PLoS One: Elemzés a gyomrot és a beleket Microbiomes a keleti Oyster (Crassostrea virginica) a part menti Louisiana, USA

absztrakt katalógusa

Mi használt nagy áteresztőképességű Pyrosequencing jellemzésére gyomrot és a beleket tartalom microbiomes a Crassostrea virginica katalógusa, a húsvéti osztriga, nyert két hely, egy Barataria Bay (Hackberry öböl), a másik pedig Terrebonne Bay (Lake Caillou), Louisiana, USA. Gyomor microbiomes az osztriga Hackberry Bay túlnyomórészt dominálnak Mollicutes legszorosabban kapcsolódó Mycoplasma katalógusa; egy gazdag közösség uralja Planctomyctes történt Lake Caillou osztriga gyomrot. Gut közösségek osztriga mindkét helyen különbözött gyomor közösségek és rejtegetett viszonylag változatos együttesét phylotypes. Phylotypes legszorosabban Shewanella katalógusa és Chloroflexi törzs uralta a tó Caillou és Hackberry Bay bélflóra, ill. Bár sok tagja a gyomrot és a beleket microbiomes tűnt, hogy a tranziensek vagy opportunisták egy feltételezett core microbiome alapján azonosítottuk phylotypes bekövetkezett minden gyomor vagy a bél csak példák. A feltételezett core gyomor microbiome tartalma 5 Otus 3 törzsek, míg a feltételezett core bél microbiome szereplő 44 Otus 12 törzsekbe. Ezek az eredmények együttesen feltárt új mikroba közösségek az osztriga emésztőrendszer, a funkciók az osztriga microbiome nagyrészt ismeretlenek. Összehasonlítása microbiomes Louisiana osztriga baktérium közösségek jelentették az egyéb tengeri gerinctelenek és halak jelezte, hogy puhatestűek microbiomes jobban hasonlítottak egymásra, mint a microbiomes a soksertéjűek, decapods és hal. Katalógusa

Citation: Király GM, Judd C , Kuske CR Smith C (2012) elemzése gyomrot és a beleket Microbiomes a keleti Oyster ( Crassostrea virginica katalógusa) a part menti Louisiana, USA. PLoS ONE 7 (12): e51475. doi: 10,1371 /journal.pone.0051475 katalógusa

Szerkesztő: Josh Neufeld, University of Waterloo, Kanada katalógusa

Beérkezett: június 8, 2012; Elfogadva: november 5, 2012; Megjelent: december 12, 2012 katalógusa

Ez egy nyílt hozzáférésű cikk, mentesen minden szerzői jogot, és szabadon másolható, terjeszthető, továbbított, módosított, épül, vagy más módon bárki felhasználhatja bármilyen törvényes célra. A munka legyen elérhető a Creative Commons CC0 közkincs elkötelezettség. Katalógusa

Forrás: A szerzők elismerik NSF díjat OCE-1043126 és GoMRI-LSU finanszírozást GK támogatására GK, CS és CJ. A 454 Titanium szekvenálás adta a Los Alamos National Laboratory Laboratory célirányos kutatási és fejlesztési támogatás (LDRD) a CRK (20080464ER). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

A keleti osztriga, Crassostrea virginica katalógusa, jól ismert piaci értékének és fontosságának megfelelően "ökoszisztéma mérnök" [1] - [3]. Kötetek írtak már a biológia, az ökológia, ideértve olyan baktériumok és egyéb mikrobák. E művek hangsúlyozta betegségek [4], [5] és a jelenléte az emberi kórokozók, különösen Vibrio parahaemolyticus katalógusa és V katalógusa. vulnificus katalógusa [6] - [9]. Katalógusa

Sok tanulmány foglalkozott egyéb szempontok osztriga-baktérium kölcsönhatás. Cristispira katalógusa azonosították szimbiózisban társított kristályos stílus, puhatestű emésztési struktúra [10]. Stappia katalógusa (most Labrenzia katalógusa) izolálták C katalógusa. gigas katalógusa és C katalógusa. virginica katalógusa, és az utóbbi érintett antagonistaként az etiológiai ágens fiatalkori Oyster Disease [11]. Kultúrafüggő vizsgálatok jellemzi Vibrio katalógusa és más nemzetségek kapcsolódó tömeges állatok és specifikus szövetekben [6] - [8], [12], [13], köztük azonosítását "bennszülött" baktériumok C . gigas katalógusa testfolyadék [14], [15]. Ezek a vizsgálatok azt is kimutatták, hogy a Földközi-tenger keleti olajfolt nem befolyásolja osztriga-asszociált baktériumok [16]. Kultúra független vizsgálat dokumentálta minták közötti különbségek a különböző populációk és szövetek, mint keltető emelt és a vadon élő állatok, és azonosította az ε-proteobaktériumot, Arcobacter katalógusa, jelentősen hozzájárul a mikrobiális közösség a chilei osztriga Tiostrea chiliensis katalógusa [17]. katalógusa

