A mikrobiomban mutatkozó különbségeket olyan intubált betegeknél figyelték meg, akiknél magasabb volt a prevalencia Staphylococcus . Nagyobb mennyiségben Anelloviridae és Redondoviridae korrelációt mutattak a súlyos COVID-19 szövődményekkel rendelkező intubált betegekkel is.
A kutatók ezt írják:
„Jelentjük a légutak bakteriális és vírusos mikrobiómjának mély diszbiózisát kórházi COVID-19 betegeknél, amely eltér a nem COVID-betegekétől, gyorsuló destabilizációt mutat idővel, és társul a betegség súlyosságához és a szisztémás immunprofilokhoz.
Tanulmány:A COVID-19 súlyosságának és az immunválasz aláírása a légúti mikrobiómában. Kép jóváírása:Kateryna Kon / ShutterstockA csapat összegyűjtötte oropharyngealis vagy nasopharyngealis tampont a 83 betegtől, akik kórházba kerültek a COVID-19 fertőzés miatt. A betegek mediánja 64 év volt, 39 nő és 44 férfi volt köztük. A betegek körülbelül 67% -a fekete volt, majd a betegek 24% -a azonosította fehérnek. Öt kivéve, mindegyiknek társbetegségei voltak. A mintákat a kórházi kezelés után átlagosan négy nappal vették. A résztvevők 48% -a intuitált volt, 24% -kal halnak meg. Ezek a betegek endotracheális aspirációs mintákat is adtak.
Tizenhárom COVID-19 nélküli, de alapbetegségben szenvedő résztvevő kórházba került, de nem intenzív osztályon. 62% -át intubálni kellett, és azok közül, 46% -a meghalt.
A betegség súlyosságát a WHO 11 pontos skálájával mérték, a kórházi kezelés 4 -es, a halál 10 -es.
A mikrobiomák elemzésére összesen 582 mintát gyűjtöttek be a COVID-pozitív betegekből, és 75-öt a nem-COVID-ből.
A vizsgálati kontrollok 30 egészséges személyből álltak, akik tamponmintákat és 12 mintát végeztek, amelyeken bronchoszkópiát és bronchoalveoláris mosást végeztek.
A betegmintákból kivont RNS változó volt, és a vírusterhelés a betegség progressziója során a legtöbb betegben kimutathatatlanra csökkent. Azonban, néhány beteg a tünetek megjelenése után 3 héttel továbbra is SARS-CoV-2 RNS-t mutatott.
Az RNS szintek nem korreláltak a klinikai eredményekkel.
A 26 betegmintából származó genomszekvenálás azt mutatta, hogy a SARS-CoV-2 a B.1 vonal alá esett. Ez a vonal tartalmazza a tüskefehérje D614G mutációját a P314L variánssal együtt.
Az intubált betegek légúti mikrobiómái közé tartoztak a gyakori légúti kórokozók, beleértve Staphylococcus, Klebsiella, és Stenotrophomonas . Azonban, kevésbé változatos mikrobiomákat figyeltek meg a COVID-19-ben szenvedő betegeknél.
A 24 intubált beteg közül 6 mikrobióma magas prevalenciát mutatott Staphylococcus . Körülbelül 5 beteg Staphylococcus dominanciát mutatott a mikrobiomában egy héttel a tenyésztési teszt után, és csak 3 -nak volt S. aureus . Három betegnek volt Enterococcus .
Más kórokozók is jelen vannak, de kisebb mennyiségben Stenotrophomonas , Enterobacteriaceae , és Enterobacterales .
A kutatók egyes betegeknél stabilitást találtak a mikrobiomában, míg mások idővel változásokat mutattak. Következtetnek:
"És így, az alsó légúti mikrobiom kritikusan beteg, intubált COVID-19 betegeknél alacsony diverzitású, kórokozók vagy normál felső légúti taxonok uralhatják, hajlamos lehet a Staphylococcusra, és rendkívül dinamikus lehet. ”
A mikrobiom zavarai a COVID-19 elleni immunitást is megjósolták-alacsonyabb limfocita-neutrofil arány, amely a kevésbé változatos légúti mikrobiom közösségekhez kapcsolódik. A csökkent szint korrelált a betegség fokozott súlyosságával.
A csapat 193 beteg sejtes immunfunkcióját is megvizsgálta 34 beteg perifériás vér mononukleáris sejtjeinek fenotipizáló mintáiból. Az eredmények azt mutatták, hogy az oropharyngealis mikrobiom összefügg a szisztémás immunsejtek összetételével.
A korai mintavétel megmutatta Anelloviridae és Redondoviridae az egyik legkiválóbb mikrobiális mutató volt a kórházban végzett intubáláshoz. A DNS vírusok szintén magasabb WHO pontszámhoz kapcsolódtak, ami a betegség nagyobb súlyosságát jelezte.
A kutatók gépi tanulási algoritmusokat alkalmaztak két betegnél, hogy megtalálják a kisméretű, kör alakú DNS-vírusok megnövekedett szintjét, amelyek megjósolták, ha egy személy intuitív lesz-bár nem voltak olyan erősek, mint a baktériumok a COVID-19 betegség súlyosságának előrejelzésében. Prevotella és Mycoplasma az oropharyngealis mintákban is nagyobb volt a kórházi intubáció kockázata. Ez azt sugallja, hogy a baktériumok nem a DNS -vírusok, hanem a súlyosabb betegség súlyosságával korrelálnak.
„Longitudinális elemzésünk az oropharyngealis bakteriális mikrobióma nagyobb destabilizációját mutatta ki a COVID-19-ben, mint a nem COVID-betegeknél. Ez a megállapítás különösen feltűnő, tekintve, hogy a nem COVID betegek összességében betegebbek voltak (mind az intenzív osztályon; 40% -os halálozás), mint a COVID-19-es betegek (mind intenzív osztályon, mind nem ICU-s betegek; 24% -os halálozás). ”
*medRxiv előzetes tudományos jelentéseket tesz közzé, amelyeket nem vizsgálnak felül, és ezért, nem tekinthető döntőnek, irányítja a klinikai gyakorlatot/az egészséggel kapcsolatos viselkedést, vagy megállapított információként kezelik.