Genom szekvencia analízise Helicobacter pylori törzsek járó gyomorfekély és a gyomorrák

Genom szekvencia analízise Helicobacter pylori törzsek katalógusa járó gyomorfekély és a gyomorrák katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa Állandó kolonizáció az emberi gyomor Helicobacter pylori katalógusa társul tünetmentes gyomor gyulladása (gastritis) és fokozott a nyombélfekély, gyomorfekély, és nem-cardia gyomorrák. Korábbi vizsgálatokban, a genom szekvenciák a H. pylori katalógusa törzsek betegekből származó gyomorhurut vagy nyombélfekély betegség elemezték. Ebben a vizsgálatban, elemeztük a genom szekvenciák a H. pylori
törzs (98-10) izolált beteg gyomorrák és a H. pylori
törzs (B128) izolált beteg gyomorfekély .
Eredmények összehasonlítás alapján a multilokusz szekvencia tipizálás, törzs 98-10 volt a legszorosabb kapcsolatban H. pylori katalógusa törzsek kelet-ázsiai eredetű és a törzs B128 a legszorosabban kapcsolódik törzsek európai eredetű. Strain 98-10 tartalmazott több funkciót jellemző kelet-ázsiai törzsek, köztük a típus S1C vacA katalógusa allél és a cagA katalógusa allél kódoló EPIYA-D tirozin foszforiláció motívum. A mag genomjába 1237 gének jelen volt mind az öt törzs esetében, amelyek genom szekvenciák álltak rendelkezésre. Között a 1237 mag gének egy részhalmazát allélek volt erősen divergens a kelet-ázsiai törzs 98-10, proteineket kódoló kiállított < 90% -os aminosavszekvencia-azonossággal képest megfelelő fehérjék a másik négy törzs. Egyedi törzs-specifikus géneket azonosítottunk az egyes újonnan szekvenált törzsek, és egy sor törzs-specifikus gének között megosztott H. pylori
törzsek társított gyomorrák vagy premalignus gyomor elváltozások.
Következtetés
Ezek adatok betekintést nyújt a sokféleség között fennálló H. pylori katalógusa törzsek változatos klinikai és földrajzi eredetét. Erősen eltérő allélek és törzs-specifikus géneket azonosítottak ebben a vizsgálatban jelenthet hasznos biomarkerek elemzésére földrajzi felosztásához H. pylori katalógusa és azonosítására törzsek képesek kiváltani rosszindulatú vagy rosszindulatúvá válás előtti gyomornyálkahártya-elváltozások. Katalógusa Háttér katalógusa Helicobacter pylori
egy Gram-negatív spirál alakú baktérium, amely tartósan colonizes az emberi gyomorban [1]. Kitartó H. pylori katalógusa kolonizáció az emberi gyomor egy rizikófaktor számos betegség, köztük a nem cardia gyomor adenokarcinóma, gyomor limfóma és gyomorfekély [1, 2]. Az e betegségek előfordulási gyakorisága jelentősen változik az egész világon. Például az előfordulási gyomor adenokarcinóma lényegesen magasabb Kelet-Ázsiában, Közép-Amerikában és Dél-Amerikában, mint a legtöbb más részein a világ [3].
H. pylori katalógusa izolátumok független emberre mutatnak nagyfokú genetikai sokféleség [4, 5]. Genetikai variáció könnyen kimutatható elemzésével nukleotidszekvenciák egyedi gének különböző H. pylori
törzsek [6]. H. pylori katalógusa allél sokszínűség valószínűleg annak a következménye, több tényező, köztük a magas aránya mutáció magas aránya fajon belüli genetikai rekombináció, és egy hosszú evolúciós története a faj [4, 7]. Megfelelő allélok különböző H. pylori
törzsek tipikusan 92-99% -ban azonos nukleotid-szekvenciák [4, 6], de számos H. pylori
gének mutatnak sokkal magasabb szintű genetikai diverzitás [8, 9].