Annak ellenére, hogy a kórokozó-asszociált és ujjlenyomatvétel tanulmányok fentebb összefoglalt, valamint a potenciális fontosságát baktériumok osztriga tápanyag megszerzése, meglepően kevés információ létezik osztriga gyomrot és a beleket microbiome sokféleségét. Bár a pH-értékek a gyomor és a bél szövetek hasonlóak, és a részecske tranzit alkalommal viszonylag rövid (körülbelül 1-2 óra) alatt aktív táplálkozást [18], nem világos, hogy jellegzetes közösségek léteznek a tartalmát ezekben a szövetekben; Ugyanilyen bizonytalan, hogy microbiomes is változhat egy populáción belül, vagy az egész lakosság. E kérdések, kaptunk két három példányban állatok, egy készlet minden ettől Hackberry Bay-tó és a part menti Caillou Louisiana nyáron, 2010. Ez a két, földrajzilag különböző helyszínek (Barataria Bay és Terrebonne Bay -kal) képviselnek a gazdaságilag fontos forrásai osztriga , és a tapasztalat hasonló sótartalom rezsimek és változékonyságát. [19] Mi külön gyűjtött gyomrot és a beleket tartalmát, és a szekvenált PCR-amplifikált 16S rRNS gének segítségével piroszekvenálás platform (Roche Diagnostics 454 Titanium). Az eredmények azt mutatják, jelentős különbséget tesz gyomrot és a beleket microbiomes állatok egyik oldalon (Lake Caillou), de valamivel kevesebb különbségtételt a második helyet (Hackberry Bay). Nevezetesen, Mollicutes elszámolni > 80% -a az összes bakteriális szekvenciákat a gyomorban microbiomes tó Caillou osztriga, de < 10% Hackberry Bay osztriga. Gyomor Otus is szerepel Actinobacteria, Chloroflexi, firmicutes, Planctomycetes, Proteobacteria és Spartobacteria. Chloroflexi, Mollicutes, Planctomycetes és Spartobacteria is tartalmazhat egy feltételezett core gyomor microbiome, míg Chloroflexi, firmicutes, α-Proteobacteria és Verrucomicrobia hozzájárulhat a feltételezett core gut microbiome. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Minta Gyűjtemény katalógusa

Osztriga gyűjtöttünk augusztus 4-én, 2010. Hackberry Bay, egy kis öbölben szomszédos Barataria Bay, Louisiana, USA. Ez az oldal nem volt hatással az olajat a Deepwater Horizon olajfolt [20]. A háromszoros osztriga jégen tartottuk (< 6 óra) az első feldolgozási, a Louisiana-tenger Grant Oyster Hatchery, Grand Isle, LA, USA. A külső szelep alaposan megtisztították felületi szennyeződésének eltávolításához, majd óvatosan kinyitotta elhagyó állatok ép. A gyomor tartalma az egyes állatok mintát vettünk a 23-as tűvel és 1 cm-es ^{3 darab, ami körülbelül 0,2 cm 3 folyadékot, melyet át steril 1,5 cm 3 mikrocentrifuga. Gut tartalmát kaptuk helyüket a belekben az egyes állatok, majd óvatosan extrudálással utóbél anyagot a végbélnyílás steril 1,5 cm 3 mikrocentrifuga. Gyomor és bél tartalmát szállították jégen a laboratóriumba a Louisiana State University (LSU), ahol a DNS-t eltávolítják egy MoBio PowerMax talaj extrakciós kit (MoBio Laboratories, Inc., Carlsbad, CA), a gyártó utasításai szerint azzal a kiegészítéssel, fagyasztva (-80 ° C, 10 perc) /olvadás (60 ° C, 5 perc) ciklus háromszor megismételjük. A második sor osztriga gyűjtött szeptember 1-jén, 2010. Caillou Bay (Caillou-tó), Louisiana, USA feldolgozása hasonlóan azzal a kivétellel, hogy az állatokat szállítják jégen a LSU laboratóriumi mintavétel előtt gyomrot és a beleket tartalmát. Ez az oldal is befolyásolja a Deepwater Horizon olajfolt. Mintavétel engedélyt adtak nem szükséges sem üzemel.}

