PLoS ONE: Analiza želudac i crijevo Microbiomes Istočnog Oyster (Crassostrea virginica) iz obalnog Louisiana, SAD

Sažetak pregled

Mi smo koristili visoku propusnost pyrosequencing okarakterizirati želuca i crijeva sadržaj microbiomes Crassostrea virginica pregled, Uskrs kamenica, dobiven od dva mjesta, jedno u BARATARIA Bay (HACKBERRY Bay) i a drugi u terrebonne Bay (jezero Caillou), Louisiana, USA. Želudac microbiomes u kamenicama iz HACKBERRY zaljevu su većinom dominiraju mollicutes najsrodniji Mycoplasma pregled; više bogatih zajednica dominiraju Planctomyctes dogodila u Lake Caillou kamenica želucima. Gut zajednice za kamenicama iz oba mjesta se razlikovao od želuca zajednica i gajili relativno raznolik udruženje od phylotypes. Phylotypes najsrodniji Shewanella Netlogu i Chloroflexi soja dominira jezero Caillou i HACKBERRY Bay crijevo mikrobne, respektivno. Iako su mnogi članovi želuca i crijeva microbiomes čini se da prijelazne ili oportunisti, pretpostavlja da jezgra microbiome je identificiran na temelju phylotypes koje su se dogodile u samo sve želuca ili crijeva uzoraka. Pretpostavljena jezgra želudac microbiome sastoji od 5 otus u 3 skupina životinja, dok je navodni jezgra gut microbiome sadržane 44 otus u 12 skupina životinja. Ovi rezultati zajedno otkrili nove mikrobne zajednice unutar kamenice probavnog sustava, funkcije kamenica microbiome su uglavnom nepoznati. Usporedba microbiomes iz Louisiane kamenica s bakterijskim zajednicama izloženima za drugih morskih beskralježnjaka i riba pokazuje da školjkaša microbiomes su sličniji jedni drugima nego microbiomes od mnogočetinaši, decapods i ribe pregled

Izvor:. Kralj GM, Judd C , Kuske CR, Smith C (2012) Analiza želudac i crijevo Microbiomes istočnog Oyster ( Crassostrea virginica pregled) iz obalnog Louisiana, SAD. PLoS ONE 7 (12): e51475. doi: 10,1371 /journal.pone.0051475 pregled

Urednik: Josh Neufeld, Sveučilište Waterloo, Kanada pregled

Primljeno: lipanj 8, 2012; Prihvaćeno: 5. studeni 2012; Objavljeno: 12. prosinca 2012 pregled

Ovo je otvorenog pristupa članak, slobodna od svih autorskih prava, a može slobodno reproducirati, distribuirati, prenositi, mijenjati, izgrađena na, ili na drugi način koristiti bilo tko za bilo koju zakonitu svrhu. Rad je dostupan pod licencijom Creative Commons CC0 javne domene predano

financiranja. Autori priznaju NSF nagrada OCE-1043126 i GoMRI-LSU sredstva za GK za potporu GK, CS i CJ. 454 Titanium sekvenciranja su osigurani u Los Alamos National Laboratory Laboratorij Usmjerena za istraživanje i razvoj Grant (LDRD) do Crk (20080464ER). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Istočna kamenica, Crassostrea virginica pregled, dobro je poznat po svojoj komercijalnu vrijednost i značaj kao "inženjer ekosustava" [1] - [3]. Volumeni su pisali o svojoj biologiji i ekologiji, uključujući i interakcija s bakterijama i drugim mikrobima. Velik dio te literature je naglasio bolesti [4], [5], a prisutnost ljudskih patogena, naročito Vibrio parahaemolyticus
i V
. vulnificus pregled [6] - [9]. Pregled

Mnoge studije su upućene drugim aspektima kamenica-bakterije interakcije. Cristispira pregled je identificiran kao simbiont povezana s kristalnom stilom, otkriven školjkaša i probavni struktura [10]. Stappia pregled (sada Labrenzia pregled) je izoliran iz C Netlogu. gigas pregled i C pregled. virginica pregled, a kasnije medjusobno kao antagonist za uzročnik maloljetničkog Oyster bolesti [11]. Kultura ovisne studije karakterizira Vibrio pregled i drugi rodovi povezan sa skupnim životinja i specifičnim tkivima [6] - [8], [12], [13] uključujući i identifikaciju "autohtonih" bakterija u C , gigas pregled haemolymph [14], [15]. Takve studije su također pokazale da je istočni Mediteran izlijevanja ulja nije utjecao kamenica povezane bakterije [16]. Kultura neovisan studije dokumentirale obrasce različitosti među različitim populacijama i tkiva, u usporedbi poribljavanje podigao i divlje životinje, te identificirati s-Proteobacterium, Arcobacter pregled, kao glavni suradnik na mikrobnu zajednicu čileanskog kamenica Tiostrea chiliensis pregled [17]. pregled

