Исследователи публикуют микробный профиль для поддержки растущей области исследований кишечника.

157 организмов образуют базовый биом здорового кишечника человека. согласно исследованиям, опубликованным в журнале PLOS ONE исследователями из Университета Джорджа Вашингтона (GW). Базовый микробный профиль, называется GutFeelingKB, может быть расширен до 863 организмов, если рассматривать близкородственные протеомы. Эта информация будет служить справочным списком для врачей, пациенты, и исследователи, давая им представление о том, как выглядит «нормальный» микробиом человека.

<цитата>

Чем больше мы узнаем о микробиоме человека, тем больше мы узнаем о его важности для нашего здоровья. Знание того, как выглядит здоровый кишечник человека, имеет решающее значение для исследования, которое даст информацию о том, как диагностировать, относиться, и предотвратить проблемы с микробиомом ".

Раджа Мазумдер, Кандидат наук, соавтор и профессор биохимии и молекулярной медицины в Школе медицины и медицинских наук GW

Это исчерпывающее знание типов и соотношений микробов, населяющих здоровый кишечник человека, необходимо до того, как можно будет проводить какие-либо доклинические или клинические исследования. Это также важно для исследователей, которые ищут способы изменить микробиом, лечить состояние, или улучшить результат терапии. GutFeelingKB может служить полезным средством контроля для исследований микробиома человека.

Чтобы составить свою базу данных, исследовательская группа генетически секвенировала 48 образцов фекалий 16 здоровых участников, набранных в Вашингтоне, ОКРУГ КОЛУМБИЯ., в дополнение к использованию 50 метагеномных образцов фекалий, загруженных из проекта «Микробиом человека» от людей, также признанных здоровыми. Из 157 организмов, описанных в GutFeelingKB, 20% были Clostridia, 19% были бактериоидиями, 17% были бифидобактериями, 14% были Enterobacterales, а представители типа Firmicutes - 20% - Clostridia и 14% - Lactobacillales - все классы бактерий, обнаруженные в пробиотических продуктах, таких как йогурт. Исследовательская группа отметила, что 84 организма были общими для всех образцов, что указывает на то, что эта группа бактерий может быть основным видом кишечника человека.

Исследование поддержано грантами Национального научного фонда, Программа наград в области клинических и трансляционных наук в Национальном центре развития трансляционных наук, Геномный и протеомный центр McCormick, и Институт клинической трансляционной науки (CTSI) в GW и Children's National в Вашингтоне, Необработанные данные последовательности округа Колумбия были созданы в KamTek, Inc. по льготным ценам с использованием инструментов MiSeq Illumina в колледже Монтгомери в Роквилле, Мэриленд.

"Это исследование демонстрирует силу многопрофильной научной команды в продвижении трансляционных исследований, поскольку в эту команду входят коллеги из разных организаций, дисциплины и школы в рамках GW, "сказал Кейт А. Крэндалл, Кандидат наук, со-руководитель информатики по гранту CTSI, соавтор, и директор Института вычислительной биологии Школы общественного здравоохранения Института Милкена в GW. "GutFeelingKB предоставляет основную модель и исходные данные, чтобы начать понимать разнообразие здорового микробиома кишечника, что является ключевым компонентом любого исследования, направленного на выявление заболеваний, связанных с изменениями микробиома ».

Помимо создания GutFeelingKB, исследовательская группа опубликовала новый отчет о популяции фекального биома, известный как FecalBiome, который имеет клинические возможности. FecalBiome может помочь врачам сравнить микробиом пациента с микробиомами здоровых людей. позволяя им лучше оценивать эффективность фекальных трансплантатов и других продуктов микробиома. Исследовательская группа также разработала прототип шаблона отчета, чтобы врачи могли передавать информацию пациентам.

"Обнаружение сложных метаболических обменов между видами кишечных микробов и их человеческими хозяевами имеет огромное значение для самых разных состояний здоровья, возможно даже наши настроения. Можно ли «настроить» микробиом на увеличение популяции полезных бактерий? Как наша диета влияет на эту настройку? Мы рады, что эта база знаний позволит нам количественно оценить эти сдвиги и связать их со здоровьем человека. "сказал Хироки Моризоно, Кандидат наук, соруководитель информатики по гранту CTSI, соавтор, директор по биомедицинской информатике Детского национального университета и доцент кафедры геномики, точной медицины и педиатрии Школы медицины и медицинских наук GW.

• Больные раком, пропустившие прием, с большей вероятностью умрут в течение 12 месяцев после постановки диагноз…
• Простой генетический тест может повысить частоту ответа у детей с эозинофильным эзофагитом