Virusinius patogenus gali skatinti mikrobiota, tačiau komensalinė mikrobiota taip pat gali slopinti virusų plitimą. Įrodyta, kad ši sąveika turi įtakos klinikiniams rezultatams.
Kaip vyksta besitęsianti COVID-19 (koronaviruso liga 2019) pandemija, sukeltas sunkaus ūminio kvėpavimo sindromo koronaviruso 2 (SARS-CoV-2), paveikti bakterijų mikrobiomą?
Neseniai atliktame tyrime, kuriam vadovavo dr. Amy K Feehan, tyrėjai iškėlė hipotezę, kad COVID-19 būklė bus susijusi su NP mikrobiomos pasikeitimu, ypač hospitalizuotiems pacientams. Šio tyrimo rezultatai patvirtina dinamiškus ir reikšmingus mikrobiomo pokyčius NP erdvėje, ypač kai pacientai naudoja kvėpavimo pagalbos prietaisą.
Kvėpavimo procedūros teikiamos hospitalizuotiems COVID-19 pacientams. Šiame tyrime, tyrėjai ištyrė bendruomenės sudėtį, atsižvelgdami į tris požymius - COVID -19 statusą, kvėpavimo pagalba, ir antibiotikų vartojimas. Šis tyrimas paskelbtas žurnale, Taikomoji mikrobiologija.
„Mikrobiomo skerspjūvio skirtumai buvo akivaizdūs sergant SARS-CoV-2 infekcija, Tačiau norint ištirti virusų ir kvėpavimo takų mikrobų moduliacijos dinamiką, reikalingi išilginiai tyrimai.
Mokslininkai naudojo seklią šautuvų seką, skirtą medicinos atliekų mėginių iš Luizianos skerspjūvio rinkiniui, JAV, kurie buvo patvirtinti PGR teigiamu SARS-CoV-2 įvairaus sunkumo diapazonu (besimptomiai, hospitalizacija, ir mirtis). Šiame tyrime dalyvavo 79 teigiami SARS-CoV-2 mėginiai ir 20 neigiamų mėginių (kontrolinis).
Mokslininkai pristatė su mėginiais susijusius demografinius rodiklius. Pavyzdžiui, informacija, tokia kaip stacionarus, kvėpavimo pagalbos prietaiso naudojimas, COVID-19 sunkumas, rūkymo būsena, amžius, Lytis, ir lenktynės.
Naudojant metagenominę seką ir klasifikaciją, jie įvertino šių SARS-CoV-2 teigiamų ir neigiamų asmenų nosiaryklės tamponų mikrobiomos sudėtį.
Ligoninių diagrama, kurioje nurodomas kiekvienos grupės pacientų procentas pagal tris požymius, kuriems buvo nustatyta gentis. Kiekviena juosta reiškia vieną iš 21 genčių (x ašis). Buvo išbandyti trys požymiai:COVID-19 infekcijos būsenaIš viso visuose mėginiuose jie rado 202 unikalias gentis, Iš kurių, jie iš viso nustatė 27 unikalias gentis. Papildomai, COVID-19 pozityvumas buvo susijęs su padidėjusiu atstovavimu Serratia , visur esantis mikroorganizmas. Pažymėtina, Serratia marcescens yra pripažintas žmonių ligų sukėlėjas, įskaitant pneumoniją.
Tyrėjai nustatė Serratia , Streptokokas , Enterobacter , Veillonella , Prevotella , ir Rothia dažnai pacientams, sergantiems COVID-19, kurie naudojo kvėpavimo pagalbines priemones.
Taip pat, jie pranešė, kad dvi gentys: Finegoldia , oportunistinis žmogaus patogenas, ir Peptoniphilus , paprastai susijęs su žarnyno ir makšties mikrobiota, visiškai nebuvo pacientų, sergančių COVID-19, kuriems reikėjo kvėpavimo pagalbos; būdamas pacientams, kuriems nereikalinga kvėpavimo pagalba.
Jie pažymėjo, kad individuali santykinė gausa Veillonella buvo panaši tarp grupių, ir santykinė gausa Finegoldia buvo akivaizdžiai didesnis antibiotikų vartojimo grupėje.
Jie apskaičiavo alfa įvairovę (įvairovę tam tikroje teritorijoje ar ekosistemoje; rūšių turtingumą) ir beta įvairovę (rūšių įvairovės skirtumas tarp ekosistemų; rūšių kaita).
Skirtingai nuo COVID-19 statuso, tyrėjai nustatė, kad alfa įvairovė buvo skirtinga pagal amžių ir rūkančius asmenis. Gerai žinoma, kad amžius ir rūkymas veikia žarnyno mikrobiomą, oda, ir viršutiniai kvėpavimo takai.
Nors jie nustatė, kad mikrobiomo beta įvairovė labai skiriasi tiems, kurie sirgo COVID-19, naudojo kvėpavimo pagalbines priemones, buvo ligoninėje stacionare, ir, taip pat, tie, kurie mirė. Stebėtinai, tyrėjai pastebėjo rasinius NP erdvės beta įvairovės skirtumus ir pabrėžė, kad reikia atlikti didelį imties tyrimą, kad tai būtų galima toliau įvertinti.
„SARS-CoV-2 infekcijos sąveika, kvėpavimo gydymas, buvimas ligoninėje, kvėpavimo takų mikrobiomos yra sudėtingos, ir norint nustatyti priežastinius ryšius, reikalingas išsamus laiko grafikas ir (arba) išilginė pacientų atranka “.
Nors šiame tyrime neatsižvelgiama į konkrečių asmenų vartojamų vaistų vartojimą dėl duomenų rinkimo apribojimų, tai stipriai pabrėžia ryšį tarp COVID-19 infekcijos ir mikrobų bendruomenių pokyčių. Akivaizdu, kad COVID -19 keičia NP mikrobiomą - įvairovėje, dažnis, ir gausa. Be to, kvėpavimo gydymas turi įtakos mikrobų taksonų, apimančių NP mikrobiomą, tipui ir gausai.
Pacientų populiacijų skirtumai, geografija, ir klimatas, ar net SARS-CoV-2 viruso kiekis ar genominė įvairovė apskritai vaidina tam tikrą vaidmenį NP mikrobiomoje.