Questo progetto guidato dalla comunità lavora per semplificare lo scambio di dati e flussi di lavoro tra la FDA, ricercatori, case farmaceutiche, e sviluppatori di tecnologie bioinformatiche. Negli ultimi anni, il consorzio ha organizzato riunioni aperte regolari, compreso un workshop annuale per consentire ai partecipanti di ampliare, perfezionare, e dare la priorità alla necessità di una rendicontazione standard, discutendo anche i propri requisiti specifici delle parti interessate per uno standard. Dopo questi workshop, è stato pubblicato il BioCompute Object Specification Document - uno nel 2017 e un altro documento aggiornato nel 2018 - per comunicare le migliori pratiche. Nel consorzio guidato da GW sono inclusi esperti di DNAnexus, Progetto Galassia, Sette Ponti, e altro ancora.
Per aiutare a guidare la medicina personalizzata, dobbiamo trovare un modo migliore per confrontare e basarci sui dati genomici che potrebbero fornire informazioni sul cancro, ascendenza, dinamica del microbioma, metagenomica, e altro ancora. È qui che entra in gioco il progetto BioCompute Object Specification".
Raja Mazumder, dottorato di ricerca, ricercatore principale del progetto e professore di biochimica e medicina molecolare presso la GW School of Medicine and Health Sciences
Lo standard è attualmente in fase di valutazione da parte dell'Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association per diventare uno standard ufficialmente riconosciuto. Perché stabilire e mantenere gli standard HTS per la convalida dei dati, il calcolo e l'interoperabilità sono fondamentali per la missione normativa della FDA, il consorzio mira a creare un database di accompagnamento (BioComputeDB). Ciò includerà lo sviluppo di meccanismi per trasferire BCO, aggiornamenti della documentazione di specifica tecnica, e ospitare sessioni informative regolari per il personale della FDA sulla creazione e l'uso di BCO.
"Penso che il nostro database proposto e il meccanismo per trasferire i BCO abbiano il potenziale per semplificare il processo di invio, " disse Jonathon Keeney, dottorato di ricerca, un co-investigatore del progetto e professore assistente di ricerca di biochimica e medicina molecolare presso la GW School of Medicine and Health Sciences. "Abbiamo in programma di lavorare a stretto contatto con il personale della FDA per assicurarci che il progetto supporti la loro missione, e che soddisfa anche i bisogni degli altri membri della comunità".
Il progetto BioCompute ha anche coordinato una sfida "App-a-thon" sulla piattaforma PrecisionFDA che ha coinvolto la comunità bioinformatica per costruire BCO e app ad essi correlate, e ha anche recentemente lanciato un partenariato pubblico privato che svilupperà ulteriormente strumenti e feedback, e estenderà la portata del progetto per includere più gruppi in diverse aree.
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