PLOS NËMMEN: Serum Apolipoproteins C-ech an C-III Sidd reduzéiert am Mo. Cancer kennen: Bilan aus MALDI-Opgrond Peptidome a Jonker-Opgrond Séminairen Assays

Wat VerfÜgung

fannen nei peptide biomarkers fir Mo. Kriibs am mënschleche Sera datt fir Iwwerwachung vun Mo. Kriibs an engem klinesch practicable Cepheid Method ëmgesat ginn. Mir studéiert den serum peptidome aus zwee verschiddene biorepositories. Mir ugestallten éischt e C8-ëmgedréint Phase flësseg chromatography Approche fir Prouf Offäll, gefollegt vun Mass-spectrometry Analyse. Dës waren op serum Echantillon vun Kriibs-gratis applizéiert Kontrollen a Mo. Kriibs Patienten op verschidde Krankheete Etappen. Mir hunn dann en Bioinformatik Analyse Pipelineaarbechter an identifizéiert peptide Ënnerschrëft Patienten discriminating Mo. adenocarcinoma vu Kriibs-gratis Kontrollen. MATRIX Hëllef Laser Eispist /Eegeliichten-Time vun Flight (MALDI-Ënnerportal) Resultater aus 103 Echantillon réischt 9 Ënnerschrëft peptides; mat Cepheid Richtegkeet vun 89% vun de Formatiounen Formatioun a 88% vun der Confirmatioun virbereet. Dräi vun der discriminating peptides entdeckt goufen Fragmenter vun Apolipoproteins C-ech an C-III (apoC-ech an C-III); mir laachen weider hir serum Niveauen, souwéi CA19-9 an CRP, zu 142 Echantillon grouss kommerziell-Medeziner assays astellen. ApoC-ech an apoC-III grouss Resultater mat der MS Resultater soll. Mir dann apoB-100-normalized apoC-ech an apoC-III agestallt, CA19-9 an CRP Niveauen Regele fir Mo. Kriibs Cepheid Formatioun ze generéieren. Fir Formatiounen, déi mir Sera aus ee Commons, a fir ze publizéieren, déi mir Sera aus der zweeter Commons. Cepheid accuracies vun 88,4% a 74,4% goufen an de Formatiounen a publizéieren baut kritt, respektiv. Serum Niveau vun apoC-ech an apoC-III kombinéiert mat aner Krankheete Parameteren kann fir d'Formuléierung vun enger diagnostic Féierung fir Mo. Kriibs Patienten als Basis dénge VerfÜgung

Fro:. Cohen M, Yossef R, Erez T, Kugel A, Welt M, Karpasas MM, et al. (2011) Serum Apolipoproteins C-ech an C-III Sidd am Mo. Cancer kennen reduzéiert: Bilan aus MALDI-Opgrond Peptidome a Jonker-Opgrond Séminairen Assays. PLoS NËMMEN 6 (1): e14540. Doi: 10.1371 /journal.pone.0014540 VerfÜgung

Redakter: Hana Algül, Rosalie Universität München, Däitschland VerfÜgung

Arnaque: 1 Juli 2010; Akzeptéiert: 22. November 2010; Publizéiert: 18. Januar 2011 zu

Copyright: © 2011 Cohen et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, d'original Auteur an d'Quell gëtt si Kaiser VerfÜgung

Funding:. Funding war vun der Europäescher Communautéit (FP6 GLYFDIS 037661) gëtt. RNTech SAS France ass den funder Dënschdeg wéinst der Tatsaach, datt JT a HB sinn /Mataarbechter vun dëser Firma waren; de Bäiträg vun JT a HB si definéiert als Final Akraafttriede vun der Versioun publizéiert gin, a si waren zu Bäitrag zu Konzept an Design, oder Acquisitioun vun Daten, oder Analyse an Interpretatioun vun Donnéeën oder Ausschaffe d'mëttelalterlech Handschrëft net Équipe. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:. De Fait, datt zwee fréier oder aktuell Mataarbechter vun RNTech SAS Frankräich Auteure vun dëser mëttelalterlech Handschrëft sinn net de onvergläichleche fir all vun der PLoS NËMMEN Politiken op sharing Daten a Material ofzeänneren wéi an der online Guide fir Auteuren detailléiert. VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

veruerteelt Taux vu ville Cancers hunn net dramatesch an d'geännert leschten 20 Joer [1]. war fréi ze erkennen an d'Efficacitéit vun Kriibs behandelt, nach ze erkennen ass dacks just méiglech no den Optrëtt vun den éischte Medeziner Symptomer, déi an e puer Cancers fir erfollegräich Interventioun ferdeg ze spéit ze daitlech ze verbesseren gewisen. Dëst ass haaptsächlech wéinst dem Fehlen vun spezifesch a sensibel Tester déi fréi Schädel an Iwwerwachung vun kriibserreegend Staaten erlaben. Also, ass d'Entdeckung vun Roman entholl biomarkers ëmmer kritesch a Betruecht ze Kriibs Behandlung verbesseren. An de leschte Joerzéngt, hunn op uweist Entdeckung vill Studien do. Ee vun de stäerkste villverspriechend Quelle fir uweist Entdeckung ass de Mënsch Blutt, besonnesch serum a Plasma, déi vill Evenementer am Kierper, an Echtzäit spigelen kann. Nach, trotz den Nol Efforten, nëmmen eng ganz kleng Zuel vu Plasma Proteinen bewisen hunn diagnostic Wäert ze hunn [2] - [5]. Dacks, dës biomarkers stinn do net eleng a sinn déi aner Tester fir Iwwerwaachungsmuecht a Diagnos begleet. Déi meescht vun hinne sin nët spezifesch a sensibel genuch fir grouss affichéiert Diagnos [6], [7]. VerfÜgung

