Nepgen Haaptrei Analyse vun Helicobacter pylori analyséieren verbonne mat gastric ulceration an gastric Kriibs

Nepgen Haaptrei Analyse vun Helicobacter pylori VerfÜgung analyséieren verbonne mat gastric ulceration an gastric Kriibs VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung bestänneg Kolonisatioun vun der mënschlecher Mo vun Helicobacter pylori VerfÜgung ass mat asymptomatic gastric inflammation (gastritis) verbonnen a eng grouss Gefor ausléisen ulceration, gastric ulceration, an Net-Cardia gastric Kriibs. Am fréiere Studien, pylori der Nepgen Message vum H. VerfÜgung analyséieren vu Patienten mat gastritis oder Krankheet ausléisen oppent analyséiert goufen. An dëser Etude, analyséiert mir de Nepgen Message vun enger H. pylori VerfÜgung Deformatioun (98-10) vun engem Patient isoléiert mat gastric Kriibs an en H. pylori VerfÜgung Deformatioun (B128) vun engem Patient mat gastric oppent Krankheet isoléiert . VerfÜgung Resultater VerfÜgung op multilocus Haaptrei ennerluecht Basis, déi 98-10 Deformatioun B128 VerfÜgung analyséieren vun Osten asiatësch Originen an Klischee ze H. pylori war enk Zesummenhang war déi enk ze analyséieren vun europäeschen Ursprong dinn. Deformatioun 98-10 enthale Multiple Fonctiounen Charakteristik vun Osten asiatësch analyséieren, dorënner eng Zort s1c vacA VerfÜgung allele an enger cagA VerfÜgung allele Zeechesaatz eng EPIYA-D tyrosine phosphorylation Motif. A Kär Nepgen vun 1237 Genen war präsent an all fënnef analyséieren fir déi Nepgen Message goufen sinn. Ënnert dem 1237 Kär Genen, war en Ziel vun alleles héich Duden am Osten asiatësch Deformatioun 98-10, Zeechesaatz Proteinen datt Schatzkummer &Si besteet; 90% Aminosaier Haaptrei Identitéit Verglach zu Proteinen an déi aner véier analyséieren entspriechend. Eenzegaarteg Deformatioun-spezifesch Genen huet zu jidderengen vun den nei Nepgen analyséieren, an eng Formatioun vun Deformatioun-spezifesch Genen identifizéiert war ënner H. pylori VerfÜgung analyséieren mat gastric Kriibs oder premalignant gastric lesions verbonne gedeelt. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung Dës Donnéeë Abléck an d'Diversitéit datt ënnert H. pylori VerfÜgung analyséieren aus diversen Medeziner a geographesch Originen existéiert. Héichgradeg Duden alleles an Deformatioun-spezifesch an dëser Etude identifizéiert Genen fir analyséiert geographescher Raumopdeelung vun H. pylori VerfÜgung nëtzlech biomarkers vertriede kënnen a fir analyséieren kapabel Pinguin malignant oder premalignant gastric lesions. VerfÜgung Background VerfÜgung Helicobacter pylori Erkenntnesser
ass eng Gramm-negativ Spiralgalaxien-gebuerene Bakterie datt de Mënsch Mo. erneieren bewunnt [1]. Bestänneg H. pylori VerfÜgung Kolonisatioun vun der mënschlecher Mo ass eng Risk Faktor fir verschidde Krankheeten, dorënner Net-Cardia gastric adenocarcinoma, gastric lymphoma, an peptic ulceration [1, 2]. D'Heefegkeet vun deene Krankheeten Eurolänner uechter d'Welt. Zum Beispill, ass d'Heefegkeet vun gastric adenocarcinoma méi héich am Osten Asien, Mëttelamerika, an Südamerika wéi am meeschten aneren Deeler vun der Welt [3]. VerfÜgung H. pylori VerfÜgung isolates aus stinn Mënschen engem héijen Niveau vun genetesch Diversitéit Collectioun [4, 5]. Genetesch Variant ass vun analyséiert d'Nukleotid Message vun eenzelne Genen vun verschiddenen H. pylori VerfÜgung analyséieren [6] erhale Magnéitfeld. H. pylori VerfÜgung allelic Diversitéit ass wahrscheinlech d'Konsequenz vu multiple Faktoren, dorënner eng héich Taux vun stattfannen, en héijen Taux vun intraspecies genetesch recombination, an engem laange Jore Geschicht vun den Aarten [4, 7]. Entspriechend alleles zu verschiddene H. pylori VerfÜgung typesch analyséieren sinn 92 bis 99% identesch zu Nukleotid Message [4, 6], mee e puer H. pylori VerfÜgung Genen e vill méi héichen Niveau vun genetesch Diversitéit Collectioun [8, 9]. VerfÜgung Weider gebueden hun gewisen, dass et ass geografesch Variant ënnert H. pylori VerfÜgung analyséieren [10-16]. Baséierend op multilocus Haaptrei Analyse vun engem Rot vu 370 H. pylori VerfÜgung vu Mënschen zu