [39], CagA podvrgnuti fosforilaciju tirozina (podaci nisu prikazani), što ukazuje na to da je taj soj ima sustav izlučivanja funkcionalnog tipa IV za izgon CagA u stanice domaćina [27]. CagA proteina kodiranog soj 98-10 sadrži 3 EPIYA motive (mjesta fosforilacije tirozina), koji su označeni EPIYA-A, EPIYA-B, a EPIYA-D [14]. Prisutnost EPIYA-D motiv karakterističan je za H. pylori pregled sojeva izoliranih u istočnoj Aziji [13, 14]. Juha kulture supernatanta iz soja 98-10 uzrokuje vakuolizacijom HeLa stanica, što upućuje na prisutnost aktivnog Vaca toksin. Ova vrsta ima vrsta s1c /M1 Vaca pregled alel, značajku koja je karakteristična za H. pylori pregled sojeva izoliranih u istočnoj Aziji [15, 40]. Identifikacija istočnoazijskog CagA
i Vaca pregled motivi u soja 98-10 je u skladu s rezultatima MLST analize, koja klasificirane soj 98-10 kao član istočnoazijskog skupine stanovništva H. pylori
sojevi.
Slično naprezanje 98-10, soj B128 ima funkcionalan sustav tipa IV izlučivanje koje se premješta CAGA u epitelnim stanicama želuca i CagA zatim prolazi kroz fosforiliranje tirozina [41]. CagA proteina kodiranog soja B128 sadrži dva EPIYA motive, označeni EPIYA-A i EPIYA-C [14]. Procijedite B128 sadrži tipa S1 /m2 Vaca pregled alel, ali Vaca pregled, mutacija ovog soja je predvidjeti kako bi se spriječilo izraz full-length Vaca proteina. Prisutnost potonje mutacije potvrđena je analizom nukleotidne sekvence Vaca pregled fragmenta amplificiranog pomoću PCR. Imunoblot analiza višestruke protiv Vaca antiseruma naznačeno da ovaj soj ne proizvodi mjerljivi Vaca protein, juhu kulture supernatanta iz ovog soja nije uzrokovalo vakuolizacijom u HeLa stanicama (podaci nisu prikazani).
Karakterizacija H. pylori
jezgra genom pregled razgraničenje jednog H. pylori pregled jezgre genoma (tj gena koji su stalno prisutni u svim H. pylori pregled izolata) je od interesa, jer se mnogi takvi geni su vjerojatno da će biti potreban za naseljavanje za ljudski želudac. Na temelju korištenje omjera BLAST rezultat analize kao što je opisano u metodama, identificirali smo 1237 gena koji su bili prisutni u svih 5 H. pylori pregled genoma (slika 2 i dodatne datotečne 1). U prethodnom istraživanju, 56 različitih H. pylori pregled sojevi su analizirani metodologiji polja, a srž Genom 1150 gena je izvijestila da su prisutni u svim 56 sojeva [18]. Među 1150 gena prijavili da obuhvaćaju H. pylori pregled jezgra genom temelju array analizu, 1094 su bili prisutni u svih 5 sojeva analiziranih u studiji, što se određuje analizom sekvence. Popis jezgre gena otkrivenih u svih pet sojeva analizom sekvence, ali ne i array analizu sadrži > 20 gena koji se nalazi unutar CAG
PAI. Iako CAG pregled PAI prisutan je u svih 5 sojeva analiziranih u studiji, ova regija DNA se zna da je odsutna iz mnogih H. pylori pregled sojeva [24]. Pet druge nakupine susjednih gena (svaki s najmanje 4 gena po clusteru) bili su prisutni u svih 5 sekvencioniranih sojeva, ali su bili odsutni iz popisa ključnih gena utvrđene array analizu (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403 i HP1455-1458) (Dodatni file 1). Razlike u određivanju temeljnih gena u istraživanju u usporedbi s prethodnim istraživanjima može se pripisati brojnim čimbenicima, uključujući razlike u broju analiziranih sojeva i razlika u metodologiji za otkrivanje gena. Slika 2. Usporedba predviđenih proteoma po BLAST-ocjena omjera (BSR) analize. Lijeva ploča prikazuje analizu BSR proteina kodiranih sa soja J99 i HPAG1 sa sojem 26695 kao referentni soj. Pravo ploča prikazuje analizu BSR proteina kodiranih sa sojem 98-10 i B128, sojem 26695 kao referentni soj. BSR pristup analizira sve proteine ​​predviđena za kodiranje tri genoma pomoću mjeru sličnosti na temelju omjera BLAST rezultata, kao što je opisano u Postupcima. Proteini prikazane u okvir u donjem lijevom kutu (BSR < 0,4) odgovaraju proteini prisutni u referentnom proteome (soja 26.695), ali su odsutni iz dva upita proteoma. Gornji desni kvadrant predstavlja proteina konzerviranih u sva tri proteoma.