Unatoč patogena povezane i otisaka prstiju studija opisanih, i potencijalnu važnost bakterija za stjecanje kamenica nutrijentima, iznenađujuće malo informacija o tome koliki kamenica želucu i crijevima microbiome raznolikost. Iako su vrijednosti pH želuca i crijeva, tkiva su slične, i tranzitne čestica puta relativno kratko (oko 1-2 h) tijekom aktivnog hranjenja [18], nejasno je da li postoje karakteristične zajednice u sadržaju tih tkiva; jednako je neizvjesno kako microbiomes može varirati unutar populacije ili unutar populacije. Za rješavanje tih pitanja, dobili smo dva seta trostrukih životinja, jedan set svake od HACKBERRY zaljeva i jezera Caillou u obalnom Louisiana Tijekom ljeta 2010. Ove dvije geografski određena mjesta (BARATARIA Bay i terrebonne Bay, respektivno) predstavljaju gospodarski važnih izvora kamenica i iskustvo slični režimi saliniteta i varijabilnost [19]. Mi se odvojeno prikupljaju želudac i crijevo sadržaja, a sekvencionirao PCR-pojačani 16S rRNA gena pomoću pyrosequencing platformu (Roche Diagnostics 454 Titanium). Rezultati su pokazali značajnu razliku između želuca i crijeva microbiomes životinja od jedne stranice (Lake Caillou), ali je nešto manje diferencijacije za drugo mjesto (HACKBERRY Bay). Naime, mollicutes iznosio je > 80% svih bakterijskih sekvenci u želucu microbiomes jezera Caillou kamenicama, ali < 10% HACKBERRY Bay kamenica. Želudac otus uključivao aktinobakterije, Chloroflexi, firmicutes, Planctomycetes, Proteobacteria i Spartobacteria. Chloroflexi, mollicutes, Planctomycetes i Spartobacteria može sadržavati pretpostavljenu jezgre želuca microbiome, dok Chloroflexi, firmicutes, α-Proteobacteria i Verrucomicrobia mogu doprinijeti potencijalnog jezgra gut microbiome. Pregled

materijali i postupci

Uzorak Zbirka pregled

Kamenice su prikupljeni 4. kolovoza 2010. godine od HACKBERRY Bay, u maloj uvali susjedni BARATARIA Bay, Louisiana, USA. Ova stranica je nepromijenjen od ulja iz nafte Deepwater Horizon prosuti [20]. Trostruki kamenice su održani na ledu (< 6 h) za početnu obradu u Louisiani mora Grant Oyster valionici, Grand Isle, LA, SAD. Vanjske ventili su temeljito očistiti za uklanjanje površinskog radioaktivnog onečišćenja, a zatim pažljivo otvorio napuštanja životinja netaknut. Želudac sadržaj pojedinih životinja su uzorci pomoću 23-gauge igle i 1 cm ^{3 šprice, dajući oko 0,2 cm 3 of fluid, koji je prebačen u sterilnim 1,5 cm 3 epruvete. Gut sadržaji dobiveni su locirati crijeva pojedinih životinja, a zatim pažljivo ekstrudiranjem hindgut materijala iz anusa u sterilne 1,5 cm 3 epruvete. Želudac i crijevo sadržaj prevezeno na ledu u laboratorij na Državnom sveučilištu Louisiana (LSU), gdje DNA je izvađen pomoću MoBio POWERMAX ekstrakcije tla kit (MoBio Laboratories, Inc., Carlsbad, CA) prema uputama proizvođača, uz dodatak zamrzavanje (pri -80 ° C, 10 min) /otapanja (na 60 ° C, 5 min) ciklus ponovljen tri puta. Drugi set kamenica prikupljenih 1. rujna 2010. od Caillou Bay (Caillou jezero), Louisiana, SAD su obrađeni na sličan način s iznimkom da se životinje otpremaju na ledu na LSU laboratoriju prije uzorkovanja želudac i crijevo sadržaja. Ova stranica je također bio nepromijenjen od izlijevanja ulja Deepwater Horizon. dozvole uzorkovanja nisu bili potrebni za obje stranice. pregled}