DNS-elemzés

DNS kivonatokat minden minta PCR-rel amplifikáltuk a Platina nagy pontosságú DNS-polimerázzal (Life Technologies Corp, La Jolla, CA) 25 ul reakció standard eljárások segítségével, kivéve a 68 ° C-os bővítmény a hőmérséklet, és a primerek 515f és 806r módosított vonalkódokat és adapterek szekvenálás segítségével Roche 454 Pyrosequencing platform titán Chemistry [21]. Mindegyik reakcióelegy 11,5 ul vizet, 2,5 pl 10X hifi-puffert (Life Technologies Corp, La Jolla, CA), 0,75 ul, 100 mM dNTP-k, 1 pl MgSO _{4, 5 ul 0,5 mg ml ^{-1 BSA-t, 1,5 ul mindegyik 515f és 806r primerekkel, 0,2 ul nagy pontosságú DNS-polimerázzal (Life Technologies Corp, La Jolla, CA), valamint 1 mikroliter kivont DNS-t. A reakciókeverékeket denaturáltuk 3 percen keresztül 94 ° C hőmérsékleten, majd 26 ciklusban 94 ° C 1 perc, 1 perc 54 ° C-on, és 2 perc 68 ° C, a 10 perces extenziós lépést 68 ° C-on, miután a ciklusok teljes lenne. Három párhuzamos reakciók az egyes minták összeöntjük, majd egy végső keveréket állítunk elő a szekvenáláshoz hozzáadásával amplikonok minden mintából egyenlő tömegeket. Pyrosequencing végezte a Los Alamos National Laboratory szekvenálás létesítmény, így összesen 237.842 nyers olvas egy átlagos hossza 295 bp. Szekvenciák nyújtottak be az MG-RAST szerver 4.501.864,3-4.501.873,3 (http://metagenomics.anl.gov/linkin.cgi?project=1994). Katalógusa}}

Sequence Analysis katalógusa

Nyers szekvenciák minőségi pontszámok segítségével dolgozzák három csővezetékek. PANGEA [22] hasonlítottuk össze a filogenetikai összetételét mintákat, amelyek Otus sorolták segítségével MEGABLAST egy referencia-adatbázis, amely 170.273 teljes hosszúságú 16S rRNS gén szekvenciákat a baktériumok és Archaea törzsekben. Nyers olvasás átvizsgáljuk alapértelmezett értékek (átlagos minőség pontszám 20, hossza legalább 100 bp) [22]. Olvasás arra binned alapján vonalkódok, amelyeket nyírt előtt MEGABLAST. Szekvenciákat rendelt domain /törzs, osztály /megbízás /család és nemzetség és faj szinten, illetve a hasonlóság küszöbértékek 0,8, 0,9, 0,95 és 0,99 [22]. Szekvenciák nem sorol MEGABLAST csoportosultak át Otus alapján ugyanazokat a hasonlóság küszöbértékeket. PANGEA is létrehozott egy második elemzést, amely az összes mintát állt azonos számú szól; a normált mintát adathalmazok hoztunk létre szekvenciák véletlenszerűen kiválasztott cseréje nélkül az eredeti árnyékolt minta fájlokat. A készítmények gyomor és bél mintákat hasonlítottuk össze főkomponens elemzés kiküszöbölése után singletons (sorozatok képviselők csak egyszer teljes adatbázisba), és eltávolítása után cianobaktérium és eukarióta szekvenciák (kloroplasztisz és mitokondrium 16S rRNS-alga sejtek gyomor és bél). A fennmaradó szekvenciájában azonosított olyan törzs, vagy alacsonyabb szintű, reprezentatív szekvenciáit Otus számviteli ≥0.1% a teljes arra curated manuálisan MEGABLAST GenBank. Bármilyen szekvenciák tévesen azonosította be PANGEA átcsoportosítása szükséges. Katalógusa

A CloVR csővezeték [23] használtuk, az alapértelmezett beállítások (pl átlagos minősége pontszám 25, hossza legalább 100 bp), hogy hozzon létre alapuló elemzések rendszertani hovatartozástól (azaz a minta összetétele) és szekvencia törzsfejlődés. Erre a célra, CloVR használt hibrid csővezeték álló Mothur al-rutinok sorolt ​​szekvenciák az RDP adatbázis, és QIIME al-rutinok különböző statisztikai elemzések. Eltávolítása után cianobaktérium és eukarióta szekvenciák, Otus osztályozott CloVR hogy elszámolni ≥0.1% a teljes fennmaradó beolvassa vetettük alá, kézi curation, mint fent. Igazodik reprezentatív szekvenciákat minősített kurátora Otus használtuk ezután egy gyors UniFrac elemzés (http://bmf2.colorado.edu/fastunifrac/) alapján a szomszéd-csatlakozás fa bemenetként. Katalógusa

