Genomo sekos analizė Helicobacter pylori padermių, susijusių su skrandžio opų ir skrandžio cancer

genomo sekos analizės Helicobacter pylori
padermių, susijusių su skrandžio opų ir skrandžio vėžio
tezės
Fono
patvarių kolonizacijos žmogaus skrandžio Helicobacter pylori
yra susijęs su besimptome skrandžio uždegimas (gastritas) ir padidėjusia rizika dvylikapirštės žarnos opų, skrandžio opų, ir ne CARDIA skrandžio vėžio. Ankstesniais tyrimais, genomo sekos H. pylori
padermės iš pacientų, sergančių gastritu ar dvylikapirštės žarnos opaligė buvo analizuojami. Šiame tyrime mes analizuojami genomo sekas, H. pylori
štamo (98-10) izoliuotas nuo paciento su skrandžio vėžiu ir H. pylori pervežimas padermės (B128) izoliuotas nuo paciento su skrandžio opaligė rezultatai.
remiantis multilocus sekos rašyti, kamienas 98-10 buvo labiausiai susijusi su H. pylori
padermių Rytų Azijos kilmės ir deformacijų B128 buvo labiausiai susiję su padermių Europos kilmės. Deformacijų 98-10 esančius kelis būdingus bruožus Rytų Azijos padermių, įskaitant tipo s1c Vaca
alelio ir CagA
alelio koduoja EPIYA-D tirozino fosforilinimo motyvas. Esminis genomo 1237 genų dalyvavo visose penkiose štamų, kurie genomo sekos buvo prieinama. Tarp 1237 pagrindinių genų, iš alelių pogrupyje buvo labai skiriasi Rytų Azijos kamieno 98-10, kodavimas baltymus, kurie eksponavo < 90% aminorūgščių seka tapatybės, palyginus su baltymų kitų keturių kamienų. Unikalūs įtempimo konkrečiai genai buvo nustatyta kiekvieno iš naujai sekvenuotuose kamienų ir įtampos konkrečių genų rinkinys buvo dalijamasi tarp H. pylori
padermių, susijusių su skrandžio vėžio ar ikivėžinių skrandžio pakitimų.
Išvada
Tai duomenys suteiks įžvalgų įvairovės, kuri egzistuoja tarp H. pylori
padermių iš įvairių klinikinių ir geografinių kilmės. Labai skirtingi aleliai ir deformacijų konkrečiai genai nustatyti šiame tyrime gali atstovauti naudingų biologinių žymeklių analizuoti geografinę atitvarų, H. pylori parsisiųsti ir nustatant štamų gali paskatinti piktybinių ar ikivėžinių skrandžio pakitimus.
Background
Helicobacter pylori
yra gram-neigiamas spiralės formos bakterija, kuri nuolat kolonizuoja žmogaus skrandį [1]. Patvarūs H. pylori
kolonizacija žmogaus skrandžio yra rizikos veiksnys dėl kelių ligų, įskaitant ne CARDIA skrandžio adenokarcinoma, skrandžio limfomos ir dvylikapirštės žarnos opų [1, 2]. Šių ligų dažnis žymiai skiriasi visame pasaulyje. Pavyzdžiui, skrandžio adenokarcinoma dažnis yra gerokai didesnis Rytų Azijoje, Centrinėje Amerikoje ir Pietų Amerikoje, nei daugelyje kitų dalių [3] pasaulyje.
H. pylori
izoliatai nesusiję žmonės pasižymi aukšto lygio genetinės įvairovės [4, 5]. Genetinė įvairovė yra galimybė lengvai nustatyti analizuojant nukleotidų sekas: sekos atskirų genų skirtingų H. pylori
padermių [6]. H. pylori
Alelių įvairovė yra turbūt daugelio veiksnių, įskaitant aukšto norma mutacijos, dideliu greičiu iš intraspecies genetinės rekombinacijos, ir ilgą evoliucijos istoriją rūšių pasekmė [4, 7]. Atitinkami aleliai įvairių H. pylori
padermių paprastai sudaro 92 iki 99% identiškos nukleotidų sekų [4, 6], tačiau keletas H. pylori
genai nedemonstruoja daug aukštesnio lygio genetinės įvairovės [8, 9].