Je analizu 1237 temeljne geni koji, u gotovo svim slučajevima, bilo je razlike u aminokiselinskih sekvenci proteina kodiranih pojedini sojevi. Parnu usporedbu proteina kodiranih od sojeva pokazuju da su razine srodnosti u rasponu od 65% do 100% identičnosti aminokiselina. Predstavnik Usporedba jezgre proteina kodiranih od strane dvaju sojeva (98-10 i 26695), prikazan je na slici 3. identificirano samo 11 gena za koje su amino kiselinske sekvence kodirane proteine ​​su identični kod svih 5 sojeva. Sedam od ovih 11 gena kodiranih ribosomske proteine; drugi kodirani faktor inicijacije prijevoda (IF-1), lipoprotein (Lpp20), flagelarni bazalne tjelesne bjelančevine (flie) i proteina od nepoznate funkcije (HP0031). Slika 3 Povezanost proteine ​​jezgre predviđenih za kodiranje H. pylori sojevi 98-10 i 26695. Komplet 1237 gena prisutnih u svih 5 H. pylori
sojeva je identificiran kako je opisano u Postupcima. Su izvedene aminokiselinske sekvence odgovarajućih proteina kodiranih soja 98-10 korišteni su za pretraživanje baze podataka sekvenci iz soja 26695 pomoću FASTA. Najbolji Utakmica je identificiran, a izračunata je identitet posto aminokiselina. Histogram prikazuje broj ORF pokazuju naznačenu razinu identiteta aminokiselina. Pregled, analiza divergentnih gena u East Asian povezane s rakom H. pylori pregled pritisak pregled H. pylori pregled sojeva izoliranih iz nevezano ljudi pokazuju alela raznolikosti (obično 92-99% nukleotida identiteta među odgovarajućim alela), koji pruža osnovu za klasifikaciju sojeva u klasterima stanovništva putem MLST analize. Nekoliko gena pokazuju znatno višu razinu ALELSKE raznolikosti. Na primjer, barem dva gena (CagA
i sel1 pregled homologa) Poznato je da su značajno različiti u istočnoazijske H. pylori
sojeva u usporedbi sa zapadnim H. pylori
sojeva [13, 14 , 42]. Mi smo pretpostavili da su dodatni geni mogu biti vrlo različiti u East Asian soja 98-10 u odnosu na ostala 4 sekvencioniranih sojeva. Identificirati genske produkte kodirane genom 98-10 koji su znatno različiti u odnosu na proizvode koje kodiraju druge 4 genoma, usmjerili smo na analizi 1237 jezgre gena za koje su prisutne u svim 5 sekvenciranih sojevima. Korištenjem pristupa opisano u metodama, identificirali smo 8 genske produkte koji su vrlo različiti u istočnoazijskog naprezanja u odnosu na ostale četiri soja (tablica 2). To uključuje CagA i sel1
homologa, koji su ranije izvijestili da su značajno različiti u istočno-azijskih sojeva u odnosu na sojeve iz drugih dijelova svijeta [13, 42]. Aminokiselinske sekvence tih suprotnih proteina kodiranih japanskog soja 98-10 su svaka < 90% identična sekvenci odgovarajućih proteina od druga četiri soja (tablica 2). U svakom slučaju, različita alela u soja 98-10 i odgovarajuće aleli u ostale četiri sojeva flankiran isto kromosomske genes.Table 2 vrlo različita alela u East Asian soja 98-10 pregled Gene broj pregled (98-10)
Gene broj (26.695)
Opis
% aa identitet (98 -10) a
% aa identitet pregled (ne-98-10) b
% jedinstvenih stranice c

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
homologa pregled 72 pregled, 92 pregled, 21 pregled HP9810_889g32 pregled HP0519d pregled sel1 pregled homologa pregled 73
92
15
HP9810_905g13 pregled HP0547
CagA pregled
79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
A sekvencije naznačenim genskih proizvoda u soja 98-10 uspoređene su s odgovarajućim sekvencama u svakoj od 4 druge ispitane vrste (26.695, J99, HPAG1 i B128) i znače% amino kiselina identiteti su proračunate kao što je opisano u Postupcima.
