Mir héich duerch dat benotzt pyrosequencing Mo an GUT Inhalt ze Markenzeeche microbiomes vun Crassostrea virginica VerfÜgung, déi echt Ouschteren, aus zwee Siten kritt, ee vun Barataria Bay (Hackberry Bay) an Wéinst zu Terrebonne Bay (Lake Caillou), Louisiana, USA. Mo. microbiomes zu oysters aus Hackberry Bay sech kéint Beem Ballbesëtz vun Mollicutes meeschte streng wëssenschaftlech ze Mycoplasma VerfÜgung; enger méi räich Communautéit vun Planctomyctes dominéiert Accident zu Lake Caillou echt Mamm. GUT Communautéiten fir oysters aus béide Siten ënnerscheet aus Mo. Communautéiten, a harbored engem relativ verschiddenste Opstiegskampf vun phylotypes. Phylotypes meeschte streng wëssenschaftlech ze Shewanella VerfÜgung an enger Chloroflexi Deformatioun de Lake Caillou an Hackberry Bay GUT microbiota dominéiert, bzw.. Während ville Membere vun de Mo a GUT microbiomes wossten transients oder opportunists, engem putative Kär microbiome war baséiert op phylotypes identifizéiert ginn, datt nëmmen an all Mo oder GUT Echantillon opgetrueden. D'putative Kär Mo. microbiome aus 5 OTUS an 3 Phylen hat, iwwerdeems de putative Kär GUT microbiome 44 OTUS zu 12 präkleisthenesch Texter. Dës Resultater kollektiv Roman microbial Communautéiten am echt digestive System verroden, sinn d'Funktioune vun der echt microbiome schiddene onbekannt. E Verglach vum microbiomes vu Louisiana oysters mat bakteriell Communautéiten fir aner Marine invertebrates a Fësch gemellt uginn dass molluscan microbiomes fir all aner méi ähnlech huet wéi zu microbiomes vun polychaetes, decapods a Fësch VerfÜgung Fro:. King GM, Judd C , Kuske CR, Smith C (2012) Analys vun Mo. an Delger Microbiomes vun der Eastern echt ( Crassostrea virginica VerfÜgung) aus virdrun Louisiana, USA. PLoS NËMMEN 7 (12): e51475. Doi: 10.1371 /journal.pone.0051475 VerfÜgung Redakter: Josh Neufeld, Universitéit vu Waterloo, Kanada VerfÜgung Arnaque: 8 Juni, 2012; Akzeptéiert: 5 November 2012; Publizéiert: 12. Dezember 2012 zu Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel, fräi vun all Copyright, a ginn fräi kopéiert kënne, verdeelt, iwwerdroen, geännert, opgebaut, oder soss duerch iergendeen fir all erlaabt Zweck benotzt. D'Aarbecht ass net ënnert der Creative Commons CC0 Domaine public Engagement sinn VerfÜgung Funding:. D'Auteuren würdegen NSF Präis OCE-1043126 an GOMRI-LSU Investitioun fir Ënnerstëtzung vu GK, CS a Dat zu GK. Den 454 Titan sequencing gouf vun engem Los Alamos National schafft schafft ausernee Fuerschung an Entwécklung Grant (LDRD) zu CRK (20080464ER) gëtt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung D'Ëstlech echt, Crassostrea virginica VerfÜgung, ass gutt fir seng kommerzielle Wäert a Bedeitung als "Ecosystem Ingenieur" bekannt [1] - [3]. Wierker goufen iwwer hir Biologie an Ökologie geschriwwen, dorënner Interaktioune mat Bakterien an aner microbes. Vill vun dëse Literatur huet ënnerstrach Krankheeten [4], [5] an der Präsenz vun der Mënschheet pathogens, besonnesch Vibrio parahaemolyticus VerfÜgung a V VerfÜgung. vulnificus VerfÜgung [6] -. [9] VerfÜgung Vill Studien aner Aspekter vun echt-Bakterien Interaktioune Adress hunn. Cristispira VerfÜgung als symbiont mat der Kristallen Stil, e molluscan digestive Struktur [10] verbonne identifizéiert gouf. Stappia VerfÜgung ( elo Labrenzia VerfÜgung) gouf vun C VerfÜgung isoléiert. gigas VerfÜgung a C VerfÜgung. virginica VerfÜgung, an an der Pai wéi en neien fir de etiological Agent vum Dobäi echt Genau agebonne [11]. Kultur-ofhängeg Studien hunn charakteriséiert Vibrio VerfÜgung an aner genera verbonne mat normaler Déieren a speziell Stoffer [6] - [8], [12], [13] dorënner Identifikatioun vun "Naturvölker" Bakterien am C . gigas VerfÜgung haemolymph [14], [15]. Esou Etuden hunn och dass en Osteuropa Mëttelmier Uelegpescht echt-verbonne Bakterien