Nei Software hëlleft d'Interoperabilitéit an d'Wiederverwendbarkeet vu biomedizineschen digitale Fuerschungsobjekter ze bewäerten

Mount Sinai Enquêteuren, zesumme mat engem internationale Konsortium vu Kollegen, hunn eng nei Toolbox entwéckelt fir Wëssenschaftler z'erméiglechen ze bewäerten wéi einfach déi digital Objeten déi se als Resultat vun hire Fuerschungsprojete generéiere kënne vun anere Fuerschungsteams benotzt kënne ginn.

D'Resultater, haut gemellt am Zell Systemer, gëlle fir digital Objeten abegraff Datensätz, Software, Quellcode, an aner Produkter déi d'Wëssenschaftler entwéckelen déi nëtzlech si fir d'Fuerschungsgemeinschaft.

D'Zil ass d'Aktualiséierung vun der Manéier wéi mir Daten an der biomedizinescher Fuerschung verwalten-; Deele a weiderbenotzen vun Daten aus dëse Projete fir maximal Wäert extrahieren. Iwwerdeems Finanzéierer, Fuerscher, an aner Akteuren unerkannt datt mir eng besser Aarbecht mam Datemanagement an der biomedizinescher Fuerschung maache mussen, de Wee fir dat ze maachen war net kloer. "

Avi Ma'ayan, Dokteraarbecht

Ma'ayan ass den Direkter vum Mount Sinai Center fir Bioinformatik, a Senior Fuerscher iwwer d'Studie.

D'Team hofft datt als biomedizinesch Fuerscher d'Toolbox benotze fir hir Aarbecht ze bewäerten, si gi méi bewosst vun einfachen Schrëtt déi se maache kënnen fir d'Benotzerfrëndlechkeet vun hiren digitalen Objeten ze verbesseren.

Am 2017 an 2018 finanzéiert d'National Institutes of Health (NIH) den NIH Data Commons Pilot Phase Consortium, déi geschafft huet fir Weeër ze fannen fir d'Deelen vun digitale Fuerschungsobjekter duerch e Cloud-baséiert Ëmfeld ze verbesseren.

Fir esou e virtuellt Ëmfeld ëmzesetzen, Fuerscher musse Standards entwéckelen an eng Plattform fir d'Wëssenschaftler ze hëllefen dem FAIR ze halen (fannen, zougänglech, interoperabel, a wiederverwendbar) Richtlinnen déi virdru vu Membere vum Konsortium etabléiert goufen.

Éischten, d'Team huet Metriken a Rubriken entwéckelt fir FAIRness ze bewäerten, awer unerkannt datt dës Metriken a Rubriken net gläich fir all Fuerschungsberäicher gëlle kënnen. Also hunn se d'Toolbox erstallt, genannt FAIRshake, wat et erméiglecht déi digital Objeten ze kreéieren net nëmmen hir FAIRness ze bewäerten, awer och nei Standarden z'entwéckelen fir FAIRness ze definéieren an ze bewäerten.

Also, d'Fuerscher hunn uginn datt "FAIRshake d'Koexistenz vu multiple Metriken a Rubriken erlaabt, erlaabt d'Gemeinschaft Standarden méi demokratesch z'entwéckelen. "

Den Dr Ma'ayan ënnersträicht datt d'Fuerschung keen oppenen Zougang brauch fir FAIR ze sinn. "Et erfuerdert nëmme Leit eng kloer Lizenz ze ginn fir wéi anerer hir Donnéeën solle benotzen, " hie sot.

D'FAIRshake Toolbox enthält béid manuell an automatiséiert Tools fir FAIRness ze bewäerten, déi Froen stellen wéi, "Huet den digitale Objet Maschinn liesbar Metadaten?" D'Toolbox gouf am vergaangene Joer op Dausende vun digitale Objekter getest an d'Team huet Tutorials op Youtube gepost iwwer wéi Dir FAIRshake benotzt.

Wärend den Dr Ma'ayan seet datt et eng "natierlech Verbesserung vun der Accessibilitéit an der Adoptioun vun dëse Standarde gouf, och ouni Dréck vun eis oder vum NIH, "hien erkläert och datt d'Team iwwerrascht war vun e puer vun den Trends déi se gemierkt hunn wann se Bewäertunge mam Toolkit gemaach hunn.

Hien huet gesot datt wéineg Fuerscher Uwendungsprogramméierungsinterfaces (APIen) implementéiert hunn;; Software déi verschidde Computerprogrammer erlaabt ze kommunizéieren-; déi "kritesch sinn fir d'Daten zesummenzebréngen." D'Fuerscher hunn och dacks keng Lizenze geliwwert fir aner Wëssenschaftler ze soen wéi een Erlaabnis kritt fir d'Donnéeën ze benotzen.

Wéi Fuerschungsprodukter méi FAIR ginn, Wëssenschaftler fäeg Verbindungen ze maachen a Saachen ze bauen déi net méiglech waren ier se Tools wéi Maschinnléiere benotze fir "de Wee ze transforméieren wéi mir d'Donnéeën nei benotzen, "seet den Dr Ma'ayan.

• Mount Sinai organiséiert de véierten alljährlechen Prostatakriibs Fuerschungsgala
• NTU Studie:Mikroorganismen weisen e präzise deegleche Rhythmus an der tropescher Loft