b uspoređeni sekvence navedenih genskih proizvoda u svaki soj svih permutacija, osim što usporedbe uključuju pritisak 98-10 bili su isključeni iz analize. Znači identiteti% amino kiselina su izračunati kao što je opisano u Postupcima.
CPercentage sravnjenja stranica u kojoj je protein iz soja 98-10 sadržanih aminokiselinu različitu od odgovarajućih aminokiselina u proteinima iz 4 drugih sojeva. Pregled dReported za biti sastavni dio H. pylori
jezgre genoma, na temelju najmanje jedne array analizu [18-20].
Kao što je prikazano na slici 1, soj J99 je najsrodniji H. pylori
sojeva izoliran u zapadnoj Africi, a skupine stanovništva razlikuju od onih drugih sojeva za koje genoma sekvence su bili dostupni. Dakle, pretpostavili smo da određeni geni mogu biti vrlo različiti u zapadnoafričkih soja J99 u odnosu na ostale 4 sekvencioniranih sojeva. Kako prepoznati takve gene, koristili smo isti pristup kao što je gore opisano. Četiri jedinstvena vrlo različita alela identificirani su u soja J99 (Tablica 3), svaki za kodiranje proizvoda koji su bili < 90% identične sa odgovarajućim proteina u ostale četiri soja. Jedinstveni vrlo različita alela nisu lako prepoznati u sojeva 26695, HPAG1 ili B128. Značajna iznimka je identifikacija vrlo divergentnih Vaca pregled alela u soj B128 (gen HPB128_147g10). Identifikacija Vaca
kao divergentne alela u soj B128 može se pripisati prisutnosti S1 /m2 Vaca pregled alela u ovom soju i prisutnost S1 /M1 alela u četiri ostale vrste; M1 i M2 oblici Vaca obično pokazuju samo 60-70% identičnosti aminokiselina unutar sredine regiji proteina [38] .table 3 vrlo različita alela u soja J99 pregled Gene broj pregled (J99)
Gene broj (26.695)
Opis
% aa identitet (J99) a pregled
% aa identiteta (ne-J99) b
% jedinstvenih stranice c

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
A sekvence navedenih genskih proizvoda u soju J99 uspoređeni su s odgovarajućim sekvencama za svaku od 4 druge ispitane vrste (26.695, HPAG1, B128 i 98-10), a srednja vrijednost identiteta% amino kiselina su izračunate.
b sekvence navedenih genskih proizvoda u oba soja uspoređene su u svih permutacija, osim da su usporedbe uključuju soj J99 bili su isključeni iz analize. Znači identiteti% amino kiselina su izračunate.