További elemzések kimutatták, hogy létezik földrajzi eltérésekkel H. pylori törzsek katalógusa [10-16]. Alapján multilokusz szekvencia analízise egy panel 370 H. pylori
izolált törzsek emberre különböző részein a világon, hét populációk törzsek elkülönült földrajzi eloszlás azonosítottak [17]. Ezek H. pylori katalógusa populációk tükrözik a migráció az emberek Afrikából más a világ időtartam alatt megközelítőleg 58.000 év [12]. Geographic közötti különbségek H. pylori törzsek katalógusa potenciálisan olyan tényező, amely segít megmagyarázni a különböző előfordulási H. pylori katalógusa -asszociált betegségek különböző részein a világ.
Mellett variáció közül H. pylori
törzsek szekvenciái egyes gének, jelentős variáció között törzsek gén tartalmat. Egy tanulmány vizsgált genomiális DNS-t 56 különböző H. pylori
törzsek felhasználásával tömb hibridizációs módszerek és azonosított 1150 gének jelen voltak az összes vizsgált törzs (így képviselő "mag" genom) [18]. Közül 1531 gének elemeztük, 25% -a volt jelen a legalább az egyik a 56 a H. pylori
törzsek. Azt jósolták, hogy a H. pylori
mag genom állna 1,111 gének, ha sokkal nagyobb halmaza izolátumoknak vizsgáljuk [18]. Más tanulmányok arról számoltak be, a létezését mag genomok tartalmazó 1091 vagy 1281 géneket, DNS-alapú tömb elemzése 34 vagy 15 a H. pylori
törzsek, illetve [19, 20]. Egy tanulmány szerint a törzsfejlődés H. pylori törzsek katalógusa alapján MLST elemzés lényegesen eltér a fejlődéstörténetét H. pylori törzsek katalógusa elemzésén alapuló gén tartalom [18].
Egyik legszembetűnőbb különbségek a gén tartalom között a H. pylori
törzsek jelenléte vagy hiánya egy 40 kb méretű régió kromoszomális DNS néven ismert CAG
patogenitási sziget (PAI) [8, 21-24]. Az Egyesült Államokban és Európában, körülbelül 50-60% -a a H. pylori
törzsek tartalmazzák a CAG
PAI, és a fennmaradó törzsek hiányzik ez a régió a kromoszóma [8, 21-24]. Sok más részein a világon, többek között Kelet-Ázsiában, szinte minden H katalógusa. pylori
törzsek tartalmazzák a CAG
PAI [15, 25, 26]. A H. pylori CAG
PAI kódol effektor protein, CagA, és egy IV típusú szekréciós apparátus hogy transzlokálódik CagA figyelembe gyomor epiteliális sejtek [27]. H. pylori
törzsek megtelepedését a CAG
PAI társított fokozott kockázata nem-cardia gyomorrák vagy peptikus fekély betegség képest törzsek, amelyekből hiányzik a CAG
PAI [21, 28]. Az ezek közötti betegségek és jelenléte a CAG katalógusa PAI egy példát arról, hogy a klinikai eredmény a H. pylori fertőzés katalógusa határozza részben genetikai jellemzői a törzsek, amelyek a személy fertőzött. Katalógusa korábbi vizsgálatokban, a teljes genomját három H. pylori
törzsek elemezték [29-31]. Ez a három H. pylori
törzset izoláltunk a betegeket, akiknek a gyomorhurut, atrófiás gastritis, vagy nyombélfekély betegség. A jelenlegi vizsgálat során törekedtünk arra, hogy elemezze a genetikai jellemzői a H. pylori katalógusa izolált törzsek betegek kétféle H. pylori katalógusa -asszociált betegségek: a gyomorfekély és a gyomorrák. Az elemzés választottunk gyomorfekély törzs (B128), amely könnyen szaporodik a gyomor egerek és mongol futóegér. Ez a törzs különösen érdekes, mert az állat-passzált törzs származékát B128 (törzs: 7,13) okoz gyomorrák egy mongol futóegér modell [32, 33]. Az elemzést egy gyomorrák-asszociált a H. pylori