Daugiau analizė parodė, kad yra geografinė variacija tarp H. pylori
padermių [10-16]. Remiantis multilocus sekos analizės iš 370 H. pylori
padermių, išskirtų iš žmonėms, gyvenantiems įvairiose pasaulio dalyse skydelyje buvo nustatytos septynios populiacijas padermių skirtingų geografinių paskirstymo [17]. Šie H. pylori
populiacijos atspindi žmonių migraciją iš Afrikos į kitas pasaulio dalis per tam tikrą laikotarpį būtų maždaug 58.000 metų [12]. Geografiniai skirtumai tarp H. pylori
padermių potencialiai gali būti veiksnys, kuris padeda paaiškinti skirtingą dažnį H. pylori
-associated ligų įvairiose pasaulio dalyse.
Be keitimą tarp H. pylori
padermių individualių genų sekų, yra dideli skirtumai tarp padermių genų turinį. Vienas tyrimas analizavo genomo DNR iš 56 skirtingų H. pylori
padermių naudojant masyvo hibridizacijos metodus ir identifikuoti 1150 genus, kurie buvo pateikti visi tirtų padermių (atstovaujančių "core" genomą) [18]. Tarp 1531 genų tirtų, 25% buvo nėra iš bent vieno iš 56 H. pylori
padermių. Buvo prognozuojama, kad H. pylori
šerdis genomo sudarytų 1,111 genų jei daug didesnis rinkinys izoliatų buvo išbandytas [18]. Kiti tyrimai pranešė pagrindinių genomų egzistavimą, apimantis 1091 arba 1281 genus, remiantis DNR matricos analizė 34 arba 15 H. pylori
padermių, atitinkamai [19, 20]. Vienas tyrimas pranešė, kad H. pylori
padermių remiantis MLST analizės filogenija buvo gerokai skiriasi nuo H. pylori
padermių filogenijos remiantis analizės genų kiekį [18].
Vienas iš ryškiausių skirtumai genų turinį tarp H. pylori
padermių yra buvimas ar nebuvimas 40-kb regione chromosomų DNR žinomas kaip CAG
patogeniškumo salos (PAI) [8, 21-24]. Jungtinėse Amerikos Valstijose ir Europoje, apie 50-60% H. pylori
padermių yra PVG
PAI o likusios padermių trūksta šioje chromosomoje [8, 21-24] regioną. Daugelyje kitų pasaulio dalių, įskaitant Rytų Azijoje, beveik visi O pervežimas. pylori
padermės yra PVG
Pai [15, 25, 26]. H. pylori CAG
PAI koduoja efektoriaus baltymų, CagA ir IV tipo sekrecijos aparatą, kuris translocates CagA į skrandžio epitelinių ląstelių [27]. H. pylori
padermių PVG
PAI yra susijęs su padidėjusia rizika ne CARDIA skrandžio vėžio ar dvylikapirštės žarnos opa, palyginti su padermių, kad trūksta PVG
PAI [21, 28]. Koreliacijos tarp šių ligų ir buvimo PVG
PAI pateikiama kaip klinikinė rezultatas H. pylori
infekcijos nustatomas iš dalies genetinių savybių padermių, su kuria asmuo yra užsikrėtę pavyzdys.
ankstesniais tyrimais, kurie buvo analizuojami visiškai genomai trijų H. pylori
padermių [29-31]. Šie trys H. pylori
kamienai buvo izoliuotas nuo pacientų, kuriems buvo gastritas, atrofijos gastritas, ar dvylikapirštės žarnos opa. Atsižvelgiant į dabartinę tyrime siekėme išanalizuoti genetinius bruožus H. pylori
išskirtų iš pacientų su dviem skirtingais H. pylori
-associated ligų: skrandžio opa ir skrandžio vėžio. Dėl šios analizės, mes pasirinko skrandžio opa įtampą (B128), kad lengvai kolonizuoja pelių ir mongolų smiltpelėms skrandžius. Ši padermė yra ypač svarbus, nes gyvūnas-passaged darinys padermės B128 (padermės 7,13) sukelia skrandžio vėžį mongolų smiltpelės modelį [32, 33]. Dėl iš skrandžio vėžys susijęs H. pylori
deformacijų analizė, mes išrinkome įtampą 98-10, kuris buvo išskirtas iš skrandžio vėžiu Japonijoje [34], šalis, labai didelis sergamumas skrandžio vėžiu [3 , 35].