CPercentage sravnjenja stranica u kojoj je protein iz soja J99 sadržanih aminokiselinu različitu od odgovarajućih aminokiselina u proteinima iz 4 drugih sojeva. Pregled d Prijavljeno sastavni od H. pylori pregled jezgra genoma, na temelju najmanje jedne array analizu [18-20]. pregled Identifikacija novih gena strain specifične
za identifikaciju gena naprezanja specifična jedinstveno prisutne u jedan od dva nova nanizani genomi ali ne ranije sekvencionirao H. pylori
genoma, opet smo koristili analizu omjera BLAST rezultat, kao što je opisano u metodama (slika 2). Procijedite 98-10 sadržavala je 22 novih gena naprezanja specifična i naprezanje B128 sadržavala 51 (Dodatni datoteke 2 i 3). Osim toga, identificirali smo 16 gena koji su prisutni u obje soju 98-10 i B128, ali nije prisutna u bilo kojem od prethodno sekvencioniranim sojeva (Dodatni datoteka 4). Nekoliko ORF strain specifičnim za H. pylori
opterećuje 98-10 i B128 su < 100 nukleotida, a to je neizvjesno hoće li ili ne ove vrlo kratke ORF zapravo su prevedene na proteine. Analiza specifičnih gena jedinstveni soj u tri prethodno sekvencionirao H. pylori pregled genoma (26.695, J99 i HPAG1) otkrila je sličan broj jedinstvenih gena strain specifični (Tablica 1), koji su opisani u prethodnim studijama [ ,,,0],29-31].
identificirati potencijalne funkcije gena naprezanja specifična naći samo u soju 98-10 ili B128 (ili oboje 98-10 i B128), izveden proteinske sekvence su korišteni kao upit za BLAST traži nekog NCBI bazi podataka nisu suvišni proteinskih sekvenci (tablica 4 i dodatne datoteke 2, 3, 4). Većina naprezanja specifičnih proteina nađena samo u soju 98-10 ili B128 nisu usko povezani s bilo kojim poznatim proteinima ili su povezane s proteinima u bazi podataka za koje funkcije nisu poznati. Nekoliko gena soj-specifična naći isključivo u soju 98-10 ili B128 su prethodno otkrivene u sojevima H. ​​pylori
za koje nisu određene genom sekvence. Kao što je gore opisano, su identificirani umetanjem sekvence gena transposase kodira (IS607 i ISHp608). Dva gena soja specifični za H. pylori pregled soj B128 (HPB128_11g15 i HPB128_11g23) kodirani proteini koji se odnose na vrstu komponenti sekrecije IV sustav (VirB9 i VirD4, respektivno). Geni u ovoj skupini (u rasponu HPB128_11g15 na HPB128_11g23) nisu otkriveni su u izvornim genomske analize sojeva J99, 26.695 ili HPAG1 [29-31], ali su naknadno otkrivena u soja J99 i nekoliko drugih H. pylori
sojeva [43] .table 4 strain-specifične H. pylori pregled geni prisutni isključivo u soja 98-10 ili B128 pregled
broj gena u pokazana soj (s)
pregled, 98-10
B128
98-10 i B128
Ukupan broj soja specifična genesa pregled, 22 pregled, 51 pregled, 16 pregled Funkcionalni razred pregled Transposase
2 pregled, 3
6 pregled tipa gena za izlučivanje IV clusterb pregled 0
7
0 pregled hipotetske pregled 17 pregled, 37 pregled, 9
Nema podataka utakmici pregled 8
8
2 pregled, najbliža utakmici nedostaje poznata funkcija
9 pregled 29 pregled 7
Drugi pregled 3
4
1
Gene otoci sadrže soja-specifične genesc pregled 2 pregled, 11 pregled 3
aPresent u označenim soja (a), ali ne u bilo kojem od druga četiri sojeva za koje su dostupne genoma sekvence.
bThis skupinu gena nije detektiran u izvornom analizi genoma soja J99, ali nakon toga je otkrivena u soja J99 [43].
CFOR ovoj analizi, otok se smatralo da bude prisutan ako su dvije ili više gena soja-specifične bili u susjednom kromosomske lokusa.
Zanimljivo je soj B128 sadrži nekoliko gena (HPB128_155g19, HPB128_156g11 , HPB128_156g12, HPB128_184g1, HPB128_190g1) predviđa da kodiraju za proteine ​​koji su usko vezana za proteine ​​koje kodiraju H. acinonychis
(a Helicobacter pregled vrste izolirane od velikih mačaka) [44] ili H. cetorum pregled (a http://​www.​softberry.​com/​berry.​phtml?​topic=​fgenesb&​group=​programs&​subgroup=​gfindb[56],

• Želudac pullup za izgorio jednjaka, iskustvo 44 cases
• Raznolikost u interakcijama Bakterija-domaćin u vrstama Helicobacter heilmannii sensu stricto