törzzsel, mi kiválasztott törzset 98-10, melyet izolált gyomor rákos beteg Japánban [34], egy olyan országban, egy nagyon magas előfordulási gyomorrák [3 35]. katalógusa Eredmények
általános jellemzői H. pylori katalógusa genomok katalógusa előtt a jelenlegi vizsgálatban a teljes genom szekvenciáját H. pylori katalógusa izolált törzsek betegek felületes gyomorhurut, atrófiás gastritis, vagy nyombélfekély betegséget jelentettek [29-31]. A jelenlegi tanulmány, elemeztük a genom szekvenciák a H. pylori
törzs (98-10), amely t izoláltunk egy beteg gyomorrák [34], és egy olyan törzs (B128), amely t izoláltunk egy beteg gyomor fekély betegség [32]. Általános jellemzői a két genom elemeztük a jelenlegi tanulmány képest három korábban szekvenált genomok 1. táblázatban foglaljuk össze azonosítása transzpozálható genetikai elemek, amelyek jelen lehetnek a két újonnan szekvenált genomok, a nukleotid-szekvenciákat az egyes genom használtuk lekérdezések a keresés a beszúrási szekvencia adatbázis http: //www-is. biotoul. fr. Strain 98-10 tartalmazott ORF (HP9810_5g1 és HP9810_5g2) homológ ORF található IS607 (nyilvántartási száma AF189015) [36]. Strain B128 tartalmazott ORF (HPB128_26g16, HPB128_26g17, és HPB128_26g18) homológ ORF-eket találtak ISHp608 (nyilvántartási száma AF357224), de a nukleotidszekvenciát inszerciók az előrejelzések, hogy megzavarják a transzpozáz gén törzsben B128 [37]. IS607 és ISHp608 nincsenek jelen bármelyik három H. pylori
törzsek, amelyek genom szekvenciák a korábban rendelkezésre álló. Egy korábbi tanulmány számolt be, hogy IS607 volt kimutatható mintegy 20% -a a H. pylori katalógusa törzsek [36]. ISHp608 van nonrandomly földrajzi elosztásával között H. pylori katalógusa törzsek, és ez az elem jelentették, hogy sokkal nagyobb a törzsek perui gyomorrákos betegeknél, mint a törzsek perui betegek gyomorhurut csak [37] .table 1 Plusz H. pylori katalógusa genomok katalógusa katalógusa H. pylori törzs Matton katalógusa 26695
J99 Matton HPAG1 Matton 98-10 Matton B128 Matton Eredeti katalógusa UK
US katalógusa Svédország
Japán
US katalógusa Disease statea katalógusa gyomorhurut csak katalógusa DU
AG katalógusa GC katalógusa GU katalógusa CAG katalógusa PAI katalógusa Igen katalógusa Igen
Igen katalógusa Igen katalógusa Igen katalógusa vacA katalógusa genotípus katalógusa S1A /m1 katalógusa S1B /m1 katalógusa S1B /m1 katalógusa S1C /m1 katalógusa S1A /m2h
Genom mérete (Mb) hotelben 1,67 katalógusa 1,64 katalógusa 1.61b katalógusa 1.6c 1.6c katalógusa katalógusa összesen nincs. Az ORF katalógusa 1564d katalógusa 1491e katalógusa 1544f katalógusa 1527 katalógusa 1731 katalógusa No. törzs-specifikus genesg katalógusa 69 katalógusa 23 katalógusa 38 katalógusa 22 katalógusa 51 katalógusa a DU, nyombélfekély, AG, sorvadásos gyomorhurut; GC, gyomorrák; GU, gyomorfekély katalógusa b Tartalmaz egy 9,3 kb-os plazmid.
C A genom mérete törzs 98-10 alapul elemzése 51 nagy contigs meghatározott módszerek. A genom mérete törzs B128 alapul elemzése 73 nagy contigs. Katalógusa d A jelenlegi elemzés adatai alapján letöltött TIGR, amely 1564 ORF. Ezzel szemben a táblázat a TIGR webhelylista 1587 ORF törzs 26695, és Genbank szekvencia fájlok között 1566 ORF törzsből 26695. katalógusa e további ORF nem szerepelnek az összegben, utólag kimutatható törzs J99 [43].
f a HPAG1 kromoszóma tartalmaz 1536 megjósolt fehérje-kódoló géneket, és a maradék tartalmazza a plazmidot.
g Present csak az egyik öt vizsgált törzsek ebben a vizsgálatban.
H vacA
csonka törzsben B128.