Afloss huet net gewisen [16]. Kultur-onofhängeg Etuden hunn ënnert verschiddene Populatiounen an Stoffer Musteren vun Diversitéit dokumentéiert, am Verglach Strooss-opgewuess a wëll Déieren, a bestëmmt de ε-Proteobacterium, Arcobacter VerfÜgung, wéi eng grouss dru fir de microbial Communautéit vun der Bankreiber echt , Tiostrea chiliensis VerfÜgung [17]. VerfÜgung Trotz der pathogen-assoziéiert an fingerprinting Etuden iwwer zesummegefaasst, an d'Potential Wichtegkeet vun Bakterien fir echt Nährwert Acquisitioun, iwwerraschend wéineg Informatiounen existéiert op echt Mo an GUT microbiome Diversitéit. Obwuel pH Wäerter vun Mo. an GUT Stoffer ähnlech sinn, an ëm oennert Mol relativ kuerz (ongeféier 1-2 h) während aktiv erofzesetzen [18], ass et net kloer, ob charakteristesche Communautéiten existéieren an d'Inhalter vun dëse Stoffer; et ass gläichermoossen ongewëss wéi microbiomes bannent enger Populatioun oder ganze Populatiounen variéieren kënnen. Fir dës Froen Adress, dèi mir zwee vun triplicate Déieren, eng Formatioun all aus Hackberry Bay a Lake Caillou zu betreffend Louisiana am Summer 2010. Dës zwee geographesch isoléiert Siten (Barataria Bay a Terrebonne Bay, bzw.) representéieren wirtschaftlech wichteg Quelle vun oysters , an Erfahrung ähnlechen salinity Regimer a Verännerlechkeet [19]. Mir getrennt Mo an GUT Inhalter gesammelt, an Nepgen Hinnen alleguer-Kick 16S rRNA Genen mat engem pyrosequencing Plattform (Roche kinnt 454 Titan). D'Resultater réischt substantiell dat tëscht Mo an GUT microbiomes vun Déiere vun engem Site (Lake Caillou), awer e bëssi manner, dat fir d'zweet Site (Hackberry Bay). Gëlt, virgesin Mollicutes fir > 80% vun all bakteriell Message am Mo. microbiomes vun Lake Caillou oysters, mee &Si besteet; 10% vun Hackberry Bay oysters. Mo. OTUS dorënner och Actinobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Planctomycetes, Proteobacteria, an Spartobacteria. Chloroflexi, Mollicutes, Planctomycetes an Spartobacteria vläicht e putative Kär Mo. microbiome representéieren, iwwerdeems Chloroflexi, Firmicutes, α-Proteobacteria an Verrucomicrobia zu engem putative Kär GUT microbiome bäidroen kënnen. VerfÜgung Sample Collection VerfÜgung Oysters sech op 4 August gesammelt, 2010 aus Hackberry Bay, eng kleng Bucht Bezierker Barataria Bay, Louisiana, USA. Dëse Site huet bäim vun Ueleg aus der Deepwater Horizon Uelegpescht [20]. Triplicate oysters waren op Äis ofgehalen (&Si besteet; 6 h) fir initial Ofwécklung um Louisiana Sea Grant echt Strooss, Grand Brit, LA, USA. D'extern Jesuskand sech grëndlech gebotzt Uewerfläch kontaminéierte ze läschen, an dann nach intakt verloosse Déier virsiichteg opgemaach. Mo. Inhalter vun eenzelne Déieren sech anerer mat 23-Jauge Nolen an 1-cm DNA Analys VerfÜgung DNA dovu aus all Echantillon vun Hinnen alleguer Implikatioune sech mat Platin héich-Vertrauen DNA polymerase (Life Technologies Verletzung, La Jolla, CA) an 25 μl Reaktioune mat Norm Ëmwelt- mat der Ausnahm vun engem 68 ° C Extensioun Temperatur, an primers 515f an 806r geännert mat barcodes an adapters fir sequencing der Roche 454 pyrosequencing Plattform mat souzesoen Chimie benotzt [21]. All Reaktioun Mëschung aus 11,5 μl Waasser, 2,5 μl 10X héich-Vertrauen Prellbock (Life Technologies Verletzung, La Jolla, CA), 0,75 μl vun 100 mm dNTPs, 1 μl MgSO 4, 5 μl vun 0,5 mg ml liichtkraaftarm Analys VerfÜgung eege Message mat Qualitéit Fändelen waren dräi aneren Filteren benotzen. PANGEA [22] war benotzt der phylogenetic Zesummesetzung vun Echantillon ze vergläichen fir déi OTUS séiert sech mat MEGABLAST mat enger Referenz Datebank mat 170.273 voll-Längt 16S rRNA Gentherapie Message vu Bakterien an Archaeën isolates. Matière liest sech anhand défaut Wäerter (duerchschnëttlech Qualitéit stoung, 20; minimum Längt, 100 BP) opgefouert [22]. Liest sech baséiert