rezultatai
bendrus bruožus H. pylori
genomų
Prieš dabartinio tyrimo duomenimis, visiškai genomo sekos H. pylori
išskirtų iš pacientų su paviršiniu gastritu, atrofinė gastritas, ar dvylikapirštės žarnos opa buvo pranešta [29-31]. Dabartiniame tyrime mes analizuojami genomo sekas, H. pylori
štamo (98-10), kad buvo izoliuotas nuo paciento su skrandžio vėžio [34] ir įtempimo (B128), kuris buvo išskirtas iš paciento su skrandžio opa [32]. Pagrindinės funkcijos dviejų genomų analizuojamos dabartinės tyrimo, palyginti su trijų anksčiau sekvenuotuose genomų, yra apibendrintos 1 lentelėje, kad nustatytumėte gali būti perkeliama genetiniai elementai, kurie gali būti pateikti į dviejų naujai sekvenuotuose genomų, nukleotidų sekos kiekvieno genomo buvo naudojamas kaip užklausų ieškoti įterpties seka duomenų bazę http:.. //www-yra biotoul fr. Deformacijų 98-10 esančius ORFS (HP9810_5g1 ir HP9810_5g2) homologiškas ORF rasti IS607 (inventorinį numerį AF189015) [36]. Deformacijų B128 esančius ORFS (HPB128_26g16, HPB128_26g17 ir HPB128_26g18) homologiškas ORF rasti ISHp608 (prisijungimas skaičius AF357224), bet nukleotidų intarpai yra prognozuojama, kad sutrikdyti transpozazė genu padermės B128 [37]. IS607 ir ISHp608 nedalyvauja bet kuriame iš trijų H. pylori
štamų, kurie genomo sekos anksčiau buvo prieinama. Ankstesnis tyrimas pranešė, kad IS607 buvo aptikta apie 20% H. pylori
padermių [36]. ISHp608 yra nonrandomly geografiškai paskirstytos tarp H. pylori
padermių, o šis elementas buvo pranešta, kad gausesnis kamienų iš Peru pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu, nei padermių iš Peru pacientams, sergantiems gastritu tik [37] .table 1 Savybės H. pylori
genomai

H. pylori padermės

26.695

J99
HPAG1
98-10
B128
kilmė
Britanijoje
mus
Švedijoje
Japonija
mus
Ligų statea
gastritas tik
DU
AG
GC
GU
CAG
PAI
Taip
Taip
Taip
Taip
Taip
Vaca
genotipas
s1a /M1
s1b /M1
s1b /M1
s1c /M1
s1a /M2H
genomo dydis (MB)
1.67
1.64
1.61b
1.6c
1.6c
viso nėra. iš ORF pervežimas 1564d pervežimas 1491e pervežimas 1544f pervežimas 1527
1731
kodas įtampos konkrečių genesg pervežimas 69
23
38
22
51
DU, dvylikapirštės žarnos opa; AG atrofinė gastritas; GC, skrandžio vėžio; Gu, skrandžio opa
b Apima 9,3 kb plazmidės.
C genomo dydžio kamieno 98-10 remiasi analize 51 didelių contigs, kaip apibrėžta metodų. Genomo dydis padermės B128 remiasi analize 73 didelių contigs.
R Dabartinė analizė pagrįsta duomenimis atsisiųsti iš tigr, apimantis 1564 ORFS. Priešingai, stalas Tigras svetainės sąrašuose 1587 ORFS į kamieno 26695 ir GENBANK seka failai yra 1566 ORFS iš padermės 26695.
e Papildomos ORF, nepriskirti prie šios sumos, vėliau buvo aptikta padermės J99 [43].
f HPAG1 chromosoma yra 1536 prognozuojama baltymų kodavimo genus, o likusi dalis yra išdėstytos ant plazmidės.
g dabartis tik į vieną iš penkių tirtų šiame tyrime padermių.
val Vaca
yra sutrumpintas į padermės B128.
