PLoS ONE: metabolomiką kartu su daugiamačio duomenų ir kelią analizė apie galimus biologinius žymenis skrandžio opa ir pagalbos poveikio Corydalis yanhusuo Alkaloid

Anotacija

metabolomiką, sistemingas analizė potencialių metabolitų biologinio bandinio, buvo vis taikomas atranda biologinius žymenis, nurodant pasipiktinimas kelius, matavimo terapinių tikslų, ir atrasti naujus vaistus. Analizuojant ir tikrinant didelį skirtumą apykaitos profilių ir pokyčių metabolito biologinių žymenų, metabolomiką leidžia mums geriau suprasti cheminės medžiagos apykaitos kelius, kurie gali paaiškinti tradicinė kinų vaistai (TCM) mechanizmą. , Corydalis yanhusuo
alkaloidas (ĮA) yra pagrindinė sudedamoji Qizhiweitong (QZWT) recepto, kuris buvo naudojamas gydyti skrandžio opa šimtmečius ir jos mechanizmas visiškai neaiškus. Metabolitas profiliavimo atliko didelio slėgio skysčių chromatografija kartu su laiko-of-skrydžio masių spektrometrija (HPLC /ESI-TOF-MS) ir kartu su daugiamatės duomenų analizės ir rūšyse analizės. Statistinis programinė įranga Mišios Profiller Prossional (MPP), ir statistika metodas, įskaitant ANOVA ir pagrindinis komponentas analizė (PBS) buvo naudojami atranda naujų potencialių biologinių žymeklių paaiškinti mechanizmą CA gydant rūgšties švirkščiama žiurkėms skrandžio opa. Į metabolinės profiliavimo pokyčiai buvo atkurta jų bazinės tiesės vertėmis po CA gydymo pagal PBS balas sklypai. Dešimt įvairių galimų biologiniai žymenys ir septyni pagrindiniai metabolizmo būdai, kuriais prisidedama prie skrandžio opa gydymo buvo atrasta ir identifikuoti. Tarp kelių, sphingophospholipid metabolizmą ir riebiųjų rūgščių metabolizmą susijęs tinklas buvo puikiai pasipiktinimas. Kiekybinis realaus laiko polimerazės grandininės reakcijos (PGR) analizė buvo atlikta siekiant įvertinti genų, susijusių su dviem būdais už pirmiau minėtus rezultatus patikrinti išraiška. Rezultatai rodo, kad pasikeitusios biologiniai žymenys ir keliai gali pateikti įrodymus, įžvalgos į kovos su narkotikais veiksmų mechanizmais ir leidžia mums padidinti mokslinių tyrimų produktyvumą link metabolomiką vaistų atradimo

nurodomoji dalis:. Tianjiao L, Shuai W Xiansheng, M, Yongrui B Shanshan G, Bo L, ir kt., (2014 m) metabolomiką kartu su daugiamačio duomenų ir kelią analizė apie galimus biologinius žymenis skrandžio opa ir pagalbos poveikio Corydalis yanhusuo pervežimas alkaloidas. PLoS ONE 9 (1): e82499. Doi: 10,1371 /journal.pone.0082499

redaktorius: Rakesh K. Srivastava, Kanzaso medicinos centro universitetas, Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo: Gegužės 15, 2013; Priėmė: Balandis 24, 2013 m Paskelbta: 15 sausio, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Tianjiao et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė dotacijas iš Key programa gamtamoksliniame fondo valstybės (Nr 81.241.111). Aglient ir finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų. Autoriai deklaruoja, kad jų rankraštis neturi santykius su Agilent Technologies Co, Ltd, susijusias su darbu, konsultacijos, patentai, produktų vystymo ar parduodama produktai ir tt Tai yra dalis master~s projektą ir išsiskiria iš bet kurio vidaus projekto. Vienas iš atitinkamų autorių Xiaorong Ran dirba Agilent Technologies Co., Ltd, kuris padėjo planuojant tyrimą, eksperimentų ir /ar analizės. Lei Wang taip pat dirba Agilent Technologies Co., Ltd, kuris prižiūri tyrimą ir padėjo keičiant gramatines klaidas rankraščio. Autoriai patvirtina, kad užimtumas pagal Agilent Technologoies nekeičia savo ištikimybę bet PLoS ONE politiką dėl dalijimosi duomenimis ir medžiagų.

