Анализ последовательности генома штаммов Helicobacter Pylori, связанные с язвой желудка и рака желудка

Анализ последовательности генома Helicobacter Pylori
штаммов, связанных с язвой желудка и рака желудка
Аннотация
Справочная
Стойкие колонизация желудка человека по Helicobacter Pylori
связано с бессимптомным воспалением желудка (гастрит) и повышенный риск развития язвы двенадцатиперстной кишки, язвой желудка, а также не-кардии рака желудка. В предыдущих исследованиях, геномные последовательности хеликобактерной
штаммов у пациентов с гастритом или язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки, были проанализированы. В данном исследовании мы проанализировали последовательности генома Г.пилори
штамма (98-10), изолированных от пациента с раком желудка и хеликобактерной
штамма (B128), выделенные из больного с язвенной болезнью желудка .

Результаты на основе мультилокальному последовательности ввода, штамм 98-10 был наиболее тесно связан с H. Pylori
штаммов Восточной Азии происхождения и штамма B128 был наиболее тесно связан с штаммами европейского происхождения. Штамм 98-10 содержали множественные особенности, характерные для азиатских штаммов Востока, в том числе типа S1C Вака
аллеля и А CaGa
аллеля, кодирующих EPIYA-D фосфорилирования тирозина мотив. Сердечник геном 1237 генов присутствует во всех пяти штаммов, для которых геномные последовательности были доступны. Среди основных генов 1237, подмножество аллелей была сильно расходящийся в штамме-Восточной Азии 98-10, кодирующими белки, которые выставляются &ЛТ; 90% идентичности аминокислотной последовательности по сравнению с соответствующими белками в остальных четырех штаммов. Уникальные гены штаммоспецифические были идентифицированы в каждой из вновь секвенировали штаммов, а также набор генов штаммоспецифической разделили между H. Pylori
штаммов, связанных с раком желудка или предраковых желудка поражений.
Заключение Эти
данные дают представление о разнообразии, которое существует среди H. Pylori
штаммов из различных клинических и географическое происхождение. Сильно расходящиеся аллели и гены штаммоспецифические, выявленные в данном исследовании, могут представлять собой полезные биомаркеры для анализа географической разметки антихеликобактерной
и для идентификации штаммов, способных вызывать злокачественные или предраковых поражений желудка.
Фон
хеликобактерной
является грамотрицательная спиралевидную бактерию, которая настойчиво колонизирует желудка человека [1]. Стойкие H. Pylori
колонизация желудка человека является фактором риска для ряда заболеваний, в том числе не-кардии аденокарциномы желудка, лимфомой желудка и язвенной болезни [1, 2]. Частота этих заболеваний значительно варьируется по всему миру. Например, частота аденокарциномы желудка в Восточной Азии, Центральной Америке и Южной Америке значительно выше, чем в большинстве других частей мира [3].
H. пилори
изолирует от неродственных людей демонстрируют высокий уровень генетического разнообразия [4, 5]. Генетическая изменчивость можно было легко обнаружить с помощью анализа нуклеотидных последовательностей отдельных генов в различных штаммов H.pylori,
[6]. H. Pylori
аллельная разнообразие является, вероятно, является следствием нескольких факторов, в том числе с высокой скоростью мутации, высокой скорости внутривидовой генетической рекомбинации, и длительной эволюционной истории вида [4, 7]. Соответствующие аллели в различных штаммов H. Pylori
как правило, являются от 92 до 99% идентична нуклеотидной последовательности [4, 6], но несколько генов H. Pylori
демонстрируют гораздо более высокий уровень генетического разнообразия [8, 9].
Дальнейшие анализы показали, что существует географическая изменчивость среди штаммов H. Pylori
[10-16]. На основе мультилокальному анализа последовательностей панели 370 H. Pylori
штаммов, выделенных от людей в разных частях мира, семь популяций штаммов с различными географическими распределений были определены [17]. Эти H. Pylori
популяции отражают миграцию людей из Африки в других частях мира в течение определенного периода времени, по оценкам, составляет около 58000 лет [12]. Географические различия между H. Pylori
штаммов потенциально может быть фактором, который помогает объяснить изменяющуюся частоту антихеликобактерной
-associated заболеваний в различных частях мира.
Помимо различий между H. пилори
штаммы в последовательностях отдельных генов, существуют значительные различия среди штаммов в содержании гена. В одном исследовании проанализированы геномной ДНК из 56 различных H. Pylori
штаммов с использованием методов гибридизации массива и идентифицированы 1150 генов, которые присутствовали во всех исследованных штаммов (что представляет собой "ядро" геном) [18]. Среди 1531 проанализированных генов, 25% отсутствовали по меньшей мере, один из штаммов 56 H. Pylori
. Было предсказано, что H. Pylori
ядро ​​генома будет состоять из генов, если 1111 гораздо больший набор изолятов были протестированы [18]. Другие исследования сообщили о существовании основных геномов, содержащей 1091 или 1281 генов, основанные на ДНК анализа массива из 34 или 15 H. Pylori
штаммов соответственно [19, 20]. В одном исследовании сообщалось, что филогения штаммов H. Pylori
на основе анализа MLST существенно отличалась от филогении H. Pylori
штаммов на основе анализа содержания генов [18].
Одна из самых ярких различия в содержании генов среди штаммов H.pylori,
является наличие или отсутствие 40-кб область хромосомной ДНК, известной как остров CAG
патогенности (PAI) [8, 21-24]. В Соединенных Штатах и ​​Европе, около 50-60% штаммов H. Pylori
содержат CAG
PAI, а остальные штаммы испытывают недостаток в этом области хромосомы [8, 21-24]. Во многих других частях мира, в том числе Восточной Азии, почти все H
. штаммы пилори
содержат CAG
PAI [15, 25, 26]. H. Pylori CAG
PAI кодирует эффекторной белок, CagA, и аппарат секреции типа IV, который транслоцируется CagA в эпителиальных клеток желудка [27]. H. Pylori
Штаммы КГП
PAI связаны с повышенным риском развития не-кардии рака желудка или язвенной болезни по сравнению со штаммами, которые испытывают недостаток КГП
PAI [21, 28]. Соотношение между этими заболеваниями и наличием CAG
PAI обеспечивает пример того, как клинический исход антихеликобактерной
инфекции определяется частично генетическими характеристиками штаммов, с которыми человек инфицирован.
В предыдущих исследованиях, полные геномы трех H. Pylori
штаммов были проанализированы [29-31]. штаммы этих трех H. Pylori
были изолированы от пациентов, у которых гастрит, атрофический гастрит, или язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки. В настоящем исследовании мы стремились проанализировать генетические особенности штаммов H. Pylori
выделенных от больных с двумя различными H. Pylori
-associated заболеваний: язвенной болезни желудка и рака желудка. Для этого анализа мы выбрали желудочный штамм язвы (B128), которые легко колонизирует желудки мышей и монгольских песчанок. Этот штамм представляет особый интерес, так как животное-пассировать производное штамма B128 (штамм 7,13) вызывает рак желудка в монгольской песчанки модели [32, 33]. Для анализа желудочного рака ассоциированного H. Pylori
штамма, мы выбрали штамм 98-10, который был выделен из желудка больного раком в Японии [34], страна с очень высоким уровнем заболеваемости раком желудка [3 , 35].
Результаты
Общие черты H. геномов пилори