MLST elemzése H. pylori törzsek katalógusa
korábbi tanulmányok, MLST elemzés osztályozására használt H. pylori katalógusa izolátumok több haplocsoportok amelyek elkülönült földrajzi eloszlás [17]. Hozzárendelése a két újonnan szekvenált H. pylori
törzsek egyikét a korábban leírt népesség klaszterek, összehasonlítottuk nyolc gén szekvenciák egyes törzsek a megfelelő szekvenciák 434 más H. pylori
izolátumok alkalmazásával MLST adatbázis leírt módszerek. Az elemzés alapján a törzs 98-10 minősítették tagja a kelet-ázsiai népesség klaszter és a törzs B128 sorolták tagjaként az európai népesség klaszter. A szomszéd-joining fa ábrázoló kapcsolatokat a két újonnan szekvenált törzsek reprezentatív referencia izolált törzsek különböző földrajzi helyekről ábrán látható 1. A csoportosítási ábrázolt ezen szomszéd-joining fa pontosan tükrözi a földrajzi eredete a referencia törzsek, és van megegyeznek a korábbi feladatok a referencia törzsek különböző népcsoportok [18]. Egyetértésben egy korábbi jelentés [17], az egyik a korábban szekvenált H. pylori katalógusa törzsek (J99) a legszorosabban kapcsolódik törzsek Nyugat-Afrikában, és a másik (26695) a legszorosabban kapcsolódik törzsek Európában . Egy harmadik H. pylori katalógusa törzs (HPAG1) elemezte egy korábbi tanulmány szorosan kapcsolódik a törzsek Európában. Az 1. ábra szemlélteti, hogy a törzs 98-10 legszorosabban kapcsolódó törzsek kelet-ázsiai eredetű, és ezért a törzs 98-10 tartozik népesség fürt eltérnek a törzsek, amelyek genom szekvenciákat korábban jeleztük. Együttesen a genom szekvenciák rendelkezésre az elemzéshez képviseli három fő földrajzi populációk H. pylori törzsek katalógusa [európai (26695, HPAG1 és B128), nyugat-afrikai (J99), és a kelet-ázsiai (98-10)]. 1. ábra A filogenetikai alapuló struktúra szekvencia analízise 8 H. pylori mag géneket. H. pylori
vizsgált törzsek ezen az ábrán közé tartoznak olyan törzsek 98-10, B128, három törzs, amelyek genom szekvenciák előzőleg meghatározott (26695, J99, HPAG1), és reprezentatív törzseket izoláltak betegek különböző földrajzi helyeken [18]. Az ábra felsorolja a törzs elnevezés, és az országok, ahol a törzset izoláltunk. A nukleotid szekvenciákat a összefűzött MLST lókuszt igazítva, és összehasonlítottuk, leírtak a Methods. Minden pozíciójában hiányosságok és a hiányzó adatokat eltávolították a adatbázisba. Voltak összesen 3041 pozíciók a végső adatbázisba. Szomszéd-csatlakozás fák épültek alapján távolságok becslése szerint a Kimura 2-paraméteres modellt a nukleotid szubsztitúció [57, 58]. A bootstrap konszenzus fa kikövetkeztetni 1000 ismétlésben vesszük, hogy képviselje az evolúciós történetét a vizsgált törzsek [59]. Ágak megfelelő válaszfalak reprodukálni kevesebb, mint 50% bootstrap ismétlések összeomlott. A fa méretarányos, a ághosszak ugyanabban az egységben, mint az evolúciós távolságok következtettek filogenetikai fán. Filogenetikai analízist végeztek MEGA4 [63]. Öt H. pylori katalógusa törzsek, amelyek genom szekvenciák rendelkezésre jelöljük gyémánt. Három fő H. pylori katalógusa népességcsoportok (kelet-ázsiai, európai és nyugat-afrikai) azonosíthatók. Katalógusa elemzése cagA katalógusa és vacA Matton CagA és VacA két fontos H. pylori
virulencia tényezők választódik ki a IV-es típusú szekréciós útvonallal és V. típusú (autotransporter) elválasztás útvonal között [14, 38]. Sokféleség cagA katalógusa és vacA katalógusa géneket vizsgálták részletesen a korábbi tanulmányokat, és a sokszínűség e gének alapot biztosít gépelés H. pylori törzsek katalógusa [8, 13-15]. Ezért elemeztük a cagA
és vacA
gének mind a két újonnan szekvenált törzs.