verschiddenen Deeler vun der Welt, siwen Populatiounen vun analyséieren mat verschidde geographesch distributions isoléiert analyséieren hunn identifizéiert ginn [17]. Dës H. pylori VerfÜgung Populatiounsschichte spigelen d'Wanderung vun de Mënschen aus Afrika zu aneren Deeler vun der Welt iwwer eng Zäit geschate ongeféier 58.000 Joer ze ginn [12]. Geographesch Ënnerscheeder tëscht H. pylori VerfÜgung analyséieren kéint eventuell e Faktor ginn, datt d'Variatioune Heefegkeet vun H. pylori VerfÜgung -associated Krankheeten zu verschiddenen Deeler vun der Welt ze erklären hëlleft. VerfÜgung Zousätzlech ënnert H. pylori zu Ofwandlung VerfÜgung analyséieren an de Message vun eenzelne Genen, et ass bedeitend Variant ënnert analyséieren an Gentherapie Inhalt. Eng Etude analyséiert Frankräich DNA aus 56 verschiddene H. pylori VerfÜgung analyséieren mat vill hybridization Methoden an identifizéiert 1150 Genen dass zu all vun der getest analyséieren präsent waren (also eng "Kär" Nepgen vertrëtt) [18]. Vun 1531 Genen analyséiert, goufen 25% do aus op d'mannst een vun den 56 H. pylori VerfÜgung analyséieren. Et war virausgesot datt de H. pylori VerfÜgung Kär Nepgen vun 1.111 Genen wann eng vill méi grouss Sammlung vu isolates getest goufen [18] begräifen géif. Aner Studien hunn d'Existenz vun Kär genomes mat 1091 oder 1281 Genen gemellt, baséiert op DNA vill Analyse vun 34 oder 15 H. pylori VerfÜgung analyséieren, bzw. [19, 20]. Eng Etude confirméiert, datt d'Phylogenes vun H. pylori VerfÜgung analyséieren baséiert op MLST Analyse huet jiddereen aner aus der Phylogenes vun H. pylori VerfÜgung analyséieren baséiert op Analyse vun der Gentherapie Inhalt [18]. VerfÜgung Ee vun de stäerkste markant Differenzen an der Gentherapie Inhalt ënnert H. pylori VerfÜgung analyséieren ass d'Presenz oder Feele vun enger 40-kB Regioun vun chromosomal DNA wéi d'cag VerfÜgung pathogenicity Insel (PAI) [8, 21-24] bekannt. An de Vereenegte Staaten an Europa, ronn 50-60% vun H. pylori VerfÜgung analyséieren enthale der cag VerfÜgung PAI an de Rescht analyséieren Manktem dëser Regioun vun der chromosome [8, 21-24]. An villen aneren Deeler vun der Welt, dorënner Osten Asien, bal all H VerfÜgung. pylori VerfÜgung analyséieren enthale der cag VerfÜgung PAI [15, 25, 26]. Den H. pylori cag VerfÜgung PAI encodes eng effector FAQ, CagA, an enger Zort IV secretion Staatsapparat datt CagA an gastric epithelial Zellen [27] translocates. H. pylori VerfÜgung analyséieren ausser der cag VerfÜgung PAI mat eng fräi Risiko vun Net-Cardia gastric Kriibs oder peptic oppent Krankheet Verglach zu analyséieren verbonne sinn, datt de cag Manktem VerfÜgung PAI [21, 28]. D'Korrelatioun tëscht dës Krankheeten a Präsenz vun der cag VerfÜgung PAI liwwert e Beispill wéi d'Medeziner Resultat vum H. pylori VerfÜgung Wonn am Kader vun genetesch Charakteristiken vun der analyséieren alles ass mat deem eng Persoun infizéiert ass. VerfÜgung am fréiere Studien, hunn déi komplett genomes vun dräi H. pylori VerfÜgung analyséieren analyséiert goufen [29-31]. Dës dräi H. pylori VerfÜgung analyséieren sech vu Patienten isoléiert déi gastritis haten, atrophic gastritis, oder ausléisen oppent Krankheet. An der aktueller Etude, géng mer genetesch Charakteristike vun H. pylori VerfÜgung analyséieren vu Patienten mat zwou verschiddene H. pylori VerfÜgung -associated Krankheeten isoléiert ze analyséieren: gastric oppent an gastric Kriibs. Fir dës Analyse, ausgewielt mir eng gastric oppent Deformatioun (B128) dass erhale der Mamm vu Mais a Persounen gerbils bewunnt. Dës Efforten ass besonnesch interessant well en Déier-passaged ADR vun Deformatioun B128 (Deformatioun 7.13) gastric Kriibs an engem Persounen gerbil Modell Ursaachen [32, 33]. Fir eng Analyse vun engem gastric Kriibs-verbonne H. pylori VerfÜgung Klischee, mir ausgewielt Deformatioun 98-10, déi aus engem gastric Kriibs Patient an Japan [34], e Land mat enger ganz héich Heefegkeet vun gastric Kriibs isoléiert war [3 , 35]. VerfÜgung Resultater General Charakteristike vun H. pylori VerfÜgung genomes VerfÜgung Virum aktuell Etude, déi komplett Nepgen