op barcodes binned, dee virun MEGABLAST Trierweiler goufen. Message sech ze weit /phylum, Klass /Bestellung /Famill an Gattung an Arten Niveauen zougewisen, respektiv, mat Ähnlechkeet loung Wäerter vun 0,8, 0,9, 0,95 an 0,99 fir [22]. Message net vun MEGABLAST séiert sech an OTUS Strooss baséiert op der selwechter Ähnlechkeet Betrag. PANGEA hunn och eng zweet Analys vun deem all Echantillon vun eng gläichgrouss Zuel vu liest ofgeschloss; dës normalized Prouf konsultéieren sech mat Message per Zoufall ausgewielt ouni Ersatz aus der original opgefouert Prouf Fichieren gebaut. Der Kompositioun vun Mo. an GUT Echantillon waren Verglach Analyse mat Haapt Komponente der singletons (Message representéiert just eemol am vollen Donnéeën) eliminéiert, an der cyanobacterial an eukaryotic Message (chloroplast an Kënschtlech 16S rRNA aus algal Zellen zu Mamm an Nerven) Stoppen. Vun de Rescht Message bei enger phylum Niveau identifizéiert oder manner, Vertrieder Message fir OTUS Comptabilitéit fir ≥0.1% vum ganzen curated sech manuell MEGABLAST zu GenBank benotzt. All Message vun PANGEA misidentified sech als néideg ëmklasséiert VerfÜgung D'CloVR Pipelineaarbechter [23] war mat sengen standard Astellungen benotzt (zB, duerchschnëttlech Qualitéit stoung, 25; minimum Längt, 100 BP). Analyse ze schafen baséiert op taxonomic affiliations (dh, Prouf Zesummesetzung) an Haaptrei zäitlech. Fir dësen Zweck benotzt CloVR engem Hybrid Pipelineaarbechter aus Mothur sub-Dagesoflaf datt e Message mat den RDP Datebank séiert, an QIIME sub-Dagesoflaf fir verschidde statistesch Analyse. No Stoppen cyanobacterial an eukaryotic Message, klassifizéiert OTUS vun CloVR datt fir ≥0.1% vun de gesamten virgesin Rescht liest wéi virun ze manuell curation waren. Bestëmmen Vertrieder Message fir séiert, curated OTUS sech dann fir eng Fast UniFrac Analyse benotzt (http://bmf2.colorado.edu/fastunifrac/) baséiert op engem Noper-Bäitrëtt Bam den Input. VerfÜgung D'Mothur Pipelineaarbechter [ ,,,0],24] gouf mat méi streng Wäerter wéi déi aner Plattformen, fir Haaptrei benotzt Trimmen (dh, e bewegt Fënster vun 50 BP mat enger Moyenne Qualitéit Virsprong vun 35; minimum Längt, 100 BP). De "verschafft" Funktioun vun der Mothur da benotzt gouf fir Prouf Zesummesetzung z'identifizéieren OTUS representéiert ≥0.1% vun der Datebank cyanobacterial an eukaryotic Message no Stoppen. Déi reschtlech Message huet den uewe curated. Dës curated Message plus d'minor OTUS ausser singletons sech agesat fir Diversitéit bestinn fir d'Echantillonen onofhängeg vun taxonomic identifications (zB, Shannon, ëmgedréit, et gesäit Simpson ass an evenness bestinn). VerfÜgung D'Ethikcode produzéiert Veraarbechtung Dagesoflaf vun den dräi aneren an dëser Etude geschafft schéinen Ofstand verschiddene Haaptrei Zuelen fir Analyse (Table S1). PANGEA Kriseperiod de gréisste liesen Zuel (199,592), an Mothur Kriseperiod, d'manst (45,626). Message meeschte streng wëssenschaftlech ze cyanobacteria an eukaryotes (chloroplasts an Kënschtlech 16S rRNA Genen) dominéiert der Trierweiler Donnéeën baut (> 70%) onofhängeg vun hirer Gréisst (Table S1). Dës Message sech aus weider analyséiert éliminéiert. Singleton Message vun 0,5% (CloVR) bis 5,9% (PANGEA) vun den Donnéeën besot der Pre-Veraarbechtung vertrueden; dëse Message och ze minimiséieren Impakter vun sequencing Feeler éliminéiert. Chimeric Message sech duerch PANGEA net identifizéiert an, mee wossten nëmmen eng kleng Ëmwandlung (&Si besteet; 0,2%) wor. Vun der Total leien Formatioun (Table S1) baséiert op de Resultater vun CloVR an Mothur VerfÜgung puer Musteren wossten konsequent . Der relativer Heefegkeet vun OTUS wéi engem Prozentsaz vun der Zuel vun Message zougedréckt analyséiert datt Lake Caillou echt Mo an GUT microbiome kucke ënnerscheet méi (Lalumi 1a;. Bedeitung 1, 2). Eng kleng Unzuel