Įvadas

Skrandžio opa yra plačiai paplitusi liga, kuri kamuoja daugelį žmonių visi visame pasaulyje dėl savo aukštojo ir aukštojo sergamumo. Pagal 2005 statistika, skrandžio opa dažnis buvo iki 80%, ypač Vakarų pasaulyje. Jis turi 40-80% atsinaujinanti dažnio visame pasaulyje. Skrandžio opa žmonėms pasitaiko dažnai dėl įvairių endogeninių ir egzogeninių veiksnių tokių kaip stresas, rūkymas, mitybos trūkumus, vandenilio chlorido rūgštis, pepsino, Helicobacter pylori
, nesteroidinis vaistas nuo uždegimo vartojimas (NVNU), alkoholio ir infekcija [1]. O šie veiksniai buvo manoma, kad būti įtraukti į skrandžio opos patogenezės, kad opa susidarymo mechanizmas dar nėra tiksliai suprantama [2], [3]. TCM įgijo vis sutikimą visame pasaulyje pastaraisiais metais ir paprastai laikomas natūralus ir nekenksmingas [4], [5]. Terapijos kolektyviai vadinami TCM dažniausiai gydoma skrandžio opa, kuri apima kinų žolinis vaistas ir receptą ir tt

QZWT recepto sudaro , Corydalis yanhusuo
Radix Glycyrrhizae parsisiųsti ir , Root Bupleuri
pan. Buvo plačiai naudojamas gydyti skrandžio opa šimtmečius Kinijos, dėl savo terapiniu požiūriu eksploatacinių savybių klinikinių taikymų [8] - [10]. Mes išgrynintas CA iš augalų "Corydalis yanhusuo W.T. Wang" su 92% grynumo. Cheminės sudedamosios , Corydalis yanhusuo
buvo tiriama mūsų ankstesniame tyrime. Tetrahydropalmatine, corydaline, protopine kt buvo biologiniai veikla , Corydalis yanhusuo
. buvo nagrinėta sudedamųjų struktūros. CA yra pripažintas pagrindinis aktyvus komponentas, Corydalis yanhusuo
[6], ir parodė, kad priešopinius poveikį naudojamas kinų klinikinėje praktikoje jau daugelį metų [7]. Ji taip pat buvo pastebėta, kad CA turi priešuždegiminiu poveikiu [8], [9]. Tačiau detalusis molekulinės mechanizmas CA gydant skrandžio opa nėra gerai suprantama.

Jei paaiškinti veikimo mechanizmas narkotikų, metabolomiką metodika buvo plačiai naudojamas [10]. Metabolomiką yra svarbi sudedamoji sistemų biologijos, ypač nustatant pasaulinį apykaitos profilį aptikti tūkstančiai mažų ir didelių molekulių įvairiose žiniasklaidos nuo ląstelių kultūrose žmogaus biologinių skysčių, pavyzdžiui, šlapimo, seilių, ir kraujo [11], [12] , [13]. Tai turi didelę įtaką tyrimo atranda biologinius žymenis ir nustatyti pasipiktinimas kelius dėl ligos ar gydymo vaistais [14]. Analizuojant ir konkrečius anksti biomarkerių ligos patikrinti, metabolomiką leidžia mums geriau suprasti cheminės medžiagos apykaitos kelius, kurie gali išaiškinti veiksmų [15] mechanizmą.

Naujausi pasiekimai iš prietaisų ir informacinių leido vienu metu analizę daug metabolitų. HPLC sujungta su MS buvo įrodyta, kad būti veiksminga kombinacija metabolitų identifikavimas ir kiekybinių dėl savo puikios rezoliucijos ir jautrumo. Dabartinio tyrimo tikslas buvo įgyti sisteminį požiūrį perpjauti CA mechanizmą, kaip efektyviai gydo skrandžio opa. Bendrieji ir specifiniai unikalios biocheminės keliai narkotikų veiksmingumą galima nustatyti, kai kartu su daugiamačių duomenų analizės metodus. Šio tyrimo tikslas yra nustatyti kelis metabolitus, kurie galėtų palengvinti veiksmų mechanizmo CA supratimą ir pagalbą jų įtraukimą į ateities gerinimo terapijos TCM.

Medžiagos ir metodai

2.1 Etikos pareiškimas

Visi eksperimentai buvo atliekami laikantis patvirtintų gyvūnų protokolų ir rekomendacijų nustatytų medicinos etikos peržiūros komiteto eksperimentams Liaoning universiteto tradicinės kinų medicinos gyvūnais.

2,2 gyvūnų tvarkymas ir ruošimas

"Septyni savaičių senumo vyrai SD žiurkės sveriantys 200-250 g, teikė eksperimentinės gyvūnų centre Dalian medicinos universitete. Globos ir tvarkymas žiurkėmis buvo pagal neturinčių patogenų standartą. Skrandžio opa buvo indukuota žiurkių pagal A ankstesniame pranešime metodu su nežymiais pakeitimais [16], [17]. Trys dienos po skrandžio opa gamyba, žiurkės buvo randomizuoti į penkias grupes: kontrolės, modelis, CA didelės dozės grupėje (32,4 mg /ml), CA vidurinė dozė grupė (10,8 mg /ml) ir CA mažos dozės grupės (3,6 mg /ml). Visų žiurkių, grupėmis buvo skiriamas vartoti per burną veikliosios grupės tirpalo 1,5 ml vieną kartą per parą (modelis ir kontrolinės grupių su fiziologiniu tirpalu) 7 dienas. Žiurkėms buvo draudžiamas jokio maisto 12 valandų prieš eksperimentų, bet buvo leista prieiti prie laisvai vandenyje.