Message vum H. pylori VerfÜgung analyséieren vom Patienten mat iwwerflächlech gastritis VerfÜgung, atrophic gastritis, oder Krankheet ausléisen oppent hat gemellt ginn [29-31]. An der aktueller Etude, analyséiert mir de Nepgen Message vun enger H. pylori VerfÜgung Deformatioun (98-10), déi vun engem Patient mat gastric Kriibs [34] an enger Deformatioun (B128) isoléiert war, datt aus engem Patient mat gastric isoléiert war oppent Krankheet [32]. Allgemeng Charakteristike vun der zwee vun der aktueller Etude am Vergläich zu dräi virdrun Nepgen genomes analyséiert genomes zu Table zesummegefaasst sinn 1. Fir transposable genetesch Elementer identifizéieren dass an déi zwee nei Nepgen genomes präsent wier, goufen d'Nukleotid Message vun all Nepgen als ufroën benotzt eng Enregistréiere Haaptrei Datebank http ze sichen:.. //www-ass biotoul fr. Deformatioun 98-10 enthale ORFs (HP9810_5g1 an HP9810_5g2) homologous zu ORFs zu IS607 (Bäitrëtt Zuel AF189015) fonnt [36]. Deformatioun B128 enthale ORFs (HPB128_26g16, HPB128_26g17, an HPB128_26g18) homologous zu ORFs zu ISHp608 (Bäitrëtt Zuel AF357224) fonnt, mä Nukleotid insertions sinn dermat d'transposase Gentherapie zu Deformatioun B128 ze desorganiséieren [37]. IS607 an ISHp608 sinn net präsent an keng vun den dräi H. pylori VerfÜgung analyséieren fir déi Nepgen Message virdrun sinn waren. A leschter Etude confirméiert datt IS607 war zu ronn 20% vun H. pylori VerfÜgung analyséieren [36] fonnt. ISHp608 ass nonrandomly geografesch ënnert H. pylori VerfÜgung analyséieren verdeelt, an dat Element gemellt gouf méi räich an analyséieren vum Quartier Patienten mat gastric Kriibs ze ginn wéi an analyséieren vum Quartier Patienten mat gastritis nëmmen [37] .Table 1 Charakteristike vum H. pylori VerfÜgung genomes VerfÜgung zu H. pylori Deformatioun
zu 26695
J99
HPAG1
98-10
B128
Origin VerfÜgung UK VerfÜgung US VerfÜgung Schweden
Japan VerfÜgung US VerfÜgung Gastritis Genau statea VerfÜgung nëmmen VerfÜgung DU AG VerfÜgung GC VerfÜgung gu VerfÜgung cag VerfÜgung PAI VerfÜgung Jo VerfÜgung Jo Jo VerfÜgung Jo VerfÜgung Jo VerfÜgung vacA VerfÜgung genotype VerfÜgung s1a /M1 VerfÜgung s1b /M1 VerfÜgung s1b /M1 VerfÜgung s1c /M1 VerfÜgung s1a /m2h
Genom Gréisst (Mo) VerfÜgung 1,67 VerfÜgung 1,64 VerfÜgung 1.61b VerfÜgung 1.6c VerfÜgung 1.6c VerfÜgung Total keen. vun ORFs VerfÜgung 1564d VerfÜgung 1491e VerfÜgung 1544f VerfÜgung 1527 bis 1731 VerfÜgung Nr vun Deformatioun-spezifesch genesg VerfÜgung 69 zu 23 zu 38 zu 22 zu 51 zu engem DU, ausléisen oppent; AG, atrophic gastritis; GC, gastric Kriibs; Gu, gastric oppent VerfÜgung b Includes engem 9,3 KB plasmid. VerfÜgung c Den Daniel Nepgen Gréisst vun Deformatioun 98-10 ass op Analyse vun 51 grouss contigs baséiert, wéi zu festgeluecht. Den Daniel Nepgen Gréisst vun Deformatioun B128 ass op Analyse vun 73 grouss contigs baséiert. VerfÜgung d der aktueller Analyse baséiert op Donnéeën aus TIGR erofgeluede, mat 1564 ORFs. Am Géigesaz, engem Dësch op der TIGR Internetsite Lëschte 1587 ORFs zu Deformatioun 26695, an Genbank Haaptrei Fichier'en och 1566 ORFs aus Deformatioun 26695. VerfÜgung E Weider ORFs, net an deem Ganzen abegraff, sech dono zu Deformatioun J99 [43] fonnt. VerfÜgung f d'HPAG1 chromosome enthält 1.536 virausgesot FAQ-coding Genen, an de Rescht sinn op engem plasmid Texter. VerfÜgung g Sëtzungen an nëmmen ee vu fënnef an dëser Etude analyséiert analyséieren. VerfÜgung h vacA VerfÜgung ass gekierzt zu Deformatioun B128. VerfÜgung MLST Analyse vum H. pylori VerfÜgung analyséieren VerfÜgung am virdrun Studien, huet MLST Analyse benotzt ginn H. ze klassifizéieren pylori VerfÜgung isolates an e puer haplogroups datt verschidde geographesch distributions hunn [17]. Fir uginn déi zwee nei Nepgen H. pylori VerfÜgung analyséieren zu eent vun de virdru beschriwwen Populatioun Stärekéip, am Verglach mir aacht Gentherapie Message vun all Efforten ze desinfizéieren Message vun 434 aner H. pylori VerfÜgung isolates, andeems en MLST Datebank als zu de Methode beschriwwen. Baséierend op dësem Analyse, Deformatioun 98-10 war als Member vun der B128 Stärekoup an