A Mothur csővezeték [ ,,,0],24] használtuk szigorúbb értékeket mutat, mint a többi platformon szekvencia vágás (azaz a mozgó ablak 50 bp átlagos minőségű pontszám 35, hossza legalább 100 bp). A "Classify" funkciója a Mothur csővezetéket azonosítására használt minta összetétele az Otus képviselő ≥0.1% az adatbázis eltávolítása után cianobaktérium és eukarióta szekvenciák. A fennmaradó szekvenciák curated mint fent. Ezek kurátora szekvenciák, valamint a kisebb Otus kivéve singletons arra használtuk, hogy a sokszínűség indexekre minták önálló taxonómiai azonosítás (pl Shannon, inverz Simpson és egyenletessége indexek). Katalógusa

Eredmények katalógusa

A pre- feldolgozó rutinokat a három csővezetékek alkalmazott ebben a vizsgálatban eredményezett markáns sorszámok az elemzéshez (táblázat S1). PANGEA engedett legnagyobb olvasható szám (199592), és Mothur engedett a legkevésbé (45626). Szekvenciák legszorosabban kapcsolódó cianobaktériumok és eukarióták (kloroplasztisz és a mitokondrium 16S rRNS gének) uralja a csonkolt adathalmazok (> 70%), mérettől függetlenül (táblázat S1). Ezek a szekvenciák Kiesett a további elemzések. Singleton szekvenciák képviselte 0,5% (CloVR) 5,9% (PANGEA) Az adathalmazok után előfeldolgozás; ezek a szekvenciák is megszűnt gyakorolt ​​hatások csökkentését szekvenálás hiba. A kiméra szekvenciákat nem azonosították a PANGEA, de úgy tűnt, hogy csak egy kis töredéke (< 0,2%) a teljes szekvenciát (táblázat S1) eredményei alapján CloVR és Mothur. Katalógusa

Számos minták jelentek meg következetesen . A relatív abundanciája Otus százalékában a szekvenciák száma elemzett azt mutatta, hogy Lake Caillou osztriga gyomrot és a beleket microbiome készítmények különböztek lényegesen (1A., 1., 2). Néhány mollicutes Otus uralja az előbbi, míg Chloroflexi (többnyire Caldilineae), firmicutes, γ-Proteobacteria és Verrucomicrobia (Spartobacteria) uralja a későbbi időpont. Mindhárom csővezetékek között is különbséget mutattak Hackberry Bay osztriga gyomrot és a beleket microbiomes (1A., 1., 2.), a különbségek azonban kevésbé, mint a tó Caillou osztriga. Közötti különbségek Hackberry Bay gyomrot és a beleket microbiomes elsôsorban abból mérsékelt változása több vonalak (például Chloroflexi, firmicutes, α-Proteobacteria, δ-Proteobacteria, Planctomycetes és Spartobacteria). Ezen túlmenően, az egyes vezetékek feltárt különbségekre a microbiomes a két populációk Hackberry Bay és a tó Caillou. A leginkább figyelemre méltó különbségek között történt a két gyomor microbiomes, hogy kevésbé megkülönböztetése a bélben microbiomes (1A., 1., 2.). Katalógusa

Annak ellenére, hogy sok a hasonlóság, PANGEA, CloVR és Mothur kimenet különböztek lényeges vonatkozásokban. Relatív, hogy CloVR és Mothur, PANGEA azonosított kevesebb Proteobacteria, Mollicutes és Verrucomicrobia a Hackberry Bay osztriga gyomor microbiomes, és kevesebb Actinobacteria, Chloroflexi, Planctomycetes és Verrucomicrobia bélben microbiomes. PANGEA is következetesen rögzített nagyobb arányban "nem minősített" szekvenciák, mint volt CloVR vagy Mothur; PANGEA nem azonosította a 60% -át a Hackberry Bay osztriga gyomor szekvenciák túl a domain szinten (1. és 2. táblázat). Katalógusa