до настоящего исследования, полные последовательности генома H. Pylori
штаммов, выделенных у пациентов с поверхностным гастритом, атрофический гастрита или язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки было сообщено [29-31]. В настоящем исследовании мы проанализировали последовательности генома Г.пилори
штамма (98-10), который был выделен от больного с раком желудка [34] и деформации (B128), который был выделен от больного с желудочным язвенной болезни [32]. Общие черты двух геномов, анализируемых в настоящем исследовании по сравнению с тремя ранее секвенированы геномы приведены в таблице 1. Для определения транспозонов генетических элементов, которые могут присутствовать в двух геномов секвенированы вновь, нуклеотидные последовательности каждого генома были использованы в качестве запросов искать установочное базы данных последовательность HTTP:.. //WWW-это biotoul фр. Штамм 98-10 содержали ORF, (HP9810_5g1 и HP9810_5g2), гомологичные ORF, найденных в IS607 (номер доступа AF189015) [36]. Штамм B128 содержал ORFs (HPB128_26g16, HPB128_26g17 и HPB128_26g18), гомологичные ORF, найденных в ISHp608 (инвентарный номер AF357224), но нуклеотидные вставки прогнозируются сорвать ген транспозазы в штамма B128 [37]. IS607 и ISHp608 нет ни в одном из трех H. Pylori
штаммов, для которых геномные последовательности ранее были доступны. Предыдущее исследование показало, что IS607 была обнаружена примерно у 20% антихеликобактерной
штаммов [36]. ISHp608 является географически распределены неслучайно среди штаммов H. Pylori
, и этот элемент, как сообщается, более распространены в штаммов из перуанских больных раком желудка, чем у штаммов от больных с гастритом перуанских только [37] .table 1 Особенности H. Pylori
геномы
<й>
штамма H. пилори