One méiglech Quell vum Roman Kriibs biomarkers ass d'peptidome. D'rationale hannert Fredi serum peptides ass op Beweiser baséieren, datt Kriibs Équipe an Entwécklung Verännerung Proteinen implizéiert de ganze peptidome "an peptides 'ukuerbelt, an op d'fräi Disponibilitéit vun Méthodologie fir Kontroll. Am Sënn vun Kriibs Entwécklung, ge- Ännerungen an der Gamme vun intra- an extra-bewosst peptides am Blutt peptidome vertrueden, déi zu der kriibserreegend Etapp spezifesch kann, an domat eng diagnostic Potential hunn [2], [4], [ ,,,0],5]. Am Sënn vun erkennen Technologie, aktivéiert rezent Fortschrëtter vun MS Technologie d'Detektioun vun honnerte vun peptides aus e puer microliters vun serum [8], [9]. Tatsächlech eng Hellewull vun Ënnerschrëft peptides zu serum virdrun Studien Blutt peptidome confirméiert datt aus Kriibs Patienten (iwwer- [5]) gesond ënnerscheeden haten. Dat war fir Aarbecht, BBC, Broscht an Schild Kriibs vun Villanueva et al VerfÜgung [10], [11] gewisen. Si Untersuchungshaft 61 Ënnerschrëft peptides datt gesond Individuen vun 3 verschidden Zorte vu Kriibs Patienten z'ënnerscheeden konnt. Während all vun dësen peptides an /oder hir Fragmenter normalerweis an der serum fonnt ginn, Differenzen an Quantitéit tëscht gesond a betraffe Persounen ginn observéiert. Mä obschonn dës Resultater d'Potential bewisen, datt peptidome Profiler fir Kriibs Diagnos hunn, bleift et nach dës Distanz ze ginn, datt dës Approche verlängert ka bis biomarkers entdecken gëeegent fir fréi Diagnos a konsequent iwwerwaacht. d'Kapazitéit vun deene Sera peptide biomarkers éischt, fir z'ënnerscheeden Patienten aus Kontrollen gouf meeschtens mat héich avancéiert oder metastatic erhéijen fir Patiente bewisen. Ausserdem, huet d'Segele dës biomarkers erausgefuerdert ginn; ongebremste Verännerlechen, meeschtens zu Differenzen an Echantillonen Ëmgank zougeschriwwen, Ofwécklung Ëmwelt- an Daten Analyse, goufen [11] dës Distanz zu Trainer d'Resultater vun dësen assays änneren - [19]. Roserei grousse Wäert op Prouf Acquisitioun, Ëmgank, Veraarbechtung, MS Signal Veraarbechtung a statistesch Analyse méi sécherlech an reproducible Resultater erreecht ginn [18], [20], [21]. VerfÜgung

An dëser Aarbecht, do hu mer op eng ganz komplett Gamme vun Ënnerschrëft peptides entdecken datt diagnostic Wäert fir Mo. Kriibs hätt kéinten. Fir dëst ze erreechen, déi mir dräi verschidde serum Quellen Patienten Mo. Kriibs bei verschiddenen Etappen sensibiliséieren. Eng strikt Protokoll fir serum Kollektioun a -veraarbechtung war applizéiert [18], engem zesummenhängende Prozedur vun peptide erauszéien a MALDI-Ënnerportal Moossungen benotzt, mat engem geännert Analyse Pipelineaarbechter. de verbessert da fir d'Identifikatioun vun enger peptide Muster erlaabt zesummen, datt tëschent Kriibs an Kontroll Echantillon discriminates. Dës Resultater waren op der original an nei Sera corroborated fir dräi identifizéiert Funktiounen aus dem Muster, apoC-ech (zwou Funktiounen) an apoC-III, mat Jonker-baséiert assays. Mir dann serum Niveau vun apoC-ech agestallt an apoC-III mat CRP an CA19-9 lues kombinéiert Mo. adenocarcinoma Patienten aus Kriibs-gratis Kontrollen ze diskriminéieren. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Serum Wäilies an Ëmgank VerfÜgung

