Dieses Community-getriebene Projekt arbeitet daran, den Daten- und Workflow-Austausch zwischen der FDA, Forscher, Pharmaunternehmen, und Entwickler von Bioinformatik-Technologien. In den letzten Jahren, organisierte das Konsortium regelmäßige offene Treffen, einschließlich eines jährlichen Workshops, um die Teilnehmer zu erweitern, verfeinern, und die Notwendigkeit einer Standardberichterstattung priorisieren und gleichzeitig ihre eigenen Stakeholder-spezifischen Anforderungen an einen Standard diskutieren. Nach diesen Workshops das BioCompute Object Specification Document wurde veröffentlicht – eines im Jahr 2017 und ein weiteres aktualisiertes Dokument im Jahr 2018 – um Best Practices zu kommunizieren. Zu dem von GW geführten Konsortium gehören Experten von DNAnexus, Galaxy-Projekt, Sieben Brücken, und mehr.
Um die personalisierte Medizin voranzutreiben, wir müssen einen besseren Weg finden, um Genomdaten zu vergleichen und darauf aufzubauen, die Erkenntnisse über Krebs liefern könnten, Abstammung, Mikrobiom-Dynamik, Metagenomik, und mehr. Hier kommt das BioCompute Object Specification Project ins Spiel."
Raja Mazumder, PhD, der Projektleiter und Professor für Biochemie und Molekulare Medizin an der GW School of Medicine and Health Sciences
Der Standard wird derzeit von der Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association als offiziell anerkannter Standard bewertet. Da die Etablierung und Pflege von HTS-Standards für die Datenvalidierung, Berechnung und Interoperabilität sind für den regulatorischen Auftrag der FDA von entscheidender Bedeutung, Ziel des Konsortiums ist es, eine begleitende Datenbank (BioComputeDB) zu erstellen. Dazu gehört die Entwicklung von Mechanismen zum Transfer von BCOs, Aktualisierungen der technischen Spezifikationsdokumentation, und Veranstaltung regelmäßiger Informationsveranstaltungen für FDA-Mitarbeiter über die Erstellung und Verwendung von BCOs.
"Ich denke, unsere vorgeschlagene Datenbank und unser Mechanismus zur Übertragung von BCOs haben das Potenzial, den Einreichungsprozess zu rationalisieren, “ sagte Jonathon Keeney, PhD, Co-Investigator des Projekts und Assistant Research Professor für Biochemie und Molekulare Medizin an der GW School of Medicine and Health Sciences. "Wir planen, sehr eng mit den Mitarbeitern der FDA zusammenzuarbeiten, um sicherzustellen, dass das Projekt ihre Mission unterstützt. und dass es auch die Bedürfnisse anderer Community-Mitglieder erfüllt."
Das BioCompute-Projekt hat auch eine "App-a-thon"-Challenge auf der PrecisionFDA-Plattform koordiniert, bei der die Bioinformatik-Community dazu angehalten wurde, BCOs und damit verbundene Apps zu entwickeln. und hat kürzlich auch eine öffentlich-private Partnerschaft ins Leben gerufen, die Instrumente und Feedback weiterentwickeln wird, und wird die Reichweite des Projekts erweitern, um mehr Gruppen in verschiedenen Bereichen einzubeziehen.
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