<й>
26695

J99

HPAG1

98-10

B128

Происхождение
Великобритании
США
Швеция <бр> Япония
США
Болезнь statea
Гастрит только
DU
AG
GC
GU
CAG
PAI
Да
Да <бр> Да
Да
Да
Вака
генотип
S1A /м1
s1b /м1
s1b /м1
S1C /м1
S1A /m2h <бр> размер генома (Mb)
1,67
1,64
1.61b
1.6c
1.6c
Всего нет. из
1564d ОРС
1491e
1544f
1527
1731
No. деформационного конкретных genesg
69
23
38
22
51
DU, язва двенадцатиперстной кишки; А.Г., атрофический гастрит; GC, рак желудка; GU, язва желудка
б Включает 9,3 т.п.н. плазмиды с.
С размером генома штамма 98-10 основан на анализе 51 больших конти-, как это определено в методах. Размер генома штамма B128 основан на анализе 73 крупных контигов.
D Текущий анализ основан на данных, загруженных из ТИГР, содержащая 1564 ORF,. В противоположность этому, таблица по спискам сайта ТИГР 1587 ORFs в штамме 26695, а также файлы последовательности GenBank включают 1566 ORF, из штамма 26695.
е Дополнительные ORF,, не включенные в общей сложности, были впоследствии обнаружены в штамм J99 [43].
F HPAG1 хромосома содержит 1536 предсказанный белок-кодирующих генов, а остальные содержатся на плазмиде.
г присутствует только один из пяти штаммов, анализируемых в данном исследовании.
ч Вака
усечена у штамма B128.
MLST анализ штаммов H. Pylori

в предыдущих исследованиях, анализ MLST был использован для классификации H. Pylori
изолирует на несколько гаплогрупп, которые имеют различные географические распределения [17]. Для того, чтобы назначить два вновь секвенировали антихеликобактерную
штаммов к одному из ранее описанных кластеров популяций, мы сравнили восемь последовательностей генов от каждого штамма к соответствующим последовательностям 434 другой антихеликобактерную
изоляты, с помощью базы данных MLST как описано в Методике. На основе этого анализа, штамм 98-10 был классифицирован в качестве члена кластера населения и штамма B128 Восточной Азии был классифицирован как член Европейского кластера населения. Сосед-присоединения дерево, изображающие отношения двух новых штаммов секвенированы представительных эталонных штаммов, выделенных из различных географических местоположений показано на рисунке 1. кластерной изображены на этом объединения соседей дерево точно отражает географическое происхождение эталонных штаммов, и в соглашение с предыдущими присвоений эталонных штаммов к различным группам населения [18]. В соответствии с ранее докладе [17], один из ранее секвенировали H. Pylori
штаммы (J99) был наиболее тесно связан с штаммов, выделенных в Западной Африке, а другой (26695) был наиболее тесно связан с штаммов, выделенных в Европе , Третьему H. Pylori
штамм (HPAG1) проанализированы в предыдущем исследовании было тесно связано с штаммов, выделенных в Европе. На рисунке 1 показано, что штамм 98-10 наиболее тесно связаны с штаммами Восточной Азии происхождения, и, следовательно, штамм 98-10 принадлежит к группе населения, отличной от тех штаммов, для которых геномные последовательности были ранее. В совокупности, последовательности генома, доступные для анализа представляют собой три основных географических популяций H. Pylori
штаммов [Европейский (26695, HPAG1 и B128), Западной Африки (J99) и Восточной Азии (98-10)]. Рисунок 1 филогенетический структура основана на анализе последовательности 8 основных генов H.pylori. H. Pylori
штаммы, проанализированные в этой фигуре включают в себя штаммы 98-10, B128, три штамма, для которых геномные последовательности ранее были определены (26695, J99, HPAG1), и репрезентативные штаммы, выделенные от больных в различных географических районах [18]. На рисунке приведены обозначения деформации и страны, в которых были выделены штаммы. Нуклеотидные последовательности сцепленной MLST локусам выравнивании и сравнении, как описано в способах. Все позиции, содержащие пробелы и отсутствующие данные были исключены из набора данных. Были в общей сложности 3041 позиций в конечном наборе данных. Объединения соседей деревья были построены на основе расстояний оцененных по модели 2-параметра Кимура из нуклеотидных замен [57, 58]. Бутстрап консенсуса дерево выведено из 1000 повторах берется представлять эволюционную историю штаммов проанализирован [59]. Отрасли, соответствующие разделы воспроизводятся в меньшем количестве, чем на 50% бутстраповские повторности свернуты. Дерево в масштабе, с длинами ветви в одних и тех же единицах, что и те из эволюционных расстояний, используемых для вывода филогенетическое дерево. Филогенетические анализы были проведены в MEGA4 [63]. Пять H. Pylori
штаммы, для которых геномные последовательности были доступны обозначены алмазов. Три основных H. Pylori
группы населения (Восточной Азии, Европы и Западной Африки) могут быть идентифицированы.
Анализ CaGa
и Вака

