Virulentni patogeni mogu se promovirati mikrobiotom, ali komenzalna mikrobiota također može suzbiti širenje virusa. Pokazalo se da te interakcije utječu na kliničke ishode.
Kako se ponaša trenutna pandemija COVID-19 (koronavirusna bolest 2019), uzrokovana teškim akutnim respiratornim sindromom koronavirusa 2 (SARS-CoV-2), utječu na bakterijski mikrobiom?
U nedavnoj studiji koju je vodila dr. Amy K Feehan, istraživači su pretpostavili da bi status COVID-19 bio povezan s promjenom mikrobioma NP, osobito kod hospitaliziranih pacijenata. Rezultati ovog istraživanja podržavaju dinamične i značajne promjene mikrobioma u NP prostoru, osobito kada pacijenti koriste uređaj za pomoć pri disanju.
Hospitaliziranim pacijentima s COVID-19 pružaju se tretmani disanja. U ovoj studiji, istraživači su ispitali sastav zajednice u odnosu na tri atributa - status COVID -19, pomoć pri disanju, i korištenje antibiotika. Ova studija objavljena je u časopisu, Primijenjena mikrobiologija.
„Razlike u presjeku mikrobioma bile su očite kod infekcije SARS-CoV-2, ali su potrebne longitudinalne studije kako bi se razumjela dinamika modulacije mikroba u liječenju virusa i disanja. "
Istraživači su koristili plitko sekvenciranje sačmarica poprečnog presjeka uzoraka medicinskog otpada iz Louisiane, SAD, koji su potvrđeni PCR pozitivnim na SARS-CoV-2 u različitim stupnjevima ozbiljnosti (asimptomatski, hospitalizacija, i smrt). Ovo istraživanje obuhvatilo je 79 pozitivnih uzoraka SARS-CoV-2 i 20 negativnih uzoraka (kontrola).
Znanstvenici su predstavili demografiju povezanu s uzorcima. Na primjer, informacije poput stacionara, korištenje uređaja za pomoć pri disanju, Ozbiljnost COVID-19, status pušenja, dob, spol, i trka.
Koristeći metagenomski niz i klasifikaciju, procijenili su sastav mikrobioma briseva nazofarinksa ovih pozitivnih i negativnih pojedinaca na SARS-CoV-2.
Trakasti grafikon postotka pacijenata unutar svake skupine za tri atributa kod kojih je gen otkriven. Svaki od stupova predstavlja jedan od 21 roda (os x). Testirana su tri svojstva:status infekcije COVID-19Pronašli su ukupno 202 jedinstvena roda u svim uzorcima, od kojih, identificirali su ukupno 27 jedinstvenih rodova. U Dodatku, Pozitivnost na COVID-19 povezana je s povećanom zastupljenošću Serratia , sveprisutni mikroorganizam. Posebno, Serratia marcescens priznati je uzročnik ljudskih bolesti, uključujući upalu pluća.
Istraživači su otkrili Serratia , Streptococcus , Enterobacter , Veillonella , Prevotella , i Rothia često u pacijenata s COVID-19 koji su koristili pomagala za disanje.
Također, izvijestili su da postoje dva roda: Finegoldia , oportunistički ljudski patogen, i Peptoniphilus , tipično povezan s crijevnom i vaginalnom mikrobiotom, bili su potpuno odsutni kod pacijenata s COVID-19 koji su trebali pomoć pri disanju; dok je prisutan kod pacijenata kojima nije bila potrebna pomoć pri disanju.
Uočili su da je pojedinačno relativno brojnost Veillonella bilo je slično među grupama, i relativno obilje Finegoldia bio je očito veći u skupini koja je uzimala antibiotike.
Izračunali su alfa raznolikost (raznolikost unutar određenog područja ili ekosustava; bogatstvo vrsta) i beta raznolikost (razlika u raznolikosti vrsta među ekosustavima; promet vrsta).
Za razliku od statusa COVID-19, istraživači su otkrili da je alfa raznolikost različita za dobni status i za pojedince koji su pušili. Dobro je poznato da starost i pušenje utječu na mikrobiom crijeva, koža, i gornjih dišnih putova.
Iako su otkrili da je beta raznolikost mikrobioma značajno različita za one koji su imali COVID-19, koristili pomagala za disanje, imao stacionarni bolnički boravak, i, također, oni koji su umrli. Iznenađujuče, istraživači su uočili rasne razlike u beta-raznolikosti NP prostora i naglasili potrebu za studijom velikog uzorka koja bi to dodatno procijenila.
„Međudjelovanje infekcije SARS-CoV-2, liječenje disanja, boravak u bolnici, i respiratorni mikrobiomi su složeni, a za utvrđivanje uzročno -posljedičnih veza potrebna je detaljna vremenska linija i/ili uzdužno uzorkovanje pacijenata. "
Iako ova studija ne razmatra upotrebu posebnih lijekova koje su pojedinci uzimali zbog ograničenja u vrijeme prikupljanja podataka, snažno naglašava vezu između infekcije COVID-19 i promjena u mikrobnoj zajednici. Očigledno je da COVID -19 mijenja mikrobiom NP - u raznolikosti, frekvencija, i obilje. Dodatno, liječenje disanjem utječe na vrstu i brojnost mikrobnih svojti koje čine NP mikrobiom.
Razlike u populaciji pacijenata, geografija, i klimu, ili čak količina ili genomska raznolikost virusa SARS-CoV-2 zajedno igraju određenu ulogu u mikrobiomu NP.