különbségek voltak megfigyelhetők a taxonómiai hovatartozása a leggyakoribb Otus (3. táblázat). PANGEA, CloVR és Mothur jelentett Planctomycetes egy két egyformán leggyakoribb Otus a Hackberry Bay osztriga gyomor microbiomes, de a konkrét hovatartozás belül Planctomycetes különbözött. A hovatartozás második OTU is különbözött, beleértve a firmicutes (PANGEA), Spartobacteria (CloVR) és mollicutes (Mothur). Ezen túlmenően, PANGEA számolt szekvencia kapcsolódik Mycoplasma mobil katalógusa, mint a legnagyobb mennyiségben OTU számára Hackberry Bay Oyster bél microbiomes, míg a másik csővezetékek számolt Chloroflexi törzs (3. táblázat). Ezzel szemben a három csővezetékek megmutatta sokkal közelebb megegyezést Lake Caillou minta: minden úgy találta, hogy egy OTU szorosan kapcsolódó M katalógusa. mobil katalógusa volt legnagyobb mennyiségben a gyomorban microbiomes, és OTU szorosan kapcsolódik egy Shewanella katalógusa sp. volt legnagyobb mennyiségben a bél microbiomes. A két Shewanella katalógusa izolátumok jelentett, MOLA 59 (PANGEA) és THt8-1 (CloVR és Mothur), azonosak voltak az nukleotid pozíciók elemezték. Azonban Shewanella katalógusa sp. THt8-1 és Shewanella katalógusa sp. MOLA 59 izoláltunk szárazföldi növények és tengeri források, ill. Katalógusa

Elemzések a készítmény (törzsek és osztályok) a 284 minősített Otus (ábra. 1b) kimutatta, hogy a minták eltért némileg azoktól a viszonylagos bősége törzsek és osztályok között szekvenciákat (1A.). Először különbségek gyomrot és a beleket microbiomes belül a helyszínen, és a telephelyeken alapuló OTU összetétele kevésbé hangsúlyos, mint azok alapján előfordulási gyakoriság (1A. Vs. 1b). Ez nyilvánvaló volt a nagyobb (például Chloroflexi, firmicutes, γ-Proteobacteria, δ-Proteobacteria és Planctomyces) és kisebb (például Archaea, β-Proteobacteria és Spartobacteria) közreműködők OTU összetétele (ábra. 1b). Másodszor, a százalékos hozzájárulását egyes törzsek és osztályok a minősített Otus lényegesen felülreprezentáltak viszonyítva a bőség sorrendben adathalmaz, míg más törzsek és osztályok lényegesen alulreprezentáltak (1A., B). Mollicutes nagymértékben felülreprezentáltak Hackberry Bay-tó Caillou gyomor microbiomes, de alulreprezentált gut microbiomes. Chloroflexi és Planctomyces is felülreprezentáltak Lake Caillou osztriga bélben és Hackberry Bay osztriga gyomrot és a beleket microbiomes, míg α- és β-Proteobacteria alulreprezentáltak voltak minden microbiomes (1A., B). Katalógusa

Egy analóg minta volt megfigyelhető, amikor a filogenetikai összetétele minden otus bekövetkezett összegyűjtöttük Hackberry Bay-tó és Caillou gyomor microbiomes összehasonlították az összetétele otus bekövetkezett vagy oszlottak (SHR-S) fölött mindkét helyen. Különösen Chloroflexi, Mollicutes, Planctomyces és Spartobacteria felülreprezentáltak között SHR-S Otus (ábra. 2). Hasonlóképpen összehasonlítása Otus előforduló összevont Hackberry Bay-tó és Caillou bél microbiomes a közös bél Otus (SHR-G) azt mutatta, hogy Chloroflexi, firmicutes, α-Proteobacteria, Planctomyces és Verrucomicrobia felülreprezentáltak voltak (ábra. 2). Száma SHR-S Otus (44) sokkal kisebb volt, mint a számos SHR-G Otus (112), amelyek közül az utóbbi át közel 40% -a az összes minősített Otus, és egy még nagyobb százalékát is találták a bélben microbiomes (4. táblázat). katalógusa

otus bekövetkezett egyedülállóan a gyomorban és a belekben microbiomes mind Hackberry Bay-tó és Caillou osztriga populációk (SHRU-S, SHRU-G) képviseli a másik különálló alcsoport. A SHRU-S microbiome képviselte mindössze 5, a 44 SHR-S Otus csak 3 törzsek /osztályok, és ennek is csak 2,1% a 284 teljes Otus azonosított a kollektív gyomrot és a beleket microbiomes (4. táblázat). Ezzel szemben a SHRU-G microbiome képviselte 44 112 SHR-G Otus 12 törzsek /osztályok, és az elszámolt 15,5% -a az összes azonosított Otus (4. táblázat). A kompozíció SHR-S és SHRU-S microbiome Otus lényegesen különbözött, míg különbségek SHR-G és SHRU-G microbiomes korlátozódott kevesebb törzsek és osztályok (ábra. 2). Katalógusa