Amikor törzset 98-10 inkubáltuk AGS gyomor hámsejtek a korábban leírtak szerint [39], CagA átesett tirozin foszforiláció (az adatokat nem mutatjuk be), ami azt jelzi, hogy ez a törzs egy funkcionális IV-es típusú szekréciós rendszer transzlokációját CagA gazdasejtekbe sejtek [27]. A CagA által kódolt fehérjét törzs 98-10 tartalmaz 3 EPIYA motívumok (helyei tirozin foszforiláció), amelyeket kijelölt EPIYA-A, EPIYA-B, és EPIYA-D [14]. A jelenléte egy EPIYA-D motívum jellemző H. pylori katalógusa izolált törzsek Kelet-Ázsiában [13, 14]. Broth tenyészet felülúszót törzsből származó 98-10 okozott vakuolizációja HeLa-sejtek, jelezve a jelenléte egy aktív VacA toxin. Ez a törzs egy típust tartalmaznak S1C /m1 vacA katalógusa allél, a funkció, amely jellemző a H. pylori katalógusa törzsek Kelet-Ázsiában [15, 40]. Azonosítása kelet-ázsiai cagA
és vacA katalógusa motívumok törzs 98-10 összhangban van az eredmények az MLST elemzés, amely minősített törzs 98-10 tagjaként a kelet-ázsiai népesség klaszter H. pylori
törzsek.
Hasonló a törzs 98-10, törzs B128 van egy funkcionális IV-es típusú szekréciós rendszer, amely képes transzlokálódni CagA be gyomor hámsejtek, és CagA később megy tirozin foszforilációját [41]. A CagA által kódolt fehérjét törzs B128 tartalmaz két EPIYA motívumokkal, kijelölt EPIYA-A és EPIYA-C [14]. Törzs B128 tartalmaz olyan típusú S1 /m2 vacA
alléit, de egy vacA
mutáció ebben a törzsben az előrejelzések, hogy megakadályozza expresszióját egy teljes hosszúságú VacA fehérje. A jelenléte az utóbbi mutáció igazoltuk nukleotid szekvencia analízise egy vacA katalógusa fragmenst PCR-rel amplifikáltuk. Immunoblot analízis segítségével több anti-VacA antiszérumokkal azt jelezte, hogy ez a törzs nem termel kimutatható VacA fehérje, és a húslevest tenyészet felülúszóját ettől a törzs nem okoz vakuolizációja HeLa sejtekben (adatokat nem köziünk).
Jellemzése A H. pylori
core genom katalógusa lehatárolása a H. pylori katalógusa core genom (azaz a gének, amelyek következetesen jelen van minden H. pylori katalógusa izolátumok) is érdekes, mert sok ilyen gének valószínűleg szükséges kolonizáció az emberi gyomor. Ennek alapján a használata BLAST pontszám arány elemzés leírt módszerekre, azonosítottunk 1237 gének, amelyek jelen voltak mind az 5 a H. pylori
genomok (2. ábra és a további fájl 1). Egy korábbi vizsgálatban, 56 különböző H. pylori
törzsek analizáltuk tömb módszertan, és egy core-genom 1150 gének jelentették, hogy jelen legyen az összes 56 törzset [18]. Között a 1150 gének jelentett, hogy az tartalmazzon a H. pylori
mag genom alapján tömb elemzése, 1094 jelen voltak mind az 5 vizsgált törzsek a jelenlegi vizsgálatban, meghatározva szekvencia analízis. A lista alapgének kimutatható mind az öt törzs szekvencia-analízissel azonban nem tömb elemzése magában > 20 gén található CAG katalógusa PAI. Bár a CAG
PAI jelen van mind az 5 vizsgált törzsek a jelenlegi vizsgálatban, ez a régió a DNS-t ismert, hogy hiányzik számos H. pylori
törzsek [24]. Öt másik klaszterek egybefüggő gének (mindegyik legalább 4 gént klaszterenként) jelen voltak mind az 5 szekvenálása törzs, de nem voltak jelen a listán alapgének azonosított tömb elemzése (HP0061-0065, HP0797-0800, HP1339-1343, HP1400-1403 és HP1455-1458) (További fájlok 1). A különbségek a kijelölése mag gének a jelenlegi vizsgálatban, mint a korábbi tanulmányok tudható be számos tényező, többek között különbségek száma vizsgált törzsek és az eltérő módszertan gén kimutatására. 2. ábra összehasonlítása megjósolt proteomes BLAST-pontszám arány (BSR) elemzése. A bal oldali panel mutatja BSR elemzés által kódolt fehérjék törzs J99 és HPAG1, törzzsel 26695, mint a referencia-törzs. A jobb panel mutatja BSR elemzés által kódolt fehérjék törzs 98-10 és B128, törzzsel 26695, mint a referencia-törzs. A BSR megközelítés elemzi az összes fehérje megjósolták, hogy által kódolt három genomok, használva az intézkedés a hasonlóság alapján az arány a BLAST pontszámokat, ahogy az a Methods. Bemutatott fehérjék a dobozban a bal alsó sarokban (BSR < 0,4) felel meg fehérje jelen van a referencia proteomot (törzs 26695), de hiányzik a két lekérdezés proteomes. A jobb felső negyedben jelentése fehérjék konzerválódott mindhárom proteomes.