Sera sech aus zwee kommerziell Quellen kritt. 79. Sera Echantillon vum Précoce-Operatioun Mo. Kriibs Patienten an 33 Sera Echantillon vun Kriibs-gratis reagéiert Kontrollen (dorënner 10 gastritis Patienten) waren déi RNTech (Paräis, Frankräich) an Rumänien gesammelt. Sera Form Kriibs an Net Kriibs Patienten goufen an der Nuecht fasting vun den folgenden Art geholl: 5 ml vu Blutt an enger vacuette serum Rouer opgesat gouf (CatLj005, Greiner Bio One, Kremsmuenster, Éisträich) a lénks fir ronn 30 Minutten zu Bluddung, no deem war de Rouer op 3.000 Ziichter op engem Hettich EBA 20S Fall (Hettich AG, Tuttlingen, Däitschland) fir 5 Minutte bei Raumtemperatur centrifuged. D'getrennt serum war an 1 ml aliquots zu steril cryogenic Krunn (Nalgene, Rochester, NY, USA) an direkt gefruer am (-70) ° C aliquoted. 22 Pre-Operatioun Mo. Kriibs Sera an 21 Kontrollen vun Asterand an den USA gesammelt goufen (Detroit, MI, USA) zu de folgende Manéier: 10 ml vun Blutt opgesat gouf an enger BD vacutainer SST plus Plastik Rouer (cat #BEC 367985, BD , San Jose, CA, USA). Den Rouer ass vun inverting et 5 Mol gemëscht an huet fir ronn 30 Minutten zu engem vertikale Positioun ze Bluddung. Dëse Schrëtt ass vun engem centrifugation vun 1,100-1,300 g fir 10 Minutte bei Raumtemperatur gefollegt. D'getrennt serum war an 1 ml aliquots zu steril cryogenic Krunn (Nalgene) iech an direkt gefruer am (-70) ° C aliquoted. Fir d'Asterand Quell, war fasting Donnéeën net gesammelt op keng vun den Blutt an hir Bank gesait. Sera Echantillon vun Firmen sech op dréchnen Äis transportéiert an gespäichert op (-70) ° C direkt op Arrivée. Sera Echantillon sech fir ronn eng Stonn op Äis thawed an enger Halschent, 50 μl war aliquoted an lo-kruet Krunn (Eppendorf, Hamburg, Däitschland) an direkt s-gefruer am (-70) ° C. All Prouf aliquots sech bei (-70) ° C bis Veraarbechtung gespäichert. Eng drëtt Quell vun Sera war an eiser Labo vu 12 Kriibs-gratis Israeli Kontrollen kritt. Blutt ass mat de Rouer Mark opgesat ginn duerch RNTech (CatLj005, Greiner Bio One) an serum Ëmgank duerno d'Prozedur vun RNTech. D'Sera an eiser Labo kritt huet aus Net-fasting Privatpersounen geholl. Béid RNTech an Asterand Entreprisen hunn etabléierten a gehaal hir Aktivitéiten folgenden reglementaresche an ethesch Normen, Emsetze lokal, national, europäesch, US a International (UNO) Regelen a Recommandatioune besonnesch wann eventuell biologescht Material Kollektioun a Behandlung a Fuerschung Resultat exploitation. Dëst beinhalt souwuel schrëftlech Erlaabnes vun all Patient Contributioun zu der biologescher an Daten Bank, a schrëftlech Etude Autorisatioun vun der Ethik Comité vun all Institut Medeziner Echantillon fir d'Betriber 'Banken matmaacht. VerfÜgung

Serum Prouf Veraarbechtung an Virbereedung fir MS- MALDI liesen VerfÜgung

All serum Prouf war an zwou bis dräi gefaart Filteren (aus derselwechter aliquots an op getrennten zoufälleg Datumen). Peptides sech op Glaspärelen Quecksëlwer mat C8 bedeckt, gewäsch, eluted, gemëscht mat CHCA Matrixentgasung, an op der MALDI Zil- zappen verschéckt. Sera sech zu gefaart Filteren an op der MALDI zappen an Retard agereecht. Fir detailléiert Beschreiwung weg Fichier S1 gesinn. VerfÜgung

Data Analyse vun MALDI Resultater VerfÜgung

Data Veraarbechtung an zwee Schrëtt gesuergt huet. An den éischte Schrëtt, war eng Intensitéit Matrixentgasung vun der Matière nopagetext Dateie vun MALDI-Ënnerportal Moossungen aus all Sera Prouf Quellen benotzt-probéieren, aligning, an m /Z Moundalpen erkennen standing wéi an Villanueva beschriwwen et al VerfÜgung [21]. An der zweeter Etapp, war Maschinn Léieren benotzt engem discriminative Muster ze definéieren, déi benotzt kënne Patienten ze klassifizéieren. Fir dësen Zweck, de Prozess vun Villanueva beschriwwen et al VerfÜgung [21] geännert gouf als ënnendrënner beschriwwe. D'geännert da setzt dobäi ganz op Open Source Software an zousätzlech Donnéeë sinn an der Bioinformatik Rubrik vun Fichier S1 beschriwwen. VerfÜgung

