Mikrobiomo skirtumai buvo pastebėti intubuotiems pacientams, kurių paplitimas buvo didesnis Stafilokokas . Didesni kiekiai Anelloviridae ir Redondoviridae taip pat koreliavo su intubuotais pacientais, kuriems buvo sunkių COVID-19 komplikacijų.
Mokslininkai rašo:
„Pranešame apie gilią kvėpavimo takų bakterinių ir virusinių mikrobiomų disbiozę hospitalizuotiems COVID-19 pacientams, kuri skiriasi nuo ne COVID sergančių pacientų, laikui bėgant pasireiškia spartesnis destabilizavimas, ir yra susijęs su ligos sunkumu ir sisteminiais imuniniais profiliais.
Tyrimas:COVID-19 sunkumo ir imuninio atsako parašai kvėpavimo takų mikrobiome. Vaizdo kreditas:Kateryna Kon / ShutterstockKomanda surinko burnos ir ryklės ar nosiaryklės tamponus iš 83 pacientų, hospitalizuotų dėl COVID-19 infekcijos. Vidutinis pacientų amžius buvo 64 metai, įskaitant 39 moteris ir 44 vyrus. Apie 67% pacientų buvo juodaodžiai, po to 24% pacientų identifikavo kaip baltus. Išskyrus penkis, visi turėjo gretutinių ligų. Mėginiai buvo paimti vidutiniškai keturias dienas po hospitalizavimo. Taip pat 48% dalyvių buvo intubuoti, miršta 24 proc. Šie pacientai taip pat davė endotrachėjos aspirato mėginius.
Trylika dalyvių, neturinčių COVID-19, bet su pagrindine būkle, buvo hospitalizuoti, bet ne ICU. Intubuoti reikėjo apie 62 proc. ir iš tų, 46% mirė.
Ligos sunkumas buvo matuojamas naudojant PSO 11 balų skalę, ligoninė buvo 4 lygio, o mirtis - 10 lygio.
Iš viso buvo paimti 582 mėginiai mikrobiomų analizei iš COVID teigiamų pacientų ir 75 iš ne COVID.
Tyrimo kontrolę sudarė 30 sveikų asmenų, kurie pateikė tamponų mėginius ir 12 mėginių, kuriems buvo atlikta bronchoskopija ir plaunamas bronchoalveolinis skystis.
Iš pacientų mėginių išgauta RNR buvo kintama, ir ligos progresavimo metu daugumai pacientų viruso apkrova sumažėjo iki neaptikimo. Tačiau, kai kurie pacientai ir toliau rodė SARS-CoV-2 RNR praėjus 3 savaitėms po simptomų atsiradimo.
RNR lygis nesusijęs su klinikiniais rezultatais.
Genomo sekos nustatymas iš 26 pacientų mėginių parodė, kad SARS-CoV-2 pateko į B.1 liniją. Šioje linijoje yra dygliuoto baltymo D614G mutacija kartu su P314L variantu.
Intubuotų pacientų kvėpavimo takų mikrobiomos apėmė įprastus kvėpavimo takų patogenus, įskaitant Stafilokokas, Klebsiella, ir Stenotrophomonas . Tačiau, pacientams, sergantiems COVID-19, buvo pastebėti mažiau įvairūs mikrobiomai.
Iš 24 intubuotų pacientų 6 mikrobiomos buvo labai paplitusios Stafilokokas . Maždaug 5 pacientai parodė stafilokokų dominavimą mikrobiome praėjus savaitei po kultūros tyrimo, ir turėjo tik 3 S. aureus . Trys pacientai turėjo Enterococcus .
Yra ir kitų patogenų, tačiau jų kiekis yra mažesnis Stenotrophomonas , Enterobacteriaceae , ir Enterobakterijos .
Tyrėjai nustatė kai kurių pacientų mikrobiomo stabilumą, o kiti laikui bėgant pasikeitė. Jie daro išvadą:
„Taigi, apatinių kvėpavimo takų mikrobiomas kritiškai sergantiems intuityviems COVID-19 pacientams yra mažai įvairus, gali dominuoti arba patogenai, arba normalūs viršutinių kvėpavimo takų taksonai, gali turėti polinkį į stafilokoką, ir gali būti labai dinamiškas “.
Mikrobiomo sutrikimai taip pat numatė imunitetą COVID-19-mažesnį limfocitų ir neutrofilų santykį, susietą su mažiau įvairiomis kvėpavimo takų mikrobiomų bendruomenėmis. Sumažėjęs lygis koreliuoja su padidėjusiu ligos sunkumu.
Komanda taip pat ištyrė 193 individualias ląstelių imunines savybes iš 34 pacientų periferinio kraujo mononuklearinių ląstelių fenotipavimo mėginių. Rezultatai parodė, kad burnos ir ryklės mikrobiomas yra susijęs su sistemine imuninių ląstelių sudėtimi.
Ankstyvas mėginių ėmimas parodė Anelloviridae ir Redondoviridae buvo vienas iš geriausių mikrobų rodiklių, kai ligoninėje buvo reikalinga intubacija. DNR virusai taip pat buvo susiję su didesniu PSO balu, Tai rodo didesnį ligos sunkumą.
Mokslininkai naudojo mašininio mokymosi algoritmus dviem pacientams, kad nustatytų padidėjusį mažų apskrito DNR virusų kiekį, numatytą, ar žmogus bus intubuotas, nors jie nebuvo tokie stiprūs kaip bakterijos prognozuojant COVID-19 ligos sunkumą. Prevotella ir Mikoplazma burnos ir ryklės mėginiuose taip pat buvo siejama su didesne hospitalizacijos intubacijos rizika. Tai rodo, kad bakterijų linijos, o ne DNR virusai koreliuoja su didesniu ligos sunkumu.
„Mūsų išilginė analizė atskleidė didesnį burnos ir ryklės bakterinio mikrobiomo destabilizaciją COVID-19 nei pacientai, sergantys ne COVID. Ši išvada ypač ryški, turint omenyje, kad ne COVID sergantys pacientai apskritai buvo blogesni (visi ICU; 40% mirtingumas) nei COVID-19 pacientai (tiek ICU, tiek ne ICU pacientai; 24% mirtingumas).
*medRxiv skelbia preliminarias mokslines ataskaitas, kurios nėra recenzuojamos ir todėl, neturėtų būti laikomas galutiniu, vadovauti klinikinei praktikai/su sveikata susijusiam elgesiui, arba traktuojama kaip nustatyta informacija.