Elemzése a 1237 alapgének jelezte, hogy szinte minden esetben voltak különbségek az aminosav-szekvenciái által kódolt fehérjék egyes törzsek. Páronkénti összehasonlítások által kódolt fehérjék különböző törzsek jelezte, hogy a szintek rokonsági között mozgott 65% -ról 100% -os aminosav azonosságot. Egy reprezentatív összehasonlítása a mag által kódolt fehérjék két törzs (98-10 és 26695) a 3. ábrán mutatjuk be csak 11 gént azonosítottunk, amelyek aminosav-szekvenciáit kódolt fehérjék azonosak voltak az összes 5 törzs. Ezek közül hét 11 kódolt gének riboszóma fehérjéket; mások kódolt egy transzlációs iniciációs faktor (IF-1), egy lipoprotein (Lpp20), egy ostoros bazális test fehérje (fájl kiválasztása), valamint a fehérje funkciója ismeretlen (HP0031). 3. ábra kapcsolódását mag fehérjék megjósolták, hogy kódolja a H. pylori törzs 98-10 és 26695. Egy sor 1237 gének jelen vannak minden 5 H. pylori
törzseket azonosítottuk, ahogy az a Methods. A kikövetkeztetett aminosav-szekvenciákat a megfelelő által kódolt fehérjék törzs 98-10 használták keresni egy adatbázis-szekvenciák törzsből származó 26695 FASTA. A legjobb meccs azonosították, és a százalékos aminosav azonosságot számítottuk. A hisztogram számát mutatja ORF bemutatja a jelzett szintnél aminosav azonosságot. Katalógusa elemzése eltérő gének egy kelet-ázsiai rákkal összefüggő H. pylori katalógusa törzs katalógusa H. pylori katalógusa izolált törzsek független emberre mutatnak allél sokszínűség (jellemzően 92-99% nukleotid identitás között megfelelő allél), amely az osztályozás alapjául a törzsek a lakosság klaszterek keresztül MLST elemzést. Számos gén mutatnak lényegesen magasabb szintű allél sokféleségét. Például legalább két gén (cagA
és egy SEL1
homológ) ismert, hogy jelentősen eltérő a kelet-ázsiai H. pylori
törzsek, mint a nyugati H. pylori
törzsek [13, 14 , 42]. Feltételeztük, hogy további géneket lehet erősen divergens a kelet-ázsiai törzs 98-10, mint a többi 4 szekvenált törzsek. Azonosításához géntermékek által kódolt genom 98-10 hogy jelentősen eltérő termékekhez képest által kódolt a másik 4 genomok, mi összpontosít elemzése a 1237 mag gének jelen voltak mind az 5 szekvenáltuk törzset. Segítségével leírt megközelítést Methods, azonosítottunk 8 gén termékeket, amelyek erősen divergens a kelet-ázsiai törzs, mint a többi négy törzs (2. táblázat). Ezek közé tartozik a CagA és egy SEL1
homológ, amelyeket korábban leírták, hogy jelentősen eltérő a kelet-ázsiai törzsek összehasonlítva törzsek más részein a világ [13, 42]. Az aminosav-szekvenciák ilyen eltérő által kódolt fehérjék a japán törzs 98-10 voltak minden < 90% -ban azonos a szekvencia megfelelő fehérjék a másik négy törzs (2. táblázat). Minden esetben az eltérő allél törzs 98-10 és a megfelelő allél a másik négy törzsek által közrefogott ugyanazon kromoszóma genes.Table 2 nagyon eltérő allél a kelet-ázsiai törzs 98-10 katalógusa Gene száma katalógusa (98-10) Matton Gene száma (26695) Matton Leírás Matton% aa identitás (98 -10) a Matton% aa személyazonosító katalógusa (nem 98-10) b Matton% egyedi oldalak c