(1) A behaapten summation a Fonktioun filter Schrëtt bäigebaut null Wäerter als spezielle Fäll ze considéréieren. Eis original Matrixentgasung enthale eng bedeitend Quantitéit vun null Wäerter fir verschidde Funktiounen an verschidden Echantillon. Wéinst allgemeng begrenzten Dauer vun MALDI Technik, hätt e wichtege Ëmwandlung vun dësen null Wäerter vermësst Wäerter vertrieden anstatt richteg Null intensities. Fir deelweis iwwerwonne dës Schwieregkeet mir all Prouf an gefaart gelies, an der Moyenne Intensitéit berechent, heescht null Intensitéit Moossungen. No dëser behaapten summation, de schéinen Matrixentgasung Texter ëmmer substantiell Zomm vun null Wäerter. SVM-baséiert Modeller kéinten no null Wäerter klassifizéieren vermësst Wäerter vertrëtt an net richteg Null intensities. Dofir, Filter mir Fonctiounen aus, datt nach an op d'mannst een vun den Echantillon null Wäerter haten. Keen vun dësen geläscht Fonctiounen huet kloer Preferenz vun null Wäerter zu engem bestëmmten Medeziner Grupp erauszesichen. Déi doraus resultéierend sub-Matrixentgasung zu enger Maschinn benotzt gouf Léieren ze klasséieren. VerfÜgung

(2) Eng nei Approche Auswiel parameterization zu Fonktioun war entwéckelt. D'Definitiounen fir SVM-Analys waren am Ufank wéi follegt: RNTech Mo. vs. RNTech Kontroll, Asterand Mo. vs. Asterand Kontroll. Mann-Whitney p-Wäert war fir all Héichpunkt berechent, no Medeziner Gruppen fir d'Analyse definéiert. Mir ginn dann Mann-Whitney p-Wäerter an Héichpunkt intensities als cutoffs engem Ziel vun Funktiounen (Bierger) déieren Uleedung vun Maschinn Léieren Experimenter. An Intensitéit cutoff hutt filter aus net Echantillon vun deem op d'mannst eng Moyenne liesen Intensitéit getest fir den Héichpunkt virun der cutoff haten. Filter Wäerter sech fir de beschte Leeschtunge vun optimiséiert SVM-baséiert classifiers (produzéiert vun LIBSVM, linear sätzt) no zéng-fantastesch Kräiz Confirmatioun vun enger zwee-Schrëtt Protokoll. Déi éischt Schrëtt definéiert Sich laut an Intervalle fir souwuel mat Filter- an all Kombinatioune iterating iwwer. Dunn, ausgewielt der zweeter Etapp vun der Kombinatioun vun deene Wäerter, déi de beschte Leeschtunge a klengste Zuel vun Fonctioune gëtt. VerfÜgung

(3) war A normalization Schrëtt dobäi ze kontrolléieren fir Kräiz-Prouf an Kräiz-Experimenter biases. Fir Sera Quellen 'Verglach an Auswiel vun Fonctiounen ähnlech Tendenze vun zwou Quellen, Kräiz-Quell normalization vun intensities war weist standing der R Funktioun "quantile" Hëllef ze definéieren 9 watfir X _{1 VerfÜgung . 9 VerfÜgung dass -och Wäerter an der Kontroll Klass an 10 quantiles. VerfÜgung}

Weider Bioinformatik Methode si gëtt zu Datei S1 opdeelen. VerfÜgung

Jonker-baséiert kommerziell a Krankheete assays fir de verschiddene apolipoproteins VerfÜgung

ApoC-III an apoB-100 Niveauen sech duerch Immunoturbidometry op eng Olympus 400 autoanalyzer gemooss, mat der K-assay Trikoten (cat # Kai-006 an 6142, Kamiya Biomedical, Seattle, jeeweils, USA) wéi virdru beschriwwen [22]. Am Haus Elisa fir apoC-III ass am Fichier S1 beschriwwen. ApoC-ech Niveauen mat engem AssayMax Mënscherechter Apolipoprotein C-ech Elisa Kit (Assaypro, St. Charles, MO, USA) getest no der Taktik vum Produzent. Sidd Mënsch apoC-ech Standarden waren am Kit mat abegraff. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Profitéiert vun MS-baséiert Method serum peptides Ënnerschrëft fir Mo. Kriibs ze identifizéieren VerfÜgung

virdrun Studie weisen, dass och -designed an Sera peptidomics kann Patienten an Net-Kriibs Kontrollen baséiert op ënnerscheed Musteren vun Ënnerschrëft peptides an der serum [10], [11] trennen spezifesch Kriibs-Träger-virsiichteg kontrolléiert haten. Mir propagéieren ob dës Resultater fir Mo. Kriibs kopéiert kënne ginn an ob wéi Trennung fir Analyse vun Sera aus verschiddene Quellen genuch ass. Mir analyséieren éischt de serum peptide Profiler vun 62 Patiente mat Mo. Kriibs bei verschiddenen Etappen, souwéi 41 Kontroll Sera aus gesond Fräiwëlleger. Dës Sera sech aus zwou Quelle kritt: (ech) RNTech, eng Firma, déi Sera op Bukarest, Rumänien gesammelt; an (II) Asterand, eng Firma, déi Sera an den USA gesammelt. Fir all Quell, goufen d'Sera mat enger eenzeger Standard Medeziner Protokoll gesammelt. D'Ëmwelt- sech ähnlecher e.g. den Typ vum Rouer, d'Brittany Zäit an d'initial dagsiwwer vun der Sera (kuckt Method), nach d'Blutt Réckzuch Krunn sech verschidden. Alter Distributioun, Geschlecht, a Krankheete Charakteristiken vun de 103 Persounen an dëser Etude mat abegraff sinn an Table gëtt 1 a méi am Detail am Fichier S1. E Resumé vun de Medeziner Stadie vun Mo Kriibs-ofgeleet Sera fir zwou Sourcen ass an Table 1. Sample Ëmgank kritt no der éischter Kollektioun Uniform war, 2 KHTML-Thaw Zykle sensibiliséieren initial Stockage an nächster aliquoting fir peptide erauszéien a MS Analyse ze erreechen. All 103 serum Echantillon waren manuell Filteren awer identically eent-Schrëtt ëmgedréint-Phase Extraktioun astellen. Sera Echantillonen an Echantillonen gefaart huet Filteren an zoufälleg op verschidden Datumen liesen Virbereedung Datum-verbonne Westen ze verhënneren. All Sera Virbereedung an Oflagerung war vun der selwechter eenzelne gesuergt. Den Zerfall, all MALDI Moossungen sech duerch d'selwecht Techniker gesuergt. D'MALDI-Ënnerportal Instrument d'Empfindlechkeet war Zäitche iwwerwaacht a permanent während all Moossungen z'erreechen. VerfÜgung