paskutinę dieną, žiurkės buvo giliai anestezuoto ir ten ji buvo aukojama. Kraujo buvo surinkta, plazmos ir serumo buvo atskirtos per centrifuguojant 3000 apsisukimų per 15 min, esant 4 ° C temperatūroje. Plazmoje mėginiai buvo kaupiami ir saugomi -80 ° C Pliūpsnio užšaldomos skystame azoto, kol metabolomiką analizės buvo atliktas. Tada, kad skrandžiai buvo supjaustyti išilgai didesnio kreivumo, išplautos su fiziologiniu tirpalu. Iš opalige plotas buvo matuojamas kompasu matuoti opa indeksą. Iš opalige plotas lygus su Opa kartus iš opa ilgio pločio. Histologinei vertinimo, skrandžio audinio mėginiai buvo nustatyti neutraliame formalinu už 24 h. Skrandžio skyriai buvo dehidratuota su rūšiavo etanolio, pro ksileno ir įdėta į parafiną. Parafino skyriai (5 mm storio) buvo tamsintas hematoksilinu /eozinu (HE). Kitos skrandžio Čūlājošs audiniai buvo greitai pašalintas ir užšaldyti skystame azote, kol visos audinių RNR gavyba.

2,3 Metabolinis profiliavimo

2.3.1 chromatografija.

buvo atliekama chromatografija naudojant "Agilent 1100 serijos HPLC sistema su ketvirtinės siurblys, interneto degasser, automatiniam mėginių įvedimo ir termostatinę stulpelio skyriuje. Suleidţiama buvo nustatyta 4 įxL. Visi mėginiai buvo laikomi, esant 4 ° C analizės metu. Atskyrimo buvo atliekamas su 4.6 * 100 mm, Zorbax SB-C18 kolonėlę (Agilent, JAV). Stulpelis temperatūra buvo nustatyta 45 ° C temperatūroje. Judančiosios fazės buvo sudarytas iš 0,1% skruzdžių rūgšties vandenyje (tirpiklis B) ir 0,1% skruzdžių rūgšties acetonitrilo (tirpiklis A), srauto greitis buvo nustatytas kaip 1 ml /min su tarpiniais santykis 1:3, gradientas buvo naudojamas kaip taip: tiesini, 70- 33% B per initial- 5.0 min, 33 -98% B per 5.0-12.0 min. Eliuentas buvo įvesta į masės spektrometrą, tiesiogiai. Po kas 10 ėminių švirkščiamųjų, jungtinis ėminys kaip QC mėginio po tuščią buvo švirkščiamas siekiant užtikrinti stabilumą ir pakartojamumas LC-MS sistemomis.

2.3.2 Masių spektrometrija.

masių spektrometrijos, buvo naudojamas "Agilent 6220 TOF MS su elektropurkštuviniu jonizacijos šaltinio (ESI) negatyvu režimu. Srautas miršta dujų (N2) buvo nustatytas 9 l /min. Purkštuvas buvo nustatytas 45 psi. Kiti optimalios sąlygos buvo taip: miršta dujų temperatūra būtų 350 ° C, 120 V. duomenys buvo surinkti per visą nuskaitymo režimą iš m /z 50 iki 1050 atominės per 0-12 min fragmentas įtampos. MS duomenys buvo renkami centroidė režimu.

2.3.3 daugiamatė duomenų analizė.

Duomenų analizė procedūra parodyta pav. 1. Molekulinės Žanras Extractor (MFE) algoritmas Mass Hunter kokybinė analizė programinė įranga buvo naudojama išgauti molekulinius YPATYBĖS neatpažintų, nesuderintų junginius - kiekvienais duomenis. MFE algoritmas atrodo masinių signalus (jonų), kurie yra kovariantinė laiku, mano galimos cheminės ryšių (izotopus aduktais, dimerai, daug įkrovimo valstybes), ir generuoja išgauti junginys chromatogramos ir kombinuotųjų masių spektras kiekvienam molekulinės funkcija. Išgauti junginys sąrašas kiekvieno failo buvo eksportuota kaip Kombinuotieji mainų formato (. CEF) failą toliau masinio Profiler Professional (versija B.2.00, Agilent) statistinės analizės. Gauti funkcija failai kiekvieno mėginio buvo apdorojami ANOVA ir PCA analizė naudojant MPP programinę įrangą, kuri suderinta, normalizuojama, ryškinamos ir filtruojamas molekulinius funkcijų (MFS), tolesniam perdirbimui [18], [19], [20], [ ,,,0],21]. Vėliau hierarchinė grupavimas (sąlyga medis) buvo taikoma duomenų failus. Hierarchinis klasterinė analizė yra statistinis metodas neprižiūrimų skirtingų grupių ar filialams hierarchinę medžio grupės mėginių. Tokiu būdu, kad tarp skirtingų grupių santykiai yra parodyta. Sąlyga medis buvo rodomas kaip šilumos žemėlapyje. Biožymeklių su reikšmingų pokyčių grupių tapatybė buvo nustatyta pagal ID naršyklės funkcijų MPP.