DNK analiza pregled

DNA ekstrakti iz svih uzoraka umnožene PCR-om sa Platinum visoke vjernosti DNA polimeraze (Life Technologies Corp, La Jolla, CA) u 25 ul reakcije upotrebom standardnih protokola uz iznimku C temperature nastavkom 68 °, i prajmeri 515f i 806r modificirani barkodova i adaptera za sekvencioniranje pomoću Roche 454 pyrosequencing platformu s titan kemije [21]. Svaka reakcijska smjesa sadržavala je 11,5 ul vode, 2.5 ul 10X visokovjernog puferu (Life Technologies Corp, La Jolla, CA), 0,75 uL 100 mM dNTP, 1 jal MgSO _{4, 5 ul 0,5 mg ml ^{-1 BSA, 1.5 ul za svaku 515f i 806r primera, 0.2 ul visoko vjernu DNA polimeraze (Life Technologies Corp, La Jolla, CA) i 1 jal ekstrahira DNA. Reakcijske smjese denaturirali 3 min na 94 ° C, a zatim 26 ciklusa od 94 ° C za 1 minutu, 1 min na 54 ° C, i 2 min na 68 ° C, uz 10 minuta produženog stupnja na 68 ° C nakon ciklusi su bili potpuni. Trostruki reakcije za svaki uzorak se spajaju, a zatim se konačna smjesa je pripremljena za sekvencioniranje dodavanjem amplikona od svakog uzorka u jednakim mase. Pyrosequencing je provela u Los Alamos National Laboratory sekvenciranja objekta, što je rezultiralo u ukupno 237,842 RAW čita s prosječnom duljinom od 295 bp. Nizovi su dostavljeni MG-RAST poslužitelju kao 4501864.3-4501873.3 (http://metagenomics.anl.gov/linkin.cgi?project=1994). Pregled}}

Sequence Analysis

Sirova sekvenci s ocjenom kvalitete su obrađeni pomoću tri cjevovoda. Pangea [22] se koristi za usporedbu filogenetsku sastav uzoraka za koje otus su klasificirane pomoću MEGABLAST s referentnom bazom podataka koja sadrži 170,273 genske sekvence full-length 16S rRNA od bakterija i Archaea izolata. Sirova čita su ispitana pomoću zadanih vrijednosti (Prosječna ocjena kvalitete, 20, minimalne dužine 100 pb) [22]. Čita se binned temelju barkodova, koji su orezuju prije MEGABLAST. Sekvence su dodijeljene domene /red, razred /bi /obitelj i rod i vrsta razine, odnosno, koristeći sličnost granične vrijednosti od 0.8, 0.9, 0.95 i 0.99 za [22]. Nizovi nisu klasificirani prema MEGABLAST su grupirani u otus na temelju istih sličnosti pragova. Pangea je također stvorila drugu analizu u kojoj su svi uzorci se sastoji od jednakog broja glasi; ove normalizirane uzorak skupa podataka konstruira se pomoću sekvence nasumično odabranih bez zamjena iz izvorne prikazivan uzorka datoteke. Sastavi želuca i crijeva uzoraka uspoređene su glavne komponente analize nakon otklanjanja jedinke (sekvence zastupljena samo jednom u punom skup), a nakon uklanjanja cyanobacteria i eukariotskih sekvence (kloroplasta i mitohondrijske 16S rRNA iz algi stanica u želucu i crijevima). Od preostalih sekvenci utvrđenih na razini Koljeno ili niža, reprezentativni sekvence za otus čini ≥0.1% od ukupnog broja su kustos ručno MEGABLAST u GenBank. Bilo sekvence pogrešno identificirao Pangea su reklasificirani kako je nužno pregled

CloVR plinovod [23] je upotrijebljen sa zadane postavke (npr Prosječna ocjena kvalitete, 25, najmanja duljina, 100 bp). Stvoriti analize na taksonomske pripadnosti (tj, sastav uzorka) i slijed filogenija. U tu svrhu, CloVR koristi hibridni plinovod koji se sastoji od Mothur pod-rutina koje su razvrstane sekvence sa RDP bazu podataka, i QIIME pod-rutina za različite statističke analize. Nakon uklanjanja cyanobacteria i eukariotskih sekvence, otus razvrstan po CloVR koji obračunava za ≥0.1% od ukupnog preostalog čita podvrgnuti su ručno biranje kao gore. Usklađen reprezentativne slijedove za povjerljive, kustos otus su potom korišteni za analizu Brzo UniFrac (http://bmf2.colorado.edu/fastunifrac/) temelji se na drvo susjeda-pridruživanja kao ulaz. Pregled

