Razlike v mikrobiomu so opazili pri intubiranih bolnikih, ki so pokazali večjo razširjenost za Stafilokoki . Večje količine Anelloviridae in Redondoviridae so bili povezani tudi z intubiranimi bolniki s hudimi zapleti COVID-19.
Raziskovalci pišejo:
Študija:Podpisi resnosti COVID-19 in imunskega odziva v mikrobiomu dihalnega trakta. Zasluge za sliko:Kateryna Kon / Shutterstock"Poročali smo o globoki disbiozi bakterijskega in virusnega mikrobioma dihalnih poti pri hospitaliziranih bolnikih s COVID-19, ki se razlikuje od bolnikov brez COVID-a, kaže pospešeno destabilizacijo skozi čas, in povezuje resnost bolezni in sistemske imunske profile.
Ekipa je zbrala orofaringealne ali nazofaringealne brise pri 83 bolnikih, hospitaliziranih zaradi okužbe s COVID-19. Bolniki so imeli povprečno 64 let in so vključevali 39 žensk in 44 moških. Približno 67% bolnikov je bilo temnopoltih, sledi 24% bolnikov, ki se identificirajo kot beli. Razen pet, vsi so imeli sočasne bolezni. Vzorci so bili pridobljeni v povprečju štiri dni po hospitalizaciji. Bilo je tudi 48% udeležencev, ki so bili intubirani, 24% jih umre. Ti bolniki so dali tudi vzorce endotrahealnega aspirata.
Trinajst udeležencev brez COVID-19, vendar z osnovnim stanjem, je bilo hospitaliziranih, vendar na oddelku za intenzivno nego. Približno 62% je bilo potrebno intubirati, in od teh, 46% jih je umrlo.
Resnost bolezni so merili s 11-točkovno lestvico WHO, pri čemer je bila hospitalizacija 4. stopnja, smrt pa 10. stopnja.
Skupaj je bilo zbranih 582 vzorcev za analizo mikrobiomov pri bolnikih, okuženih s COVID, in 75 pri bolnikih, ki niso bili okuženi s COVID.
Študija je vključevala 30 zdravih posameznikov, ki so dali vzorce brisov in 12 vzorcev, ki so bili podvrženi bronhoskopiji in izpiranju bronhoalveolar.
RNA, pridobljena iz vzorcev bolnikov, je bila spremenljiva, in virusna obremenitev se je med napredovanjem bolezni pri večini bolnikov zmanjšala, da se ne zazna. Vendar pa nekateri bolniki so 3 tedne po pojavu simptomov še naprej izkazovali RNA SARS-CoV-2.
Ravni RNA niso bile v korelaciji s kliničnimi izidi.
Zaporedje genoma iz 26 vzorcev bolnikov je pokazalo, da SARS-CoV-2 spada pod rod B.1. Ta rod vsebuje mutacijo D614G na beljakovinskem proteinu skupaj z različico P314L.
Dihalni mikrobiomi pri intubiranih bolnikih so vključevali pogoste dihalne patogene, vključno z Stafilokoki, Klebsiella, in Stenotrophomonas . Vendar pa manj raznoliki mikrobiomi so bili opaženi pri bolnikih s COVID-19.
Od 24 intubiranih bolnikov, 6 mikrobiomov je pokazalo visoko razširjenost za Stafilokoki . Približno 5 bolnikov je pokazalo prevlado stafilokokov v mikrobiomu en teden po testiranju kulture, in samo 3 so jih imeli S. aureus . Trije bolniki so imeli Enterokok .
Drugi patogeni so prisotni, vendar v manjših količinah Stenotrofomonas , Enterobacteriaceae , in Enterobacterales .
Raziskovalci so pri nekaterih bolnikih ugotovili stabilnost mikrobioma, drugi pa so se sčasoma spremenili. Zaključujejo:
"Tako, mikrobiom spodnjih dihal pri kritično bolnih intubiranih bolnikih s COVID-19 je nizka raznolikost, lahko prevladujejo patogeni ali normalne taksone zgornjih dihal, ima lahko nagnjenost k stafilokoku, in je lahko zelo dinamična. "
Motnje v mikrobiomu so napovedale tudi imuniteto proti COVID-19-nižje razmerje med limfociti in nevtrofili, povezano z manj raznolikimi skupnostmi mikrobiomov dihalnih poti. Znižane ravni so bile povezane s povečano resnostjo bolezni.
Ekipa je pregledala tudi 193 posameznih celičnih imunskih značilnosti iz vzorcev fenotipizacije mononuklearnih celic periferne krvi 34 bolnikov. Rezultati so pokazali, da je orofaringealni mikrobiom povezan s sistemsko sestavo imunskih celic.
Zgodnje vzorčenje je pokazalo Anelloviridae in Redondoviridae so bili eden najboljših mikrobnih kazalcev, ki so zahtevali intubacijo v bolnišnici. Virusi DNA so bili povezani tudi z višjo oceno WHO, kar kaže na večjo resnost bolezni.
Raziskovalci so pri dveh bolnikih uporabili algoritme strojnega učenja, da bi ugotovili povišane ravni majhnih krožnih virusov DNK, za katere je bilo predvideno, da bo oseba intubirana-čeprav pri napovedovanju resnosti bolezni COVID-19 niso bili tako močni kot bakterije. Prevotella in Mikoplazma v orofaringealnih vzorcih so bili povezani tudi z večjim tveganjem hospitalizirane intubacije. To kaže na to, da so bakterijski rodovi in ne virusi DNA povezani z višjo resnostjo bolezni.
"Naša longitudinalna analiza je pokazala večjo destabilizacijo orofaringealnega bakterijskega mikrobioma pri COVID-19 kot bolniki brez COVID-a. Ta ugotovitev je še posebej presenetljiva glede na to, da so bili bolniki brez COVID-a na splošno bolj bolni (vsi na oddelku za intenzivno nego; 40-odstotna smrtnost) kot bolniki s COVID-19 (tako bolniki na oddelku intenzivne nege kot tisti, ki niso na oddelku za intenzivno nego; 24-odstotna smrtnost). "
*medRxiv objavlja predhodna znanstvena poročila, ki niso recenzirana in, zato, ne velja za dokončno, vodi klinično prakso/vedenje, povezano z zdravjem, ali se obravnavajo kot uveljavljeni podatki.