vun Mollicute OTUS dominéiert de fréieren, iwwerdeems Chloroflexi (meeschtens Caldilineae), Firmicutes, γ-Proteobacteria an Verrucomicrobia (Spartobacteria) spéider dominéiert. All dräi aneren verroden och Ënnerscheeder tëschent Hackberry Bay echt Mo an GUT microbiomes (Lalumi 1a;. Bedeitung 1, 2), mä d'Ënnerscheeder waren manner ausgeschwat wéi déi fir Lake Caillou oysters. Ënnerscheeder tëschent de Hackberry Bay Mo an GUT microbiomes schéinen allem aus modest Ännerungen am Multiple lineages (e.g., Chloroflexi, Firmicutes, α-Proteobacteria, δ-Proteobacteria, Planctomycetes an Spartobacteria). Zousätzlech, jiddereng vun den aneren réischt eegestänneg Differenzen tëscht der microbiomes vun den zwou Populatiounen aus Hackberry Bay a Lake Caillou. De stäerkste bemierkenswäerte Differenzen Accident tëscht zwee vun Mo. microbiomes, mat e bëssi manner, dat tëscht der GUT microbiomes (Figebam. 1a, Dëscher 1, 2). VerfÜgung An trotz vill eraus, PANGEA, CloVR an Mothur Wasserstoff zu wichteg respektéiert ënnerscheet. Famill ze CloVR an Mothur, identifizéiert PANGEA manner Proteobacteria, Mollicutes an Verrucomicrobia zu Hackberry Bay echt Mo. microbiomes, a manner Actinobacteria, Chloroflexi, Planctomycetes, an Verrucomicrobia zu GUT microbiomes. PANGEA och opgeholl konsequent e groussen Prozentsaz vun "Klass" Message wéi CloVR oder Mothur huet; PANGEA hutt z'identifizéieren net 60% vun de Hackberry Bay echt Mo. Message iwwer d'Domain Niveau (Bedeitung 1, 2). VerfÜgung Ënnerscheeder och an der taxonomic affiliations vun de meeschte räich OTUS (Table 3) observéiert goufen. PANGEA, CloVR an Mothur all Rapport Planctomycetes als ee vun zwee, gläichermoossen meescht räich OTUS zu Hackberry Bay echt Mo. microbiomes, mä de spezifeschen affiliations bannent de Planctomycetes ënnerscheet. D'affiliations vun der zweeter OTU och ënnerscheet, dorënner eng Firmicute (PANGEA), Spartobacteria (CloVR) an Mollicute (Mothur). Zousätzlech, gemellt PANGEA engem Haaptrei am Zesummenhang mat Mycoplasma Handy VerfÜgung wéi déi räich OTU fir Hackberry Bay echt GUT microbiomes, während déi aner aneren eng Chloroflexi Deformatioun (Table 3) Rapport. Am Géigesaz, huet den dräi aneren méi enk Accord fir Lake Caillou Echantillon: all fonnt dass eng enk OTU Zesummenhang mat M VerfÜgung. Handy VerfÜgung war déi räich am Mo. microbiomes, an eng OTU enk Relatioun mat enger Shewanella VerfÜgung sp. war Meeschter am GUT microbiomes räich. Déi zwee Shewanella VerfÜgung isolates gemellt, MOLA 59 (PANGEA) an THt8-1 (CloVR an Mothur), waren identesch iwwer d'Nukleotid Positiounen ze analyséieren. Mä Shewanella VerfÜgung sp. THt8-1 a Shewanella VerfÜgung sp. 59 MOLA sech aus Ontarioséi Planz an Séifaart Quellen isoléiert, bzw.. VerfÜgung Analysen vun der Zesummesetzung (Phylen a Klassen) vun den 284 séiert OTUS (Figebam. 1b) réischt zeréckzeféieren, datt e bëssi aus deenen baséiert op relativ Iwwerfloss diverged vun Phylen a Klassen ënnert all Message (Figebam. 1a). Éischt, Ënnerscheeder tëscht Mo an GUT microbiomes bannent engem Site an iwwerall Siten baséiert op OTU Zesummesetzung sech manner ausgeschwat wéi déi baséiert op Ofstänn vun Optriede (Figebam. 1a vs. 1b). Dat war evident fir gréisser (e.g., Chloroflexi, Firmicutes, γ-Proteobacteria, δ-Proteobacteria an Planctomyces) an Mannerjäreger (e.g., Archaeën, β-Proteobacteria, an Spartobacteria) Beiträg zu OTU Zesummesetzung (Figebam. 1b). Zweet, war de Prozentsaz Bäitrag vun e puer Phylen a Klassen an de klengen OTUS méi overrepresented relativ zu hire Heefegkeet vun der Datesaz Haaptrei, während aner Phylen a Klassen méi gerappt huet (Figebam. 1a, b). Mollicutes sech zu Hackberry Bay a Lake Caillou Mo. microbiomes daitlech overrepresented, mä zu GUT microbiomes gerappt. Chloroflexi an Planctomyces goufen och zu Lake Caillou echt GUT overrepresented an Hackberry Bay echt Mo an GUT microbiomes, iwwerdeems α-, an β-Proteobacteria sech zu all microbiomes (Figebam. 