Deformatioun Osten asiatësch Populatioun séiert war als Member vun der europäescher Bevëlkerung Stärekoup klassifizéiert. Eng Nopesch-Bäitrëtt Bam Relatiounen vun der zwee nei Nepgen analyséieren ze Vertrieder Referenzmaterial analyséieren vom verschiddenste geographesche Plazen alldeegleche Liewen ass zu Dorënner 1. D'Käre op dëser Nopesch-Bäitrëtt Bam spigelt wourop der geographescher Originne vun der Referenz analyséieren duergestallt huet, an ass zu Accord mat virdrun Uerderen vun der Referenz analyséieren ze z'ënnerscheedde Populatioun Gruppen [18]. Am Accord mat engem fréiere Rapport [17], ee vun den virdrun Nepgen H. pylori VerfÜgung analyséieren (J99) war déi enk ze analyséieren an Westafrika, an anerer (26695) war déi streng wëssenschaftlech ze analyséieren isoléiert an Europa isoléiert Zesummenhang . Eng drëtt H. pylori VerfÜgung Deformatioun (HPAG1) vun engem Welpen Etude analyséiert war enk ze analyséieren Zesummenhang vun Europa isoléiert. Figur 1 weist, datt Efforten 98-10 ass déi enk ze analyséieren vun Osten asiatësch Originen dinn, an duerfir, Deformatioun 98-10 gehéiert zu enger Populatioun Stärekoup verschidde vun deene vun analyséieren fir déi Nepgen Message huet virdru gemellt. Zesummen, vertrieden Nepgen Message sinn fir Analyse dräi haapt geographescher Populatiounen vun H. pylori VerfÜgung analyséieren [Europäesch (26695, HPAG1, an B128), West afrikanesch (J99), an Ost asiatësch (98-10)]. Figur 1 Phylogenetic Struktur baséiert op der Haaptrei Analyse vun 8 H. pylori Kär Genen. H. pylori VerfÜgung vun dëser Figur analyséiert analyséieren och analyséieren 98-10, B128, dräi analyséieren fir déi Nepgen Message virdrun alles goufen (26695, J99, HPAG1), a Vertrieder aus Patienten isoléiert analyséieren an diversen geographesche Plazen [18]. D'Figur Lëschte d'Deformatioun Bezeechnunge an de Länner wou analyséieren isoléiert huet. D'Nukleotid Message vun der concatenated MLST loci goufen ageriicht an verglach, wéi zu Method beschriwwen. All Positioune mat thematiséieren an vermësst Date goufen vun den Donnéeën éliminéiert. Et goufen am Ganzen 3041 Positiounen an der Finale Donnéeën. Nopesch-Bäitrëtt Beem baséieren op Distanzen geschate vun den 2-Parameter Modell vun Nukleotid Kimura Wiessel gebaut [57, 58]. D'bootstrap Konsens Bam vun 1000 gefaart opgrond z'accordéieren déi verännert Geschicht vun der analyséieren ze vertrieden analyséiert [59]. Secteuren entspriechende Cloisonnementer Reproduktioun vun manner ewéi 50% bootstrap gefaart zesummegefall sinn. De Bam ass ze Skala opgesat, mat entstoen Virsaz an déi selwecht Unitéiten, wéi déi vun der verännert Distanze benotzt der phylogenetic Bam ze soen. Phylogenetic analyséiert goufen zu MEGA4 [63] gehaal. Fënnef H. pylori VerfÜgung analyséieren fir déi Nepgen Message sinn waren si vun Diamante mat. Dräi haapt H. pylori VerfÜgung Populatioun Gruppen (Osten asiatesch, europäescher, an West afrikanesch) sinn identifizéiert. VerfÜgung Analys vun cagA VerfÜgung an vacA
CagA an VacA sinn zwee wichteg H. pylori
virulence Faktoren, déi vun engem Typ IV secretion Passerelle an enger Zort V (autotransporter) secretion Passerelle, bzw. [14, 38] secreted sinn. Diversitéit vun cagA VerfÜgung an vacA VerfÜgung Genen ass am Detail am virdrun Studien propagéieren, an Diversitéit vun dësen Genen stellt eng Basis fir nozesichen H. pylori VerfÜgung analyséieren [8, 13-15]. Dofir, mir der cagA VerfÜgung an vacA VerfÜgung Genen vun jidderengen vun den zwou nei Nepgen analyséieren analyséiert. VerfÜgung Wann Deformatioun 98-10 mat AGS gastric epithelial Zellen virdrun ëmschriwwen incubated war [39], mécht CagA tyrosine phosphorylation (Daten dës net), wat bedeit, datt dës Efforten fir br vun CagA an Provider Zellen engem funktionell Typ IV secretion System huet [27]. D'CagA FAQ vun Deformatioun encoded 98-10 enthält 3 EPIYA motifs (Siten vun tyrosine phosphorylation), déi EPIYA-A, bezeechent goufen EPIYA-B, an EPIYA-D [14]. D'Präsenz vun enger EPIYA-D 'Motiv ass charakteristesch vun H. pylori VerfÜgung am Osten Asien isoléiert analyséieren [13, 14]. Fleeschbritt läschen Kultur supernatant aus Deformatioun 98-10 ëmmer vacuolation vun Hela Zellen, beweist d'Presenz vun engem aktive VacA toxin. Dës Efforten enthält eng Zort s1c /M1 vacA VerfÜgung allele, eng Fonktioun, déi vun H. pylori VerfÜgung analyséieren isoléiert am Osten Asien Eegenheet ass, [15, 40]. Identifikatioun vun Osten asiatësch cagA VerfÜgung an vacA VerfÜgung motifs an Deformatioun 98-10 ass konsequent mat de Resultater vun der MLST Analyse, déi Efforten 98-10 als Member vun der East asiatësch Populatioun Stärekoup vun H. pylori séiert