Analys vum MS-baséiert Sera peptidome enger 9-peptide Ënnerschrëft Teamchef Mo. adenocarcinoma Patienten aus Kriibs gratis Kontrollen z'ënnerscheeden VerfÜgung

total vun 637 Mass Moundalpen (Funktiounen) huet an der 103. studéiert Echantillon identifizéiert. D'Resultater vun der MALDI sech fir all Prouf fir e Matrixentgasung wouvun d'Signal intensities vun 637 Mass Moundalpen (Funktiounen) fir jiddereng vun den ënnersichte serum Echantillon mat gefaart ëmgerechent (kuckt Methoden, Bioinformatik). Iwwerdeems unsupervised Hierarchie Käre all Funktiounen mat rauszesichen Kriibs an Net-Kriibs Echantillonen, PCA Analyse vun all Fonctioune fir all Sera Quell ënnerscheet tëschent Kriibs an Net-Kriibs Echantillon (Sauerdall S1-S3) segregate. Dëst ugeholl datt Fonktioun filtration an Auswiel essentiel ass virun Maschinn Léieren-baséiert astellen klasséieren. Dofir applizéiert mer (ech) eng Fonktioun filtration an Auswiel Schrëtt a (II) Employé Mann-Whitney p-Wäerter an Héichpunkt intensities als cutoffs engem Ziel vun Funktiounen (Bierger) déieren Uleedung vun Maschinn Léieren Experimenter. (Kuckt Methoden, Bioinformatik). Mir analyséieren dann innerhalb vun all Quell (RNTech an Asterand) ob Sera vun Patienten an Kontrollen gefall kéint. Mir scho gudd Resultater fir all eenzel vun de Single-Quell classifiers; SVM-baséiert classifiers fir RNTech an Asterand haten 90,0% an 93,0% accuracies virausgesot, respektiv, no zéng-fantastesch Kräiz Confirmatioun vun der Formatioun Formatioun (Table 2A). Zoufall passéieren vum Grupp Memberen schéinen vill méi héich p-Wäerter (e.g. 0,8) an niddreg virausgesot Genauegkeet an trainéiert Modeller pro all Sera Quell. Dëst uginn d'Bedeitung vun de Medeziner Konditioune fir Klassifikatioun an zwee klinesch-definéiert Gruppe bannent all Sera Quell. Allerdéngs, Leeschtunge der Single-Quell classifiers net gutt op der aner Quell d'Echantillonen, korrekt Medeziner Status en nëmmen zu 35/60 Echantillon (Asterand op RNTech) an 25/43 (RNTech op Asterand) (Table 2A). Dofir, Quell Westen vun peptidome huet e groussen Effet op d'Richtegkeet vun Cepheid. VerfÜgung

D'Daf vum Modeller op ee Quell trainéiert adequat Medeziner Konditiounen aus Moossungen aus der aner Quell (Table 2A) ze soe besser présentéiert ass wéi virdrun d'Fonctioune vun der Source-spezifesch classifiers (Table 3) ausgewielt. Verschiddener vun de Fonctiounen, déi op eng Quell gutt geschafft huet eng entgéintgesate Trend op der aner Quell. Anerer ware wichteg fir d'Klassifikatioun an eng Quell, awer wéineg oder guer keen Effekt op déi aner haten. Dës Observatioune gefouert eis zu enger Komparativ Analyse vun Donnéeën aus zwou Quellen. Mir produzéiert Këscht Diagrammer fir all Héichpunkt intensities, laut dem Medeziner Gruppen. Déi Diagrammer weisen, datt wann Kontroll a Kriibs intensities vergläichen fir all Fonktioun bannent enger Quell, observéiert d'Trend tëschent den zwou Quellen (e.g. m /Z 1520, Dorënner 1A) ënnerscheede konnt. Och wann den Trend zu souwuel Quellen bestänneg war, konnt d'Intensitéit Wäerter anescht ginn (e.g. m /Z 6431; RNTech héich wéi Asterand, Dorënner 1B). Fir engem Cepheid Modell ze schafen, mir waren zu (i) verännert Source-spezifesch Phänomener, an (II) eng normalization Schrëtt derbäi wat den Effet vun verschidden trainéiert wou den Trend war haten reduzéiere wier. VerfÜgung