2.3.4 biologinių žymenų nustatymas.

potencialių biologinių žymenų nulėmė Q-TOF identifikavimas (Xevo G2). MS susidūrimo energija yra 35ev, ir duomenys buvo gautas neigiamas jonų režimu, x (V4. MassLn1) programinė įranga buvo naudojama duomenų analizę. Konkrečių metabolitų tapatybės buvo patvirtinta elementai informacinės palyginti jų masių spektrai naudojant pateiktą programinės įrangos elementinės sudėties informaciją.

2.3.5 Tinklo ir Kelias analizė.

MPP programinė įranga buvo naudojama visiems didelis (aplankas pokytis > 2) iki reguliuojami ir žemyn reguliuojamos metabolitai ir susiję biologiniai būdai. Potencialūs žymekliai nustatyti buvo lyginamos su tiksliu masinio įkrovimo santykis kai kuriose duomenų bazėse, įskaitant HMDB, KEGG, METLIN, lipidų Žemėlapiai ir PUBCHEM, atrasti susijusius kelius. T-testas ir sofa-Alter buvo naudojamos siekiant nustatyti, statistinį reikšmingumą į kelius. P-vertė < 0,05 ir aplanko pokytis > 2 buvo laikomas kriterijai statistiškai reikšmingas ir bus atrinkti

2,6 Molekulinė Duomenų

Viso RNR buvo išskirta iš skrandžio audiniuose, įskaitant kontrolės, modelį ir tai. grupės naudojant TRIZOL reagento (Invitrogen, Karlovi Varai, CA, JAV) per gamintojo nurodymus. kDNR buvo sintetinamas iš viso RNR (1 mikrogramų), naudojant TransScript Pirmosios kryptis kDNR sintezės SUPERMIX komplektas (Pekinas TransGen Biotech, Kinija). Kiekybinis realaus laiko PGR (CFX96, Bio-Rad, JAV) buvo atliktas naudojant TransStart ™ TOP Žalioji qPCR SUPERMIX komplektas (Pekinas TransGen Biotech, Kinija). Gruntai naudojami sustiprinti S1Pr1, S1Pr3, SphK1, Got2 ir Fabp1 buvo iš Invitrogen (S1Pr1: GenBank acc ne NM_017301, S1Pr3.. GenBank acc ne XM_225216, SphK1:.. GenBank acc ne NM_133386, Got2:... GenBank ACC Nėra . NM_013177.2, Fabp1:.. GenBank acc ne NM_012556.2) ir raiška šių nuorašai buvo įvertintas prieš namų ruošos genų beta-aktino, kuri buvo papildyta naudojant pradmenis 5'-TGGCACCACACTTTCTACAATGA-3 "ir 5'-AGGGACAACACAGCCTGGAT- 3 '. Ekspresijos lygis tikslinių genų buvo analizuojami naudojant CFX Manager sistemą (Bio-Rad, JAV).

2.7 Statistinė analizė

Duomenys pateikti kaip vidurkis ± SEM. SPSS 19.0 for Windows buvo naudojamas statistinės analizės. Duomenys buvo analizuojami naudojant ANOVA, su p < 0,05 nustatytas kaip statistinio reikšmingumo lygio

rezultatas

3.1 poveikis CA acto rūgšties švirkščiama sukelta skrandžio opa modelis
.