Ezen kívül a változékonyság között a gyomor és a bél filogenetikai összetételét, a microbiomes eltérő volt az ismételt osztrigáknak minden oldalon. Bizonyos törzsek és osztályok, relatív bőségeknek között hasonló volt ismétlésben, és a változékonyság (kifejezve, mint a standard error of mean) hasonló volt mind a három csővezetékek (lásd például Mollicutes és α-Proteobacteria a gyomorban és a bélben microbiomes rendre; táblázat 1, 2). Azonban sok esetben a párhuzamos lényegesen változik, és milyen mértékben a variabilitás különbözött között csővezetékek. Mollicutes a Hackberry Bay bél microbiome például észleltek, csak 1 3 ismétlésben által CloVR és Mothur, és aránytalanul bőséges egy párhuzamos szerint PANGEA (2. táblázat).

közötti változatosságot ismétlésben elfogták klaszteranalízissel (3.) és főkomponens analízis (PCA) CloVR eredmények felhasználásával UniFrac távolságok (4a., b), valamint a PCA relatív bőségeknek minősített otus (ábra. S1). Eredmények a klaszteranalízis segítségével súlyozott UniFrac mutató azt mutatta, hogy a tó Caillou gyomorban szaporodik és Hackberry Bay gut minden mérést kialakult különböző klasztereket, és hogy az egyes ismétlések viszonylag közel a távolság. A maradék gyomor és bél mintákat sokkal kevésbé koherens, az ismétlésben oldani nagy távolságokon. Súlyozatlan UniFrac PCA azt mutatta, hogy Lake Caillou gut microbiomes szorosan egymás tengelyen egy és kettő, de hogy a párhuzamos, a többi microbiomes sokkal jobban szét, bár a különbséget a helyszínek között a belekben és a gyomorban maradt nyilvánvaló (4a.). Súlyozott UniFrac PCA, amelyek szerint a relatív bőségeknek a Otus, azt mutatta, hogy Lake Caillou gyomor és bél Hackberry Bay minden mérést kialakult viszonylag szűk fürtök mindkét tengelyen, míg ismétlésben a többi microbiomes szétszórták (ábra. 4b). A két gyomor microbiomes maradt jól elkülönül a PCA tengelyen 1, de a bél microbiomes egy csoportban (ábra. 4b). Katalógusa

Vita katalógusa

Bemutatjuk itt az első részletes elemzéseket Crassostrea virginica
gyomrot és a beleket microbiome kompozíciók. A minta mérete (három párhuzamos állatok minden két helyszín), és egyetlen mintavételi határidő kivetítésén eredményeket, de így számos új felismerések. A korábbi vizsgálatok hangsúlyozták megművelhető tagjai a bélben közösség, egész állatok, kórokozók (emberi és osztriga), vagy egyes csoportok, amelyek hozzájárulhatnak az emésztés, pl Cristispira katalógusa [5], [8] - [11] [13], [25]. Termesztés nélküli megközelítések kiderült Arcobacter katalógusa (ε-Proteobacteria) jelentősen hozzájárul a mikrobiális közösségek egész chilei osztriga, Tiostrea chilensis katalógusa, hanem az egész szövet specifikus szervezetek nem számoltak be [17 ]. Hernádez-Zárate és Olmos-Soto [26] használta csoport-specifikus FISH és PCR baktériumok azonosítására az C katalógusa. gigas katalógusa szövetekben, de nem tették szekvencia PCR fragmentumok vagy a jelentés relatív bőségeknek konkrét filogenetikai csoportok. Nemrégiben egy PCR és DGGE tanulmányozása C katalógusa. virginica katalógusa jelentette térbeli és szezonális különbségek egész állat microbiomes két populáció Maine (USA), de filogenetikai összetétele még nem értékelték minőségileg vagy mennyiségileg [27], és nem is variációk közül az egyes állatok leírták.

részleges 16S rRNS gén szekvenciák származó nagy áteresztőképességű Pyrosequencing mint ebben a vizsgálatban alkalmazott eltéréseket tár Oyster microbiome kompozíció több szinten, bár néhány, a részleteket a kompozíció változhat a csővezeték kiválasztott szekvencia elemzés (pl, asztalok 1 , 2). Lásd alátámasztó információk S1 további tárgyalása ezeket a különbségeket, amelyek nem érintik a minták között jelentős eltérések mutatkoznak a gyomor és bél microbiomes vagy variációk helyszínek között. Katalógusa

Összességében az eredmények azt mutatják, jelentős különbségek gyomor és bél microbiomes között, valamint a a gyomor microbiomes származó állatok Hackberry Bay és a Lake Caillou (pl 1A., b és a 2; táblázatok 1, 2). Ezen túlmenően, a microbiome készítmények egyes vizsgált állatok változhat (ábra. 3, 4). Eltérések gyomrot és a beleket microbiomes valószínűleg tükrözi részleteit az emésztőrendszer, de a különbség a helyszínek között és azok között ismétlésben arra utalnak, hogy microbiome összetétele reagálnak a helyi tényezők, és talán a genetikai különbségek az egyének között. Analóg változékonyság számoltak más állatok [28], [29]. Katalógusa