Mothur naftovod [ ,,,0],24] se koristi sa strožim vrijednosti u odnosu na druge platforme za slijeda za podrezivanje (tj kreće se prozor za 50 bp s prosječnom ocjenom kvalitete 35; minimalne dužine, 100 bp). U "razvrstati" funkcija Mothur cjevovoda se koristi za identifikaciju sastav uzorka za otus predstavlja ≥0.1% od baze podataka nakon uklanjanja cyanobacteria i eukariotskih sekvence. Preostale sekvence su Kustosica kao gore. Ove uređene sekvence plus manje otus isključujući SINGL su korišteni za generiranje indeksa raznolikosti za uzoraka neovisne taksonomskih identifikacije (npr Shannon, inverzni Simpson-a i indeksa ravnosti). Pregled

Rezultati

predškolska obrada rutine tri cjevovoda zaposlenih u ovoj studiji je rezultiralo izrazito različite slijed brojeva za analizu (Tablica S1). Pangea dala je najveći pročitati broj (199,592), a Mothur dala najmanje (45.626). Nizovi najsrodniji cijanobakterija i eukariota (kloroplasta i mitohondrija 16S rRNA gena) dominira urediše skupove podataka (> 70%), bez obzira na njihovu veličinu (Tablica S1). Te sekvence su eliminirani iz daljnje analize. Singleton sekvence zastupljena sa 0,5% (CloVR) do 5,9% (Pangea) od skupova podataka nakon prethodne obrade; ove sekvence su također uklonjene kako bi se smanjili utjecaji sekvenciranja pogreške. Kimerna sekvence nisu identificirani u koju Pangea, ali čini se da predstavlja samo mali dio (< 0,2%). Ukupne sekvenciji (Tablica S1) na temelju rezultata iz CloVR i Mothur pregled

Nekoliko uzoraka pojavio dosljedno , Relativna brojnost otus kao postotak broja sekvence analiziranih pokazalo je da jezero Caillou kamenica želuca i crijeva microbiome sastavi se značajno razlikuju (Slika 1a;. Tablice 1, 2). Mali broj mollicutes otus dominiraju bivši, a Chloroflexi (uglavnom Caldilineae), firmicutes, γ-Proteobacteria i Verrucomicrobia (Spartobacteria) dominirala je kasnije. Sva tri cjevovodi su također pokazali razlike između HACKBERRY Bay kamenica želuca i crijeva microbiomes (Slika 1a;. Tablice 1, 2), ali razlike su manje izraženi nego za Lake Caillou kamenica. Razlike među HACKBERRY Bay želuca i crijeva microbiomes rezultiralo prvenstveno iz skromne promjene u više loza (npr Chloroflexi, firmicutes, α-Proteobacteria, δ-Proteobacteria, Planctomycetes i Spartobacteria). Osim toga, svaka od cjevovoda otkrila jasne razlike između microbiomes dviju populacija iz HACKBERRY zaljeva i jezera Caillou. Najistaknutiji razlika pojavila se između dva seta želuca microbiomes, s nešto manje diferencijacije između crijeva microbiomes (sl. 1a, tablicama 1, 2). Pregled

Unatoč mnogim sličnostima, Pangea, CloVR i Mothur izlaz razlikuju u bitnim aspektima. U odnosu na CloVR i Mothur, Pangea identificirati manje Proteobacteria, mollicutes i Verrucomicrobia u HACKBERRY Bay kamenica želuca microbiomes, a manje aktinobakterije, Chloroflexi, Planctomycetes i Verrucomicrobia u crijevnom microbiomes. Pangea također dosljedno zabilježen veći postotak "nerazvrstanih" sekvenci gore nego CloVR ili Mothur; Pangea nisu identificirali 60% HACKBERRY Bay kamenica želuca sekvenci iznad razine domene (Tablice 1, 2). Pregled

