Novi softver pomaže u procjeni interoperabilnosti i ponovne upotrebe biomedicinskih digitalnih istraživačkih objekata

Cilj je nadograditi način na koji upravljamo podacima u biomedicinskim istraživanjima, razmjenjivati ​​i ponovno koristiti podatke iz ovih projekata kako bi se maksimalno izvukla vrijednost. Dok su finansijeri, istraživači, i drugi dionici prepoznali su da moramo bolje raditi s upravljanjem podacima u biomedicinskim istraživanjima, put do toga nije bio jasan. "

Avi Ma'ayan, Dr. Sc

Ma'ayan je direktor Centra za bioinformatiku Mount Sinai, i viši istraživač na studiju.

Tim se nada da će, kao biomedicinski istraživači, primijeniti skup alata za procjenu svog rada, postat će svjesniji jednostavnih koraka koje mogu poduzeti kako bi poboljšali upotrebljivost svojih digitalnih objekata.

2017. i 2018. Nacionalni instituti za zdravlje (NIH) financirali su konzorcij pilot -faze NIH Data Commons, koji su radili na pronalaženju načina za poboljšanje dijeljenja digitalnih istraživačkih objekata kroz okruženje temeljeno na oblaku.

Za implementaciju takvog virtualnog okruženja, istraživači su trebali razviti standarde i platformu koja će pomoći znanstvenicima da se pridržavaju FAIR -a (mogu se pronaći, pristupačan, interoperabilna, i smjernice za višekratnu uporabu) koje su prethodno utvrdili članovi konzorcija.

Prvi, tim je razvio metriku i rubriku za procjenu POŠTENOSTI, ali je uvidio da se ti mjerni podaci i rubrike ne mogu jednako primjenjivati ​​na sve domene istraživanja. Tako su stvorili okvir s alatima, pod nazivom FAIRshake, što omogućuje onima koji stvaraju digitalne objekte ne samo da procijene svoju POŠTENOST, već i razviju nove standarde za definiranje i vrednovanje POŠTENOSTI.

Tako, istraživači su izjavili da "FAIRshake dopušta koegzistenciju više metrika i rubrika, omogućujući zajednici demokratskiji razvoj standarda. "

Dr. Ma'ayan naglašava da istraživanje ne mora biti otvorenog pristupa da bi bilo POŠTENO. "Od ljudi se samo traži da daju jasnu licencu o tome kako bi drugi trebali koristiti njihove podatke, " On je rekao.

Okvir alata FAIRshake uključuje ručne i automatizirane alate za procjenu poštenosti, koja postavljaju pitanja poput, "Ima li digitalni objekt strojno čitljive metapodatke?" Skup alata testiran je u posljednjih godinu dana na tisućama digitalnih objekata, a tim je na Youtube postavio upute o tome kako koristiti FAIRshake.

Dok dr. Ma'ayan kaže da je došlo do "prirodnog poboljšanja pristupačnosti i usvajanja tih standarda čak i bez ikakvog napora od nas ili iz NIH -a, "On također objašnjava da je tim bio iznenađen nekim trendovima koje su primijetili prilikom obavljanja procjena pomoću alata.

Rekao je da je nekoliko istraživača implementiralo aplikacijska programska sučelja (API)-softver koji omogućuje komunikaciju različitim računalnim programima-koji su "ključni za okupljanje podataka". Istraživači također često nisu davali licence kako bi drugim znanstvenicima rekli kako dobiti dozvolu za korištenje podataka.

Kako istraživački proizvodi postaju sve POŠTENIJI, znanstvenici će moći uspostaviti veze i izgraditi stvari koje nisu bile moguće prije korištenja alata poput strojnog učenja za „promjenu načina na koji ponovno koristimo podatke, “kaže dr. Ma'ayan.

• Planina Sinaj domaćin je četvrte godišnje svečane svečanosti o istraživanju raka prostate
• NTU studija:Mikroorganizmi pokazuju precizan dnevni ritam u tropskom zraku