MLST analizę H. pylori
padermių
ankstesniais tyrimais, MLST analizė buvo naudojama klasifikuoti H. pylori
izoliatų į keletą haplogroups, kurie konkrečioje geografinėje paskirstymo [17]. Priskirti du naujai sekvenuo- H. pylori
štamus į vieną iš anksčiau aprašytų populiacijos grupių, mes palyginti aštuonis genų sekas, iš kiekvieno štamo į atitinkamų sekų 434 kitos H. pylori
izoliatų, naudojant MLST duomenų bazę, kaip aprašyta metodų. Remiantis šia analize, kamienas 98-10 buvo priskirta kaip Rytų Azijos gyventojai grupių ir deformacijų B128 narys buvo klasifikuojamas kaip Europos gyventojų grupės nariui. Kaimynas sujungimo medis vaizdavo santykius dviejų naujai sekvenuotuose padermių tipiškas orientacines padermių, išskirtų iš įvairių geografinių vietovių parodytas 1 pav grupavimo pavaizduotas šis kaimynas sujungimo medis tiksliai atspindi geografinių vietovių atskaitos padermių ir yra susitarimas su ankstesniais pavedimus atskaitos padermių skirtingų gyventojų grupių [18]. Pagal susitarimą su ankstesniu ataskaitą [17], vienas iš anksčiau sekos H. pylori
padermės (J99) buvo labiausiai susiję su padermių Vakarų Afrikoje, o kitą (26695) buvo labiausiai susiję su padermių Europoje , Trečiasis H. pylori
padermės (HPAG1) analizuojami išankstinio tyrimo buvo glaudžiai susijusi su padermių Europoje. 1 paveiksle parodyta, kad kamienas 98-10 yra labiausiai susiję su padermių Rytų Azijos kilmės, ir todėl, kamienas 98-10 priklauso gyventojų grupės skiriasi nuo atmainų, kurioms genomo sekos buvo pranešta anksčiau. Bendrai genomo sekas laisvų analizei atstovauti tris pagrindines geografines populiacijas H. pylori
padermių [Europos (26695, HPAG1 ir B128), Vakarų Afrikos (J99), ir Rytų Azijos (98-10)]. 1 pav Filogenetinė struktūra grindžiama sekos analizės 8 H. pylori, pagrindinių genų. H. pylori
padermių analizuojami šiame paveikslėlyje yra padermių 98-10, B128, trijų virusų padermių, kurioms genomo sekos buvo anksčiau nustatytos (26.695, J99, HPAG1) ir atstovybes išskirtų iš pacientų įvairiose geografinėse vietovėse [18]. Skaičius sąrašus kamieno pavadinimus ir šalis, kur buvo izoliuoti atmainos. Nukleotidų sekos sujungtųjų MLST lokusų buvo suderinti ir palyginti, kaip aprašyta metodų. Visos pozicijos, kurių sudėtyje yra spragų ir trūkstamus duomenis, buvo pašalinta iš duomenų rinkinį. Ten buvo 3041 pozicijas galutinio rinkinį iš viso. Kaimynas-sujungiant medžiai buvo apskaičiuota remiantis atstumais apskaičiuotų pagal Kimura 2 parametrų modelio nukleotidų pakeitimo [57, 58]. Paleisties sutarimas medis numanomas iš 1000 kartotinių paimtas atstovauti evoliucinę istoriją štamų analizuojami [59]. Filialai atitinkantys pertvaros atgaminti mažiau nei 50% savirankos pakartotinių žlugo. Medis yra atkreipiamas į skalę, su filialų ilgio tais pačiais vienetais, kaip ir evoliucinių atstumais, naudojamų išvadą filogenetinę medį. Filogenetinės analizė buvo atlikta MEGA4 [63]. Penki H. pylori
padermių, kurioms genomo sekos buvo galima žymimi deimantus. Trys pagrindinės H. pylori
gyventojų grupės (Rytų Azijos, Europos ir Vakarų Afrikos), yra atpažįstami.
Analizė CagA parsisiųsti ir Vaca
CagA ir Vaca yra du svarbūs H.pylori
virulentiškumo veiksniai, kurie išskiriami pagal IV tipo sekrecijos keliu ir V tipo bandymas (Autovežis) sekrecijos keliu, atitinkamai [14, 38]. Įvairovė CagA
ir Vaca
genų buvo tiriami išsamiai ankstesniuose tyrimuose, ir įvairovė šių genų suteikia pagrindą rašyti H. pylori
padermių [8, 13-15]. Todėl mes išanalizavo CagA parsisiųsti ir Vaca
genus kiekvienos iš dviejų naujai sekvenuotuose padermių.