analyséieren. VerfÜgung Ähnlech 98-10, Deformatioun B128 huet eng funktionell Typ IV secretion System ze Klischee datt CagA an gastric epithelial Zellen translocate kann, an CagA awer dono tyrosine phosphorylation [41]. D'CagA FAQ vun Deformatioun B128 encoded enthält zwee EPIYA motifs, designéierte EPIYA-A an EPIYA-C [14]. Deformatioun B128 enthält eng Zort S1 /m2 vacA VerfÜgung allele, mä eng vacA VerfÜgung stattfannen an dëser Klischee ass virausgesot Ausdrock vun enger voller-Längt VacA FAQ ze verhënneren. Der Presenz vun der Pai stattfannen war vun Nukleotid Haaptrei Analyse vun e Brochstéck vun Hinnen alleguer Implikatioune VerfÜgung vacA confirméiert. Immunoblot Analyse uginn Multiple anti-VacA antisera benotzt dass dës Efforten net e Magnéitfeld VacA FAQ, a Fleeschbritt läschen Kultur supernatant aus dëser Deformatioun produzéiere gemaach hutt Ursaach net vacuolation vun Hela Zellen (Donnéeën net gewisen). VerfÜgung Characterization vun den H. pylori
Kär Nepgen VerfÜgung Delineation vun engem H. pylori VerfÜgung Kär Nepgen (dh Genen dass konsequent an all H. pylori VerfÜgung isolates sinn) vun Interessi ass, well vill wéi Genen wahrscheinlech néideg fir Kolonisatioun sinn vun de Mënscherechter Moo. Baséierend op de Gebrauch vun stoung Verhältnis Analyse Héichiewe wéi an der Method beschriwwen, identifizéiert mir 1237 Genen datt VerfÜgung genomes an all 5 H. pylori präsent waren (Dorënner 2 an Weider Fichier 1). An enger viregter studéieren, 56 verschidden analyséieren VerfÜgung H. pylori sech duerch vill Methodik analyséiert, an engem Kär Nepgen vun 1150 Genen war gemellt fir an all 56 analyséieren present ginn [18]. Ënnert dem 1150 Genen Rapport zu den H. pylori VerfÜgung Kär Nepgen representéieren baséiert op vill Analyse, goufen 1094 presentéieren an all 5 an der aktueller Etude analyséiert analyséieren, wéi déi vun der Haaptrei Analyse alles. D'Lëscht vun Kär Genen an all fënnef analyséieren vun Haaptrei Analyse fonnt mä net duerch vill Analyse ëmfaasst > 20 Genen am cag wellkomm VerfÜgung PAI. Obwuel d'cag VerfÜgung PAI zu der aktueller Etude analyséiert presentéieren an all 5 analyséieren ass, dëser Regioun vun DNA ass bekannt aus ville H. pylori VerfÜgung analyséieren veréiert ze ginn [24]. Fënnef aner Stärekéip vun Misère Genen (all mat mindestens 4 Genen pro Stärekoup) präsent waren an all 5 Nepgen analyséieren, mä aus der Lëscht vun Kär Genen veréiert goufen duerch vill Analyse identifizéiert (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403, an HP1455-1458) (Zousätzleche Fichier 1). D'Ënnerscheeder vun Bezeechnung vun Kär Genen vun der aktueller Etude ze virdrun Studien Verglach kann zu villen Faktoren zougeschriwwen ginn, dorënner och Ënnerscheeder an der Zuel vun analyséieren analyséiert a Differenzen an Methodik fir Gentherapie erkennen. Figur 2 Se virausgesot proteomes vun Blast-stoung Verhältnis (BSR) Analyse. Lénks Rot weist eng BSR Analyse vun Proteinen vun Deformatioun J99 an HPAG1 encoded, mat Deformatioun 26695 als Referenz Klischee. D'Recht Rot weist eng BSR Analyse vun Proteinen vun Deformatioun encoded 98-10 an B128, mat Deformatioun 26695 als Referenz Klischee. D'BSR Approche Analysë all Proteinen virausgesot vun dräi genomes encoded gin, eng Mesure vun Ähnlechkeet mat baséiert op de Resultater vun den Héichiewe ragerullt, wéi zu de Methode beschriwwen. Proteinen duergestallt bannent der Këscht um ënneschten lénks Corner (BSR &Si besteet; 0,4) sëlwecht Proteinen präsent an der Referenz proteome (Deformatioun 26695) mee do aus der zwee fonktionnéiert proteomes. Déi uewen riets