1a, b). VerfÜgung An Gewässer Muster gerappt wann der phylogenetic Zesummesetzung vun all OTUS huet observéiert, dass zu hinzeginn Hackberry Bay a Lake Caillou Mo. microbiomes Priedegt war mat der Zesummesetzung vun OTUS Verglach datt zu Priedegt oder sech gedeelt (SHR-S) ganze zwee Siten. Besonnesch, Chloroflexi, Mollicutes, Planctomyces an Spartobacteria waren ënnert der SHR-S OTUS (Figebam. 2) overrepresented. Den Zerfall, zougedréckt engem Verglach vun OTUS Preretraite an hinzeginn Hackberry Bay a Lake Caillou GUT microbiomes mat der Gemeinsamkeet GUT OTUS (SHR-G) dass Chloroflexi, Firmicutes, α-Proteobacteria, Planctomyces an Verrucomicrobia sech overrepresented (Figebam. 2). D'Zuel vun SHR-S OTUS (44) war vill méi kleng wéi d'Zuel vun SHR-G OTUS (112), dee vun deenen bal 40% vun all de klengen OTUS virgesin, an een nach méi groussen Prozentsaz vun deenen am GUT fonnt microbiomes (Table 4). VerfÜgung OTUS déi eendeiteg am Mo. oder GUT microbiomes souwuel Hackberry Bay a Lake Caillou echt Populatiounen (SHRU-S, SHRU-G) vertrueden aner Frae sub-Grupp geschitt. D'SHRU-S microbiome war déi just 5 vun 44 SHR-S OTUS an nëmmen 3 präkleisthenesch /Klassen vertrueden, an virgesin fir nëmmen 2,1% vun der 284 am Ganzen OTUS am kollektive Mo. identifizéiert an GUT microbiomes (Table 4). Am Géigesaz, huet de SHRU-G microbiome vun 44 vun den 112 SHR-G OTUS zu 12 präkleisthenesch /Klassen vertrueden, an virgesin fir 15,5% vun all identifizéiert OTUS (Table 4). D'Zesummesetzung vun SHR-S an SHRU-S microbiome OTUS ënnerscheet Ofstand, iwwerdeems Differenzen tëscht der SHR-G an SHRU-G microbiomes zu manner Phylen a Klassen agespaart waren (Figebam. 2). VerfÜgung Nieft Verännerlechkeet tëschent Mo an GUT phylogenetic Zesummesetzung der microbiomes vun all Site ënnert der behaapten oysters variéiert. Fir e puer Phylen a Klassen, ware relativ Heefegkeeten ähnlechen ënnert gefaart, an Verännerlechkeet (wéi de Standard Feeler vun der heeschen ausgedréckt) fir jiddereng vun den dräi aneren ähnlechen war (cf. zB Mollicutes an α-Proteobacteria am Mo. an GUT microbiomes, bzw.; Table 1, 2). Allerdéngs, gefaart méi zu ville Fäll variéiert, an d'Ausmooss vun Verännerlechkeet ënner aneren ënnerscheet. Mollicutes an der GUT microbiome Hackberry Bay, zum Beispill, war vun CloVR an Mothur, an sech, mee räich an ee behaapten no PANGEA (Table 2). VerfÜgung Verännerlechkeet ënnert gefaart an nëmmen 1 vun 3 gefaart observéiert goufen Arc vum Stärekoup Analyse (Figebam. 3) an Haaptuert Komponente Analyse (PCA) vun CloVR Resultater mat UniFrac Distanzen (Figebam. 4A, b), an och vun PCA vun der famill Heefegkeeten vun séiert OTUS (Figebam. S1). Resultater vun engem Stärekoup Analyse der déifgräifender Kris UniFrac Tonne benotzt huet, datt de Lake Caillou Mo. gefaart an Hackberry Bay GUT gefaart all gemaach z'ënnerscheedde Stärekéip, an datt déi eenzel gefaart zu Distanz relativ enk waren. Déi reschtlech Mo an GUT Echantillon waren vill manner kohärent, mat gefaart op grouss Distanzen geléist. Unweighted UniFrac PCA zougedréckt datt Lake Caillou GUT microbiomes Strooss zesummen op Achs eent an zwee, mä datt gefaart fir déi aner microbiomes vill méi verspreet waren, och wann d'Grënn mécht tëscht Siten an tëscht GUT an Mo. blouf evident (Figebam. 4A). Déifgräifender Kris UniFrac PCA, déi d'famill Heefegkeeten vun OTUS geduecht, awer dat Lake Caillou Mo an Hackberry Bay GUT all relativ enk Stärekéip op béide Axen geformt gefaart, iwwerdeems gefaart fir déi aner microbiomes verspreet waren (Figebam. 4B). Déi zwee Mo. microbiomes blouf och getrennt op PCA Achs 1, mee de GUT microbiomes Strooss zesummen (Figebam. 