Razlike su također uočene u taksonomskih usmjerenje od najzastupljenijih otus (Tablica 3.). Pangea, CloVR i Mothur svih prijavljenih Planctomycetes kao jedan od dva jednako najzastupljenijih otus u HACKBERRY Bay kamenica želuca microbiomes, ali posebni usmjerenje unutar Planctomycetes razlikovala. U usmjerenje drugog Otu razlikovale, uključujući firmicutes (Pangea), Spartobacteria (CloVR) i mollicutes (Mothur). Osim toga, Pangea izvijestio slijed u svezi s Mycoplasma mobilni pregled kao najviše obilnom Otu za HACKBERRY Bay kamenica crijeva microbiomes, dok su ostali cjevovodi izvijestio pritisak Chloroflexi (Tablica 3). Za razliku od toga, tri cjevovodi pokazali mnogo bliži sporazum o uzorcima jezero Caillou: sve je utvrdio da OTU usko povezani s M Netlogu. mobilni pregled je najobilniji u želucu microbiomes, te OTU usko povezan s Shewanella pregled sp. je najobilniji u crijevnom microbiomes. Njih dvoje Shewanella pregled izolata prijavio, Mola 59 (Pangea) i THt8-1 (CloVR i Mothur), bili su identični tijekom položajima nukleotida analiziranim. Međutim, Shewanella pregled sp. THt8-1 i Shewanella pregled sp. Mola 59 su izolirani od zemaljskih biljaka i morskih izvora, odnosno. Pregled

Analiza sastava (skupina životinja i klasa) od 284 klasificirani otus (Sl. 1b) otkrila uzorke koji razišli nešto od onih na temelju relativnog obilja skupina životinja i klase među svim sekvencama (sl. 1a). Prvo, razlika između želuca i crijeva microbiomes unutar stranice i preko web stranice na temelju Otu sastavu bili su manje izraženi nego na temelju frekvencije pojavljivanja (sl. 1a vs 1b). To je vidljivo na glavni (npr Chloroflexi, firmicutes, γ-Proteobacteria, δ-Proteobacteria i Planctomyces) i maloljetnika (npr Archaea, β-Proteobacteria i Spartobacteria) doprinose Otu sastava (Sl. 1b). Drugo, postotak doprinos nekih skupina životinja i klasa do povjerljivih otus bitno je zastupljene u odnosu na njihovu brojnost u slijedu skupu podataka, dok su ostali skupina životinja, a nastava značajno su zastupljene (sl. 1a, b). Mollicutes su jako zastupljene u HACKBERRY zaljeva i jezera Caillou želuca microbiomes, ali podzastupljene u crijevnom microbiomes. Chloroflexi i Planctomyces također bile zastupljene u Lake Caillou kamenica crijevima i HACKBERRY Bay kamenica želuca i crijeva microbiomes, dok α- i β-Proteobacteria su zastupljene u svim microbiomes (sl. 1a, b). Pregled

Analogna obrazac uočeno kada je filogenetski sastav svih otus koja se dogodila u skupljenim HACKBERRY Bay i jezero Caillou želuca microbiomes je u usporedbi sa sastavom otus koja se dogodila ili su dijeljeni (SHR-s) preko oba mjesta. Konkretno, Chloroflexi, mollicutes, Planctomyces i Spartobacteria bile zastupljene među SHR-S otus (Sl. 2). Slično tome, usporedba otus javljaju u skupljenim HACKBERRY Bay i jezero Caillou crijeva microbiomes sa zajedničkom crijevima otus (SHR-G) pokazala je da Chloroflexi, firmicutes, α-Proteobacteria, Planctomyces i Verrucomicrobia bile zastupljene (sl. 2). Broj SHR-S otus (44) bio je mnogo manji od broja SHR-G otus (112), od kojih je potonji činili gotovo 40% svih razvrstane otus, a još veći postotak onih u crijevima microbiomes (Tablica 4). pregled

otus koja se dogodila jedinstveno u želucu ili probavnom microbiomes oba HACKBERRY zaljeva i jezera Caillou kamenica populacije (SHRU-S, SHRU-G) predstavljen još jedan poseban pod-skupine. SHRU-S microbiome predstavljao je samo 5 od 44 SHR-S otus u samo 3 skupina životinja /klase, i iznosio samo 2,1% od 284 ukupnih otus utvrđeni u kolektivnom želuca i crijeva microbiomes (Tablica 4). Nasuprot tome, SHRU-G microbiome zastupala je 44 od 112 SHR-G otus je u 12 skupina životinja /razreda, a iznosio je 15,5% svih identificiranih otus (Tablica 4). Sastav SHR-S i SHRU-S microbiome otus značajno razlikovale, dok su razlike između SHR-G i SHRU-G microbiomes su ograničeni na manje skupina životinja i klasa (sl. 2). Pregled