ugeholl duerstellt an all dräi proteomes conserved Proteinen. Uginn Eng Analyse vun der 1237 Kär Genen VerfÜgung datt, an bal all Fäll, do waren Differenzen am Aminosaier Message vun der Proteinen vun eenzelne analyséieren encoded. Pairwise Vergläicher vu Proteinen vun verschidden analyséieren encoded uginn, datt de Niveau vun relatedness vun 65% op 100% Aminosaier Identitéit gounge. E Vertrieder Verglach vun de Kär Proteinen vun zwee analyséieren encoded (98-10 an 26695) ass an Dorënner 3. Nëmmen 11 Genen fir déi d'Aminosaier Message vun encoded Proteinen waren identesch ënnert all 5 analyséieren sech identifizéiert gewisen. Seven vun dësen 11 Genen ribosomal Proteinen encoded; anerer encoded enger Iwwersetzung Initiatioun Faktor (WANN-1), engem lipoprotein (Lpp20), engem flagellar basal Kierper FAQ (FliE), an enger FAQ vum onbekannte Funktioun (HP0031). Figur 3 Relatedness vum Kär Proteinen virausgesot vum H. pylori encoded ze analyséieren 98-10 an 26695. Eng Formatioun vun 1237 Genen presentéieren an all 5 H. pylori VerfÜgung analyséieren bestëmmt war, wéi an de Methode beschriwwen. D'Mëllechstrooss Aminosaier Message vun der HTML Proteinen vun Deformatioun encoded 98-10 goufen benotzt enger Datebank vum Message vu Klischee 26695 ze Sich FastA benotzt. Déi bescht Match war identifizéiert, an der Prozent Aminosaier Identitéit berechent. Ugëtt weist d'Zuel vun ORFs der uginn Niveau vun Aminosaier Identitéit suer-. VerfÜgung Analys vun Duden Genen vun enger Ost asiatësch Kriibs-verbonne H. pylori VerfÜgung Deformatioun VerfÜgung H. pylori VerfÜgung analyséieren aus allerdéngs net isoléiert Mënschen Collectioun allelic Diversitéit (normalerweis 92-99% Nukleotid Identitéit ënnert entspriechend alleles), déi fir Klassifikatioun vun analyséieren an Bevëlkerung Stärekéip via MLST Analyse eng Basis gëtt. Puer Genen engem méi héichen Niveau vun allelic Diversitéit Collectioun. Zum Beispill, sinn op d'mannst zwou Genen (cagA VerfÜgung an enger sel1 VerfÜgung homologue) bekannt pylori VerfÜgung analyséieren am Osten asiatësch H. Ofstand Duden ze ginn Verglach zu Western H. pylori VerfÜgung analyséieren [13, 14 , 42]. Mir Hypothes, datt zousätzlech Genen am Osten asiatësch Deformatioun héich Duden ginn 98-10 Verglach zu den aneren 4 Nepgen analyséieren. Fir Gentherapie Produiten z'identifizéieren encoded vun der Nepgen vun 98-10 datt Ofstand Duden sinn am Verglach mat Produite vun der aner 4 genomes encoded, do hu mer op der Analyse vun de 1237 Kär Genen datt an all 5 Nepgen analyséieren präsent waren. Andeems se mat der Approche vun Method beschriwwen, identifizéiert mir 8 Gentherapie Produiten, datt héich Duden am Osten asiatësch Deformatioun sech am Verglach zu der aner véier analyséieren (Table 2). Dozou gehéiert CagA an enger sel1 VerfÜgung homologue, déi virdrun gemellt waren am Osten asiatësch analyséieren Ofstand Duden ze ginn Verglach zu analyséieren aus aneren Deeler vun der Welt [13, 42]. D'Aminosaier Message vun dësen Duden Proteinen vun der japanescher Deformatioun encoded 98-10 goufen all &Si besteet; 90% sëlwecht Message vu Proteinen vum aner véier analyséieren entspriechend (Table 2). An all Fall, sech Agang den Duden alleles zu Deformatioun 98-10 an entspriechend alleles am anere véier analyséieren duerch d'selwecht chromosomal genes.Table 2 immens Duden alleles am Osten asiatësch Deformatioun 98-10 VerfÜgung Gene Zuel VerfÜgung (98-10)
Gene Zuel (26695)
Beschreiwung
% AA Identitéit (98 -10) eng
% AA Identitéit VerfÜgung (Net-98-10) b
% eenzegaarteg Siten c

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
VerfÜgung homologue 72 zu 92 zu 21 VerfÜgung HP9810_889g32 VerfÜgung HP0519d VerfÜgung sel1 VerfÜgung 73 VerfÜgung homologue VerfÜgung 92 zu 15 VerfÜgung HP9810_905g13 VerfÜgung HP0547
cagA VerfÜgung
79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
engem De Message vun der uginn Gentherapie Produiten zu Deformatioun 98-10 goufen am Verglach mam entspriechende Message vun jidderengen vun den anere 4 analyséieren (26695, J99, HPAG1 an B128), a mengen% Aminosaier Identitéite berechent sech esou zu Method beschriwwen.