D' Benotzung vun der gemëscht Donnéeën mat engem Mann-Whitney p-Wäert cutoff fir Fonktioun Auswiel verännert Source-spezifesch Phänomener konnt. Moundalpen déi verschidden Tendenze vun verschiddenen Quellen zougedréckt géif net fir de Medeziner group-baséiert Trennung vun der gemëscht Set däitlech ginn; Fonktioun 1520 vis Trend tëscht Quellen manifesting, gouf vun all eenzel Quell classifier (Dorënner 1A, Table 3) ausgewielt. Dofir, dréit se un d'Feele vun erfollegräich Leeschtungsfähegkeet vun all eenzel Quell classifier op der aner Quell (Table 2A). Wéi erwaart, huet dës Optioun net vun all Modell ausgewielt op der gemëscht Formatioun baséiert. Mir hunn e gemëschtent Datesaz iwwerdeems zoufälleg 21 Mo Kriibs Echantillon vun der gemëscht Training Formatioun leeën, a benotzt dëse 21 geläscht Echantillon fir publizéieren. Zousätzlech, benotzt mir der 12 Kriibs-gratis Kontroll Echantillon vun eisem Laboratoire wéi eng onofhängeg Kontroll Confirmatioun Formatioun gesammelt. De Modell huet sech an hält mat engem Maximum ausgewielt virausgesot Genauegkeet no engem ten-fantastesch Kräiz publizéieren, wéi virdrun. Déi beschten ukomm Modell fir d'gemëscht ass mat 9 Funktiounen (Mann-Whitney p-Wäert filter vun 0.044) an hat e virausgesot Richtegkeet vun 84,1% laut ten-fantastesch Kräiz Confirmatioun vum Training opgestallt. Wichtegst, et virausgesot wourop 10/12 Israeli Kontrollen. Mä dëst classifier schlecht virausgesot (13 of 21) den 21. geläscht gemëscht Mo. Kriibs Echantillon fir Confirmatioun benotzt. VerfÜgung

Dofir, den Effet vun Source-Zesummenhang Differenzen an Intensitéit Niveau ze reduzéieren, huet den filter d'Leeschtungsfähegkeet vun Fonktioun Auswiel verstäerkte vun engem quantile normalization Schrëtt anzeféieren. Dëst normalization war no Kontrolle vun all Sera Quell standing onofhängeg vun den anere Quellen (kuckt Methoden, Bioinformatik). Fir Fonctiounen, wéi m /Z 6431 mat engem bestänneg Trend zu zwou Quellen, korrigéiert dësem Schrëtt der Intensitéit Westen (Dorënner 1D). Iwwerhaapt, war 6431 Fonktioun net fir d'Net-normalized mix-baséiert classifier ausgewielt. Allerdéngs war et fir de normalized mix-baséiert classifier (Table 3) ausgewielt. Nach, fir Funktiounen wéi m /Z 1520 mat Géigendeel Tendenz zu souwuel Quellen, hätt dës Schrëtt net den Trend änneren, wéi erwaart (Dorënner 1c). VerfÜgung

Mir getest der quantile normalization d'Wierkung vun et Kandidatur virun averaging an Fonktioun Auswiel. Ze bewäerten besser d'Cepheid Genauegkeet mir de Matthews Korrelatioun souguer gemaach ginn (MCC) Moossnam agestallt. MCC ass an Maschinn léieren wéi engem Mooss vun der Qualitéit vun Duebelstären (zwou Klass) Klassifikatiounen a preparéieren engem Wäert tëschent -1 an +1 benotzt. A souguer gemaach vun +1 entsprécht engem perfekte Cepheid, 0 Moyenne zoufälleg Cepheid an -1 en ëmgedréit, et gesäit Cepheid. MCC ass allgemeng als eng ausgeglachen Moossnam eleng déi och gebraucht ginn, wann d'Klassen vu verschiddene Gréisste sinn. Mir also d'MCC fir verschidde Klassifikatioun Experiment fir ausgerechent den Effet ze weisen, datt normalization op Klassifikatioun no. Resultater sinn an Table 2. Remarque gewisen datt ouni normalization, MCC relativ héich fir den Training ass, nach duerch e bësse gefaangen Leeschtung op der Confirmatioun Formatioun (Table 2). D'normalization Schrëtt huet ähnlech héich MCC Wäerter fir Formatiounen an Confirmatioun baut (Table 2). D'normalization Schrëtt Kräiz-Quell Westen un Kontroll net de Besoin fir Maschinn Léieren-baséiert classifier uruffen engem discriminative Muster ze definéieren; PCA vun den zwou Quellen-gemëscht normalized Donnéeën baut Schoss nees an aarme Trennung tëscht Echantillon Kriibs a Kontroll Mo. (Dorënner S4). VerfÜgung