HP9810_903g20
HP0061d
Hypothetical
67
86
21
HP9810_889g5
HP0492d
hpaA
homológ katalógusa 72 katalógusa 92 katalógusa 21 katalógusa HP9810_889g32 katalógusa HP0519d katalógusa SEL1 katalógusa homológ katalógusa 73 katalógusa 92 katalógusa 15 katalógusa HP9810_905g13 katalógusa HP0547
cagA katalógusa
79
87
11
HP9810_868g41
HP0806d
Hypothetical
86
92
6
HP9810_899g75
HP1322d
Hypothetical
75
90
18
HP9810_899g76
HP1323d
Ribonuclease
88
92
6
HP9810_885g15
HP1524d
Hypothetical
80
95
13
a A szekvenciákat a jelzett géntermékek törzs 98-10 összehasonlítottuk megfelelő szekvenciákkal mind a másik 4 törzsek (26695, J99, HPAG1 és B128), és az átlagos% aminosav identitásokat számoltuk leírtak a Methods.
b szekvenciáit az jelzett géntermékek egyes törzsek képest minden permutációját, kivéve, hogy összehasonlításokat érintő törzs 98-10 elemzésből kizártuk. Átlagos% -os aminosav identitásokat számoltuk leírtak a Methods.
CPercentage vonalban levő helyek, amelyben a protein törzsből származó 98-10 tartalmazott egy aminosav eltér a megfelelő aminosavak fehérjék 4 többi törzs.
DReported hogy egy alkotórésze a H. pylori
mag genom alapján, a legalább egy tömb elemzése [18-20].
Mint az 1. ábrán látható, a törzs J99-t leginkább kapcsolódik a H. pylori
törzsek izolált Nyugat-Afrikában, a lakosság fürt eltér a többi törzs esetében, amelyek genom szekvenciák álltak rendelkezésre. Ezért azt feltételeztük, hogy a specifikus gének lehetnek erősen divergens a nyugat-afrikai törzs J99, mint a többi 4 szekvenált törzsek. Azonosításához ilyen gének, használtuk ugyanazt a megközelítést a fent leírtak szerint. Négy egyedülálló erősen divergens allélokat azonosítottak törzs J99 (3. táblázat), minden egyes kódoló termékek voltak, < 90% -ban azonos a megfelelő fehérjék a másik négy törzs. Egyedi erősen eltérő allélok nem könnyen azonosítható törzsek 26695, HPAG1 vagy B128. Figyelemre méltó kivétel azonosítása volt egy nagyon eltérő vacA katalógusa allél törzs B128 (gén HPB128_147g10). Azonosítása vacA
Mint divergens allél törzs B128 tulajdonítható a jelenléte egy S1 /m2 vacA
allél ebben a törzsben és a jelenléte S1 /m1 alléleket a négy másik törzs; m1 és m2 formái VacA jellemzően mutatnak csak 60-70% -os aminosav azonosságot belül a közép-régióban a fehérje [38] .table 3 erősen divergens allélek törzsben J99
Gene száma katalógusa (J99) Matton Gene száma (26695) Matton Leírás Matton% aa identitás (J99) egy fiatal
% aa identitás (nem J99) b Matton% egyedi oldalak c

jhp0028
HP0032
Hypothetical
68
91
24
jhp0080
HP0087d
Hypothetical
89
96
8
jhp0173
HP0185d
Hypothetical
88
93
7
jhp0395
HP1029d
Hypothetical
88
95
7
egy szekvenciáit az jelzett géntermékek törzs J99 összehasonlítottuk megfelelő szekvenciákkal mind a másik 4 törzsek (26695, HPAG1, B128, és 98-10), és az átlagos% aminosav identitásokat számoltunk.
