Nauja programinė įranga padeda įvertinti biomedicinos skaitmeninių tyrimų objektų sąveiką ir pakartotinį naudojimą

Tikslas yra atnaujinti biomedicininių tyrimų duomenų tvarkymo būdą; dalintis ir pakartotinai naudoti šių projektų duomenis, kad būtų maksimaliai išgauta vertė. Nors finansuotojai, tyrinėtojai, ir kitos suinteresuotosios šalys pripažino, kad turime geriau atlikti biomedicininių tyrimų duomenų valdymą, kelias į tai nebuvo aiškus “.

Avi Maayan, Daktaras

Maayanas yra Sinajaus kalno bioinformatikos centro direktorius, ir vyresnysis tyrėjas.

Komanda tikisi, kad, kaip biomedicinos tyrinėtojai, pritaikys priemonių rinkinį savo darbui įvertinti, jie geriau supras paprastus veiksmus, kurių gali imtis, kad pagerintų savo skaitmeninių objektų naudojimą.

2017 ir 2018 m. Nacionaliniai sveikatos institutai (NIH) finansavo „NIH Data Commons“ bandomojo etapo konsorciumą, kuri padėjo rasti būdų, kaip padėti pagerinti dalijimąsi skaitmeniniais tyrimų objektais debesų aplinkoje.

Norėdami įdiegti tokią virtualią aplinką, tyrėjams reikėjo sukurti standartus ir platformą, kuri padėtų mokslininkams laikytis FAIR (galima rasti, prieinama, sąveikaujanti, ir daugkartinio naudojimo) gaires, kurias anksčiau nustatė konsorciumo nariai.

Pirmas, komanda sukūrė metriką ir rubrikas, kad įvertintų Sąžiningumą, tačiau pripažino, kad ši metrika ir rubrika gali būti nevienodai taikomos visoms tyrimų sritims. Taigi jie sukūrė įrankių rinkinį, vadinamas FAIRshake, Tai leidžia tiems, kurie kuria skaitmeninius objektus, ne tik įvertinti jų Sąžiningumą, bet ir sukurti naujus sąžiningumo apibrėžimo ir vertinimo standartus.

Taigi, tyrėjai teigė, kad „„ FAIRshake “leidžia sugyventi kelioms metrikoms ir rubrikoms, leidžia bendruomenei demokratiškiau kurti standartus “.

Dr Ma'ayan pabrėžia, kad norint būti sąžiningu, moksliniai tyrimai neturi būti atviros prieigos. „Tiesiog reikalaujama, kad žmonės pateiktų aiškią licenciją, kaip kiti turėtų naudoti jų duomenis, " jis pasakė.

„FAIRshake“ įrankių rinkinį sudaro rankiniai ir automatiniai įrankiai, skirti įvertinti sąžiningumą, kurie užduoda tokius klausimus kaip "Ar skaitmeninis objektas turi mašininio nuskaitymo metaduomenis?" Įrankių rinkinys per pastaruosius metus buvo išbandytas su tūkstančiais skaitmeninių objektų, o komanda paskelbė „Youtube“ pamokas, kaip naudotis „FAIRshake“.

Nors daktaras Ma'ayanas sako, kad „natūraliai pagerėjo prieinamumas ir buvo priimti šie standartai, net nespaudžiant mūsų ar NIH, „Jis taip pat paaiškina, kad komandą nustebino kai kurios tendencijos, kurias jie pastebėjo atlikdami vertinimus naudodami priemonių rinkinį.

Jis sakė, kad nedaugelis mokslininkų įdiegė programų programavimo sąsajas (API)-programinę įrangą, leidžiančią bendrauti skirtingoms kompiuterių programoms-, kurios yra „labai svarbios norint sujungti duomenis“. Tyrėjai taip pat dažnai nepateikė licencijų, kad kitiems mokslininkams nurodytų, kaip gauti leidimą naudoti duomenis.

Kadangi tyrimų produktai tampa sąžiningi, mokslininkai galės užmegzti ryšius ir kurti tai, ko nebuvo įmanoma, prieš naudodami tokias priemones kaip mašininis mokymasis, kad „pakeistų tai, kaip mes pakartotinai naudojame duomenis, “ - sako daktaras Maayanas.

• Sinajaus kalne vyksta ketvirtoji kasmetinė prostatos vėžio tyrimų šventė
• NTU tyrimas:Mikroorganizmai rodo tikslų dienos ritmą atogrąžų ore