Kai kamienas 98-10 buvo inkubuojami su AGS skrandžio epitelinių ląstelių, kaip aprašyta anksčiau [39], CagA patyrė tirozino fosforilinimo (duomenys neparodyti), kuris rodo, kad ši veislė turi funkcinę IV tipo sekrecijos sistemą perkėlimas CagA į šeimininko ląsteles [27]. CagA užkoduotas baltymas kamieno 98-10 yra 3 EPIYA motyvai (Sklypai tirozino fosforilinimo), kuris buvo paskirtas EPIYA-A, EPIYA-B ir EPIYA D [14]. Sukūrus EPIYA-D motyvo buvimas yra būdinga H. pylori
padermių Rytų Azijoje [13, 14]. Sultinys kultūra paviršinis iš kamieno 98-10 sukėlė vakuolizaciją HeLa ląstelių, nurodant aktyvios Vaca toksino buvimas. Ši padermė yra tipo s1c /m1 Vaca
alelių, funkciją, kuri yra būdinga H. pylori
padermių Rytų Azijoje [15, 40]. Identifikavimas Rytų Azijos CagA parsisiųsti ir Vaca
motyvai kamieno 98-10 yra suderinamas su iš MLST analizę, kuri priskiriama įtampą 98-10 kaip Rytų Azijos gyventojų grupės H. pylori atmainos.
Panašus padermė 98-10, kamienas B128 turi funkcinę IV tipo sekrecijos sistema, kuri gali translocate CagA į skrandžio epitelio ląstelių, o vėliau CagA patiria tirozino fosforilinimo [41]. CagA užkoduotas baltymas padermės B128 yra du EPIYA motyvai, paskirtos EPIYA-A ir EPIYA C [14]. Deformacijų B128 yra tipo s1 /m2 Vaca
alelių, bet Vaca
mutacijos šiame kamieno Prognozuojama, kad būtų išvengta išraišką pilno ilgio Vaca baltymų. Pastarosios mutacijos buvimas buvo patvirtinta nukleotidų sekos analize ir Vaca
amplifikuotas fragmentas. Imunoblotingas naudojant keletą kovos su Vaca antiserumus nurodė, kad ši veislė negamino aptinkamą Vaca baltymų ir sultinys kultūra paviršinis iš šios padermės nesukėlė vakuolizaciją HeLa ląstelių (duomenys neparodyti).
Apibūdinimas H. pylori
šerdis genomo
apibrėžimas A H. pylori
pagrindinę genomo (ty genų, kurie yra nuolat dalyvauja visose H. pylori
izoliatų) yra naudinga, nes daugelis tokie genai gali būti reikalaujama kolonizacijos žmogaus skrandžio. Remiantis BLAST rezultatą santykio analizę, naudojant kaip aprašyta Metodikos, mes nustatyti 1237 genus, kurie dalyvavo visose 5 H. pylori
genomų (2 pav ir papildomų failų 1). Ankstesniame tyrime, 56 skirtingų H. pylori
padermės buvo analizuojami masyvo metodikos ir pagrindinis genomo 1150 genų buvo pranešta, kad dalyvautų visų 56 kamienų [18]. Tarp 1150 genų pranešta sudaro H. pylori
pagrindinę genomą remiantis masyvo analizę, 1094 dalyvavo visose 5 analizuojama einamųjų studijų padermių, kaip nustatyta seka analizė. Aptiktų visų penkių kamienų sekos analizės pagrindinių genų sąrašas, bet ne masyvo analizė apima > 20 genus, esančius PVG pervežimas PAI. Nors CAG
PAI yra visose 5 analizuojamos dabartinės tyrimo padermių, tai DNR regionas yra žinoma, kad nėra iš daugelio H. pylori
padermių [24]. Penki kiti klasteriai gretimuose genų (kiekvienas su bent 4 genų per klasterį) dalyvavo visose 5 sekvenuotuose padermių, bet buvo išvykęs iš pagrindinių genų nustatytų masyvo analizę sąrašą (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403 ir HP1455-1458) (Papildoma failą 1). Į paskyrimo pagrindinių genų skirtumai dabartinio tyrimo, palyginti su ankstesniais tyrimais gali būti priskiriamos prie daugybės veiksnių, įskaitant skirtumus tirtų padermių ir skirtumus skaičius metodikos genų aptikti. 2 pav palyginimas prognozuojama proteomes pagal BLAST balas santykis (BJR) analizė. Kairiajame skydelyje rodo BSR analizę baltymų užkoduojamų padermės J99 ir HPAG1, su įtempimo 26695 kaip atskaitos įtampos. Teisė skydelis rodo BSR analizę baltymų užkoduojamų kamieno 98-10 ir B128, su įtempimo 26695 kaip atskaitos įtampos. BJR požiūris analizuoja visus baltymus prognozuojama, kad būti koduojamas trijų genomų, naudojant panašumo priemonę, paremtą aukštakrosnių balų santykis, kaip aprašyta metodų. Baltymai vaizduojamas per laukelį apatiniame kairiajame kampe (BSR < 0,4) atitinka baltymų, esančių atskaitos proteomos (padermės 26.695), bet išvykęs iš dviejų užklausos proteomes. Viršutiniame dešiniajame kvadrante atspindi baltymų užkonservuotas visų trijų proteomes.
