GW-ledet konsortium mottar 2,2 millioner dollar fra FDA for Biocompute Object Specification Project

Et konsortium ledet av George Washington University (GW) har blitt refundert for deres BioCompute Object Specification Project, takket være 2,2 millioner dollar, fem års tilskudd fra U.S. Food and Drug Administration (FDA). BioCompute Object Specification Project, som ble lansert høsten 2017, gir tiltrengte standarder for kommunikasjon av HTS-beregninger og dataanalyse med høy gjennomstrømning, kjent som BioCompute Objects (BCOs).

Dette samfunnsdrevne prosjektet arbeider for å effektivisere data og arbeidsflytutveksling mellom FDA, forskere, farmasøytiske selskaper, og bioinformatikk teknologiutviklere. I løpet av de siste årene, konsortiet arrangerte regelmessige åpne møter, inkludert en årlig workshop for å la deltakerne utvide, raffinere, og prioritere behovet for standardrapportering samtidig som de diskuterer egne interessentspesifikke krav til en standard. Etter disse workshopene, BioCompute Object Specification Document ble publisert - ett i 2017 og et annet oppdatert dokument i 2018 - for å kommunisere beste praksis. Inkludert i det GW-ledede konsortiet er eksperter fra DNAnexus, Galaxy Project, Sju broer, og mer.

For å hjelpe til med å drive personlig medisin, vi må finne en bedre måte å sammenligne og bygge på genomiske data som kan gi innsikt i kreft, ætt, mikrobiomedynamikk, metagenomikk, og mer. Det er her BioCompute Object Specification Project kommer inn. "

Raja Mazumder, PhD, prosjektets hovedforsker og professor i biokjemi og molekylær medisin ved GW School of Medicine and Health Sciences

Standarden evalueres for tiden av Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association for å bli en offisielt anerkjent standard. Fordi etablering og vedlikehold av HTS -standarder for validering av data, beregning og interoperabilitet er avgjørende for FDAs regulatoriske oppgave, konsortiet tar sikte på å lage en tilhørende database (BioComputeDB). Dette vil omfatte utvikling av mekanismer for overføring av BCO, oppdateringer av den tekniske spesifikasjonsdokumentasjonen, og arrangerer jevnlige informasjonsmøter for FDA -personell om opprettelse og bruk av BCO.

"Jeg tror vår foreslåtte database og mekanisme for overføring av BCO har potensial til å effektivisere innsendingsprosessen, "sa Jonathon Keeney, PhD, en medforsker på prosjektet og assisterende forskningsprofessor i biokjemi og molekylær medisin ved GW School of Medicine and Health Sciences. "Vi planlegger å jobbe tett med FDA -personell for å sikre at prosjektet støtter deres oppdrag, og at det også dekker behovene til andre samfunnsmedlemmer. "

BioCompute-prosjektet har også koordinert en "App-a-thon" -utfordring på PrecisionFDA-plattformen som engasjerte bioinformatikkmiljøet for å bygge BCOer og apper relatert til dem, og har også nylig lansert et offentlig privat partnerskap som vil videreutvikle verktøy og tilbakemeldinger, og vil utvide rekkevidden til prosjektet til å omfatte flere grupper på tvers av forskjellige områder.

• Ny virtuell biopsi gjør at leger definitivt kan diagnostisere cyster i bukspyttkjertelen
• Dråper som inneholder en spesifikk probiotisk stamme kan redusere kolikk hos spedbarn