Jonker-baséiert Confirmatioun fir Fonctiounen apoC-ech an apoC-III representéiert VerfÜgung

d'classifier Schoss aus der gemëscht Datesaz, folgende quantile normalization Schrëtt, Employé 9 Funktiounen (Table 2). Dräi vun den 9 ten Équipe apolipoproteins: apoC-III (Neierung 9443) an apoC-ech (Fonctiounen 6431 an 6629, Table 3). Fir weider der MALDI-baséiert Resultater behaapt, mir éischt eng Elisa Test fir de qualitative erkennen apoC-III an d'serum entwéckelt (kuckt Methoden) a getest all Sera Echantillon vun Asterand an RNTech. Resultater vun der Elisa dem Trend vun der MALDI Resultater (Dorënner 2A, B); Intensitéit vun der apoC-III war wiesentlech méi héich zu Kontroll Gruppen wéi zu zwee Sera Quellen zu Kriibs Gruppen Verglach. Mir assayed weider d'Korrelatioun tëscht apoC-III Elisa an 9443 MALDI Resultater pro all Prouf; Elisa a MALDI Resultater zougedréckt a wesentleche Korrelatioun (p &Si besteet; 0,0001, Kendall d'Géigespiller Korrelatioun tau_). Mir geschéckt dann Sera aliquots vu bal all Echantillon (selwecht KHTML Staat) fir en externen Medeziner Labo fir immunoturbidity-baséiert grouss assay fir apoC-III [22]. Resultater goufen an mg /dl (Dorënner 2C) an esou virun, Quantitéit vun apoC-III war wiesentlech méi héich zu Kontroll Gruppe vu béiden Sera Quellen kritt. VerfÜgung

der apoC-ech MALDI Resultater Fir z'iwwerpréiwen, Employé mir eng kommerziell grouss Elisa Kit datt apoC-ech Standarden ëmfaasst an erkennt souwuel 6431 an 6629 Varianten vun apoC-sin. Resultater goufen am μg /ml (Dorënner 3B) an duerno d'Muster vun der MALDI Resultater (Sauerdall 1D an 3A) observéiert kritt; Intensitéit vun der apoC-ech war wiesentlech méi héich zu Kontroll Gruppen wéi zu zwee Sera Quellen zu Kriibs Gruppen Verglach. Fir d'Spezifizitéit vun apoC-ech an apoC-III Reduktioun vun der Sera vun Mo. Kriibs-Träger Patienten bewäerten, mir assayed apoB-100 Niveauen. D'Echantillon fir apoC-III am externen Medeziner Labo assayed waren an parallel fir apoB-100 Niveauen mat immunoturbidity-baséiert grouss assay assayed. Resultater goufen an mg /dl (Dorënner 3C) an awer keen groussen Trend tëscht Kontroll an Mo. Kriibs-Träger Gruppen kritt. Dofir, mir benotzen vun der apoB-100 Resultater als norméierend Faktor fir d'Bioinformatik Analyse vun de grouss apoC-ech an apoC-III Resultater (Sauerdall 3C, 3B, 2C, bzw.). VerfÜgung

maachen kéint analyséiert Mir klinesch apoC-ech, apoC-III an apoB-100 fir zousätzlech Echantillon vun Mo. Kriibs Patienten a Kriibs-gratis Kontrollen (RNTech Quell, selwecht KHTML-Staat; dorënner 10 gastritis Patienten an der Kriibs-gratis Kontrollen; Note Table 1 fir de ganzen Prouf Zuelen). Mir och klinesch CA19-9 an CRP Niveauen fir all Echantillon (selwecht KHTML-Staat) analyséieren. Mir Employé dann Clementine 10.0 Software op der RNTech Echantillon ze evaluéieren, ob Formatioun Regelen baséiert op apoB-100-normalized CI an C-III, CA19-9 an CRP serum Niveau benotzt ginn tëscht Sera vun Kontroll an Mo. Kriibs Gruppe vun RNTech ze klassifizéieren Quell als Training Quell. D'Kombinatioun vun all 4 Parameteren Kriseperiod Genauegkeet besser Cepheid als Verglach zu Kombinatioun vu manner wéi 4 Punkten (Dorënner 4 an Daten net gewisen). Cepheid Richtegkeet vun der Formatioun ass 88,4%. Mir Employé de RNTech-kritt Regelen Formatioun fir d'Asterand Quell an Cepheid Genauegkeet war 74,4% (Dorënner 4). Fir béid Formatiounen a publizéieren war d'Empfindlechkeet excellent (87/90 kombinéiert) mee d'Spezifizitéit war manner korrekt (37/52 kombinéiert). VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

An de leschte Joer, eng relativ puer Reportagen beschreiwen MS-identifizéiert serum biomarkers /Ënnerschrëfte fir kriibserreegend Staaten huet Onrecht [5], [18]. Verschidde Quelle vun de Westen sech och Prouf Auswiel beschreift, Ëmgank, Veraarbechtung, Liesen an analyséiert [18], [20], [21]. Beim Entféierung vum Westen-Contributioun Faktoren, war et dës datt SELDI-Ënnerportal MS ganz serum proteomic profiling mat iMac Uewerfläch zouverlässeg Aarbecht Kriibs entdecken rauszesichen [23]. Dofir, proposéiert d'Auteuren, datt et onwahrscheinlech ass, dass eng Mass spectrometry Approche behandelt serum benotzt tëschent Männer mat an ouni Aarbecht Kriibs differenzéiert géif [24]. Wéinst dem anere rezent MALDI-Ënnerportal-baséiert Studien dass An dëser Westen-bäidrot gleichzäiteg an ugestallten enger eent-Schrëtt Sera Veraarbechtung Technik Florange identifizéiert discriminating uweist Ënnerschrëfte fir verschidden Cancers dorënner Aarbecht Kriibs [11]. VerfÜgung