Kad, 1237 pagrindinių genų nurodė, kad beveik visais atvejais, buvo skirtumai aminorūgščių sekų baltymų užkoduojamų atskirų kamienų analizę. Porinio palyginti baltymų, užkoduojamų skirtingų kamienų nurodė, kad giminingumo lygiai svyravo nuo 65% iki 100% aminorūgščių tapatybę. Atstovas palyginimas iš pagrindinių baltymų koduotų dviem padermių (98-10 ir 26695) yra parodyta 3 paveiksle buvo tik identifikuotos 11 genai, kurių aminorūgščių sekos koduotų baltymų yra identiškos tarp visų 5 padermių. Septynios iš šių 11 genų koduojamų ribosomų baltymus; kiti užkoduota vertimą inicijavimo veiksnys (IF-1) lipoproteinų (Lpp20), yra flagellar bazinę kūno baltymų (FliE) ir nežinomos funkcijos (HP0031) baltymų. 3 pav susiejimo su pagrindinių baltymų prognozuojama, kad būti užkoduota H. pylori padermės 98-10 ir 26695. buvo nustatyta keletas 1237 genų, esančių visuose 5 H. pylori
padermių rinkinys, kaip aprašyta metodika. Kad išvesta aminorūgščių sekos atitinkamų baltymų, užkoduojamų štamo 98-10 buvo naudojamas ieškoti sekų iš štamo 26695 naudojant Fasta duomenų bazę. Geriausias atitikimas buvo nustatytas ir proc amino rūgštis, tapatybė buvo apskaičiuojamas. Histograma rodo ORF eksponuoti nurodytą lygį aminorūgščių tapatybę.
Analizės ir skirtingų genų į Rytų Azijos vėžiu susijęs H. pylori
įtampą skaičių
H. pylori
išskirtų iš nesusijusių žmonės pasižymi alelių įvairovė (paprastai 92-99% nukleotidų tapatybės tarp atitinkamų alelių), kuri suteikia pagrindą padermių klasifikavimo į gyventojų grupių per MLST analizė. Keli genai pasižymi gerokai aukštesnio lygio alelių įvairovė. Pavyzdžiui, bent jau du genai (CagA
ir sel1
homologas) yra žinoma, kad labai skiriasi į Rytų Azijos H. pylori
padermių palyginti su Vakarų H. pylori
padermių [13, 14 , 42]. Mes iškėlė hipotezę, kad papildomi genai gali būti labai skirtingos Rytų Azijos kamieno 98-10 palyginti su kitais 4 sekvenuotuose padermių. Nustatyti genų produktų koduotas iš 98-10, kad yra nuo skirtingų palyginti su produktų, kurį koduoja kitų 4 genomų genomo, mes orientuota į analizę 1237 pagrindinių genų, kurie buvo pateikti visose 5 sekvenuotuose padermių. Naudojant aprašytą metodų požiūrį, mes nustatyti 8 genų produktų, kurie buvo labai skiriasi į Rytų Azijos padermės, palyginti su kitų keturių kamienų (2 lentelė). Tai apima CagA ir sel1
homologą, kuris anksčiau buvo pranešta, kad ženkliai skiriasi ir Rytų Azijos padermių palyginti su padermių iš kitų pasaulio dalių [13, 42]. Aminorūgščių sekos šių skirtingų baltymų koduojamas Japonijos štamo 98-10 buvo kiekvienas < 90% identiškas sekų atitinkamų baltymų nuo kitų genties keturių kamienų (2 lentelė). Kiekvienu atveju, skirtingų alelių kamieno 98-10 ir atitinkami alelių kitų keturių kamienų buvo apsuptas to paties chromosomų genes.Table 2 yra labai skirtingas alelių Rytų Azijos kamieno 98-10
Genų skaičius
(98-10)
Genų skaičius (26.695)
Aprašymas
% aa tapatybę (98 -10 straipsnis)
% aa tapatybę
(ne 98-10) b

% unikalių puslapiai c

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
homologas
72
92
21
HP9810_889g32
HP0519d
sel1
homologues
73
92
15
HP9810_905g13
HP0547
CagA

79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
A, nurodyto genų produktų kamieno 98-10 sekos buvo lyginamas su atitinkamų sekų kiekvienos kitos 4 padermių (26.695, J99, HPAG1 ir B128), vidutinė% aminorūgščių tapatybės buvo apskaičiuotas kaip aprašyta metodus.
