El consorcio liderado por GW recibe $ 2.2 millones de la FDA para el Proyecto de Especificación de Objetos de Biocomputación

Un consorcio liderado por la Universidad George Washington (GW) ha sido reembolsado por su Proyecto de Especificación de Objetos BioCompute, gracias a 2,2 millones de dólares, subvención de cinco años de la Administración de Drogas y Alimentos de los Estados Unidos (FDA). El proyecto de especificación de objetos de BioCompute, que se lanzó en otoño de 2017, proporciona estándares muy necesarios para comunicar cálculos y análisis de datos de secuenciación de alto rendimiento (HTS), conocido como BioCompute Objects (BCO).

Este proyecto impulsado por la comunidad trabaja para agilizar el intercambio de datos y flujo de trabajo entre la FDA, investigadores, compañías farmacéuticas, y desarrolladores de tecnología bioinformática. Durante los últimos años, el consorcio organizó reuniones abiertas periódicas, incluyendo un taller anual para permitir que los participantes se expandan, refinar, y priorizar la necesidad de informes estándar al mismo tiempo que se discuten sus propios requisitos específicos de las partes interesadas para un estándar. Después de estos talleres, Se publicó el Documento de especificación de objetos de BioCompute, uno en 2017 y otro documento actualizado en 2018, para comunicar las mejores prácticas. En el consorcio liderado por GW se incluyen expertos de DNAnexus, Proyecto Galaxy, Siete puentes, y más.

Para ayudar a impulsar la medicina personalizada, Necesitamos encontrar una mejor manera de comparar y desarrollar datos genómicos que puedan brindar información sobre el cáncer. ascendencia, dinámica del microbioma, metagenómica, y más. Aquí es donde entra en juego el Proyecto de especificación de objetos de BioCompute ".

Raja Mazumder, Doctor, el investigador principal del proyecto y profesor de bioquímica y medicina molecular en la Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud de GW

El estándar está siendo evaluado actualmente por la Asociación de Estándares del Instituto de Ingenieros Eléctricos y Electrónicos para convertirse en un estándar reconocido oficialmente. Porque establecer y mantener estándares HTS para validar datos, la computación y la interoperabilidad son fundamentales para la misión reguladora de la FDA, el consorcio tiene como objetivo crear una base de datos adjunta (BioComputeDB). Esto incluirá el desarrollo de mecanismos para transferir BCO, actualizaciones de la documentación de especificaciones técnicas, y organizar sesiones informativas periódicas para el personal de la FDA sobre la creación y el uso de BCO.

"Creo que nuestra base de datos y nuestro mecanismo propuestos para transferir BCO tienen el potencial de agilizar el proceso de envío, "dijo Jonathon Keeney, Doctor, co-investigador del proyecto y profesor asistente de investigación de bioquímica y medicina molecular en la Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud de GW. "Planeamos trabajar muy de cerca con el personal de la FDA para asegurarnos de que el proyecto respalde su misión, y que también satisface las necesidades de otros miembros de la comunidad ".

El proyecto BioCompute también ha coordinado un desafío "App-a-thon" en la plataforma PrecisionFDA que involucró a la comunidad bioinformática para crear BCO y aplicaciones relacionadas con ellos. y también ha lanzado recientemente una asociación público-privada que desarrollará más herramientas y comentarios, y ampliará el alcance del proyecto para incluir más grupos en diferentes áreas.

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