Osim varijabilnosti između želuca i crijeva filogenetskom sastavu, microbiomes varirao između ponovljenih kamenicama iz svake stranice. Neko je skupina životinja i klasa, relativna brojnost bila je slična među ponavljanja, i varijabilnost (izraženo kao standardna pogreška srednje vrijednosti) je sličan za svaku od tri cjevovoda (vidi na primjer mollicutes i a-Proteobacteria u želucu i probavnom sustavu microbiomes, odnosno; tablica 1, 2). Međutim, u mnogim slučajevima replicira varirao značajno, a stupanj varijabilnosti razlikovala među cjevovoda. Mollicutes u HACKBERRY Bay crijevo microbiome, na primjer, promatrana su u samo jednom od tri ponavljanja po CloVR i Mothur, a bili su nerazmjerno mnogo u jednoj identične prema Pangea (tablica 2). Pregled

Varijabilnost među ponavljanja bio zarobljen analizom klastera (Sl. 3) i analize glavnih komponenata (PCA) rezultata CloVR koriste UniFrac udaljenosti (Sl. 4a, b), a također i PCA relativnih brojnost tajnih otus (sl. S1). Rezultati analize klaster koristeći ponderirani UniFrac podatak pokazao da je jezero Caillou želudac replicira i HACKBERRY Bay gut replicira svaki čini različite klastere, te da su pojedini ponavljanja bili relativno blizu u daljini. Preostale želudac i crijevo uzorci bili su mnogo manje koherentan, uz ponavljanja riješiti na veće udaljenosti. Neponderirani UniFrac PCA je pokazao da jezero Caillou crijevo microbiomes grupirani zajedno na osi jedan i dva, ali da replicira na druge microbiomes su mnogo više raspršeno, iako su razlike između web-mjesta i između crijeva i želuca ostao očigledno (Sl. 4a). Opterećena UniFrac PCA, koji smatra relativne brojnost otus, pokazalo je da jezero Caillou želuca i HACKBERRY Bay gut replicira svaki formirana relativno uske klastera na obje osi, dok ponavljanja za ostale microbiomes su raspršeni (Sl. 4b). Dva želuca microbiomes ostao dobro odvojen na PCA osi 1, ali crijevima microbiomes grupirani zajedno (Sl. 4b). Pregled

Rasprava pregled

U nastavku donosimo prve detaljne analize Crassostrea virginica pregled želuca i crijeva microbiome sastava. Veličina uzorka (trojnici životinje za dva mjesta) i jednog vrijeme uzimanja uzoraka granica ekstrapolacija rezultata, ali pružaju brojne nove spoznaje. Prethodne studije su naglasili obradiva članovi crijeva zajednice, cijela životinja, patogeni (ljudske i kamenica), ili određene grupe koje bi mogle pridonijeti probavu, npr, Cristispira pregled [5], [8] - [11] , [13], [25]. pristupi Uzgoj bez otkrila Arcobacter pregled (ε-Proteobacteria) kao glavni suradnik na mikrobne zajednice u cjelini čileanskim kamenica, Tiostrea chilensis pregled, ali specifična udruge cijeli tkiva nisu prijavljena [17 ]. Hernádez-Zárate i Olmos-Soto [26] su koristili grupu specifičnih FISH i PCR za identifikaciju bakterija u C Netlogu. gigas
tkiva, ali oni nisu slijed PCR umnošci ili prijaviti relativne zastupljenosti pojedinih filogenetskih skupina. Nedavno, PCR i DGGE proučavanje C Netlogu. virginica pregled je izvijestio prostorne i sezonske razlike čitavih životinjskih microbiomes za dvije populacije iz Maine (SAD), a filogenetski sastav još nisu procijenjeni kvalitativno ili kvantitativno [27], niti su varijacije između pojedinih životinja su opisani.

Djelomična sekvenci 16S rRNA gena koji potječu od visoke propusnosti pyrosequencing koji se koristi u ovom istraživanju pokazuju razlike u kamenica microbiome sastava na nekoliko razina, iako su neki od detalja iz sastava varirati sa cjevovodom odabrali za analizu sekvencija (npr Tablice 1 i 2). Pogledajte Potpora Informacije S1 za daljnju raspravu o tim razlikama, koje ne utječu na obrasce razlike između želuca i crijeva microbiomes ili varijacija između stranica. Pregled

Sve u svemu, rezultati pokazuju znatne razlike između želuca i crijeva microbiomes, a između želudac microbiomes životinja iz HACKBERRY zaljeva i jezera Caillou (npr Slika 1a, b i 2;. Tablice 1, 2). Osim toga, pripravci microbiome pojedinih identičnih životinja razlikovati (sl. 3, 4). Varijacije između želuca i crijeva microbiomes vjerojatno odražavaju detalje probavnog sustava, ali razlika između stranice i među ponavljanja sugeriraju da microbiome sastav mogao odgovoriti na lokalnim čimbenicima, a možda i genetskim razlikama među pojedincima. Analogno varijabilnost je prijavljen i za druge životinje [28], [29]. Pregled