b, atsižvelgdama į nurodytą genų produktų kiekvienoje kamieno sekos buvo palyginti visų kombinacijų, išskyrus tai, kad palyginimai susiję įtampą 98-10 buvo pašalinti iš analizės. Reiškia% aminorūgščių tapatybės buvo apskaičiuotas, kaip aprašyta metodų.
CPercentage lygiuotų vietų, kurioje baltymas iš štamo 98-10 esančių aminorūgštį, kuri skiriasi nuo atitinkamų amino rūgščių baltymams, iš 4 kitų padermių.
DReported į būti H. pylori
pagrindinio genomo sudedamoji dalis, remiantis bent viena matrica analizės [18-20].
Kaip parodyta 1 paveiksle, kamienas J99 buvo labiausiai susiję su H. pylori
padermių izoliuoti Vakarų Afrikoje, gyventojų grupės skiriasi nuo kitų padermių, kurioms genomo sekos buvo prieinama. Taigi, mes iškėlė hipotezę, kad konkretūs genai gali būti labai skirtingas Vakarų Afrikos padermės J99, palyginti su kitomis 4 sekvenuotuose padermių. Nustatyti tokius genus, mes naudojome tą patį metodą, kaip aprašyta aukščiau. Keturi unikalūs labai skirtingi aleliai buvo nustatyta atmaina J99 (3 lentelė), kiekvienas kodavimo produktai, kurie buvo < 90% identiškų į atitinkamus baltymus kitų keturių kamienų. Unikalūs labai skirtingi aleliai buvo lengvai nustatyti neįmanoma, kamienų 26.695, HPAG1 arba B128. Įsidėmėtina išimtis buvo labai skirtingas Vaca
alelio padermės B128 (genų HPB128_147g10) identifikavimas. Identifikavimas Vaca
kaip skiriasi alelio padermės B128 yra priskirtinas S1 buvimą /m2 Vaca
alelis šiame kamieno ir S1 /m1 alelių keturių kitų padermių akivaizdoje; m1 ir m2 formos Vaca paprastai pasižymi tik 60-70% aminorūgščių tapatybę viduryje regione baltymų [38] .table 3 yra labai skirtingų alelių padermės J99
Genų skaičius
(J99)
Genų skaičius (26.695)
Aprašymas
% aa tapatybę (J99)

% aa tapatybę (ne J99) b

% unikalių puslapiai c

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
naudoti nurodytą genų produktų padermės J99 sekos buvo palyginti su atitinkamomis sekas kiekvienoje iš kitų 4 padermių (26695, HPAG1, B128, ir 98-10), ir reiškia% aminorūgščių tapatybės buvo apskaičiuojamas.
B sekos nurodytų genų produktų kiekvieną štamą buvo palyginti visose kombinacijų, išskyrus tai, kad palyginti dalyvauja padermės J99 buvo pašalintos iš analizės. Reiškia% aminorūgščių tapatybės buvo apskaičiuojamas.
CPercentage lygiuotų vietų, kurioje baltymas iš štamo J99, įrašytų aminorūgštį, kuri skiriasi nuo atitinkamų amino rūgščių baltymams, iš 4 kitų padermių.