CagA и VacA два важных H. Pylori
вирулентности факторы, которые секретируются секреции пути типа IV и типа V (автовоз) секреции пути, соответственно [14, 38]. Разнообразие в CaGa
и Вака
генов были подробно исследованы в предыдущих исследованиях, и разнообразие в этих генах обеспечивает основу для набора H. Pylori
штаммов [8, 13-15]. Таким образом, мы проанализировали CaGa
и вача
генов в каждой из двух вновь секвенированы штаммов.
Когда штамм 98-10 инкубировали с AGS эпителиальных клеток желудка, как описано ранее [39], CagA подвергся фосфорилирование тирозина (данные не показаны), что указывает на то, что этот штамм имеет функциональную систему секреции IV типа для транслокации CagA в клетки-хозяева [27]. Белок, кодируемый CagA штамма 98-10 содержит 3 EPIYA мотивы (сайты фосфорилирования тирозина), которые были назначены EPIYA-A, EPIYA-B, и EPIYA-D [14]. Присутствие EPIYA-D мотив характерен H. Pylori
штаммов, выделенных в Восточной Азии [13, 14]. Бульон супернатант культуры из штамма 98-10 вызвал вакуолизация клеток HeLa, что указывает на наличие активного токсина Вака. Этот штамм содержит тип S1C /m1 Вака
аллель, особенность, которая характерна для H. Pylori
штаммов, выделенных в Восточной Азии [15, 40]. Идентификация Восточной Азии CagA и Вака

