Vedci zverejňujú mikrobiálny profil na podporu rastúcej oblasti výskumu čriev

Existuje 157 organizmov, ktoré tvoria základný biom zdravého ľudského čreva, podľa výskumu publikovaného v časopise PLUS JEDEN vyšetrovatelia z Univerzity Georga Washingtona (GW). Základný mikrobiálny profil, s názvom GutFeelingKB, môže byť rozšírený na 863 organizmov, ak sa vezmú do úvahy úzko súvisiace proteómy. Tieto informácie budú slúžiť ako referenčný zoznam pre lekárov, pacienti, a výskumníci, poskytnúť im predstavu o tom, ako vyzerá „normálny“ ľudský mikrobióm.

Čím viac sa dozvedáme o ľudskom mikrobióme, tým viac sa dozvedáme o jeho význame pre naše zdravie. Vedieť, ako vyzerá zdravé ľudské črevo, je nevyhnutné pre výskum, ktorý bude informovať o tom, ako diagnostikovať, zaobchádzať, a predchádzať problémom s mikrobiómom. “

Raja Mazumder, PhD., spoluautor a profesor biochémie a molekulárnej medicíny na GW School of Medicine and Health Sciences

Tieto komplexné znalosti o druhoch a pomeroch mikróbov, ktoré obývajú zdravé črevo človeka, sú potrebné pred uskutočnením akéhokoľvek predklinického alebo klinického výskumu. Je tiež dôležité, aby vedci hľadali spôsoby, ako zmeniť mikrobióm, liečiť stav, alebo zlepšiť výsledok terapie. GutFeelingKB môže slúžiť ako zdravá kontrola pri štúdiách zameraných na ľudský mikrobióm.

Na zostavenie svojej databázy výskumná skupina geneticky sekvenovala 48 vzoriek fekálií od 16 zdravých účastníkov prijatých do Washingtonu, D.C., okrem použitia 50 fekálnych metagenomických vzoriek stiahnutých z projektu Human Microbiome Project od jednotlivcov sa tiež vyšetrilo ako zdravých. Zo 157 organizmov popísaných v GutFeelingKB, 20% boli Clostridia, 19% boli bakterioidie, 17% tvorili Bifidobacteriales, 14% tvorili Enterobacterales a z kmeňa Firmicutes 20% Clostridia a 14% Lactobacillales - všetky triedy baktérií nachádzajúce sa v probiotických potravinách, ako je jogurt. Výskumný tím poznamenal, že pre všetky vzorky bolo spoločných 84 organizmov, čo naznačuje, že táto skupina baktérií môže byť základným druhom pre ľudské črevo.

Výskum bol podporený grantmi Národnej vedeckej nadácie, program udeľovania cien za klinickú a translačnú vedu v Národnom centre pre pokrok v translačných vedách, genomické a proteomické centrum McCormick, a Clinical Translational Science Institute (CTSI) pri GW a Detskom národnom vo Washingtone, Údaje o surovej sekvencii D.C. boli vygenerované v KamTek, Inc. so subvencovanými cenami pomocou nástrojov MiSeq Illumina na Montgomery College v Rockville, Maryland.

„Táto štúdia demonštruje silu multidisciplinárnej tímovej vedy napredovať v translačnom výskume, pretože tento tím zahŕňa kolegov z viacerých inštitúcií, disciplíny a školy v rámci GW, “povedal Keith A. Crandall, PhD., informatik je spoluzakladateľom grantu CTSI, spoluautor, a riaditeľ Inštitútu počítačovej biológie na Milken Institute School of Public Health pri GW. „GutFeelingKB poskytuje základný model a počiatočné údaje, ktoré umožňujú začať chápať rozmanitosť zdravého črevného mikrobiómu, čo je kľúčovou súčasťou každej štúdie pokúšajúcej sa zistiť ochorenie súvisiace so zmenami mikrobiómu. “

Okrem vytvorenia GutFeelingKB, výskumná skupina publikovala román Fekálna správa o biomovej populácii, známy ako FecalBiome, ktorá má klinickú spôsobilosť. FecalBiome môže lekárom pomôcť porovnať mikrobióm pacienta s mikrobiómami zdravých jedincov, čo im umožní lepšie posúdiť účinnosť fekálnych transplantátov a iných mikrobiómových produktov. Výskumný tím tiež vyvinul prototyp šablóny hlásenia pre lekárov, aby tieto informácie sprostredkovali pacientom.

„Odhalenie komplexných metabolických výmen medzi črevnými mikrobiálnymi druhmi a ich ľudskými hostiteľmi má obrovské dôsledky na celý rad zdravotných stavov, možno aj naše nálady. Je možné „vyladiť“ mikrobióm tak, aby zvýšil počet prospešných bakteriálnych populácií? Ako naša strava ovplyvňuje toto ladenie? Sme nadšení, že nám táto databáza znalostí umožní kvantifikovať tieto posuny a prepojiť ich s ľudským zdravím, “povedal Hiroki Morizono, PhD., informatik je spoluzakladateľom grantu CTSI, spoluautor, riaditeľ biomedicínskej informatiky v Children’s National a docent výskumu genomiky a presnej medicíny a pediatrie na GW School of Medicine and Health Sciences.

• Pacienti s rakovinou, ktorí zmeškajú schôdzku, s väčšou pravdepodobnosťou zomrú do 12 mesiacov od diagnostikovania
• Jednoduché genetické testy môžu zvýšiť mieru odozvy u detí s eozinofilnou ezofagitídou