Новое программное обеспечение помогает оценить функциональную совместимость и возможность повторного использования биомедицинских цифровых исследовательских объектов.

Исследователи горы Синай, вместе с международным консорциумом коллег, разработали новый набор инструментов, позволяющий ученым оценить, насколько легко цифровые объекты, созданные в результате их исследовательских проектов, могут быть использованы другими исследовательскими группами.

Находки, сообщил сегодня в Сотовые системы, применяются к цифровым объектам, включая наборы данных, программное обеспечение, исходный код, и другие продукты, разрабатываемые учеными, которые могут быть полезны исследовательскому сообществу.

<цитата>

Цель состоит в том, чтобы усовершенствовать способ управления данными в биомедицинских исследованиях; обмен и повторное использование данных из этих проектов для максимального извлечения выгоды. Пока спонсоры, исследователи, и другие заинтересованные стороны признали, что нам нужно лучше работать с управлением данными в биомедицинских исследованиях, путь к этому не был ясен ".

Ави Мааян, кандидат наук

Мааян - директор Центра биоинформатики на горе Синай, и старший научный сотрудник по исследованию.

Команда надеется, что, поскольку биомедицинские исследователи применяют набор инструментов для оценки своей работы, они узнают о простых шагах, которые они могут предпринять, чтобы повысить удобство использования своих цифровых объектов.

В 2017 и 2018 годах Национальные институты здравоохранения (NIH) финансировали Консорциум пилотной фазы NIH Data Commons, который работал над поиском способов улучшить совместное использование цифровых исследовательских объектов через облачную среду.

Чтобы реализовать такую ​​виртуальную среду, исследователям необходимо было разработать стандарты и платформу, чтобы помочь ученым придерживаться FAIR (найти, доступный, совместимость, и многоразового использования), которые были ранее установлены членами консорциума.

Первый, команда разработала метрики и рубрики для оценки СПРАВЕДЛИВОСТИ, но признал, что эти показатели и рубрики могут не применяться одинаково ко всем областям исследования. Итак, они создали набор инструментов, называется FAIRshake, который позволяет тем, кто создает цифровые объекты, не только оценивать их СПРАВЕДЛИВОСТЬ, но и разрабатывать новые стандарты для определения и оценки СПРАВЕДЛИВОСТИ.

Таким образом, исследователи заявили, что «FAIRshake допускает сосуществование нескольких показателей и рубрик, позволяя сообществу разрабатывать стандарты более демократично ».

Доктор Мааян подчеркивает, что исследование не обязательно должно быть открытым, чтобы быть ЧЕСТНЫМ. "Это просто требует, чтобы люди предоставили четкую лицензию на то, как другие должны использовать их данные, " он сказал.

Набор инструментов FAIRshake включает как ручные, так и автоматизированные инструменты для оценки СПРАВЕДЛИВОСТИ, которые задают такие вопросы, как, «Есть ли у цифрового объекта машиночитаемые метаданные?» Набор инструментов был протестирован за последний год на тысячах цифровых объектов, и команда разместила на Youtube учебные пособия по использованию FAIRshake.

Хотя д-р Мааян говорит, что произошло «естественное улучшение доступности и принятия этих стандартов даже без какого-либо давления со стороны нас или NIH, «он также объясняет, что команда была удивлена ​​некоторыми тенденциями, которые они заметили при выполнении оценок с помощью этого инструментария.

Он сказал, что немногие исследователи реализовали интерфейсы прикладного программирования (API) - программное обеспечение, которое позволяет различным компьютерным программам взаимодействовать, - которые «имеют решающее значение для объединения данных». Исследователи также часто не предоставляли лицензии, чтобы рассказывать другим ученым, как получить разрешение на использование данных.

Поскольку исследовательские продукты становятся более ЧЕСТНЫМИ, ученые смогут устанавливать связи и создавать вещи, которые раньше были невозможны с помощью таких инструментов, как машинное обучение, чтобы «преобразовать способ повторного использования данных, "говорит д-р Мааян.

• На горе Синай проходит четвертый ежегодный гала-концерт по исследованию рака простаты
• Исследование NTU:микроорганизмы демонстрируют точный суточный ритм в тропическом воздухе