Oyster Gyomor Microbiome katalógusa

Ennek alapján gyakorisága OTU előfordulás, a gyomor microbiome osztriga Louisiana létezhet a legalább két állam között. Mollicutes legszorosabban Mycoplasma katalógusa túlnyomórészt dominálnak a minősített szekvenciák (> 80%) az állam által képviselt Lake Caillou osztriga (1A., 1., 3.). Nincs más osztályba hozzájárul több, mint körülbelül 2%. Planctomycetes dominálnak (23% -33%), az alternatív állami hogy a Hackberry Bay osztriga (1A., 1., 3.) -, de számos más csoport is előfordulhat a gyomor ezen osztriga szerény bőségeknek, pl Chloroflexi (8 %), firmicutes (9% -11), Mollicutes (5% -9%), Proteobacteria (5% -12%), és Verrucomicrobia (3% -14%). Ezen kívül két hasonlóan bőséges Otus tartozó különböző törzsek (Planctomyces és vagy firmicutes, tenericutes vagy Verrucomicrobia) dominálnak Hackberry Bay osztriga gyomor fajszintű (evolúciós távolság = 0,03; 3. táblázat). Az arány a minősített Otus elszámolt különböző törzsek és osztályok is összhangban van két különálló állam a gyomor microbiome (ábra. 2), bár a különbség kevésbé hangsúlyos ez a mutató, mint a frekvencia-becslés a kompozíció. UniFrac PCA (súlyozott és súlyozatlan) és klaszteranalízis kiegészítő támogatást nyújt a "két állam" fogalmát (ábra. 3, 4). Katalógusa

A fiziológiai és ökológiai jelentősége ezeknek osztriga gyomor microbiomes bizonytalan. Dominancia által Mollicutes vagy Planctomycetes némileg szokatlan képest más microbiomes [28], [30] - [32], bár Mollicutes jelennek bőséges a emésztőmirigyet a Sydney szikla osztriga ( Saccostrea glomerata katalógusa), valamint a belében abalone, Haliotis discus hannai katalógusa [33], [34]. Mollicutes is beszámoltak osztriga bélben kehelysejtet alapján mikroszkópos jele [25], és dokumentálni más gerinctelen és hal belek által a kulturális alapú és a molekuláris ökológiai módszerekkel [30], [35] - [42]. Egyébként viszonylag keveset tudunk arról, hogy egyesületek gerinctelen emésztőrendszerében. Valóban, az ökológiai szerepe Mollicutes általában továbbra is bizonytalan, egyes jelentések szerint a patogenezis kiválasztott halak és gerinctelenek [43] - [46], de más jelentések jelzi valamilyen formában Kommenzalizmus [30], [39]. Katalógusa

eddig genomi bizonyítékot nyújt kevés betekintést, hiszen a genetikai repertoárját Mycoplasma mobil katalógusa, a taxon legszorosabban kapcsolódik az osztriga otus, korlátozott, annak hatálya alá [47]. M katalógusa. mobil katalógusa congenerics osztrigamártásban gyomor talán csak szaporodnak a hordozó gazdaszervezet által termelt vagy más mikrobák emésztés során; Hasonló javaslatokat tettek a számla mollicutes egyesületek hidegvízi korallok [39]. Ennek ellenére, a lehetőséget, hogy Mollicutes hozzájárulhat szimbiózisban hogy a házigazdák nem lehet utasítani. Katalógusa

A szerepe Planctomyces az emésztőrendszer is bizonytalan. Bár ezek ökológiailag fontos tagja a tengeri bacterioplankton, funkcionálisan eltérő és kapcsolódó algák, gerinctelenek és gerincesek [48], [49], de általában akkor viszonylag alacsony mennyisége a bélben microbiomes (< körülbelül 5%) [30] - [32]. Azonban E vizsgálat eredményei arra utalnak, hogy a körülmények nem ismertek a Hackberry Bay osztriga gyomor mellett Planctomycete proliferáció (1. táblázat). Katalógusa