4B). VerfÜgung Mir presentéieren hei déi éischt detailléiert Analyse vun Crassostrea virginica VerfÜgung Mo an GUT microbiome kucke. D'Prouf Gréisst (triplicate Déiere fir jiddereng vun zwee Siten) an eenzeg Limite probéieren Zäit Dugend vun de Resultater, mee eng Rei vun neie Abléck bidden. Virdrun Studien hunn cultivable Membere vun der GUT Gemeinschaft, ganz Déieren, pathogens (mënschlech an echt), oder spezifesche Gruppen ënnerstrach, dass bis unzereegen bäidroen kënnen, zB, Cristispira VerfÜgung [5], [8] - [11] , [13], [25]. Ubauen-gratis Approche verroden hunn Arcobacter VerfÜgung (ε-Proteobacteria) als eng grouss dru fir microbial Communautéiten vun ganzt Bankreiber oysters, Tiostrea chilensis VerfÜgung, mee ganz spezifesch Otemschwieregkeeten Associatiounen hunn net gemellt goufen [17 ]. Hernádez-Zárate an Olmos-Soto [26] hu group-spezifesch FISH an Hinnen alleguer benotzt Bakterien am C VerfÜgung z'identifizéieren. gigas VerfÜgung Stoffer, mä si huet net Haaptrei Hinnen alleguer amplicons oder Bekannten Heefegkeeten vun spezifesch phylogenetic Gruppen Rapport. Kuerzem, eng Hinnen alleguer an DGGE Etude vun C VerfÜgung. virginica VerfÜgung huet fir zwee Populatiounen aus Maine (USA), mee phylogenetic Zesummesetzung raimlech a saisonal Ënnerscheeder vun ganzt Déier microbiomes gemellt gouf qualitativ oder quantitativ [27], nach hunn Variatioune tëschent eenzelne Déieren Débatte net évaluéieren. Deelweis 16S rRNA Gentherapie Message aus héich duerch dat pyrosequencing ofgeleet wéi an dëser Etude benotzt Differenzen an echt microbiome Zesummesetzung léist bei verschidden Niveauen, obwuel e puer vun den Detailer vun Zesummesetzung variéieren mat der da fir Haaptrei Analyse gewielt (zB, Dëscher 1 , 2). Zréck Ennerstëtzung Informatiounen S1 fir zousätzlech Diskussioun vun dësen Ënnerscheeder, déi net d'Musteren vun Variant tëscht Mo an GUT microbiomes oder Machtënnerscheeder tëscht Siten betreffen. VerfÜgung Allgemeng, weisen d'Resultater substantiell Ënnerscheeder tëscht Mo an GUT microbiomes, an tëscht de Mo microbiomes vun Déieren aus Hackberry Bay a Lake Caillou (zB, Lalumi 1a, b an 2;. Bedeitung 1, 2). Zousätzlech, variéieren d'microbiome Kompositioun vun eenzelne behaapten Déieren (Figebam. 3, 4). Variatioune tëscht Mo an GUT microbiomes wahrscheinlech spigelen Detailer vun der digestive System, mä Differenzen tëscht Siten an ënnert gefaart hindeit, datt microbiome Zesummesetzung zu lokal Faktoren z'äntwerten kéint, a vläicht fir genetesch Differenzen tëscht de Persounen. Uertschaft: Verännerlechkeet gouf fir aner Déieren gemellt [28], [29]. VerfÜgung echt Mo. Microbiome VerfÜgung Baséierend op der Frequenz vun OTU Optriede, de Mo microbiome vun oysters vu Louisiana kann an existéiert um mannst zwee Staaten. Mollicutes meeschte streng wëssenschaftlech ze Mycoplasma VerfÜgung dréchen kéint Beem de klengen Message (> 80%) vun engem Staat duerch Lake Caillou oysters vertrueden (Lalumi 1a;. Bedeitung 1, 3). Keng aner Klass dréit méi wéi iwwer 2%. Planctomycetes dominéieren (23% -33%) déi alternativ kitiséiert déi vun Hackberry Bay oysters (Lalumi 1a;. Bedeitung 1, 3) - mee e puer aner Gruppen och an der Mamm vun dësen oysters um modest Heefegkeeten geschéien, zB, Chloroflexi (8 %), Firmicutes (9% -11), Mollicutes (5% -9%), Proteobacteria (5% -12%), an Verrucomicrobia (3% -14%). Zousätzlech, zwee ähnlech räich OTUS datt zu verschiddene präkleisthenesch gehéieren (Planctomyces an entweder Firmicutes, Tenericutes oder Verrucomicrobia) dominéieren echt Hackberry Bay Mamm bei enger Mënscherass Niveau (verännert Distanz = 0,03; Table 3). Den Undeel vun de klengen OTUS virgesin fir déi verschidde Phylen a Klassen ass och konsequent mat zwou verschidde Staaten fir de Mo microbiome (Figebam. 2), obwuel d'Ennerscheeder fir dës manner ausgeschwat sinn Tonne wéi fir Frequenz-baséiert Schätzunge vun Zesummesetzung. UniFrac PCA (déifgräifender Kris an unweighted) an Stärekoup Analysë fir de "zwee Staat" Konzept zousätzlech Ënnerstëtzung bidden (Figebam. 