eksperimentinis modelis acto rūgšties švirkščiama sukelta skrandžio gleivinės pažeidimų žiurkių dažnai įdarbinti peržiūrės anti-opos veiklos junginius, kad ji tarnauja kaip pagrindinė priežastis, dėl skrandžio opos žmonėms [22]. Acto rūgštis įpurškiamas-sukeltas intensyvus skrandžio gleivinės pažeidimas Atsižvelgiant į opų formavimąsi modelio grupės (pav. 2A) žiurkių, kad turi žymiai skirtumą, lyginant su kontroline grupe (2B pav.). Patologinis stebėjimas buvo naudojamas confirme acto rūgšties kiekį-indukuotos paviršinių sluoksnių skrandžio gleivinės ulteriorly žalą. Acto rūgšties sukelto skrandžio opos (pav 2C.) Turi erozijos poveikį gleivinės, kuris buvo lydimas raumenų kaulų lūžių ir uždegiminių ląstelių infiltracija sluoksnių, lyginant su kontrole (pav. 2d). Rezultatai parodė, kad skrandžio opa modelis buvo sėkmingai atgaminti. Šio laiko žinoma rezultatai parodė, pav. 2E iliustruoja, kad opa žiurkių, vartojusių CA plotas išliko gerokai mažesnis lyginant su atitinkamų vertybių modelio žiurkių septintą dieną, todėl pasirinkto septintą dieną pavyzdžius analizei. Įvertinti CA poveikį, kaip įrodyti, pav. 2F, skrandžio opa Ca dozės grupių plotas buvo žymiai sumažėjo, palyginti su modelio grupės (p < 0,01). Mūsų eksperimento rezultatai rodo, kad KI gali efektyviai išgydyti skrandžio opą, ypač viduriniosios dozės grupę. Atrodo, kad yra ryškus sutampa tarp neuronų patogeneziniam kelius dalyvaujančių opa genezės ir depresija. Todėl, ji yra nenuostabu, kad vaistas dėl galimų depresijos epizodų gydymui taip pat gali daryti stiprus apsauginį poveikį prieš skrandžio opa [23]. Priežastis, kodėl CA vidurinė dozė grupė turi geriau gydomąjį poveikį nei didelės dozės grupės gali būti ĮA didelės dozės grupė turi tam tikrą vaidmenį slopinti nervas. CA poveikis buvo nagrinėjama toliau tirti mechanizmą.

3,2 Metabolomic Tyrimas

3.2.1 Įsigijimo ir medžiagų apykaitos profilio duomenų apdorojimas.

Tipinės visuminę jonų chromatogramos ( TIC) plazmos mėginius, gautus iš kontrolės, modelį, ir CA dozės grupių neigiamas režimai pateikti pav. 3, naudojant aukščiau aprašytų optimalius LC-MS sąlygas. Mažos santykinės molekulinės masės metabolitai gali būti atskirta gerai per trumpą laiką, 15 min. Siekiant geriau vizualizuoti subtilių panašumus ir skirtumus tarp šių sudėtingų duomenų rinkinių, daug modelis pripažinimo metodai buvo įdarbintas fenotipo plazmoje metabolome žiurkių. Čia hierarchinė grupavimas analizė ir PBS buvo naudojami klasifikuoti apykaitos fenotipų ir nustatyti differenting metabolitai. Hierarchinis grupavimas analizė metabolomikos duomenų parodė ryškų segregaciją tarp kontrolės, modelio grupės ir CA dozės grupėje (pav. 4). PBS balai, kurios kiekvienas taškas yra individualus mėginys. PBS rezultatai rodomi kaip balas sklypų nurodantys mėginių sklaidą, kuri rodo, panašius metabolomiką kompozicijas, kai suburiama ir kompoziciškai skirtingų metabolomes kai išsisklaidys. PBS balų sklypas skirtingus plazmos mėginiai gali padalinti į skirtingas blokų, atitinkamai, o tai rodo, kad medžiagų apykaitos profiliai pasikeitė. Kalbant apie informacijos analitiko PBS mūsų eksperimento parodė pav. 5, kontrolės ir modelio grupės buvo žymiai padalintas į dvi klases, tai rodo, kad acto rūgšties sukeliamo skrandžio opa modelis buvo sėkmingai atgaminti. Subtilesnių pokyčių galima rasti modelio pripažinimo požiūris balas sklypų PBS. PCA rezultatai parodyti, kad modelis grupė buvo toli nuo likusių keturių grupių, nurodant, kad pasikeitęs apykaitos modelis atsirado iš acto rūgšties sukeliamą gali būti gerokai skiriasi nuo kitų. Gydymo grupės pozicija netoli buvo su kontroline grupe, o tai rodo, kad pasikeitė apykaitos modelis sukėlė CA. Rezultatai akivaizdu, kad CA galėtų pakeisti nenormalus apykaitos statusą ir gali turėti skirtingą gydymo mechanizmas acto rūgšties sukelto skrandžio opa.