b de Message vun der uginn Gentherapie Produiten an all Efforten an all dohinner gehéiert Verglach waren, ausser datt Vergläicher mat Deformatioun 98-10 aus Analyse ausgeschloss waren. Mengen% Aminosaier Identitéite berechent sech esou zu Method beschriwwen. VerfÜgung cPercentage vun ongeféier Siten an deem d'FAQ aus Deformatioun 98-10 eng Aminosaier aus dem entspriechende Aminosaier Saieren zu Proteinen aus 4 aner analyséieren anescht aus. VerfÜgung dReported ze eng Assemblée vun den H. pylori VerfÜgung Kär Nepgen ginn, baséiert op mannst eng Partie Analyse [18-20]. VerfÜgung als zu Dorënner 1, Deformatioun J99 stäerkste enk ze H. pylori VerfÜgung analyséieren dinn huet dës an Westafrika, eng Bevëlkerung Stärekoup verschidde vun deene vun der aner analyséieren isoléiert fir déi Nepgen Message goufen sinn. Dofir, Hypothes mir dass spezifesch Genen am West afrikanesch Deformatioun J99 Verglach zu den aneren 4 Nepgen analyséieren héich Duden ginn. Fir esou Genen identifizéieren, déi mer déi selwecht Approche wéi uewe beschriwwen. Véier eenzegaarteg héich Duden alleles sech zu Deformatioun J99 identifizéiert (Table 3), all Zeechesaatz Produiten, datt sech &Si besteet; 90% sëlwecht Proteinen an déi aner véier analyséieren entspriechend. Eenzegaarteg héich Duden alleles sech net geschloe ginn identifizéiert analyséieren 26695, HPAG1, oder B128. Eng Ausnam ass d'Identifikatioun vun engem héich Duden vacA VerfÜgung allele zu Deformatioun B128 (Gentherapie HPB128_147g10). Identifikatioun vun vacA VerfÜgung als Duden allele zu Deformatioun B128 zu der Presenz vun enger S1 /m2 vacA VerfÜgung allele an dëser Klischee an der Präsenz vun S1 /M1 alleles an de véier aner analyséieren Deel ass; M1 an m2 Formen vun VacA Collectioun normalerweis just 60-70% Aminosaier Identitéit innerhalb der Mëtt-Regioun vun der FAQ [38] .Table 3 immens Duden alleles zu Deformatioun J99 VerfÜgung Gene Zuel VerfÜgung (J99)
Gene Zuel (26695)
Beschreiwung
% AA Identitéit (J99) eng VerfÜgung
% AA Identitéit (Net-J99) b
% eenzegaarteg Siten c

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
engem De Message vun der uginn Gentherapie Produiten zu Deformatioun J99 huet Verglach mat Message vun jidderengen vun den anere 4 analyséieren (26695, HPAG1, B128, an 98-10) lueden, an mengen% Aminosaier Identitéite berechent huet. VerfÜgung b D' Message vun der uginn Gentherapie Produiten an all Efforten sech zu all dohinner gehéiert Verglach, ausser datt Vergläicher Deformatioun J99 sensibiliséieren sech aus Analyse ausgeschloss. Mengen% Aminosaier Identitéite berechent huet. VerfÜgung cPercentage vun ongeféier Siten an deem d'FAQ aus Deformatioun J99 enthale eng Aminosaier verschidde vun de jeeweilegen Aminosaier Saieren zu Proteinen aus 4 aner analyséieren. VerfÜgung d gemellt eng Assemblée vun der ze gin H. pylori VerfÜgung Kär Nepgen, baséiert op mannst eng Partie Analyse [18-20]. VerfÜgung Umeldung vun Roman Deformatioun-spezifesch Genen VerfÜgung fir Deformatioun-spezifesch Genen eendeiteg präsent an ee vun den zwee nei Nepgen z'identifizéieren genomes virdrun awer net Nepgen H. pylori VerfÜgung genomes, déi mir erem e Verhältnis Analyse Blast stoung, wéi an de Methode (Dorënner 2) beschriwwen. Deformatioun 98-10 enthale 22 Roman Deformatioun-spezifesch Genen an Deformatioun B128 enthale 51 (Zousätzleche Fichieren 2 an 3). Zousätzlech, identifizéiert mir 16 Genen dass an béiden Deformatioun präsent waren 98-10 an B128, mä net an all vun den virdrun Nepgen analyséieren (Zousätzleche Fichier 4). E puer vun de Klischee-spezifesch ORFs zu H. pylori VerfÜgung analyséieren 98-10 an B128 sech &Si besteet; 100 nucleotides laang, an et