As infecções virais estão associadas a alterações no microbioma do trato respiratório superior / nasofaríngeo (PN). Além disso, muitos estudos levantam a hipótese das possibilidades de "superinfecções" devido à imunidade suprimida durante um ataque viral.
p Patógenos virulentos podem ser promovidos pela microbiota, mas a microbiota comensal também pode suprimir a propagação de vírus. Foi demonstrado que essas interações afetam os resultados clínicos.
p Como ocorre a pandemia de COVID-19 (doença coronavírus 2019) em curso, causada por coronavírus 2 de síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2), afetam o microbioma bacteriano?
p Em um estudo recente liderado pela Dra. Amy K Feehan, pesquisadores levantaram a hipótese de que o status COVID-19 estaria associado a uma mudança no microbioma NP, especialmente em pacientes hospitalizados. Os resultados deste estudo apóiam as mudanças dinâmicas e significativas para o microbioma no espaço NP, especialmente quando os pacientes usam um dispositivo de assistência respiratória.
p Tratamentos respiratórios são fornecidos a pacientes COVID-19 hospitalizados. Neste estudo, os pesquisadores examinaram a composição da comunidade em relação a três atributos - status COVID-19, assistência respiratória, e uso de antibióticos. Este estudo foi publicado na revista,
Microbiologia Aplicada.
p “As diferenças transversais no microbioma eram aparentes com a infecção por SARS-CoV-2, mas estudos longitudinais são necessários para entender a dinâmica da modulação de micróbios no tratamento viral e respiratório ”.
O estudo
p Os pesquisadores usaram sequenciamento shotgun raso de um conjunto transversal de amostras de resíduos médicos da Louisiana, EUA, que foram confirmados por PCR positivo para SARS-CoV-2 em uma faixa de gravidade (assintomática, hospitalização, e morte). Este estudo incluiu 79 amostras positivas para SARS-CoV-2 e 20 amostras negativas (controle).
p Os pesquisadores apresentaram os dados demográficos associados às amostras. Por exemplo, informações como paciente internado, uso de um dispositivo de assistência respiratória, Gravidade do COVID-19, condição de fumante, era, Gênero sexual, e corrida.
p Usando sequenciamento e classificação metagenômica, eles avaliaram a composição do microbioma de esfregaços nasofaríngeos desses indivíduos positivos e negativos para SARS-CoV-2.
Gráfico de barras da porcentagem de pacientes em cada grupo para três atributos nos quais o gênero foi detectado. Cada uma das barras representa um dos 21 gêneros (eixo x). Três atributos foram testados:status de infecção COVID-19 Composição da comunidade e abundância diferencial
p Eles encontraram um total de 202 gêneros únicos em todas as amostras, das quais, eles identificaram um total de 27 gêneros únicos. Além disso, A positividade do COVID-19 foi associada a uma maior representação de
Serratia , um microorganismo onipresente. Notavelmente,
Serratia marcescens é um reconhecido agente causador de doenças humanas, incluindo pneumonia.
p Os pesquisadores descobriram
Serratia ,
Estreptococo ,
Enterobacter ,
Veillonella ,
Prevotella , e
Rothia freqüentemente em pacientes COVID-19 que usaram dispositivos de auxílio à respiração.
p Também, eles relataram que dois gêneros:
Finegoldia , um patógeno humano oportunista, e
Peptoniphilus , tipicamente associado ao intestino e à microbiota vaginal, estavam totalmente ausentes nos pacientes COVID-19 que necessitavam de assistência respiratória; enquanto presente em pacientes que não necessitaram de assistência respiratória.
p Eles observaram que a abundância relativa individual de
Veillonella foi semelhante entre os grupos, e a abundância relativa de
Finegoldia foi claramente maior no grupo de uso de antibióticos.
Diversidade de espécies
p Eles calcularam a diversidade alfa (diversidade dentro de uma determinada área ou ecossistema; riqueza de espécies) e a diversidade beta (diferença na diversidade de espécies entre ecossistemas; rotação de espécies).
p Ao contrário do status COVID-19, os pesquisadores descobriram que a diversidade alfa era diferente para a idade e para os indivíduos que fumavam. É bem sabido que a idade e o tabagismo afetam o microbioma intestinal, pele, e trato respiratório superior.
p Enquanto eles descobriram que a diversidade beta do microbioma era significativamente diferente para aqueles que tinham COVID-19, usaram dispositivos de auxílio à respiração, teve uma internação hospitalar, e, tb, aqueles que morreram. Surpreendentemente, os pesquisadores observaram diferenças raciais na diversidade beta do espaço NP e enfatizaram a necessidade de um estudo de grande amostra para avaliar isso melhor.
p “A interação entre a infecção por SARS-CoV-2, tratamento respiratório, Internação hospitalar, e os microbiomas respiratórios são complexos, e uma linha do tempo detalhada e / ou amostragem longitudinal dos pacientes é necessária para identificar as relações causais. ”
Resumo
p Embora este estudo não considere o uso de medicamentos específicos tomados pelos indivíduos devido às limitações no momento da coleta de dados, ele destaca poderosamente a relação entre a infecção por COVID-19 e as mudanças nas comunidades microbianas. É evidente que COVID-19 muda o microbioma NP - em diversidade, frequência, e abundância. Adicionalmente, o tratamento respiratório afeta o tipo e a abundância dos taxa microbianos que constituem o microbioma NP.
p Diferenças nas populações de pacientes, geografia, e clima, ou mesmo a quantidade ou diversidade genômica do vírus SARS-CoV-2 em conjunto desempenha algum papel no microbioma NP.
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