3.2.2 Potencialių biologinių žymenų.

mažos molekulės metabolitai į žymius (t-testą, p < 0,05) buvo ieškoti pagal MPP programinės įrangos. Potencialūs žymekliai buvo nustatyti naudojant "ID naršyklę" į paiešką Metlin duomenų bazės (http://metlin.scripps.edu/) ir, palyginti su tiksliu masinio įkrovimo santykis kai kuriose duomenų bazėse, įskaitant HMDB ( "http: //www. hmdb.org/), KEGG (http://www.genome.jp/kegg/), lipidų ŽEMĖLAPIAI (http://dev.lipidmaps.org:25424/) ir PUBCHEM ( "http: //pubchem.ncbi. nlm.nih.gov/). Mes gali žinoti galimą vardą potencialių biologinių žymenų per pirmąjį žingsnį. Šiame tyrime, 10 potencialūs biologiniai žymenys buvo identifikuoti (1 lentelė). Tiksli molekulinė masė junginių reikšmingų pokyčių grupių buvo nustatytas per matavimo paklaidos (< 5 ppm) iki Waters Xevo G2 QTOF, ir tuo tarpu, galimas elementinė sudėtis, buvo gautas laipsnis neprisotinimui ir imama izotopų gausa junginių. Spėjamas molekulinė formulė buvo ieškoma Chemspider (http://www.chemspider.com/~~HEAD=pobj), HMDB ir kitų duomenų bazių identifikuoti galimus cheminių konstitucijas, ir MS /MS duomenys buvo tikrinami, siekiant nustatyti galimą struktūras jonais. Sphingosine-1-fosfatas (S1P) ir stearino rūgštis buvo paimti kaip pavyzdžiai iliustruoja fragmentus struktūros ir vertinimo proceso metu. Pirminės ir antrinės masių spektrometrija informacija buvo analizuojami Masslynx (vizija 4.1, vandenys) programinę įrangą, palyginti su duomenų baze, ir jiems skirtų jonų fragmentai 379.2488 (C _{18H 38NO 5P) buvo parodyta pav. 6 A. Pagrindiniai fragmentas jonai analizuojami MS /MS patikros buvo, m /z 224,080, 165,1254 ir 82,0238, kuris galėtų atitikti prarado C 7H 15NO 5P C 11H 17O C 4H 4NO atitinkamai. Pagaliau, ji buvo spėjama, kaip S1P po nurodantį ir, atsižvelgiant į jų poliškumas dydžio. Tuo tarpu jonų fragmentai stearino rūgšties 284.2715 (C 18H 36O 2) (6 pav. B), buvo 212,2419 (C 15H 32), 143,1359 (C 9H 19o), 117,0962 (C 6H 13O 2) ir 83,0962 (C 6H 11).}

pirmiau apibūdintos buvo įrodyta, biologiniai žymenys turi arti santykiai su formavimo ir gydymo skrandžio opa. Ženkliai iki reguliuojama D-gliukozės, lizino, šlapimo rūgšties, piruvo rūgšties, corticosterone, sphingosine-1-fosfato ir žemyn reguliuojama triptofano, glikocholiatas hexadecanedioic rūgšties, stearino rūgštis buvo pastebėtas modelio grupėje, lyginant su kontroline grupe (Pav. 7 ). Tai metabolitų skirtumas gali reikšti savo potencialą kaip tikslinių biologinių žymenų diferencijuojant skrandžio opa ir normalios būsenos. Pokyčiams stebėti šių metabolitų gali prognozuoti skrandžio opa plėtrą. The, 2 biomarkeriai 1, 3, 4, 7, 8 buvo sumažėjo po to, kai CA gydymo, į Priešingai, kiti biomarkeriai buvo padidintos. Be to, tam, kad priešopinius CA poveikį daugiau aiškiai apibūdinti, pakeitus santykinę koncentraciją tikslinių nustatyti metabolitai yra skirtingose ​​grupėse buvo analizuojami, mes nustatėme, kad turinys iš šių pagrindinių žymenų, kurie yra arčiau normalaus grupės. Rezultatai rodo, kad ją skrandžio opų gydymui mechanizmas gali būti pasiektas per šių patikimai žymenų reguliavimo ir jų tarpusavio sąveikos, pavyzdžiui, Fig. 8. Pavyzdžiui, stearino rūgštis, kuri vadinama 17FA, turi ryšį su thapsic rūgšties Nors baltymų Fabp1 (riebalų rūgščių surišančio baltymo 1). Tinklas ne tik rodo, kad tarp biomarkeriai sąveiką, bet taip pat pateikiama informacija apie galimą baltymų, genų, fermentų ir biologinių procesų. Ji prisideda prie tikslo atradimas per atsiradimo ir gydymo skrandžio opa ir yra laidus prie naujų vaistų kūrimo išgydyti skrandžio opą.

3,3 nustatymas iRNR lygiui patvirtinti biologinius žymenis

Norėdami patvirtinti mūsų metabolomiką išvadas, turime keletą molekulinius duomenis, todėl nustatė 5 mRNR, kurie yra susiję su 4 galimų biologinių žymenų ir 2 metaboliniai keliai su RT-PGR. Sfingolipidas metabolizmas, įskaitant S1Pr1, S1Pr3 ir SphK1 buvo išnagrinėti, kaip parodė pav. 8. rezultatai apibendrinti pav. 9. iRNR lygis S1Pr1, SIPr3 ir SphK1 buvo žymiai aktyvinama į modelio grupėje, ekspresijos lygis buvo 5,21, 2,54, 6.57 kartus, lyginant su kontroline grupe, kuri buvo susitarusi su mūsų ankstesnių tyrimų išvadas ir duomenų. Po CA gydymo, ekspresijos lygis S1Pr1, S1Pr3 ir SphK1 buvo atgal į bazinio lygio. S1P formuojamas dviem kinazės, sphingosine kinazės 1 ir 2 (SphK1 ir SphK2), tačiau nebuvo pastebėta skirtumų SphK2 išraiškos visose grupėse (duomenys neparodyti), rezultatas atitiko mūsų tinklo išvadas. Čia mes galime paaiškinti galimą mechanizmą CA gydant skrandžio opa blokuoja S1P didėja. Mes taip pat nustatė, sumažėjo išraiška Fabp1 ir Got2 modelyje grupėje (9 pav.), Lyginant su kontroline grupe. Bet ĮA daro grupės netoli buvo su kontroline grupe, kuri patvirtino, kad gydomasis poveikis CA buvo susijęs su riebiųjų rūgščių apykaitos iš molekulinio lygio.