Oyster Želudac Microbiome pregled

Na temelju učestalosti Otu pojave, želudac microbiome kamenica iz Louisiane mogu postojati u najmanje dvije države. Mollicutes najsrodniji Mycoplasma pregled većinom dominiraju klasificirane sekvence (> 80%) stanje koje predstavlja jezero Caillou kamenica (Slika 1a;. Tablice 1, 3). Niti jedna druga klasa sudjeluje sa više od oko 2%. Planctomycetes dominirati (23% -33%) alternativni državnom onom HACKBERRY Bay kamenica (Slika 1a;. Tablice 1, 3) - ali i nekoliko drugih skupina također se javljaju u želucima tih kamenica u skromnim brojnost, npr Chloroflexi (8 %), firmicutes (9% -11), mollicutes (5% -9%) Proteobacteria (5% -12%), te Verrucomicrobia (3% -14%). Osim toga, dvije na sličan način u izobilju otus koji pripadaju različitim skupina životinja (Planctomyces i bilo firmicutes, Tenericutes ili Verrucomicrobia) dominiraju HACKBERRY Bay kamenica želuci na razini vrste (evolucijski udaljenost = 0.03; Tablica 3). Udio tajnih otus otpada na razne skupina životinja i klasa je također u skladu s dva različita stanja za želudac microbiome (sl. 2), iako su razlike manje izražene za to metrički nego za procjenu frekvencije na bazi sastava. UniFrac PCA (ponderirani i neponderirani) i klaster analize pružaju dodatnu potporu za koncept "dvije države" (sl. 3, 4). Pregled

fiziološki i ekološki značaj tih kamenica želuca microbiomes je neizvjesna. Dominacija by mollicutes ili Planctomycetes je nešto neobično u odnosu na druge microbiomes [28], [30] - [32], iako mollicutes pojavljuju u izobilju u probavne žlijezde Sydney Rock Oyster ( Saccostrea glomerata pregled) iu crijevo za petrovo uho, Haliotis diskus hannai pregled [33], [34]. Mollicutes također zabilježene u kamenica gut vrčastih stanica na temelju mikroskopske dokaze [25], i dokumentiran za druge beskralježnjaka i riba crijeva by kultura temelji i molekularne ekološke metode [30], [35] - [42]. Inače relativno malo se zna o njihovim udrugama s beskralježnjaka probavnog sustava. Doista, ekološke uloge mollicutes više općenito i dalje neizvjesna, s nekim izvješćima patogenezi u odabranim riba i beskralješnjaka [43] -. [46], ali i drugi izvještaji koji ukazuju na neku vrstu komenzalizam [30], [39] pregled

do sada, genomska dokaz nudi nekoliko uvide, od genetske repertoar Mycoplasma mobilni pregled, svojta najuže povezana s kamenica otus, ograničen u svom opsegu [47]. M pregled. mobilni
congenerics u kamenica želuca možda jednostavno razmnožavaju pomoću supstrata proizvedenu od strane domaćina ili druge mikrobe tijekom probave; slični prijedlozi su napravljene na računu za mollicutes udruga s hladnom vodom koralji [39]. Ipak, mogućnost da mollicutes mogu doprinijeti u simbiozi sa svojim domaćinima ne može se odbaciti. Pregled

Uloga Planctomyces u probavnom sustavu je neizvjesna. Iako su ekološki značajna članovi morskog bakterioplankton, funkcionalno raznolika i povezane s algama, beskralješnjaka i kralješnjaka [48], [49], oni se obično javljaju na relativno niskim zastupljenosti u probavnom microbiomes (< oko 5%) [30] - [32]. Međutim, rezultati ovog istraživanja ukazuju na to da nepoznati uvjeti u HACKBERRY Bay kamenica želudac korist Planctomycete proliferacije (Tablica 1). Pregled