Etude adoptéiert mir de ee Schrëtt Sera Veraarbechtung Approche fir Identifikatioun vun enger peptidome-baséiert Ënnerschrëft Sera aus Mo. adenocarcinoma Patienten ofgeleet differenzéiert. Mir feieren eng räsonnabel Effort ze verhënneren virdrun-Rapport Westen bäidrot gleichzäiteg [18]. Mir analyséieren Sera aus zwee biorepositories. Mir gesinn, dass souguer wann Sera Ëmgank, Veraarbechtung, MALDI Liesen an Analyse déi selwecht sinn, peptidome Analyse vun der biorepository Buergermeeschter ass. Nieft der sozio-geographesch Ënnerscheeder (Rumänien an USA als Quell fir d'Echantillonen an RNTech an Asterand, bzw.), d'Source-Zesummenhang Westen duerch d'Mark vun der Blutt Réckzuch Rouer, an deene verschiddene biorepositories benotzt ginn hätt.

Mir ginn dann e gemëschtent Prouf Formatioun aus zwee Sera Quelle fir Fonktioun Auswiel an dobäi e Kräiz-Quell normalization Schrëtt fir Quell Westen geluegt. Mir hu fonnt, datt (i) de Gebrauch vun der gemëscht Donnéeën mat engem Mann-Whitney p-Wäert cutoff fir Fonktioun Auswiel konnt Source-spezifesch Fonctiounen verännert, an (II) eng quantile normalization Schrëtt (fir Maschinn Léieren) deelweis concordant Fonctiounen déieren hëlleft zu deenen, déi d'Tendenze tëscht Quellen concordant, mä trainéiert ginn verschidden tëscht Quellen. De Besoin fir normalization, wou mat Echantillon aus verschiddene Quellen senden, war scho fir microarray-baséiert héich duerch dat Technik [25] gewisen. Et ass gutt, datt Variatioune vun experminteller Prozeduren etabléierten a ongebremste Conditiounen (zB sozio-geographesch Origine vun Echantillon) zu systemesch Miessung biases Féierung kann. VerfÜgung

d'Verännerungen Nexten, mir e Kräiz-Quell serum peptide Ënnerschrëft etabléierten Mo. fir Ënnerscheedung Kriibs Patienten aus Net-Kriibs Kontrollen. Dräi vun der peptides gehéiert zu apoC-ech an apoC-III. Mir validéiert eis MALDI-baséiert Resultater mat onofhängeg analytesch Methoden, déi op immunoassays baséieren [26]. D'peptide Ënnerschrëft dorënner apoC-III an apoC-ech-ofgeleet Fonctiounen. D'Resultater vum onofhängeg quantification vun hire serum Niveauen Situation vun der MS Approche identifizéiert Trend. VerfÜgung

Eis Etude d'éischt ass, dass serum Niveau vun apoC-ech an apoC-III zu Rapport kann als potentiell biomarkers fir Mo. benotzt ginn Kriibs. Et ass richteg, dass rezent Rapporten hunn uginn, datt apolipoproteins 'Niveauen am Blutt Potential biomarkers fir verschidden Cancers ginn hätt. ApoC-ech war als potentiell serum uweist fir colorectal Kriibs, Hormon-refractaire Aarbecht Kriibs a Liewer fibrosis identifizéiert [27] - [29]. Aner Rapporten uginn dass apoC-III kéint och e Potenzial uweist zu pancreatic Kriibs an Broscht Kriibs ginn [30], [31]. Allerdéngs, Employé all vun dëse Rapporten-MALDI baséiert Schädel an huet behaapt, net hir Resultater mat Jonker-baséiert oder aner assays. Och hat si studéieren Sera aus enger anerer Quell als Confirmatioun Grupp. VerfÜgung

Eis Conclusiounen weider är a validéiert ginn soll ëmschriwwen [32], [33]. Nach, Resultater d'Medeziner Confirmatioun vun apoC-ech an apoC-III eis nimools fir weider engem diagnostic assay biomarkers baséiert op serum beschen datt ouni de Besoin fir MS Technologie an der Klinik assayed ginn hätt. Regelen Formatioun schreiwen apoB-100-normalized C-ech an C-III, CA19-9 an CRP grouss serum Niveau fir d'RNTech Quell generéiert a validéiert op der onofhängeg Asterand Quell hat Cepheid Richtegkeet vun 88,4% a 74,4%, respektiv. Dofir, overcomes der Benotzung vun dësen 4 Medeziner Fonctiounen deelweis d'Quell Westen.

• PLOS NËMMEN: Quantification vun Chitinase mRNA Niveauen a Mënscherechter an Mouse Stoffer vum Real-Time Hinnen alleguer: Art-Spezifësch Expression vun dono Mammalian Chitinase am Mo. Tissues
• PLOS NËMMEN: cuisine genetesch Analys vun Mo. Inhalt verréid Wild Atlantik Cod Verfiddere op Piscine Reovirus (PRV) Krankheet Atlantik Salmon ursprünglech aus engem Commercial Fish Farm