D Pranešė būti sudedamosios dalies H. pylori
šerdis genomo, remiantis bent viena matrica analizės [18-20].
identifikavimas naujų specifiškų bakterijų kamienui, genų
Norint identifikuoti, specifiškų bakterijų kamienui genus unikaliai, esančių vienoje iš dviejų naujai pagal eiliškumą genomai, bet ne anksčiau sekos H. pylori
genomus, mes vėl naudoti sprogimo rezultatą rodiklių analizę, kaip aprašyta metodikos (2 paveikslas). Deformacijų 98-10 esančius 22 naujų deformacijų konkrečių genų ir deformacijų B128 pateikta 51 (papildomi failai 2 ir 3). Be to, mes nustatyta 16 genus, kurie buvo pateikti į tiek štamo 98-10 ir B128, bet ne metu į bet kurį iš anksčiau sekvenuotuose padermių (Papildoma failų 4). Keletas įtampos konkrečių ORF H. pylori pervežimas padermių 98-10 ir B128 buvo < 100 nukleotidų ilgio, ir tai neaišku, ar šie labai trumpi ORF yra iš tikrųjų išverstos į baltymų. Kurio unikalus padermei specifinį genų trijų analizė anksčiau sekos H. pylori
genomus (26.695, J99 ir HPAG1) atskleidė panašų skaičių unikalių bakterijų kamienui specifinė genų (1 lentelė), kurie buvo aprašyti ankstesniuose tyrimuose [ ,,,0],. 29-31]
nustatyti galimas funkcijas rasti tik kamieno 98-10 ar B128 tempimo jėgos specifinė genų (arba abu 98-10 ir B128), kad daryti išvadą, baltymų sekos buvo naudojamas kaip užklausomis aukštakrosnių ieško Kurių NCBI duomenų bazėje ne-atleistų baltymų sekų (4 lentelėje ir papildomų failų 2, 3, 4). Dauguma rasti tik štamo 98-10 arba B128 tempimo jėgos specifinių baltymų buvo nėra glaudžiai susijusios su bet kurių žinomų baltymų arba buvo susiję su baltymų duomenų bazę, kurioje funkcijos nėra žinomos. Keletas iš specifiškų bakterijų kamienui, genų tik rasti štamo 98-10 arba B128 buvo anksčiau aptikta padermių H. pylori
, kurių genomo sekos nebuvo nustatyti. Kaip aprašyta pirmiau, buvo nustatyta įdėjimo sekas ir transpozazė koduojanti genai (IS607 ir ISHp608). Du įtempimo konkrečių genų H. pylori
padermės B128 (HPB128_11g15 ir HPB128_11g23) užkoduotą baltymai susiję su IV tipo sekrecijos sistemos komponentų (VirB9 ir VirD4, atitinkamai). Šio klasterio (apimanti HPB128_11g15 į HPB128_11g23) genai nebuvo aptikta originalių genomo analizės atmainų J99, 26.695, arba HPAG1 [29-31], tačiau vėliau buvo aptikta padermės J99 ir keletas kitų H. pylori pervežimas padermių [43] .table 4 Deformacijų konkrečių H. pylori
genai pateikti tik kamieno 98-10 ar B128
pervežimas Taškų genų Nurodyta padermės (-ams)

98-10
B128
98-10 ir B128
Bendra skaičių kamieno specifinę genesa
22
51
16
funkcinė klasė
transpozazė
2
3 6
IV tipo sekrecijos genas clusterb
0
7
0
Hipotetinis
17
37
9
Nėra duomenų rungtynės
8
8
2
Artimiausi rungtynės trūksta žinoma funkcija
9
29
7
Kitos
3
4
1
Genų salos, kurių sudėtyje yra deformacijų konkrečių genesc
2
11
3
aPresent nurodytos štamo (štamų), bet ne bet kurį iš kitų keturių atmainų, kurioms genomo sekos yra prieinami.
bThis grupę genų nebuvo aptikta per pradinį analizės genomą padermės J99, bet buvo vėliau aptikta padermės J99 [43].
cFor šia analize, sala buvo laikoma metu, jei du ar daugiau deformacijų konkrečiai genai buvo gretutinės chromosomų lokuso.
Įdomu, kamienas B128 yra keletas genų (HPB128_155g19, HPB128_156g11 , HPB128_156g12, HPB128_184g1, HPB128_190g1) prognozavo, koduoja baltymus, kurie labiau susiję su baltymų užkoduotų H. acinonychis pervežimas (Helicobacter
rūšių izoliuotas nuo didelėms katėms) [44] arba H cetorum
(A http://​www.​softberry.​com/​berry.​phtml?​topic=​fgenesb&​group=​programs&​subgroup=​gfindb[56],

• Skrandžio pullup už sudegė stemplės, kurio 44 atvejais patirtis
• Įvairovė bakterija-šeimininko sąveikos rūšies viduje Helicobacter heilmannii sensu stricto