Les agents pathogènes virulents peuvent être favorisés par le microbiote, mais le microbiote commensal peut également supprimer la propagation des virus. Il a été démontré que ces interactions affectent les résultats cliniques.
Comment la pandémie actuelle de COVID-19 (maladie à coronavirus 2019), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), affecter le microbiome bactérien?
Dans une étude récente dirigée par le Dr Amy K Feehan, les chercheurs ont émis l'hypothèse que le statut COVID-19 serait associé à un changement dans le microbiome NP, surtout chez les patients hospitalisés. Les résultats de cette étude soutiennent les changements dynamiques et significatifs du microbiome dans l'espace NP, en particulier lorsque les patients utilisent un appareil d'assistance respiratoire.
Des traitements respiratoires sont fournis aux patients COVID-19 hospitalisés. Dans cette étude, les chercheurs ont examiné la composition de la communauté par rapport à trois attributs - le statut COVID-19, aide respiratoire, et l'utilisation d'antibiotiques. Cette étude est publiée dans la revue, Microbiologie appliquée.
« Des différences transversales dans le microbiome étaient apparentes avec l'infection par le SRAS-CoV-2, mais des études longitudinales sont nécessaires pour comprendre la dynamique de la modulation virale et respiratoire des microbes.
Les chercheurs ont utilisé le séquençage au fusil de chasse peu profond d'un ensemble transversal d'échantillons de déchets médicaux de Louisiane, ETATS-UNIS, qui ont été confirmées par PCR positives pour le SRAS-CoV-2 dans une gamme de gravité (asymptomatique, hospitalisation, et la mort). Cette étude comprenait 79 échantillons positifs au SARS-CoV-2 et 20 échantillons négatifs (contrôle).
Les chercheurs ont présenté les données démographiques associées aux échantillons. Par exemple, informations telles que les patients hospitalisés, l'utilisation d'un appareil d'assistance respiratoire, la gravité du COVID-19, statut de fumeur, âge, genre, et course.
En utilisant le séquençage et la classification métagénomiques, ils ont évalué la composition du microbiome des écouvillonnages nasopharyngés de ces individus positifs et négatifs pour le SRAS-CoV-2.
Graphique à barres du pourcentage de patients au sein de chaque groupe pour trois attributs chez lesquels le genre a été détecté. Chacune des barres représente l'un des 21 genres (axe des x). Trois attributs ont été testés :état de l'infection au COVID-19 Ils ont trouvé un total de 202 genres uniques dans tous les échantillons, dont, ils ont identifié un total de 27 genres uniques. En outre, La positivité au COVID-19 était associée à une représentation accrue des Serratia , un micro-organisme omniprésent. Notamment, Serratia marcescens est un agent causal reconnu de maladies humaines, y compris la pneumonie.
Les chercheurs ont trouvé Serratia , Streptocoque , Enterobacter , Veillonelle , Prévotella , et Rothia fréquemment chez les patients COVID-19 qui ont utilisé des appareils d'assistance respiratoire.
Aussi, ils ont rapporté que deux genres : Finegoldia , un pathogène humain opportuniste, et Peptoniphile , généralement associée au microbiote intestinal et vaginal, étaient totalement absents chez les patients COVID-19 nécessitant une assistance respiratoire ; lorsqu'il est présent chez des patients qui n'ont pas eu besoin d'une assistance respiratoire.
Ils ont noté que l'abondance relative individuelle de Veillonelle était similaire entre les groupes, et l'abondance relative de Finegoldia était nettement plus élevé dans le groupe d'utilisation d'antibiotiques.
Ils ont calculé la diversité alpha (diversité au sein d'une zone ou d'un écosystème particulier ; richesse en espèces) et la diversité bêta (différence de diversité des espèces entre les écosystèmes ; renouvellement des espèces).
Contrairement au statut COVID-19, les chercheurs ont découvert que la diversité alpha était différente pour l'âge et pour les fumeurs. Il est bien connu que l'âge et le tabagisme affectent le microbiome de l'intestin, peau, et des voies respiratoires supérieures.
Alors qu'ils ont trouvé que la diversité bêta du microbiome était significativement différente pour ceux qui avaient COVID-19, appareils d'assistance respiratoire usagés, a été hospitalisé, et, aussi, ceux qui sont morts. Étonnamment, les chercheurs ont observé des différences raciales dans la diversité bêta de l'espace NP et ont souligné la nécessité d'une étude à large échantillon pour évaluer cela plus avant.
« L'interaction entre l'infection par le SRAS-CoV-2, traitement respiratoire, séjour à l'hopital, et les microbiomes respiratoires est complexe, et un calendrier détaillé et/ou un échantillonnage longitudinal de patients sont nécessaires pour identifier les relations causales.
Bien que cette étude ne considère pas l'utilisation de médicaments spécifiques pris par les individus en raison des limitations au moment de la collecte des données, il met en évidence avec force la relation entre l'infection au COVID-19 et les changements dans les communautés microbiennes. Il est évident que COVID-19 modifie le microbiome des NP - en diversité, la fréquence, et l'abondance. En outre, le traitement respiratoire a un impact sur le type et l'abondance des taxons microbiens composant le microbiome NP.
Différences dans les populations de patients, géographie, et le climat, ou même la quantité ou la diversité génomique du virus SARS-CoV-2 jouent un rôle dans le microbiome NP.
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