Csábító a feltételezés itt, mint mások másutt [50], hogy a Pirellula
-szerű tagjai az osztriga microbiome kihasználni szulfatált alga poliszacharidok a növekedés, hiszen számos gén feltehetően kódoló sulfohydrolase enzimek észleltek a Rhodopirellula baltica katalógusa genom [51], és mivel szulfatált poliszacharidok lehet általánosan elfogyasztja osztriga következtében fitoplankton fogyasztás. Az a képesség, hogy használni szulfatált poliszacharidok így magyarázatot ad Planctomycete bőség. Sajnos, a filogenetikai között R katalógusa. baltica katalógusa és planctomycete Otus azonosított ebben a vizsgálatban nem elegendőek a ilyen következtetéseket. Mindamellett minden Blastopirellula katalógusa, Pirellula katalógusa, és Rhodopirellula katalógusa izolátum jellemzi a mai napig használják sokféle egyszerű, nem szulfatált cukrok [48], [49], [ ,,,0],52], legalább néhány, amelyek valószínűleg az osztriga emésztőrendszerben, mint az alga biomassza hidrolizál. katalógusa

Oyster Gut microbiome katalógusa

az osztriga bél microbiome kikötők több speciose vagy OTU gazdag közösség, mint a nem a gyomorban microbiome alapján megfigyelt fajok (S _{OBS) és az ACE és Chao1 sokféleség becslések (5. táblázat). Ezek az indexek is jelzik, hogy a gyomor és a belek tó Caillou osztriga kikötő kevesebb Otus mint Hackberry Bay osztriga. Így OTU gazdagság között változik osztriga szövetek (például a gyomor és bél) a már jól dokumentált, hogy az emberi microbiome [53], hanem úgy tűnik, hogy változik a populációk között. A forrás az eltérések gazdagsága között osztriga populációkban. Katalógusa}

Variációk gazdagsága ellenére, a bél microbiome nem feltétlenül sokkal változatosabb, mint a gyomor microbiome Shannon alapján és inverz Simpson indexek és egyenletességét becslő, amelyek mindegyike hasonlóak a tó Caillou bél microbiome és a két Hackberry Bay microbiomes (5. táblázat). Ez a hasonlóság azt jelzi, hogy néhány esetben a szerkezet osztriga microbiome diverzitás (gazdagságát és egyenletesség) független az emésztőrendszer és phylotype összetételét. Ezzel ellentétben, diverzitási indexek a tó Caillou gyomor microbiome lényegesen alacsonyabb, mint a Hackberry Bay gyomrot, és alacsonyabb, mint a két bél microbiomes is. Ez annak tulajdonítható, hogy a dominancia-tó Caillou osztriga gyomor mollicutes Otus (pl 5. táblázat és ábra. 1a). Katalógusa

A kompozíció bél microbiomes Louisiana osztriga eltér a más puhatestűek és hogy a más tengeri és nem tengeri állatok (ábra. 5). Gruenthal [54] kimutatta, hogy Proteobacteria dominálnak (> 80%) a bél microbiomes Kalifornia fekete ( Haliotis cracherodii katalógusa) és fehér abalone ( H katalógusa. sorenseni katalógusa ); Actinobacteria, Chloroflexi, Planctomyces és Verrucomicrobia tűnnek hiányzik mindkettő. Huang és munkatársai. [41] azt mutatják, hogy Mollicutes és δ-Proteobacteria uralják a belekben a kis abalone. Cardoso et al. [55] jelentést, amely Bacteroidetes és firmicutes uralják a bélben a csigák csiga, közönséges achátcsiga katalógusa. Firmicutes együtt Bacteroidetes, Proteobacteria és Actinobacteria uralják a belek más gerinctelen (pl talaj táplálkozó termeszek [56] és a csótányok [57]) és a gerincesek (pl növényevő tengeri halak [58]; amur, [31], [ ,,,0],59] és a főemlősök [60]), míg Mollicutes uralják a belek halat [30], [36]. Ezzel szemben, a Proteobacteria csak körülbelül 20% -a a bélben összetétele a osztriga ebben a tanulmányban, Chloroflexi, Planctomyces és Verrucomicrobia mindegyike viszonylag bőséges, és Actinobacteria, Bacteroidetes, firmicutes, és Mollicutes mindegyike hozzájárul körülbelül 10% vagy kevesebb (ábra. 1a 3. táblázat). katalógusa

Ezek a különbségek a kompozíció között gut rendszerek adódnak a többféle kölcsönhatásban változó, köztük gut építészet, emésztési fiziológia, az étrend és az, hogy milyen mértékben fogadja és microbiomes alakultak szimbiózisban [61 ] - [63].

• PLoS One: kannabinoid HU210 védi izolált patkány gyomor által okozott károkkal szemben szérum patkányok kísérleti akut hasnyálmirigy
• PLoS One: kitináz mRNS-szint kvantitatív PCR használata Single Standard DNS: Savas Emlős kitináz jelentős átirata az egér Gyomor