мотивы в штамм 98-10 согласуется с результатами анализа MLST, который классифицирован штамм 98-10 в качестве члена Восточно-азиатского кластера населения антихеликобактерной <бр> штаммы.
Подобный штамм 98-10, штамм B128 имеет функциональную систему секреции типа IV, которые могут транслоцироваться CagA в эпителиальных клеток желудка, и CagA впоследствии подвергается фосфорилирования тирозина [41]. Белок, кодируемый CagA штамма B128 содержит два EPIYA мотивы, назначенные EPIYA-A и EPIYA-C [14]. Штамм B128 содержит тип S1 /m2 Вака
аллель, но Вака
мутация этого штамма предсказывается, чтобы предотвратить экспрессию полноразмерного белка Вака. Наличие второй мутации была подтверждена анализом нуклеотидной последовательностью вача
фрагмента амплифицировали с помощью ПЦР. Анализ иммуноблот с использованием множественного антисыворотки анти-вака показали, что этот штамм не производит детектируемый белок вака, и отвар супернатант культуры из этого штамма не вызывает вакуолизацию клеток HeLa (данные не показаны).
Характеристику хеликобактерной
ядро ​​генома
делимитацию H. Pylori
основного генома (то есть гены, которые неизменно присутствует во всех H. Pylori
изоляты) представляет интерес, поскольку многие такие гены, вероятно, будут необходимы для колонизации желудка человека. На основе использования анализа соотношения BLAST баллов, как описано в методах, мы идентифицировали 1237 генов, которые присутствовали во всех 5 H. Pylori
геномов (рис 2 и дополнительный файл 1). В предыдущем исследовании, 56 различных штаммов H. Pylori
были проанализированы с помощью методологии массива, а ядро ​​генома 1150 генов, как сообщается, присутствует во всех 56 штаммов [18]. Среди 1150 генов, о которых включают в себя H. Pylori
ядра генома на основе анализа массива, 1094 присутствовали во всех 5 штаммов, анализируемых в настоящем исследовании, как определено с помощью анализа последовательности. Перечень основных генов, обнаруженных во всех пяти штаммов с помощью анализа последовательности, но не с помощью анализа массива включает в себя > 20 генов, расположенных в пределах CAG
PAI. Хотя CAG
PAI присутствует во всех 5 штаммов анализируемых в данном исследовании, эта область ДНК, как известно, отсутствует от многих штаммов H. пилори
[24]. Пять других кластеров смежных генов (каждый из которых по меньшей мере 4 генов в кластере) присутствовали во всех 5 штаммов секвенированы, но отсутствовали в списке основных генов, выявленных с помощью анализа массива (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403 и HP1455-1458) (Дополнительный файл 1). Различия в назначении основных генов в данном исследовании по сравнению с предыдущими исследованиями можно отнести к целого ряда факторов, в том числе различия в количестве штаммов проанализирован и различий в методологии для обнаружения генов. Рисунок 2. Сравнение прогнозируемых протеомов по соотношению BLAST-счет (BSR) анализа. Левая панель показывает анализ BSR белков, кодируемых штамма J99 и HPAG1, штаммом 26695 в качестве эталонного штамма. Правая панель показывает анализ BSR белков, кодируемых штамма 98-10 и B128, с напряжением 26695 в качестве эталонного штамма. РБМ подход анализирует все белки, предсказанные должен быть кодирован с помощью трех геномов, используя меру сходства на основе соотношения бластных оценки, как описано в Методике. Белки, изображенные в поле в левом нижнем углу (BSR ≪ 0,4) соответствуют белков, присутствующих в опорном протеома (штамм 26695), но отсутствует в двух протеомов запроса. Верхний правый квадрант представляет собой белки, законсервированные во всех трех протеомов.
Анализ основных генов 1237 указал, что почти во всех случаях, существуют различия в аминокислотных последовательностей белков, кодируемых отдельных штаммов. Попарных сравнений белков, кодируемых различными штаммами показали, что уровни связанности колебалась от 65% до 100% идентичности аминокислот. Представитель сравнение основных белков, кодируемых двух штаммов (98-10 и 26695), показана на рисунке 3. были идентифицированы только 11 генов, для которых аминокислотные последовательности кодируемых белков были идентичны среди всех 5 штаммов. Семь из этих 11 генов, кодируемых рибосомных белков; другие кодировал фактор инициации трансляции (IF-1), липопротеинов (Lpp20), а жгутика базальный белок тела (FliE) и белок с неизвестной функцией (HP0031). Рисунок 3 связанности основных белков предсказывается кодироваться хеликобактерной штаммы 98-10 и 26695. был определен набор 1237 генов, присутствующих во всех 5 H. Pylori
штаммов, как описано в Методике. Выведенные аминокислотные последовательности соответствующих белков, кодируемых штамма 98-10, были использованы для поиска в базе данных последовательностей, из штамма 26695 с использованием FASTA. Лучший матч был идентифицирован, и процент идентичности аминокислоты рассчитывалась. Гистограмма показывает количество ORF, демонстрирующих указанный уровень идентичности аминокислот.
Анализ расходящихся генов в Восточной Азии рака ассоциированного H. штамма пилорусов

