Ny programvara hjälper till att bedöma driftskompatibilitet och återanvändbarhet av biomedicinska digitala forskningsobjekt

Mount Sinais utredare, tillsammans med ett internationellt konsortium av kollegor, har utvecklat en ny verktygslåda för att låta forskare bedöma hur enkelt de digitala objekten de genererar till följd av sina forskningsprojekt kan användas av andra forskargrupper.

Resultaten, rapporterade idag i Cellsystem, gälla digitala objekt inklusive datauppsättningar, programvara, källkod, och andra produkter som forskare utvecklar som kan vara användbara för forskarsamhället.

Målet är att uppgradera hur vi hanterar data inom biomedicinsk forskning, dela och återanvända data från dessa projekt för att maximera värdet. Medan finansiärer, forskare, och andra intressenter insåg att vi måste göra ett bättre jobb med datahantering inom biomedicinsk forskning, vägen mot att göra det var inte klar. "

Avi Ma'ayan, Doktorsexamen

Ma'ayan är direktör för Mount Sinai Center for Bioinformatics, och seniorforskare på studien.

Teamet hoppas att när biomedicinska forskare tillämpar verktygslådan för att utvärdera sitt arbete, de blir mer medvetna om enkla steg de kan vidta för att förbättra användbarheten för sina digitala objekt.

Under 2017 och 2018 finansierade National Institutes of Health (NIH) NIH Data Commons Pilot Phase Consortium, som arbetade med att hitta sätt att förbättra delningen av digitala forskningsobjekt genom en molnbaserad miljö.

För att implementera en sådan virtuell miljö, forskare behövde utveckla standarder och en plattform för att hjälpa forskare att hålla sig till FAIR (hittar, tillgänglig, driftskompatibel, och återanvändbara) riktlinjer som tidigare fastställts av medlemmar i konsortiet.

Först, laget utvecklade mätvärden och rubriker för att bedöma rättvisa, men insåg att dessa mätvärden och rubriker kanske inte gäller lika för alla forskningsområden. Så de skapade verktygslådan, kallas FAIRshake, vilket gör det möjligt för dem som skapar digitala objekt inte bara att bedöma sin rättvisa utan också för att utveckla nya standarder för att definiera och utvärdera RÄTTIGHET.

Således, forskarna konstaterade att "FAIRshake möjliggör samexistens av flera mätvärden och rubriker, gör det möjligt för samhället att utveckla standarder mer demokratiskt. "

Dr Ma'ayan betonar att forskning inte behöver vara öppen för att vara rättvis. "Det kräver bara att människor ger en tydlig licens för hur andra ska använda sina uppgifter, " han sa.

Verktygslådan för FAIRshake innehåller både manuella och automatiserade verktyg för bedömning av FAIRness, som ställer frågor som, "Har det digitala objektet maskinläsbara metadata?" Verktygslådan har testats under det senaste året på tusentals digitala objekt och teamet har lagt ut självstudier på Youtube om hur man använder FAIRshake.

Medan Dr Ma'ayan säger att det har skett en "naturlig förbättring av tillgängligheten och antagandet av dessa standarder även utan någon påtryckning från oss eller från NIH, "Han förklarar också att laget blev överraskad av några av de trender de märkte när de utförde utvärderingar med verktygssatsen.

Han sa att få forskare implementerade applikationsprogrammeringsgränssnitt (API:er)-; programvara som tillåter olika datorprogram att kommunicera-; som är "kritiska för att föra samman data." Forskare misslyckades ofta med att tillhandahålla licenser för att berätta för andra forskare hur man får tillstånd att använda data.

I takt med att forskningsprodukter blir mer rättvisa, forskare kommer att kunna knyta kontakter och bygga saker som inte var möjliga innan de använde verktyg som maskininlärning för att "omvandla hur vi återanvänder data, säger doktor Ma'ayan.

• Mount Sinai är värd för den fjärde årliga forskargalan för prostatacancer
• NTU -studie:Mikroorganismer visar en exakt daglig rytm i tropisk luft