Ce projet communautaire vise à rationaliser l'échange de données et de flux de travail entre la FDA, des chercheurs, entreprises pharmaceutiques, et les développeurs de technologies bioinformatiques. Au cours des dernières années, le consortium a organisé des réunions ouvertes régulières, comprenant un atelier annuel pour permettre aux participants de se développer, affiner, et hiérarchiser le besoin de rapports standard tout en discutant également de leurs propres exigences spécifiques aux parties prenantes pour une norme. Après ces ateliers, le document de spécification des objets BioCompute a été publié - un en 2017 et un autre document mis à jour en 2018 - pour communiquer les meilleures pratiques. Le consortium dirigé par GW comprend des experts de DNAnexus, Projet Galaxie, Sept ponts, et plus.
Afin d'aider à conduire la médecine personnalisée, nous devons trouver un meilleur moyen de comparer et de tirer parti des données génomiques qui pourraient fournir des informations sur le cancer, ascendance, dynamique du microbiome, métagénomique, et plus. C'est là qu'intervient le projet de spécification d'objets BioCompute."
Raja Mazumder, Doctorat, chercheur principal du projet et professeur de biochimie et de médecine moléculaire à la GW School of Medicine and Health Sciences
La norme est actuellement évaluée par l'Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association pour devenir une norme officiellement reconnue. Parce que l'établissement et le maintien des normes HTS pour la validation des données, le calcul et l'interopérabilité sont essentiels à la mission réglementaire de la FDA, le consortium vise à créer une base de données d'accompagnement (BioComputeDB). Cela inclura le développement de mécanismes de transfert des BCO, mises à jour de la documentation des spécifications techniques, et l'organisation de sessions d'information régulières pour le personnel de la FDA sur la création et l'utilisation des BCO.
"Je pense que notre base de données et notre mécanisme de transfert des BCO proposés ont le potentiel de rationaliser le processus de soumission, " a déclaré Jonathon Keeney, Doctorat, co-chercheur sur le projet et professeur adjoint de recherche en biochimie et médecine moléculaire à la GW School of Medicine and Health Sciences. « Nous prévoyons de travailler en étroite collaboration avec le personnel de la FDA pour nous assurer que le projet soutient leur mission, et qu'il réponde également aux besoins des autres membres de la communauté."
Le projet BioCompute a également coordonné un défi "App-a-thon" sur la plate-forme PrecisionFDA qui a engagé la communauté bioinformatique pour créer des BCO et des applications qui leur sont liées, et a également récemment lancé un partenariat public-privé qui développera davantage d'outils et de retours d'expérience, et étendra la portée du projet pour inclure plus de groupes dans différents domaines.
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