штаммы H. Pylori
изолированы от неродственного люди демонстрируют аллельного разнообразия (как правило, 92-99% нуклеотидной идентичности среди соответствующих аллелей), который обеспечивает основу для классификации штаммов в кластеры населения путем анализа MLST. Несколько генов обладают существенно более высокий уровень аллельного разнообразия. Так, например, по меньшей мере, два гена (CaGa
и sel1
гомолога), как известно, заметно расходящиеся в H. Pylori
штаммов Восточной Азии по сравнению с западными H. Pylori
штаммов [13, 14 , 42]. Мы предположили, что дополнительные гены могут быть сильно расходящийся в штамме-Восточной Азии 98-10 по сравнению с другими 4 секвенированы штаммов. Для идентификации продуктов генов, кодируемые геном 98-10, которые заметно расходящиеся по сравнению с продуктами, кодируемых другими 4 геномов, мы сосредоточились на анализе 1237 основных генов, которые присутствовали во всех 5 штаммов секвенированы. Используя подход, описанный в Methods, мы определили 8 генных продуктов, которые были высоко расходящийся в Восточно-азиатского штамма по сравнению с другими четырех штаммов (таблица 2). К ним относятся CagA и SEL1
гомолога, который ранее, как сообщалось, заметно расходящиеся в азиатских штаммов по сравнению с Восточной штаммов из других частей мира [13, 42]. Аминокислотные последовательности этих дивергентных белков, кодируемых японской штамма 98-10 были каждый ≪ 90% идентична последовательности соответствующих белков из других четырех штаммов (таблица 2). В каждом случае, расходящиеся аллели в штамма 98-10 и соответствующие аллели в остальных четырех штаммов фланкированы тот же хромосомный genes.Table 2 Высоко расходящиеся аллели в Восточной Азии штамма 98-10
число генов
(98-10)

номер Gene (26695)

Описание

% аа тождество (98 -10) а

% идентичности аа
(не 98-10) B

% уникальных сайтов с

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
гомолог
72
92
21
HP9810_889g32
HP0519d
sel1
гомолог
73
92
15
HP9810_905g13
HP0547
CaGa

79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
Последовательности указанных генных продуктов в штаммах 98-10 сравнивались с соответствующими последовательностями в каждом из остальных 4-х штаммов (26695, J99, HPAG1 и B128), и средние идентичности% аминокислот рассчитывались как описано в способах.
б сравнивали последовательности указанных генных продуктов в каждом штамме во всех перестановок, за исключением того, что сравнение с участием штамма 98-10 были исключены из анализа. Среднее значение идентичности% аминокислот были рассчитаны как описано в способах.
CPercentage выровненных участков, в которых белок из штамма 98-10, содержащихся аминокислоту, отличную от соответствующих аминокислот в белках с 4 другими штаммами.
DReported к быть составной частью пилори
основного генома H., на основе по меньшей мере одного анализа массива [18-20].
Как показано на рисунке 1, штамм J99 был наиболее тесно связан с H. Pylori
штаммов изолированных в Западной Африке, кластер населения отличается от тех из других штаммов, для которых геномные последовательности были доступны. Поэтому мы предположили, что специфические гены могут быть весьма расходящиеся в Западной Африке штамма J99 по сравнению с другими 4 секвенированы штаммов. Для того, чтобы идентифицировать такие гены, мы использовали тот же подход, как описано выше. Четыре уникальных весьма расходящиеся аллели были идентифицированы в штамме J99 (таблица 3), каждый из которых кодирует продукты, которые были ≪ 90% идентична соответствующих белков в других четырех штаммов. Уникальные весьма расходящиеся аллели не было легко идентифицировать в штаммы 26695, HPAG1 или B128. Заметным исключением была идентификация высоко расходящегося Вака
аллеля в штамма B128 (ген HPB128_147g10). Идентификация Вака
как расходящийся аллель штамма B128 обусловлена ​​наличием s1 /m2 Вака
аллель этого штамма и наличием s1 /m1 аллелей в четырех других штаммов; М1 и М2 формы VacA обычно имеют только 60-70% идентичность аминокислот в средней области белка [38] .table 3 Сильно расходящиеся аллели в штамм J99
<СОР> <СОР> <СОР> число генов
(J99)

номер Gene (26695)