To je primamljiva da nagađati ovdje, kao i drugi imaju na drugom mjestu [50], da Pirellula pregled nalik članovi kamenica microbiome iskorištavati sulfatnog algi polisaharide za rast, budući da brojni geni navodno kodiraju sulfohydrolase enzima uočene su u Rhodopirellula Baltica
genoma [51], a od sulfatirani polisaharidi mogu biti obično proguta oštrige kao posljedica potrošnje fitoplanktona. Mogućnost korištenja sulfatnog polisaharide čime će dati objašnjenje za Planctomycete izobilju. Nažalost, filogenetskom odnosi među R Netlogu. Baltica pregled i planctomycete otus identificirani u ovom istraživanju nisu dovoljni kako bi podržao takve zaključke. Ipak, sve Blastopirellula pregled, Pirellula pregled i Rhodopirellula pregled izolata karakterizira do sada koristiti široki spektar jednostavnih nesulfatirani šećera [48], [49], [ ,,,0],52], barem neki od kojih su vjerojatno da će se pojaviti u kamenica probavnog trakta, kao alga biomasa hidrolizira. pregled

Oyster Gut Microbiome pregled

kamenica gut microbiome krije više speciose ili OTU-bogat zajednice nego što je to u želucu microbiome na temelju promatranih vrsta (S _{OBS) i ACE i Chao1 raznolikosti procjenitelja (Tablica 5). Ovi indeksi također pokazuju da želuci i crijeva jezera Caillou kamenica luka manje otus nego HACKBERRY Bay kamenica. Dakle, OTU bogatstvo varira između kamenica tkiva (na primjer, želuca i crijeva) što je dobro dokumentirano u ljudskom microbiome [53], ali se čini da se razlikuju među stanovništvom. Izvor varijacije u bogatstvu među bukovače populacija je nepoznat.}

Varijacije u bogatstvu bez obzira, gut microbiome nije nužno različitiji od želuca microbiome na temelju Shannon i obrnuto Simpson indeksa i za procjenu ujednačenosti, od kojih je svaki slični su za jezero Caillou crijeva microbiome i dva HACKBERRY Bay microbiomes (Tablica 5). Ova sličnost pokazuje da u nekim slučajevima struktura kamenica microbiome raznolikosti (bogatstvu i ravnost) je neovisno o probavnog sustava i phylotype sastava. S druge strane, svi indeksi raznolikosti za Lake Caillou želuca microbiome su znatno niži nego za HACKBERRY Bay želucima i niža nego za oba crijeva microbiomes kao dobro. To se može pripisati dominaciji u jezeru Caillou kamenica želucima mollicutes otus (npr Tablica 5 i sl. 1a). Pregled

Sastav crijeva microbiomes iz Louisiane kamenica razlikuje se od ostalih mekušaca i od onog drugi morski i ne-morske životinje (Sl. 5). Gruenthal [54] pokazalo je da Proteobacteria dominirati (> 80%) crijevima microbiomes of California crna ( Haliotis cracherodii pregled) i bijelog puzlatka ( H pregled sorenseni pregled. ); Aktinobakterije, Chloroflexi, Planctomyces i Verrucomicrobia čini se da su odsutni iz oba. Huang et al. [41] pokazuju da mollicutes i δ-Proteobacteria dominiraju crijeva tankog petrovo uho. Cardoso et al. [55] Izvješće koje Bacteroidetes i firmicutes dominiraju crijevo od gastropod puž, Achatina Fulica pregled. Firmicutes uz Bacteroidetes, Proteobacteria i aktinobakterije dominiraju hrabrosti drugih beskralješnjaka (npr, termiti u tlu hrani [56] i žohara [57]) i kralješnjaka (primjerice, biljojeda morskih riba [58]; amur, [31], [ ,,,0],59] i primata [60]), dok mollicutes dominiraju hrabrosti neke ribe [30], [36]. Za razliku od toga, Proteobacteria čine samo oko 20% crijevne sastavu kamenica u ovoj studiji, Chloroflexi, Planctomyces i Verrucomicrobia svaki relativno velike, a aktinobakterije, Bacteroidetes, firmicutes i mollicutes svaki doprinos oko 10% ili manje (Sl. 1a;. Tablica 3) pregled

te razlike u sastavu među probavnom sustavu nastaju od posljedica višestrukih međusobno varijabli, uključujući crijeva arhitekture, probavnog fiziologije, načina prehrane i mjeri u kojoj se nalaze i microbiomes su se razvili u simbiozi [61 ] - [63].

• PLoS ONE: kanabinoidom HU210 Štiti izoliranim štakorskim želuca protiv Umanjenje nastalu uslijed serumu štakora s eksperimentalnim akutne Pancreatitis
• PLoS ONE: Razine chitinase mRNA pomoću kvantitativne PCR korištenjem jednog standardnog DNK: Kiseli sisavaca chitinase je glavni Transkript u miša Stomach