B A szekvenciák a jelzett géntermékek egyes törzsek képest minden permutációját, kivéve, hogy összehasonlításokat érintő törzs J99 elemzésből kizártuk. Átlagos% -os aminosav identitásokat számoltunk.
CPercentage vonalban levő helyek, amelyben a protein törzsből származó J99 tartalmazott egy aminosav eltér a megfelelő aminosavak fehérjék 4 többi törzs.
D jelentették, hogy egy alkotóeleme a a H. pylori
mag genom alapján, a legalább egy tömb elemzése [18-20].
azonosítása új törzs-specifikus géneket
azonosításához törzs-specifikus géneket egyedileg jelen lévő egyik a két újonnan szekvenált genomok de korábban nem szekvenált a H. pylori
genomok, ismét használható egy BLAST pontszám arány elemzés, ahogy az a módszerek (2. ábra). Strain 98-10 tartalmazott 22 új törzsre jellemző gének és a törzs B128 tartalmazott 51 (További fájlok 2 és 3). Ezen kívül, mi azonosított 16 gének, amelyek jelen voltak a két törzs 98-10 és B128, de nincs jelen bármilyen korábbiakban szekvenált törzsek (Kiegészítő fájl 4). Számos törzs-specifikus ORF-et a H. pylori törzsek katalógusa 98-10 és B128 voltak < 100 nukleotid hosszúságú, és bizonytalan, hogy ezek a nagyon rövid ORF fordították a fehérjék. Az elemzés egyedülálló törzs-specifikus gének a három korábban szekvenált H. pylori
genomok (26695, J99, és HPAG1) kiderült, hasonló számú egyedi törzs-specifikus gének (1. táblázat), amelyeket már leírtak a korábbi tanulmányokban [ ,,,0],29-31].
potenciális funkcióit törzs-specifikus géneket találtak kizárólag törzs 98-10 vagy B128 (vagy mindkettő 98-10 és B128), a kikövetkeztetett fehérje szekvenciát használtuk lekérdezéseket BLAST keres egy NCBI adatbázis nem-redundáns fehérje szekvenciákat (4. táblázat és További fájlok 2, 3, 4). A legtöbb törzs-specifikus fehérjék talált kizárólag törzs 98-10 vagy B128 nem szorosan kapcsolódó bármely ismert fehérjék vagy volt kapcsolatos fehérjék az adatbázist, amely a funkciók nem ismertek. Több, a törzs-specifikus géneket talált kizárólag törzs 98-10 vagy B128 már korábban detektáltuk a törzsekben H. pylori katalógusa, amelyek a genom szekvenciákat nem határozták meg. Amint a fentiekben leírtuk, inszerciója szekvenciák és transzpozázt kódoló gén (IS607 és ISHp608) azonosítottunk. Két törzs-specifikus gének H. pylori katalógusa törzs B128 (HPB128_11g15 és HPB128_11g23) kódolt fehérjék kapcsolatos IV-es típusú szekréciós rendszer elemei (VirB9 és VirD4 -kal). A gének ebben a csoportban (átívelő HPB128_11g15 a HPB128_11g23) nem voltak kimutathatók az eredeti genom elemzése törzsek J99, 26695, vagy HPAG1 [29-31], de később kimutatható törzs J99 és számos más H. pylori törzsek katalógusa [43] .table 4 törzs-specifikus H. pylori katalógusa géneket kizárólag törzs 98-10 vagy B128 katalógusa katalógusa száma gének a jelzett törzs (ek) egy Matton katalógusa 98-10 Matton B128 Matton 98-10 és B128
száma összesen törzs specifikus genesa katalógusa 22 katalógusa 51 katalógusa 16
funkcionális osztály katalógusa Transzpozázdeficiens
2

• Gyomor pullup a kiégett nyelőcső, a tapasztalattal 44 cases
• Diverzitás baktérium-gazda kölcsönhatások fajok Helicobacter heilmannii szigorú értelemben vett