Описание

% аа тождество (J99) а
<бр>% идентичности аа (не J99) B

% уникальных сайтов с

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
Последовательности указанных продуктов генов в штамм J99 были сопоставлены с соответствующими последовательностями в каждом из остальных 4-х штаммов (26695, HPAG1, B128, и 98-10), а значит, были рассчитаны идентичностей% аминокислот.
Ь последовательности указанных генных продуктов, в каждом из штамма сравнивали во всех перестановок, за исключением того, что сравнение с участием штамма J99, были исключены из анализа. Среднее значение были рассчитаны идентичности% аминокислот.
CPercentage выровненных участков, в которых белок из штамма J99, содержащихся аминокислоты отличаются от соответствующих аминокислот в белках из 4 других штаммов.
D Сообщается, чтобы быть составной частью H. Pylori
ядро ​​генома, на основе по меньшей мере одного анализа массива [18-20].
Идентификация новых генов штамма конкретных
Для идентификации штамм-специфические гены однозначно присутствующие в одном из двух вновь секвенировали геномы, но не ранее секвенировали H. Pylori
геномов, мы снова использовали анализ коэффициентов BLAST оценка, как описано в методах (рисунок 2). Штамм 98-10 содержал 22 новых генов штамм-специфические и напряжение B128 содержится 51 (Дополнительные файлы 2 и 3). Кроме того, мы определили 16 генов, которые присутствовали в обоих штамма 98-10 и B128, но нет ни в одном из ранее секвенировали штаммов (дополнительный файл 4). Некоторые из штаммоспецифической ORF, в H. Pylori
штаммы 98-10 и B128 были &л; 100 нуклеотидов в длину, и неизвестно, действительно ли эти очень короткие ORF, на самом деле переводится в белки. Анализ уникальных штаммов специфических генов в трех ранее секвенировали H. Pylori
геномы (26695, J99 и HPAG1) выявили одинаковое количество уникальных генов штамма специфических (Таблица 1), которые были описаны в предыдущих исследованиях [ ,,,0],29-31].
Чтобы определить потенциальные функции штамма-специфических генов, обнаруженных только у штамма 98-10 или B128 (или оба 98-10 и B128), выведенные белковые последовательности были использованы в качестве запросов для поиска BLAST Ан NCBI база данных нерезервированных белковых последовательностей (таблица 4 и дополнительные файлы 2, 3, 4). Большинство штаммоспецифический белков, обнаруженных только в штамм 98-10 или B128 не были тесно связаны с какими-либо известными белками или были связаны с белками в базе данных, для которых функции не известны. Некоторые из штамма специфических генов, найденных исключительно штамма 98-10 или B128 были ранее обнаружены в штаммов H. пилори
для которых не были определены последовательности генома. Как было описано выше, были идентифицированы вставки последовательности и транспозазу генов, кодирующих (IS607 и ISHp608). Два штамма специфические гены штамма H. Pylori
B128 (HPB128_11g15 и HPB128_11g23), кодируемые белки, относящиеся к типу компонентов системы секреции IV (VirB9 и VirD4, соответственно). Гены в этом кластере (охватывающих HPB128_11g15 к HPB128_11g23) не были обнаружены в оригинальных геномных анализов штаммов J99, 26695, или HPAG1 [29-31], но впоследствии были обнаружены у штамма J99 и ряда других H. Pylori
штаммов [43] .table 4 штаммоспецифической H. Pylori
гены, присутствующие исключительно в штамма 98-10 или B128
<й>
Число генов в указанный штамм (ы) а

<й>
98-10

B128

98-10 и B128

Общее количество штамма Определённые Генеза
22
51
16
Функциональный класс
транспозаза
2 страница 3 из 6
тип гена секреции IV clusterb
0 <бр> 7
0
Гипотетический
17
37
9
Нет матч базы данных
8
8 страница 2 Ближайший матч не хватает известная функция <бр> 9
29
7
Другие
3 4
1
Генные острова, содержащие штамм-специфические genesc страница 2 из 11
3 <бр> aPresent в указанном штамме (ов), а не в какой-либо из других четырех штаммов, для которых геномные последовательности доступны.
bThis группу генов не был обнаружен в первоначальном анализе генома из штамма J99, но был впоследствии обнаружен у штамма J99 [43].
КСОР этого анализа, остров считался присутствовать, если два или более генов штаммоспецифические были в пределах хромосомной локусов.
Интересно, что штамм B128 содержит несколько генов (HPB128_155g19, HPB128_156g11 , HPB128_156g12, HPB128_184g1, HPB128_190g1), по прогнозам, кодируют белки, которые более тесно связаны с белками, кодируемых H. acinonychis
(а
хеликобактером видов выделяют из больших кошек) [44] или H. cetorum
(а виды хеликобактер
выделенные из морских млекопитающих) [45], чем к любому ранее сообщалось H. Pylori
белковых последовательностей (дополнительный файл 3). http://​www.​softberry.​com/​berry.​phtml?​topic=​fgenesb&​group=​programs&​subgroup=​gfindb[56],

• Желудок подтяжка для выгоревших пищевода, опыт 44 cases
• Разнообразие в бактерии-хозяине взаимодействий в пределах вида Helicobacter heilmannii в буквальном смысле слова