3, 4). VerfÜgung D'Fro gestallt an och ökologeschem Bedeitung vun dëse echt Mo. microbiomes ass onsécher. Dominanz vun Mollicutes oder Planctomycetes ass aussergewéinlechen Verglach zu aner microbiomes [28], [30] - [32], obwuel Mollicutes räich schéngen an der digestive drüs vun der Rock echt Sydney ( Saccostrea glomerata VerfÜgung) an an der Daarm vun der abalone, Haliotis Discus hannai VerfÜgung [33], [34]. [42] - Mollicutes hunn och zu echt GUT Becher Zellen baséiert op microscopic Beweiser [25], an dokumentéiert fir aner invertebrates a Fësch Nerv vum Kultur-baséiert a molekulare ekologesch Methoden [30], [35] gemellt ginn. Soss relativ wéineg ass mat Invertebrataklass digestive Systemer iwwer hir Associatiounen bekannt. Iwwerhaapt, bleiwen déi ekologesch Rollen vun Mollicutes méi allgemeng onsécher, mat e puer Reportagen vun pathogenesis zu ausgewielt Fësch a invertebrates [43] -. [46], mä aner Rapporte eng Form vun commensalism besot [30], [39] VerfÜgung Sou wäit, Frankräich Beweiser offréiert puer Abléck, well d'genetesch Repertoire vun Mycoplasma Handy VerfÜgung, de Wand am meeschten enk Relatioun mat der echt OTUS, ass limitéiert an sengen Ëmfang [47]. M VerfÜgung. Handy VerfÜgung congenerics an echt Mamm einfach kéint proliferate Realitéiten vun der Euro- oder aner microbes während unzereegen produzéiert benotzt; ähnlech Suggestioune gewiescht ze Kont fir Mollicute Associatiounen mat Keelt-Waasser corals [39] huet. Trotzdeem ass, datt d'Méiglechkeet Mollicutes kéint symbiotically fir hir Gäscht bäidroen kënnen net entlooss ginn. VerfÜgung D'Roll vun Planctomyces zu digestive Systemer ass och ongewëss. Obwuel si ökologësch wichteg Memberen vun der Marine bacterioplankton sinn, System Objeten an Zesummenhang mat Algen, invertebrates an vertebrates [48], [49], meeschtens si bei relativ niddreg Heefegkeeten an GUT microbiomes geschéien (&Si besteet; ronn 5%) [30] - [32]. Allerdéngs Resultater vun dëser Etude weist dat onbekannt Konditiounen an d'Hackberry Bay echt Mo. dofir Planctomycete Prolifératioun (Table 1). VerfÜgung Et ass Oflehnung hei ze spekuléieren, wéi anerer anzwousch hunn [50], datt Pirellula VerfÜgung -like Membere vun der echt microbiome auszenotzen sulfated algal polysaccharides fir Wuesstem, well putatively villen Genen fir sulfohydrolase Enzymen coding hunn am Rhodopirellula baltica VerfÜgung Nepgen [51], a säit sulfated polysaccharides kéint Toast observéiert ginn ginn vun oysters als eng Konsequenz vun phytoplankton Konsum ingested. D'Kapazitéit sulfated polysaccharides benotze géif also eng Erklärung fir Iwwerfloss Planctomycete bidden. Leider, déi phylogenetic Relatiounen tëschent R VerfÜgung. baltica VerfÜgung an planctomycete OTUS an dëser Etude identifizéiert ginn net genuch esou inferences ze ënnerstëtzen. Trotzdeem, all Blastopirellula VerfÜgung, Pirellula VerfÜgung, an Rhodopirellula VerfÜgung zu Datum eng breet Palette vun einfachen Net-sulfated -Gedrénks benotzen charakteriséiert isolates [48], [49], [ ,,,0],52], op d'mannst eng vun deenen wahrscheinlech am echt digestive TRACT ze geschéien wéi algal Biomass hydrolyzed ass. VerfÜgung echt Delger Microbiome VerfÜgung déi echt GUT microbiome Häfe engem méi speciose oder OTU-räich Communautéit wéi et der microbiome Mo. baséiert op observéiert Aarten (S Zorte) an ACE an Chao1 Diversitéit estimators (Table 5). Dës bestinn weg och, dass Mamm a Nerv vun Lake Caillou oysters manner OTUS wéi Hackberry Bay oysters ervirbréngen. Sou, schwankt OTU Räichtum tëschent echt Stoffer (e.g., Moo an GUT) wéi ass fir de Mënsch microbiome gutt dokumentéiert ginn [53], mä schéngt och ënnert Populatiounsschichte ze variéieren. D'Quell vun Variatioune vun Räichtum ënnert echt Populatiounen ass