Nova programska oprema pomaga oceniti interoperabilnost in ponovno uporabo biomedicinskih digitalnih raziskovalnih objektov

Preiskovalci gore Sinaj, skupaj z mednarodnim konzorcijem kolegov, so razvili novo zbirko orodij, ki znanstvenikom omogoča, da ocenijo, kako enostavno lahko druge raziskovalne skupine uporabljajo digitalne predmete, ki jih ustvarijo kot rezultat svojih raziskovalnih projektov.

Ugotovitve, poročali danes v Celični sistemi, veljajo za digitalne objekte, vključno z nabori podatkov, programska oprema, izvorna koda, in drugi izdelki, ki jih razvijajo znanstveniki in bi lahko bili koristni za raziskovalno skupnost.

Cilj je nadgraditi način upravljanja s podatki v biomedicinskih raziskavah; izmenjava in ponovna uporaba podatkov iz teh projektov, da bi dobili največjo vrednost. Medtem ko so financerji, raziskovalci, in druge zainteresirane strani so se zavedale, da moramo bolje upravljati podatke pri biomedicinskih raziskavah, pot do tega ni bila jasna. "

Avi Ma'ayan, Dr

Ma'ayan je direktor Centra za bioinformatiko Mount Sinai, in višji raziskovalec študije.

Ekipa upa, da bodo kot biomedicinski raziskovalci uporabili nabor orodij za oceno svojega dela, bolj se bodo zavedali preprostih korakov, ki jih lahko sprejmejo za izboljšanje uporabnosti svojih digitalnih predmetov.

V letih 2017 in 2018 je Nacionalni inštitut za zdravje (NIH) financiral konzorcij pilotne faze NIH Data Commons, ki si je prizadeval najti načine za izboljšanje skupne rabe digitalnih raziskovalnih objektov v okolju v oblaku.

Za izvajanje takšnega virtualnega okolja, raziskovalci so morali razviti standarde in platformo, ki bi znanstvenikom pomagala pri spoštovanju FAIR (najti, dostopen, interoperabilna, in smernice za večkratno uporabo), ki so jih prej določili člani konzorcija.

Prvič, ekipa je razvila meritve in rubrike za oceno poštenosti, vendar se je zavedal, da te meritve in rubrike morda ne veljajo enako za vsa raziskovalna področja. Tako so ustvarili orodjarno, imenovan FAIRshake, ki tistim, ki ustvarjajo digitalne objekte, omogoča ne le oceno njihove poštenosti, ampak tudi razvoj novih standardov za opredelitev in vrednotenje poštenosti.

Tako raziskovalci so izjavili, da "FAIRshake omogoča sobivanje več metrik in rubrik, omogočanje skupnosti, da bolj demokratično razvija standarde. "

Dr. Ma'ayan poudarja, da raziskav ni treba odpreti, da bi bile poštene. "Od ljudi se zahteva le, da predložijo jasno licenco, kako naj drugi uporabljajo njihove podatke, " rekel je.

Orodjarna FAIRshake vključuje ročna in avtomatizirana orodja za ocenjevanje poštenosti, ki postavljajo vprašanja, npr. "Ali ima digitalni objekt strojno berljive metapodatke?" Orodjarna so bila v zadnjem letu preizkušena na tisočih digitalnih objektih, ekipa pa je na Youtube objavila vaje o tem, kako uporabljati FAIRshake.

Medtem ko dr. Ma'ayan pravi, da je prišlo do "naravnega izboljšanja dostopnosti in sprejetja teh standardov, ne da bi to storili mi ali NIH," "pojasnjuje tudi, da so ekipo presenetili nekateri trendi, ki so jih opazili pri izvajanju ocenjevanj z orodjem.

Dejal je, da je le nekaj raziskovalcev uvedlo vmesnike za programiranje aplikacij (API)-programsko opremo, ki omogoča komunikacijo različnih računalniških programov-ki so "ključni za združevanje podatkov". Raziskovalci prav tako pogosto niso dali licenc, da bi drugim znanstvenikom povedali, kako pridobiti dovoljenje za uporabo podatkov.

Ker raziskovalni izdelki postajajo vse bolj POŠTENI, znanstveniki bodo lahko vzpostavili povezave in zgradili stvari, ki niso bile možne, preden so z orodji, kot je strojno učenje, "spremenili način, na katerega ponovno uporabljamo podatke, "pravi dr. Ma'ayan.

• Mount Sinai gosti četrto letno gala raziskavo raka prostate
• Študija NTU:Mikroorganizmi kažejo natančen dnevni ritem v tropskem zraku