Различия в микробиоме наблюдались у интубированных пациентов, которые показали более высокую распространенность Стафилококк . Большее количество Anelloviridae а также Redondoviridae также коррелировали с интубированными пациентами с тяжелыми осложнениями COVID-19.
Исследователи пишут:
<цитата>«Мы сообщаем о глубоком дисбактериозе бактериального и вирусного микробиома дыхательных путей у госпитализированных пациентов с COVID-19, который отличается от пациентов без COVID, демонстрирует ускоренную дестабилизацию с течением времени, и ассоциируется с тяжестью заболевания и системным иммунным профилем.
Исследование:Сигнатуры тяжести COVID-19 и иммунного ответа в микробиоме дыхательных путей. Кредит изображения:Катерина Кон / Shutterstock Команда собрала мазки из ротоглотки или носоглотки у 83 пациентов, госпитализированных с инфекцией COVID-19. Средний возраст пациентов составил 64 года, среди них 39 женщин и 44 мужчины. Около 67% пациентов были чернокожими, за которыми следуют 24% пациентов, идентифицирующих себя как белые. Кроме пяти, у всех были сопутствующие заболевания. Образцы были получены в среднем через четыре дня после госпитализации. Также было интубировано 48% участников, с 24% смертей. Эти пациенты также сдали образцы эндотрахеального аспирата.
Тринадцать участников без COVID-19, но с сопутствующим заболеванием, были госпитализированы, но не в отделении интенсивной терапии. Около 62% потребовалось интубировать, и из тех, 46% умерли.
Тяжесть заболевания оценивалась по 11-балльной шкале ВОЗ. где госпитализация - 4-й уровень, а смерть - 10-й.
В общей сложности 582 образца для анализа микробиома были собраны у пациентов с COVID-положительным статусом и 75 - у пациентов, не инфицированных COVID.
Контрольную группу исследования составили 30 здоровых людей, предоставивших образцы мазков, и 12 образцов, которым была выполнена бронхоскопия и бронхоальвеолярный лаваж.
РНК, извлеченная из образцов пациентов, была переменной, и вирусная нагрузка снизилась до неопределяемой у большинства пациентов во время прогрессирования заболевания. Тем не мение, у некоторых пациентов по-прежнему выявлялась РНК SARS-CoV-2 через 3 недели после появления симптомов.
Уровни РНК не коррелировали с клиническими исходами.
Секвенирование генома из 26 образцов пациентов показало, что SARS-CoV-2 относится к линии B.1. Эта линия содержит мутацию D614G в белке шипа вместе с вариантом P314L.
Респираторные микробиомы интубированных пациентов включали общие респираторные патогены, включая Стафилококк, Клебсиелла, и стенотрофомонады . Тем не мение, менее разнообразные микробиомы наблюдались у пациентов с COVID-19.
Из 24 интубированных пациентов 6 микробиомов показали высокую распространенность Стафилококк . Примерно 5 пациентов показали преобладание стафилококка в микробиоме через неделю после посева. и только у 3 были S. aureus . У трех пациентов было Энтерококк .
Другие патогены присутствуют, но в меньших количествах. Стенотрофомонады , Энтеробактерии , а также Enterobacterales .
Исследователи обнаружили стабильность микробиома у некоторых пациентов, в то время как у других наблюдались изменения со временем. Они приходят к выводу:
<цитата>"Таким образом, микробиом нижних дыхательных путей у тяжелобольных интубированных пациентов с COVID-19 отличается низким разнообразием, могут преобладать патогены или нормальные таксоны верхних дыхательных путей, может иметь предрасположенность к стафилококку, и может быть очень динамичным ».
Нарушения в микробиоме также предсказывали иммунитет к COVID-19 - более низкое соотношение лимфоцитов и нейтрофилов, связанное с менее разнообразными сообществами микробиома дыхательных путей. Снижение уровней коррелировало с увеличением тяжести заболевания.
Команда также изучила 193 индивидуальных клеточных иммунных свойства в образцах фенотипа мононуклеарных клеток периферической крови у 34 пациентов. Результаты показали, что микробиом ротоглотки связан с составом системных иммунных клеток.
Ранний отбор образцов показал Anelloviridae а также Redondoviridae были одним из лучших микробных индикаторов, требующих интубации в больнице. ДНК-вирусы также были связаны с более высокой оценкой ВОЗ, что указывало на большую тяжесть заболевания.
Исследователи использовали алгоритмы машинного обучения у двух пациентов, чтобы найти повышенные уровни небольших кольцевых ДНК-вирусов, предсказываемых, если человек будет интубирован, - хотя они не были такими сильными, как бактерии, в прогнозировании тяжести заболевания COVID-19. Prevotella а также Микоплазма в образцах ротоглотки также были связаны с большим риском госпитализированной интубации. Это говорит о том, что бактериальные линии, а не ДНК-вирусы, коррелируют с более серьезной тяжестью заболевания.
<цитата>«Наш продольный анализ показал большую дестабилизацию бактериального микробиома ротоглотки у пациентов с COVID-19, чем у пациентов без COVID. Этот результат особенно поразителен, учитывая, что пациенты без COVID были в целом хуже (все в отделении интенсивной терапии; 40% смертность), чем пациенты с COVID-19 (пациенты как в отделении интенсивной терапии, так и не в отделении интенсивной терапии; смертность 24%) ».
* medRxiv публикует предварительные научные отчеты, не прошедшие рецензирование, и, следовательно, не следует рассматривать как окончательный, руководить клинической практикой / поведением, связанным со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.
Подробная карта микробиома человеческого языка
Иммунные клетки восстанавливают поврежденный кишечник у детей с ВЗК
Сырой корм для домашних животных представляет опасность для людей и животных
Исследователи идентифицируют бактерии с активностью против SARS-CoV-2 in vitro:Dolosigranulum pigrum.
Женщины, рожденные с помощью кесарева сечения, имеют больший риск ожирения и диабета.
Язвенный колит и отсутствие микробов в кишечнике
Ультрафиолетовый свет B полезен для кишечного микробиома
Небольшое исследование, опубликованное в журнале Границы иммунологии 24 октября, 2019, показывает, что воздействие ультрафиолетового света B (UVB), что обычно достигается за счет воздействия солнечн
Молочнокислые бактерии и кишечные бактерии способствуют пользе ржи для здоровья,
исследование показывает Рожь имеет множество преимуществ для здоровья. Новое исследование Университета Восточной Финляндии показывает, что и молочнокислые бактерии, и кишечные бактерии способствуют по
Вакцинация против ротавируса не связана с риском сахарного диабета 1 типа
Считается, что ротавирусная инфекция является фактором риска развития сахарного диабета 1 типа (СД1). Роль живой аттенуированной ротавирусной вакцинации в риске развития этого состояния у детей заключ