onbekannt. VerfÜgung Variatiounen zu Räichtum futti, d'GUT microbiome net onbedéngt méi divers wéi de Mo. microbiome baséiert op Shannon ass an Simpson d'bestinn an der evenness estimator ëmgedréit, et gesäit, jiddereng vun deenen ähnlech si fir d'GUT microbiome Lake Caillou an den zwee Hackberry Bay microbiomes (Table 5). Dëse System beweist, dass d'Struktur vun echt microbiome Diversitéit an e puer Fäll (Räichtum an evenness) ass onofhängeg vun der digestive System an phylotype Zesummesetzung. Am Géigesaz, sinn all Diversitéit bestinn fir de Lake Caillou Mo. microbiome méi niddreg wéi fir Mamm Hackberry Bay, an niddreg wéi fir béid GUT microbiomes wéi gutt. Dëst kann zu Lake Caillou echt Mamm vun Mollicute OTUS (zB, Table 5 an Figebam. 1a) an d'Dominanz zougeschriwwen ginn. VerfÜgung D'Zesummesetzung vun GUT microbiomes vu Louisiana oysters aus, datt vun anere mollusks Ënnerscheed a vu dass vun Wéinst Séifaart an Net-Séifaart Déieren (Figebam. 5). Gruenthal [54] huet gewisen, datt Proteobacteria dominéieren (> 80%) de GUT microbiomes Kalifornien schwaarz ( Haliotis cracherodii VerfÜgung) a wäiss abalone ( H VerfÜgung sorenseni VerfÜgung. ); Actinobacteria, Chloroflexi, Planctomyces an Verrucomicrobia erschéngen aus béide veréiert ze ginn. Huang et al. [41] weisen, datt Mollicutes an δ-Proteobacteria Daarm vun de klenge abalone dominéieren. Cardoso et al. [55] Rapport datt Bacteroidetes an Firmicutes der GUT vun der gastropod Wéngertsschleek dréchen, Achatina fulica VerfÜgung. Firmicutes zesumme mat Bacteroidetes, Proteobacteria an Actinobacteria dominéieren d'Nerven vun anere invertebrates (zB, Buedem-erofzesetzen termites [56] an d`kakerlaken [57]) an vertebrates (zB, herbivorous Marine Fësch [58]; ausgerëtscht Carp, [31], [ ,,,0],59], an hie war sech sécher [60]), während Mollicutes dominéieren d'Nerven vun e puer Fësch [30], [36]. Am Géigesaz, fir Proteobacteria Kont nëmme ronn 20% vun der GUT Zesummesetzung vun der oysters an dëser Etude, Chloroflexi, Planctomyces an Verrucomicrobia sinn all relativ räich, an Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, an Mollicutes all bäidroen ronn 10% oder manner (Figebam. 1a;. Table 3) VerfÜgung Dës Ënnerscheeder zu Zesummesetzung ënnert GUT Systemer entstoe d'Effekter vun der Pluralitéit proposéiert Verännerlechen, dorënner GUT Architektur, digestive Physiologie, Ernährung, an d'Ausmoos wéi an microbiomes Lëntgen hunn symbiotically Perséinlechkeeten [61 ] - [63].
Aféierung VerfÜgung
spontan a Methode VerfÜgung
Resultater VerfÜgung
Diskussioun VerfÜgung
Darmmikrobiom ass och eng Realitéit am Fetal Liewen
Neit Tool registréiert a verfollegt de Mikrobiomwuesstum
Gutt Nouvelle fir IBS Leider wéi d'Fuerscher "Darm Jucken" identifizéieren
Bakterien am Gebuertskanal verbonne mat engem nidderegen Risiko fir Eierstockskriibs
Gutt Bakterien kënne Risiko vu pulmonarer Hypertonie viraussoen
Kuerzkette Fettsäure -Ergänzung verbessert den Erhuelung vum Schlag,
Typ 1 Diabetis verbonne mat Darmmikrobiom a genetesche Faktoren
Eng nei Studie vun der Lingköping Universitéit a Schweden an der University of Florida huet verroden datt den Darmmikrobiom vu Kanner mat engem héije genetesche Risiko fir den Typ 1 Diabetis zentwécke
Mathematesche Modell weist de Risiko vun der SARS-CoV-2 Infektioun no fecaler Mikrobiota Transplantatioun op
An hirem neie Pabeier verfügbar op bioRxiv* Virdruck Server, US Fuerscher vun der OpenBiome Nonprofit Organisatioun hunn e mathematesche Modell benotzt fir dNëtzlechkeet vu verschiddenen Teststrateg
Änneren iewescht respiratorescht Mikrobiom bei Kanner am Zesummenhang mat der SARS-CoV-2 Empfindlechkeet
Fuerscher hunn den nasopharyngealen Mikrobiom vu Kanner bis 21 Joer al getest a fonnt datt de Mikrobiom mam Alter ännert. Spezifesch Bakterien, deem seng Iwwerfloss och mam Alter ännert, si verbonne m