3,4 Kelias analizė

Detalesnė analizė kelius ir tinklai įtakos skrandžio opa atliko MPP. Į kelius gauti laidos 2 lentelėje Mes naudojame aukštos kokybės KEGG metabolizmo būdai kaip posistemės žinių bazę, siekiant nustatyti svarbiausius kelius, pavyzdžiui, sfingolipidas apykaitą, tricarboxylicacidcycle rūgšties ciklą, biotino metabolizmas ir tt, iš kurių 7 unikalūs keliai ( išvardytos 1 lentelėje) modelio grupės buvo identifikuoti. Galimas biologiniai žymenys susiję su folio rūgšties apykaitą, riebalų rūgščių metabolizmo ir sfingolipidas apykaitos kelius, taip pat buvo atitiko. Iš 6 skirtingų metabolitų, nustatytų šių būdų, daugelis įvairiuose etapuose pažangą skrandžio opa. Kai kurie žymiai pasikeitusios metabolitai, pavyzdžiui, glikocholiatas hexadecanedioic rūgšties, ir stearino rūgšties buvo nustatyta, ir naudojamas paaiškinti riebalų rūgščių mechanizmą. Šie rezultatai rodo, kad šių tikslinių keliai rodo pažymėtų pakitimai virš skrandžio opa formavimo ir galėtų prisidėti prie skrandžio opa plėtrai.

Diskusijos

žmogaus skrandžio opos pasikartoja dažnai, o sunkumas gydant juos rodo posakiu "Kai tik opa, visada opa" [24]. Daug veiksnių gali padidinti skrandžio opos dažnį, bet šis mechanizmas nebuvo suprantama aiškiai. Todėl, priklausomybės nuo narkotikų gydymo veiksmingumas priklauso ne tik apie žalingų veiksnių sumažėjimas, bet taip pat dėl ​​pasikeitusių metabolitų, kurie reguliuoja medžiagų apykaitą kelią. Visų pirma, biožymeklių atradimas, kad prognozuoti skrandžio opa riziką suteiks galimybę diagnozuoti ir leisti farmakologinį gydymą laiku. QZWT buvo naudojamas gydyti skrandžio opa jau daugelį metų Azijoje nors jos mechanizmas neaiškus. Metabolomiką kartu su daugiamatės duomenų įrankius, kurie vienu metu kiekybiškai tūkstančius metabolitų gyvas organizmas buvo naudojamas analizuoti skrandžio opa [25] biologinius žymenis. Be to, supratimas biologinių žymenų sukėlė naują susidomėjimą narkotikų atradimas programų ir ligų stebėsenos srityse, teikti vertingas įžvalgas apie sudėtingus ligų mechanizmus [26]. Todėl šis tyrimas buvo sukurta siekiant toliau išsiaiškinti pagrindinės mechanizmą CA skrandžio opa reglamentą iš medžiagų apykaitos globalios nuomone.

skrandžio opa modelis žiurkėms buvo sėkmingai panaudoti. Plazmos mėginiai buvo analizuojami HPLC /ESI-TOF-MS ir daugiamatis statistinės analizės. Rezultatai parodė, kad opa ir dinaminių medžiagų apykaitos profailuose CA gydymo plotas buvo uždarytas su kontroline grupe, o tai rodo, kad CA turėjo terapinį efektyvumą. Pasak metabolomiką analizės, 10 potencialūs biologiniai žymenys ir 7 susiję metaboliniai keliai buvo nustatyti mūsų tyrime. Ženkliai žemyn reguliuojama D-gliukozė, lizino, šlapimo rūgšties, piruvo rūgšties, kortikosteronas, sphingosine-1-fosfatas ir aukštyn reguliuojama triptofanas, glikocholiatas, hexadecanedioic rūgštis, stearino rūgštis buvo pastebėta CA grupėje, lyginant su modelio grupės. Be to, folio rūgšties metabolizmas, riebalų rūgščių metabolizmo, ir sfingolipidas metabolizmas ir daugelis kitų medžiagų apykaita buvo patvirtinta, kad turi įtakos skrandžio opa. Turime nustatyti mRNR, susijusių su sfingolipidas medžiagų apykaitos ir metabolizmo riebalų rūgščių, kad būtų galima įvertinti mechanizmą išraiška. Daugelis kitų potencialių baltymų, genai, fermentų ir Bioprocesowa uždarytas į kitus kelius reikia ateities eksperimentai patvirtinti.