ass nach onsécher, ob oder net dës ganz kuerz ORFs sinn an Proteinen eigentlech iwwersat. Eng Analyse vun eenzegaarteg Deformatioun spezifesch Genen vun den dräi Nepgen virdrun H. pylori VerfÜgung genomes (26695, J99, an HPAG1) Teamchef eng ähnlech Zuel vun eenzegaarteg Deformatioun-spezifesch Genen (Table 1), déi an de leschte Studien Débatte [ ,,,0],29-31]. VerfÜgung fir Potential Funktiounen vun de Klischee-spezifesch Genen zougestanen huet an Deformatioun 98-10 oder B128 (oder béiden 98-10 an B128), der Mëllechstrooss FAQ Message als Ufroen fir Blast Recherche vun engem fonnt z'identifizéieren benotzt NCBI Datebank vun Net-iwwerflësseg FAQ Message (Table 4 an Weider Fichieren 2, 3, 4). Déi meescht vun de Klischee-spezifesch Proteinen Alleng zu Deformatioun 98-10 oder B128 fonnt goufen enk net zu all bekannt Proteinen ze dinn oder sech ze Proteinen an d'Datebank ze dinn fir déi d'Funktiounen sinn net bekannt. E puer vun de Klischee-spezifesch Genen hunn alles am analyséieren vun H. pylori VerfÜgung fir déi den Daniel Nepgen Message net exklusiv zu Deformatioun 98-10 oder B128 fonnt virdrun erwëscht. Wéi uewen beschriwwen, Enregistréiere Message an transposase-Zeechesaatz Genen (IS607 an ISHp608) sech identifizéiert. Zwee Deformatioun-spezifesch Genen vun H. pylori VerfÜgung Deformatioun B128 (HPB128_11g15 an HPB128_11g23) encoded Proteinen Zesummenhang IV secretion System Komponente (VirB9 an VirD4, bzw.) zu Typ. D'Genen vun dëse Stärekoup (Rennsport HPB128_11g15 zu HPB128_11g23) waren am Original Frankräich Analysë vun analyséieren J99, 26695, oder HPAG1 net nogewise [29-31], mä sech dono zu Deformatioun J99 an e puer aner H. pylori VerfÜgung analyséieren fonnt [43] .Table 4 Deformatioun-spezifesch H. pylori VerfÜgung Genen presentéieren exklusiv zu Deformatioun 98-10 oder B128 VerfÜgung zu Zuel vun Genen vun déi uginn Deformatioun (s) en
zu 98-10
B128
98-10 an B128 VerfÜgung Total Zuel vun Deformatioun VerfÜgung -specific genesa VerfÜgung 22 zu 51 zu 16 VerfÜgung Fonctionnement Klass VerfÜgung Transposase VerfÜgung 2 VerfÜgung 3 VerfÜgung 6 VerfÜgung Type IV secretion Gentherapie clusterb VerfÜgung 0
7 VerfÜgung 0 VerfÜgung hypothetesch VerfÜgung 17 zu 37 VerfÜgung 9 VerfÜgung keng Datebank Match VerfÜgung 8 VerfÜgung 8 VerfÜgung 2 VerfÜgung nootste Match Éloquence bekannt Funktioun
9 bis 29 VerfÜgung 7 VerfÜgung Aner VerfÜgung 3 VerfÜgung 4 VerfÜgung 1 VerfÜgung Gene Inselen Deformatioun-spezifesch genesc VerfÜgung 2 VerfÜgung 11 VerfÜgung 3
aPresent am uginn Deformatioun (s), mee net an enger vun den anere véier analyséieren fir déi Nepgen Message sinn. bThis Grupp vun Genen VerfÜgung net am original Analyse vun der Nepgen aus Deformatioun J99 nogewise gouf, mä gouf zu Deformatioun J99 fonnt [43]. VerfÜgung cFor Analyse, war eng Insel präsent ze gin als wann zwou oder méi Efforten-spezifesch Genen am Misère chromosomal loci goufen. VerfÜgung Spannen, Deformatioun B128 enthält puer Genen (HPB128_155g19, HPB128_156g11 , HPB128_156g12, HPB128_184g1, HPB128_190g1) virausgesot Proteinen ze gerannt datt zu Proteinen encoded vum H. acinonychis VerfÜgung (e Helicobacter VerfÜgung Arten aus grouss Kazen isoléiert) [44] oder H. cetorum VerfÜgung (eng méi enk Zesummenhang sinn Helicobacter VerfÜgung Arten vun Mier Mamendéieren isoléiert) [45] wéi zu all Rapport virdrun H. pylori VerfÜgung FAQ Message (Zousätzleche Fichier 3). http://​www.​softberry.​com/​berry.​phtml?​topic=​fgenesb&​group=​programs&​subgroup=​gfindb[56],

• Mo. pullup fir verbrannt aus esophagus, eng Erfahrung vun 44 cases
• Diversitéit vun Bakterie-Provider Interaktioune innerhalb der Art Helicobacter heilmannii sensu stricto