Dette community-drevne projekt arbejder på at strømline data og udveksling af arbejdsgange mellem FDA, forskere, farmaceutiske virksomheder, og bioinformatik teknologi udviklere. I løbet af de sidste mange år har konsortiet arrangerede regelmæssige åbne møder, herunder en årlig workshop for at give deltagerne mulighed for at ekspandere, raffinere, og prioritere behovet for standardrapportering, samtidig med at de diskuterer deres egne interessentspecifikke krav til en standard. Efter disse workshops, BioCompute Object Specification Document blev offentliggjort - et i 2017 og et andet opdateret dokument i 2018 - for at kommunikere bedste praksis. Inkluderet i det GW-ledede konsortium er eksperter fra DNAnexus, Galaxy Project, Syv broer, og mere.
For at hjælpe med at drive personlig medicin, vi skal finde en bedre måde at sammenligne og bygge på genomiske data, der kan give indsigt i kræft, herkomst, mikrobiom dynamik, metagenomik, og mere. Det er her, BioCompute Object Specification Project kommer ind. "
Raja Mazumder, Ph.d., projektets hovedforsker og professor i biokemi og molekylær medicin på GW School of Medicine and Health Sciences
Standarden evalueres i øjeblikket af Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association til at blive en officielt anerkendt standard. Fordi etablering og vedligeholdelse af HTS -standarder til validering af data, beregning og interoperabilitet er afgørende for FDA's lovgivningsmæssige mission, konsortiet sigter mod at oprette en ledsagende database (BioComputeDB). Dette vil omfatte udvikling af mekanismer til overførsel af BCO'er, opdateringer af den tekniske specifikationsdokumentation, og afholder regelmæssige informationssessioner for FDA -personale om oprettelse og brug af BCO'er.
"Jeg tror, at vores foreslåede database og mekanisme til overførsel af BCO'er har potentiale til at strømline indsendelsesprocessen, "sagde Jonathon Keeney, Ph.d., en medforsker på projektet og assisterende forskningsprofessor i biokemi og molekylær medicin på GW School of Medicine and Health Sciences. "Vi planlægger at arbejde tæt sammen med FDA -personale for at sikre, at projektet understøtter deres mission, og at det også opfylder andre samfundsmedlemmers behov. "
BioCompute-projektet har også koordineret en "App-a-thon" -udfordring på PrecisionFDA-platformen, der engagerede bioinformatikfællesskabet til at bygge BCO'er og apps relateret til dem, og har også for nylig lanceret et offentligt privat partnerskab, der vil videreudvikle værktøjer og feedback, og vil udvide projektets rækkevidde til at omfatte flere grupper på tværs af forskellige områder.
Type 1 -diabetes knyttet til tarmmikrobiom og genetiske faktorer
Nyt forsøg viser forbedret overlevelse for patienter med avanceret kolorektal BRAF-mutant kræft
Dysbiose i tarmmikrobiota kan forårsage alvorlig sekundær infektion hos COVID-19-patienter
Bakterier i fødselskanalen er forbundet med lavere risiko for kræft i æggestokkene
Matematisk model afslører risikoen for SARS-CoV-2-infektion efter fækal mikrobiotatransplantation
Nye vært-virale-mikrobiom-interaktioner under COVID-19 kan bestemme resultatet
En vegansk kost kan øge tarmmikrober, der hjælper med vægttab
Skift til en vegansk kost kan hjælpe folk med at tabe næsten et kilo i vægt hver uge og reducere deres risiko for diabetes markant, ifølge en undersøgelse, der for nylig blev præsenteret på dette års
Forskere løser mystisk tilfælde af auto bryggeris syndrom
Forskere i Kina har gjort en vigtig opdagelse, der forklarer den forvirrende sag om en 27-årig mand, der havde en historie om at være beruset uden egentlig at have drukket alkohol. De fandt ud af, a
Tandkødssygdom og risiko for spiserør og mavekræft
Amerikanske forskere har offentliggjort deres nye fund om tandkødssygdomme i et forskningsbrev i det seneste nummer af tidsskriftet Tarm med titlen, Parodontal sygdom, tandtab, og risiko for spiserø