analizuoti ir konkrečius anksti biomarkerių ligos patikrinti, metabolomiką leidžia mums geriau suprasti patologinius procesus ir medžiagos apykaitos kelius , Mes tikime, kad biologinis ir kelias analizuoja turi didelį potencialą ištirti ir išaiškinti gydomąjį veiksmą TCM. Dabartiniame tyrime, mes būdingas biologinio žymiklio sąveiką tinklai įtraukti baltymų, genus, fermentų ir bioprocess, kaip parodyta Fig. 8. S1P aktas extracellularly kaip jos specifiniais receptoriais-S1PRs ligando, dabar pripažįstamas kaip reguliatorius daugelio fiziologinių ir patofiziologinių procesų, įskaitant uždegiminių ligų, tokių kaip reumatoidinis artritas, uždegiminė žarnų liga, ir sepsį [27], [28]. Uždegimas, kad pasitaiko virškinimo trakto gleivinės, taip, sukelia virškinimo trakto opa [29]. Mūsų rezultatai rodo, kad KI gali sumažinti S1P ir jo receptorių, įskaitant S1Pr1 ir S1Pr3 išraišką, uždegimui problemų atleisti skrandžio opos [30] išsidėstymą. S1P yra suformuotas SphK1 ir SphK2 [31]. SphK1 gali aktyviai NF-κB kelias, kuris inicijavo pagrindinių uždegiminių signalizacijos molekulės TNF-alfa. Trumpai tariant, NF-κB ir TNF-α yra glaudžiai susijęs su forma ir išgydyti skrandžio opa [32], [33]. Mes taip pat nustatė, kad SphK1 (ne SphK2) trūkumas gerokai slopina skrandžio opa, nurodant, kad SphK1 gali vaidinti pagrindinį vaidmenį skrandžio opa. Taigi, sfingolipidas metabolizmą gali būti perspektyvus tikslas gydant skrandžio opą.

stearino rūgštis, glikocholiatas ir hexadecanedioic rūgštis pasikeitė sukelti riebalų rūgščių metabolizmo sutrikimas uždaryti į dažnumo ir reabilitaciją skrandžio opa [34], [35] , Riebalų rūgštys, įskaitant stearino rūgštis ir tt, dažniausiai žiūrima kaip į energijos šaltinį, pritraukė susidomėjimą mokslinių tyrimų ir visuomenės sveikatai, dėl jų poveikio žmonių sveikatai ir ligoms. Riebalų rūgštys yra naudingos sveikatai skatinimo. Stearino rūgštis, glikocholiatas ir hexadecanedioic reglamentuoja Fabp1, fermento riebalų rūgščių surišančio baltymo 1. Analizuojant RT-PCR, mažai išraiška Fabp1 pavyzdžio grupės rodo, kad Fabp1 veikla slopinant gali sumažinti stearino rūgštis, glikocholiatas ir hexadecanedioic rūgštį ir sukelti riebalų rūgščių metabolizmo sutrikimas. Todėl padidėjo uždegiminį atsaką ir mitochondrijų disfunkcija ir skatinti opa išsidėstymą. Tačiau, CA gali subalansuoti šį sutrikimą per didinant Fabp1 [36] išraiška. Glutamo-oksaloacetinė transaminazės 2 (Got2) yra svarbus fermentas tricarboxylicacidcycle rūgšties ciklą (TBS ciklas). Sunkią slopinimas TBS sukelia Got2 sumažėjo prisidės prie formavimo skrandžio opa. Amino rūgščių, pavyzdžiui, triptofano ir jo metabolitų metabolitų in vivo turėti didelę vaidmenį triptofano apykaitos. Svarbiausia yra tai, kad triptofanas apykaitos sutrikimai gali sukelti TCA sutrikimas. TBS vaidina svarbų vaidmenį gydant skrandžio opa [37]. Žemyn reguliavimo Got2 iRNR raiškos modelio grupės ir up-reglamento ĮA grupių anksčiau buvo įrodytas mūsų rezultatas. Visi šie duomenys aiškiai rodo, kad molekulinis mechanizmas CA gydant skrandžio opa buvo glaudžiai susijęs su balanso poveikį TBS. Šie rezultatai įpainioti CA poveikis gali būti mediēta baltymų, fermentų ir medžiagų apykaitos keliu.

• PLoS ONE: sumažėjusio išraiška Proangiogenic augimo veiksniai ir jų receptoriai skrandžio opų ciroze
• PLoS ONE: in vivo antioksidantas ir priešopinius aktyvumui Parkia speciosa etanolio lapų ekstraktas prieš Etanolis sukeltos skrandžio opa žiurkėms